Sau khi bón vào đất phân vi sinh có tác dụng cải tạo đất toàn diện, đặc biệt có khả năng cải tạo nhiều đặc tính xấu của đất ngoài việc cải tạo đất nghèo dinh dưỡng. Ngoài ra sử dụng phân vi sinh không làm chai đất ngược lại làm tăng độ phì nhiêu của đất, mà phân hóa học không làm được.
Theo (Nguyễn Ngọc Nông, 1999) phân vi sinh khi bón vào đất sau khi phân giải mật số vi sinh vật được nhân lên trong đất sẽ cung cấp thêm cho đất các khoáng chất làm phong phú thêm thành phần thức ăn cho cây và khi vi sinh vật mùn hóa các chất hữu cơ trong đất làm tăng khả năng trao đổi của đất đặc biệt là các acid hummic có tác dụng khoáng hóa đạm (N) rất tốt. Quá trình cố định đạm và phân giải lân và cellulose của vi sinh vật có trong chế phẩm sinh học sau khi bón tạo ra nhiều dinh dưỡng cung cấp cho cây trồng quá trình mùn hóa do vi sinh vật có khả năng tạo phức với kim loại do chất mùn có khả năng tạo phức với nhôm (Al) làm giảm nhôm trao đổi và nhôm hòa tan trong dung dịch đất do đó làm giảm khả năng gây độc của nhôm (Al) đối với cây trồng (Jones và javis, 1982).
Sử dụng phân vi sinh canh tác đất ít bị rữa trôi và bạc màu. Vì dinh dưỡng luôn được vi sinh vật tổng hợp cố định và phân giải liên tục cho đất. Ngoài ra đất có tính đệm nghĩa là khi bón các loại phân hóa học hoặc vôi vào đất các tính chất hóa học của đất như: độ chua,kiềm, mặn ít tăng đột ngột nên cây trồng ít bị thiệt hại, bón phân vi sinh vào vào đất thịt nhẹ, đất xám, làm cho đất không có cấu trúc, rời rạc nhờ đó làm hạn chế sự bốc hơi nước hạn chế được sự rữa trôi khi ta bón phân cho cây. Ngược lại nếu đất thịt nặng được bón phân vi sinh thì trở nên tơi xốp (Nguyễn Thanh Hùng, 1984).