Bên cạnh những kết quả đã đạt được, công tác đánh giá trọng yếu của các công ty kiểm toán độc lập tại việt nam còn tồn tại một số vấn đề. Chẳng hạn như vấn đề phân bổ mức ước lượng ban đầu về trọng yếu cho các
khoản mục trên BCTC.
Phân bổ ước lượng ban đầu về mức trọng yếu cho các khoản mục trên BCTC là một vấn đề phức tạp, mang tính chủ quan của KTV. Đối với vấn đề này, giữa các công ty kiểm toán độc lập của Việt Nam không có sự thống nhất về việc thực hiện phân bổ hay không thực hiện phân bổ. Ngoài ra, không có sự thống nhất giữa các công ty kiểm toán độc lập của Việt Nam trong việc hướng dẫn KTV thực hiện phân bổ.
Nếu không thực hiện phân bổ mức trọng yếu cho các khoản mục trên BCTC thì khi tổng hợp các sai phạm không được điều chỉnh trong từng khoản mục sẽ gây khó khăn cho KTV trong việc quyết định xem tổng sai phạm đối với khoản mục đó có được coi là trọng yếu hay không, có cần phải điều chỉnh ý kiến của KTV về BCTC hay không.
Tuy nhiên, nếu thực hiện phân bổ mà lại đưa ra những tỷ lệ cố định để tính mức trọng yếu phân bổ cho từng khoản mục như cách tính của một số công ty kiểm toán ở Việt Nam thì không hợp lý.Việc phân bổ này cần dựa vào bản chất của khoản mục, rủi ro tiềm tàng và rủi ro kiểm soát được đánh giá cho khoản mục đó, ngoài ra cũng cần đến sự xét đoán, kinh nghiệm của KTV thì mới có thể phân bổ hợp lý mức trọng yếu cho từng khoản mục.Thực tế rất phong phú và nếu chỉ dựa vào tỷ lệ qui định thì chắc chắn
công việc kiểm toán sẽ không thể tiến hành một cách có hiệu quả và nếu đánh giá trọng yếu mà chỉ dựa vào các con số tính theo tỷ lệ đó thì chắc chắn sẽ xảy ra rủi ro kiểm toán lớn hơn.