Bên cạnh những thành tựu đạt được thì hoạt động nhập khẩu hóa chất của Công ty TNHH Hóa chất Petrolimex vẫn còn tồn tại những hạn chế nhất định
Thứ nhất, Nguồn vốn của Công ty so với các đối thủ cạnh tranh cùng ngành ở tầm cỡ thế giới còn nhỏ, nhiều đơn hàng đã không thể được Công ty thực hiện được giá quá cao so với khả năng chi trả của Công ty dành cho đơn hàng đó. Công tác bảo quản hóa chất còn gặp nhiều khó khăn dẫn đến việc hao hụt nhiều đơn vị hóa chất làm giảm doanh thu, lợi nhuận của Công ty
Thứ hai, Công ty còn kém nhạy bén trong sự tiếp cận với sự thay đổi của thị trường cũng như sự biến động mạnh mẽ của tình hình kinh tế thế giới làm cho khả năng bắt kịp thì trường gặp nhiều khó khăn. Công tác nghiên cứu, đánh giá thị
trường, tìm hiểu thị hiếu của khách hàng đạt hiệu quả chưa cao, chất lượng dịch vụ chưa tưng xứng với hình ảnh của Công ty
Thứ ba, Mặc dù có đội ngũ cán bộ chuyên môn cao, có năng lực nhưng vẫn chưa đáp ứng được một cách tốt nhất yêu cầu nghiệp vụ nhập khẩu, kinh doanh hóa chất thời kì đổi mới. Công tác giao nhận hàng hóa tại các cảng còn chậm làm ảnh hưởng đến tiến độ kinh doanh của Công ty
Thứ tư, Sự cạnh tranh ngày càng quyết liệt hơn giữa các Công ty đã làm ảnh hưởng lớn đến thị phần của Công ty. Thương hiệu của Công ty chưa thực sự lớn mạnh để có thể đảm bảo cho hoạt động nhập khẩu cũng như bán hàng cho các khách hàng