Các nhân tố chủ quan thuộc về bản thân công ty kiểm toán có ảnh hưởng tới hiệu quả hoạt động kiểm toán gồm các nhân tố ảnh hưởng đến việc thực hiện kiểm toán từ mô hình tổ chức công ty kiểm toán; số lượng, chất lượng nhân viên kiểm toán; phương pháp kiểm toán áp dụng; quy trình kiểm toán; yếu tố khoa học công nghệ áp dụng trong kiểm toán; công tác giám sát sau kiểm toán; …
Mô hình tổ chức công ty: Một mô hình tổ chức công ty kiểm toán tốt, không cồng kềnh, xác định trách nhiệm của mỗi phòng ban, trách nhiệm từng kiểm toán viên, phân công người phụ trách chính cuộc kiểm toán, người lập BCKT… tất cả các điều này góp phần làm cho công tác thực hiện kiểm toán đạt hiệu quả cao.
Đội ngũ kiểm toán viên: Ảnh hưởng bởi đội ngũ kiểm toán viên thể hiện về số lượng, chất lượng và mức độ đảm bảo các nguyên tắc làm nền tảng cho hoạt động kiểm toán của các công ty kiểm toán đạt hiệu quả tố, bao gồm: tính liên tục, tính độc lập và tính chuyên nghiệp. Số lượng KTVnếu quá ít không đảm bảo để thực hiện đúng tiến độ hợp đồng kiểm toán, hoặc thực hiện kiểm toán không được đảm bảo. Ngược lại, nếu số lượng KTVquá nhiều thì chi phí lớn (gồm cả chi phí tiền lương, thưởng, phụ cấp và chi phí đào tạo), công tác kiểm toán thậm chí bị chồng chéo. Do đó các công ty kiểm toán cần phải có số lượng KTV phù hợp với quy mô và đặc điểm hoạt động của từng công ty.
Hoạt động kiểm toán đòi hỏi cán bộ thực hiện phải có một trình độ tương xứng, phải am hiểu về công tác kế toán và kiểm toán, các quy định liên quan.
Phương pháp kiểm toán: Cần thiết lập phương pháp kiểm toán đảm bảo giảm thiểu được thời gian thực hiện kiểm toán và kết quả thu được, mức độ phát hiện sai phạm cao hơn. Phương pháp kiểm toán phải được áp dụng một cách có hệ thống, cho bộ các khách hàng và toàn bộ các khoản mục trong BCTC.
Quy trình kiểm toán: Quy trình kiểm toán cần thiết được xây dựng, cập nhật thường xuyên, có tính hệ thống và phải được áp dụng thống nhất đối với tất cả các đơn vị khách hàng trong năm tài chính và phù hợp với CTKTM.
Công nghệ thông tin: Để tiết kiệm thời gian, chi phí, số lượng KTV, đòi hỏi có phần mềm kiểm toán riêng. Hệ thống này nếu có sẽ hỗ trợ và nâng cao chất lượng kiểm toán, giúp tổng hợp toàn hệ thống, kết xuất dữ liệu, xử lý và phân tích dữ liệu một cách hiệu quả.