Các trình tự lặp lại đơn giản-SSR (simple sequence repeat) hay còn được biết đến như các microsatellite là những đoạn ngắn của DNA có chứa từ 2-5 cặp nucleotide được lặp lại ngẫu nhiên và phân bố trong bộ gen trên nhiễm sắc thể của các loài động vật cũng như thực vật. SSR có thể tìm thấy ở nhiều nơi trong hệ gen cả trong trình tự DNA mã hóa và không mã hóa protein (Toth et al., 2000). Trong sinh vật nhân chuẩn SSR được hiển thị trong vùng không mã hóa vượt quá so với mô hình phân bố ngẫu nhiên (Metzagar et al., 2000).
Các đoạn SSR có mặt chủ yếu ở các vùng dị nhiễm của nhiễm sắc thể, như vùng gần tâm động hoặc đầu mút của nhiễm sắc thể. Chúng giữ vai trò quan trọng trong việc điều hòa phiên mã đối với các gen hoạt động trong vùng
nguyên nhiễm sắc, góp phần làm tăng tính ổn định cơ học của nhiễm sắc thể trong quá trình phân bào và có thể chứa đựng những thông tin di truyền liên quan đến sự xác định giới tính ở cả động vật và thực vật (Lê Duy Thành, 2001).
Microsatellites cũng là marker di truyền phổ biến nhất được sử dụng cho việc nghiên cứu đa dạng di truyền của vật nuôi. Nó có thể ước tính sự đa dạng di truyền trong và giữ các giống, và xác định sự trộn lẫn về mặt di truyền giữa các giống thậm chí khi chúng có quan hệ gần nhau (Sunnucks, 2001). Microsatellites là trình tự lập đi lập lại từ (1-5 bp) trong trình tự DNA bộ gen (Tautz, 1989). Lợi thế lớn trong các dấu này là chúng rất đa hình và đặc trưng cho từng locus, và phân phối ngẫu nhiên trên hệ gen (Weigend và Romanov, 2001).
Năm 2004, FAO đã đưa ra một nhóm các marker cho việc nghiên cứu sự đa dạng di truyền và phân tích khoảng cách di truyền. Đối với giống gà mái, đã có 30 microsatellite được nghiên cứu. Gần đây, đánh giá đa dạng di truyền của quần thể gà bằng cách sử dụng cùng một tập hợp của các dấu hiệu microsatellite theo đề nghị của FAO (2004) đã được ứng dụng trong nhiều nghiên cứu (Cuc et al., 2006; Hillel et al., 2007; Muchadeyi et al., 2007; Chen
et al., 2008; Granevitze et al., 2007, 2009 và Bodzsar et al., 2009). Trong một nghiên cứu quy mô lớn bao gồm 64 quần thể gà từ các châu lục khác nhau, Granevitze et al. (2007) tìm thấy sự thay đổi đáng kể về mặt di truyền trong cùng một giống. Mức đa dạng di truyền cao thể hiện ở các quần thể gà địa phương mà không được quản lý, trong một số giống tiêu chuẩn lưu giữ với một quy mô lớn và trong một số dòng gà thịt thương mại.
Chương 3: PHƯƠNG TIỆN VÀ PHƯƠNG PHÁP TIẾN HÀNH