Qua việc nghiên cứu, tìm hiểu thực tiễn công tác xóa án tích chúng tôi có thể đưa ra được nhận định khái quát nhất về thực tiễn áp dụng các quy định xóa án tích như sau:
+ Số lượng người bị kết án yêu cầu được xóa án tích là rất ít;
+ Đa số người xin được cấp giấy chứng nhận xóa án tích là người thuộc trường hợp đương nhiên xóa án tích, đặc biệt là trong trường hợp người bị kết án được hưởng án treo;
+ Vấn đề xóa án tích không nhận được sự quan tâm nhiều của xã hội. Bộ luật hình sự năm 1999 ra đời và có hiệu lực thi hành trên thực tế trong một khoảng thời gian khá dài, tuy nhiên, trong thực tiễn áp dụng các quy phạm pháp luật về xóa án tích cũng như trong giới nghiên cứu khoa học luật hình sự vẫn chưa đi đến một cách hiểu thống nhất về khái niệm án tích cũng như khái niệm xóa án tích. Chính vấn đề này đã gây khó khăn trong việc giải thích pháp luật cũng công tác áp cụng pháp luật. Do vậy, trong lần sửa đổi sắp tới, các nhà làm luật nên đưa ra một khái niệm cụ thể, rõ ràng vê án tích, xóa án tích và những vấn đề khác có liên quan.
Hiện nay, có rất nhiều trường hợp người bị kết án chưa được hoặc không bao giờ được xóa án tích do người bị kết án không có khả năng nộp các khoản tiền được quyết định trong bản án như: Tiền án phí, tiền bồi thường thiệt hại, tịch thu tài sản, phạt tiền… Vì vậy, chúng tôi đề nghị cần có hướng dẫn cụ thể để có thể xem xét và quyết định việc xóa án tích cho những người bị kết án, nếu những người này thực sự có ý thức cải tạo tốt, chấp hành đúng và đầy đủ các chủ trương, chính sách của Đảng và pháp luật của Nhà nước. Cụ thể là những đối tượng có thực sự khó khăn trong cuộc sống và họ không thể thực hiện phần còn lại của bản án hình sự liên quan đến các khoản tiền nói trên và có sự xác nhận của chính quyền địa phương về hoàn cảnh khó khăn thì Tòa án nên cho những người này được xóa án tích để tạo cho họ có được một nhân thân tốt hơn để họ có thể dễ dàng kiếm được việc làm mới phù hợp hơn và để những người bị kết án này đỡ bị mặc cảm về những tội lỗi của mình đã gây ra.
Trong qua trình áp dụng những quy định của pháp luật hình sự về xóa án tích đã nổi lên một vấn đề gây tranh luận, đó là thời hạn xóa án tích tính từ lúc nào, kể từ khi chấp hành xong hình phạt chính hay kể từ khi chấp hành xong tất cả các hình phạt và quyết định mà Tòa án đã buộc người phạm tội phải chấp hành? Theo quan điểm của đại đa số các nhà luật học hiện nay thì thời hạn xóa án tích được tính kể từ ngày người bị kết án chấp hành xong toàn bộ bản án. Điều này được hiểu là chỉ khi nào người bị kết án chấp hành xong tất cả các hình phạt chính, hình phạt bổ sung và quyết định của Tòa án thì mới bắt đầu tính thời hạn để xóa án tích quy định tại Điều 64 và Điều 65 Bộ luật hình sự năm 1999. Còn trong trường hợp, người bị kết án mới chấp hành xong
hình phạt chính mà chưa chấp hành xong các phần khác của bản án thì chưa được tính thời hạn để xóa án tích.
Cũng về vấn đề cách tính thời hạn để được xem xét xóa án tích, có quan điểm cho rằng, thời hạn để tính xóa án tích được tính kể từ ngày người bị kết án chấp hành xong hình phạt chính, các phần khác của bản án, người bị kết án có thể chấp hành bất cứ lúc nào. Chỉ khi nào chấp hành xong hết bản án thì mới được xem xét xóa án tích. Dưới góc độ nghiên cứu khoa học mà nhìn nhận vấn đề thì quan điểm này không hề trái với các quy định của Bộ luật hình sự năm 1999. Theo nguyên tắc có lợi cho người phạm tội, nếu vấn đề này được áp dụng trên thực tế sẽ có lợi hơn cho người bị kết án.