Tuỳ theo mức độ và khả năng của từng hộ sản xuất có khác nhau song hầu như toàn bộ đất nông nghiệp hàng năm trên hệ thống đều được bón phân hữu cơ hoặc phân hoá học và ít nhiều có sử dụng thuốc trừ sâu.
Kết quả điều tra hiện trạng môi trường vùng sản xuất nông nghiệp cho thấy cây trồng ở các vùng trên hệ thống đến nay chưa có biểu hiện gì của sự nhiễm độc do bón quá nhiều phân hoá học, thuốc sâu hoặc do môi trường đất bị ô nhiễm. Tuy nhiên do tỷ lệ đất canh tác ở các vùng có thời gian ngập úng kéo dài, không được tiêu thoát kịp thời đã làm tăng tình trạng yếm khí trong đất, hạn chế khả năng phân giải các hợp chất hoá học cũng như các độc tố có trong đất và nước. Mặt khác do thâm canh tăng vụ mà các loại phân hoá học, thuốc trừ sâu được dùng trong sản xuất nông nghiệp ngày một nhiều hơn. Vì thế về mặt định tính, khả năng đất canh tác ở đã ít nhiều bị ô nhiễm do tích luỹ các độc tố hoá học chưa phân giải hết là có cơ sở.
Chất lượng nước sông Nhuệ và sông Tô Lịch đang bị suy giảm nghiêm trọng, mức độ ô nhiễm nguồn nước đang ngày một gia tăng. Kết quả khảo sát chất lượng nước trên ruộng lúa tại xã Văn Khê cho thấy đất ruộng đã bị ô nhiễm khá nặng mà
Một số thông số về môi trường đất ruộng tại xã Văn Khê (theo tài liệu của Công ty VMEP )
TT Thông số Đơn vị Trị số TT Thông số Đơn
vị
Trị số
1 pH 6,30 9 Fe2+ mg/l 0,006
2 Độ trong Trong 10 Fe3+ mg/l 0,018
3 Mùi Không mùi 11 Fe tổng số mg/l 0,026
4 Màu Không màu 12 COD mg/l 970,0 5 N03 mg/l 0,004 13 B0D5 mg/l 59,40 6 N02 mg/l 0,016 14 D0 mg/l 6,60 7 NH4 mg/l 0,200 15 Coliforms/1 lít MNP 5.250 8 P04 mg/l 3,400 16 Vi tảo/1 lít tế bào 100.806
Với hiện trạng nguồn nước như trên việc lấy nước từ sông Hồng có chất lượng tốt qua hệ thống tưới Hồng Vân để phục vụ cho các nhu cầu canh tác và khôi phục dần dòng sinh thái của các sông, mương trong vùng sẽ có một ý nghĩa rất lớn đối với sản xuất nông nghiệp và nôi trông thuỷ sản cũng như cải thiện được điều kiện môi trường đất và môi trường nước trong vùng.