Phần lớn dân cư sống trong vùng dụng nước máy cho mục đích sinh hoạt. Tuy nhiên, hàng ngày họ vẫn phải tiếp xúc trực tiếp với nguồn nước mặt do yêu cầu của sản xuất, đi lại… Hệ thống thoát nước thải từ các khu vực này chưa đồng bộ và chưa hoàn chỉnh. Hầu hết nước bẩn và các loại chất thải đều đổ trực tiếp vào hệ thống sông suối nội thành hoặc vào kênh tiêu, trục tiêu đều không có biện pháp xử
lý. Các khu vực dân cư thường chưa có hệ thống thoát nước thải riêng. Nước thải sinh hoạt chảy tràn lan trên mặt đất, đổ dồn vào chỗ trũng, ao hồ, mương máng trong thôn xóm rồi từ đó nhập vào kênh tiêu và sông suối thiên nhiên.
Chất thải rắn ở vùng nông thôn chủ yếu là rác thải sinh hoạt và phế thải xây dựng. Trong một số xã và khu vực thị xã và thị trấn chất thải được gom lại và đổ tập trung ở một vài nơi để chúng tự phân hủy. Còn lại phần lớn tại khu vực nông thôn các gia đình đều có điểm tập trung các loại chất thải sinh hoạt của con người và gia súc. Các điểm tập trung này có thể bố trí trong khu vực đất thổ cư mà mình sử dụng hoặc đổ trực tiếp ra kênh mương, sông ngòi, hoặc đem ủ để bón ruộng.
Như vậy các nguồn nước thiên nhiên ở vùng thường bị nhiễm bẩn hữu cơ do các loại chất thải sinh hoạt và chăn nuôi đổ thẳng vào, chúng không đảm bảo các tiêu chuẩn vệ sinh cần thiết cho sinh hoạt.
Ngoài nước thải sinh hoạt, nước thải từ các khu công nghiệp và làng nghề là những nguồn chính gây ô nhiễm môi trường tới vùng dự án. Nguồn nước thải ra từ các khu công nghiệp là nguyên nhân chính gây ô nhiễm nguồn nước:
- Cụm công nghiệp Minh Khai bao gồm công nghiệp dệt may, cơ khí, chế biến thực phẩm, vật liệu xây dựng. Loại hình gây ô nhiễm nặng nhất xuất phát từ khu vực dệt nhuộm và nhà máy bia Việt Hà.
- Cụm công nghiệp Trương Định - Đuôi Cá, chủ yếu tập trung các loại hình công nghiệp chế biến lương thực - thực phầm.
- Cụm công nghiệp Văn Điển - Pháp Vân, tập trung chủ yếu là công nghiệp cơ khí, hoá chất và vật liệu xây dựng, đều là loại hình gây ô nhiễm rất nặng.
- Cụm công nghiệp Cầu Bươu, chủ yếu là công nghiệp cơ khí, sơn, mạ kim loại và hoá chất.
- Cụm công nghiệp của huyện Thường Tín: Công ty bia Tiger, bao bì vỏ lon cocacola, thép Việt Nga, cụm công nghiệp Bình Phương, …….
Các cụm công nghiệp mới xây dựng hoặc đang xây dựng ở Hà Nội như các khu công nghiệp vừa và nhỏ Vĩnh Tuy - Thanh Trì, Từ Liêm, Nam Thăng Long; cụm công nghiệp Ngọc Hồi; cụm sản xuất tiểu thủ công nghiệp ở quận Cầu Giấy, Hai Bà Trưng do đều có cơ sở hạ tầng khá tốt trong đó có hệ thống xử lý nước thải tương
đối đồng bộ nên mức độ gây ô nhiễm từ các khu vực này không nghiêm trọng như các khu công nghiệp cũ.