Một trong các vấn đề gây khó khăn cho các doanh nghiệp nói chung và các doanh nghiệp xuất khẩu nói riêng hiện nay là việc các quyết định, quy định của các cơ quan chức năng liên quan được ban hành và sửa đổi quá nhiều, lại thiếu nhất quán. Vì vậy các ban ngành chức năng, cơ quan chuyên ngành nên cân nhắc một cách kỹ lương các chính sách quyết định của mình trước khi dự thảo ban hành và thực hiện nhằm hạn chế tối đa việc thay đổi hay tạo nhiều kẽ hở, không những gây khó khăn cho các doanh nghiệp làm ăn chân chính mà còn tạo điều kiện cho những kẻ xấu luồn lách lợi dung, gây thiệt hại cho lợi ích quốc gia.
Hệ thống các văn bản pháp lý quy định đảm bảo được tính đồng bộ nhất trong việc khuyến khích tất cả các thành phần kinh tế tham gia sản xuất hàng xuất khẩu để tạo nguồn hàng ổn định, lâu dài cho các Công ty chuyên sản xuất hàng xuất khẩu, khuyến khích xuất khẩu một mặt hàng nào đó. Việc khuyến khích xuất khẩu trực tiếp và khuyến khích đầu tư sản xuất xuất khẩu ở nước ta hiện nay chỉ mới nhìn đến các doanh nghiệp có sản xuất trực tiếp hàng xuất khẩu và doanh nghiệp kinh doanh xuất nhập khẩu. Hoàn thiện cơ chế quản lý xuất nhập khẩu trên thực tế, công tác quản lý xuất khẩu của Nhà nước còn một số mặt bất cập với diễn biến của hoạt động xuất nhập khẩu nhiều khi còn không ít thiếu sót và nhược điểm cần phải tìm cách khắc phục và giải quyết. Về lâu dài các quy định về quản lý xuất khẩu hiện hành phải được bổ sung, sửa đổi tạo điều kiện cho hoạt động xuất khẩu phát triển thuận lợi.
Trên thực tế công tác quản lý xuất khẩu của nước ta còn có một số vần đề bất cập, không phù hợp với những diễn biến của hoạt động xuất khẩu, làm ảnh hưởng không nhỏ đến hiệu quả hoạt động xuất khẩu và đòi hỏi phải giải quyết. Về lâu dài các quy định về xuất khẩu hiện hành phải được bổ sung và sửa chữa, tạo điều kiện cho hoạt động xuất khẩu diễn ra thuận lợi.
Hiện nay ở nước ta, thủ tục xuất nhập khẩu vẫn còn rườm rà, gây phức tạp, lãng phí thời gian, công sức cho doanh nghiệp xuất khẩu khi tiến hành các thủ tục xuất khẩu. Các cơ quan quản lý xuất khẩu nhiều khi tá ra quan liêu cửa quyền, tiêu cực, phiền hà, gây khó dễ cho các doanh nghiệp. Vì thế trong công cuộc cải cách thủ tục hành chính Việt Nam cần phải đặc biệt chú trọng đến cải cách các hoạt động xuất nhập khẩu, từng bước bãi bỏ các thủ tục, cấp giấy phép xuất nhập khẩu hàng hoá theo từng chuyến, rút ngắn thời gian chờ đợi để cấp giấy phép. Đối với các mặt hàng hạn ngạch, Nhà nước nên áp dụng đấu thầu để tránh hiện tượng tiêu cực, đem lại sự công bằng cho các doanh nghiệp xuất nhập khẩu, trước mắt khi chưa được hình thức này vào áp dụng, cơ quan quản lý Nhà nước mà trực tiếp là Bộ Thương Mại phải lựa chọn ra các doanh nghiệp đáng tin cậy để giao hạn ngạch.