Các yếu tố ảnh hưởng đến kết quả phân tích trong phép đo phổ hấp thụ nguyên tử là rất đa dạng và phức tạp, có khi xuất hiện và cũng có khi không, người ta thường chia thành 6 nhóm như sau:
Nhóm 1 là các thông số của hệ máy đo. Các thông số này cần được khảo sát và chọn cho từng trường hợp cụ thể. Thực hiện quá trình này chính là tối ưu hóa các thông số của máy đo cho một đối tượng phân tích.
Nhóm 2 là các điều kiện nguyên tử hóa mẫu. Các yếu tố này thể hiện rất khác nhau tùy thuộc vào kỹ thuật được chọn để thực hiện quá trình hóa hơi và nguyên tử hóa mẫu, đã được đề cập ở phần trên.
Nhóm 3 là kỹ thuật được chọn để xử lý mẫu. Trong quá trình này, nếu thực hiện không cẩn thận có thể sẽ làm mất hay nhiễm bẩn thêm nguyên tố phân tích vào mẫu, do đó kết quả phân tích thu được là không đúng với mẫu thực tế.
Vì vậy với mỗi loại mẫu ta phải nghiên cứu và chọn một quy trình xử lý mẫu phù hợp nhất.
Nhóm 4 là các ảnh hưởng về phổ. Trong phép đo AAS, ngoài vạch phổ được chọn để đo còn có phổ nền, hoặc sự chen lấn của các vạch phổ của các nguyên tố khác không phải là nguyên tố cần phân tích, chúng ảnh hưởng rất mạnh đến kết quả phân tích, vì vậy cần quan tâm nghiên cứu để loại bỏ sự ảnh hưởng này.
Nhóm 5 là các yếu tố vật lý. Nhóm 6 là các yếu tố hóa học.
Sau đây chúng ta xem xét một vài yếu tố.