Phát triển phần mềm cho thẻ thông minh là một trong nhiều khía cạnh phức tạp không giống bất kỳ phát triển phần mềm khác. Khi thiết kế các nội dung dữ liệu và chức năng của một thẻ thông minh nên nắm bắt tất cả các yêu cầu trong tương lai với hiện tại và dự đoán được các khả năng sẽ xảy ra. Thiết kế linh hoạt để thực hiện thay đổi và thêm nhiều dữ liệu, chức năng trong tương lai. Công nghệ thẻ từ đã được cải tiến mạnh trong nhiều năm qua để tăng cường khả năng chống lại các hoạt động tội phạm thẻ. Điều này đã khiến các tổ chức thẻ phải nghiên cứu công nghệ mới dành cho thẻ trong thế kỷ 21. Công nghệ thay thế đem lại nhiều lợi điểm là thẻ thông minh sử dụng một con chíp máy tính được gắn lên thẻ nhựa với kích thước tương tự như chiếc thẻ từ. Khác biệt duy nhất mà chủ thẻ thấy được là một vùng kim loại nhỏ trên mặt thẻ, chứa tiếp xúc điện tử. Giữa những năm 80, châu Âu đã triển khai những chiếc thẻ thông minh đầu tiên, những chiếc thẻ điện thoại trả trước sử dụng thẻ nhớ. Từ đây, phạm vi ứng dụng của thẻ thông minh đã được mở rộng ra nhiều ngành bao gồm tài chính, viễn thông, các chương trình chính phủ, bảo mật thông tin, bảo mật truy cập vật lý, giao thông, hệ thống bán lẻ, v.v.
Thẻ thông minh cung cấp rất nhiều tính năng vượt trội so với thẻ từ truyền thống như khả năng lưu trữ, khả năng bảo mật an toàn thông tin, hỗ trợ nhiều ứng dụng và đảm bảo an toàn cho các dữ liệu lưu trên thẻ. Ngoài ra thẻ thông minh rất bền, có tuổi thọ khá cao (các nhà cung cấp cho biết thẻ có thể được đọc và ghi lại tới 10.000 lần trước khi bị hỏng).
Việc thử nghiệm trước khi đưa thẻ vào sử dụng là vô cùng quan trọng. Ví như một đơn đặt hàng lớn đạt tới 1 triệu thẻ với chi phí £ 1.000.000 . Nếu để có một lỗi nghiêm trọng cần phải làm lại và thay thế các thẻ một quá trình được biết đến kèm theo tổn thất rất lớn và nghiêm trọng. Đây là một trong những lý do nên xây dựng trong việc thử nghiệm và quản lý từ xa. Có thể quyết định ứng dụng và không thay đổi với một số lỗi nhỏ, nhưng điều này chỉ có ý nghĩa khi vòng đời của thẻ ngắn. Còn chẳng hạn như thẻ SIM không có ngày hết hạn hoặc vòng đời của nó là lâu dài thì thực sự đáng quan tâm lo ngại.. Một công ty sẽ muốn có một dịch vụ mới kiểu dáng mới tuyệt vời để đạt được tất cả khách hàng của mình. Những nhà cũng cấp với dịch vụ kém không cập nhật những tính năng cũng như ứng dụng thường xuyên sẽ không có khách hàng.
Thẻ thông minh không chỉ phải đối mặt với vấn đề có nhiều định dạng khác nhau mà phần cứng cũng là vấn đề cần giải quyết. Những quầy bán lẻ không thể có tình trạng có nhiều thiết bị đọc khác nhau. Một vấn đề đau đầu khác là tính riêng tư. Những đặc điểm y học hay thông tin cá nhân lưu trên thẻ có thể giảm bớt khối lượng hồ sơ lưu trữ, có điều nếu thông tin này rơi vào tay những kẻ xấu thì có thể gây tổn hại cho người dùng. Các nhà quản trị CNTT cần phải đặt vấn đề này với những nhà quản trị doanh nghiệp để có chính sách bảo vệ dữ liệu nhằm xoa dịu nỗi e ngại của khách hàng. Một số nhóm công nghiệp đang hợp tác và cạnh tranh nhau trong việc thiết lập các tiêu chuẩn, có thể kể ra như Hiệp Hội Thẻ Thông Minh (SCIA), Diễn Đàn Thẻ Thông Minh (SCF) và Liên Minh Thẻ Có Chip Toàn Cầu (GCA) và đều có định chế tài chính riêng cho các thành viên của mỗi nhóm. Nhiệm vụ của những nhóm này là thúc đẩy mạnh hơn nữa việc dùng thẻ thông minh ở Mỹ, châu Âu nhưng họ không thống nhất được về các tiêu chuẩn cho thiết bị đọc thẻ, mạng bảo mật và định dạng dữ liệu. Ba nhóm này đã gặp nhau vào tháng
11/98 để thảo luận về phương thức hợp tác tốt hơn. Cho đến nay chỉ mới có các công ty về thẻ tín dụng là đã hiện thực công nghệ này. Chẳng hạn, Visa International đang khảo sát ba chương trình thử nghiệm cho phép người dùng gắn thẻ vào các thiết bị đọc gắn với PC để mua hàng trên Net.