VCS Bạch Đằng đang là nơi phát triển kinh tế sôi động. Tuy nhiên, việc quản lý tài nguyên, môi trƣờng và đặc biệt là quản lý sử dụng hợp lý không gian còn có những tồn tại.
Hoạt động của con ngƣời đã làm thay đổi hình thái địa hình và biến dạng cảnh quan tự nhiên; thay đổi mạng lƣới thuỷ văn sông và tải lƣợng và phân bố nƣớc, bồi tích từ lục địa ra biển; thay đổi hình dạng và cân bằng động lực bờ biển; suy giảm và cạn kiệt tài nguyên thiên nhiên; suy thoái các hệ sinh thái, đặc biệt là rừng ngập mặn và thảm cỏ biển, làm suy giảm chất lƣợng môi trƣờng sống và đôi nơi gây tổn hại cho các di sản văn hoá nhƣ Đầu Rằm (Quảng Ninh) và Tràng Kênh (Hải Phòng). Hoạt
động nhân tác còn góp phần gia tăng qui mô, cƣờng độ và tính chất bất thƣờng của các thiên tai nhƣ xói lở bờ sông, bờ biển, sa bồi, ngập lụt, nhiễm mặn. Không chỉ thiên tai, đôi khi xảy ra các vụ tai nạn va đâm, chìm tàu đe doạ tràn dầu và hoá chất gây ảnh hƣởng lớn môi trƣờng và sinh thái. Hệ thống đê biển khép kín vùng cửa sông; vùng triều bị quai lấn trên diện rộng cho khai hoang nông nghiệp và nuôi trồng nƣớc lợ làm mất không gian bồi lắng phù sa; rừng đầu nguồn bị tàn phá làm tăng xói mòn và lƣợng bồi tích đƣa ra ven bờ. Việc đắp đập Đình Vũ ngăn sông Cấm vào năm 1981 làm thay đổi sâu sắc cân bằng bồi tích và điều kiện động lực cửa sông là một trong những nguyên nhân quan trọng góp phần gây sa bồi luồng cảng Hải Phòng.
VCS đã đƣợc quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế xã hội đến năm 2020 và định hƣớng đến 2025 của thành phố Hải Phòng và tỉnh Quảng Ninh (Thủ tƣớng Chính phủ, 2006 và 2013).