Theo kết quả nghiên cứu, kể từ khi quyết định 4139/QĐ-BYT được ban hành ngày 2/11/2011, việc lựa chọn phác đồ bậc 1 cho các bệnh nhân khi bắt đầu điều trị đã có nhiều thay đổi. Cụ thể, tỷ lệ sử dụng phác đồ chứa TDF đã tăng từ 14,3% lên 89,5% (gấp khoảng 6 lần). Các phác đồ chứa AZT không còn giữ vai trò là phác đồ
lựa chọn chính cho các bệnh nhân bắt đầu điều trị ARV, tỷ lệ bệnh nhân sử dụng phác đồ này giảm từ 66,7% xuống 10,5%. Sau tháng 11/2011, không có bệnh nhân nào trong quần thể nghiên cứu bắt đầu điều trị ARV bằng phác đồ chứa d4T. Xu hướng thay đổi này trong quần thể nghiên cứu phù hợp với các khuyến cáo trong Hướng dẫn chẩn đoán và điều trị HIV/AIDS của Bộ Y tế được sửa đổi bổ sung năm 2011 và khuyến cáo của WHO năm 2013. Các khuyến cáo này được đưa ra dựa trên kết quả từ tổng quan hệ thống được thực hiện bởi nhóm viết hướng dẫn điều trị WHO, thực hiện năm 2010. Theo kết quả từ tổng quan này, không có sự khác biệt về mặt hiệu quả giữa các phác đồ chứa TDF, AZT và d4T. Tuy nhiên về mặt độc tính, nguy cơ đối với phác đồ sử dụng d4T cao hơn phác đồ chứa 2 thuốc còn lại. Kết quả từ nghiên cứu cũng cho kết quả tương đồng. Mặc dù chưa so sánh được hiệu quả điều trị của các phác đồ chứa TDF, AZT và d4T nhưng về mặt TDKMM có thể thấy rằng tỷ lệ bệnh nhân gặp TDKMM dẫn tới chuyển phác đồ đối với TDF và AZT thấp hơn hẳn d4T.
Trên quần thể nghiên cứu, tỷ lệ bệnh nhân được điều trị bằng phác đồ chứa TDF chiếm đa số so với phác đồ chứa AZT: sau 1/11/2011, 89,5% bệnh nhân sử dụng phác đồ chứa TDF và 11,5% bệnh nhân sử dụng phác đồ chứa AZT. Mặt khác, theo kết quả phân tích đặc điểm về chức năng thận của bệnh nhân tại thời điểm bắt đầu điều trị, trong số 8 bệnh nhân sử dụng phác đồ chứa AZT (4 bệnh nhân ở giai đoạn sau 2/11/2011 đến 11/2012 và 4 bệnh nhân ở giai đoạn sau 11/2012), có 6 bệnh nhân không có chống chỉ định với TDF, 2 bệnh nhân không rõ thông tin về chống chỉ định do không có kết quả nồng độ creatinin trong máu. Trong số 8 bệnh nhân sử dụng phác đồ chứa AZT, có tới 2 bệnh nhân phải chuyển phác đồ ngay từ tháng thứ 1 và tháng thứ 3 do độc tính gây thiếu máu.
Nghiên cứu cũng tiến hành khảo sát việc lựa chọn phác đồ trên 2 đối tượng đặc biệt: các bệnh nhân đồng nhiễm lao và các bệnh nhân đồng nhiễm viêm gan virus B hoặc C. Kết quả cho thấy 100% các bệnh nhân nhiễm lao được bắt đầu điều trị với phác đồ chứa EFV. Đối với các bệnh nhân nhiễm virus viêm gan B hoặc C, ở giai
đoạn sau 2/11/2011, tỉ lệ sử dụng phác đồ chứa NVP đã giảm xuống: từ 42,9% ở giai đoạn trước 2/11/2011 xuống 5,0 % ở giai đoạn sau.
Việc lựa chọn giữa phác đồ chứa EFV và NVP ở các bệnh nhân HIV nói chung cũng như ở một số đối tượng đặc biệt còn có nhiều tranh cãi. Về hiệu lực, 2 thuốc cho tác dụng tương đương khi sử dụng phối hợp với các thuốc ARV khác. Tuy nhiên khi lựa chọn thuốc cần xem xét về nguy cơ về độc tính, tương tác thuốc và giá thành. Bệnh nhân sử dụng NVP có nguy cơ cao xuất hiện phát ban, hội chứng Steven-Johson và độc tính trên gan cao hơn các bệnh nhân sử dụng EFV. Mặt khác, nguy cơ độc tính trên gan được ghi nhận có nguy cơ cao hơn trên các bệnh nhân nữ có CD4 250 – 350 TB/mm3. EFV có thể được sử dụng 1 lần/ngày, dung nạp tốt nhưng giá thành cao hơn. Độc tính của EFV thường liên quan tới hệ thần kinh trung ương, và có thể gây quái thai nếu sử dụng trong 3 tháng đầu của thai kỳ (nhưng chưa được chứng minh) và phát ban. Phát ban do EFV thường nhẹ và có thể tự biến mất, thường không cần dừng điều trị. Các triệu chứng trên hệ thần kinh trung ương thường xuất hiện sớm và biến mất sau 2-4 tuần. EFV là lựa chọn ưu tiên cho đối tượng bệnh nhân lao đang điều trị bằng rifampicin [12].
Trước đây do e ngại độc tính gây quái thai của EFV, NVP thường được ưu tiên sử dụng cho các bệnh nhân đang mang thai hoặc dự định mang thai. Tuy nhiên trong hướng dẫn điều trị năm 2013, WHO kiến nghị rằng phác đồ phối hợp TDF/3TC/EFV có thể sử dụng ở cả đối tượng là phụ nữ có thai trong 3 tháng đầu thai kỳ. Việc sử dụng NVP ở phụ nữ có thai hoặc dự định có thai nên được cân nhắc do nguy cơ độc tính trên gan và phản ứng dị ứng.