Luận văn thạc sĩ phân tích đặc điểm sinh học phân tử gen NP gen NS của một số chủng virus cúm a h5n1 mới xuất hiện năm 2011 tại việt nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Phạm Thị Duyên PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC PHÂN TỬ GEN NP, GEN M VÀ GEN NS CỦA MỘT SỐ CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 MỚI XUẤT HIỆN NĂM 2011 TẠI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - Năm 2012 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Phạm Thị Duyên PHÂN TÍCH ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC PHÂN TỬ GEN NP, GEN M VÀ GEN NS CỦA MỘT SỐ CHỦNG VIRUS CÚM A/H5N1 MỚI XUẤT HIỆN NĂM 2011 TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã số: 60 42 40 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS LÊ THANH HÒA Hà Nội - Năm 2012 MỤC LỤC Trang DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA VI DANH MỤC CÁC BẢNG VIII DANH MỤC CÁC HÌNH XI MỞ ĐẦU CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 BỆNH CÚM GIA CẦM A/H5N1 1.1.1 Tình hình bệnh cúm A/H5N1 giới 1.1.2 Tình hình bệnh cúm A/H5N1 Việt Nam 1.2 ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC VIRUS CÚM A/H5N1 1.2.1 Phân loại danh pháp virus cúm A/H5N1 1.2.2 Cơ chế xâm nhiễm virus cúm A/H5N1 tế bào vật chủ 1.2.3 Dịch tễ học phân tử virus cúm A/H5N1 1.3 ĐẶC ĐIỂM CẤU TRÚC VÀ ĐẶC TÍNH DI TRUYỀN CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 12 1.3.1 Đặc điểm hình thái cấu tạo virus cúm A/H5N1 12 1.3.2 Đặc điểm sinh học phân tử hệ gen virus cúm A/H5N1 13 1.3.3 Hiện tượng cắt – ghép mRNA virus cúm A/H5N1 .17 1.4 CẤU TRÚC VÀ CHỨC NĂNG CÁC PROTEIN NP, M VÀ NS CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 21 1.4.1 Protein NP 21 1.4.2 Protein đệm M (matrix protein) 22 1.4.3 Protein phi cấu trúc NS (non structural protein) 24 1.5 TẦM QUAN TRỌNG CỦA NGHIÊN CỨU ĐẶC TÍNH VÀ BIẾN ĐỔI DI TRUYỀN CÁC GEN NP, M VÀ NS CỦA VIRUS CÚM A/H5N1 25 i CHƢƠNG 2: NGUYÊN LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 2.2 27 Nguyên liệu 27 2.1.1 Mẫu bệnh phẩm 27 2.1.2 Dụng cụ, trang thiết bị 27 2.1.3 Hoá chất 27 Phƣơng pháp nghiên cứu 27 2.2.1 Tách chiết RNA tổng số (genomic RNA) 28 2.2.2 Thực phản ứng RT-PCR 30 2.2.3 Kĩ thuật dịng hố (cloning) 31 2.2.4 Giải trình tự 32 2.5 Đối chiếu so sánh xử lí số liệu 33 2.2.6 Xử lý số liệu chương trình tin-sinh học 33 CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 34 3.1 Thu nhận, giải mã gen NP, gen M, gen NS virus cúm A/H5N1 chủng Dk-VN-QT800 Dk-VN-QT1603 34 3.1.1 Tách RNA tổng số thực phản ứng RT-PCR 34 3.1.2 Thực RT-PCR, thu nhận giải trình tự gen NP 35 3.1.3 Thực RT-PCR, thu nhận giải trình tự gen M 37 3.1.4 Thực RT-PCR, thu nhận giải trình tự gen NS 39 3.2 Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả hệ chủng Dk-VN-QT800 Dk-VN-QT1603 với chủng Việt Nam giới 41 3.2.1 Phân tích gen NP 41 3.2.2 Phân tích gen M 48 3.2.3 Phân tích gen NS 56 3.3 Thảo luận chung 64 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 67 ii TÀI LIỆU THAM KHẢO 69 PHỤ LỤC iii DANH MỤC CÁC KÍ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA Ký hiệu Tiếng Anh Thuật từ/Cách dùng nghĩa tiếng Việt Aa Amino acid Axit amin Bp Base pair Cặp bazơ Ck Chicken Gà Da Dalton Đơn vị tính trọng lượng phân tử protein Dk Duck Vịt DNA Deoxyribonucleic Acid Axit deoxyribonucleic dNTP Deoxy Nucleotide Triphosphate nt Tiền chất dNTP cho phản ứng PCR nucleotide đơn phân cấu tạo Gs Goose Ngỗng HA Haemagglutinin Ngưng kết hồng cầu Kb Kilo base Kilo bazơ LB Luria-Bertani Môi trường Luria-Bertani nuôi cấy vi khuẩn LPAI Low Pathogenic Avian Influenza Cúm gia cầm thể độc lực thấp M Matrix Protein đệm MDk Muscovy duck Ngan MEGA Molecular Evolutionary Genetics Chương trình phân tích tiến hóa Analysis gen NA Neuraminidase Enzym phân giải sialic NT Nucleotide Nucleotit NEP Nuclear Export Protein Protein vận chuyển NP Nucleoprotein Protein nhân NS Non structural protein Protein không cấu trúc PA Polymerase acidic protein Enzym polymerase có tính axit PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng PCR RNA Ribonucleic Acid Axit ribonucleic RNP Ribonucleoprotein Tổ hợp protein liên kết ribonucleic RT-PCR Reverse Transcription-Polymerase Phản ứng PCR ngược Chain Reaction (-)ssRNA Negative single-strand Ribonucleic ARN sợi đơn âm Acid TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-Acetate-EDTA TNF-α Tumor Necrosis Factor-α Yếu tố α gây hoại tử khối u WHO World Health Organization Tổ chức Y tế giới DANH MỤC CÁC BẢNG TT 1.1 Tên bảng Thống kê dịch cúm gia cầm Việt Nam từ năm 20072010……………………………………………………………… 2.1 Trang Danh sách mồi sử dụng thu nhận, lưu giữ giải mã gen NP, gen M gen NS virus cúm A/H5N1 ……… 29 2.2 Thành phần phản ứng RT-PCR ………………………………… 30 2.3 Thành phần phản ứng nối ……………………………………… 31 3.1 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng gen NP phân tích so sánh thành phần gen mối quan hệ nguồn gốc phả hệ ………………………………… 3.2 42 Vị trí sai khác nucleotide amino acid gen NP chủng DkVN-QT800 chủng Dk-VN-QT1603 với 20 chủng virus cúm A/H5N1 đăng kí Ngân hàng gen ………………………… 3.3 44 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen NP số chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới ………………… 3.4 46 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng gen M phân tích so sánh thành phần gen mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 3.5 49 Vị trí sai khác nucleotide amino acid gen M1 gen M2 chủng Dk-VN-QT800 chủng Dk-VN-QT1603 so với 20 chủng virus cúm A/H5N1 khác 3.6 50 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen M1 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 3.7 53 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen M2 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 54 3.8 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng gen NS phân tích so sánh thành phần gen 3.9 57 mối quan hệ nguồn gốc phả hệ Vị trí sai khác nucleotide amino acid gen NS1 chủng DkVN-QT800 chủng Dk-VN-QT1603 so với 20 chủng virus cúm A/H5N1 khác 3.10 58 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen NS1 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 3.11 61 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen NS2 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 62 DANH MỤC CÁC HÌNH TT Tên hình Trang 1.1 Sơ đồ danh pháp quốc tế chủng virus cúm A ……………… 1.2 Cơ chế xâm nhiễm virus cúm A/H5N1 tế bào chủ ……… 1.3 Đa nhiễm clade virus cúm A/H5N1 thể độc lực cao Viết Nam từ 2001 – 2007 11 1.4 Ảnh chụp mơ hình tiểu phần virus cúm A ………………… 12 1.5 Mơ hình cấu trúc hệ gen virus cúm A/H5N1 ………………… 13 1.6 Mơ hình minh hoạ tượng cắt – ghép mRNA phân đoạn (gen M) virus cúm A/H5N1 ………………………………… 1.7 18 Cơ chế hợp phần polymerase virus cúm A gây tượng chuyển đổi cấc vị trí mối cắt - ghép trình cắt – ghép mRNA M1 virus …………………………………… 1.8 1.9 1.10 1.11 2.1 2.2 2.3 3.1 3.2 19 Mơ hình minh hoạ tượng cắt – ghép mRNA phân đoạn (gen NS) virus cúm A ……………………………………… 20 Mơ hình vị trí domain protein NP virus cúm A/H5N1 ……………………………………………………… 22 Sự thay đổi pH nhờ protein kênh ion M2 trình “cởi áo” virus cúm A ………………………………………… 23 Cấu trúc bậc NS1 mô hình phức hợp NS1 dsRNA 24 Sơ đồ q trình nghiên cứu phân tích gen: gen NP, gen M, gen NS virus cúm A/H5N1 ………………………… 28 Sơ đồ bố trí mồi để thu nhận phân đoạn gen P, gen M, gen NS virus cúm A/H5N1 …………………………… 29 Sơ đồ cấu tạo vector pCR®2.1TOPO (Invitrogen) …………… 31 Kết điện di kiểm tra RNA tổng số chủng Dk-VN-QT800 chủng Dk-VN_QT1603 ……………………………… 34 Kết điện di kiểm tra sản phẩm RT-PCR DNA plasmid tái tổ hợp gen NP ……………………………………………… 35 NS1 Protein Changes the Pathogenicity of H5N1 Avian Influenza Viruses in Mice", J Virol, 82(3), pp 1146-1154 84 Zhu Q, Yang H, Chen W, Cao W, Zhong G, Jiao P, Deng G, Yu K, Yang C, Bu Z, Kawaoka Y, Chen H (2008), "A naturally occurring deletion in its NS gene contributes to the attenuation of an H5N1 swine influenza virus in chickens", J Virol, 82(1), pp 220-228 TRANG WEB 85 http://www.cucthuy.gov.vn/ 86 http://www.flu.lanl.gov/ 87 http://www.microbiologybytes.com/virology/Orthomyxoviruses.html 88 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Phụ lục 1: TRÌNH BÀY TRÌNH TỰ GEN NP, GEN M, GEN NS CỦA CHỦNG Dk-VN-QT1603-2011 (Dòng thành phần nucleotide, dòng amino acid tương ứng biểu thị chữ (1 chữ cái) ký hiệu chúng) A Gen NP * 20 * 40 * 60 * ATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTATGAACAGATGGAAACTGGTGGAGAGCGCCAGAATGCTACTGAGATC M A S Q G T K R S Y E Q M E T G G E R Q N A T E I> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 80 * 100 * 120 * 140 * AGGGCATCGGTTGGAAGAATGGTTAGTGGCATTGGGAGGTTCTACATACAGATGTGCACAGAACTCAAACTCAGT R A S V G R M V S G I G R F Y I Q M C T E L K L S> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 160 * 180 * 200 * 220 GACTATGAAGGGAGACTGATCCAGAATAGCATAACAATAGAGAGAATGGTACTTTCTGCATTTGATGAAAGGAGA D Y E G R L I Q N S I T I E R M V L S A F D E R R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 240 * 260 * 280 * 300 AACAGGTACCTAGAAGAACACCCCAGTGCGGGGAAGGACCCGAAGAAAACTGGAGGTCCAATTTATCGAAGGAGA N R Y L E E H P S A G K D P K K T G G P I Y R R R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 320 * 340 * 360 * GACGGAAAATGGGTGAGGGAGCTGATTCTGTACGACAAAGAGGAGATCCGGAGGATTTGGCGCCAAGCTAACAAT D G K W V R E L I L Y D K E E I R R I W R Q A N N> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 380 * 400 * 420 * 440 * GGAGAGGACGCAACTGCTGGCCTTACCCACCTGATGATATGGCATTCCAATCTAAATGATGCCACATATCAGAGA G E D A T A G L T H L M I W H S N L N D A T Y Q R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 460 * 480 * 500 * 520 ACGAGAGCTCTCGTGCGTACCGGAATGGACCCCAGAATGTGCTCTCTGATGCAAGGATCAACCCTCCCGAGGAGA T R A L V R T G M D P R M C S L M Q G S T L P R R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 540 * 560 * 580 * 600 TCTGGGGCTGCCGGTGCAGCAGTGAAGGGGGTAGGAACAATGGTGATGGAGCTGATTCGGATGATAAAACGAGGG S G A A G A A V K G V G T M V M E L I R M I K R G> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 620 * 640 * 660 * ATCAACGACCGGAATTTCTGGAGAGGCGAAAATGGAAGAAGAACAAGGATTGCATATGAGAGAATGTGCAACATC I N D R N F W R G E N G R R T R I A Y E R M C N I> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 680 * 700 * 720 * 740 * CTCAAAGGGAAATTCCAAACAGCTGCACAAAGAGCAATGATGGATCAAGTGCGAGAGAGCAGAAATCCTGAGAAT L K G K F Q T A A Q R A M M D Q V R E S R N P E N> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 760 * 780 * 800 * 820 GCTGAAATTGAAGATCTCATTTTTCTGGCACGGTCTGCACTCATCCTGAGAGGATCAGCAGCCCATAAGTCTTGC A E I E D L I F L A R S A L I L R G S A A H K S C> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 840 * 860 * 880 * 900 TTGCCTGCTTGTGTGTACGGGCTTGCAGTGGCCAGTGGATATGACTTTGAGAGAGAAGGATACTCTCTGGTTGGA L P A C V Y G L A V A S G Y D F E R E G Y S L V G> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 920 * 940 * 960 * ATAGATCCCTTCCGTCTGCTTCAAAACAGCCAGGTCTTCAGTCTCATTAGGCCAAATGAAAATCCAGCACATAAG I D P F R L L Q N S Q V F S L I R P N E N P A H K> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 980 * 1000 * 1020 * 1040 * AGCCAATTAGTGTGGATGGCATGCCACTCTGCAGCGTTCGAGGACCTTAGAGTCTCAAGCCTCATCAGAGGGACA S Q L V W M A C H S A A F E D L R V S S L I R G T> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 1060 * 1080 * 1100 * 1120 AGAGTGGTCCCAAGAGGACAGCTATCCACCAGAGGGGTTCAAATTGCTTCAAATGAGAATATGGAAGCAATGGAC R V V P R G Q L S T R G V Q I A S N E N M E A M D> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 1140 * 1160 * 1180 * 1200 TCCAACACTCTTGAACTGAGAAGTAGATATTGGGCTATAAGAACCAGGAGCGGAGGGAACACCAATCAACAGAGG S N T L E L R S R Y W A I R T R S G G N T N Q Q R> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 1220 * 1240 * 1260 * GCATCTGCAGGACAGATCAGCGTTCAGCCTACTTTCTCGGTGCAGAGAAACCTCCCATTCGAAAGAGCGACCATT A S A G Q I S V Q P T F S V Q R N L P F E R A T I> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 1280 * 1300 * 1320 * 1340 * ATGGCAGCATTTACAGGAAATACTGAAGGCAGGACGTCTGACATGAGGACTGAAATCATAAGAATGATGGAAAGT M A A F T G N T E G R T S D M R T E I I R M M E S> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > 1360 * 1380 * 1400 * 1420 GCCAGACCAGAAGATGTGTCATTCCAAGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACGAACCCGATC A R P E D V S F Q G R G V F E L S D E K A T N P I> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > * 1440 * 1460 * 1480 * GTGCCTTCCTTTGACATGAATAATGAGGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACAATTAA : 1497 V P S F D M N N E G S Y F F G D N A E E Y D N *> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-NP(1497BP) > B Gen M * 20 * 40 * 60 * ATGAGTCTTCTAACCGAGCTCGAAACGTACGTTCTCTCTATCATCCCATCAGGCCCCCTCAAAGCCGAGATCGCG M S L L T E L E T Y V L S I I P S G P L K A E I A> > TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) M S L L T E L E T Q 80 * 100 * 120 * 140 * CAGAAACTTGAGGATGTATTTGCAGGAAAGAACACCGATCTCGAGGCTCTCATGGAGTGGCTAAAGACAAGACCA K L E D V F A G K N T D L E A L M E W L K T R P> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) > 160 * 180 * 200 * 220 ATCCTGTCACCTCTGACTAAAGGGATCTTGGGATTTGTATTCACGCTCACCGTGCCCAGTGAGCGAGGACTGCAG I L S P L T K G I L G F V F T L T V P S E R G L Q> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) > R * 240 * 260 * 280 * 300 CGTAGACGTTTTGTCCAGAATGCCCTAAATGGAAATGGAGATCCAAATAATATGGATAGGGCAGTTAAGCTATAT R R F V Q N A L N G N G D P N N M D R A V K L Y> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) > * 320 * 340 * 360 * AAGAAGCTGAAAAGAGAAATAACATTCCATGGAGCTAAGGAGGTTGCACTCAGTTACTCAACCGGTGCACTTGCC K K L K R E I T F H G A K E V A L S Y S T G A L A> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) > 380 * 400 * 420 * 440 * AGCTGCATGGGTCTCATATACAACAGGATGGGAACGGTGACTACGGAAGTGGCTTTTGGCCTAGTGTGTGCCACC S C M G L I Y N R M G T V T T E V A F G L V C A T> > TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) 460 * 480 * 500 * 520 TGTGAGCAGATTGCAGATTCACAGCATCGGTCTCACAGACAGATGGCAACCATCACCAACCCACTAATCAGGCAT C E Q I A D S Q H R S H R Q M A T I T N P L I R H> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) > * 540 * 560 * 580 * 600 GAGAACAGAATGGTGCCGGCCAGCACTACAGCTAAGGCTATGGAGCAGATGGCGGGATCAAGTGAGCAGGCAGCA E N R M V P A S T T A K A M E Q M A G S S E Q A A> > TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) * 620 * 640 * 660 * GAAGCCATGGAGGTCGCCAATCAGGCTAGACAGATGGTGCAGGCAATGAGGACAATTGGGACTCATCCTAACTCT E A M E V A N Q A R Q M V Q A M R T I G T H P N S> > TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) 680 * 700 * 720 * 740 * AGTGCTGGTCTGAGAGATAATCTTCTTGAAAATTTGCAGGCCTACCAGAAAAGAATGGGAGTGCAGATGCAGCGA S A G L R D N L L E N L Q A Y Q K R M G V Q M Q R> > TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-M1(759BP) P T R K E W E C R C S D> Dk-VN-QT1603-2011-M2(294BP) > 760 * 780 * 800 * 820 TTCAAGTGATCCTCTTGTTGTTGCCGCAAGTATCATTGGGATCTTGCACTTGATATTGTGGATTCTTGATCGTCT S S D P L V V A A S I I G I L H L I L W I L D R L> Dk-VN-QT1603-2011-M2(294BP) > * 840 * 860 * 880 * 900 TTTCTTCAAATGCATTTATCGTCGCCTTAAATACGGTTTGAAAAGAGGGCCTTCTACGGAAGGGGTACCGGAGTC F F K C I Y R R L K Y G L K R G P S T E G V P E S> > Dk-VN-QT800-2011-M2(294BP) * 920 * 940 * 960 * TATGAGGGAAGAGTACCGGCAGGAACAGCAGAATGCTGTGGATGTTGACGATGGTCATTTTGTCAACATAGAATT M R E E Y R Q E Q Q N A V D V D D G H F V N I E L> > Dk-VN-QT800-2011-M2(294BP) 980 * GGAGTAAAAAACTACCTTGTTTA : 998 E *> > C Gen NS * 20 * 40 * 60 * ATGGATTCCAACACTGTGTCAAGCTTTCAGGTAGACTGCTTCCTTTGGCATGTCCGCAAACGATTTGCAGACCAA M D S N T V S S F Q V D C F L W H V R K R F A D Q> > M D S N T V S S F Q DK-VNQT1603-NS2(366BP) > 80 * 100 * 120 * 140 GAACTGGGTGATGCCCCATTCCTTGACCGGCTTCGCCGAGATCAGAAGTCCCTAAGAGGAAGAGGCAACACTCTT E L G D A P F L D R L R R D Q K S L R G R G N T L> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-2011-NS1(678BP) * > 160 * 180 * 200 * 220 GGTCTGGACATCGAAACAGCTACTCGTGCGGGGAAACAGATAGTGGAGCGGATTCTGGATGAGGAATCTGATGAG G L D I E T A T R A G K Q I V E R I L D E E S D E> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-2011-NS1(678BP) > * 240 * 260 * 280 * 300 GCACTTAAAATGCCGACTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGATTGGTTCATGCTC A L K M P T S R Y L T D M T L E E M S R D W F M L> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-2011-NS1(678BP) > * 320 * 340 * 360 * ATGCCCAGGCAGAAAGTGGTGGGTTCCCTTTGCACCAAAATGGACCAGGCAATGATGGATAAAACCGTCATATTG M P R Q K V V G S L C T K M D Q A M M D K T V I L> > TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-2011-NS1(678BP) 380 * 400 * 420 * 440 * AAAGCAAACTTCAGTGTGATTTTTGACCGATTAGAAACCCTAATACTGCTTAGAGCTTTCACAGAAGAAGGAGCA G K A N F S V I F D R L E T L I L L R A F T E E TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-2011-NS1(678BP) A> > 460 * 480 * 500 * 520 ATCGTGGGAGAAATCTCACCATTACCTTCTCTTTCAGGACATACTAGGGAGGATGTCAAAAATGCAATTGGCGTC I V G E I S P L P S L S G H T R E D V K N A I G V> > TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-2011-NS1(678BP) D I L G R M S K M Q L A DK-VN-QT1603-NS2(366BP) S> > * 540 * 560 * 580 * 600 CTCATCGGAGGACTTGAATGGAATGATAACACAGTTAGGATCTCTGAAACTATACAGAGATTCGCTTGGAGAAGC L I G G L E W N D N T V R I S E T I Q R F A W R S> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-2011-NS1(678BP) > S S E D L N G M I T Q L G S L K L Y R D S L G E A> DK-VN-QT1603-NS2(366BP) > * 620 * 640 * 660 * AGTGATGAGGGTGGGAGACTTCCACTCCCTCCAAATCAGAAACGGAAAATGGCGAGAACAATTGAGTCAGAGGTT S D E G G R L P L P P N Q K R K M A R T I E S E V> TRANSLATION OF Dk-VN-QT1603-2011-NS1(678BP) > V M R V G D F H S L Q I R N G K W R E Q L S Q R F> > DK-VN-QT1603-NS2(366BP) 680 * 700 * 720 * 740 * TGAAGAAATAAGGTGGCTGATTGAAGAAGTACGACATAGATTGAAAATTACAGAAAACAGCTTCGAACAGATAAC *> DK-VN-QT1603-NS2(366BP) E E I R W L I E E V R H R L K I T E N S F E Q > I T> 760 * 780 * 800 * 820 GTTCATGCAAGCCTTACAACTACTGCTTGAAGTGGAGCAAGAGATAAGAGCCTTCTCGTTTCAGCTTATTTAATG F M Q A L Q L L L E V E Q E I R A F S F Q L I *> DK-VN-QT1603-NS2(366BP) > * 840 ATAAAAAACACCCTTGTTTCTACT : 849 Phụ lục 2: SO SÁNH TRÌNH TỰ THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ AMINO ACID GEN NP, M VÀ NS GIỮA CHỦNG DK-VN-QT800 VÀ DK-VN-QT1603 VỚI CÁC CHỦNG VIỆT NAM VÀ THẾ GIỚI A GEN NP a Nucleotide (rút gọn) Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 ATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTATGAACAGATGGAAACTGGTGGAGAGCGCCAGAATGCTACTGAGATCAGGGCATCGGTTGGAAGAATGGTTAGTGGCATT .G G C G C.G A A T C G C A C G C A C C A A .A T C T T C C T T T A T .G .T T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 108 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * GGGAGGTTCTACATACAGATGTGCACAGAACTCAAACTCAGTGACTATGAAGGGAGACTGATCCAGAACAGCATAACAATAGAGAGAATGGTACTTTCTGCATTTGAT T G A .C .A .C .A A .C .A A .A G .C .A .A T G G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 216 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1300 * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * 1400 ACTGAAGGCAGGACGTCTGACATGAGGACTGAAATCATAAGAATGATGGAAAGTGCCAGACCAGAAGATGTGTCATTCCAAGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGAT C C C G T C .G A G C C C .G A G C .G A G C .G A G C C .G A A .T .G A .A C A G C A G C .G A G C A G C .G A G C .G A G C A .C .G A G C .G A G C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 1404 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 1420 * 1440 * 1460 * 1480 * GAAAAGGCAACGAACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAATAATGAGGGGTCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACAATTAA .A A C .A A A A A A A A R A .A A A A A A G A A A A A A A A A A .C . - : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1497 1488 Md-Vietnam : .A A . - : 1486 Dk-VN-208- : .A A : 1497 b Amino acid (rút gọn) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 Dk-VN-QT80 : MASQGTKRSYEQMETGGERQNATEIRASVGRMVSGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNRYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRR : 100 Dk-VN-QT16 : : 100 Md-VN-LBM1 : : 100 Md-VN-LBM1 : : 100 EVM-Hunan- : : 100 Eurasian-e : G H : 100 A-Hubei-1- : : 100 Ck-Jiangsu : : 100 Dk-Hokkaid : H : 100 Dk-Hokkaid : H : 100 Great-cres : : 100 Water-Huna : : 100 Water-Hebe : : 100 Water-Xinj : : 100 Grey-heron : : 100 Ck-Hunan-2 : : 100 Black-crow : : 100 A-VN-HN313 : : 100 A-VN-UT312 : N : 100 Little-egr : : 100 Md-Vietnam : G : 100 Dk-VN-208- : .S : 100 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 120 * 140 * 160 * 180 * 200 DGKWVRELILYDKEEIRRIWRQANNGEDATAGLTHLMIWHSNLNDATYQRTRALVRTGMDPRMCSLMQGSTLPRRSGAAGAAVKGVGTMVMELIRMIKRG R : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 200 * 320 * 340 * 360 * 380 * 400 Dk-VN-QT80 : IDPFRLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGTRVVPRGQLSTRGVQIASNENMEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQR : 400 Dk-VN-QT16 : .L : 400 Md-VN-LBM1 : : 400 Md-VN-LBM1 : : 400 EVM-Hunan- : : 400 Eurasian-e : T : 400 A-Hubei-1- : : 400 Ck-Jiangsu : : 400 Dk-Hokkaid : T : 400 Dk-Hokkaid : T : 400 Great-cres : .R .N : 400 Water-Huna : : 400 Water-Hebe : T : 400 Water-Xinj : : 400 Grey-heron : : 400 Ck-Hunan-2 : : 400 Black-crow : : 400 A-VN-HN313 : S : 400 A-VN-UT312 : : 400 Little-egr : : 400 Md-Vietnam : A : 400 Dk-VN-208- : : 400 * 420 * 440 * 460 * 480 * Dk-VN-QT80 : ASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATIMVAFTGNTEGRTSDMRTEIIRMMESARPEDVSFQGRGVFELSDEKATNPIVPSFDMNNEGSYFFGDNAEEYDN : 498 Dk-VN-QT16 : A : 498 Md-VN-LBM1 : A : 498 Md-VN-LBM1 : A : 498 EVM-Hunan- : A : 498 Eurasian-e : A : 498 A-Hubei-1- : A : 498 Ck-Jiangsu : A : 498 Dk-Hokkaid : A : 498 Dk-Hokkaid : A : 498 Great-cres : A : 498 Water-Huna : A .- : 497 Water-Hebe : A : 498 Water-Xinj : A : 498 Grey-heron : A : 498 Ck-Hunan-2 : A : 498 Black-crow : A : 498 A-VN-HN313 : A : 498 A-VN-UT312 : A : 498 Little-egr : A L . : 496 Md-Vietnam : A - : 495 Dk-VN-208- : A : 498 B GEN M1 a Nucleotide (rút gọn) * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : ATGAGTCTTCTAACCGAGGTCGAAACGTACGTTCTCTCTATCATCCCATCAGGCCCCCTCAAAGCCGAGATCGCGCAGAAACTTGAGGATGTATTTGCAGGAAAGAACACCGATC c A A T T G C G T G C G T T G C G T T G C G T G C T T G C .G A C G .G C C .G C .G C .G C C C .G A C .G C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * TCGAGGCTCTCATGGAGTGGCTAAAGACAAGACCAATCCTGTCACCTCTGACTAAAGGGATCTTGGGATTTGTATTCACGCTCACCGTGCCCAGTGAGCGAGGACTGCAGCGTAG .T .T T A G G .G T .A G A G .G .T .G T A .G T .T C T .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * 680 * GGCGGGATCAAGTGAGCAGGCAGCAGAAGCCATGGAGGTCGCCAATCAGGCTAGACAGATGGTGCAGGCAATGAGGACAATTGGGACTCATCCTAACTCTAGTGCTGGTCTGAGA .A G A G G A C A G .T G .T C .A G C A G .T G .T C A G .T G .T C C A G .T G .T C C A G .T G .T C G .T G C G AA T G C G .T G G C G .T G C G .T G C G .T G C G .T G A C G .T G A G T T G C C G .T G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 690 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 700 * 720 * 740 * GATAATCTTCTTGAAAATTTGCAGGCCTACCAGAAAAGAATGGGAGTGCAGATGCAGCGATTCAAGTGA C C C C A C A C .C C G C C A .C C C C A C C C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 759 b Amino acid DK-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Water-Huna Great-cres Water-Hebe Water-Xinj Ck-Hunan-2 Black-crow Grey-heron Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-VN-1455 Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 MSLLTEVETYVLSIIPSGPLKAEIAQKLEDVFAGKNTDLEALMEWLKTRPILSPLTKGILGFVFTLTVPSERGLQRRRFVQNALNGNGDPNNMDRAVKLY S : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 * 120 * 140 * 160 * 180 * 200 DK-VN-QT80 : KKLKREITFHGAKEVALSYSTGALASCMGLIYNRMGTVTTEVAFGLVCATCEQIADSQHRSHRQMATITNPLIRHENRMVLASTTAKAMEQMAGSSEQAA : 200 DK-VN-QT16 : P : 200 Md-VN-LBM1 : : 200 Md-VN-LBM1 : : 200 EVM-Hunan- : : 200 Eurasian-e : : 200 A-Hubei-1- : : 200 Ck-Jiangsu : A : 200 Dk-Hokkaid : : 200 Dk-Hokkaid : : 200 Water-Huna : : 200 Great-cres : : 200 Water-Hebe : : 200 Water-Xinj : : 200 Ck-Hunan-2 : : 200 Black-crow : : 200 Grey-heron : : 200 Little-egr : : 200 A-VN-HN313 : : 200 A-VN-UT312 : : 200 Md-VN-1455 : : 200 Dk-VN-208- : : 200 * 220 * 240 * DK-VN-QT80 : EAMEVANQARQMVQAMRTIGTHPNSSAGLRDNLLENLQAYQKRMGVQMQRFK : 252 DK-VN-QT16 : : 252 Md-VN-LBM1 : : 252 Md-VN-LBM1 : : 252 EVM-Hunan- : : 252 Eurasian-e : : 252 A-Hubei-1- : T : 252 Ck-Jiangsu : : 252 Dk-Hokkaid : : 252 Dk-Hokkaid : : 252 Water-Huna : : 252 Great-cres : : 252 Water-Hebe : : 252 Water-Xinj : : 252 Ck-Hunan-2 : : 252 Black-crow : : 252 Grey-heron : : 252 Little-egr : : 252 A-VN-HN313 : : 252 A-VN-UT312 : : 252 Md-VN-1455 : : 252 Dk-VN-208- : : 252 C GEN M2 a Nucleotide Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGAGTCTTCTAACCGAGGTCGAAACGCCTACCAGAAAAGAATGGGAGTGCAGATGCAGCGATTCAAGTGATCCTCTTGTTGTTGCCGCAAGTATCATTGGGATCTTGCACTTGA c C T C C T C T A C A C C G A C C A .C C C C A C C C C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * TATTGTGGATTCTTGATCGTCTTTTCTTCAAATGCATTTATCGTCGCCTTAAATACGGTTTGAAAAGAGGGCCTTCTACGGAAGGGGTACCGGAGTCTATGAGGGAAGAGTACCG T .T .T .T .T .T T .C .T .T .T .T .T .T .T .T .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 240 * 260 * 280 * GCAGGAACAGCAGAATGCTGTGGATGTTGACGATGGTCATTTTGTCAACATAGAATTGGAGTAA G .G A G .G G .G G .G G .G G G G G G G G A G A G G G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 294 b Amino acid Dk-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Ck-Hunan-2 Black-crow A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * MSLLTEVETPTRKEWECRCSDSSDPLVVAASIIGILHLILWILDRLFFKCIYRRLKYGLKRGPSTEGVPESMREEYRQEQQNAVDVDDGHFVNIELE L N F S S N S N F S N F S .KN K .S N S.G N .G .N N S N S .H N S N A S N K .S N S N S N S N S : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 D GEN NS1 a Nucleotide (rút gọn) DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGGATTCCAACACTGTGTCAAGCTTTCAGGTAGACTGCTTCCTTTGGCATGTCCGCAAACGATTTGCAGACCAAGAACTGGGTGATGCCCCATTCCTTGACCGGCTTCGCCGAG C .C T T .C .T .T .T .T .T .T .G .T .T .T T .T .T .T .T .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * ATCAGAAGTCCCTAAGAGGAAGAGGCAACACTCTTGGTCTGGACATCGAAACAGCTACTCGTGCGGGGAAACAGATAGTGGAGCGGATTCTGGATGAGGAATCTGATGAGGCACT .C G C .G G A G G .G G C .G G A G .A .C A .A G .A G .A G G .G .G G A A G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 230 DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 480 * 500 * 520 * 540 * 560 * AAATCTCACCATTACCTTCTCTTTCAGGACATACTAGGGAGGATGTCAAAAATGCAATTGGCGTCCTCATCGGAGGACTTGAATGGAATGATAACACAGTTAGGATCTCTGAAAC .C .C .C .C T G C .C T G C T G C T G C T T .G C T G G C G.T .T .C G C T .C G C G.T .C G A .C T .C G C G.T .C G G C G.T .T .C.AG G C G.T .T .C.AG C T G G C GAT .G A G C.AG G C G.T .C G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 575 DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 580 * 600 * 620 * 640 * 660 * TATACAGAGATTCGCTTGGAGAAGCAGTGATGAGGGTGGGAGACTTCCACTCCCTCCAAATCAGAAACGGAAAATGGCGAGAACAATTGAGTCAGAGGTTTGA A A A AA A A A A A .A .T A A .G A A A .G A A.A G A A.A G A A .C AA C T C .T.A - A A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 672 678 b Amino acid * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILDEESDEALKMPTSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVVGSLCIKMD .T G .L E A .A .E A P Q .E A .E A .E A .E A .A S E AA DK-VN-QT80 Dk-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 A-VN-HN313 A-VN-UT312 Little-egr Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 QAMMDKTVILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLSGHTREDVKNAIGVLIGGLEWNDNTVRISETIQRFAWRSSDEGGRLPLPPNQKRKMARTIESEV Q K P .Q P P K P S P P S P S P S P S P S P G F .D L P S D P G H P S P G .G P G F .DR G P G F .DR G P S N.T .A P D .A N P S - P G D : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 225 223 225 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 115 E GEN NS2 a Nucleotide Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 ATGGATTCCAACACTGTGTCAAGCTTTCAGGACATACTAGGGAGGATGTCAAAAATGCAATTGGCGTCCTCATCGGAGGACTTGAATGGAATGATAACACAG T T T T T T T G.T .T T G.T T G.T T G.T .T G.T .T GAT .G A G G.T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 102 Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 120 * 140 * 160 * 180 * 200 TTAGGATCTCTGAAACTATACAGAGATTCGCTTGGAGAAGCAGTGATGAGGGTGGGAGACTTCCACTCCCTCCAAATCAGAAACGGAAAATGGCGAGAACAA .G .G .G .G .G .G C G A .A .T C G A .G C G C G C G .G C.AG A.A C.AG A.A C.AG G C AA C T C C G A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 204 * 220 * 240 * 260 * 280 * 300 Dk-VN-QT80 : TTGAGTCAGAGGTTTGAAGAAATAAGGTGGCTGATTGAAGAAGTACGACATAGATTGAAAATTACAGAAAACAGCTTCGAACAGATAACGTTCATGCAAGCC : 306 DK-VN-QT16 : : 306 Md-VN-LBM1 : : 306 Md-VN-LBM1 : : 306 EVM-Hunan- : A A : 306 Eurasian-e : A .T : 306 A-Hubei-1- : A : 306 Ck-Jiangsu : AA T .T : 306 Dk-Hokkaid : A .T : 306 Dk-Hokkaid : A .T : 306 Great-cres : A .T : 306 Water-Huna : A .T : 306 Water-Hebe : A .T : 306 Water-Xinj : A A T : 306 Grey-heron : A .T : 306 Black-crow : A .T : 306 Ck-Hunan-2 : G A A T : 306 Little-egr : A .T : 306 A-VN-HN313 : G A .C .T : 306 A-VN-UT312 : G A .C .T : 306 Md-Vietnam : T.A .G .T T : 306 Dk-VN-208- : A .T : 306 Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 320 * 340 * 360 TTACAACTACTGCTTGAAGTGGAGCAAGAGATAAGAGCCTTCTCGTTTCAGCTTATTTAA .A C G G A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 366 365 366 366 366 366 b Amino acid Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 MDSNTVSSFQDILGRMSKMQLASSSEDLNGMITQLGSLKLYRDSLGEAVMRVGDFHSLQIRNGKWREQLSQRFEEIRWLIEEVRHRL K .V .K K V .K V .K V .K V F K V .K V F T .M F K V F M K V F K V F K V F G.K V .K V FE .I .G.K V FE .I .G.K M .GY RFE .M L T HK V F M K Dk-VN-QT80 DK-VN-QT16 Md-VN-LBM1 Md-VN-LBM1 EVM-HunanEurasian-e A-Hubei-1Ck-Jiangsu Dk-Hokkaid Dk-Hokkaid Great-cres Water-Huna Water-Hebe Water-Xinj Grey-heron Black-crow Ck-Hunan-2 Little-egr A-VN-HN313 A-VN-UT312 Md-Vietnam Dk-VN-208- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 100 * 120 KITENSFEQITFMQALQLLLEVEQEIRAFSFQLI .M.T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 87 Phụ lục 3: Mối quan hệ nguồn gốc phả hệ chủng Dk-VN-QT800 Dk-VN-QT1603 với chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới dựa thành phần aminoacid chƣơng trình MEGA 4.0 A GEN M1 VÀ M2 A-Hubei-1-2010-CY098761 M1 Amino acid Water-Hunan-7-2009-CY098856-M1 Eurasian-eagle-owl-KP-Q133-2011-JN808066 M2 Clade 2.3.2.1 66 Amino acid Eurasian-eagle-owl-HK-Q133-2011-JN808066 49 Clade 2.3.2 Md-VN-1455-2006-CY029538 Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612904 48 A-VN-UT31239-2007-HM114556 Ck-Jiangsu-k0402-2010-JQ638675 30 Ck-Jiangsu-k0402-2010-JQ638675 Great-crested-Qinghai-2009-CY063321 A-VN-HN31388M1-2007-HM 114588 EVM-Hunan-3-2011-JX576787-M1 Water-Hunan-7-2009-CY 098856 Md-VN-LBM113-2012-AB742258 Md-Vietnam-1455-2006-CY029538 Md-VN-LBM132-2012-AB742266-M1 Dk-VN-208-2005-E U930941 Grey-heron-HK-1046-2008-CY036248 Water-Xinjiang-2009-CY098833 Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612904 Grey-heron-HK-1046-2008-CY036248 Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612912 Black-crowned-heron-HK-659-2008-CY036232 Md-VN-LBM132-2012-AB742266 51 Water-Xinjiang-2009-CY098833 81 14 Clade 2.3.2.1 Clade 2.3.4 Clade 2.3.2 Dk-VN-QT800-2011 EVM-Hunan-3-2011-JX576787 Dk-VN-208-2005-EU930941 0.0005 Clade 2.3.2.1 Black-crowned-heron-HK-659-2008-CY036232 Water-Hebei-2009-CY098777 Little-egret-HK-8863-2007-CY036208 Clade 2.3.2 Ck-Hunan-2008-GU182162 45 A-VN-HN31388-2007-HM114588 Clade 2.3.2 Little-egret-HK-8863-2007-CY036208 DK-VN-QT800-2011 Ck-Hunan-2008-GU182162 Clade 2.3.4 47 A-VN-UT31239-2007-.HM114556.txt Great-crested-grebe-Qinghai-2009-CY06332 64 Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612912 11 40 DK-VN-QT1603-2011 Md-VN-LBM113-2012-AB742258 Dk-VN-QT1603-2011 A-Hubei-1-2010-CY098761 Water-Hebei-2-2009-CY098777 0.002 Clade 2.3.2.1 B GEN NS1 VÀ GEN NS2 68 DK-VN-QT800-2011 NS1 Amino acid 51 66 10 Amino acid Md-VN-LBM113-2012-AB742259 88 19Md-VN-LBM132-2012-AB742267 NS2 Dk-VN-QT1603-2011 Md-VN-LBM132-2012-AB742267 A-Hubei-1-2010-CY 098762 66 58 Md-VN-LBM113-2012-AB742259 Dk-VN-QT800-2011 Clade 2.3.2.1 Clade 2.3.2.1 A-Hubei-1-2010-CY098762 EVM-Hunan-3-2011-JX576790 85 EVM-Hunan-3-2011-JX576790 67 DK-VN-QT1603-2011 31 Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612913 Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612905 Water-Hunan-7-2009-CY 098857 Water-Hunan-7-2009-CY 098857 Eurasian-eagle-owl-KP-Q133-2011-JN808066 Dk-Hokkaido-WZ101-2010-AB612913 Little-egret-HK-8863-2007- 66 Great-crested-Qinghai-1-2009-CY063322) Clade 2.3.2 CY036209 Ck-Jiangsu-k0402-2010- Ck-Jiangsu-k0402-2010-JQ638681 JQ638681 86 Dk-Hokkaido-WZ83-2010-AB612905 38 Black-crowned-heron-HK-659-2008-CY036233 37 60 Little-egret-HK-8863-2007-CY036209 Great-crested-Qinghai-1-2009-CY063322 41 Clade 2.3.2 Grey-heron-HK-10462008-CY036249 Ck-Hunan-2008-GU182161 Ck-Hunan-2008-GU182161 Dk-VN-208-2005-EU930944 54 Water-Hebei-2-2009-CY098778 A-VN-HN31388M1-2007-HM114589 Md-Vietnam-1455-2006-CY029539 Water-Hebei-2-2009-CY098778 35 Dk-VN-208-2005-E U930944 Clade 2.3.4 Clade 2.3.4 A-VN-HN31388M1-2007-HM114586 91 A-VN-UT31239-2007-HM114557 0.005 Clade 2.3.2.1 Water-Xinjiang-3-2009-CY098834 Water-Xinjiang-2009-CY098834 49 Black-crowned-heron-HK-659-2008-CY036233 Grey-heron-HK-10462008-CY 036249 41 28 -Eurasian-eagle-owl -KP -Q133-2011-JN808 85 A-VN-UT31239-2007-HM114557 Md-Vietnam-1455-2006-CY029539 Clade 2.3.2 0.01 Clade 2.3.2 ... (5’->3’) Mô tả NPF NPR MAF MAR NSF1 NSR1 ATGGCGTCTCAAGGCACC TTAATTGTCATACTCCTCTGC ATGAGTCTTCTAACCGAGGTC GAA ACA AGGTAGTTTTTTACTCC AGCAAAAGCAGGGTGACAAAGACA AGTAGAAACAAGGGTGTTTTTTAT Mồi xuôi Mồi ngược... TGAAGAAATAAGGTGGCTGATTGAAGAAGTACGACATAGATTGAAAATTACAGAAAACAGCTTCGAACAGATAAC *> DK-VN-QT800 -NS2 > E E I R W L I E E V R H R L K I T E N S F E Q I T> 760 * 780 * 800 * 820 GTTCATGCAAGCCTTACAACTACTGCTTGAAGTGGAGCAAGAGATAAGAGCCTTCTCGTTTCAGCTTATTTAATG... CGTAGACGTTTTGTCCAGAATGCCCTAAATGGAAATGGAGATCCAAATAATATGGATAGGGCAGTTAAGCTATAT R R R F V Q N A L N G N G D P N N M D R A V K L Y> TRANSLATION OF Dk-VN-QT800-M1(759BP) > * 320 * 340 * 360 * AAGAAGCTGAAAAGAGAAATAACATTCCATGGAGCTAAGGAGGTTGCACTCAGTTACTCAACCGGTGCACTTGCC