1. Trang chủ
  2. » Luận Văn - Báo Cáo

Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)

81 10 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Định dạng
Số trang 81
Dung lượng 4,31 MB

Nội dung

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN - Nguyễn Tiến Đạt PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN VÀ MỨC ĐỘ BIỂU HIỆN CỦA GEN OsHKT2;4 Ở LÚA (Oryza sativa) LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - 2016 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN * * Nguyễn Tiến Đạt PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN VÀ MỨC ĐỘ BIỂU HIỆN CỦA GEN OsHKT2;4 Ở LÚA (Oryza sativa) Chuyên ngành : Di truyền học Mã số: 60420121 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Cán hƣớng dẫn: TS Đỗ Thị Phúc H Nội LỜI CẢM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS Đỗ Thị Phúc, người hướng dẫn, quan tâm tận tình bảo, giúp đỡ tơi suốt q trình học tập thực đề tài Cảm ơn cô, người truyền cảm hứng niềm tin cho tơi thí nghiệm, cơng việc Tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành tới thầy cô công tác Bộ môn Di truyền học quan tâm tạo điều kiện thuận lợi giúp hồn thành luận văn Các thầy bảo cho tơi cẩn thận, kiên trì nghiêm túc nghiên cứu khoa học Tôi xin gửi lời cảm ơn tới CN Trần Xuân An, CN Phạm Quỳnh Hoa, CN Ngô Thị Hạnh giúp đỡ thí nghiệm Các em ln quan tâm truyền đạt cho kinh nghiệm quý báu thực nghiệm Tơi xin chân thành cảm ơn Phịng Thí nghiệm Trọng điểm Cơng nghệ Protein Enzyme; Học viện Nông nghiệp Việt Nam giúp đỡ nhiều trình thực đề tài Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình, người thân, người tận tình giúp đỡ, bảo tạo điều kiện tốt để học tập Cảm ơn người động viên, khuyến khích tơi q trình học tập thí nghiệm Hà tfội, tháng 11 năm 2016 tfguyễn Tiến Đạt MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu Lúa (Oryza sativa) 1.2 Giới thiệu họ protein vận chuyển ion xuyên màng HKT thực vật lúa 1.2.1 Họ protein HKT thực vật 1.2.2 Họ protein HKT lúa 1.2.3 Gen OsHKT2;4 1.2.4 Tình hình nghiên cứu gen OsHKT2;4 10 1.3 Một số phƣơng pháp nghiên cứu đa hình nucleotide 11 1.3.1 Phƣơng pháp RFLP-PCR 11 1.3.2 Phƣơng pháp giải trình tự 14 1.4 Phƣơng pháp phân tích mức độ biểu gen .16 1.4.1 Lai Northern blot lai huỳnh quang chỗ .16 1.4.2 RT-PCR Real-time PCR 17 1.4.3 Các phƣơng pháp sử dụng chip 19 CHƢƠNG ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP 20 2.1 Đối tƣợng nghiên cứu, hóa chất thiết bị 20 2.1.1 Đối tƣợng nghiên cứu 20 2.1.2 Vật liệu, hóa chất thiết bị 21 2.2 Phƣơng pháp nghiên cứu 22 2.2.1 Các phƣơng pháp sử dụng nghiên cứu đa hình gen OsHKT2;4 22 2.2.2 Các phƣơng pháp sử dụng phân tích biểu gen .25 MỤC LỤC CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 29 3.1 Phân tích đa hình gen Oshkt2;4 lúa 29 3.1.1 Tách chiết DNA tổng số 29 3.1.2 Khuếch đại gen OsHKT2;4 PCR 30 3.1.3 Giải trình tự gen OsHKT2;4 31 3.1.4 Phân tích đa hình gen OsHKT2;4 32 3.2 Phân tích biểu gen 42 3.2.1 Kết trồng lúa thủy canh xử lý mặn 42 3.2.2 Kết tách chiết RNA tổng hợp cDNA 42 3.2.3 Phản ứng Real-time PCR phân tích mức độ biểu gen OsHKT2;4 43 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 49 KẾT LUẬN 49 KIẾN NGHỊ 49 TÀI LIỆU THAM KHẢO 50 Phụ lục Phụ lục Phụ lục Phụ lục DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Các protein họ HKT đƣợc biết Bảng 1.2 Họ gen HKT lúa (Oryza sativa) Bảng 2.1 Các giống lúa nghiên cứu 20 Bảng 2.2 Các cặp mồi đặc hiệu đƣợc sử dụng nghiên cứu 21 Bảng 3.1 Hai nhóm giống lúa phân chia theo đa hình nucleotide .32 Bảng 3.2 Vị trí đa hình nucleotide nhóm 34 Bảng 3.3 Các đa hình amino acid tƣơng ứng với đa hình nucleotide .35 Bảng 3.7 Giá trị Fold change mẫu tách chiết từ giống Nipponbare Pokkali thời điểm 46 DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Cây lúa (Oryza sativa) phận lúa Hình 1.2 Một số chế vận chuyển Na+ hệ thống đáp ứng stress mặn thực vật Hình 1.3 Gen OsHKT2;4 sở liệu Phytozome 10 Hình 1.4 Phƣơng pháp RFLP-PCR sử dụng nghiên cứu di truyền phân tử 13 Hình 1.5 Kỹ thuật giải trình tự phƣơng pháp Sanger cải biến 14 Hình 1.6 Các bƣớc phƣơng pháp Northern blot 17 Hình 1.7 Đồ thị tín hiệu huỳnh quang thu nhận từ máy Real-time PCR 18 Hình 1.8 Sử dụng chip Microarray phân tích biểu 19 Hình 2.1 Các bƣớc thí nghiệm nghiên cứu đa hình gen OsHKT2;4 22 Hình 2.2 Các bƣớc thực thí nghiệm phân tích biểu gen OsHKT2;4 25 Hình 2.3 Trồng lúa thủy canh xử lý mặn 26 Hình 3.1 Kết điện di DNA tổng số tách chiết từ mẫu 14 giống lúa 30 Hình 3.2 Kết điện di sản phẩm PCR khuếch đại vùng gen OsHKT2;4 .30 Hình 3.3 Kết giải trình tự đƣợc phân tích phần mềm Bioedit 31 Hình 3.4 Một phần kết so sánh trình tự cơng cụ MultAlin 33 Hình 3.5 Mơ hình dự đốn cấu trúc bậc ba protein OsHKT2;4 36 Hình 3.6 Phân bố góc quay amino acid mơ hình cấu trúc 3D qua phân tích Ramachandran Plot 37 Hình 3.7 Cấu trúc phân tử amino acid đa hình vị trí 53 253 38 Hình 3.8 Cấu trúc phân tử amino acid đa hình vị trí 342 39 Hình 3.9 Mơ hình dự đốn cấu trúc xuyên màng 40 Hình 3.10 Filter pore protein OsHKT2;4 hai nhóm giống lúa .41 Hình 3.11 Kết điện di kiểm tra RNA tổng số 43 Hình 3.12 Biểu đồ Association curve thể nhiệt độ gắn mồi .44 Hình 3.13 Biểu đồ Amplification curve mẫu gen OsHKT2;4 45 Hình 3.14 Đồ thị biểu mức độ thay đổi nồng độ mRNA mẫu xử lý mặn so với mẫu đối chứng giống Nipponbare (A) giống Pokkali (B) 47 DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT HKT High-affinity Potassium Transporter DNA Deoxyribonucleic Acid RNA Ribonucleic acid cDNA Complementary Deoxyribonucleic Acid bp Basepair PCR Polymerase Chain Reaction RFLP-PCR Restriction Fragment Length Polymorphism Polymerase Chain Reaction RT-PCR Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction dNTP Deoxy Nucleoside Triphosphate (Deoxynucleotide) ddNTP Dideoxynucleotide Fw Forward Rv Reverse Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Tiến Đạt MỞ ĐẦU Tình hình biến đổi khí hậu giới diễn ngày phức tạp Việt Nam nƣớc chịu tác động tiêu cực nặng nề biến đổi khí hậu Với đƣờng bờ biển dài 3.260 km, với hệ thống sơng ngịi chằng chịt đổ biển qua nhiều cửa sơng, tình hình xâm nhập mặn, hệ biến đổi khí hậu ảnh hƣởng mạnh đến tình hình sản xuất nông nghiệp nƣớc ta Ở đồng sông Cửu Long tình hình xâm nhập mặn lấn sâu vào đất liền qua sông đến 70 km, dự báo đến tiếp tục tăng Hạn hán đất nhiễm mặn ảnh hƣởng đến 30 tỉnh thành nƣớc ta Đất nhiễm mặn gây ảnh hƣởng nghiêm trọng đến sinh trƣởng phát triển trồng, gây cân ion tích lũy Na + Cl-, tăng cƣờng peroxide lipid, tăng sản phẩm dạng phản ứng oxy nhƣ gốc superoxide hydroxyl Để cải thiện suất điều kiện stress mặn thực vật nói chung lúa nói riêng, việc hiểu đƣợc chế phân tử đáp ứng stress mặn quan trọng Khả chịu mặn tính trạng đƣợc kiểm sốt nhiều gen Việc tìm hiểu mối liên hệ gen quan tâm khả đáp ứng với stress mặn có vai trị quan trọng lai tạo giống chịu mặn Có nhiều kênh vận chuyển màng tế bào thực vật giữ vai trị chế chống chịu mặn Trong số kênh vận chuyển Na + K+ liên quan đến tính trạng chống chịu mặn, họ protein HKT (High-affinity potassium transporter) có vai trị quan trọng đáp ứng với stress mặn OsHKT2;4 thuộc nhóm họ protein HKT, OsHKT2;4 đƣợc biết đến với vai trò đồng vận chuyển Na+ K+ Tuy nhiên, nghiên cứu phân tử gen mã hóa cho protein OsHKT2;4 giống lúa Việt Nam cịn hạn chế Vì vậy, chúng tơi thực đề tài: “Phân tích đa hình di truyền mức độ biểu gen OsHKT2;4 lúa QH.2014.T.CH - 60420121 10 stress in salt-sensitive and salt-tolerant rice (Oryza cultivars” Journal of Experimental Botany; 57, pp 4257-4268 sativa L.) 36 Kazuko Y S., Kazuo S (1994), “A Novel cis-Acting Elenent in an Arabidopsis Gene Is Inviloved in Responsiveness to Drought, LowTemperature, or High-Salt Stress”, American Society of Plant Physiologists, 6, pp 251-264 37 Lan W Z., Wang W.,Wang S M., Li L G., Buchanan B B., Lin H X., Gao J P., Luan S (2010), “A rice high-affinity potassium transporter (HKT) conceals a calcium-permeable cation channel” Proc Natl Acad Sci USA 107, pp 7089–7094 38 Lu C A., Lim E K., Yu S M (1998) “Sugar response sequence in the promoter of a rice alpha-amylase gene serves as a transcriptional enhancer” J Biol Chem 273, pp 10120 39 Ma H., Chong K., Deng X W (2007) “Rice research: past, present and future” J Integr Plant Biol 49, pp 729-730 40 Maathuis F J M (2006), “The role of monovalent cation transporters in plant responses to salinity” Journal of Experimental Botany 57, pp 1137– 1147 41 Maxam A M., Gilbert W (1977), “A new method for sequencing DNA” Proc natn Acad Sci USA 74, pp 560-564 42 Mazel A., Leshem Y., Tiwari B S., Levine A (2004), “Induction of salt and osmotic stress tolerance by overexpression of an intracellular vesicle trafficking protein AtRab7 (AtRabG3e)” Plant Physiol 134, pp 118– 128 43 Marassi F M., Das B B., Lu G J., Nothnagel H.J., Park S H., Son W S., Tian Y., Opella S.J (2011), “Structure determination of membrane proteins in five easy pieces” Methods 55, pp 363–369 44 Muller P Y., Janovjak H., Miserez A R., Dobbie Z (2002), “Processing of gene expression data generated by quantitative real-time RTPCR” BioTechniques 32, pp 1372–1379 45 Munns R., Tester M (2008), “Mechanisms of salinity tolerance” Annu Rev Plant Biol 59, pp 651–681 46 Møller I S., Gilliham M., Jha D., Mayo G M., Roy S J., Coates J C., Haseloff J., Tester M (2009) “Shoot Na+ exclusion and increased salinity tolerance engineered by cell type-specific alteration of Na + transport in Arabidopsis” Plant Cell 21, pp 2163–2178 47 Nugent T., Jones D T., (2012), “Membrane protein structural bioinformatics” J Struct Biol.179, pp 327–337 48 Ohgaki R., Fukura N., Matsushita M., Mitsui K., Kanazawa H (2008), “Cell surface levels of organellar Na+/H+ exchanger isoform are regulated by interaction with RACK1” J Biol Chem 283, pp 4417– 4429 49 Plett D C., Møller I S (2010), “Na+ transport in glycophytic plants: What we know and would like to know” Plant Cell Environ 33, pp 612626 50 Pyo Y J., Gierth M., Schroeder J I., Cho M H (2010), “High-affinity K + transport in Arabidopsis: AtHAK5 and AKT1 are vital for seedling establishment and postgermination growth under low-potassium conditions” Plant Physiol 153, pp 863–875 51 Ren Z H.,(2005), “A rice quantitative trait locus for salt tolerance encodes a sodium transporter” Nat Genet 37, pp 1141-1146 52 Rengasamy P., (2006), “World salinization with emphasis on Australia” J.Exp Bot 57, pp 1017-1023 53 Richterich P (1989), “Non-radioactive chemical sequencing of biotin labeled DNA” Nucleic Acids Res 17, pp 2181-2186 54 Sanger F., Coulson A R (1975), “A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase” J molec Biol 94, pp 441-448 55 Sanger F., Nicklen S., Coulson A R (1977) “DNA sequencing with chain- terminating inhibitors” Proc natn Acad Sci USA 74, pp 54635467 56 Schachtman D P., Schroeder J I., (1994), “Structure and transport mechanism of a high-affinity potassium uptake transporter from higher plants” Nature 370, pp 655-658 57 Shane W., Matthew G., Maria H (2013), “Plant High-Affinity Potassium (HKT) Transporters Involved in Salinity Tolerance: Structural Insights to Probe Differences in Ion Selectivity”, Int J Mol Sci 14, pp 7660-7680 58 Sharpe R G., Hims M M., Harbach R E., Butlin R K (1999) “PCRbased methods for identification of species of the Anopheles minimus group: allele-specific amplification and single-strand conformation polymorphism”, Med Vet Entomol., 13(3), pp 265-273 59 Sunarpi H., Horie T., Motoda J., Kubo M., Yang H., Yoda K., Horie R., Chan W Y., Leung H Y., Hattori K (2005), “Enhanced salt tolerance mediated by AtHKT1 transporter-induced Na unloading from xylem vessels to xylem parenchyma cells” Plant J 44, pp 928–938 60 Takahashi N., Goto N., Okada K., Takahashi H (2002), “Hydrotropism in abscisic acid, wavy, and gravitropic mutants of Arabidopsis thaliana” Planta 216, pp 203–211 61 Wenli L., Michael O (2013), “Current analysis platforms and methods for detecting copy number variation”, Physiol Genomics, 45(1), pp 1-16 62 Xiayu R., Xuelin H., Zhicheng Z., Xin L (2013), “An improvement of the 2ˆ(– delta delta CT) method for quantitative real-time polymerase chain reaction data analysis”, Biostat Bioinforma Biomath, 3(3): 71–85 63 Yi S., Weigui L., Wanhuang L., Liying M., Mohammed H K (2015), “Model of Cation Transportation Mediated by High-Affinity Potassium Transporters (HKTs) in Higher Plants”, Biological Procedures Online 17(1), pp 1-13 64 Yao X., Horie T., Xue S., Leung H-Y., Katsuhara M., Brodsky D E., Wu Y., Schroeder J I (2010), “Differential sodium and potassium transport selectivities of the rice OsHKT2;1 and OsHKT2;2 transporters in plant cells” Plant Physiol 152, pp 341–355 65 Yoo S D., Cho Y H., Sheen J (2007), “Arabidopsis mesophyll protoplasts: a versatile cell system for transient gene expression analysis” Nat Protoc 2, pp 1565–1572 66 Hoa P Q., Tran X An., Trang N T N., Anh T T T., Yen H H., Van N T H., Hanh T T., Phuc D T (2016), “Investigation of polymorphisms in the coding region of OsHKT1 gene in relation to salinity in rice” Rice Science 23, pp 334-338 67 Phuc D T., Minh N V., Yen H H (2016), “Assessment of natural variation in OsHKT1;2 gene in rice (Oryza sativa)” VNU Journal of Science: Natural Sciences and Technology 32: 189-193 Tiếng Việt 68 Đặng Ngọc Hoa, Đỗ Thị Phúc (2015) “Nghiên cứu đa hình phân tích yếu tố cis thuộc vùng promoter gen OsHKT1;4 lúa” Tạp chí Khoa học, ĐHQGHN, số 31, 129-135 69 Đỗ Thị Phúc, Phạm Quỳnh Hoa (2016) “Nghiên cứu mức độ biểu gen OsHKT2;1 đáp ứng điều kiện mặn lúa phƣơng pháp RT- PCR bán định lƣợng” Tạp chí Khoa học Cơng nghệ Việt Nam, số 2, 54-58 Website 70 https://aem.asm.org/content/64/7/2572/F1.expansion.html 71 https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/microarray/ 72 https://learn.genetics.utah.edu/content/labs/pcr/ 73 https://pharm1.pharmazie.uni-greifswald.de/allgemei/koehler/koeheng.html 74 https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#!gene? search=1&detail=1&meth od=5017&searchText=transcriptid:33148456 75 https://thucvathoc.com/2014/04/co-che-chong-chiu-man-o-thuc-vat.html 76 https://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applicatio ns- technologies/dna-sequencing-fragment-analysis/overview-ofdna- sequencing/faq.html 77 https://www.biosearchtech.com/gene-expression-qpcr 78 https://www.discoveryandinnovation.com/BIOL202/notes/lecture26.html 79 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techrflp/ Phụ lục - Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Tiến Đạt PHỤ LỤC Kết so sánh trình tự công cụ MultAlin QH.2014.T.CH - 60420121 s7 Phụ lục - Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Tiến Đạt PHỤ LỤC Kết so sánh trình tự amino acid công cụ Clustal O CLUSTAL O(1.2.2) multiple sequence alignment Nhóm MPIRLHIFVSFARHAITSSALICRFIAFHLSPLLIHLSYFLIIDVLGFVALVMLRPSNHK 60 Nhóm MPIRLHIFVSSARHAINSSALICRFIAFHLSPLLIHLSYFLIIDVLGFVALVVLRPSNHK 60 ********** *****.***********************************:******* Nhóm YNPRYVDMFFLSTSAVTVTGLATIQMEDLSSSQIAVLTLLMFLGSEMFLSFLGLVLESSK 120 Nhóm YNPRYIDMFFLSTSAVTVTGLATTQMEDLSSSQIAVLTLLMFLGSEMFLSFLGLVLESSK 120 *****:***************** ************************************ Nhóm QNKHDPENRRVSLVTVCEQSHLEEAIPQTPSMNSTDIKRSCHKYLVFVVLAYMIIILVTG 180 Nhóm QNKHDPENRRVSSVTVCEQSHLEEAIPQTPSMNSTDIKRSCHKYLVFVVLAYMIIILVTG 180 ************ *********************************************** Nhóm SLLVFMYIAHVSSARDVLTRKSINKALFSISVTVSSFTNGGLLPTNESMAVFSSNNGLLL 240 Nhóm SLLVFMYIAHVSSARDVLTRKSINKALFSISVTVSSFTNGGLLPTNESMAVFSSNNGLLL 240 ************************************************************ Nhóm LLIGQILAGSTLFPMFLRLVIWALRGLRLAKAEEPDFMMNNSSSVGFSHLLPNLQTIFLA 300 Nhóm LLIGQILAGSTLLPMFLRLVIWALRGLRLAKAEEPDFMMNNSSSVGFSHLLPNLQTIFLA 300 ************:*********************************************** Nhóm AVEVAFVGMTVILFCCLNWDSAVFAGLTSLQKITNALFMAVNARQAGENSIDCSLVAPAA 360 Nhóm AVEVAFVGMTVILFCCLNWDSAVFAGLTSLQKITNALFMAVSARQAGENSIDCSLVAPAA 360 *****************************************.****************** Nhóm LVLFMVMMYTPSLTKLFSACQDHKQIGPESDDRTSKGKPFLKTMAFSPLAFNTTVIMLVC 420 Nhóm LVLFMVMMYTPSLTKLFSACQDHKQIGPESDDRTSKGKPFLKTMAFSPLAFNTTVIMLVC 420 ************************************************************ Nhóm ITERRSISTDPLNFSTFNIIFEVISAYGNIGLSTGYSCSRQLQHQDGIACHEKPYSFSGW 480 Nhóm ITERRSISTDPLNFSTFNIIFEVISAYGNIGLSTGYSCSRQLQHQDGIACHEKPYSFSGW 480 ************************************************************ Nhóm WSEPGKLILVLAMLYGRLNSKDSTSARTR* 509 Nhóm WSEPGKLILVLAMLYGRLNSKDSTSARTR* 509 ****************************** QH.2014.T.CH - 60420121 s7 Phụ lục - Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Tiến Đạt PHỤ LỤC Thành phần dung dịch thủy canh Yoshida Yếu tố Cơng thức hóa học Nồng độ (ppm) Yếu tố đa lƣợng N NH4NO3 40 P NaH2PO4.2H2O 10 K KNO3 40 Ca CaCl2.2H2O 40 Mg MgSO4.7H2O 40 Yếu tố vi lƣợng Mn MnCl2.4H2O 0.50 Mo (NH4)6Mo7O24.4H2O 0.05 Zn ZnSO4.2H2O 0.01 B H3BO3 0.20 Cu CuSO4.2H2O 0.01 Fe FeCl3.6H2O 2.00 QH.2014.T.CH - 60420121 s8 Phụ lục - Luận văn thạc sĩ khoa học Nguyễn Tiến Đạt PHỤ LỤC Chỉ số Ct mẫu tách chiết từ rễ hai giống lúa Nipponbare Pokkali NIPPONBARE Thời gian (h) Nồng độ Actin HKT2;4 mM 50 mM 100 mM mM 50 mM 100 mM 16.58 18.49 19.17 #Value #Value #Value 16.50 17.59 18.84 #Value #Value #Value 16.94 16.62 17.15 31.12 30.30 31.62 24 16.90 18.10 16.12 #Value 30.22 #Value 48 17.71 17.56 17.40 34.17 33.57 31.76 72 21.10 18.86 19.26 34.17 33.57 31.76 168 16.10 18.64 17.72 30.14 #Value #Value NaCl POKKALI 16.14 17.08 16.40 28.49 31.24 #Value 15.52 16.22 16.97 #Value 28.35 #Value 15.99 17.92 16.13 #Value #Value 35.50 24 16.09 17.38 15.56 #Value 35.85 31.68 48 16.61 19.41 19.26 #Value #Value 30.70 72 18.15 19.23 17.88 36.34 34.24 #Value 168 16.24 18.79 19.29 31.34 #Value 30.80 QH.2014.T.CH - 60420121 s8 ... ? ?Phân tích đa hình di truyền mức độ biểu gen OsHKT2; 4 lúa QH.20 14. T.CH - 6 042 0121 10 (Oryza sativa)? ?? với mục tiêu: Phân tích đa hình gen OsHKT2; 4 nghiên cứu mức độ biểu gen OsHKT2; 4 số giống lúa. .. * * Nguyễn Tiến Đạt PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN VÀ MỨC ĐỘ BIỂU HIỆN CỦA GEN OsHKT2; 4 Ở LÚA (Oryza sativa) Chuyên ngành : Di truyền học Mã số: 6 042 0121 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Cán hƣớng dẫn:... gen OsHKT2; 4 PCR 30 3.1.3 Giải trình tự gen OsHKT2; 4 31 3.1 .4 Phân tích đa hình gen OsHKT2; 4 32 3.2 Phân tích biểu gen 42 3.2.1 Kết trồng lúa thủy canh xử lý mặn 42

Ngày đăng: 24/12/2021, 21:35

Nguồn tham khảo

Tài liệu tham khảo Loại Chi tiết
1. Ali S., Delphine M., Imran K., Bertrand M., Isabelle G., (2012), “The Rice Monovalent Cation Transporter OsHKT2;4: Revisited Inonic Selectivity”, Plant Physiology, 160, pp. 498-510 Sách, tạp chí
Tiêu đề: TheRice Monovalent Cation Transporter OsHKT2;4: Revisited InonicSelectivity”, "Plant Physiology
Tác giả: Ali S., Delphine M., Imran K., Bertrand M., Isabelle G
Năm: 2012
2. Albright R. A., Joh K., Morais-Cabral J. H. (2007) “Probing the structure of the dimeric KtrB membrane protein”, J Biol Chem 282, pp. 35046–35055 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Probing the structureof the dimeric KtrB membrane protein”, "J Biol Chem
3. Alwine J. C., Kemp D. J., Stark G. R., (1977), “Method for detection of specific RNAs in agarose gels by transfer to diazobenzyloxymethyl-paper and hybridization with DNA probes”. Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A, 74 (12), pp. 5350-5354 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Method for detection ofspecific RNAs in agarose gels by transfer to diazobenzyloxymethyl-paperand hybridization with DNA probes”". Proc. Natl. Acad. Sci."U.S.A
Tác giả: Alwine J. C., Kemp D. J., Stark G. R
Năm: 1977
4. Ansorge W., Rosenthal, A., Sproat B., Schwager C., Stegemann J., Voss H. (1988), “Nonradioactive automated sequencing of oligonucleotides by chemical degradation”, Nucleic Acids Res., 16, pp. 2203-2206 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Nonradioactive automated sequencing of oligonucleotides bychemical degradation”, "Nucleic Acids Res
Tác giả: Ansorge W., Rosenthal, A., Sproat B., Schwager C., Stegemann J., Voss H
Năm: 1988
5. Apse M. P., Aharon G. S., Snedden W. A., Blumwald E. (1999), “Salt tolerance conferred by overexpression of a vacuolar Na + /H + antiport in Arabidopsis”. Science 285, pp. 1256–1258 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Salttolerance conferred by overexpression of a vacuolar Na+/H+ antiport inArabidopsis”. "Science
Tác giả: Apse M. P., Aharon G. S., Snedden W. A., Blumwald E
Năm: 1999
6. Barish M. E. (1983) “A transient calcium-dependent chloride current in the immature Xenopus oocyte”, J Physiol 342, pp. 309–325 Sách, tạp chí
Tiêu đề: A transient calcium-dependent chloride current inthe immature Xenopus oocyte”, "J Physiol
7. Bassil E., (2011), “The Arabidopsis intracellular Na + /H + antiporters NHX5 and NHX6 are endosome associated and necessary for plant growth and development”, Plant Cell, 23, pp. 224-239 Sách, tạp chí
Tiêu đề: The Arabidopsis intracellular Na+/H+ antiportersNHX5 and NHX6 are endosome associated and necessary for plantgrowth and development”, "Plant Cell
Tác giả: Bassil E
Năm: 2011
8. Ben A. S., Brini F., Sentenac H., Masmoudi K., Véry A. A. (2014),“Functional characterization in Xenopus oocytes of Na + transport systems from durum wheat reveals diversity among two HKT1;4 transporters”. J Exp Bot. 65(1), pp. 213–222 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Functional characterization in Xenopus oocytes of Na+ transport systemsfrom durum wheat reveals diversity among two HKT1;4 transporters”. "JExp Bot
Tác giả: Ben A. S., Brini F., Sentenac H., Masmoudi K., Véry A. A
Năm: 2014
9. Boyer J. S., (1982) “Plant productivity and environment”, Science, 218, pp. 443-451 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Plant productivity and environment”, "Science
10. Bustin S. A., Benes V., Nolan T., Pfaffl M. W. (2005), “Quantitative real- time RT-PCR a perspective”. J. Mol. Endocrinol. 34 (3), pp. 597-601 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Quantitative real-time RT-PCR a perspective”". J. Mol. Endocrinol
Tác giả: Bustin S. A., Benes V., Nolan T., Pfaffl M. W
Năm: 2005
12. Bứrresen A. L. (2002), “Mismatch detection using heteroduplex analysis”, Curr Protoc Hum Genet, 7(3) Sách, tạp chí
Tiêu đề: Mismatch detection using heteroduplex analysis”,"Curr Protoc Hum Genet
Tác giả: Bứrresen A. L
Năm: 2002
14. Coskun D., Britto D. T., Li M., Oh S., Kronzucker H. J. (2013),“Capacity and plasticity of potassium channels and high-affinity transporters in roots of barley and Arabidopsis”. Plant Physiol 162, pp.496–511 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Capacity and plasticity of potassium channels and high-affinitytransporters in roots of barley and "Arabidopsis"”". Plant Physiol
Tác giả: Coskun D., Britto D. T., Li M., Oh S., Kronzucker H. J
Năm: 2013
15. Corratgé C., Zimmermann S., Lambilliotte R., Plassard C., Marmeisse R., Thibaud J-B., Lacombe B., Sentenac H. (2007) “Molecular and functional characterization of a Na + -K + transporter from the Trk family in the ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum”. J Biol Chem 282, pp. 26057–26066 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Molecular andfunctional characterization of a Na+-K+ transporter from the Trk family inthe ectomycorrhizal fungus Hebeloma cylindrosporum”. "J Biol Chem
17. Dinneny J. R., Long T. A., Wang J. Y., Jung J. W., Mace D., Pointer S., Barron C., Brady S. M., Schiefelbein J., Benfey P. N. (2008), “Cell identity mediates the response of Arabidopsis roots to abiotic stress”.Science 320, pp. 942–945 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Cellidentity mediates the response of Arabidopsis roots to abiotic stress”."Science
Tác giả: Dinneny J. R., Long T. A., Wang J. Y., Jung J. W., Mace D., Pointer S., Barron C., Brady S. M., Schiefelbein J., Benfey P. N
Năm: 2008
18. Doyle D. A., Morais C. J., Pfuetzner R. A., Kuo A., Gulbis J. M., Cohen S. L., Chait B. T., MacKinnon R. (1998), “The structure of the potassium channel: molecular basis of K + conduction and selectivity”. Science 280, pp. 69–77 Sách, tạp chí
Tiêu đề: The structure of the potassiumchannel: molecular basis of K+ conduction and selectivity”. "Science
Tác giả: Doyle D. A., Morais C. J., Pfuetzner R. A., Kuo A., Gulbis J. M., Cohen S. L., Chait B. T., MacKinnon R
Năm: 1998
19. Englund P. T. (1971). “Analysis of nucleotide sequences at 3’ termini of duplex deoxyribonucleic acid with the use of the T4 deoxyribonucleic acid polymerase”. J. biol. Chem. 246, pp. 3269-3276 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Analysis of nucleotide sequences at 3’ termini ofduplex deoxyribonucleic acid with the use of the T4 deoxyribonucleicacid polymerase”. "J. biol. Chem
Tác giả: Englund P. T
Năm: 1971
20. Englund P. T. (1972). “The 3’-terminal nucleotide sequences of T7 DNA”. J. molec. Biol. 66, pp. 209-224 Sách, tạp chí
Tiêu đề: The 3’-terminal nucleotide sequences of T7DNA”. "J. molec. Biol
Tác giả: Englund P. T
Năm: 1972
21. Fairbairn D. J., Liu W., Schachtman D. P., Gomez-Gallego S., Day S. R., Teasdale R. D. (2000) Characterisation of two distinct HKT1-like potassium transporters from Eucalyptus camaldulensis”. Plant Mol Biol 43, pp. 515–525 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Plant Mol Biol
22. Fink L., Seeger W., Ermert L., Hanze J., Stahl U., Grimminger F., Kummer W., Bohle R. M. (1998), “Real-time quantitative RT-PCR after laser- assisted cell picking”. Nature Medicine 4, pp. 1329–1333 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Real-time quantitative RT-PCR afterlaser- assisted cell picking”. "Nature Medicine
Tác giả: Fink L., Seeger W., Ermert L., Hanze J., Stahl U., Grimminger F., Kummer W., Bohle R. M
Năm: 1998
23. Fukuda A., Nakamura A., Tagiri A., Tanaka H., Miyao A., Hirochika H., Tanaka Y. (2004), “Function, intracellular localization and the importance in salt tolerance of a vacuolar Na + /H + antiporter from rice”. Plant and Cell Physiology 45, pp. 146–159 Sách, tạp chí
Tiêu đề: Function, intracellular localization and the importancein salt tolerance of a vacuolar Na+/H+ antiporter from rice”. "Plant andCell Physiology
Tác giả: Fukuda A., Nakamura A., Tagiri A., Tanaka H., Miyao A., Hirochika H., Tanaka Y
Năm: 2004

HÌNH ẢNH LIÊN QUAN

PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN (Trang 1)
PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
PHÂN TÍCH ĐA HÌNH DI TRUYỀN (Trang 2)
Hình 1.1. Cây lúa (Oryza sativa) và các bộ phận của cây lúa [73] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 1.1. Cây lúa (Oryza sativa) và các bộ phận của cây lúa [73] (Trang 12)
Hình 1.2. Một số cơ chế vận chuyển Na+ trong hệ thống đáp ứng stress mặn ở thực vật [75] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 1.2. Một số cơ chế vận chuyển Na+ trong hệ thống đáp ứng stress mặn ở thực vật [75] (Trang 14)
Bảng 1.2. Họ gen HKT ở lúa (Oryza sativa) [8;57] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Bảng 1.2. Họ gen HKT ở lúa (Oryza sativa) [8;57] (Trang 18)
Hình 1.3. Gen OsHKT2;4 trên cơ sở dữ liệu Phytozome [74] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 1.3. Gen OsHKT2;4 trên cơ sở dữ liệu Phytozome [74] (Trang 19)
Hình 1.4. Phƣơng pháp RFLP-PCR sử dụng trong nghiên cứu di truyền phân tử [79] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 1.4. Phƣơng pháp RFLP-PCR sử dụng trong nghiên cứu di truyền phân tử [79] (Trang 22)
Hình 1.5. Kỹ thuật giải trình tự bằng phƣơng pháp Sanger cải biến[76] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 1.5. Kỹ thuật giải trình tự bằng phƣơng pháp Sanger cải biến[76] (Trang 23)
Hình 1.6. Các bƣớc cơ bản trong phƣơng pháp Northern blot [78] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 1.6. Các bƣớc cơ bản trong phƣơng pháp Northern blot [78] (Trang 26)
Hình 1.7. Đồ thị tín hiệu huỳnh quang thu nhận từ máy Real-time PCR [77] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 1.7. Đồ thị tín hiệu huỳnh quang thu nhận từ máy Real-time PCR [77] (Trang 27)
Hình 1.8. Sử dụng chip Microarray trong phân tích biểu hiện [71] - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 1.8. Sử dụng chip Microarray trong phân tích biểu hiện [71] (Trang 28)
Bảng 2.1. Các giống lúa trong nghiên cứu - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Bảng 2.1. Các giống lúa trong nghiên cứu (Trang 29)
Để nghiên cứu đa hình gen OsHKT2;4, chúng tôi tiến hành các phƣơng pháp theo sơ đồ Hình 2.1. - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
nghi ên cứu đa hình gen OsHKT2;4, chúng tôi tiến hành các phƣơng pháp theo sơ đồ Hình 2.1 (Trang 31)
2.2.1. Các phƣơng pháp sử dụng trong nghiên cứu đa hình gen OsHKT2;4 - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
2.2.1. Các phƣơng pháp sử dụng trong nghiên cứu đa hình gen OsHKT2;4 (Trang 31)
Hình 2.3. Trồng lúa thủy canh và xử lý mặn - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 2.3. Trồng lúa thủy canh và xử lý mặn (Trang 37)
Hình 3.1. Kết quả điện di DNA tổng số tách chiết từ mẫu lá của 14 giống lúa - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.1. Kết quả điện di DNA tổng số tách chiết từ mẫu lá của 14 giống lúa (Trang 41)
vùng gen OsHKT2;4 của 14 giống lúa theo thứ tự trong Bảng 2.1 - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
v ùng gen OsHKT2;4 của 14 giống lúa theo thứ tự trong Bảng 2.1 (Trang 43)
3.1.4. Phân tích đa hình gen OsHKT2;4 - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
3.1.4. Phân tích đa hình gen OsHKT2;4 (Trang 44)
Hình 3.4. Một phần kết quả so sánh các trình tự bằng công cụ MultAlin - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.4. Một phần kết quả so sánh các trình tự bằng công cụ MultAlin (Trang 45)
Bảng 3.2: Vị trí các đa hình nucleotide ở nhóm 2 - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Bảng 3.2 Vị trí các đa hình nucleotide ở nhóm 2 (Trang 46)
Bảng 3.3: Các đa hình amino acid tƣơng ứng với đa hình nucleotide - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Bảng 3.3 Các đa hình amino acid tƣơng ứng với đa hình nucleotide (Trang 47)
Hình 3.5. Mô hình dự đoán cấu trúc bậc ba protein OsHKT2;4 của hai nhóm giống lúa - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.5. Mô hình dự đoán cấu trúc bậc ba protein OsHKT2;4 của hai nhóm giống lúa (Trang 48)
Hình 3.6. Phân bố góc quay của các amino acid trong mô hình cấu trúc 3D qua phân tích Ramachandran Plot - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.6. Phân bố góc quay của các amino acid trong mô hình cấu trúc 3D qua phân tích Ramachandran Plot (Trang 49)
- Vị trí đa hình amino acid thứ 342 là sự thay đổi giữa Serine của nhóm giống lúa 1 với Asparagine của nhóm giống lúa 2 (Hình 3.8.) - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
tr í đa hình amino acid thứ 342 là sự thay đổi giữa Serine của nhóm giống lúa 1 với Asparagine của nhóm giống lúa 2 (Hình 3.8.) (Trang 51)
Hình 3.9. Mô hình dự đoán cấu trúc xuyên màng - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.9. Mô hình dự đoán cấu trúc xuyên màng (Trang 52)
Hình 3.10. Filter pore của protein OsHKT2;4 ở hai nhóm giống lúa - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.10. Filter pore của protein OsHKT2;4 ở hai nhóm giống lúa (Trang 53)
Hình 3.11. Kết quả điện di kiểm tra RNA tổng số - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.11. Kết quả điện di kiểm tra RNA tổng số (Trang 55)
Hình 3.12. Biểu đồ Association curve thể hiện nhiệt độ gắn mồi của phản ứng - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.12. Biểu đồ Association curve thể hiện nhiệt độ gắn mồi của phản ứng (Trang 56)
Hình 3.13. Biểu đồ Amplification curve các mẫu gen OsHKT2;4 - Luận văn thạc sĩ phân tích đa hình di truyền và mức độ biểu hiện của gen OsHKT2 4 ở lúa (oryza sativa)
Hình 3.13. Biểu đồ Amplification curve các mẫu gen OsHKT2;4 (Trang 57)

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w