1. Trang chủ
  2. » Giáo Dục - Đào Tạo

Giải pháp có giám sát cho vấn đề phân loại dữ liệu trình tự metagenomic

30 2 0

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Thông tin cơ bản

Định dạng
Số trang 30
Dung lượng 2,7 MB

Nội dung

Ngày đăng: 27/11/2021, 08:58

Nguồn tham khảo

Tài liệu tham khảo Loại Chi tiết
[1] Handelsman, J.: The New Science of Metagenomics: Revealing the Secrets of Out Microbial Planet. The National Academies Press, ??? (2007) Khác
[2] Wooley, J.C.: A primer on metagenomics. PloS Computational Biology (2010) Khác
[3] Fiers, W., Contreras, R., Ysebaert, M.: Complete nucleotide sequence of bac- teriophage ms2 rna: primary and secondary structure of the replicase gene.Nature 250 (1976) Khác
[4] Sanger, F., Air, G.M., Barrell, B.G., Smith, M.: The nucleotide sequence of bacteriophage phix174 dna. J. Mol Biol 125 (1978) Khác
[6] Zhang, C.: Computational challenges in characterization of bacteria and bacteria-host interactions based on genomic data. Journal of Computer Sci- ence and Technology (2012) Khác
[7] Thomas, T., Gilbert, J., Meyer, F.: Metagenomics - a guide from sampling to data analysis. Microbial Informatics and Experimentation (2012) Khác
[8] Lodish, H., Berk, A., Zipursky, S.L., Matsudaira, P., Baltimore, D., Darnell, J.: Molecular Cell Biology. W. H. Freeman Khác
[9] Sanger, F., Nicklen, S., Coulson, A.R.: Dna sequencing with chain-terminating inhibitors. Proc Natl Acad Sci, USA (1977) Khác
[10] Shendure, J., Ji, H.: Next-generation dna sequencing. Nature Biotechnology (2008) Khác
[11] Metzker, M.L.: Sequencing technologies -the next generation. Nature Review 11(1), 31–46 (2010) Khác
[12] Metzler, D.: Biochemistry: the Chemical Reactions of Living Cells vol. 2.Elsevier, ??? (2003) Khác
[13] Ansorge, W.J.: Next-generation dna sequencing techniques. New biotechnol- ogy 25(4), 195–203 (2009) Khác
[14] Lin Liu, S.L.N.H.Y.H.R.P.D.L.L.L. Yinhu Li, Law, M.: Comparison of next- generation sequencing systems. Hindawi Publishing Corporation Journal of Biomedicine and Biotechnology 12 (2012) Khác
[16] Nalbantoglu, O.U., Sayood, K.: Computational genomic signatures. Synthesis Lectures on Biomedical Engineering 6(2), 1–129 (2011) Khác
[17] Bohlin, J.: Genomic signatures in microbes - properties and applications. The Scientific World Journal 11 (2011) Khác
[18] Mesbah, M., Premachandran, U., Whitman, W.B.: Precise measurement of the g+c content of deoxyribonucleic acid by high-performance liquid chro- matography. International Journal of Systematic Bacteriology 39(2), 159–167 (2011) Khác
[19] Gori, F., Mavroedis, D., Jetten, M.S.M., Marchiori, E.: Genomic signatures for metagenomic data analysis: Exploiting the reverse complementarity of tetranucleotides. In: 2011 IEEE International Conference on Systems Biology (ISB) Khác
[20] Kelley, D.R., Salzberg, S.L.: Clustering metagenomic sequences with interpo- lated markov models. BMC Bioinformatics 11(544) (2010) Khác
[21] Kislyuk, A., Bhatnagar, S., Dushoff, J., Weitz, J.S.: Unsupervised statistical clustering of environmental shotgun sequences. BMC Bioinformatics 10(316) (2009) Khác
[22] Yang, B., Peng, Y., Leung, H.C.M., Yiu, S.M., Chen, J.C., Chin, F.Y.L.: Un- supervised binning of environmental genomic fragments based on an error robust selection of l-mers. BMC Bioionformatics 11 (2010) Khác

HÌNH ẢNH LIÊN QUAN

Hình I.1: Quy trình xử lý của một dự án trong lĩnh vực metagenomics - Giải pháp có giám sát cho vấn đề phân loại dữ liệu trình tự metagenomic
nh I.1: Quy trình xử lý của một dự án trong lĩnh vực metagenomics (Trang 10)
Hình II.1: Ví dụ về phân tử DNA (Nguồn: The U.S. National Library of Medicine). - Giải pháp có giám sát cho vấn đề phân loại dữ liệu trình tự metagenomic
nh II.1: Ví dụ về phân tử DNA (Nguồn: The U.S. National Library of Medicine) (Trang 13)
hệ gien thứ hai. Hình II.2 thể hiện tỉ lệ trung bình các l-mer được chia sẻ - Giải pháp có giám sát cho vấn đề phân loại dữ liệu trình tự metagenomic
h ệ gien thứ hai. Hình II.2 thể hiện tỉ lệ trung bình các l-mer được chia sẻ (Trang 15)
Hình II.3: Ví dụ về sự phong phú của hệ gien. u là một l-mer thuộc hệ gien g1 ,v là mộtl-mer thuộc hệ gieng 2 - Giải pháp có giám sát cho vấn đề phân loại dữ liệu trình tự metagenomic
nh II.3: Ví dụ về sự phong phú của hệ gien. u là một l-mer thuộc hệ gien g1 ,v là mộtl-mer thuộc hệ gieng 2 (Trang 16)
Hình II.2: Sử dụng hai ngưỡng min-score và top-percent để lọc các BLAST hits. - Giải pháp có giám sát cho vấn đề phân loại dữ liệu trình tự metagenomic
nh II.2: Sử dụng hai ngưỡng min-score và top-percent để lọc các BLAST hits (Trang 22)
Hình II.1: Quy trình của giải pháp phân loại. - Giải pháp có giám sát cho vấn đề phân loại dữ liệu trình tự metagenomic
nh II.1: Quy trình của giải pháp phân loại (Trang 22)
Hình II.3: Thuật toán Lowest Common Ancestor. - Giải pháp có giám sát cho vấn đề phân loại dữ liệu trình tự metagenomic
nh II.3: Thuật toán Lowest Common Ancestor (Trang 23)

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w