Tài liệu Báo cáo thực tập tốt nghiệp “Xác định các virus thuộc chi Begomovirus (họ Geminiviridae) trên cây cà chua và cây khác khu vực Hà Nội và vùng phụ cận" doc

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI KHOA CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP Đề tài: “Xác định virus thuộc chi Begomovirus (họ Geminiviridae) cà chua khác khu vực Hà Nội vùng phụ cận ” Giảng viên hướng dẫn: TS.Hà Viết Cường Bộ môn: Bệnh - khoa Nông học Sinh viên thực hiện: Lê Văn Hải Lớp: Công nghệ sinh học – khóa 50 Phần I Mở đầu 1.1 Đặt vấn đề  Họ Geminiviridae họ thực vật lớn (289 lồi) Họ virus có chi chi Begomovirus chi quan trọng số lượng loài (185 loài) (Fauquet et al., 2008), bệnh mà chúng gây trồng  Nhiều bệnh nghiêm trọng trồng xác định begomovirus gây  Begomovirus gây bệnh tạo triệu chứng giống trồng, danh tính chúng xác định dựa phân tích phân tử  Begomovirus virus có gien DNA sợi vịng đơn, kích thước khoảng 2.6 – 2.8 kb Begomovirus có gien đơn (gồm phân tử DNA-A) có gen kép (gồm hai phân tử DNA-A DNA-B) Triệu chứng bệnh xoăn vàng cà chua vector truyền bệnh Hình Triệu chứng bệnh xoăn vàng cà chua (msucares.com) Hình Vector truyền bệnh Bọ phấn (tabaci) (www.aaas.org) Hình 3: triệu chứng begomovirus gây số đối tượng trồng dại (1) Cotton leaf curl virus (www.padil.gov.au), (2) Ludwigia yellow vein Vietnam virus & Ludwigia yellow vein; (3) African cassava mosaic virus (eastafrica.usaid.gov); (4) Siegesbeckia yellow vein Guangxi virus (www.bspp.org.uk); (5) Dolichos yellow mosaic virus (www.bspp.org.uk); (6) Okra yellow crinkle Mali virus (www.bspp.org.uk) CR = common region AV2 AC4 • Cảm ứng triệu chứng • Di chuyển hệ thống AC1 (Rep) CR DNA-A 2.6-2.8kb • Tái • Tương tác với protein ký chủ điều khiển chu kỳ tế bào • Cảm ứng triệu chứng • Di chuyển hệ thống • Tích lũy DNA virus AV1 (CP) • Vỏ protein • Lan truyền qua vector • Xâm nhập nhân tế bào AC3 (REn) AC2 (TrAP) • Hoạt hóa phiên mã • Ức chế phản ứng phịng thủ • Tăng cường tái • Tương tác với protein ký chủ điều khiển chu kỳ tế bào Hình Tổ chức gen phân tử DNA-A begomovirus  Trên giới có 50 loài begomovirus xác định gây hại cà chua  Tại Việt Nam, bệnh xoăn vàng xem bệnh virus quan trọng cà chua Có begomovirus phát gây bệnh xoăn vàng cà chua Việt Nam gồm tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus (TYLCKaV) virus phát miền Bắc tomato leaf curl Vietnam virus (ToLCVV), tomato yellow leaf curl Vietnam virus (TYLCVNV)  Việt Nam dường trung tâm đa dạng begomovirus Nhưng số lượng begomovirus phát 19 lồi, chủ yếu lồi dại Điều gợi ý có nhiều lồi begomovirus gây hại cà chua khác Việt nam cần phải xác định Chính tiến hành đề tài: “Xác định virus thuộc chi Begomovirus (họ Geminiviridae) cà chua khác khu vực Hà Nội vùng phụ cận” Claude Fauquet, 2006 Hình 6: Tám trung tâm đa dạng của geminivirus Trung tâm Đông Nam Á là vòng tròn C (Nawaz-ul-Rehman & Fauquet, 2009) 1.2 Mục đích yêu cầu 1.2.1 Mục đích  Xác định virus thuộc chi Begomovirus cà chua khác khu vực Hà Nội vùng phụ cận 1.2.2 Yêu cầu Điều tra, thu mẫu xử lý mẫu, bệnh virus với triệu chứng điển hình nhóm begomovirus gây cà chua khác Xác định có mặt begomovirus PCR dùng mồi chung DNA-A BegoAFor1 & BegoAReV1 Xác định thành phần loài tìm miền Bắc Việt Nam sử dụng hai cặp mồi đặc hiệu ToLCVV (ToLCVV-sp-F2 & ToLCVV-sp-R2) TYLCVNV(TYLCVNV-sp-F1 & TYLCVNV-sp-R1) Xác định có mặt vệ tinh DNA-β virus cặp mồi đặc hiệu BetaFor2 & BetaRev2 Giải trình tự sản phẩm PCR - mẫu cà chua Giải trình tự sản phẩm khác Phân tích trình tự có sau giải trình tự 3.5 Kết giải trình tự mẫu PCR Mẫu số (Đa Tốn – Gia Lâm – Hà Nội) 5’CACAGGATTTTGGTCAGGTGTTTAACATGTATGATAACGAGCCAAGTACAGCCACAGTGAAGAACGATAACAGAGATCGCTTTCAAGTTCTACGGC GTTTTCAGGCGACTGTTACTGGTGGTCAGTATGCAAGTAAGGAGCAAGCAATAGTTAGGAAGTTTATGAAGGTGAACAACCATGTGACGTATAATCAT CAAGAAGCTGCGAAGTATGACAATCACACAGAGAATGCTCTTTTGTTGTATATGGCATGTACTCATGCTAGTAATCCTGTGTATGCTACTTTGAAAAT CAGAATCTATTTCTATGATTCTGTTCAGAATTAATAAAGATTGAATTTTATTATATTTGAATGTGTTACATATTCTGTCTTTTCCAATACATCCCATA ATACATGATCACATGCTCTAATTACATTGTTAATACTAATTACACCCAAATTATCTAAATATTTCATACATTGAACCCTAAATACTCTTAAGAAACGC CAAGTCTGAGGACGTAAACGAGTCCAGATTTGGAATATTAGAAAACATTGGTGTATTCCCAACGCTTTCCTCAGGTTGTAATTGAATTGGACTTGTAT TGTGATGATGTCGTTGTTCATCAGAAATGGTCTCTCGTCGTGGCTGATTATCTTGAAATATAGGGGATTTTTGACCGTCCAGATATATACGCCACTCT CTGCTTGAGCTGCAGTGATAGCTTCCCCTGTGCGAGAATCCATGATTGTGACAGCCTAGTGCAATGAAGTATGAACAGCCACAAGGAAGATCAACTCT CCGTCTCCTCGTTGCTTTCTTGGCGTTGCGGTGTTGC 3’ Mẫu số 14 (Yên Mỹ - Thanh Trì – Hà Nội) 5’CCCAGGATTTTGGCCAGGTGTTTAACATGTATGATAATGAGCCGAGTACAGCTACTGTGAAGAATGACAACAGGGATCGTTTTCAAGTTCTCCGCC GTTTTCAAGCCACTGTTACTGGTGGCCAGTATGCAAGTAAGGAGCAAGCAATAGTCAGGAAATTCATGAAGGTGAATAACCATGTAACTTATAACCAT CAAGAGGCTGCGAAGTATGATAACCACACAGAAAATGCTTTGTTATTGTATATGGCATGTACTCATGCTAGTAATCCAGTGTATGCTACTTTGAAGAT CAGGATCTATTTCTACGATTCTGTTCAGAATTAATAAAGATTAAATTTTATTATACTTGAATCTTCTGTATCAATTGTGCCTTCTAATACATTGTACA ATACATGAGACATTGCTCTAATTACATTATTGATGCTAATAACTCCTAAATTGTCTAAATACTTAATACATTGATATTTAAATACTCTTAAGAAACGC GAGGTCTGAGGATGTAAACGAGTCCAAACTCGGCAGATTAGAAAACATTGGTGTATCCCCAATGCTTTCCTCAGGTTGTAATTGAATTGGACTTGTAT TGTGATGATGTCGTGGTTCGTCAGAAATGGTCTCTCGTCGTGGCTGGTTATCTTGAAATATAGGGGATTTTTGACCGTCCAGATATATACGCCACTCT CTGCTTGAGCTGCAGTGATAGCTTCCCCTGTGCGAGAATCCATGATTGTGACAGCCTAGTGCAATGAAGTATGAACATCCACAAGGGAGATCAACTCT CCGTCTCCTCGTAGCTTTCTTGGCGTTGCGGTGTTGC 3’ Đu đủ (Yên Phú – Yên Mỹ - Hưng Yên) 5’CACAGGATTTTGGTCAGGTGTTTAACATGTATGATAACGAGCCAAGTACAGCCACTGTGAAGAACGACAACAGAGATCGCTTTCAAGTTCTACGGC GTTTCCAGGCGACTGTTACTGGTGGTCAGTATGCAAGTAAGGAGCAAGCAATAGTTAGGAAGTTTATGAAGGTGAACAACCATGTGACGTATAATCAT CAAGAAGCTGCGAAGTATGACAATCACACAGAGAATGCTCTTTTGTTGTATATGGCATGTACTCATGCTAGTAATCCTGTGTATGCTACTTTGAAAAT CAGAATCTATTTCTATGATTCTGTTCAGAATTAATAAAGATTGAATTTTATTATATTTGAATGTGTTACATATTCTGTTTTTTCCAATACATCCCATA ATACATGATCACATGCTCTAATTACATTGTTAATACTAATTACACCCAAATTATCTAAATATTTCATACATTGAACCCTAAATACTCTTAAGAAACGC CAAGTCTGAGGACGTAAACGAGTCCAGATCTGGAAGATTAGAAAACATTGGTGTATTCCCAACGCTTTCCTCAGGTTGTAATTGAATTGGACTTGTAT TGTGATGATGTCGTGGTTCATCAGAAATGGTCTCTCGTCGTGGTTGGTTATCTTGAAATATAGGGGATTTTTGACCGTCCAGATATATACGCCACTCT CTGCTTGAGTTGCAGTGATAGCTTCCCCTGTGCGAGAATCCATAATTGTGACAGCCTAGTGCAATGAAGTATGAACAGCCACAAGGGAGATCAACTCT CCGTCTCCTCGTTGCTTTCTTGGCGTTGCGGTGTTGC 3’ Hình 14 Trình tự nucleotide sản phẩm PCR dùng mồi BegoAFor1/BegoARev1 Đoạn ORF AC3 mã hóa protein REn bơi đậm với vị trí khởi đầu dịch mã hướng dịch mã mũi tên vuông 3.6 Kết tìm kiếm trình tự tương đồng Bảng 4: : Kết tìm kiếm trình tự tương đồng dựa trình tự 819 nucleotide kết giải trình tự Tên mẫu Mã số Genbank Tên virus Max score * Query Coverage † Max Identity ‡ AM691554 91% Papaya leaf curl China virus isolate F25 1137 96% 91% EU874386 Papaya leaf curl China virus isolate ZM1 1132 96% 91% Papaya leaf curl China virus - [G2] 1132 96% 91% AJ558117 Papaya leaf curl China virus - [G30] 1132 96% 91% DQ641697 Tomato yellow leaf curl Vietnam virus 1110 96% 91% AM691554 Papaya leaf curl China virus, isolate FQ1 1110 96% 91% AM691552 Papaya leaf curl China virus isolate F25 1110 96% 91% EU874386 Papaya leaf curl China virus isolate ZM1 1101 96% 91% AJ558123 Papaya leaf curl China virus - [G2] 1101 96% 91% AJ851005 Ageratum leaf curl virus -[G52] 1370 99% 97% DQ641698 Erectites yellow mosaic virus 982 99% 86% AY602166 Tomato yellow leaf curl Guangdong virus [G3] 975 95% 87% AY602165 Tomato leaf curl Guangdong virus isolate [G2] 942 96% 86% DQ641700 Mẫu số 14 96% AJ558123 Đu đủ 1137 AM691552 Mẫu số Papaya leaf curl China virus isolate FQ1 Papaya leaf curl China virus 935 96% 86% * Các điểm tìm kiếm blast (càng cao tương đồng), † phần trăm chiều dài đoạn chuỗi hỏi tính điểm, ‡ mức tương đờng của chuỗi hỏi với các chuỗi Genbank Bảng 5: Kết tìm kiếm trình tự tương đồng dựa trình tự gen AC3 kết giải trình tự Tên mẫu Mã Genbank Tên Max score * Query Coverage † Max Identity ‡ AJ558117 93% Papaya leaf curl China virus isolate ZM1 594 100% 92% AM691554 Papaya leaf curl China virus, isolate FQ1 590 100% 92% Papaya leaf curl China virus, isolate F25 590 100% 92% AM691553 Papaya leaf curl China virus, isolate LC1-2 585 100% 92% AJ558117 Papaya leaf curl China virus - [G30] 567 100% 91% EU874386 Papaya leaf curl China virus isolate ZM1 563 100% 91% AM691554 Papaya leaf curl China virus FQ1 563 100% 91% AM691552 Papaya leaf curl China virus F 25 563 100% 91% AM691553 Papaya leaf curl China virus LC1-2 558 100% 90% AJ851005 Ageratum leaf curl virus -[G52] 681 100% 97% EU365686 Tomato yellow leaf curl China virus-Dali198, 515 100% 89% AM260703 Tomato yellow leaf curl China virus Y295 502 100% 88% AJ319674 Tomato yellow leaf curl China virus-Tb[Y5], isolate Y5 500 100% 88% EF011559 AC3 Mẫu số 14 100% AM691552 AC3 Đu đủ 600 EU874386 AC3 Mẫu số Papaya leaf curl China virus - [G30] Tomato yellow leaf curl China virus-[YN72], 499 91% 90% * Các điểm tìm kiếm blast (càng cao tương đồng), † phần trăm chiều dài đoạn chuỗi hỏi tính điểm, ‡ mức tương đồng của chuỗi hỏi với các ch̃i Genbank 3.7 Kết phân tích trình tự nucleotide Bảng 6: Mức tương đồng nucleotide dựa so sánh đoạn 819 nts mẫu begomovirus từ nghiên cứu với đoạn tương ứng 41 chuỗi virus GenBank Stt Mã GenBank Tên virus Ký hiệu Nguồn gốc Mẫu Mẫu 14 Đu đủ AM691554 Papaya leaf curl China virus [FQ1] PaLCuCNV-FQ1 Trung Quốc 0.897 0.833 0.903 AM691552 Papaya leaf curl China virus [F25] PaLCuCNV-F25 Trung Quốc 0.897 0.833 0.903 EU874386 Papaya leaf curl China virus [ ZM1] PaLCuCNV-ZM1 Trung Quốc 0.894 0.833 0.902 AJ558123 Papaya leaf curl China virus [G2] PaLCuCNV-G2 Trung Quốc 0.894 0.829 0.902 AJ558117 Papaya leaf curl China virus [G30] PaLCuCNV-G30 Trung Quốc 0.894 0.833 0.902 AJ811914 Papaya leaf curl China virus [G4] PaLCuCNV-G4 Trung Quốc 0.894 0.829 0.900 AM691553 Papaya leaf curl China virus [LC1-2] PaLCuCNV-LC1-2 Trung Quốc 0.892 0.830 0.899 AJ704604 Papaya leaf curl China virus [G22] PaLCuCNV-G22 Trung Quốc 0.888 0.827 0.895 AJ558125 Papaya leaf curl China virus [G10] PaLCuCNV-G10 Trung Quốc 0.883 0.835 0.890 10 AJ558124 Papaya leaf curl China virus [G8] PaLCuCNV-G8 Trung Quốc 0.879 0.840 0.888 11 DQ641700 Papaya leaf curl China virus [VN] PaLCuCNV-VN Việt Nam 0.879 0.847 0.885 12 DQ641697 Tomato yellow leaf curl Vietnam virus TYLCVNV Việt Nam 0.897 0.826 0.901 13 AJ851005 Ageratum leaf curl virus ALCV Trung Quốc 0.893 0.970 0.898 14 DQ641698 Erectites yellow mosaic virus EYMV Việt Nam 0.845 0.860 0.857 15 AY602166 Tomato yellow leaf curl Guangdong virus TYLCGDV Trung Quốc 0.838 0.857 0.840 16 AJ810156 Stachytarpheta leaf curl virus SLCV Trung Quốc 0.836 0.847 0.838 17 AJ437618 Ageratum enation virus AEV Nepal 0.756 0.743 0.761 18 X74516 Ageratum yellow vein virus AYVV Singapo 0.827 0.774 0.830 19 AF363011 Cotton leaf curl Rajasthan virus CLCuRV Ấn Độ 0.696 0.695 0.692 20 AJ438936 Eupatorium yellow vein virus EpYVV Nhật Bản 0.711 0.711 0.716 Tiếp Bảng 21 AJ314739 Indian cassava mosaic virus ICMV Ấn Độ 0.712 0.701 0.712 22 AF126406 Mungbean yellow mosaic India virus MYMIV Ấn Độ 0.625 0.629 0.623 23 AF509739 Luffa yellow mosaic virus LYMV Việt Nam 0.677 0.670 0.676 24 D14703 Mungbean yellow mosaic virus MYMV Thái Lan 0.630 0.621 0.628 25 AF314531 Pepper leaf curl Bangladesh virus PepLCBV Bangladesh 0.760 0.745 0.767 26 AB050781 Soybean crinkle leaf virus SCLV Nhật Bản 0.817 0.774 0.824 27 AF509743 Squash leaf curl China virus SLCCNV Việt Nam 0.690 0.689 0.687 28 AJ566744 Tobacco leaf curl Yunnan virus TbLCuYNV Trung Quốc 0.800 0.756 0.810 29 AF195782 Tomato leaf curl Lao virus ToLCLV Lào 0.805 0.816 0.807 30 AF264063 Tomato leaf curl Vietnam virus ToLCVNV Việt Nam 0.813 0.782 0.816 31 AF189018 Tomato yellow leaf curl Indonesia virus ToLCInV Indonesia 0.734 0.723 0.731 32 AY514630 Tomato yellow leaf curl Thailand virus TYLCTHV Thái Lan 0.785 0.802 0.797 33 AF327436 Tomato leaf curl Malaysia virus TLCMaLV Malaysia 0.785 0.791 0.791 34 AF414287 Pepper leaf curl virus PepLCV Malaysia 0.829 0.841 0.838 35 EU487040 Tomato leaf curl Philippines virus ToLCPV Philippin 0.802 0.805 0.799 36 DQ641701 Lindernia anagallis yellow vein virus LaYVV Việt Nam 0.703 0.700 0.709 37 AM050736 Alternanthera yellow vein virus AlYVV Trung Quốc 0.737 0.723 0.739 38 AF104036 Sweet potato leaf curl virus SPLCV Mỹ 0.523 0.508 0.519 39 AJ223191 Chayote yellow mosaic virus CYMV Nigeria 0.686 0.672 0.686 40 AM980509 Tomato yellow leaf curl China virus-[Y278] TYLCuCNV-Y278 Trung Quốc 0.762 0.785 0.777 41 AM181683 Tomato yellow leaf curl China virus-[Y322] TYLCuCNV-Y322 Trung Quốc 0.774 0.778 0.785 Kết so sánh mức tương đồng gen AC3 Bảng 7: Mức tương đồng nucleotide dựa so sánh đoạn trình tự gen AC3 mẫu begomovirus từ nghiên cứu với đoạn tương ứng 41 chuỗi virus Genbank Nguồn gốc Mẫu số Mẫu số 14 Đu đủ PaLCuCNV [FQ1] Trung quốc 0.903 0.809 0.918 Papaya leaf curl China virus-[F25] PaLCuCNV [F25] Trung quốc 0.903 0.809 0.918 AJ811914 Papaya leaf curl China virus-[G4] PaLCuCNV [G4] Trung quốc 0.898 0.804 0.913 AM691553 Papaya leaf curl China virus-[LC1-2] PaLCuCNV [LC1-2] Trung quốc 0.901 0.812 0.916 AJ558123 Papaya leaf curl China virus-[G2] PaLCuCNV [G2] Trung quốc 0.898 0.802 0.916 AJ558117 Papaya leaf curl China virus-[G30] PaLCuCNV [G30] Trung quốc 0.906 0.804 0.923 EU874386 Papaya leaf curl China virus isolate ZM1 PaLCuCNV [ZM1] Trung quốc 0.903 0.802 0.920 DQ641697 Tomato yellow leaf curl Vietnam virus TYLCVNV Việt Nam 0.898 0.800 0.913 AJ558125 Papaya leaf curl China virus - [G10] PaLCuCNV [G10] Trung quốc 0.886 0.800 0.901 10 AJ876548 Papaya leaf curl China virus -[G43] PaLCuCNV [G43] Trung quốc 0.891 0.797 0.903 11 AJ849937 Papaya leaf curl China virus -[47] PaLCuCNV [G47] Trung quốc 0.888 0.800 0.901 12 AJ849938S Papaya leaf curl China virus -[G48] PaLCuCNV [G48] Trung quốc 0.891 0.797 0.903 13 AJ849916 Ageratum yellow vein China virus - [G68] AgYLVCNV Trung quốc 0.893 0.797 0.908 14 NC_005321 Papaya leaf curl China virus - [G8] PaLCuCNV [G8] Trung quốc 0.881 0.792 0.898 15 DQ641700 Papaya leaf curl China virus PaLCuCNV Việt Nam 0.888 0.795 0.901 16 AB100304 Tomato leaf curl Java virus TLCJV Indonesia 0.874 0.780 0.883 17 AJ704604 Papaya leaf curl China virus, isolate G22 PaLCuCNV [G22] Trung quốc 0.891 0.802 0.906 18 AB050781 Soybean crinkle leaf virus SCLV Nhật Bản 0.866 0.782 0.883 19 DQ641695 Mimosa yellow leaf curl virus MYLCV Việt Nam 0.891 0.809 0.896 20 AJ965539 Ludwigia yellow vein virus, isolate G37 LYViV Trung quốc 0.782 0.804 0.797 Stt Mã GenBank Tên virus AM691554 Papaya leaf curl China virus-[FQ1] AM691552 Ký hiệu Tiếp Bảng 21 DQ641699 Ludwigia yellow vein Vietnam virus LYViVNV Việt Nam 0.790 0.817 0.804 22 NC009547 Sida yellow vein Vietnam virus SiYViVNV Việt Nam 0.807 0.837 0.817 23 AF195782 Tomato leaf curl Lao virus TLCLV Lào 0.802 0.841 0.812 24 EU487040 Tomato leaf curl Philippines virus isolate P118 TLCPV.P118 Philippin 0.800 0.812 0.804 25 AF327436 Tomato leaf curl Malaysia virus TYLCMV Malaysia 0.787 0.829 0.797 26 AJ420319 Squash leaf curl Yunnan virus, isolate Y23 SLCYV.Y23 Trung quốc 0.676 0.706 0.683 27 AY514630 Tomato yellow leaf curl Thailand virus strain Chiang Mai TYLCTLV.CM 0.802 0.844 0.809 28 AY514632 Tomato yellow leaf curl Thailand virus strain Sakon Nakhon TYLCTLV.SK 0.802 0.844 0.809 29 EF577266 Tomato yellow leaf curl Thailand virus LY3 TYLCTLV.LY3 Thái Lan 0.785 0.839 0.797 30 AF414287 Pepper leaf curl virus PeLCV Malaysia 0.809 0.851 0.814 31 DQ641698 Erectites yellow mosaic virus EYMV Việt Nam 0.832 0.866 0.837 32 DQ866128 Tomato leaf curl Taiwan virus isolate LJC14-2 TLCTV.LJC14-2 Đài Loan 0.780 0.827 0.787 33 AJ851005 Ageratum leaf curl virus -[G52] ALCV.G52 Trung quốc 0.856 0.967 0.864 34 AY602166 Tomato yellow leaf curl Guangdong virus G3 TYLVGDV.G3 Trung quốc 0.824 0.861 0.832 35 AF511529 Tomato yellow leaf curl Kanchanaburi virus TYLCKaV Thái Lan 0.753 0.718 0.748 36 DQ641706 Sida leaf curl virus isolate 61 SiLCV Việt Nam 0.735 0.745 0.740 37 DQ641692 Clerodendrum golden mosaic virus CGMV Việt Nam 0.688 0.696 0.693 38 AY795900 Lindernia anagallis yellow vein virus LAYViV Trung quốc 0.708 0.699 0.711 39 AY727903 Corchorus yellow vein Vietnam virus CYViVNV Việt Nam 0.592 0.570 0.595 40 EU636712 Corchorus golden mosaic virus CGMV Ấn Độ 0.597 0.597 0.600 41 AF012300 Tomato mottle taino virus ToMoTV CuBa 0.575 0.565 0.575 Thái Lan Thái Lan 3.8 Kết so sánh mức tương đồng nucleotide của 11 isolate PaLCuCNV (dựa đoạn 819 nts) Bảng 8: Mức tương đồng nucleotide của 11 isolate PaLCuCNV (dựa đoạn 819 nts) Isolate 10 PaLCuCNV.FQ1.TQ [1] ID PaLCuCNV.F25.TQ [2] 1.000 ID PaLCuCNV.LC1-2.TQ[3] 0.995 0.995 ID PaLCuCNV.G4.TQ [4] 0.996 0.996 0.991 ID PaLCuCNV.G22.TQ [5] 0.979 0.979 0.974 0.975 ID PaLCuCNV.G2.TQ [6] 0.992 0.992 0.987 0.989 0.976 ID PaLCuCNV.ZM1.TQ [7] 0.969 0.969 0.964 0.965 0.963 0.969 ID PaLCuCNV.G30.TQ [8] 0.969 0.969 0.964 0.965 0.963 0.969 0.997 ID PaLCuCNV.VietNam [9] 0.942 0.942 0.937 0.939 0.953 0.942 0.952 0.952 ID PaLCuCNV.G8.TQ [10] 0.953 0.953 0.948 0.950 0.962 0.953 0.952 0.952 0.972 ID PaLCuCNV.G10.TQ [11] 0.946 0.946 0.941 0.942 0.954 0.944 0.946 0.946 0.962 0.958 Ghi chú: Số thứ tự từ đến 10 ở hàng cùng tương ứng với số thứ tự isolate (số ngoặc vuông) ở cột isolate ID là identical (giá trị tương đồng của một isolate với chính nó và bằng 1) 3.9 Kết xây dựng phân tích phả hệ Hình 15: Cây phả hệ dựa phân tích đoạn 819 nts mẫu virus phân lập từ nghiên cứu đoạn tương ứng 41 chuỗi virus GenBank Các chuỗi nắn phần mềm Clustal X Khoảng cách di truyền phả hệ xây dựng dùng phần mềm MEGA 4.0 Giá trị bootraps (%) với 1000 lần lặp lại rõ gốc nhánh Thanh (bar) thể khoảng cách di truyền 0.05 Danh tính virus trình bày Bảng Hình 16: Cây phả hệ dựa phân tích trình tự nts gen AC3 mẫu virus phân lập từ nghiên cứu đoạn tương ứng 41 chuỗi virus GenBank Các chuỗi nắn phần mềm Clustal X Khoảng cách di truyền phả hệ xây dựng dùng phần mềm MEGA 4.0 Giá trị bootraps (%) với 1000 lần lặp lại rõ gốc nhánh Thanh (bar) thể khoảng cách di truyền 0.05 Danh tính virus trình bày Bảng Phần IV: Kết luận kiến nghị 4.1 Kết luận Điều tra tỉ lệ bệnh  Kết điều tra cho thấy cà chua nhiễm bệnh vụ thu đông không cao vùng có sử dụng giống kháng có tỉ lệ bệnh thấp so với vùng không sử dụng giống kháng 2.Tính đặc hiệu cặp mồi chung cho phân tử DNA-A begomovirus  Cặp mồi chung BegoAFor1 & BegoAReV1 chứng minh có khả phát begomovirus cà chua khác 3.Tính đặc hiệu cặp mồi đặc hiệu ToLCVV TYLCVV  Cả cặp mồi đặc hiệu chứng tỏ khả phát phân biệt virus ToLCVV TYLCVNV Lần phát có mặt Ageratum leaf curl virus (ALCV) cà chua Việt Nam  Dựa kết phân tích mức độ tương đồng phả hệ phát thấy virus nhiễm mấu số 14 thuộc lồi Ageratum leaf curl virus (ALCV) Tuy nhiên, kết luận khẳng định giải mã đầy đủ trình tự gen virus Đã phát begomovirus cà chua đu đủ  Dựa kết so sánh mức độ tương đồng (Bảng 10 Bảng 12) kết phân tích phả hệ (Hình 17, Hình 18) chúng tơi phát begomovirus Dựa vào triệu chứng điển hình nhiễm virus địa điểm thu thập mẫu, theo hướng dẫn cách đặt tên virus thuộc họ Geminiviridae ICTV (Fauquet & Stanley (2005)), đặt tên virus tomato leaf curl Gialam virus viết tắt (ToLCGLV) 4.2 Kiến nghị Tiếp tục giải mã toàn bộ gien của AGLV ToLCGLV đồng thời nghiên cứu các đặc điểm sinh học tính gây bệnh, khả lan truyền, phổ ký chủ cũng điều tra để xác định mức độ phổ biến của virus này Tiếp tục điều tra, thu thập phát hiện các begomovirus khác gây hại cà chua cũng các trồng khác cả nước ... Xác định virus thuộc chi Begomovirus cà chua khác khu vực Hà Nội vùng phụ cận 1.2.2 Yêu cầu Điều tra, thu mẫu xử lý mẫu, bệnh virus với triệu chứng điển hình nhóm begomovirus gây cà chua khác. .. DNA-A begomovirus  Trên giới có 50 lồi begomovirus xác định gây hại cà chua  Tại Việt Nam, bệnh xoăn vàng xem bệnh virus quan trọng cà chua Có begomovirus phát gây bệnh xoăn vàng cà chua Việt... begomovirus phát 19 lồi, chủ yếu lồi dại Điều gợi ý có nhiều lồi begomovirus gây hại cà chua khác Việt nam cần phải xác định Chính chúng tơi tiến hành đề tài: “Xác định virus thuộc chi Begomovirus