Luận văn tốt nghiệp nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh tiêu chảy thành dịch ở lợn PED tại miền bắc việt nam

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN TRUNG TIẾN NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA BỆNH TIÊU CHẢY THÀNH DỊCH Ở LỢN (PED) TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 64 01 08 Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Nguyễn Bá Hiên NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2018 Mangh■■ng Luôn 123doc Th■a thu■n l■icam s■ tr■ h■u k■t s■ nghi■m t■im■t d■ng s■website mang kho m■i th■ m■ l■i d■n CH■P vi■n nh■ng cho ■■u kh■ng ng■■i NH■N quy■n chia dùng, l■ CÁC s■l■i v■i và■I■U t■t công h■n mua nh■t 2.000.000 ngh■ bán KHO■N cho tàihi■n ng■■i li■u TH■A tài th■ hàng li■u dùng hi■n THU■N ■■u ■ t■t Khi ■■i, Vi■t c■ khách b■n l■nh Nam Chào online hàng v■c: Tác m■ng tr■ khơng tài phong thành b■n khác chun ■■n thành tíngì d■ng, v■i so nghi■p, viên 123doc v■i cơng c■a b■n hồn ngh■ 123doc g■c h■o, thơng B■n và■■ n■p có tin, cao th■ ti■n ngo■i tính phóng vào ng■, Khách trách tài to,kho■n nhi■m thu nh■ c■a ■■i hàng tùy123doc, v■i ý cót■ng th■b■n d■ ng■■i dàng s■ dùng ■■■c tra c■u M■c h■■ng tàitiêu li■u nh■ng hàng m■t■■u quy■n cáchc■a l■i123doc.net sau xác,n■p nhanh ti■n tr■ chóng thành website th■ vi■n tài li■u online l■n nh■t Vi■t Nam, cung c■p nh■ng tài li■u ■■c khơng th■ tìm th■y th■ tr■■ng ngo■i tr■ 123doc.net Nhi■u event thú v■, event ki■m ti■n thi■t th■c 123doc luôn t■o c■ h■i gia t■ng thu nh■p online cho t■t c■ thành viên c■a website Mangh■n Luôn Th■a Xu■t Sau Nhi■u 123doc h■■ng phát thu■n l■i event cam s■ nh■n m■t tr■ t■ h■u k■t s■ thú nghi■m t■i ýxác n■m t■■ng m■t d■ng v■, s■ nh■n website mang event kho m■i ■■i, t■o t■ th■ m■ l■i c■ng ki■m ■■ng d■n 123doc CH■P vi■n nh■ng cho ■■u ■■ng ti■n h■ kh■ng ng■■i NH■N ■ã quy■n th■ng thi■t chia t■ng ki■m dùng, l■ CÁC s■ th■c s■ l■i b■■c v■i ti■n vàchuy■n ■I■U t■t công h■n mua 123doc online kh■ng nh■t 2.000.000 ngh■ bán KHO■N sang b■ng cho tài ■■nh hi■n ng■■i li■u ph■n tài TH■A tài v■ th■ li■u hàng t■o li■u thơng dùng tríhi■n THU■N hi■u c■ c■a ■■u ■ tin t■t h■i Khi ■■i, qu■ Vi■t xác c■ khách gia b■n nh■t, minh l■nh Nam t■ng Chào online hàng uy tài v■c: l■nh thu Tác m■ng tín kho■n tr■ nh■p khơng tài phong v■c cao thành b■n email nh■t tài online khác chuyên ■■n li■u thành tínb■n Mong cho d■ng, v■i so nghi■p, viên kinh ■ã t■t 123doc 123doc.net! v■i mu■n công ■■ng c■a c■ doanh b■n hoàn mang ngh■ 123doc ký g■c online thành v■i h■o, Chúng l■i thông B■n 123doc.netLink cho viên Tính ■■ n■p có tơi tin, c■ng c■a cao th■ ■■n cung ti■n ngo■i tính website phóng ■■ng th■i vào c■p ng■, Khách trách xác tài ■i■m D■ch xã to,kho■n th■c nhi■m h■i thutháng V■ nh■ m■t s■ c■a (nh■ ■■i hàng ■■■c tùy ngu■n 5/2014; 123doc, v■i ■■■c ý cóg■i t■ng th■ tài 123doc v■ mơ nguyên b■n d■ ng■■i ■■a t■ dàng s■ v■■t d■■i tri dùng ■■■c ch■ tra th■c m■c ■ây) email c■u M■c h■■ng quý 100.000 cho tài b■n tiêu báu, li■u b■n, nh■ng ■ã hàng phong m■t l■■t tùy ■■ng ■■u quy■n cách truy thu■c phú, ky, c■a c■p ■a l■i b■n vào 123doc.net m■i d■ng, sau xác, vuingày, n■p lòng “■i■u nhanh giàu ti■n s■ ■■ng tr■ giá Kho■n chóng h■u thành tr■ nh■p 2.000.000 website ■■ng Th■a th■ email vi■n th■i Thu■n c■a thành mong tài v■ li■u viên mu■n S■ online ■■ng D■ng click t■o l■n ký, D■ch ■i■u vào nh■t l■t link ki■n V■” vào Vi■t 123doc top sau cho Nam, 200 ■ây cho ■ã cung các (sau g■iwebsite c■p users ■âynh■ng ■■■c cóph■ thêm tài bi■n g■i thu li■u t■t nh■t nh■p ■■c T■it■i khơng t■ng Chính Vi■tth■i th■ Nam, v■y ■i■m, tìm t■123doc.net th■y l■chúng tìm ki■m tơi th■ racóthu■c ■■i tr■■ng th■nh■m c■p top ngo■i 3nh■t ■áp Google tr■ ■KTTSDDV ■ng 123doc.net Nh■n nhu c■u ■■■c theo chiaquy■t danh s■ tài hi■u li■udo ch■t c■ng l■■ng ■■ng vàbình ki■mch■n ti■n online website ki■m ti■n online hi■u qu■ uy tín nh■t Lnh■n 123doc Sau Th■a Xu■t h■■ng phát thu■n cam nh■n m■t t■k■t s■ t■i ýxác n■m t■■ng d■ng s■ nh■n website mang ■■i, t■o t■l■i c■ng ■■ng d■n 123doc CH■P nh■ng ■■u ■■ng h■ NH■N ■ã quy■n th■ng chia t■ng ki■m CÁC s■s■ l■i b■■c ti■n vàchuy■n ■I■U t■t mua online kh■ng nh■t bán KHO■N sang b■ng cho tài ■■nh ng■■i li■u ph■n tài TH■A v■ li■u hàng thông dùng tríTHU■N hi■u c■a ■■u tin Khi qu■ Vi■t xác khách nh■t, minh Nam Chào hàng uy tài l■nh Tác m■ng tín kho■n tr■ phong v■c cao thành b■n email nh■t tàichuyên ■■n li■u thành b■n Mong v■i nghi■p, viên kinh ■ã 123doc 123doc.net! mu■n ■■ng c■a doanh hoàn mang 123doc kýonline v■i h■o, Chúng l■ivà 123doc.netLink cho Tính ■■ n■p tơi c■ng cao ■■n cung ti■n tính ■■ng th■i vào c■p trách xác tài ■i■m D■ch xãkho■n th■c nhi■m h■itháng V■ m■t s■ c■a (nh■ ■■i ■■■c ngu■n 5/2014; 123doc, v■i ■■■c g■i t■ng tài 123doc v■ mô nguyên b■n ng■■i ■■a t■s■ v■■t d■■i tri dùng ■■■c ch■ th■c m■c ■ây) email M■c h■■ng quý 100.000 cho b■n tiêu báu, b■n, nh■ng ■ã hàng phong l■■t tùy ■■ng ■■u quy■n truy thu■c phú, ky, c■a c■p ■a l■i b■n vào 123doc.net m■i d■ng, sau vuingày, n■p lòng “■i■u giàu ti■n s■ ■■ng tr■ giá Kho■n h■u thành tr■ nh■p 2.000.000 website ■■ng Th■a th■ email vi■n th■i Thu■n c■a thành mong tài v■ li■u viên mu■n S■ online ■■ng D■ng click t■o l■n ký, D■ch ■i■u vào nh■t l■t link ki■n V■” vào Vi■t 123doc top sau cho Nam, 200 ■ây cho ■ã cung các (sau g■iwebsite c■p users ■âynh■ng ■■■c cóph■ thêm tài bi■n g■i thu li■u t■t nh■t nh■p ■■c T■it■i khơng t■ng Chính Vi■tth■i th■ Nam, v■y ■i■m, tìm t■123doc.net th■y l■chúng tìm ki■m tơi th■ racóthu■c ■■i tr■■ng th■nh■m c■p top ngo■i 3nh■t ■áp Google tr■ ■KTTSDDV ■ng 123doc.net Nh■n nhu c■u ■■■c theo chiaquy■t danh s■ tài hi■u li■udo ch■t c■ng l■■ng ■■ng vàbình ki■mch■n ti■n online website ki■m ti■n online hi■u qu■ uy tín nh■t Lnh■n Th■a Xu■t Sau Nhi■u 123doc Mang h■■ng phát thu■n l■i event cam s■ nh■n m■t tr■ t■ h■u k■t s■ thú nghi■m t■i ýxác n■m t■■ng m■t d■ng v■, s■ nh■n website mang event kho m■i ■■i, t■o t■ th■ m■ l■i c■ng ki■m ■■ng d■n 123doc CH■P vi■n nh■ng cho ■■u ■■ng ti■n h■ kh■ng ng■■i NH■N ■ã quy■n th■ng thi■t chia t■ng ki■m dùng, l■ CÁC s■ th■c s■ l■i b■■c v■i ti■n vàchuy■n ■I■U t■t công h■n mua 123doc online kh■ng nh■t 2.000.000 ngh■ bán KHO■N sang b■ng cho tài ■■nh hi■n ng■■i li■u ph■n tài TH■A tài v■ th■ li■u hàng t■o li■u thông dùng tríhi■n THU■N hi■u c■ c■a ■■u ■ tin t■t h■i Khi ■■i, qu■ Vi■t xác c■ khách gia b■n nh■t, minh l■nh Nam t■ng Chào online hàng uy tài v■c: l■nh thu Tác m■ng tín kho■n tr■ nh■p khơng tài phong v■c cao thành b■n email nh■t tài online khác chun ■■n li■u thành tínb■n Mong cho d■ng, v■i so nghi■p, viên kinh ■ã t■t 123doc 123doc.net! v■i mu■n công ■■ng c■a c■ doanh b■n hoàn mang ngh■ 123doc ký g■c online thành v■i h■o, Chúng l■i thơng B■n 123doc.netLink cho viên Tính ■■ n■p có tơi tin, c■ng c■a cao th■ ■■n cung ti■n ngo■i tính website phóng ■■ng th■i vào c■p ng■, Khách trách xác tài ■i■m D■ch xã to,kho■n th■c nhi■m h■i thutháng V■ nh■ m■t s■ c■a (nh■ ■■i hàng ■■■c tùy ngu■n 5/2014; 123doc, v■i ■■■c ý cóg■i t■ng th■ tài 123doc v■ mô nguyên b■n d■ ng■■i ■■a t■ dàng s■ v■■t d■■i tri dùng ■■■c ch■ tra th■c m■c ■ây) email c■u M■c h■■ng quý 100.000 cho tài b■n tiêu báu, li■u b■n, nh■ng ■ã hàng phong m■t l■■t tùy ■■ng ■■u quy■n cách truy thu■c phú, ky, c■a c■p ■a l■i b■n vào 123doc.net m■i d■ng, sau xác, vuingày, n■p lòng “■i■u nhanh giàu ti■n s■ ■■ng tr■ giá Kho■n chóng h■u thành tr■ nh■p 2.000.000 website ■■ng Th■a th■ email vi■n th■i Thu■n c■a thành mong tài v■ li■u viên mu■n S■ online ■■ng D■ng click t■o l■n ký, D■ch ■i■u vào nh■t l■t link ki■n V■” vào Vi■t 123doc top sau cho Nam, 200 ■ây cho ■ã cung các (sau g■iwebsite c■p users ■âynh■ng ■■■c cóph■ thêm tài bi■n g■i thu li■u t■t nh■t nh■p ■■c T■it■i khơng t■ng Chính Vi■tth■i th■ Nam, v■y ■i■m, tìm t■123doc.net th■y l■chúng tìm ki■m tơi th■ racóthu■c ■■i tr■■ng th■nh■m c■p top ngo■i 3nh■t ■áp Google tr■ ■KTTSDDV ■ng 123doc.net Nh■n nhu c■u ■■■c theo chiaquy■t danh s■ tài hi■u li■udo ch■t c■ng l■■ng ■■ng vàbình ki■mch■n ti■n online website ki■m ti■n online hi■u qu■ uy tín nh■t u■t phát Nhi■u Mang Ln 123doc Th■a Xu■t Sau h■n h■■ng phát thu■n l■i event s■ cam nh■n t■ m■t tr■ t■ h■u ýk■t s■ thú nghi■m t■i ýt■■ng xác n■m t■■ng m■t d■ng v■, s■ nh■n website mang event t■o kho m■i ■■i, t■o t■ c■ng th■ m■ l■i c■ng ki■m ■■ng d■n 123doc CH■P vi■n nh■ng cho ■■ng ■■u ■■ng ti■n h■ kh■ng ng■■i NH■N ■ã quy■n th■ng thi■t chia ki■m t■ng ki■m dùng, l■ CÁC s■ th■c ti■n s■ l■i b■■c v■i ti■n vàchuy■n ■I■U t■t công online h■n mua 123doc online kh■ng nh■t 2.000.000 ngh■ bán KHO■N b■ng sang b■ng cho tài ■■nh hi■n tài ng■■i li■u ph■n tài TH■A li■u tài v■ th■ li■u hàng t■o li■u thơng dùng trí hi■u hi■n THU■N hi■u c■ c■a ■■u ■ tin qu■ t■t h■i Khi ■■i, qu■ Vi■t xác c■ khách gia nh■t, b■n nh■t, minh l■nh Nam t■ng Chào online uy hàng uy tài v■c: l■nh thu Tác tín m■ng tín kho■n tr■ cao nh■p khơng tài phong v■c cao thành b■n nh■t email nh■t tài online khác chuyên ■■n li■u thành tín Mong b■n Mong cho d■ng, v■i so nghi■p, viên kinh ■ã mu■n t■t 123doc 123doc.net! v■i mu■n công ■■ng c■a c■ doanh b■n mang hoàn mang ngh■ 123doc ký g■c online thành v■i l■i h■o, Chúng l■i thông B■n cho 123doc.netLink cho viên Tính ■■ n■p có c■ng tin, c■ng c■a cao th■ ■■n cung ti■n ngo■i ■■ng tính website phóng ■■ng th■i vào c■p ng■, Khách trách xác xã tài ■i■m D■ch xã to,h■i kho■n th■c nhi■m h■i thum■t tháng V■ nh■ m■t s■ c■a (nh■ ■■i hàng ngu■n ■■■c tùy ngu■n 5/2014; 123doc, v■i ■■■c ý cótài g■i t■ng th■ tài 123doc ngun v■ mơ nguyên b■n d■ ng■■i ■■a t■ dàng s■ v■■t tri d■■i tri dùng ■■■c ch■ th■c tra th■c m■c ■ây) email c■u quý M■c h■■ng quý 100.000 cho tài báu, b■n tiêu báu, li■u b■n, nh■ng phong ■ã hàng phong m■t l■■t tùy ■■ng ■■u phú, quy■n cách truy thu■c phú, ky, c■a c■p ■a ■a l■i b■n vào d■ng, 123doc.net m■i d■ng, sau xác, vuingày, n■p giàu lòng “■i■u nhanh giàu ti■n giá s■ ■■ng tr■ giá Kho■n chóng h■u tr■ thành tr■ nh■p ■■ng 2.000.000 website ■■ng Th■a th■ email th■i vi■n th■i Thu■n mong c■a thành mong tài v■ li■u mu■n viên mu■n S■ online ■■ng D■ng t■o click t■o l■n ■i■u ký, D■ch ■i■u vào nh■t l■t link ki■n ki■n V■” vào Vi■t 123doc cho top sau cho Nam, cho 200 ■ây cho ■ã cung các (sau g■i users website c■p users ■âynh■ng có ■■■c cóph■ thêm thêm tài bi■n g■i thu thu li■u t■t nh■p nh■t nh■p ■■c T■it■i Chính khơng t■ng Chính Vi■tth■i vìth■ Nam, vìv■y v■y ■i■m, tìm 123doc.net t■123doc.net th■y l■chúng tìm ki■m tơi th■ racó ■■i thu■c ■■i tr■■ng th■ nh■m nh■m c■p top ngo■i ■áp 3nh■t ■áp Google ■ng tr■ ■KTTSDDV ■ng 123doc.net nhu Nh■n nhuc■u c■u ■■■c chia theo chias■ quy■t danh s■tàitài hi■u li■u li■uch■t ch■t c■ng l■■ng l■■ng ■■ng vàvàki■m bình ki■mch■n ti■n ti■nonline online website ki■m ti■n online hi■u qu■ uy tín nh■t Nhi■u Mang Luôn 123doc Th■a Xu■t Sau h■n h■■ng phát thu■n l■i event s■ cam nh■n m■t tr■ t■ h■u k■t s■ thú nghi■m t■i ýxác n■m t■■ng m■t d■ng v■, s■ nh■n website mang event kho m■i ■■i, t■o t■ th■ m■ l■i c■ng ki■m ■■ng d■n 123doc CH■P vi■n nh■ng cho ■■u ■■ng ti■n h■ kh■ng ng■■i NH■N ■ã quy■n th■ng thi■t chia t■ng ki■m dùng, l■ CÁC s■ th■c s■ l■i b■■c v■i ti■n vàchuy■n ■I■U t■t công h■n mua 123doc online kh■ng nh■t 2.000.000 ngh■ bán KHO■N sang b■ng cho tài ■■nh hi■n ng■■i li■u ph■n tài TH■A tài v■ th■ li■u hàng t■o li■u thơng dùng tríhi■n THU■N hi■u c■ c■a ■■u ■ tin t■t h■i Khi ■■i, qu■ Vi■t xác c■ khách gia b■n nh■t, minh l■nh Nam t■ng Chào online hàng uy tài v■c: l■nh thu Tác m■ng tín kho■n tr■ nh■p khơng tài phong v■c cao thành b■n email nh■t tài online khác chuyên ■■n li■u thành tínb■n Mong cho d■ng, v■i so nghi■p, viên kinh ■ã t■t 123doc 123doc.net! v■i mu■n cơng ■■ng c■a c■ doanh b■n hồn mang ngh■ 123doc ký g■c online thành v■i h■o, Chúng l■i thông B■n 123doc.netLink cho viên Tính ■■ n■p có tơi tin, c■ng c■a cao th■ ■■n cung ti■n ngo■i tính website phóng ■■ng th■i vào c■p ng■, Khách trách xác tài ■i■m D■ch xã to,kho■n th■c nhi■m h■i thutháng V■ nh■ m■t s■ c■a (nh■ ■■i hàng ■■■c tùy ngu■n 5/2014; 123doc, v■i ■■■c ý cóg■i t■ng th■ tài 123doc v■ mô nguyên b■n d■ ng■■i ■■a t■ dàng s■ v■■t d■■i tri dùng ■■■c ch■ tra th■c m■c ■ây) email c■u M■c h■■ng quý 100.000 cho tài b■n tiêu báu, li■u b■n, nh■ng ■ã hàng phong m■t l■■t tùy ■■ng ■■u quy■n cách truy thu■c phú, ky, c■a c■p ■a l■i b■n vào 123doc.net m■i d■ng, sau xác, vuingày, n■p lòng “■i■u nhanh giàu ti■n s■ ■■ng tr■ giá Kho■n chóng h■u thành tr■ nh■p 2.000.000 website ■■ng Th■a th■ email vi■n th■i Thu■n c■a thành mong tài v■ li■u viên mu■n S■ online ■■ng D■ng click t■o l■n ký, D■ch ■i■u vào nh■t l■t link ki■n V■” vào Vi■t 123doc top sau cho Nam, 200 ■ây cho ■ã cung các (sau g■iwebsite c■p users ■âynh■ng ■■■c cóph■ thêm tài bi■n g■i thu li■u t■t nh■t nh■p ■■c T■it■i khơng t■ng Chính Vi■tth■i th■ Nam, v■y ■i■m, tìm t■123doc.net th■y l■chúng tìm ki■m tơi th■ racóthu■c ■■i tr■■ng th■nh■m c■p top ngo■i 3nh■t ■áp Google tr■ ■KTTSDDV ■ng 123doc.net Nh■n nhu c■u ■■■c theo chiaquy■t danh s■ tài hi■u li■udo ch■t c■ng l■■ng ■■ng vàbình ki■mch■n ti■n online website ki■m ti■n online hi■u qu■ uy tín nh■t LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng thân Các kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan chưa dùng bảo vệ để lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận án cám ơn thơng tin trích dẫn luận án rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2018 Tác giả luận án Nguyễn Trung Tiến i LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án, tác giả nhận giúp đỡ tạo điều kiện nhiều người, sau lời cảm ơn chân thành tác giả: Trước hết, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới Thầy giáo PGS.TS Nguyễn Bá Hiên, người trực tiếp hướng dẫn tơi suốt q trình nghiên cứu hồn thành luận án Nhờ có hướng dẫn nhiệt tình ý kiến đóng góp q báu thầy mà luận án tơi hồn thành Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Ban Quản lý đào tạo, Ban Chủ nhiệm khoa Thú y, Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, Phịng Thí nghiệm trọng điểm cơng nghệ sinh học Thú y, tồn thể thầy, cô giáo cán Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam, trang bị cho kiến thức quý báu giúp đỡ hồn thành cơng trình nghiên cứu Trân trọng cảm ơn Lãnh đạo, tồn thể cán cơng nhân viên Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc Thú y TW1, bạn bè đồng nghiệp tạo điều kiện thời gian, động viên, chia sẻ vật chất, tinh thần, giúp đỡ tơi q trình học tập, nghiên cứu hoàn thành luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2018 Tác giả luận án Nguyễn Trung Tiến ii MỤC LỤC Trang Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục từ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình viii Trích yếu luận án x Thesis abstract xii Phần Mở đầu 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Phạm vi nghiên cứu 1.4 Những đóng góp đề tài 1.5 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Giới thiệu chung 2.2 Lịch sử bệnh tiêu chảy thành dịch lợn 2.3 Tình hình dịch PED giới Việt Nam 2.3.1 Tình hình dịch PED giới 2.3.2 Tình hình dịch PED Việt Nam 2.4 Căn bệnh 2.4.1 Phân loại hình thái PEDV 2.4.2 Cấu trúc phân tử virus gây bệnh 2.4.3 Đặc tính nuôi cấy virus 12 2.4.4 Sức đề kháng virus gây bệnh PED 12 2.4.5 Dịch tễ học lâm sàng 13 2.5 Dịch tễ học phân tử 16 2.6 Triệu chứng bệnh tích lợn mắc PED 18 2.6.1 Triệu chứng lâm sàng 18 iii 2.6.2 Bệnh tích 19 2.7 Các phương pháp chẩn đoán PEDV 20 2.7.1 Phát virus 20 2.7.2 Chẩn đoán phân biệt 23 2.7.3 Phân lập virus 24 2.8 Phòng điều trị bệnh 25 Phần Nội dung, vật liệu phương pháp nghiên cứu 30 3.1 Địa điểm nghiên cứu 30 3.2 Thời gian thực đề tài 30 3.3 Nội dung nghiên cứu 30 3.3.1 Nghiên cứu tình hình dịch PED số tỉnh miền Bắc Việt Nam 30 3.3.2 Phân tích đặc điểm trình tự gen 30 3.3.3 Nghiên cứu số đặc điểm đặc điểm dịch tễ học phân tử PEDV 30 3.4 Vật liệu nghiên cứu 31 3.5 Phương pháp nghiên cứu 31 3.5.1 Phương pháp điều tra số đặc điểm dịch tễ 32 3.5.2 Phương pháp theo dõi lâm sàng 32 3.5.3 Phương pháp mổ khám 32 3.5.4 Phương pháp lấy mẫu 32 3.5.5 Phương pháp tách ARN tổng số 33 3.5.6 Phương pháp tổng hợp cDNA 33 3.5.7 Phương pháp phát PEDV 34 3.5.8 Phương pháp giải trình tự gen 34 3.5.9 Phương pháp xác định khoảng cách di truyền 35 3.5.10 Phương pháp xây dựng phả hệ 35 3.5.11 Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử 35 3.5.12 Phương pháp xử lý số liệu 36 Phần Kết thảo luận 37 4.1 Tình hình dịch PED số tỉnh miền Bắc từ 2013-2015 37 4.1.1 Kết thiết lập phản ứng RT-PCR phát PEDV 37 4.1.2 Kết phát PEDV mẫu bệnh phẩm từ 2013-2015 41 4.1.3 Tình hình dịch PED số tỉnh miền Bắc theo trang trại 42 iv 4.1.4 Kết theo dõi triệu chứng, bệnh tích lợn mắc PED 44 4.2 Kết phân tích đặc điểm trình tự gen 48 4.2.1 Đặc điểm gen S chủng PEDV lưu hành Việt Nam 48 4.2.2 Đặc điểm gen ORF3 PEDV lưu hành Việt Nam 61 4.3 Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ học phân tử PEDV 67 4.3.1 Đặc điểm lưu hành PEDV theo nhóm di truyền 67 4.3.2 Hiện tượng tái tổ hợp PEDV lưu hành Việt Nam 73 4.3.3 Đặc điểm dịch tễ học phân tử PEDV theo không gian thời gian 75 Phần Kết luận đề nghị 85 5.1 Kết luận 85 5.2 Đề nghị 85 Danh mục cơng trình cơng bố có liên quan đến luận án 87 Tài liệu tham khảo 87 Phụ lục 103 v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT vi Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt CPE Cytopathogenic effect cs Cộng DMEM Dulbecco's Modified Eagle’s Medium DMSO Dimethyl Sulfoxide E Envelope EDTA Ethylene Diamine Tetraacetic acid ELISA Enzyme Linked Immuno-sorbent Assay FAO Food and Agriculture Organization FBS Fetal Bovine Serum M Membrane MOI Multiplicity of Infection N Nucleocapsid ORF Open Reading Frame ORF3 Open Reading Frame PBS Phosphate Buffer Saline PDCoV Porcine deltacoronavirus PED Porcine Epidemic Diarrhea PEDV Porcine Epidemic Diarrhea Virus RNA Ribonucleic Acid RT-PCR Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction S Spike protein TCID50 50% Tissue Culture Infective Dose TGE Transmissible Gastroenteritis TGEV Transmissible Gastroenteritis Virus TPB Tryptose Phosphate Broth DANH MỤC BẢNG TT Tên bảng Trang 3.1 Thông tin mồi đặc hiệu dùng nghiên cứu 31 3.2 Thành phần phản ứng tổng hợp cDNA 34 4.1 Tương đồng trình tự nucleotide amino acid 11 chủng PEDV với chủng tham chiếu 39 4.2 Kết phát PEDV mẫu thu thập từ 2013-2015 41 4.3 Tình hình dịch PED lợn số tỉnh miền Bắc theo trang trại 43 4.4 Kết nghiên cứu triệu chứng lâm sàng lợn mắc PED 44 4.5 Kết nghiên cứu bệnh tích đại thể lợn mắc PED 46 4.6 Danh sách chủng PEDV thuộc genogroup 75 4.7 Danh sách chủng PEDV thuộc genogroup nhóm châu Á 80 vii DANH MỤC HÌNH TT Tên hình Trang 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 Hạt virus PED chủng KPEDV-9 phân lập Hàn Quốc Mơ hình cấu trúc gen PEDV 10 Hiệu giá PEDV tồn bề mặt vật liệu theo thời gian 13 Con đường truyền lây PEDV 17 Bệnh tích đại thể lợn sơ sinh mắc PED 19 2.6 4.1 4.2 4.3 So sánh độ nhạy số phương pháp phát PEDV 22 Kết RT-PCR phát PEDV mẫu bệnh phẩm 37 Kết giải trình tự sản phẩm PCR nhân lên cặp mồi P1/P2 38 Triệu chứng lợn theo mẹ mắc PED 45 4.4 4.5 4.6 4.7 4.8 4.9 Bệnh tích đại thể lợn theo mẹ mắc PED 47 Tỷ lệ % tương đồng trình tự gen S 38 chủng PEDV 49 Phân loại chủng PEDV lưu hành Việt Nam dựa vào gen S 50 Khoảng cách di truyền gen S chủng PEDV 51 Đột biến thêm- xóa gen S 38 chủng PEDV 52 Tốc độ thay đổi nucleotide vị trí codon gen mã hóa vùng 4.10 4.11 4.12 4.13 4.14 4.15 4.16 4.17 4.18 4.19 4.20 4.21 4.22 viii định kháng nguyên 54 Trình tự amino acid vùng COE 38 chủng PEDV 56 Trình tự amino acid vùng S1D 38 chủng PEDV 58 Trình tự amino acid vùng S10 38 chủng PEDV 60 Trình tự nucleotide gen ORF3 12 chủng PEDV 62 Tỷ lệ % tương đồng trình tự gen ORF3 12 chủng PEDV 63 Phân loại chủng PEDV lưu hành Việt Nam dựa vào gen ORF3 64 Khoảng cách di truyền gen ORF3 chủng PEDV 65 Trình tự amino acid ORF3 protein 12 chủng PEDV 66 Cây phả hệ chủng PEDV dựa vào trình tự gen S 68 Đặc điểm phân nhánh phả hệ dẫn tới chủng Việt Nam dựa vào trình tự gen S 69 Cây phả hệ PEDV dựa vào trình tự gen ORF3 70 Đặc điểm phân nhánh phả hệ dựa vào gen ORF3 genogroup Việt Nam 72 Kết đối chiếu nhánh phả hệ dựa vào trình tự tồn phần gen S (n =43) 73 106 Song D and Park B (2012) Porcine epidemic diarrhoea virus: a comprehensive review of molecular epidemiology diagnosis and vaccines Virus genes 44(2) pp 167-175 107 Song D S., B K Kang, J S Oh, G W Ha, J S Yang, H J Moon, Y S Jang and B K Park (2006) Multiplex reverse transcription-PCR for rapid differential detection of porcine epidemic diarrhea virus transmissible gastroenteritis virus and porcine group A rotavirus Journal of veterinary diagnostic investigation 18 (3) pp 278-81 108 Song D S., J S Oh, B K Kang, J S Yang, H J Moon and H S Yoo (2007) Oral efficacy of Vero cell attenuated porcine epidemic diarrhea virus DR13 strain Research in Veterinary Science 82 (1) pp.134-140 109 Song D., H Moon and B Kang (2015) Porcine epidemic diarrhea: a review of current epidemiology and available vaccines Clinical and Experimental Vaccine Research 4(2) pp 166-176 110 Steinbach F., A Dastjerdi, J Peake, S A La Rocca, F P Tobin, J P Frossard and S Williamson (2016) A retrospective study detects a novel variant of porcine epidemic diarrhea virus in England in archived material from the year 2000 PeerJ (4): e2564 111 Stott C J., G Temeeyasen, T Tripipat, P Kaewprommal, A Tantituvanont, J Piriyapongsa and D Nilubol (2017) Evolutionary and epidemiological analyses based on spike genes of porcine epidemic diarrhea virus circulating in Thailand in 2008-2015 Infection, genetics and evolution 50 pp 70-76 112 Strizhakova O., D Hanke, I Titov, S Blome and A Malogolovkin (2017) Complete Genome Sequence of a Porcine Epidemic Diarrhea Virus Isolated in Belgorod Russia in 2008 Genome Announcements (41): e01026-17 113 Su Y., Y Liu, Y Chen, B Zhao, P Ji, G Xing, D Jiang, C Liu, Y Song, G Wang, D Li, R Deng and G Zhang (2016) Detection and phylogenetic analysis of porcine epidemic diarrhea virus in central China based on the ORF3 gene and the S1 gene Virology journal 13 (1) pp 192 114 Sueyoshi M., T Tsuda, K Yamazaki, K Yoshida, M Nakazawa, K Sato, T Minami, K., Iwashita M Watanabe and Y Suzuki (1995) An 99 immunohistochemical investigation of porcine epidemic diarrhoea Journal of comparative pathology 113 (1) pp 59-67 115 Sun D B., L Feng, H Y Shi, J F Chen, S W Liu and H Y Chen (2007) Spike protein region (aa 636–789) of porcine epidemic diarrhea virus is essential for induction of neutralizing antibodies Acta Virological 51 (3) pp.149-156 116 Sun M., J Ma, Y Wang, M Wang, W Song, W Zhang, C Lu and H Yao (2015) Genomic and epidemiological characteristics provide new insights into the phylogeographical and spatiotemporal spread of porcine epidemic diarrhea virus in Asia Journal of clinical microbiology 53 (5) pp 1484-92 117 Sun R Q., R J Cai, Y Q Chen, P S Liang, D K Chen and C X Song (2012) Outbreak of porcine epidemic diarrhea in suckling piglets China Emerging infectious diseases 18 (1) pp 161-163 118 Suyama M., D Torrents and P Bork (2006) PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments Nucleic acids research, 34 (Web Server issue): W609-12 119 Temeeyasen G., A Srijangwad, T Tripipat, P Tipsombatboon, J Piriyapongsa, W Phoolcharoen, T Chuanasa, A Tantituvanont and D Nilubol (2014) Genetic diversity of ORF3 and spike genes of porcine epidemic diarrhea virus in Thailand Infection, genetics and evolution 21 pp 205-13 120 Theuns S., N N Conceicao, I Christiaens, M Zeller, L M Desmarets, I D Roukaerts D D Acar, E Heylen, J Matthijnssens and H J Nauwynck (2015) Complete genome sequence of a porcine epidemic diarrhea virus from a novel outbreak in belgium january 2015 Genome announcements (3): e00506-15 121 Tian P F., Y L Jin, G Xing, L L Qv, Y W Huang and J Y Zhou (2014) Evidence of recombinant strains of porcine epidemic diarrhea virus, United States, 2013 Emerging Infectious Diseases 20 (10) pp 1735-1738 122 Tian Y., Z Yu, K Cheng, Y Liu, J Huang and Y Xin (2003) Molecular characterization and phylogenetic analysis of new variants of the porcine epidemic diarrhea virus in Gansu China in 2012 Viruses pp 1991-2004 123 Utiger A., K Tobler, A Bridgen, M Suter and M Singh and M Ackermann (1995) Identification of Proteins Specified by Porcine Epidemic Diarrhoea Virus In Corona- and Related Viruses: Current Concepts in Molecular Biology and Pathogenesis Talbot P J., Levy G A Eds Springer US: Boston MA pp 287-290 100 124 Vlasova A N., D Marthaler, Q Wang, M R Culhane., K D Rossow, A Rovira, J Collins and L J Saif (2014) Distinct characteristics and complex evolution of PEDV strains North America May 2013-February 2014 Emerging infectious diseases 20 (10) pp 1620-1628 125 Vui D T., T L Thanh, N Tung, A Srijangwad, T Tripipat, T Chuanasa and D Nilubol (2015) Complete genome characterization of porcine epidemic diarrhea virus in Vietnam Archives of virology 160 (8) pp 1931-1938 126 Wang E., D Guo, C Li, S Wei, Z Wang, Q Liu, B Zhang, F Kong, L Feng and D Sun (2016) Molecular characterization of the ORF3 and S1 genes of porcine epidemic diarrhea virus non S-INDEL strains in seven regions of China 2015 PLoS ONE 11 (8): e0160561 127 Wang F X., D Y Yuan, Y N Jin, L Hu, Z Y Sun, Q He, S H Zhao, S B Zhan and Y J Wen (2016) Reverse transcription cross-priming amplificationnucleic acid test strip for rapid detection of porcine epidemic diarrhea virus Scientific reports 6: 24702 128 Wang J., P Zhao, L Guo, Y Liu, Y Du, S Ren, J Li, Y Zhang, Y Fan, B Huang, S Liu and J Wu (2013) Porcine epidemic diarrhea virus variants with high pathogenicity China Emerging infectious diseases 19 (12) pp 2048-2049 129 Wang K., W Lu, J Chen, S Xie, H Shi, H Hsu, W Yu, K Xu, C Bian, W B Fischer, W Schwarz, L Feng and B Sun (2012) PEDV ORF3 encodes an ion channel protein and regulates virus production FEBS letters 586 (4) pp 384-391 130 Wang L., B Byrum and Y Zhang (2014) New variant of porcine epidemic diarrhea virus, United States, 2014 Emerging infectious diseases 20 (5) pp 917-919 131 Wongthida P., B Liwnaree, N Wanasen, J Narkpuk and A Jongkaewwattana (2017) The role of ORF3 accessory protein in replication of cell-adapted porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) Archives of virology 162 (9) pp 2553-2563 132 Wood E N (1997) An apparently new syndrome of porcine epidemic diarrhoea The Veterinary record 100 (12) pp 243-244 133 Yu X., L Shi, X Lv, W Yao, M Cao, H Yu, X Wang and S Zheng (2015) Development of a real-time reverse transcription loop-mediated isothermal amplification method for the rapid detection of porcine epidemic diarrhea virus Virology journal 12 pp 76 101 134 Zhang J., Y L Tsai, P Y Lee, Q Chen, Y Zhang, C J Chiang, Y H Shen, F C Li, H F Chang, P C Gauger, K M Harmon and H T Wang (2016) Evaluation of two singleplex reverse transcription-Insulated isothermal PCR tests and a duplex real-time RT-PCR test for the detection of porcine epidemic diarrhea virus and porcine deltacoronavirus Journal of virological methods 234 pp 34-42 135 Zhao J., B J Shi, X G Huang, M Y Peng, X M Zhang, D N He, R Pang, B Zhou and P Y Chen (2013) A multiplex RT-PCR assay for rapid and differential diagnosis of four porcine diarrhea associated viruses in field samples from pig farms in East China from 2010 to 2012 Journal of virological methods 194 (12) pp 107-112 136 Zhu Y., G H Wang, Y D Cui and S J Cui (2016) Establishment of a nanoparticle-assisted RT-PCR assay to distinguish field strains and attenuated strains of porcine epidemic diarrhea virus Archives of virology 161 (9) pp 2543-2547 102 PHỤ LỤC Xử lý thống kê sinh học tỷ lệ dương tính PEDV 1.1 Tỷ lệ dương tính PEDV tỉnh ————— 6/23/2018 9:40:28 AM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help One-way ANOVA: Hà Nội, Hịa Bình, Hải Dương, Hải Phịng, Hưng n, Thái Bình, Source DF SS MS F P Factor 1.222 0.136 0.54 0.841 Error 202 50.415 0.250 Total 211 51.637 S = 0.4996 R-Sq = 2.37% R-Sq(adj) = 0.00% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level N Mean StDev + -+ -+ -+ Hà Nội 19 0.4737 0.5130 ( -* ) Hòa Bình 0.5556 0.5270 ( * -) Hải Dương 14 0.4286 0.5136 ( * -) Hải Phòng 10 0.5000 0.5270 ( -* -) Hưng Yên 26 0.5385 0.5084 ( -* -) Thái Bình 73 0.3425 0.4778 ( -* -) Bắc Giang 10 0.4000 0.5164 ( -* -) Vĩnh Phúc 11 0.4545 0.5222 ( * ) Thái Nguyên 32 0.3750 0.4919 ( * -) Lào Cai 0.5000 0.5345 ( * ) + -+ -+ -+ 0.20 0.40 0.60 0.80 Pooled StDev = 0.4996 1.2 Tỷ lệ dương tính PEDV mẫu phân mẫu ruột One-way ANOVA: Phân, Ruột Source DF SS MS F P Factor 2.042 2.042 8.65 0.004 Error 210 49.595 0.236 Total 211 51.637 S = 0.4860 R-Sq = 3.95% R-Sq(adj) = 3.50% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level N Mean StDev + -+ -+ -+ Phân 129 0.3411 0.4759 ( -* ) Ruột 83 0.5422 0.5012 ( -* ) + -+ -+ -+ 0.30 0.40 0.50 0.60 Pooled StDev = 0.4860 103 1.3 Tỷ lệ trang trại dương tính PEDV theo vùng One-way ANOVA: Đồng bằng, Trung du Source DF SS MS F P Factor 1.289 1.289 5.65 0.021 Error 53 12.093 0.228 Total 54 13.382 S = 0.4777 R-Sq = 9.63% R-Sq(adj) = 7.93% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level N Mean StDev + -+ -+ -+ Đồng 38 0.6842 0.4711 ( -* -) Trung du 17 0.3529 0.4926 ( -* ) + -+ -+ -+ 0.20 0.40 0.60 0.80 Pooled StDev = 0.4777 104 Danh mục trình tự gen S sử dụng nghiên cứu (mã số GenBank, quốc gia, năm phân lập) KC879275_Korea_2011 KC879278_Korea_2011 KC879280_Korea_2011 KC879276_Korea_2012 KC879277_Korea_2012 KC879279_Korea_2012 KC879281_Korea_2012 KC879282_Korea_2012 KU133236_China_2014 10 KU133237_China_2014 11 KF177254_China_2012 12 KF177255_China_2012 13 KF177256_China_2012 14 KF177257_China_2012 15 KF177258_China_2012 16 KX812524_China_2016 17 KR011756_France_2014 18 KU975414_China_2015 19 KJ645698_USA_2014 20 KR153325_China_2014 21 KU893861_USA_2013 22 KT199103_China_2015 23 KU893869_USA_2015 24 KU893870_USA_2015 25 KU893871_USA_2015 26 KX289955_Hungary_2016 27 KU380331_China_2015 28 KU893872_USA_2015 29 KU893873_USA_2015 30 KJ645643_USA_2013 31 KR265765_USA_2014 32 KR265787_USA_2014 33 KR265798_USA_2014 34 KR265803_USA_2014 35 KT021227_China_2013 36 KU975413_China_2014 37 KJ645676_USA_2013 38 KJ645677_USA_2013 39 KJ645703_USA_2014 40 KY929406_Taiwan_2016 41 KT313038_China_2015 42 KU569509_Colombia_2014 43 KJ645652_USA_2013 44 KU133267_China_2012 45 KR265818_USA_2014 46 KR265830_USA_2014 47 KJ645675_USA_2013 48 KJ645707_USA_2013 49 KR265776_USA_2014 50 KR265763_USA_2014 51 KR265815_USA_2014 52 JQ282909_China_2011 53 KJ645653_USA_2013 54 KJ645708_Mexico_2013 55 KY019623_Slovenia_2015 56 KY019624_Slovenia_2015 57 KU297956_Slovenia_2015 58 KU133238_China_2014 59 KU133254_China_2014 60 KU133255_China_2014 61 KU133259_China_2014 62 KU133260_China_2014 63 KJ645678_USA_2013 64 KJ645680_USA_2013 65 KJ645681_USA_2013 66 KJ645682_USA_2013 67 KR265824_USA_2014 68 KR265845_USA_2014 69 KU982978_USA_2015 70 KM189367_Canada_2014 71 KR153326_China_2014 72 KX016034_China_2014 73 KF738259_China_2013 74 KF840537_China_2012 75 KR265769_USA_2014 76 KR265794_USA_2014 77 KR265800_USA_2014 78 KR265822_USA_2014 79 KU975418_China_2015 80 KY929405_Taiwan_2015 81 KJ645654_USA_2013 82 KU982979_USA_2015 83 KR061459_Italy_2009 84 NC_028806_Italy_2009 85 KJ196348_China_2013 86 KT021230_China_2014 87 KU133240_China_2012 88 KX534206_China_2015 89 KU133252_China_2012 90 KR265825_USA_2014 91 KP728470_China_2014 92 KJ645655_USA_2013 93 KT388418_China_2014 94 KU982977_USA_2015 95 KJ645646_USA_2013 96 KT021228_China_2013 97 KU133243_China_2013 98 KU975423_China_2014 99 KF650373_USA_2013 100 KU133245_China_2012 101 KU133256_China_2014 102 KU133257_China_2014 103 KU133258_China_2014 104 KF738260_China_2013 105 KU982968_USA_2015 106 KU982970_USA_2015 107 KP995064_Korea_2013 108 KU982974_USA_2015 109 KU133241_China_2013 110 KU133242_China_2013 111 KU133244_China_2013 112 KR265806_USA_2014 113 KR265827_USA_2014 114 KP995065_Korea_2014 115 KJ645679_USA_2013 116 KR265772_USA_2014 117 KF546800_China_2012 118 KF546801_China_2012 119 KF546802_China_2012 120 KF546803_China_2012 121 KF546804_China_2012 122 KX580958_USA_2016 123 KU133268_China_2013 124 KR265795_USA_2014 125 KU975410_China_2014 126 KF452323_USA_2013 127 KR265820_USA_2014 128 KJ645644_USA_2013 129 KR265788_USA_2014 130 KU133261_China_2014 131 KT021232_China_2014 132 KJ645683_USA_2013 133 KT388410_China_2015 134 KU975409_China_2015 135 KJ645635_USA_2013 136 KU252649_China_2014 137 KU133235_China_2015 138 KT021229_China_2013 139 KM975736_USA_2013 140 KU133249_China_2012 141 KR265775_USA_2014 142 KT206204_Austria_2015 143 KU982971_USA_2015 144 KU133247_China_2014 145 KU133248_China_2014 146 JX524137_China_2011 147 KJ645686_USA_2013 148 KJ645687_USA_2013 149 KM975737_USA_2013 150 KT388416_China_2014 151 JN980698_China_2011 152 JX261936_China_2011 153 KU985230_China_2011 154 KR265832_USA_2014 155 KU133264_China_2012 156 KR265816_USA_2014 157 KT388413_China_2015 158 KF272920_USA_2013 159 KT021231_China_2014 160 KM089829_China_2012 161 KT388420_China_2013 162 KU133266_China_2012 163 KJ645684_USA_2013 164 KJ645685_USA_2013 165 KJ645688_USA_2013 166 KJ645689_USA_2013 167 KJ645690_USA_2013 168 JX112709_China_2012 169 KR265768_USA_2014 170 KT388409_China_2014 171 KF738262_China_2013 172 KR265770_USA_2014 173 KR265817_USA_2014 174 KR265823_USA_2014 175 KJ645656_USA_2013 176 KT021233_China_2014 177 KT323980_China_2014 178 KR265762_USA_2014 179 KR265833_USA_2014 180 KM189368_Canada_2014 181 KM196111_Canada_2014 182 KR265760_USA_2014 183 KR265799_USA_2014 184 KR265801_USA_2014 185 KU975422_China_2015 186 KP276247_Taiwan_2014 187 KP276248_Taiwan_2014 188 KP276249_Taiwan_2014 189 KX791060_China_2014 190 KT313037_China_2015 191 KJ645657_USA_2013 192 KJ645697_USA_2013 193 KU133251_China_2014 194 KU982973_USA_2015 195 KM975735_USA_2013 196 KR265793_USA_2014 197 KR265777_USA_2014 198 KR265785_USA_2014 199 KR265826_USA_2014 200 KF738261_China_2013 105 201 KR265761_USA_2014 202 KP688354_USA_2014 203 KT388417_China_2013 204 KU133233_China_2014 205 KJ645691_USA_2013 206 KR514324_China_2014 207 KU975415_China_2015 208 KF577730_China_2013 209 KF577731_China_2013 210 KF577732_China_2013 211 KR265783_USA_2014 212 KY793536_China_2015 213 KY381581_China_2015 214 KR061458_Italy_2009 215 KR514320_China_2013 216 KR265759_USA_2014 217 KR265779_USA_2014 218 KR514321_China_2014 219 KJ645636_USA_2013 220 KJ584361_USA_2013 221 KR265778_USA_2014 222 KR265786_USA_2014 223 KR265802_USA_2014 224 KY420075_China_2015 225 KR265804_USA_2014 226 KR265831_Canada_2014 227 KU975401_China_2015 228 KU558701_China_2013 229 KU664503_China_2013 230 KJ645647_USA_2013 231 KR265790_USA_2014 232 KP641662_USA_2014 233 KJ645692_USA_2013 234 KJ645693_USA_2013 235 KJ645694_USA_2013 236 KJ645699_USA_2013 237 KM196110_Canada_2014 238 KT388419_China_2013 239 KJ399978_USA_2014 240 KJ645637_USA_2013 241 KM225239_China_2014 242 KM225240_China_2014 243 KM225241_China_2014 244 KM225242_China_2014 245 KM225243_China_2014 246 KM225244_China_2014 247 KT895908_Austria_2015 248 KC210145_China_2012 249 KP162057_China_2014 250 KT388414_China_2015 106 251 KU975406_China_2015 252 KM052365_USA_2013 253 KR514319_China_2013 254 KT941120_Vietnam_2014 255 KR265782_USA_2014 256 KR265789_USA_2014 257 KP861982_Korea_2015 258 KX550281_China_2015 259 KF650370_USA_2013 260 KF804028_USA_2013 261 KM975738_USA_2013 262 KR265774_USA_2014 263 KR265829_USA_2014 264 KT388415_China_2014 265 KR265805_USA_2014 266 KR265807_USA_2014 267 KR265808_USA_2014 268 KR265780_USA_2014 269 KU133239_China_2012 270 KT313039_China_2014 271 KF601195_China_2013 272 KF601196_China_2013 273 KF601197_China_2013 274 KF601198_China_2013 275 KF601199_China_2013 276 KF601200_China_2013 277 KF601201_China_2013 278 KR265771_USA_2014 279 KT388421_China_2013 280 KR265764_USA_2014 281 KR265846_USA_2014 282 JQ517274_China_2011 283 KR809885_China_2015 284 KJ645658_USA_2013 285 KJ645705_USA_2013 286 KR265834_USA_2014 287 JN547228_China_1986 288 JN599150_China_1994 289 KF898124_Korea_1997 290 KJ857455_Korea_1998 291 KJ857456_Korea_1998 292 KT323979_China_1998 293 KF468752_USA_2013 294 KR265796_USA_2014 295 KJ645659_USA_2013 296 KJ645660_USA_2013 297 KP641663_USA_2014 298 KU982981_USA_2015 299 KJ857457_Korea_2005 300 KJ857458_Korea_2005 301 KJ857459_Korea_2005 302 KJ857460_Korea_2006 303 KJ857461_Korea_2006 304 KC210146_China_2008 305 JQ023161_Korea_2009 306 JX501318_China_2010 307 KJ857462_Korea_2010 308 KJ857463_Korea_2010 309 KJ857464_Korea_2010 310 KJ857465_Korea_2010 311 KJ857466_Korea_2010 312 KJ857467_Korea_2010 313 KJ857468_Korea_2010 314 KJ857469_Korea_2010 315 LC053455_Thailand_2010 316 JN315706_China_2011 317 JN381492_China_2011 318 JN543367_China_2011 319 JQ257005_China_2011 320 JQ257006_China_2011 321 JQ257007_China_2011 322 JN825706_China_2011 323 JN825707_China_2011 324 JN825708_China_2011 325 JN825709_China_2011 326 JN825710_China_2011 327 JN825711_China_2011 328 JQ627653_China_2011 329 JQ627654_China_2011 330 JQ638915_China_2011 331 JQ638916_China_2011 332 JQ638917_China_2011 333 JQ638918_China_2011 334 JQ638919_China_2011 335 JQ638920_China_2011 336 JQ638921_China_2011 337 JQ638922_China_2011 338 JQ638923_China_2011 339 JQ638924_China_2011 340 JQ239429_China_2011 341 JQ239430_China_2011 342 JQ239431_China_2011 343 JQ239432_China_2011 344 JQ239433_China_2011 345 JQ239434_China_2011 346 JQ239435_China_2011 347 JQ239436_China_2011 348 JX435298_China_2011 349 JX435301_China_2011 350 JX501319_China_2011 351 JX501320_China_2011 352 JX501323_China_2011 353 KC242897_China_2011 354 JX018179_China_2012 355 JX018180_China_2012 356 JX018181_China_2012 357 JX018182_China_2012 358 JX018183_China_2012 359 JX070671_China_2012 360 JX070672_China_2012 361 JX088695_China_2012 362 JX258672_China_2012 363 JX512907_China_2012 364 JX435299_China_2012 365 JX435300_China_2012 366 JX435302_China_2012 367 JX435303_China_2012 368 JX435304_China_2012 369 JX435305_China_2012 370 JX501317_China_2012 371 JX501321_China_2012 372 JX501322_China_2012 373 KC210147_China_2012 374 KC787538_China_2012 375 KC787543_China_2012 376 AB857233_China_2012 377 KJ646581_China_2012 378 KJ646582_China_2012 379 KJ646583_China_2012 380 KJ646585_China_2012 381 KJ857470_Korea_2012 382 KJ857471_Korea_2012 383 KJ857472_Korea_2012 384 KJ857473_Korea_2012 385 KJ857474_Korea_2012 386 KJ857475_Korea_2012 387 KP698751_China_2012 388 KP698753_China_2012 389 KP698757_China_2012 390 KP698752_China_2012 391 KP698754_China_2012 392 KP698755_China_2012 393 KP698756_China_2012 394 KU646831_China_2012 395 KC787537_China_2013 396 KC787539_China_2013 397 KC787540_China_2013 398 KC787542_China_2013 399 KF294254_China_2013 400 KF294255_China_2013 401 KF468753_USA_2013 402 KF468754_USA_2013 403 KF468755_China_2013 404 AB857234_China_2013 405 AB857235_China_2013 406 KJ539151_Korea_2013 407 KJ539152_Korea_2013 408 KJ539153_Korea_2013 409 KJ646578_China_2013 410 KJ646579_China_2013 411 KJ646584_China_2013 412 KJ646586_China_2013 413 KJ646587_China_2013 414 KJ646588_China_2013 415 KJ646589_China_2013 416 KJ646590_China_2013 417 KJ184549_USA_2013 418 KM287429_China_2013 419 KJ857476_Korea_2013 420 KJ857477_Korea_2013 421 KJ857478_Korea_2013 422 KJ857479_Korea_2013 423 KJ857480_Korea_2013 424 KJ857481_Korea_2013 425 KM887144_China_2013 426 KP698758_China_2013 427 KP698759_China_2013 428 KP698760_China_2013 429 KR080551_China_2013 430 KP698761_China_2013 431 KP698762_China_2013 432 KP698763_China_2013 433 KP698764_China_2013 434 KP698765_China_2013 435 KX580953_China_2013 436 KX982553_Vietnam_2013 437 KX982554_Vietnam_2013 438 KX982557_Vietnam_2013 439 KX982561_Vietnam_2013 440 KX982564_Vietnam_2013 441 LC063836_Japan_2013 442 LC063820_Japan_2013 443 LC063821_Japan_2013 444 LC063814_Japan_2013 445 LC063815_Japan_2013 446 LC063846_Japan_2013 447 KJ623926_Korea_2014 448 KJ539154_Korea_2014 449 KJ646580_China_2014 450 KJ646591_China_2014 451 KP698767_China_2014 452 KP698769_China_2014 453 KP698770_China_2014 454 KT357507_Philippines_2014 455 KT357508_Philippines_2014 456 KT357509_Philippines_2014 457 KT357510_Philippines_2014 458 KT357511_Philippines_2014 459 KT357512_Philippines_2014 460 KT357513_Philippines_2014 461 KP698766_China_2014 462 KP698768_China_2014 463 KU975420_China_2014 464 LC113926_Japan_2014 465 LC113927_Japan_2014 466 LC113928_Japan_2014 467 LC113929_Japan_2014 468 LC113930_Japan_2014 469 LC113931_Japan_2014 470 LC113932_Japan_2014 471 LC113933_Japan_2014 472 LC113934_Japan_2014 473 LC113935_Japan_2014 474 LC113936_Japan_2014 475 LC113937_Japan_2014 476 LC113938_Japan_2014 477 KX793713_Korea_2014 478 KX982568_Vietnam_2014 479 KX982569_Vietnam_2014 480 KX982570_Vietnam_2014 481 KX982571_Vietnam_2014 482 KX982572_Vietnam_2014 483 LC063817_Japan_2014 484 LC063818_Japan_2014 485 LC063810_Japan_2014 486 LC063816_Japan_2014 487 LC063811_Japan_2014 488 LC063822_Japan_2014 489 LC063827_Japan_2014 490 LC063844_Japan_2014 491 LC063845_Japan_2014 492 LC063847_Japan_2014 493 LC063812_Japan_2014 494 LC063813_Japan_2014 495 LC063819_Japan_2014 496 LC063823_Japan_2014 497 LC063824_Japan_2014 498 LC063826_Japan_2014 499 LC063829_Japan_2014 500 LC063830_Japan_2014 501 LC063833_Japan_2014 502 LC063834_Japan_2014 503 LC063835_Japan_2014 504 LC063837_Japan_2014 505 LC063839_Japan_2014 506 LC063840_Japan_2014 507 LC063841_Japan_2014 508 LC063842_Japan_2014 509 LC063825_Japan_2014 510 LC063831_Japan_2014 511 LC063832_Japan_2014 512 LC063843_Japan_2014 513 LC144543_Japan_2014 514 LC063838_Japan_2014 515 LC022792_Japan_2014 516 LC063828_Japan_2014 517 LC144542_Japan_2014 518 KT266578_China_2015 519 KT989352_China_2015 520 KT989353_China_2015 521 KT989354_China_2015 522 KT989355_China_2015 523 KT989356_China_2015 524 KT989357_China_2015 525 KT989358_China_2015 526 KT989359_China_2015 527 KT989360_China_2015 528 KT989361_China_2015 529 KT989362_China_2015 530 KT989363_China_2015 531 KT989364_China_2015 532 KT989365_China_2015 533 KT989366_China_2015 534 KX982573_Vietnam_2015 535 KX982576_Vietnam_2015 536 KY070587_China_2016 537 MF152597_China_2016 538 MF152598_China_2016 539 MF152599_China_2016 540 MF152602_China_2016 541 MF152596_China_2017 542 MF152600_China_2017 543 MF152601_China_2017 544 MF152603_China_2017 545 MF152604_China_2017 546 MF152605_China_2017 547 KU133269_China_2015 548 KC140102_China_2012 549 KU975404_China_2015 550 KR265813_USA_2014 551 KR514323_China_2015 552 KM975741_USA_2014 553 KF840561_China_2013 554 KF840562_China_2013 555 KU133263_China_2012 556 KT388411_China_2014 557 KU133234_China_2014 558 KJ778615_USA_2013 559 KJ778616_USA_2013 560 KT313036_China_2015 561 KJ645661_USA_2013 562 KJ158152_China_2011 563 KJ645648_USA_2013 564 KJ645649_USA_2013 565 KX064280_China_2014 566 KU982980_USA_2015 567 KF761675_China_2013 568 KM225245_China_2012 569 KM225246_China_2012 570 KM225247_China_2012 571 KM225248_China_2012 572 KM225249_China_2012 573 KM225250_China_2012 574 KM225251_China_2012 575 KM225252_China_2012 576 KJ645641_USA_2013 577 KM196109_Canada_2014 578 KU985229_Netherlands_2015 579 KT388412_China_2014 580 KU975403_China_2015 581 KU982967_USA_2015 582 KU982969_USA_2015 583 KP641661_USA_2014 584 KJ645700_Mexico_2014 585 KM189366_Canada_2014 586 KM077139_USA_2014 587 KR265840_USA_2014 588 KJ645638_USA_2013 589 KJ645639_USA_2013 590 KP403954_Ukraine_2014 591 KU982966_USA_2015 592 KU982972_USA_2015 593 KU982976_USA_2015 594 KT895907_Austria_2015 595 KU133246_China_2015 596 KU975405_China_2014 597 KU975416_China_2015 598 KJ408801_USA_2014 599 KR265843_USA_2014 600 KJ645662_USA_2013 107 601 KJ645663_USA_2013 602 KJ645650_USA_2013 603 KJ645651_USA_2013 604 KR265766_Mexico_2014 605 KR265810_USA_2014 606 KR514318_China_2013 607 KJ645640_USA_2013 608 KR265828_USA_2014 609 KJ645664_USA_2013 610 KJ645665_USA_2013 611 KJ645666_USA_2013 612 JN825712_China_2011 613 KP768390_Taiwan_2007 614 KR265781_USA_2014 615 KR265784_USA_2014 616 KX534205_China_2015 617 KR265809_USA_2014 618 KJ645668_USA_2013 619 KJ645706_USA_2013 620 KJ645642_USA_2013 621 KU133250_China_2013 622 KU133253_China_2013 623 KR265821_USA_2014 624 KU847996_China_2015 625 KJ645704_USA_2013 626 KU133265_China_2015 627 KU975412_China_2014 628 KU982975_USA_2015 629 KR265792_USA_2014 630 KJ645701_USA_2014 631 KR095279_China_2015 632 KR265773_USA_2014 633 KR265797_USA_2014 634 KJ645669_USA_2013 635 KJ645670_USA_2013 636 KU975411_China_2014 637 KR265841_USA_2014 638 KR265842_USA_2014 639 KR265814_USA_2014 640 KY111278_Italy_2016 641 KU975419_China_2015 642 KJ645667_USA_2013 643 KJ645672_USA_2013 644 KJ645673_USA_2013 645 KJ645645_USA_2013 646 KF452322_USA_2013 647 KP276244_Taiwan_2014 648 KP276245_Taiwan_2014 649 KP276246_Taiwan_2014 650 KU133232_China_2014 108 651 KF294256_China_2012 652 KP202365_USA_2014 653 KF738263_China_2012 654 KJ645695_USA_2013 655 KJ645696_USA_2013 656 KJ645702_USA_2014 657 KR265791_USA_2014 658 KF267450_USA_2013 659 KM975739_USA_2013 660 KU558702_USA_2013 661 KP276250_Taiwan_2014 662 KP276251_Taiwan_2014 663 KP276252_Taiwan_2014 664 KR265811_USA_2014 665 KX812523_China_2016 666 KF738258_China_2012 667 KR265844_USA_2014 668 KJ645671_USA_2013 669 KJ645674_USA_2013 670 KF738264_China_2012 671 KR265819_USA_2014 672 KR265812_USA_2014 673 KM975740_USA_2013 674 KT591944_USA_2013 675 KT860508_USA_2013 676 KU133262_China_2013 677 KR265767_USA_2014 678 KM609207_China_2011 679 KF724936_Thailand_2012 680 KF724938_Thailand_2013 681 KJ526096_China_2013 682 KP870124_China_2013 683 KJ741221_Korea_2014 684 KJ741222_Korea_2014 685 KJ741223_Korea_2014 686 KJ741224_Korea_2014 687 KJ741225_Korea_2014 688 KM924403_Korea_2014 689 KM924404_Korea_2014 690 KM924405_Korea_2014 691 KM924406_Korea_2014 692 KM924407_Korea_2014 693 KM924408_Korea_2014 694 KM924409_Korea_2014 695 KM924410_Korea_2014 696 KM924411_Korea_2014 697 KT428878_China_2014 698 KC242905_China_2012 699 KC242906_China_2012 700 KX708903_Vietnam_2015 701 KY775047_China_2016 702 KY775048_China_2016 703 KY775049_China_2016 704 KY775050_China_2016 705 GU180142_Korea_2008 706 GU180143_Korea_2008 707 JN184634_Korea_2009 708 JN184635_Korea_2009 709 JX647847_China_2011 710 KP870117_China_2012 711 KP870118_China_2012 712 KP870119_China_2012 713 KJ451039_Korea_2013 714 KJ451040_Korea_2013 715 KJ451041_Korea_2013 716 KJ451042_Korea_2013 717 KJ451043_Korea_2013 718 KJ451044_Korea_2013 719 KJ451046_Korea_2013 720 KJ451045_Korea_2013 721 KJ662670_Korea_2013 722 KM392231_USA_2013 723 KM392232_USA_2013 724 KM392228_USA_2013 725 KM392229_USA_2013 726 KM392230_USA_2013 727 KM924412_Korea_2013 728 KP455313_Vietnam_2013 729 KP455314_Vietnam_2013 730 KR078300_USA_2013 731 KP870128_China_2013 732 KP870129_China_2013 733 KP870136_China_2014 734 KP870137_China_2014 735 KP870138_China_2014 736 KP870139_China_2014 737 KP890336_China_2014 738 KX708897_Vietnam_2015 739 KX708898_Vietnam_2015 740 KY000559_Thailand_2008 741 KY828922_Thailand_2008 742 GU180144_Korea_2009 743 GU180145_Korea_2009 744 GU180146_Korea_2009 745 JX145339_China_2011 746 JX489155_China_2011 747 KF724937_Thailand_2011 748 KX981899_Thailand_2011 749 JX560761_China_2012 750 KC242898_China_2012 751 KC242899_China_2012 752 KC242900_China_2012 753 KJ777677_China_2012 754 KJ777678_China_2012 755 KJ451036_Korea_2013 756 KP870121_China_2013 757 KP870122_China_2013 758 KR818832_China_2013 759 KJ588062_Korea_2014 760 KJ588063_Korea_2014 761 KJ588064_Korea_2014 762 KM924420_Korea_2014 763 KM924421_Korea_2014 764 KM924422_Korea_2014 765 KM924423_Korea_2014 766 KM924424_Korea_2014 767 KM924425_Korea_2014 768 KY775040_China_2016 769 KY775041_China_2016 770 KY775045_China_2016 771 KY775046_China_2016 772 KM609206_China_2012 773 KP870120_China_2013 774 KP870125_China_2013 775 KP870130_China_2013 776 KP870140_China_2013 777 KJ451047_Korea_2014 778 KJ451048_Korea_2014 779 KM924413_Korea_2014 780 KM924414_Korea_2014 781 KM924415_Korea_2014 782 KM924416_Korea_2014 783 KM924417_Korea_2014 784 KM924418_Korea_2014 785 KM924419_Korea_2014 786 KP455315_Vietnam_2014 787 KP455316_Vietnam_2014 788 KP455317_Vietnam_2014 789 KP455318_Vietnam_2014 790 KP455319_Vietnam_2014 791 KP455320_Vietnam_2014 792 KM609210_China_2014 793 KM609211_China_2014 794 KP870131_China_2014 795 KP870132_China_2014 796 KU363117_Japan_2014 797 KU363118_Japan_2014 798 KU363119_Japan_2014 799 KU363120_Japan_2014 800 KU363121_Japan_2014 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 841 842 843 844 845 846 847 848 849 KR003452_Belgium_2015 KX708901_Vietnam_2015 KX708902_Vietnam_2015 KY825240_Korea_2016 KY825242_Korea_2016 KY775051_China_2016 KX708894_Vietnam_2016 MF737355_Korea_2001 KF779469_Korea_2008 GU180147_Korea_2009 GU180148_Korea_2009 JQ979290_China_2011 KC242904_China_2012 KF724935_Thailand_2012 KP870114_China_2012 KP765609_China_2013 KP870126_China_2013 KP870135_China_2014 KX981897_Thailand_2014 KX981898_Thailand_2014 KX981900_Thailand_2015 MF346935_China_2016 KY775055_China_2016 JQ979289_China_2011 KM609204_China_2011 KM392224_USA_2013 KM392225_USA_2013 KR078299_USA_2013 KP870133_China_2014 KP870134_China_2014 KY775044_China_2016 KC242901_China_2012 KC242902_China_2012 KF384500_China_2012 KM609203_China_2012 KM609208_China_2012 KP870113_China_2012 KJ020932_China_2013 KJ451037_Korea_2013 KF760557_China_2013 KM609209_China_2013 KP870123_China_2013 KM403155_Korea_2014 KM403156_Korea_2014 KM403157_Korea_2014 KM403158_Korea_2014 KM242131_China_2014 KM924426_Korea_2014 KM924427_Korea_2014 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 887 888 889 890 891 892 893 894 895 896 897 898 899 KM609212_China_2014 KM609213_China_2014 KY928065_China_2016 KY607767_China_2016 KY963963_Korea_2016 KY775038_China_2016 KY775039_China_2016 KY775042_China_2016 KY775043_China_2016 JQ979291_China_2011 JX188454_China_2011 KC196276_China_2011 KC242903_China_2012 KJ451038_Korea_2013 KX839246_China_2013 KT428879_China_2014 KU363111_Japan_2014 KU363112_Japan_2014 KU363113_Japan_2014 KU363114_Japan_2014 KU363115_Japan_2014 KU363116_Japan_2014 KX981440_China_2016 KX066126_China_2011 KC242911_China_2012 KC242912_China_2012 KM392226_USA_2013 KM392227_USA_2013 KP870127_China_2013 KR873431_Korea_2014 KR873434_Korea_2014 KR873435_Korea_2014 KU975389_China_2014 KU836638_UK_2000 KP870115_China_2012 KP870116_China_2012 KX708895_Vietnam_2015 KX708904_Vietnam_2015 KX708905_Vietnam_2015 KX708906_Vietnam_2015 KX708907_Vietnam_2015 KY775035_China_2016 KY775036_China_2016 KY775037_China_2016 KY775052_China_2016 KY775053_China_2016 KY775054_China_2016 JQ979287_China_2011 JQ979288_China_2011 901 902 903 904 905 906 907 908 909 910 911 KC242908_China_2012 KC242909_China_2012 KC242910_China_2012 KY486713_China_2015 KY486714_China_2015 KX708896_Vietnam_2015 KX708899_Vietnam_2015 KX708900_Vietnam_2015 KJ960178_Vietnam_2013 KJ960179_Vietnam_2013 KJ960180_Vietnam_2013 109 Danh mục trình tự gen ORF3 sử dụng nghiên cứu (mã số GenBank, tên chủng) 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 KP455972_HUA.PED63_Vietnam KP455969_HUA.PED55_Vietnam KP455970_HUA.PED58_Vietnam KP455971_HUA.PED60_Vietnam KP455973_HUA.PED67_Vietnam KP455974_HUA.PED68_Vietnam KP455968_HUA.PED47_Vietnam KP455967_HUA.PED45_Vietnam KT941120_HUA.14PED96_Vietnam KJ960180_VN/KCHY.310113_Vietnam KJ960179_VN/VAP1113.1_Vietnam KJ960178_VN/JFP1013.1_Vietnam KU977500_CH/SXYC KP281639_HBHA1 KU645771_CH/HJ/2015 KR138437_AY2 KP281640_FJGS KX010473_GZLB KU977483_CH/HNHB.3 KU645787_CH/YZ1/2015 KU645784_CH/WZ2/2014 KU645783_CH/WZ1/2014 KX010468_GZZAI1 KX010466_GZKY KU645774_CH/KF/2015 KU641642_GD/MM/2015 KU641640_LN/SY/2015 KU645773_CH/JY/2015 KU641665_JX/2015/1224 KU977488_CH/HNKF.1 KU641655_HuB/YC/2015 KU641645_SH/SG/2015 KJ857454_KDGN13.295BG KU645777_CH/NH/2015 KT968515_14JM.278 KT968514_14JM.238 KR138439_NC5 KM890287_XC/2013 KU977485_CH/HNHB.5 KU645781_CH/QX3/2014 KT968513_14JM.204 KT968512_14JM.40 KX852337_HLJ/ZD.1/16 KX852325_HLJ/ZD.2/16 KX852324_HLJ/ZD.3/16 KT968516_14JM.295 JQ678037_FJ/FZ/11 JN676145_Fj KU363132_JKa.295fSde194Co25 KU363130_JKa.295fSde215Co6 KU363129_JKa.295fSde197Co5 KU363128_JKa.295fSde197Co4 KU363127_JMi.277/fSde197Co28 KU363126_JMi.277/fSde197Co27 KU363125_JMi.277/fSde197Co26 KU363131_JKa.295fSde197Co8 KU645776_CH/MZ/2014 KP281654_HeBXT5 KP281625_HBJZ1 KP281613_HeBXT2 110 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 KP281612_HeBXT1 KX010465_GZ.GZ KX010462_GZ.KF8 KX010461_GZGL KM213254_ZJ13XS0401 KM213251_ZJ13LY1201 KM213250_ZJ14NB0401 KP281609_HNZZ KM213253_ZJ13SX1101 KC120792_P32 KC120785_P6 KC120780_P84 KP222521_MY1 JX501333_CH/XC/12 KC161191_JSDT2011 KC161190_JSDT2.2012 KM048303_CH/HeN/JZ.2013 KJ646567_FJ.ZP KP222531_CQ3 KP222522_CQ2 KP222528_FJLY3 KP281621_HeNPY1 KP281622_HeNPY2 KP222526_GH2 KC120788_P13 KP222532_MX1 KM048302_CH/HeN/FQ.2014 KP281624_HeBBD2 JQ430684_PF5 JQ430683_PF4 JQ430681_PF2 JQ305138_SH5.ORF3 JQ305137_SH4.ORF3 JQ305135_SH2.ORF3 KU641639_BJ/2015/111 KJ857453_KDGG13.6IC KJ857452_KDCN13.2DJ KX010471_GZHX133 KX010464_GZZY KX010463_GZ.HX132 KU641646_HeB/2015/516 KU641637_HLJ2015/DP1.1 KR138440_DeY2 KR138438_DeY1 KX852330_HLJ/MDJ.1/16 KX852329_HLJ/MDJ.2/16 KX852328_HLJ/MDJ.3/16 KU363124_JMi.277/fSde197Co13 KU363122_JMi.277/fSnorCo11 KU977484_CH/HNHB.4 KU977481_CH/HNHB.1 KM048307_CH/HeN/ZK.2014 KP281610_BJLS KR078319_CH/HeN/PY.2015 KP222523_YC1 KP281628_HBHG2 KP281627_HBHG1 KU363123_JMi.277/fSde197Co12 KU977494_CH/HNNY.3 KU641650_TJ/2015/525 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180 KU641641_HeB/CC/2015 KU641638_SD/QD/2015 KJ646573_FJ.LY1 KJ646572_FJ.LY KU645788_CH/YZ2/2015 KU645767_CH/CG/2014 KU977493_CH/HNNY.2 KX852323_HLJ/ZD.4/16 KP222524_LS7 KP222520_DY3 KP222519_ZD1 KP222518_PJ3 KP281626_HBJZ2 KP281623_HeBBD1 KP281614_HeNZZ1 KP222527_QS2 KJ646563_FJ.SM KU977499_CH/HNZMD KM890281_LB/2013 JX878382_JS120103 JN547396_CH/PDSBF/11 JN547391_CH/ZMDZY/11 KP281611_HBYC KU977492_CH/HNNY.1 KU977482_CH/HNHB.2 KU977487_CH/HNHB.7 KU977495_CH/HNPY KX852327_HLJ/QQHE.1/16 KX852326_HLJ/DQ.1/16 KU977498_CH/HNXX KM890291_ZK/2013 KM890285_WH/2013 KU645782_CH/SS/2015 KU641675_JL/2015/720 JQ027027_CH/XJUrumqi/2011 KU977497_CH/HNXC KU641667_SX/2015/121 KU641644_SC/CD/2015 KC161188_AHQJ2012 KP281642_HeBJA2 KC294277_GDJM.1205 KC294279_GDFS.1203 KC294283_GDZH.1111 KU977491_CH/HNLY KU641673_HLJ/2015/1230 KU641663_HLJ/2015/1231 KU641652_HLJ/2015/1228 KX760095_HA1 KU641649_HLJ/2015/116 KU645770_CH/DF3/2014 KU645768_CH/DF1/2014 KP222530_MY3 KM890279_GS/2013 JX501331_CH/CY/12 JQ664731_CH/HBXX3/11 KU645769_CH/DF2/2014 KM048299_CH/HeN/CY.2013 JN584170_CH/HBXX2/11 KM213252_SH131202 JQ430680_PF1 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240 JQ305134_SH1.ORF3 KM386647_XJ.DB2 KF495657_2013AHCH JQ664299_CH/SH/2011 KJ642645_NJ KF495662_2013AHDY KF478915_2013ANMAS JN547400_CH/ZKXH/11 KC342818_CH9 KC342815_CH5 KJ857443_KDGG12KAN KJ857439_KDGG10YO KJ857436_KDGG10DA KJ857437_KDGG10HA KC344848_NPKPED0108 KC344846_V1PED0108 JQ664303_CH/JLGZL/2011 JX880078_ZJ JQ664302_CH/JLCC/2011 KX852334_HLJ/HG.4/16 KX852333_HLJ/JMS.1/16 KX852332_HLJ/JMS.2/16 KX852331_HLJ/JMS.3/16 KX852335_HLJ/HG.3/16 KC342821_CH22 KC342816_CH7 KC342817_CH8 JQ664301_CH/HBQHD/2011 JQ027031_CH/HLJQQHE.1/2011 JQ027026_CH/HLJHRB/2011 KU645775_CH/LY/2015 KM213255_ZJ14HZ0301 JX910247.2 JX910245.2 JX645187_AHSX JX910248_AHYS KF495660_2013AHLX KC120794_P37 JX477096_AHHN JX501743_AHSZ KC161198_JSTS2012 KC161192_JSHZJU2012 JQ027030_CH/SDRZ/2011 KP281641_HeBJA1 KP281638_HeBBD4 KP281635_HeBBD3 KM890310_SQ/2013 JQ735952_CH/BJSY/2011 KC120799_P229 KC120798_P718 KC148525_CH/TJ.2012 JX910241_AHFD JX501744_AHFR KC342811_CH1 KC120796_P82 KC120793_P35 KC120782_P10 JQ678039_FJ/NP/11 KM890283_NY/2013 JQ735951_CH/SDQD/2011 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 JQ027032_CH/ZJHZ.1/2011 JX878384_ZJ KM048305_CH/HeN/SQ.2012.1 KM048304_CH/HeN/RZ.2013 KJ646575_FJ.QZ KJ646574_FJ.FQ KJ646571_FJ.LY KJ646565_FJ.YX KJ646564_FJ.YX JN547399_CH/ZKFG/11 JN547394_CH/ZKHFQ/11 JQ678038_FJ/FQ/11 KJ646577_FJ.FQ1 KJ646576_FJ.FQ2 KJ646569_FJ.PT JN547392_CH/XXHJ/11 KC688871_CH.HZ.11.1 KC120791_P17 JX880080_ZJ JN547393_CH/XCYL/11 JN584172_CH/XCYL2/11 KC342820_CH17 JX880077_ZJ KJ646568_FJ.QK KM048300_CH/HeN/DF.2012.1 KF495663_2013AHLA KF495659_2013AHHB KC161186_AH2011 JQ027028_CH/HLJHG/2011 JQ027022_CH/FJND.2/2011 JQ027021_CH/FJND.1/2011 JQ027020_CH/BJYQ/2011 KC342819_CH13 KC161199_JSYC2012 KM890284_WG/2013 KC294280_TJNH.1203 KP281651_HBHA2 KP281650_ZJHZ4 KU641654_SD/YT/2015 KU641647_HeN/MY/2015 KC342824_CH27 KM048308_CH/HeN/ZMD.2012 KM048298_CH/HeN/AY.2012.2 KM890282_LH/2013 JX880075_ZJ JN584171_CH/NYWL/11 KM048306_CH/HeN/SQ.2012.2 KC120790_P16 JX880081_ZJ KY679910_SDSX16 JN547398_CH/PDSXX/11 KX852338_HLJ/HG.1/16 KX852322_HLJ/HG.2/16 KC816534_CH.HZ.11.2 KC161187_AHDX2012 KC161193_JSHZM2012 KC161189_JSBJ2012 KC294278_GDHZ.1202 KM048301_CH/HeN/DF.2012.3 JX880076_ZJ 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360 KJ857447_KDJN12JU KJ857442_KDGN10WC KJ857438_KDGG10KA KC344847_SBPED0211 KJ857445_KDJN12JNJ KJ857444_KDCN12KH KC344845_STPED0810 JX880079_ZJ JN547401_CH/XXYY/11 JX501332_CH/TY/12 JQ664300_CH/SDLY/2011 KC342812_CH2 KU977490_CH/HNKF.3 KU977489_CH/HNKF.2 KP281620_HeNXX KP281649_ZJHZ3 KP281647_ZJHZ1 KP281646_FJAX2 KP281645_FJAX1 KP281648_ZJHZ2 KC294282_GDZQ.1202 JX878383_SC KX010469_GZMR JN547397_CH/KFQX/11 KJ857448_KDJN12YG KJ857440_KDJN10NJ KJ857446_KDJN12GAM KC294281_GDZQ.1204 KP281644_HeNPY4 KP281643_HeNPY3 KX852336_HLJ/HEB.1/16 KP222525_SH5 KJ857434_GW06CHC KJ857433_GB06SY KJ857430_IC05TK KJ857432_GN05DJ KJ857429_CJ98 EU054929_DR13 HQ537438_M1763 HQ537434_BI981 HQ537433_BI976 HQ537435_BI1108 HQ537455_PFF1051 HQ537448_CPF259 HQ537441_V2501 HQ537439_M2227 HQ537454_CPF531 HQ537444_VF131 HQ537442_MF78 HQ537437_e1642 HQ537436_M1595 HQ537443_BIF118 HQ537440_M2366 HQ537456_CPF1074 HQ537452_PFF513 HQ537451_PFF381 HQ537449_PFF285 HQ537446_CPF193 HQ537445_PFF188 HQ537453_PFF514 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 375 376 377 378 379 380 381 382 383 384 385 386 387 388 389 390 391 392 393 394 395 396 397 398 399 400 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 411 412 413 414 415 416 417 418 419 420 HQ537450_CPF299 HQ537447_BIF256 JQ664298_CH/GXWP/2011 KJ857451_KDJN13.1003SW KJ857450_KDGN13DJ KJ857441_KDGN10HOR KJ857435_KDGG10AN KJ857449_KDGG13HWN EU792474_Chinju99 JQ678040_FJ/PT/11 KU645772_CH/HY/2015 KP281619_HeNXC2 KP281618_HeNXC1 KJ646566_FJ.ZP KP222529_PZ1 KU977496_CH/HNSMX KP281636_HeNJZ1 KP281637_HeNJZ2 KP281615_HeNZZ2 KC342825_CH28 KJ646570_FJ.ND JX501329_CH/AY/11 JX910246_AHFY JX910244_AHBB JX910243_AHLX JX910242_AHLA KF495661_2013AHBB KC120802_P1 KC120787_P9 KC120784_P4 KC120779_P14 KP281634_HeNKF2 KP281633_HeNKF1 KP281632_HeNXY2 KC161196_JSSX2011 KF476059_CHJCH KF476057_CHLSHAN KF476049_CHXY.02 KF476052_CHXIP.01 KF476058_CHXIP.03 KT388434_P1 KT388432_P10 KT388429_P40 KT388428_P50 KT388427_P60 KT388426_P70 KT388423_P100 KT388422_P110 KT388425_P80 KT388424_P90 KT388430_P30 KT388433_P5 JQ664304_CH/HBBD/2011 JQ027023_CH/GDQY/2011 JQ039903_CH/GD/2011 JQ027029_CH/GXQZ/2011 JQ027025_CH/GXWM/2011 JQ027024_CH/GXNN/2011 KX010472_GZ.RHH KX010470_GZRHG 421 422 423 424 425 426 427 428 429 430 431 432 433 434 435 436 437 438 439 440 441 442 443 444 445 446 447 448 449 450 451 452 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 473 474 475 476 477 478 479 480 KM890289_YC/2013 JX878381_AH KC120789_P15 JX501330_CH/CG/11 JN980697_CHGD.01 KY607768_JS201603 KX010467_GZ.TW3 JQ305099_CH/HLJHH.2/2011 KC344843_6PED0108 KU977486_CH/HNHB.6 KU977480_CH/HNAY KU641676_SH/2015/921 KU641671_HLJ/GQ/2015 KU641670_AH/XZ/2015 KU641669_FJ/FZ/2015 KU641668_HeB/2015/121 KU641666_HeB/TS/2015 KU641664_ShX/YA/2015 KU641662_SX/LL/2015 KU641661_HeB/HS/2015 KU641660_HLJ/852/2015 KU641659_HuN/2015/1210 KU641658_JX/2015/1221 KU641657_AH/HF/2015 KU641656_LN/DL/2015 KU641653_SD/2015/415 KU641651_SD/LC/2015 KU641648_SH/2015/122 KU641643_HLJ/QQHR/2015 KU645785_CH/XX/2015 KU645780_CH/QX2/2014 KU645779_CH/QX1/2014 KX010474_GZGY.01 KT799999_CH.HuN.20140416 KT799995_CH.HeB.20140324 KT968511_14JM.01 KR138441_NC10 KM890292_ZM/2013 KM890286_WS/2013 KM890280_HX/2013 KP281631_HeNXY1 KP281630_HeNZZ4 KP281629_HeNZZ3 KU641672_SH/2015/124 KU641674_LN/TA/2015 KR078318_CH/HeN/XC.2014 KP281653_HeBXT4 KP281652_HeBXT3 KP281616_HeNPDS1 KP281617_HeNPDS2 KU641677_BJ/2015/516 KF495658_2013AHFD KC342823_CH26 KC342822_CH25 KC120801_P18 KC120800_P19 KC120797_P83 KC120795_P81 KC120786_P7 KC120783_P2 111 481 KC120781_P85 482 JQ430682_PF3 483 KC161197_JSSX2012 484 KM048297_CH/HeN/AY.2012.1 485 JQ305136_SH3.ORF3 486 JN547395_CH/HBQX/10 487 KF476055_CHLH 488 KF476050_CHQX.02 489 KJ857431_JB0536 490 EU054930_attenuated 491 KF476061_CHHEB 492 KF476060_CHZHZ.04 493 KF476054_CHFCH.01 494 JX163296_HBMC2012 495 KF476053_CHLY.09 496 GU372741_CH/JL/09 497 GU372739_CH/IMT/06 498 GU372735_CH/HLJM/07 499 KF476051_CHKF.01 500 KF476048_CHYF.01 501 GU372740_CH/SHH/06 502 GU372734_CH/JL/08 503 GU372736_CH/HNHJ/08 504 GU372738_CH/HNCH/06 505 GU372737_CH/GSJI/07 506 GU372732_CH/HLJH/06 507 GU372733_CH/S 508 KF476056_CHFH 509 JN547228_CH/S 510 JQ710436_SJZ/2011 511 JQ710435_TX/2011 512 GU372742_CH/GSJII/07 513 MF737355_KUPE21 514 JQ023161_virulent 515 KR061458_Italy/7239/2009 516 KU645778_CH/PDS/2015 517 AF353511_CV777 518 NC_003436_genome 519 EF185992_LZC 520 KJ857428_SM98.5P 521 KR138442_PZ9 522 KC161195_JSSH2008 523 KM890311_SC/2013 524 KC161194_JSNJ2004 525 KU556275_isolate 526 KU556272_isolate 527 KT357520_RPI/PED14 528 KT357519_RPI/PED11 529 KT357518_RPI/PED10 530 KT357516_RPI/PED08 531 KT357515_RPI/PED04 532 KT357514_RPI/PED03 533 KT357517_RPI/PED09 534 KC344844_SPPED1211 535 JQ710434_MC/2011 536 KP768390_HC070225 537 KC344849_DTS2PED0612 538 MF577027_PEDV/Belgorod/dom/2008 539 KT388431_P20 540 KU836638_Yorkshire.2000 112 541 KJ526096_CH/JX.2/2013 542 KF760557.2 543 KF840537_CH/ZJCX.1/2012 544 KC210147_JS.HZ2012 545 JX088695_GD.B 546 KM609207_PEDV.14 547 KJ196348_SHQP/YM/2013 548 KT323980_LNCT2 549 KU975389_CH/SCCD/2014 550 KJ777678_LZW 551 KJ777677_LZW 552 KX066126_BJ.2011.C 553 JN825712_BJ.2011.1 554 KR818833_JSHA2013 555 KU558701_ZJU/G2/2013 556 KY929406_PT.P96 557 KY929405_PT.P5 558 KU982973_PEDV/USA/Minnesota135/2015 559 KU982972_PEDV/USA/Minnesota129/2015 560 KJ645705_USA/Minnesota61/2013 561 KJ645682_USA/Minnesota90/2013 562 KJ645676_USA/Minnesota82/2013 563 KJ645672_USA/Minnesota77/2013 564 KJ645658_USA/Minnesota62/2013 565 KJ645663_USA/Minnesota67/2013 566 KJ645668_USA/Minnesota73/2013 567 KJ645681_USA/Minnesota89/2013 568 KJ645703_USA/Minnesota127/2014 569 KJ645693_USA/Missouri102/2013 570 KJ645685_USA/Missouri93/2013 571 KJ645684_USA/Missouri92/2013 572 KR265826_USA/Illinois258/2014 573 KR265823_USA/Colorado203/2014 574 KR265781_USA/Ohio295/2014 575 KR265778_USA/Minnesota276/2014 576 KR265799_USA/Minnesota159/2014 577 KR873435_KNU.141112.P10 578 KR873434_KNU.141112.P5 579 KR873431_KNU.141112.feces 580 KJ662670_KNU.1305 581 KF650375_ISU13.22038.IA.passage9 582 KF650374_ISU13.22038.IA.passage3 583 KF650373_ISU13.22038.IA.homogenate 584 KF650372_ISU13.19338E.IN.passage9 585 KF650371_ISU13.19338E.IN.passage3 586 KF650370_ISU13.19338E.IN.homogenate 587 KJ184549_USA/KS/2013 588 KF452323_USA/Indiana/17846/2013 589 KF468752_MN 590 KF468754_IA2 591 KF804028_USA/Iowa/18984/2013 592 KJ588064_KUIDL.PED.2014.001 593 KJ588063_KUIDL.PED.2014.002 594 KJ588062_KUIDL.PED.2014.007 595 KJ408801_OH1414 596 KR265830_USA/Ohio300/2014 597 LC063832_RNA 598 LC063831_RNA 599 LC063830_RNA 600 LC063829_RNA 601 KJ645670_USA/Ohio75/2013 602 KJ645665_USA/Ohio69/2013 603 KJ645657_USA/Ohio60/2013 604 KJ645653_USA/Wisconsin55/2013 605 KJ645694_USA/Iowa103/2013 606 LC063823_RNA 607 LC063818_RNA 608 LC063816_RNA 609 LC063814_RNA 610 LC063817_RNA 611 LC063815_RNA 612 LC063812_RNA 613 LC063811_RNA 614 LC063810_RNA 615 KJ645699_USA/Ohio123/2014 616 KJ645667_USA/Minnesota72/2013 617 KR265825_USA/Minnesota200/2014 618 KR265805_USA/Iowa161/2014 619 KR265806_USA/Minnesota312/2014 620 KR265808_USA/Iowa162/2014 621 KR265810_USA/Oklahoma320/2014 622 KR265780_USA/Ohio343/2014 623 KR265777_USA/Kansas275/2014 624 KR265776_USA/Minnesota250/2014 625 KR265775_USA/Minnesota338/2014 626 KJ645656_USA/Minnesota59/2013 627 KR265827_USA/Iowa303/2014 628 KR265785_USA/Illinois259/2014 629 KR265770_USA/Illinois255/2014 630 KJ645698_USA/Ohio120/2014 631 KJ645648_USA/Minnesota42/2013 632 KJ645652_USA/Minnesota54/2013 633 KJ645660_USA/Minnesota64/2013 634 KR265807_USA/Michigan189/2014 635 KJ645689_USA/Illinois97/2013 636 KJ645680_USA/Illinois87/2013 637 KJ645664_USA/Ohio68/2013 638 KM392226_TC 639 KR265815_USA/Illinois194/2014 640 KR265795_USA/Illinois201/2014 641 KM392230_TC 642 KM392228_TC.PC173.P2 643 KM392227_TC 644 KM392231_TC 645 KJ645636_USA/Iowa28/2013 646 KJ645645_USA/Texas39/2013 647 LC063826_RNA 648 LC063825_RNA 649 LC063824_RNA 650 LC063827_RNA 651 KR265822_USA/Michigan252/2014 652 KR265763_USA/Illinois176/2014 653 KR265768_USA/Minnesota179/2014 654 KR265801_USA/Indiana254/2014 655 KR265802_USA/Illinois260/2014 656 KR265796_USA/Illinois262/2014 657 KR265788_USA/Minnesota306/2014 658 KR265774_USA/SouthDakota371/2014 659 KR265809_USA/Nebraska266/2014 660 KR265784_USA/Nebraska348/2014 661 KR265803_USA/Nebraska288/2014 662 KR265765_USA/Nebraska287/2014 663 KJ645707_USA/Minnesota84/2013 664 KJ645706_USA/Minnesota71/2013 665 KJ645691_USA/Minnesota100/2013 666 KM975736_USA/IA/2013/49379 667 KJ645700_MEX/124/2014 668 KR265831_CAN/Quebec334/2014 669 KR265766_MEX/Mexico329/2014 670 KR265834_USA/Texas435/2014 671 KR265843_USA/Minnesota372/2014 672 KR265793_USA/Minnesota212/2014 673 KR265844_USA/Missouri373/2014 674 KJ645692_USA/Missouri101/2013 675 KJ645690_USA/Illinois98/2013 676 KJ645675_USA/Illinois81/2013 677 KJ645671_USA/Minnesota76/2013 678 KJ645669_USA/Wisconsin74/2013 679 KR265821_USA/Missouri164/2014 680 KM189367.2 681 KJ584361_OH15962 682 KX683006_PC22A 683 KY499262_PC22A 684 KM392224_TC 685 KM392225_TC 686 KU893861_PC22A.P3 687 KU893869_PC22A.P95.13 688 KR265842_USA/Minnesota409/2014 689 KR265841_USA/Minnesota408/2014 690 KR265840_USA/Ohio249/2014 691 KX580958_PC22A.P140.BI 692 KU893873_PC22A.P160 693 KU893872_PC22A.P120 694 KU893871_PC22A.P100.C6 695 KU893870_PC22A.P100.C4 696 KR265817_USA/Illinois256/2014 697 KJ645641_USA/Indiana34/2013 698 LC063819_RNA 699 KJ645659_USA/Illinois63/2013 700 KM392229_TC 701 KF452322_USA/Iowa/16465/2013 702 LC063821_RNA 703 LC063820_RNA 704 KR265828_USA/Minnesota265/2014 705 LC063822_RNA 706 LC063813_RNA 707 KM975737_USA/NC/2013/49469 708 KJ645683_USA/NorthCarolina91/2013 709 KY825242_KNU.141112.S 710 KY825240_KNU.141112.S 711 KJ645654_USA/Tennesse56/2013 712 KU982971_PEDV/USA/Minnesota4/2015 713 LC063835_RNA 714 LC063834_RNA 715 LC063833_RNA 716 KR265846_USA/Missouri270/2014 717 KU982970_PEDV/USA/NorthDakota93/2015 718 KU982969_PEDV/USA/Iowa127/2015 719 KP641663_OH9097.14 720 KP641662_OH8593.14 721 722 723 724 725 726 727 728 729 730 731 732 733 734 735 736 737 738 739 740 741 742 743 744 745 746 747 748 749 750 751 752 753 754 755 756 757 758 759 760 761 762 763 764 765 766 767 768 769 770 771 772 773 774 775 776 777 778 779 780 LC063828_RNA LC022792_RNA KU569509_COL/Cundinamarca/2014 KR265792_USA/Oklahoma418/2014 KR265812_USA/Colorado420/2014 KR265819_USA/Kansas431/2014 LC063837_RNA KR265832_USA/Minnesota379/2014 KR265813_USA/Minnesota271/2014 KR265783_USA/Minnesota269/2014 KF468753_IA1 KJ778615_NPL.PEDv/2013 KF272920_USA/Colorado/2013 KM052365_NPL.PEDv/2013/p10.1 KR265829_USA/Minnesota309/2014 KR265811_USA/SouthDakota336/2014 KJ645688_USA/Iowa96/2013 KJ645677_USA/Minnesota83/2013 KJ645647_USA/Minnesota41/2013 KJ645666_USA/Iowa70/2013 KJ645686_USA/Minnesota94/2013 KJ645679_USA/Minnesota86/2013 KJ645678_USA/Minnesota85/2013 KJ645662_USA/NorthCarolina66/2013 KJ645661_USA/Minnesota65/2013 KJ645673_USA/Minnesota78/2013 KJ645687_USA/Minnesota95/2013 KJ645674_USA/Minnesota79/2013 KJ645651_USA/Colorado47/2013 KJ645650_USA/Kansas46/2013 KJ645640_USA/Oklahoma32/2013 KJ645638_USA/Colorado30/2013 KJ645639_USA/Texas31/2013 KJ645637_USA/Kansas29/2013 KR265818_USA/Minnesota290/2014 KR265798_USA/Minnesota289/2014 KR265816_USA/Minnesota202/2014 KR265787_USA/SouthDakota285/2014 KR265771_USA/Minnesota402/2014 KR265794_USA/Minnesota236/2014 KR265814_USA/Kansas166/2014 KR265804_USA/Illinois333/2014 KM975735_USA/NC/2013/35140 KJ645646_USA/NorthCarolina40/2013 KR265800_USA/Indiana195/2014 KR265791_USA/Kentucky291/2014 KR265772_USA/Kentucky248/2014 LC063836_RNA KJ645643_USA/Kansas36/2013 KJ645708_MEX/104/2013 LC063843_RNA LC063842_RNA LC063841_RNA LC063840_RNA KR265773_USA/Minnesota281/2014 LC063839_RNA KR265767_USA/Kansas432/2014 KJ645697_USA/Texas128/2013 KJ645642_USA/Oklahoma35/2013 KU982966_PEDV/USA/Texas134/2015 781 782 783 784 785 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 796 797 798 799 800 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 811 812 813 814 815 816 817 818 819 820 821 822 823 824 825 826 827 828 829 830 831 832 833 834 835 836 837 838 839 840 KJ778616_NPL.PEDv/2013/P10 KR265820_USA/Missouri337/2014 KR265789_USA/Illinois307/2014 KR265782_USA/Illinois308/2014 KR265779_USA/Missouri177/2014 KR265790_USA/Texas424/2014 KJ645644_USA/Oklahoma38/2013 KJ645701_USA/Kansas125/2014 KR265764_USA/Minnesota163/2014 KR265797_USA/Kansas280/2014 KP641661_OH10123.14 KR265769_USA/Illinois197/2014 KM077139_PEDV/USA/Minnesota188/2014 KU982975_PEDV/USA/Missouri130/2015 KR265833_USA/Oklahoma477/2014 KR265762_USA/Oklahoma1/2015 KU982974_PEDV/USA/Minnesota123/2015 KR265845_USA/Oklahoma466/2014 KR265824_USA/Oklahoma471/2014 KU982968_PEDV/USA/Oklahoma133/2015 KU982967_PEDV/USA/Kansas126/2015 KU982977_PEDV/USA/Texas132/2015 KU982976_PEDV/USA/Texas128/2015 KJ623926_K14JB01 KR265786_USA/Illinois261/2014 KU982979_PEDV/USA/Minnesota131/2015 KU982978_PEDV/USA/Nebraska108/2015 KP403954_Ukraine/Poltava01/2014 KU982980_PEDV/USA/Minnesota125/2015 KU982981_PEDV/USA/Minnesota124/2015 KY963963_KNU.1601 KX791060_CHSD2014 KU380331_CH.SD01 KC210145_AH2012 KM609208_PEDV.15F KM609206_PEDV.10F KM609204_PEDV.7C JX261936_CHGD.01 JX112709_GD.A JX647847_GD.1 KU646831_AH2012/12 KM089829_GDS01 KF384500_CH/GDGZ/2012 JX489155_LC JX188454_AJ1102 KF761675_CH/YNKM.8/2013 KT021227_YN1 KP765609_FL2013 KM609209_PEDV.CHZ KY007139_PEDV.Hjms KU252649_YC2014 KX016034_CH/GDZHDM/1401 KR153326_CH/GDZHDM/1401 KR153325_CH/GDZH02/1401 KY793536_CH/GX/2015/750A KM609212_PEDV.LYG KM609213_PEDV.WS KT199103_CH/HNLH/2015 KR809885_CH/HNAY/2015 KY007140_PEDV.LNsy 841 842 843 844 845 846 847 848 849 850 851 852 853 854 855 856 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 867 868 869 870 871 872 873 874 875 876 877 878 879 880 881 882 883 884 885 886 KX550281_ZJ15XS0101 KY070587_JSCZ1601 KX812523_XM1.2 KX981440_CH/HNZZ47/2016 JQ282909_CH/FJND.3/2011 KX064280_SD2014 KR095279_CH/HNQX.3/14 KC196276_CH/ZMDZY/11 KJ020932_CHYJ130330 KC140102_CH/FJZZ.9/2012 KM609203_PEDV.1C KM609211_PEDV.LS KM609210_PEDV.LY KM609205_PEDV.8C KX812524_XM2.4 MF346935_CH/JLDH/2016 KY111278_PEDV KR011756_FR/001/2014 KX289955_HUN/5031/2016 KT860508_USA/IL20697/2014 KJ645702_USA/Ohio126/2014 LC063846_RNA LC063845_RNA LC063844_RNA KR265761_USA/Hawaii/2014 KM975741_USA/MO/2014/03293 KJ645696_USA/Iowa107/2013 KJ645695_USA/Iowa106/2013 KM392232_TC KR265759_USA/Minnesota187/2014 KJ645655_USA/Minnesota58/2013 KM975740_USA/IL/2013/59573.5 KM975739_USA/IA/2013/20849 KM975738_USA/IA/2013/19321 KJ645635_USA/Indiana12.83/2013 LC063847_RNA KJ645649_USA/Iowa23.57/2013 KR265760_USA/Minnesota211/2014 KM403155_KNU.1406.1 KJ399978_OH851 KJ645704_USA/Minnesota52/2013 KU847996_ZL29 JX524137_ZJCZ4 KR818832_XY2013 KY928065_CH.hubei.2016 KX580953_KB2013.4 113 ... TRÍCH YẾU LUẬN ÁN Tên tác giả: Nguyễn Trung Tiến Tên Luận án: Nghiên cứu số đặc điểm dịch tễ học bệnh tiêu chảy thành dịch lợn (PED) miền Bắc Việt Nam Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 64 01... 30 3.3.1 Nghiên cứu tình hình dịch PED số tỉnh miền Bắc Việt Nam 30 3.3.2 Phân tích đặc điểm trình tự gen 30 3.3.3 Nghiên cứu số đặc điểm đặc điểm dịch tễ học phân tử PEDV 30 3.4... giới 3.3.3 Nghiên cứu số đặc điểm đặc điểm dịch tễ học phân tử PEDV - Nghiên cứu đặc điểm lưu hành theo nhóm di truyền; - Nghiên cứu tượng tái tổ hợp PEDV lưu hành Việt Nam; - Nghiên cứu phát tán