BÁO cáo THỰC tập DI TRUYỀN 2020

ĐẠI HỌC QUỐC GIA THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN KHOA SINH HỌC – CÔNG NGHỆ SINH HỌC BÁO CÁO THỰC TẬP DI TRUYỀN 2020 Ca 1_ Tiểu nhóm 02: Thành phố Hồ Chí Minh, tháng 11 năm 2019 Trần Hoàng Tâm - 18180043 Mục lục Báo cáo buổi Báo cáo buổi Báo cáo buổi 10 Báo cáo buổi 14 Bài tập phả hệ 17 Bài tập Enzyme cắt 20 Bài tập phân nhóm lab Buổi 2: Nhuộm nhân chất tế bào VSV - Phương pháp sử dụng trắc vị thị kính trắc vi vật kính – Định luật Menden phép thử χ2 Bảng phân công công việc: Kết phần nhuộm nhân chất phương pháp sử dụng TVVK TVTK: Kích thước tế bào: D = khoảng chi thước đo TVVK = 10µm khoảng chia TVVK = 5x10µm = 50µm = 20 khoảng chia TVTK  khoảng chia TVTK = 2,5µm Kích thước tế bào B.subtilis = vạch TVTK = 2,5 µm Kích thước tế bào S.cerevisiae = vạch TVTK = 7,5 µm Định luật Menden-Phép thử χ2 Câu 1: Sự tương ứng bước hoạt động so với qui luật Mendel: Bước + 2: Túi tương đương với locus, chứa hạt màu khác allel trạng thái dị hợp tử Bước 3: Chia túi thành cụm tương đương với giới tính Mỗi túi cụm cho hạt tương đương với việc hình thành giao tử, cha mẹ truyền cho nửa gene Các giao tử kết hợp với tạo đời Bước 1-3 lặp lại: Quá trình xảy locus khác Bước 4: Khảo sát mô cho trình lai cặp tính trạng Câu 2: Mơ tả q trình lai: gọi tính trạng hạt trịn hồng A, hạt trịn xanh a, gọi tính trạng hạt thoi đỏ B, hạt thoi trắng b (A, B trội hoàn toàn so với a, b) Sơ đồ lai: P: AaBb × AaBb F: TLKG: 1AABB : 2AABb : 2AaBB : 4AaBb : 1AAbb : 1aaBB : 2Aabb : 2aaBb : 1aabb TLKH: 9A_B_ : 3A_bb : 3aaB_ : 1aabb P AA x aa BB x bb F1 Aa: hạt tròn hồng xanh Bb: hạt thoi trắng đỏ F2 Aa x Aa → 1AA : 2Aa : 1aa Bb x Bb → 1BB : 2Bb : 1bb 150hh : 300hx : 150xx 150dd : 300dt : 150tt F3 (AA : Aa : aa) x (BB : Bb : bb) AABB: hồng hồng đỏ đỏ → 75hhdd AABb: hồng hồng đỏ trắng → 150hhdt AAbb: hồng hồng trắng trắng → 75hhtt AaBB: hồng xanh đỏ đỏ → 150hxdd AaBb: hồng xanh đỏ trắng → 300hxdt Aabb: hồng xanh trắng trắng → 150hxtt aaBB: xanh xanh đỏ đỏ → 300xxdd aaBb: xanh xanh đỏ trắng → 300xxdt aabb: xanh xanh trắng trắng → 75xxtt Kiểu gene Hạt trịn Số liệu thực tế Kiểu hình Hồng Hồng Hồng Xanh Xanh Xanh Hồng Xanh 151 300 149 451 149 1/4 x 600 = 150 Giá trị dự kiến (e) 1/4 x 600 = 150 1/2 x 600 = 300 1/4 x 600 = 150 3/4 x 600 = 450 Sai lệch (d) -1 -1 d2 1 1 d2/e 1/150 0/300 = 1/150 1/450 1/150 Lai tính trạng: Tỉ lệ kiểu gene: χ2 = ∑(d2/e) = 1/150 + + 1/150 = 2/150 ≈ 0.01333 Bậc tự = Số kiểu gene – =3 – = P > 0.95 → Khơng có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Kết tuân theo qui luật di truyền Memdel Tỉ lệ kiểu hình: χ2 = ∑(d2/e) = 1/450 + 1/150 = 4/450 ≈ 0.00889 Bậc tự = Số kiểu hình – = – = P>0.95 → Khơng có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Kết tuân theo qui luật di truyền Memdel Kiểu gene Hạt thoi Số liệu thực tế Kiểu hình Đỏ Đỏ Đỏ Trắng Trắng Trắng Đỏ Trắng 149 317 134 466 134 3/4 x 600 = 450 1/4 x 600 = 150 Giá trị dự kiến (e) 1/4 x 600 = 150 1/2 x 600 = 300 1/4 x 600 = 150 Sai lệch (d) -1 17 -16 16 -16 d2 289 256 256 256 d2/e 0.00667 0.96333 1.70667 0.56889 1.70667 Tỉ lệ kiểu gene: χ2 = ∑(d2/e) = 0.00667+0.96333+1.70667 = 2.67667 Bậc tự = Số kiểu gene – =3 – = 0.2 < P < 0.3 → Khơng có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Kết tuân theo qui luật di truyền Memdel Tỉ lệ kiểu hình: χ2 = ∑(d2/e) = 0.56889 + 1.70667 = 2.27556 Bậc tự = Số kiểu hình – = – = 1.1 < P < 0.2 → Khơng có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Kết tuân theo qui luật di truyền Memdel Lai tính trạng: Đỏ Đỏ Đỏ Trắng Trắng Trắng Đỏ Đỏ Tỉ lệ Đỏ Đỏ Đỏ Đỏ Trắng Trắng Trắng Trắng Trắng Trắng Xanh kiểu Hồng Hồng Xanh Xanh Hồng Xanh Hồng Hồng Hồng gene Xanh Hồng Xanh Xanh Xanh Hồng Xanh Hồng Số liệu thực tế 348 139 144 133 121 94 75 77 69 Giá trị dự kiến (e) 300 150 150 150 150 75 75 75 75 Sai lệch (d) 48 -11 -6 -17 -29 19 -6 d2 2304 121 36 289 841 361 36 7.68 0.81 0.24 1.92 5.61 4.81 0.05 0.48 d /e χ2 = ∑(d2/e) = 21.61 Bậc tự = Số kiểu gene – = – = P < 0.05 → Có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Kết không tuân theo qui luật di truyền Memdel Tỉ lệ kiểu hình Hồng Đỏ Hồng Trắng Xanh Đỏ Xanh Trắng Số liệu thực tế 719 196 208 77 Giá trị dự kiến (e) 675 225 225 75 Sai lệch (d) 44 -29 -17 d2 1936 841 289 d2/e 2.87 3.74 1.28 0.05 Χ2 = ∑(d2/e) = 2.87+3.74+1.28+0.05 = 7.94 Bậc tự = Số kiểu hình – = – = P < 0.05 → Có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Kết không tuân theo qui luật di truyền Mendel Bài tập: Hãy thống kê tần số nhóm máu lớp Tần số nhóm máu lớp có khác biệt với tần số nhóm máu người Việt Nam nói chung khơng? Khảo sát thống kê nhóm máu lớp 18CSH A: 24 bạn B: 21 bạn AB: bạn O: 42 bạn So sánh tần số nhóm máu lớp với tần số người Việt Nam Nhóm O 42%, Nhóm B 31%, Nhóm A 22%, Nhóm AB 5% Nhóm máu A B AB O Số liệu thực tế 24 21 42 Giá trị dự kiến (e) 0.22 x 89 = 19.58 0.31 x 89 = 27.59 0.42 x 89 = 37.38 Sai lệch (d) 4.42 -6.59 0.05 x 89 = 4.45 -2.45 d2 19.53 43.43 6.00 21.34 d2/e 1.57 1.35 0.57 4.62 Χ = ∑(d /e) = 1+1.57+1.35+0.57 = 3.92 Bậc tự = Số kiểu hình – = – = 0.2 < P < 0.3 → Khơng có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Tần số nhóm máu lớp giống với tần số nhóm máu người Việt Nam Buổi 3: Nuôi ruồi lai ruồi Nguyên phân Nhiễm sắc thể khổng lồ ruồi giấm Bảng phân công công việc: Nguyên phân: Nuôi ruồi – Lai ruồi: TH1: Lai ruồi mắt trắng với ruồi đực mắt đỏ (Nhóm không làm) TH2: Lai ruồi mắt đỏ với ruồi đực mắt trắng: Đực đỏ Quan sát (O) 100 Dự kiến (E) 400 Sai lệch (D) -4 D2/E 0.04 P: ♂ mắt trắng (XdY) x ♀ mắt đỏ (XDXD) F1: ½ XDXd : ½ XDY χ2 0.08 Kiểu hình: 50% ♀ đỏ : 50% ♂ đỏ Bậc tự F = Tra bảng: giá trị P = 0.7 < P < 0.8 0.7 < P-value < 0.8=> khơng có ý nghĩa Kết luận: tỉ lệ thu khơng có khác biệt rõ rệt so với tỉ lệ dự kiến Buổi 4: Giảm phân Quan sát NST người KHV Lai nấm lớn Bảng phân công công việc: 10 Mẫu nuôi bào tử nấm nhóm, điều kiện thao tác khơng đảm bảo vô trùng nèn bị nhiễm Đĩa môi trường bị nhiễm nấm ngoại lai thao tác không đảm bảo vơ trùng 12 Nấm mọc lan, khơng có tương tác → Các dịng giống Đĩa mơi trường bị nhiễm nấm ngoại lai thao tác không đảm bảo vơ trùng 13 14 Vịng đời nấm 15 16 Đảm bào tử Bào tử đảm Buổi 5: Cảm ứng phân lập đột biến khuyết dưỡng nấm men tia UV Quan sát NST người KHV 17 Bảng phân công công việc: Quan sát NST người kính hiển vi: Cảm ứng phân lập đột biến khuyết dưỡng nấm men tia UV: 18 Bảng số liệu số khuẩn lạc đếm độ pha loãng thời gian chiếu xạ khác Mật độ tế bào (tế bào/mL mơi trường) tính theo cơng thức: Số tế bào/mL = ∑ 𝑠ố 𝑘ℎ𝑢ẩ𝑛 𝑙ạ𝑐∗10÷độ 𝑝ℎ𝑎 𝑙𝑜ã𝑛𝑔 𝑆ố 𝑙ầ𝑛 𝑝ℎ𝑎 𝑙𝑜ã𝑛𝑔 đượ𝑐 𝑡í𝑛ℎ Từ số liệu tính tốn mật độ tế bào 19 Dựa vào bảng số liệu, thấy số liệu có hình dạng khơng tuyến tính, số lần thí nghiệm lặp lại thấp nên số liệu xu Tuy nhiên nhìn xu số tế bào sống giảm tăng thời gian chiếu xạ Mật độ tế bào (số tế bào/mL) 1.4E+09 1.2E+09 1E+09 800000000 600000000 400000000 200000000 0 10 20 30 40 50 20 60 70 Bài tập: Xác định vị trí gene Huntington kỹ thuật RFLP Bệnh xuất hệ, tỷ lệ đồng nam nữ mắc bệnh → gene bệnh gene trội nằm NST thường 17/19 trường hợp mang haplotype C bị bệnh → Haplotype C liên kết với gene bệnh Gọi H: allel bệnh > h: allel không bệnh: Màu xám: bị bệnh, Màu vàng: khơng bị bệnh Hình vng: Nam, Hình tròn: Nữ Kiểu gene thành viên phả hệ: V1:Ah/Ah V2:Ah/Bh V6:Ah/Bh V7:Ah/Bh V8:CH/Bh V9:Ah/Bh V10:Ah/Bh V11:Ah/Bh V12:Ah/Bh V13:CH/Bh V14:Ah/Bh V15:Ah/Bh V16:CH/Bh V17:Bh/Bh V18:CH/Bh V19:CH/Ah V20:Ah/Ah V21:CH/Bh V22:Ch/Dh V23:Bh/Bh V24:CH/Bh VI1:CH/Ah VI2:Ah/Bh VI3:CH/Ah VI4:CH/Ah VI5:Ah/Ch VI6:CH/Ah VI7:Ah/Ah VI8:CH/Bh VI10:Ah/Ah VI11:CH/Bh VI12:Ah/Ah VI13:CH/Bh VI14:CH/Bh VI15:CH/Ch VII1:CH/Ah VII2:CH/Bh VII3:CH/Bh 21 Câu 2: P: VI8:CH/Bh x VI9:_h/_h F1: VII3:CH/Bh, VII4 Giả sử khơng có tái tổ hợp đoạn RFLP locus qui định bệnh VII3 có kiểu gene CH/Bh, nhận gene CH từ cha → Nhận Bh từ mẹ → Kiểu gene mẹ VI9 Bh/_h Dự đoán kiểu gene thai nhi VII4: 1CH/Bh : 1CH/_h : Bh/Bh : Bh/_h Bằng cách xác định kiểu gene thai nhi? Bằng kỹ thuật RFLP, dùng Southern blot xác định kiểu gene RFLP, thai nhi xác định có haplotype C đốn trẻ mang gene bệnh 22 Tái tổ hợp xảy có làm ảnh hưởng đến độ xác phương pháp khơng? Có, phương pháp dựa liên kết haplotype C gene bệnh, phương pháp giúp xác định haplotype không giúp xác định bệnh Do đó, tái tổ hợp xảy khiến xảy trường hợp có haplotype C khơng có gene bệnh ngược lại khiến phương pháp khơng cịn xác Bài tập: Ai tội phạm? Các mẫu máu thu từ âm đạo quần áo nạn nhân có phân tích RFLP trùng với mẫu máu thu từ người bị nghi ngờ A không giống người khác, bao gồm nạn nhân, người bị nghi ngờ B người đối chứng → Người A phạm Bài tập: Màu trắng: Khơng bệnh - Màu đen: Bị bệnh Hình trịn: Nữ - Hình vng: Nam Cá thể bệnh xuất phả hệ không bệnh → Gene lặn nằm NST thường Gọi H: không bệnh > h: bị bệnh Câu 1: Phân tích phả hệ: Giả sử haplotype locus chứa gene bệnh liên kết hoàn toàn 7:Ah/Bh → Bệnh liên kết với haplotype A, B 5:Bh/C- không bệnh → 5:CH/Bh 6:Ah/D- không bệnh → 6:DH/Ah 1:CH/A- không bệnh → 1:CH/Ah (do A liên kết với h phân tích cá thể 7) 2:Bh/D- khơng bệnh → 2:DH/Bh 3:Ah/A- không bệnh → 3:AH/Ah 23 4:DH/B- không bệnh → 4:DH/Bh (Do B liên kết với h phân tích cá thể 7) Câu 2: Hãy phân tích khả kiểu gene thai nhi này? P: 5:CH/Bh x 6:DH/Ah TLKG: F1: CH/DH : CH/Ah : DH/Bh : Ah/Bh Khả bị bệnh thai nhi bao nhiêu, biết kiểu RFLP thai nhi AB, biết khơng có tái tổ hợp đoạn RFLP locus quy định bệnh? RFLP thai nhi: AB → Kiểu gene: Ah/Bh → 100% bệnh Bài tập: dự đoán chiều dài đoạn DNA cắt hai enzyme Bài tập: Phân tích đa dạng di truyền chủng vi khuẩn lactic: Biện luận đa dạng phân nhóm LAB đặc tính kháng khuẩn đặc tính tiết enzyme Sắp xếp lại bảng số liệu: 24 Đặc tính kháng khuẩn nằm số liệu E.co, L.mo Đặc tính tiết enzyme nằm số liệu Es, Ptase, b.ga, a.ga Phần mềm sử dụng: RStudio phiên 3.6.1 25 Kết thu được: Bản đồ dendrogram Câu lệnh: > setwd("C:/Users/Admin/Desktop") > bt1=read.csv("tdtt1.csv",header=T,row.names=1) > hc=hclust(dist(tdtt1)) > plot(hc,hang=-1) Biện luận: Do q trình sống lồi có phát sinh đột biến, đột biến tích lũy thời gian dài tạo nên khác biệt đa dạng, chủng với Tuy nhiên, có chủng khác nhiều, có chủng khác ít, thời điểm chủng bắt đầu tách gần hay xa thời điểm 26 ... lục Báo cáo buổi Báo cáo buổi Báo cáo buổi 10 Báo cáo buổi 14 Bài tập phả hệ 17 Bài tập Enzyme cắt 20 Bài tập. .. hình – = – = P>0.95 → Khơng có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Kết tuân theo qui luật di truyền Memdel Kiểu gene Hạt thoi Số liệu thực tế Kiểu hình Đỏ Đỏ Đỏ Trắng Trắng Trắng Đỏ Trắng... 0.05 → Có khác biệt số liệu thực tế giá trị dự kiến → Kết không tuân theo qui luật di truyền Memdel Tỉ lệ kiểu hình Hồng Đỏ Hồng Trắng Xanh Đỏ Xanh Trắng Số liệu thực tế 719 196 208 77 Giá trị