Đậu đen có chứa galactans loại đường phức tạp mà cơ thể không thể tiêu hóa được. Do đó, việc ăn nhiều đậu đen có thể gây đầy hơi và khó chịu ở ruột. Trong nước đậu đen còn chứa chất phytate làm giảm khả năng hấp thụ kẽm, sắt, đồng… Nếu uống quá nhiều sẽ khiến cơ thể không hấp thụ được khoáng chất cần thiết, dẫn tới thiếu máu, loãng xương, ức chế một số enzyme tiêu hóa.