Một số phương pháp giải phương trình hàm một biến

M ÐU

TNG QUAN

Tng quan v Hóa hoc tính toán
Mô phong ng lc phân t (Molecular Dynamic Simulations)
Thut toán mô phong ng lc phân t
- Thut toán toàn cuc
- Mt s thut toán tiêu biu trong MD

ÐI TNG VÀ PHNG PHÁP NGHIÊN CU

KT QUA VÀ THAO LUN

Kt qua tính toán cân bng nhit và áp sut
Các tng tác chu yu gia lenvatinib và protein
S dao ng cua b khung protein và ligand
- RMSD
- RMSF
Nang lng t do v liên kt cha bao gm óng góp entropy
- Mô hình MM-PBSA
- Mô hình nang lng tng tác bc mt - LIE
Nang lng t do v liên kt ã bao gm óng góp entropy
Nang lng t do v liên kt khi rút ngn thi gian mô phong

KT LUN

TÀI LIU THAM KHAO

Các bc mô phong theo MD

T chc th muc
Xây dng h mô phong
- Protein
- Ligand
- Phc hp protein-ligand
- Ðinh nghıa ô mang n vi và thêm dung môi
- Thêm ion
Cc tiu nang lng - EM
- Cân bng
- Cân bng NVT
- Cân bng NPT
Thc hin tính toán MD
Thc hin phân tích kt qua
- Liên kt hidro gia protein-ligand
- Nang lng tng tác van der Waals và tınh in
- RMSD
- Bán kính hi chuyn - Radius of gyration R_g

Mt s vn còn tn tai trong quá trình thc hin nghiên cu

Mt s kinh nghim trong quá trình thc hin tài

Mt s mã ngun s dung khi phân tích kt qua và ve thi