Nghiên cứu sự lưu hành và đặc điểm dịch tễ học phân tử của porcine circovirus type 2 PCV2 ở lợn nuôi tại việt nam

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM PHẠM HỒNG QUÂN NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH VÀ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA PORCINE CIRCOVIRUS TYPE (PCV2) Ở LỢN NUÔI TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 64 01 08 Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Huỳnh Thị Mỹ Lệ PGS.TS Phạm Công Hoạt NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2019 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu trình bày luận án trung thực, khách quan chưa dùng để bảo vệ lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận án cám ơn, thơng tin trích dẫn luận án rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Phạm Hồng Quân i LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập, nghiên cứu hồn thành luận án, tơi nhận hướng dẫn, bảo tận tình thầy cô giáo, giúp đỡ, động viên bạn bè, đồng nghiệp gia đình Nhân dịp hồn thành luận án, cho phép tơi bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc PGS.TS Huỳnh Thị Mỹ Lệ, PGS.TS Phạm Cơng Hoạt tận tình hướng dẫn, dành nhiều công sức, thời gian tạo điều kiện cho tơi suốt q trình học tập thực đề tài Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành tới Ban Giám đốc, Ban Quản lý đào tạo, Bộ môn Vi sinh vật truyền nhiễm, Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam tận tình giúp đỡ tơi q trình học tập, thực đề tài hoàn thành luận án Tôi xin chân thành cảm ơn Lãnh đạo, cán Cục Thú y, Trung tâm Ch n đoán Thú y Trung ơng Ban quản lý dự án CDC giúp đỡ tạo điều kiện cho suốt trình thực đề tài Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè, đồng nghiệp tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ mặt, động viên khuyến khích tơi hồn thành luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2019 Tác giả luận án Phạm ii ồng Quân M C C Trang Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình viii Trích yếu luận án ix Thesis abstract xi Phần Mở đầu 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tiêu nghiên cứu đề tài 1.3 Phạm vi nghiên cứu 1.4 Những đóng góp đề tài 1.5 nghĩa khoa học thực tiễn đề tài 1.5.1 nghĩa khoa học 1.5.2 nghĩa thực tiễn Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Tình hình chăn ni lợn Việt Nam 2.2 Giới thiệu PCV2 bệnh PCV2 gây lợn nuôi 2.2.1 Giới thiệu PCV2 2.2.2 Dịch tễ học bệnh PCV 2.2.3 Cơ chế sinh bệnh 2.2.4 Triệu chứng bệnh tích lợn mắc PCV 11 2.2.5 Một số hội chứng lợn có liên quan đến nhiễm PCV 14 2.2.6 Ch n đoán 16 2.2.7 Phòng bệnh 18 2.2.8 Điều trị 22 2.3 Hiện tượng đồng nhiễm PCV2 gây 22 2.4 Tình hình nghiên cứu nước PCV2 23 iii 2.4.1 Tình hình nghiên cứu giới 23 2.4.2 Tình hình nghiên cứu nước 28 Phần Nội dung, Vật liệu Phƣơng pháp nghiên cứu 33 3.1 Địa điểm nghiên cứu 33 3.2 Thời gian nghiên cứu 33 3.3 Vật liệu nghiên cứu 33 3.4 Nội dung nghiên cứu 35 3.5 Phương pháp nghiên cứu 35 3.5.1 Phương pháp tính tốn dung lượng mẫu 35 3.5.2 Phương pháp điều tra hồi cứu 38 3.5.3 Phương pháp thu thập mẫu 38 3.5.4 Phương pháp chiết tách DN 3.5.5 Phương pháp Realtime PCR 39 3.5.6 Phương pháp PCR 40 3.5.7 Phương pháp giải trình tự hồn thiện trình tự gen 42 3.5.8 Phương pháp phân tích trình tự gen 42 3.5.9 Xây dựng phát sinh chủng loại 42 RN 38 3.5.10 Phương pháp nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử theo không gian thời gian 42 3.5.11 Phương pháp đo lường tính đa dạng di truyền 45 3.5.12 Phương pháp xử lý số liệu 45 Phần Kết nghiên cứu thảo luận 46 4.1 Sự lưu hành PCV2 lợn nuôi Việt Nam 46 4.1.1 Kết nghiên cứu lưu hành PCV theo địa phương 46 4.1.2 Kết xác định lưu hành PCV theo quy mô chăn nuôi 52 4.1.3 Kết xác định tỷ lệ lưu hành PCV đàn lợn thuộc lứa tuổi 53 4.1.4 Kết nghiên cứu lưu hành bệnh PCV gây 56 4.2 Đặc điểm dịch tễ học phân tử PCV2 59 4.2.1 Kết giải trình tự gen PCV 59 4.2.2 Phân loại genotype PCV lưu hành Việt Nam 60 4.2.3 Tính đa dạng di truyền PCV lưu hành Việt Nam 64 4.2.4 Sự lưu hành genotype PCV theo không gian thời gian 66 iv 4.2.5 Đặc điểm dịch tễ học phân tử genotype PCV b lưu hành Việt Nam 68 4.2.6 Đặc điểm dịch tễ học phân tử genotype PCV d lưu hành Việt Nam 73 4.3 Hiện tượng đồng nhiễm PCV2 với số virus 76 4.3.1 Kết xác định có mặt số virus đồng nhiễm 77 4.3.2 Kết nghiên cứu tượng đồng nhiễm PCV với số virus 83 4.3.3 Đặc điểm sinh học phân tử loài virus đồng nhiễm với PCV2 87 Phần Kết luận đề nghị 92 5.1 Kết luận 92 5.2 Đề nghị 92 Những cơng trình tác giả cơng bố có liên quan đến luận án 93 Tài liệu tham khảo 94 Phụ lục 112 v DANH M C CHỮ VIẾT TẮT T viết tắt vi Tên đầ đủ ADN Axit Deoxyribonucleic ARN Axit ribonucleic CI Confidence Interval CSFV Classical Swine Fever Virus ELISA Enzyme Linked Immunosorbent Assay IPMA Immunoperoxidase monolayer assay NaCl Natri clorua ORF Open Reading Frame PBS Phosphate – Buffered - Saline PCR Polymerase chain reaction PCV Porcine circovirus PCV1 Porcine circovirus type PCV2 Porcine circovirus type PCV3 Porcine circovirus type PCVAD Porcine circovirus type 2-associated disease PDNS Porcine dermatitis and nephropathy syndrome PK15 Pig Kidney 15 PMWS Postweaning multisystemic wasting syndrome PPV Porcine parvovirus PRRS Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome TTV Torque teno virus DANH M C BẢNG TT 2.1 Tên bảng Trang Một số loại vắc xin phòng bệnh PCV gây phép nhập kh u, lưu hành Việt Nam 20 3.1 Mồi sử dụng để phát virus nghiên cứu 34 3.2 Trình tự mồi dùng ch n đốn giải trình tự gen PCV2 35 3.3 Trình tự mồi dùng giải trình tự gen PCV3 35 3.4 Tổng hợp tình hình lấy mẫu nghiên cứu 37 3.5 Tóm tắt thơng tin trình tự gen ORF chủng PCV d dùng phân tích đặc điểm dịch tễ học theo không gian - thời gian 43 3.6 Tóm tắt thơng tin trình tự gen ORF chủng PCV b dùng phân tích đặc điểm dịch tễ học theo khơng gian - thời gian 44 4.1 Kết xác định có mặt PCV từ địa phương 47 4.2 Tỷ lệ lưu hành PCV đàn lợn theo quy mô khác địa bàn nghiên cứu 52 4.3 Kết xác định tỷ lệ lưu hành PCV lứa tuổi lợn 53 4.4 Trình tự gen đưa Genbank 60 4.5 Motif đặc trưng genotype PCV lưu hành Việt Nam 64 4.6 Kết xác định có mặt virus đồng nhiễm 78 4.7 Kết xác định đồng nhiễm virus mẫu bệnh ph m 83 vii DANH M C TT 2.1 2.2 2.3 2.4 2.5 2.6 2.7 2.8 2.9 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 4.7 4.8 4.9 4.10 4.11 4.12 4.13 4.14 4.15 4.16 4.17 4.18 4.19 4.20 viii Tên hình N Trang Phân bố tổng số lợn nuôi theo địa phương năm Cây phát sinh loài PCV2 Cấu trúc PCV2 Khả tiết PCV2 lợn bị nhiễm Phát triển nhiễm PCV2 biểu thành PCV D 10 Một số triệu chứng lâm sàng điển hình lợn nghi mắc PMWS 12 Một số triệu chứng bệnh tích điển hình lợn nghi mắc PMWS 13 Sự phân bố PCV2 giới 24 Phân loại genotype PCV Việt Nam 31 Kết so sánh phạm vi lấy mẫu phát PCV2 46 Tỷ lệ dương tính với PCV2 địa phương thu mẫu 49 Một số triệu chứng điển hình lợn mắc PMWS 57 Một số bệnh tích điển hình lợn mắc PMWS 58 Sơ đồ đính kèm đánh dấu 20 tỉnh có trình tự phân tích 61 Cây phát sinh chủng loại chủng PCV2 phân lập Việt Nam 62 Hệ tọa độ chiều biểu diễn mối quan hệ gen chủng PCV2 phân lập Việt Nam 65 Phân bố nhóm di truyền PCV2 Việt Nam theo khơng gian thời gian 67 Kết phân tích phát tán theo khơng gian thời gian genotype PCV2b nước 69 Sự phát tán theo không gian thời gian chủng PCV2b nhánh xâm nhập vào Việt Nam 71 Sự phát tán theo không gian thời gian chủng PCV2b nhánh xâm nhập vào Việt Nam 72 Sự phát tán theo không gian thời gian genotype PCV2d 74 Nguồn gốc, phát tán theo không gian thời gian genotype PCV2d lưu hành Việt Nam 75 Kết PCR xác định có mặt virus đồng nhiễm 77 Các tỉnh có mẫu dương tính với virus đồng nhiễm 80 Sự phân bố theo không gian virus đồng nhiễm PCV2 86 Trình tự gen ORF2 chủng PCV3 phân lập Việt Nam 88 Khoảng cách di truyền chủng PCV3 Việt Nam giới 89 Cây phát sinh chủng loại PCV3 lưu hành Việt Nam 90 Quan hệ di truyền PCV2 PCV3 lưu hành Việt Nam 91 Phụ lục Châu lục Châu Bắc Mỹ Châu Đại dương Nam Mỹ Châu Phi Những nghiên cứu PCV2 giới Nƣớc Năm c ng bố Châu lục Nƣớc Năm c ng bố Trung Quốc 2005 o 2002 Indonesia 2008 Bỉ 2000 Nhật Bản 1999 Bulgaria 2004 Hàn Quốc 2000 Croatia 2004 Philippine 2004 Cộng hòa Sec 2002 Đài loan 2002 Đan Mạch 1999 Thái Lan 1999 Pháp 1997 Việt Nam 2010 Đức 1999 Kazakhstan 2018 Hy-Lap 2001 Canada 1998 Hungary 2000 Costa Rica 2002 Ireland 1998 Cuba 2010 Hà-Lan 2000 Mexico 2001 Ba Lan 2009 Mỹ 1996 Rumani 2006 Úc 2006 Scotland 2000 New Zealand 2003 Slovakia 2009 Brazil 2003 Tây Ban Nha 1997 Venezuela 2005 Thụy Điển 2002 Uruguay 2011 Thụy Sĩ 2001 Colombia 2007 Anh 2001 Argentina 2000 Nam Phi 2001 Israel 2006 Uganda 2013 Châu Âu Trung Đơng Nguồn trích theo Huỳnh Thị Mỹ Lệ cs 117 Phụ lục Trình tự gen OR d ng phân t ch đặc điểm dịch tễ học phân tử genotype PCV2b TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm KT336598 Vietnam 2014 207 KM974911 China 2014 413 HQ113120 China 2009 KT336599 Vietnam 2014 208 KM360052 China 2013 414 KX161681 China 2013 YYYY8 Vietnam 2015 209 KX831480 China 2015 415 EU450587 Korea 2007 KT336608 Vietnam 2014 210 KY126311 China 2016 416 AY556475 China 2004 YYYY3 Vietnam 2016 211 KX960941 China 2013 417 DQ195679 China 2005 YYYY25 Vietnam 2015 212 KF926650 China 2013 418 FJ644559 China 2005 KC238435 Vietnam 2012 213 KF027491 China 2012 419 AY291318 China 2002 YYYL1712 Vietnam 2017 214 KX929001 China 2015 420 FJ667584 China 2007 YYYY11 Vietnam 2015 215 KX298474 China 2014 421 FJ667591 China 2008 10 KT336600 Vietnam 2014 216 KU756237 China 2014 422 FJ667593 China 2008 11 YYYY7 Vietnam 2015 217 KM880080 China 2013 423 FJ667587 China 2007 12 KT336601 Vietnam 2014 218 KY347899 China 2016 424 FJ667589 China 2007 13 YYYY24 Vietnam 2015 219 KM116513 China 2013 425 FJ667592 China 2008 14 YYYY10 Vietnam 2015 220 KX826907 China 2014 426 FJ644932 China 2008 15 YYYY9 Vietnam 2015 221 KM235960 China 2014 427 FJ447482 China 2008 16 KC238431 Vietnam 2012 222 KX865092 China 2015 428 KC514979 China 2011 17 JQ181600 Vietnam 2011 223 KX865093 China 2016 429 GU938304 China 2009 18 KT336605 Vietnam 2014 224 KC514991 China 2012 430 FJ608544 China 2008 19 KT336606 Vietnam 2014 225 KC514997 China 2012 431 FJ608549 China 2008 20 KT336607 Vietnam 2014 226 KC751546 China 2012 432 FJ608539 China 2007 118 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 21 KP081539 China 2013 227 KJ139962 China 2013 433 KX904948 China 2009 22 KP081540 China 2013 228 JX948784 China 2011 434 HQ395019 China 2010 23 KM042410 Vietnam 2008 229 JX945575 China 2011 435 HQ395020 China 2010 24 JX099786 Vietnam 2008 230 KX831481 China 2015 436 KU193767 China 2013 25 KP081541 China 2013 231 KY126314 China 2016 437 JX274295 China 2011 26 KC514976 China 2011 232 KX867821 China 2016 438 KX009481 India 2012 27 KC514977 China 2011 233 KJ680357 China 2012 439 KX009480 India 2013 28 KP231145 Italy 2010 234 KX814351 China 2016 440 KU960931 China 2015 29 KP081548 China 2014 235 KX247842 China 2013 441 KX928994 China 2015 30 KP081556 China 2013 236 KX928997 China 2015 442 FJ041151 China 2007 31 YYYY26 Vietnam 2016 237 KX814352 China 2016 443 EU418626 China 2005 32 HQ831540 Portugal 2010 238 KX845692 China 2016 444 FJ158602 China 2007 33 EF515839 China 2007 239 KU960934 China 2015 445 FJ608543 China 2008 34 KF742546 China 2008 240 KY305201 China 2015 446 JF928005 China 2011 35 KP420188 Ukraine 2010 241 KX960942 China 2014 447 KF742545 China 2012 36 JQ181601 Vietnam 2011 242 KC859451 China 2012 448 HQ202962 Taiwan 2009 37 JQ181590 Vietnam 2011 243 KX247843 China 2015 449 HQ202961 Taiwan 2009 38 JQ181591 Vietnam 2011 244 KX247844 China 2015 450 HQ202971 Taiwan 2009 39 KP231123 Italy 2013 245 KU311020 China 2014 451 GU244506 Taiwan 2009 40 KP231128 Italy 2013 246 KU041849 China 2014 452 HQ202963 Taiwan 2009 41 HQ395028 China 2010 247 KX960939 China 2012 453 GU244507 Taiwan 2009 119 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 42 HQ395046 China 2010 248 KX855984 China 2016 454 HQ202953 Taiwan 2009 43 YYYY28 Vietnam 2016 249 KX855983 China 2016 455 GQ911590 Taiwan 2007 44 KX929009 China 2015 250 KX352153 China 2013 456 HQ202966 Taiwan 2009 45 KM042406 Vietnam 2011 251 KM880081 China 2013 457 HQ202960 Taiwan 2009 46 KC238430 Vietnam 2012 252 KT819159 Brazil 2014 458 HQ202959 Taiwan 2009 47 JQ181585 Vietnam 2011 253 KT804910 China 2015 459 HQ202956 Taiwan 2009 48 JQ181589 Vietnam 2011 254 KM360053 China 2013 460 HQ202968 Taiwan 2009 49 KT336604 Vietnam 2014 255 KC514973 China 2011 461 HQ202954 Taiwan 2009 50 KC238436 Vietnam 2012 256 KM042405 Vietnam 2011 462 EU886637 Australia 2007 51 JQ181597 Vietnam 2011 257 KX161663 China 2006 463 EU684164 Australia 2008 52 JX945577 China 2011 258 JF317566 Korea 2009 464 HQ202964 Taiwan 2009 53 KM096530 China 2010 259 KC336417 China 2010 465 JF317567 Korea 2009 54 KC514978 China 2011 260 HM776450 China 2009 466 JF317585 Korea 2010 55 FJ870976 China 2008 261 KJ680366 China 2011 467 EU450584 Korea 2007 56 EF675231 China 2007 262 KX161665 China 2008 468 FJ905465 Korea 2005 57 JX945576 China 2011 263 KX161679 China 2006 469 FJ905464 Korea 2005 58 KM624032 China 2008 264 HQ831525 Portugal 2007 470 JF317569 Korea 2009 59 HQ831529 Portugal 2005 265 KJ679446 Germany 2012 471 JF317570 Korea 2009 60 KC688419 Uruguay 2011 266 FJ870969 China 2008 472 FJ905463 Korea 2007 61 MF616415 Uruguay 2013 267 EU095020 China 2007 473 GU247991 China 2006 62 MF616418 Uruguay 2013 268 KJ680360 China 2012 474 KM624030 China 2007 120 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 63 MF616419 Uruguay 2011 269 FJ608538 China 2007 475 AY596822 China 2004 64 MF616421 Uruguay 2011 270 FJ608540 China 2007 476 HM038027 China 2006 65 KC688418 Uruguay 2011 271 EU921255 China 2008 477 KP420192 Ukraine 2011 66 MF616422 Uruguay 2011 272 EU780073 China 2008 478 KP231116 Italy 2011 67 KT819162 Brazil 2014 273 FJ608547 China 2008 479 KJ679445 Germany 2009 68 KT819160 Brazil 2014 274 DQ180392 China 2005 480 AY682992 China 2004 69 KT719404 Brazil 2012 275 EU545551 Slovakia 2006 481 HQ395035 China 2010 70 KT819167 Brazil 2014 276 FJ667594 China 2008 482 HQ831535 Portugal 2007 71 KT819164 Brazil 2014 277 FJ667596 China 2008 483 JQ002672 China 2011 72 KT819165 Brazil 2014 278 JF290418 Canada 2006 484 EF493839 China 2006 73 KT216672 Brazil 2012 279 FJ233906 Canada 2008 485 AY596823 China 2004 74 KT819163 Brazil 2014 280 DQ220727 Canada 2005 486 HM038032 China 2008 75 KY084478 Brazil 2008 281 EU589463 USA 2008 487 DQ201641 China 2005 76 KC261600 Brazil 2008 282 EU594437 USA 2008 488 KX828235 Korea 2016 77 KJ094604 Brazil 2010 283 HQ713495 USA 2005 489 KX828220 Korea 2012 78 KC924956 Brazil 2010 284 KP420200 Ukraine 2012 490 GQ996404 China 2009 79 KJ094602 Brazil 2010 285 HQ202965 Taiwan 2009 491 DQ104422 China 2005 80 KF374705 Brazil 2005 286 KX828219 Korea 2012 492 EU257513 China 2007 81 DQ923524 Brazil 2006 287 KM042411 Vietnam 2009 493 FJ644930 China 2008 82 AY391729 China 2003 288 KM042399 Vietnam 2009 494 EF524519 China 2004 83 HQ395027 China 2010 289 FN398023 Cuba 2007 495 GU247989 China 2005 121 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 84 EU391637 Malaysia 2008 290 FN398027 Cuba 2007 496 HM776442 China 2009 85 GQ359006 China 2008 291 JF317580 Korea 2009 497 KF742540 China 2010 86 KX161673 China 2007 292 FJ905460 Korea 2007 498 EU366324 China 2007 87 KP420195 Ukraine 2011 293 DQ629118 USA 2005 499 HM038019 China 2005 88 HQ831528 Portugal 2006 294 DQ629117 USA 2005 500 DQ910866 China 2006 89 HQ831523 Portugal 2007 295 EU594439 USA 2008 501 EF524525 China 2005 90 HQ831537 Portugal 2008 296 HQ738640 USA 2009 502 EU921254 China 2008 91 FJ905470 Korea 2007 297 HQ738639 USA 2010 503 EF524524 China 2005 92 EF524529 China 2005 298 HQ738641 USA 2010 504 EF524527 China 2005 93 EF524536 China 2006 299 JF317565 Korea 2009 505 GU247988 China 2006 94 EF524515 China 2004 300 JF317576 Korea 2009 506 EF675244 China 2007 95 JX512859 Switzerland 2005 301 KP081552 China 2014 507 DQ910865 China 2006 96 EU450590 Korea 2007 302 KP081545 China 2014 508 HM038025 China 2008 97 JF317579 Korea 2009 303 KX828232 Korea 2016 509 FJ623185 China 2008 98 FJ905466 Korea 2005 304 DQ220729 Canada 2005 510 DQ218419 China 2005 99 FN398026 Cuba 2007 305 DQ220731 Canada 2005 511 EU521709 China 2008 100 HF542107 Brazil 2007 306 DQ220736 Canada 2005 512 KX352161 China 2016 101 EU521708 China 2007 307 FJ233905 Canada 2008 513 GU450330 China 2008 102 EU257516 China 2007 308 FJ905469 Korea 2005 514 EF524530 China 2005 103 EU257511 China 2007 309 JF317573 Korea 2009 515 AY678532 China 2004 104 EF524522 China 2004 310 FJ905462 Korea 2005 516 AY682995 China 2004 122 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 105 AY217743 China 2002 311 EU545550 Slovakia 2006 517 HQ591365 Croatia 2008 106 HQ831524 Portugal 2003 312 KJ920205 Germany 2011 518 HQ591378 Croatia 2009 107 AY424404 Austria 2003 313 HQ202955 Taiwan 2009 519 KC473165 China 2007 108 KP420189 Ukraine 2010 314 FJ905459 Korea 2007 520 FJ644555 China 2005 109 EU780074 China 2008 315 HQ202957 Taiwan 2009 521 FJ644562 China 2005 110 KM624031 China 2007 316 FJ905461 Korea 2005 522 EF421973 China 2006 111 FJ644557 China 2005 317 HQ831532 Portugal 2005 523 KY440166 Germany 2013 112 EU545547 Slovakia 2006 318 HQ831531 Portugal 2004 524 YYYY27 Vietnam 2016 113 FJ644924 China 2006 319 KP081550 China 2014 525 KY440165 Germany 2013 114 HQ591375 Croatia 2008 320 KP081547 China 2014 526 HQ231328 Germany 2009 115 DQ201642 China 2005 321 KY388474 Germany 2013 527 HM038020 China 2004 116 DQ141322 China 2005 322 KP081542 China 2013 528 KM604666 China 2004 117 FJ644561 China 2005 323 KP081538 China 2013 529 FJ804417 Germany 2008 118 GU325764 China 2009 324 JF690919 Malaysia 2007 530 JF317571 Korea 2009 119 GQ358997 China 2007 325 KC835193 Brazil 2005 531 KY810319 Korea 2016 120 EF565345 Denmark 2004 326 KC835190 Brazil 2003 532 GQ449672 China 2009 121 EF524521 China 2004 327 KP231153 Italy 2010 533 JF317577 Korea 2009 122 EF524520 China 2004 328 KP231108 Italy 2009 534 JF317568 Korea 2009 123 GU325766 China 2009 329 KP231109 Italy 2007 535 EU450592 Korea 2007 124 HM776445 China 2008 330 KR054744 Japan 2008 536 KT819166 Brazil 2014 125 EF421969 China 2006 331 KP231130 Italy 2008 537 KT216677 Brazil 2012 123 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 126 EF592575 China 2007 332 KP231129 Italy 2008 538 DQ364650 Brazil 2006 127 EF592576 China 2007 333 KP231144 Italy 2010 539 AY682997 China 2004 128 KF742541 China 2011 334 KP231150 Italy 2010 540 FJ660968 China 2007 129 HM038024 China 2005 335 KP231148 Italy 2010 541 DQ104420 China 2005 130 GU247992 China 2005 336 EF619037 China 2007 542 EU408780 Sweden 2003 131 KP420181 Ukraine 2011 337 GU325753 China 2008 543 EU450586 Korea 2007 132 KP420182 Ukraine 2011 338 KC514980 China 2011 544 EU450585 Korea 2007 133 KP420198 Ukraine 2010 339 HM038029 China 2007 545 JF317588 Korea 2010 134 KP420190 Ukraine 2011 340 GU325754 China 2008 546 EU450589 Korea 2007 135 KX960944 China 2014 341 FJ870975 China 2008 547 AY732494 China 2004 136 KY305202 China 2015 342 FJ905467 Korea 2007 548 HM038023 China 2007 137 FJ598044 China 2008 343 FJ608545 China 2008 549 HM038028 China 2008 138 FJ644558 China 2005 344 EF675240 China 2007 550 FJ644919 China 2002 139 HQ395034 China 2010 345 KF850463 China 2011 551 AF538325 China 2002 140 HQ591370 Croatia 2008 346 KF850465 China 2011 552 MF616420 Uruguay 2013 141 HM038018 China 2005 347 JF272497 China 2010 553 MF616413 Uruguay 2011 142 EF675237 China 2007 348 KP231151 Italy 2010 554 HQ831538 Portugal 2009 143 GU247987 China 2005 349 KX161693 China 2007 555 HQ831526 Portugal 2007 144 JX948772 China 2011 350 KX161686 China 2006 556 HQ831534 Portugal 2008 145 JX948773 China 2011 351 HQ395057 China 2010 557 HQ831521 Portugal 2004 146 KP231159 Italy 2010 352 JF272499 China 2010 558 GQ227412 China 2007 124 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 147 KP231124 Italy 2013 353 HM142898 China 2010 559 GQ358994 China 2007 148 KP231114 Italy 2011 354 EF675233 China 2007 560 KP231138 Italy 2008 149 KP231122 Italy 2011 355 FJ608542 China 2008 561 KP231139 Italy 2008 150 EU545543 Slovakia 2007 356 AY686762 China 2004 562 FJ233910 Canada 2007 151 HM009338 Slovakia 2007 357 DQ997816 China 2004 563 KJ094600 Brazil 2010 152 JX193799 UK 2012 358 KP231118 Italy 2011 564 FJ644556 China 2005 153 HM009336 Slovakia 2005 359 GQ915289 China 2009 565 AY484409 Netherlands 2002 154 EU545546 Slovakia 2007 360 EF675232 China 2007 566 AY484415 Netherlands 2002 155 EU545542 Slovakia 2007 361 DQ648031 Hungary 2006 567 AY321990 France 2002 156 EU503040 China 2007 362 AY682993 China 2004 568 AY322001 France 2002 157 EU503031 China 2006 363 AY181945 China 2002 569 DQ915584 Greece 2005 158 EU503037 China 2006 364 KX981602 China 2016 570 AY321994 France 2002 159 EU503035 China 2005 365 MF926252 China 2015 571 AY321999 France 2002 160 EU503034 China 2007 366 KY659551 China 2016 572 AY321992 France 2002 161 EU503039 China 2006 367 KX826908 China 2015 573 AY321998 France 2002 162 EU503032 China 2007 368 JN388690 China 2010 574 AY321996 France 2002 163 EU503038 China 2006 369 KM624038 China 2014 575 AY321991 France 2002 164 KF732649 China 2012 370 EF675234 China 2007 576 DQ915583 Greece 2002 165 AM086384 China 2004 371 FJ158603 China 2006 577 KP231110 Italy 2008 166 AY691679 China 2004 372 FJ608541 China 2007 578 KP231165 Italy 2008 167 FJ644925 China 2006 373 GQ358998 China 2007 579 KP231107 Italy 2008 125 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 168 EU555439 China 2008 374 KP231149 Italy 2010 580 KP231161 Italy 2012 169 HQ591377 Croatia 2008 375 EF421972 China 2006 581 DQ997815 China 2004 170 HQ591376 Croatia 2008 376 DQ017036 China 2005 582 EF421970 China 2006 171 EF565355 Denmark 2004 377 KC835192 Brazil 2005 583 EF421971 China 2006 172 EF565350 Denmark 2004 378 KT819161 Brazil 2014 584 EF675236 China 2007 173 EF565346 Denmark 2004 379 EU057185 Brazil 2003 585 EF421967 China 2006 174 FJ935780 Denmark 2006 380 KJ946351 Hungary 2014 586 EU503036 China 2005 175 GU049341 Spain 2006 381 HQ591367 Croatia 2008 587 DQ220738 Canada 2005 176 EF565342 Denmark 2004 382 AY291316 China 2002 588 EF452350 USA 2007 177 EF565360 Denmark 2004 383 GQ358992 China 2007 589 EU909688 Belgium 2008 178 EF565363 Denmark 2004 384 HQ693092 China 2009 590 DQ220733 Canada 2005 179 EU136716 Denmark 2004 385 GQ359004 China 2008 591 AY916791 China 2005 180 EF565362 Denmark 2004 386 JX534237 China 2012 592 JX512857 Switzerland 2005 181 EF565352 Denmark 2004 387 JX534236 China 2012 593 KX161680 China 2010 182 EF565348 Denmark 2004 388 EU656143 China 2008 594 AY613854 China 2004 183 EF565359 Denmark 2004 389 GU247990 China 2005 595 EF493838 China 2006 184 EF565353 Denmark 2004 390 EU545545 Slovakia 2006 596 EF493841 China 2006 185 EF565343 Denmark 2004 391 GU083582 China 2009 597 EF421968 China 2006 186 EF565351 Denmark 2004 392 FJ644926 China 2006 598 EF493840 China 2006 187 EF565358 Denmark 2004 393 FJ644920 China 2006 599 EU346945 China 2004 188 YYYY16 Vietnam 2013 394 FJ644921 China 2006 600 EF493842 China 2006 126 TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm TT Genbank Nƣớc Năm 189 KU193766 China 2013 395 GU325759 China 2009 601 EU366325 China 2007 190 HQ202970 Taiwan 2009 396 GU325758 China 2009 602 AF055394 France 1998 191 GQ359008 China 2008 397 EF210106 China 2006 603 AY322003 France 2002 192 HM038022 China 2008 398 EU257515 China 2007 604 AY321983 France 2002 193 GQ359007 China 2008 399 FJ644922 China 2008 605 AY321982 France 2002 194 FJ870974 China 2008 400 HM776438 China 2009 606 DQ218420 China 2005 195 FJ660971 China 2007 401 KC514972 China 2011 607 EF524534 China 2006 196 FJ660970 China 2007 402 EU521707 China 2007 608 AY177626 China 2002 197 FJ660967 China 2007 403 EU257512 China 2007 609 AF055393 France 1998 198 JN119256 China 2011 404 FJ644928 China 2008 610 AY321988 France 2002 199 KC684978 China 2012 405 HM776446 China 2008 611 AY321989 France 2002 200 HQ395045 China 2010 406 GU233804 China 2004 612 AY321987 France 2002 201 HQ395039 China 2010 407 EF524535 China 2006 613 AY484408 Netherlands 2002 202 JF690916 Malaysia 2007 408 GQ358999 China 2007 614 AY484412 Netherlands 2002 203 JF690920 Malaysia 2007 409 FJ644923 China 2006 615 AF201897 Netherlands 1998 204 JF690918 Malaysia 2007 410 HQ395036 China 2010 616 DQ915586 Greece 2005 205 JF690917 Malaysia 2007 411 EU503033 China 2006 617 DQ915585 Greece 2005 206 KX831475 China 2015 412 AY686764 China 2004 127 Phụ lục Trình tự gen ORF2 PCV3 Tên chủng GenBank Nƣớc Tên chủng GenBank Nƣớc Tên chủng GenBank Nƣớc RS-6 MF079253 Brazil Guangdong-SG1 MF589105 China Shandong-2 KY778777 China RS-8 MF079254 Brazil Guangdong-X1 MF589118 China KU-1601 KY996337 Korea Fujian-FZ MF589108 China Guangxi-LD4 MF589120 China KU-1602 KY996338 Korea Guangdong-HZ4 MF589103 China Guangxi-LD5 MF589121 China KU-1603 KY996339 Korea Guangdong-MX3 MF589104 China Guangxi-WZ MF589123 China KU-1604 KY996340 Korea Guangxi-NK MF589122 China Henan-13 KY075988 China KU-1605 KY996341 Korea Anhui-14 MF084994 China Hubei-610 KY354038 China KU-1606 KY996342 Korea CC2016 KY421348 China Hubei-618 KY354039 China KU-1607 KY996343 Korea CCV-A KY363870 China Hunan-B8 MF589124 China KU-1608 KY996344 Korea CCV-B KY363871 China Hunan-CD33 MF589125 China KU-1609 KY996345 Korea CCV-C KY363872 China Hunan-XHD2 MF589129 China PCK3-1701 MF611876 Korea Chongqing-147 KY075990 China Jiangxi-1 MF589130 China PCK3-1702 MF611877 Korea Chongqing-148 KY075991 China Jiangxi-3 MF589106 China PCK3-1703 MF611878 Korea Chongqing-150 KY075992 China Jiangxi-62 KY075989 China IH Korea Chongqing-155 KY075993 China Jiangxi-G1 MF589131 China SJ Korea Chongqing-156 KY075994 China Jiangxi-QN3 MF589132 China 2164 KX458235 USA Fujian-12 KY075987 China Shanghai-0706 KY865242 China 29160 KT869077 USA Fujian-5 KY075986 China Shanghai-0708 KY865243 China 29160-1 NC031753 USA Fujian-HWK1 MF589109 China YiY-1-11 KY484769 China MO2015 KX778720 USA 128 Tên chủng GenBank Nƣớc Tên chủng GenBank Nƣớc Tên chủng GenBank Nƣớc Fujian-HWK2 MF589110 China YiY-2-11 KY484770 China MN2016 KX898030 USA Fujian-KP1 MF589111 China Guangdong-GZ MF589113 China SD2016 KX966193 USA GD2016 KY418606 China Guangxi-L2 MF589119 China CO2017 MF162298 USA GD2016-1 KY421347 China Hunan-CZ MF589126 China MN2017 MF162299 USA Guangdong-CH MF589112 China Hunan-HWF2 MF589127 China L11-181 Vietnam Guangdong-HY MF589114 China Hunan-HWF3 MF589128 China L16-2931 Vietnam Guangdong-HY1 MF589102 China Jiangxi-B1 MF589107 China L16-2932 Vietnam Guangdong-JM1 MF589115 China Jiangxi-S1 MF589133 China L17-297 Vietnam Guangdong-MX1 MF589116 China Jiangxi-XY MF589134 China L17-307 Vietnam Guangdong-SG MF589117 China Shandong-1 KY778776 China 129 Phụ lục Một số hình ảnh ấ mẫu hu ết ấ mẫu dịch hầu họng ấ mẫu phủ tạng Qu m hộ cá thể 130 Qu m trang trại n theo mẹ n sau cai sữa n thịt n nái Đường T Đường T3-T Đối chứng dương, Đường T Đối chứng âm, mẫu bệnh ph m thu lợn có triệu trứng điển hình PCV D Kết realtime PCR phát PCV2 131 ... EU148505_PCV2c_1990 EU148504_PCV2c_1987 AY 322 004_2D _20 04 AY 424 4 02_ 2D _20 03 AY556474_2A _20 04 AF117753_2A _20 00 AF109398_2A _20 00 99.64% 100% AF46 521 1_2E _20 02 DQ104 421 _2E _20 05 AY094619_2E _20 03 PCV2a (2A-2E)... lưu hành Việt Nam 64 4 .2. 4 Sự lưu hành genotype PCV theo không gian thời gian 66 iv 4 .2. 5 Đặc điểm dịch tễ học phân tử genotype PCV b lưu hành Việt Nam 68 4 .2. 6 Đặc điểm dịch tễ học phân. .. T ỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI ngh a khoa học - Đây nghiên cứu có hệ thống lưu hành, đặc điểm dịch tễ học phân tử PCV2 đồng nhiễm PCV2 với số virus lợn nuôi Việt Nam - Đây nghiên cứu Porcine circovirus