Thiết kế, sàng lọc một số dẫn xuất flavonoid và đánh giá hoạt tính gây độc lên dòng tế bào hela dựa vào các tính toán hóa lượng tử

LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan luận án kết nghiên cứu thực cá nhân hướng dẫn PGS.TS Phạm Văn Tất, trường Đại học Hoa Sen PGS TS Trần Dương, trường Đại học Sư Phạm – Đại học Huế Luận án thực trường Đại học Khoa Học – Đại học Huế Chưa có kết nghiên cứu tương tự cơng bố hình thức trước thực luận án Một phần kết cơng trình cơng bố trên: Tạp chí Hóa học Ứng dụng, Tạp chí Hóa học, Tạp Chí Khoa học Cơng nghệ trường Đại học Khoa học – Đại học Huế, Tạp chí Đại học Huế, Tạp chí Computational Chemistry, Cogent Chemistry, Taylor Francis, Tạp chí Organic & Medicinal Chemistry International Journal (OMCIJ), Tạp chí Natural products research Ký tên Bùi Thị Phương Thúy i LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án trước hết em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến PGS.TS Phạm Văn Tất, Trường Đại học Hoa Sen; PGS TS Trần Dương, Trường Đại học Sư Phạm Huế giao đề tài, hướng dẫn trực tiếp truyền đạt kinh nghiệm kiến thức quý báu, tận tình dẫn, động viên tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ em hoàn thành luận án Em xin gửi lời cảm ơn chân thành đến GS.TS Trần Thái Hòa, TS Trần Xuân Mậu, TS Nguyễn Thị Ái Nhung - Khoa Hóa, Trường Đại học Khoa Học Huế Các thầy cô giúp đỡ, động viên dạy nhiều kiến thức quý báu trình em học tập trường Em xin gửi lời cảm ơn Thầy Cơ Khoa Hóa, Thầy Cơ Khoa Sau đại học toàn thể Ban Giám hiệu Trường Đại học Khoa Học Huế cho phép tạo thuận lợi cho em hoàn thành luận án Em xin gửi lời cảm ơn đến TS Phùng Văn Trung, TS Hồng Thị Kim Dung Viện Hố học – Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam TP Hồ Chí Minh giúp đỡ em trình làm luận án Em xin gửi lời cảm ơn đến PGS.TS Nguyễn Hùng Huy, Khoa Hoá, Trường Đại học Khoa học Tự Nhiên – ĐHQGHN giúp đỡ, tận tình dẫn em trình làm luận án Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành gia đình, bạn bè động viên, giúp đỡ cho tơi hoàn thành luận án Ký tên Bùi Thị Phương Thúy ii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT ANOVA Phân tích phương sai ARE, % Giá trị tuyệt đối sai số tương đối Bond Liên kết Cal Tính tốn (Calculation) SKC Sắc kí cột COSY d Đỉnh đôi (doublet) dd Mũi đôi mũi đôi (duplet of duplet) DEPT Phổ DEPT (Distortionless Enhancement by Polarisation Transfer) DMSO Dimethyl sulfoxide (CH3)2S=O Exp Thực nghiệm (Experiment) EtOAc Ethyl acetate (CH3COOC2H5) EtOH Ethanol (C2H5OH) E-State Trạng thái điện tử (electrotopological state) GI50 H-1H (Correlation Spectroscopy) Nồng độ thuốc ức chế 50% phát triển tế bào gây ung thư (50% Growth Inhibition) pGI50 pGI50= -log(GI50) pGI50,exp Giá trị pGI50 thực nghiệm pGI50,pr Giá trị pGI50 dự đoán HMBC HSQC Phổ tương tác đa liên kết hai chiều dị hạt nhân (Heteronuclear Multiple Bond Vorrelation) Phổ tương tác hai chiều trực tiếp dị hạt nhân (heteronuclear single quantum coherence) HPV Vi rút u nhú người (Human Papillomavirus) IR Phổ hồng ngoại (Infrared Spectroscopy) iii LV Biến ẩn (Latent Variables) LogP Giá trị logarit hệ số phân tán Linear Tuyến tính m Mũi đa (multiplet) MM+ Phương pháp học phân tử MM MARE, % Giá trị trung bình ARE, % MSE Sai số trung bình bình phương (Mean Squared Error) MS Phổ khối (mass spectrometry) MetOH methanol (CH3OH) Nonlinear Phi tuyến tính NMR Phở cộng hưởng từ hạt nhân OD Phương pháp đo mật độ quang (Optical Density) PCA Phân tích thành phần (Principal Components Analysis) PCR Hồi qui thành phần (Principal Components Regression) PLS Bình phương cực tiểu riêng phần (Partial Least Squares) QSPR QSAR QESAR QSDAR QSSR Q2 Quan hệ định lượng cấu trúc - tính chất (Quantitative Structure - Property Relationship) Quan hệ định lượng cấu trúc - hoạt tính (Quantitative Structure - Activity Relationship) Quan hệ định lượng cấu trúc điện tử hoạt tính sinh học (Quantitative Electronic Structure - Activity Relationship) Quan hệ định lượng cấu trúc phở NMR hoạt tính sinh học (Quantitative Spectrum Data - Activity Relationship) Quan hệ định lượng cấu trúc - cấu trúc (Quantitative Structure - Structure Relationship) Hệ số tương quan đánh giá chéo (Cross-validation correlation coefficient) R2tr Hệ số tương quan R2 luyện R2pr Hệ số tương quan R2 dự đoán iv R2ad R2hiệu chỉnh Rf Hệ số lưu giữ (Retention Factor) SAR Quan hệ cấu trúc hoạt tính (Structure - Activity Relationship) s Đỉnh đơn (singlet) SRB Sulforhodamine B SK Sắc ký SKLM Sắc ký lớp mỏng t Mũi ba (triplet) TCA Trichloroacetic acid UV Phổ UV (Ultraviolet Spectroscopy) J (Hz) Hằng số ghép (Hz) (Coupling constant Hz) H-NMR 13 C-NMR (ppm) QSARMLR (3.16) QSARMLR (3.17) QSARMLR (3.19) Phổ cộng hưởng từ hạt nhân proton (Hydrogen Nuclear Magnetic Resonance) Phổ cộng hưởng từ hạt nhân cacbon 13 (Carbon Nuclear Magnetic Resonance) Độ dịch chuyển hóa học (chemical shift) tính ppm QSARMLR phương trình 3.16 QSARMLR phương trình 3.17 QSARMLR phương trình 3.19 v DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 3.1 Năng lượng tối thiểu (kcal/mol) phân tử isoflavone (isofla-30) 63 Bảng 3.2 Tham số moment lưỡng cực (µ) flavonone isoflavone 65 Bảng 3.3 Ảnh hưởng loại biến độc lập đến giá trị R2tr 67 Bảng 3.4 Ảnh hưởng số biến độc lập đến giá trị R2tr, R2pr, SE 67 Bảng 3.5 Ảnh hưởng số nơ ron ẩn đến giá trị R2tr 68 Bảng 3.6 Ảnh hưởng cấu trúc mạng đến giá trị R2tr R2pr 68 Bảng 3.7 Ảnh hưởng hàm truyền đến giá trị R2tr R2pr 69 Bảng 3.8 Ảnh hưởng moment sai số luyện đến R2tr 69 Bảng 3.9 Các mơ hình tuyến tính QESARMLR (k = - 10) giá trị thống kê 71 Bảng 3.10 Giá trị thống kê mơ hình QESARMLR (với k = - 7) 72 Bảng 3.11 Giá trị thống kê giá trị đóng góp GMPmxi,% ngun tử mơ hình QESARMLR (với k = – 7) 73 Bảng 3.12 pGI50 nhóm kiểm tra dự đốn từ mơ hình QESARMLR, QESARANN 75 Bảng 3.13 Các mơ hình QSDARMLR giá trị thống kê 76 Bảng 3.14 Giá trị thống kê, hệ số phần trăm đóng góp độ dịch chuyển hóa học i mơ hình QSDARMLR 77 Bảng 3.15 Hoạt tính pGI50,pr dẫn xuất kiểm tra giá trị ARE,% từ mơ hình QSDARMLR (với k = 7) QSDARANN với kiến trúc I(7)-HL(2)-O(1) 79 Bảng 3.16 Mối tương quan hợp chất sử dụng mô tả điện tích nguyên tử 81 Bảng 3.17 Tính chất hóa lý hoạt tính kháng ung thư pGI 50 hợp chất nghiên cứu mơ hình QSSRMLR chất dùng để dự đốn 82 Bảng 3.18 Các mơ hình QSARMLR (k từ đến 10) với giá trị R2, R2pred MSE 86 Bảng 3.19 Các giá trị thống kê giá trị phần trăm đóng góp MPmxi,% GMPmxi,% tham số mô tả phân tử 2D 3D mơ hình QSAR MLR (với k 8, 10) 87 Bảng 3.20 Hoạt tính sinh học pGI50 nhóm kiểm tra từ mơ hình QSARMLR (3.16) QSARANN(1) 90 Bảng 3.21 Các mơ hình QSARMLR (k từ đến 10) với giá trị R2, R2pred MSE 91 Bảng 3.22 Các giá trị thống kê phần trăm đóng góp MPmxi,%, GMPmxi,% tham số mô tả phân tử 2D, 3D mơ hình QSARMLR (với k 5, 6, 7) 92 Bảng 3.23 Hoạt tính sinh học pGI50 nhóm kiểm tra từ mơ hình QSARMLR (3.17), QSARPCR QSARPCA-ANN 95 Bảng 3.24 Các mơ hình QSARMLR với giá trị R2tr , SE R2pr tương ứng 97 Bảng 3.25 Các giá trị thống kê phần trăm đóng góp MPmxi,%, GMPmxi,% điện tích ngun tử mơ hình QSARMLR 99 Bảng 3.26 Hoạt tính pGI50 nhóm kiểm tra dự đốn từ mơ hình QSARMLR (3.19), QSARPLS (3.20) QSARANN(2) 100 Bảng 3.27 Phần trăm gây độc tế bào GI50 (µg/ml) mẫu khảo sát dòng tế bào Hela nồng độ khác 112 vi Bảng 3.28 Giá trị GI50 (µg/ml) pGI50 mẫu flavonoid khảo sát từ thực nghiệm in vitro 113 Bảng 3.29 Hoạt tính pGI50 flavone isoflavone dự đốn từ mơ hình QESARMLR QESARANN 114 Bảng 3.30 Hoạt tính pGI50 flavone isoflavone thiết kế dự đốn từ mơ hình QSDAR MLR (M1) QSDARANN (M2) 116 Bảng 3.31 Tính chất hóa lý giá trị hoạt tính kháng ung thư pGI 50 nhóm dẫn xuất flavone isoflavone tương tự nghiên cứu từ mơ hình QSSRMLR 118 Bảng 3.32 Giá trị pGI50,pr từ mơ hình QSSRMLR, QSEARMLR QSDARMLR 119 Bảng 3.33 Nhiệt độ nóng chảy thực nghiệm dự đốn từ mơ hình QSSRMLR dẫn xuất flavonoid chiết xuất 120 Bảng 3.34 Hoạt tính sinh học pGI50 hai hợp chất phân lập ZZL1, ZZL2 từ mơ hình QSARMLR (3.16) QSARANN(1) 121 Bảng 3.35 Hoạt tính GI50 (µM) 10 hợp chất nhận từ mơ hình QSAR ANN(1 122 Bảng 3.36 Hoạt tính sinh học pGI50 nhóm kiểm tra hai hợp chất phân lập luteolin daidzin từ mơ hình QSARMLR (3.18), QSARPCR QSARPCA-ANN 123 Bảng 3.37 Hoạt tính kháng ung thư pGI50 hợp chất dự đoán từ mơ hình QSARPCA-ANN ) 124 Bảng 3.38 Hoạt tính pGI50 nhóm kiểm tra dự đốn từ mơ hình QSARMLR (3.19), QSARPLS (3.20) QSARANN (2) 125 Bảng 3.39 Hoạt tính kháng ung thư pGI50 hợp chất thiết kế cách gắn nhóm vào vị trí C6, C3’ quercetin, dự đốn từ mơ hình QSARANN(2) 125 vii DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ Hình 1.1 Mối liên quan định lượng cấu trúc, tính chất, độ phản ứng, hoạt tính Hình 1.2 Giản đồ Venn mối liên quan định lượng cấu trúc tác dụng [93] Hình 1.3 Mơ hình hồi quy tuyến tính với (p = 2) [51, 66] 15 Hình 1.4 Hồi quy đa biến thường với p = 2, N = [51, 66] 18 Hình 1.5 Ý nghĩa hệ số hồi quy [51, 66] 19 Hình 1.6 Giải thích F-test [51, 66] 20 Hình 1.7 Hồi quy thành phần với p = 2, N = [52, 107] 24 Hình 1.8 Thành phần với p = [51, 106] 27 Hình 1.9 Hồi quy PLS với p = 2, N = [51, 106] 30 Hình 1.10 Sơ đồ giải thuật di truyền [10] 34 Hình 1.11 Chọn lựa hệ cha mẹ (Pk) theo phương pháp bánh xe lăn [76] 36 Hình 1.12 Chọn lựa hệ cha mẹ (Pk) theo phương pháp xếp hạng tuyến tính [76] 36 Hình 1.13 Tốn tử chéo đơn điểm [76] 37 Hình 1.14 Tốn tử chéo hai điểm [76] 37 Hình 1.15 Hệ thống thần kinh sinh học tự nhiên 40 Hình 1.16 Hoạt động mạng thần kinh nhân tạo [50] 41 Hình 1.17 Cấu trúc mạng nơ ron [101] 42 Hình 1.18 Quá trình học mạng nơ ron [16] 43 Hình 1.19 Mơ hình tính tốn nơ ron [69, 77] 44 Hình 1.20 Cấu khung flavonoid quy ước đánh số [74] 47 Hình 1.21 Một số dẫn xuất flavonoid [20, 74] 47 Hình 2.1 Sơ đồ nghiên cứu tởng qt 51 Hình 2.2 Nguyên liệu sử dụng phân lập flavonoid [2] 54 Hình 2.3 Xây dựng mơ hình hồi quy đa biến 56 Hình 2.4 Quy trình phân lập dẫn xuất flavonoid [3, 59] 57 Hình 3.1 Sự giảm lượng phân tử theo mức gradient 64 Hình 3.2 Ảnh hưởng k đến R2 SE 67 Hình 3.3 Giá trị đóng góp trung bình tồn cục GMPmxi 72 Hình 3.4 Mối tương quan hợp chất: a) sử dụng điện tích; b) sử dụng tính chất hóa lý 81 Hình 3.5 Quan hệ tính chất hóa lý dự đốn liệu thực nghiệm 85 Hình 3.6 a) Hồi quy tuyến tính đa biến b) giá trị pGI50 pGI50,pred flavonoid nhóm kiểm tra 88 Hình 3.7 Tính chất thành phần tương quan giá trị pGI 50 94 Hình 3.8 Cấu trúc phân tử CSL1, C12H20O11 102 Hình 3.9 Cấu trúc phân tử AIL1, C15H10O7 103 Hình 3.10 Cấu trúc POL1, C15H10O6 104 Hình 3.11 Cấu trúc phân tử GML1, C21H20O9 106 Hình 3.12 Cấu trúc phân tử daidzin dạng elipxoit với xác xuất 50% 107 viii Hình 3.13 Cấu trúc phân tử ZZL1, C16H12O6 108 Hình 3.14 Cấu trúc phân tử ZZL1 dạng elipxoit với xác xuất 50% 109 Hình 3.15 Cấu trúc phân tử ZZL2 (C25H24O12) 110 Hình 3.16 Hoạt tính pGI50,pr dự đốn từ mơ hình tuyến tính QESARMLR flavone, isoflavone chất mẫu 113 Hình 3.17 Cấu trúc dược chất nghể (Polygonum hydropiper) [2] 117 Hình 3.18 Cấu trúc dược chất hoàng cầm (Scutellaria baicalensis) [2] 117 Hình 3.19 Các giá trị pGI50 hợp chất với hợp chất mẫu a) ZZL1, b) ZZL2 122 Hình 3.20 So sánh giá trị pGI50 năm flavonoid với chất mẫu a) POL1; b) GML1 123 Hình 3.21 So sánh giá trị pGI50 năm flavonoid với chất mẫu a) AIL1; b) CSL1 126 ix MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT iii DANH MỤC CÁC BẢNG vi DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ viii MỤC LỤC x MỞ ĐẦU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 BỆNH UNG THƯ CỔ TỬ CUNG 1.1.1 Các nguyên nhân gây ung thư 1.1.2 Điều trị 1.1.3 Phòng ngừa 1.2 LIÊN HỆ GIỮA CẤU TRÚC VÀ HOẠT TÍNH 1.3 TÍNH TỐN THƠNG TIN CẤU TRÚC 1.3.1 Cơ học phân tử 1.3.2 Cơ học lượng tử 1.3.3 Phương pháp bán thực nghiệm 11 1.4 CÁC MƠ HÌNH TỐN HỌC 12 1.4.1 Hồi quy đa biến 12 1.4.2 Hồi quy thành phần 22 1.4.3 Bình phương tối thiểu riêng phần 25 1.4.4 Giải thuật di truyền 31 1.4.5 Mạng thần kinh nhân tạo (ANN) 39 1.4.5.1 Khái niệm 39 1.4.5.2 Cấu trúc mạng 40 1.4.6 Thống kê đánh giá mô hình 45 1.4.7 Tính tốn đóng góp tham số 46 1.5 HỢP CHẤT FLAVONOID 46 1.5.1 Giới thiệu chung 46 1.5.2 Phân loại dẫn xuất flavonoid 47 x ... Sdssc: số số E-State nhóm (=C