ỨNG DỤNG KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ ĐỊNH DANH LOÀI MỘT SỐ CHỦNG NẤM MEN VÀ XÁC ĐỊNH TỶ LỆ ĐÈ KHÁNG VỚI THUỐC KHÁNG NÁM BẰNG PHƯƠNG PHAP KHUẾCH TÁN TRÊN ĐĨA THẠCH.. Ths.[r]
(1)Yersinia pesiis in sputum by real-time PCR J Clin Microbiol 2003 41 (10) pp .4873-5 _
11 Lovchik, J A., Drysdale M., Koehler T M , et aỉ Expression of either lethal toxin or edema toxin by Bacillus anthracis is sufficient for virulence in a rabbit model of inhalational anthrax Infect Immun 2012 80(7), pp 2414-25
12 Ngan, G J „ Ng L M., Lin R I , et a! Development of a novel multiplex PCR for the detection and differentiation of Salmonella enterica serovars Typhi and Paratyphi A Res Microbiol 2010.161(4), pp 243-8
PHỤ LỤC Phụ lục gồm:
Phụ lục Các báo công bố liên quan đến công trình
Đinh Thị Thu Hằng Nguyễn Thái Sơn Nghiên cứu tồn trình tự gen pagA ỉren số chủng Bacilius anthracis phân íập miền Bắc Việt Nam Tạp chí Y Dược học Quân 2015.40(3), pp 135-143
Đinh Thị Thu Hằng, Nguyễn Thái Sơn, Đoàn Trọng Tuyên CS Thiết kế chửng nội tái tổ hợp phản ứng multiplex PCR chẩn đoan Bacillus anthràcis Tạp chí Y Dược học Quân 2015.40(6), pp 17-26
Đinh Thị Thu Hằng, Nguyễn Thái Sơn, Nghiêm Ngọc Minh Phát triền phàn ưng multiplex PCR chứa chửng nội tải tổ hợp xác định thời vi khuẩn Bacillus a n i u i a ^ i S V O t o r s i n i c a p c ? d ik > i <?ụ C m I Ỵ I t y i s U Ự f J i i U n y 2015 XXV(8 (168)), pp 239-246
Phụ lục 2, Đăng ký sáng chế Cục Sở hữu Trí tuệ Việt Nam Phiếu kết phân tích cua Viện Kiểm định Quốc gia vắc xin vồ Sinh phẩm y tế
Phụ lục -17 Trinh tự gen giải trình tự chủng B anthracis phân lập Việt Nam đăng ký Genbank
Phụ lục 18 Giấy xác nhận ứng dụng kết đề tài (Phụ íục có minh chứng kèm íheo Báo cáo toàn văn đầy đu)
ỨNG DỤNG KỸ THUẬT SINH HỌC PHÂN TỬ ĐỊNH DANH LOÀI MỘT SỐ CHỦNG NẤM MEN VÀ XÁC ĐỊNH TỶ LỆ ĐÈ KHÁNG VỚI THUỐC KHÁNG NÁM BẰNG PHƯƠNG PHAP KHUẾCH TÁN TRÊN ĐĨA THẠCH
Ths Ngô Thị Minh Châu, TS.Tôn Nữ Phương Anh, CN Đ ỗ Thị Bích Thảo
Bộ môn Ký Sinh Trùng - Đại học Y Dược Huế, Việt Nam
TS Antoneila Santona, TS Siĩvana Sana, GS.Piero Cappucineỉli
Khoa Vi sinh lâm sàng thực nghiệm - Đại học Sasarí, Cộng hịa Ý
TĨM TẮT
Nấm men tác nhàn gây bệnh quan trọng người, đặc biệt bệnh nấm Candida sp bệnh phị biến. Nghiên cứu chúng tơi tiến hành irên 121 chung nấm men phân lập Bệnh viện Trường Đại học Y Dược Huế Bệnh viện Trung ương Huế.
Mục tiêu: Định danh loài so chủng nấm men phân lập từ câc bệnh nhàn chẩn đốn nhiễm nấm nơng nấm sâu vả xác định tỷ lệ đề kháng với số thuốc kháng nấm Phương pháp nghiên cứu: Chúng âp dụng kỹ thuật khối phổ MALD! - TOF (Maldi Tof Mass: Matrix-assisted laser desorption/ionization Mass Spectrometry), kết hợp với kỹ thuật PCR giải trình tự gen để định danh loài vi nấm Kháng nấm đồ được thụ-c hiền phương pháp khuếch tán đ a thạch Kết quả: Có 121 chủng nấm phân lập được, đó C.albicans 43,80% loài c non albicans khàc gồm: C.ỉrópicalis 17,35%, c.parapsilosis 12,41%, c.glabrata 7,44%, c.orthopsilosis 4,96%, c.metapsilosis 0,83%, c.krusei 3,30%, c.guilliermondii 3,30%, c.famata 1,65%, c.norvegensis 0,83%, c.mesorvgosa 0,83% Ngồi chúng tơi phân lập số lồi nấm men khác như: Geotríchum capitatum 1,65%, Tríchosporon asahii 1,65% Đânh giá nhạy cảm loài vi nấm Candida sp có tần xuất phân lập cao nghiên cứu ghi nhận 100% nhạy càm với amphotericin B nystatin Tỷ lệ đề khàng C non albicans yà c albicans với fluconazole itraconazole 40,74%, 3,77% 5,66%, 50% Kết ghi nhận 20,37% c non albicans 18,86% c albicans đề kháng với 5-fluorocystocine Tỷ lệ đề kháng với caspofungin c non albicans c albicans lần iưọt 7,41% 13,2%. Kết luận: Giống Candida sp chiếm ƯU với lồi c albicans có tỷ lệ cao Một số loài Candida non albicans biếm gặp phân lập nghiên cứu này: c orthopsilosis, c.metapsilosis, c.norvegensis, và c.mesorugosa Ngoài cắc loài nấm men khác định danh gồm Geotríchum capitatum và Trichosporort asahii Tất loài Candida sp nhạy càm tot với amphotericin B nystàtin, có tỷ lệ đáng kề c non albicans đề kháng với kháng nấm thuộc nhóm azole.
Từ khóa: Nấm men, Candida sp, kỹ thuật khối phổ MALDI - TOF, khống nấm đồ, đề kháng.
SUMMARY
APPLICATION OF MOLECULAR TECHNIQUE TO IDENTIFY YEASTS SPECIES AND EVALUATION ANTIFUNGAL SUSCEPTIBỈL YTI TESTING BY DISK DIFFUSION METHOD ' _ _ _ _
(2)common causative agents The present study was earned out on 121 yeast strains collected in Hue Medicine and Pharmacy Hospital and Hue Central Hospital Objective: To identify yeasts species from systemic mycoses and superficial mycoses To determine the resistance rate to antifungal drugs o f Candida species by disk diffusion method Method: We applied MALDI - TOP Mass Spectrometry techniques, PCR and sequencing type to detect yeasts species Antifungal susceptibility testing was checked by disk diffusion method Results: There wem 121 yeast strains collected, in which C.albicans 43.80% and other c non albicans species including C.tropicalis 17.35%, c.parapsilosis 12.41%, C.glabrata7.44%, c.orthopsilosis 4.96%, C.metapsilosis 0.83%, c.krusei 3.30%, c.guilliermondii 3.30%, c.famata 1.65%, C.norvegensis 0.83%, c.mesorugosa 0.83% In addition, other yeast species were indentified including Geotrichum capitatum i.65%, Trichosporon asahii 1.65% Antifungal susceptibility testing was done to determine the resistant rate o f the six most Candida species isolated in this study The resuls showed that 100% strains susceptible to amphotericin B and nystatin The resistant rate o f c. non albicans and c albicans to fluconazole and itraconazole were 40.74%, a 77% and 5.66%, 50% respectively. Our results showed that 20.37% o f c non albicans and 18.86% o f c albicans were resistance to 5-Fiuorocystocine The resistant rate to caspofungine o f c non albicans and c albicans were 7.41% and 13.2% respectively Conclusion: Yeast isolations from patients in Hue city showed that Candida sp was the most genus identification, in which c albicans was the most species This study reported some rare species o f c non albicans, including c orthopsilosis, c.metapsilosis, c.norvegensis, and c.mesorvgosa Moreover, other yeasts non Candida were identified including Geotrichum capitatum and trichosporon asahii A ll Candida species were susceptible to amphotericin B and nystatin There was a significant resistance o f c non albicans to the azole drugs.
Keywords: Yeast, Candida sp., M ALD I- TOF Mass Spectrometry, antifungal susceptibility testing, resistance.
ĐẬT VÁN ĐỀ
Nấm men gây bệnh cho người gồm giống Candida sp, Cryptococcus sp, Rhodotorula, Malassezia, Trichosporon [15j Trong giống nấm men thỉ giống Candida sp giống gây bệnh phổ biến nhat [4,8,15] v ề mặt bệnh sinh, người khỏe mạnh số giống Candida sp sống hoại sinh số vị trí íhể trở thành tác nhân gây bệnh số điều kiện thuận lợi định [15] Bẹnh lý người nấm Candia sp đa dạng, bệnh thề bệnh nấm nơng viêm âm đạo - âm hộ, viêm da, viêm quanh móng - viêm móng, viêm giác mạc, viêm ống tai thể bệnh nấm sâu xâm lấn viêm phổi, viêm nội mạc tim, nhiễm trùng huyết {15] Candida sp tác nhân gây nhiễm trùng huyết phổ biến, xếp thứ 10 tác nhân vi sinh vật gây nhiễm trùng huyết phổ biến bệnh nhân điều tri đơn vị chăm sóc tích cực [4.8.12], nhiễm Candida sp xâm lấn bệnh nhân vởi bệnh lý nặng làm tăng tỷ lệ tử vong tăng chi phí điều trị [4,9] Sự đa dạng bệnh nguyên bệnh thuộc giống nấm Candida sp khác ìrong đáp ứng đ ề u trị với thuổc kháng nắm đâ làm cho việc điều trị, tiên lượng bệnh, đặc biệt trường hợp bệnh nấm lan tỏa [7.9.10.12] Vì nghiên cứu bệnh nguyên thuộc giống Candida sp va mức độ nhạy với thuốc kháng nấm loài vi nấm thuộc giống vấn đề quan tâm nhieu nhà nghiên cửu nhiều quốc gia khác
Kỹ thuật phân lập định đanh nấm men !à kỹ thuật đơn giản nuôi cấy mơi trường chun biệt, íàm thử nghiệm sinh hóa khác [15] Tuy nhiên giới hạn kỹ thuật truyền thống nhiều thời gian, số trường hợp khó để phân biệt số lồi [13,16] Sự chậm trê chẩn đốn tác nhân vi sinh vật gây cản trở công tác đ ề u trị làm tăng chi phí điều írị [8] Vì vậy, kỹ thuật khối phổ MALDl - TOF nhiều nghiên cứu giới đề cập đến với ưu
điểm có độ nhạy, độ xác cao, thực tự động hóa tổn thời gian Những ưu điểm iàm cho kỹ thuật khối phổ ứng dụng rộng rãi nghiên cứu tác nhân VI sinh vật gây bệnh người có nấm men Trong thực tế ky thuật khối phổ MALDI - TOF giúp định danh bệnh nguyên từ khuẩn iạc vài phút [13] Bên cạnh đó, thử nghiệm đánh giá mức độ nhạy cảm nấm Candida sp với thuốc kháng nấm chưa nghiên cứu nhiểu Việt Nam Một so nghiên cứu thực khảo sát đáp ứng điều trị lâm sàng nghiên cứu với íi loại thuốc kháng nẩm Vì chúng tơi thực nghiên cứu với mục tiêu sau:
Áp dụng ky thuật sinh học phân tử định danh loài nấm men phấn lập từ bệnh nhân bị bệnh nắm nông vá nấm sâu.
Xâc định tỷ lệ đề khâng với thuốc kháng nấm cửa số loài riam Candida sp phân lập được
ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGiÊN cứ u Có 121 chủng nấm men phân lập từ 103 bệnh nhân từ Bệnh viện Trung ương Huế Bệnh viẹn Trường Đại học Y Dược Huế thời gian từ 1.2013 - 6.2014 Qui trình phân lập tiến hành sau: bệnh phẩm nuôi cấy môi trường Sabouraud dextrose agar Chloramphenicol (Biorad, France), 72 sau cấy chuyền sang môi trường Chromogennic agar (Oxoid, UK) Các loài vi nấm phân lập sau đỏ cất giữ -200C dung dịch gỉyceroi15%
Các kỹ thuật sinh học phân tử định danh loài vi nấm thực Khoa Sinh học phân tử, ĐH Sassari, Cộng hòa Ý Trong kỹ thuật khối phổ MALDI - TỎF tiến hành để đỉnh danh loài vi nấm trực tiếp từ khúm nấm ni cấy đọc kết hệ íhổng máy khối phổ Bruker Daltonik MALDI Biotyper
(3)DNA vi nấm thực theo phương pháp Zang cộng [18] DNA vi nấm iàm tinh theo kít DNA Clean and Concentrator TM -5 (ZYMORESEARCH, USA), gửi giải trinh tự gene để xác định ioài Sequencing Service LMU
Munich, Germany
(http://www.ai.bio.lmu.de/sequencing) Kết giải trình tự gen phân tích với p h in mềm Geneious 4.8.4 đối chiếu với GeneBank để định danh loài với
độ phù hợp từ 99% trờ lên
(http://blast.ncbi.nim.nih.gov/Blast.cg)
Từ chủng vi nấm phân lập đứợc, chủng tiến hành đánh giá nhạy cam vởi thuốc kháng nấm cíia
6 lồi vi nấm có tần xuất phân lập với íỷ iệ cao nghiên cứu bao gồm: c albicans, c tropicalis, c. khuếch tán đĩa thạch theo hướng dẫn CLSI, M - 44 A (Clinical and Laboratory Standars Institute, USA) với loại thuốc kháng nấm bao gồm amphotericin B 10ụg, nystatin 100UI, fluconazole 25 Mg, itraconazole 8pg, 5-fiuorocytosine ụg caspofungin 5|jg (Các loại đĩa kháng nấm sản phẩm cùa Liofilchem Laboratory, Cộng hòa Ý) Các chùng c albicans ATCC 90028, c parapsiiosis ATCC 22019 c krusei ATCC 6258 làm chứng chuẩn thừ nghiệm kháng nắm Thử nghiệm kháng nấm đồ thực Bộ môn Ký sinh trùng, Trường Đại học Y Dược Huế
KÉT QUẢ NGHIÊN CỨU
1 Đặc điểm cúa đối tượng nghiên cứu
Có 103 bệnh nhân chọn vào nghiên cứu thời gian từ 1.2013 - 6.2014 Trong có 81 bệnh nhân đến từ Bệnh viện trường ĐH Y Dược Huể gồm khoa: Khoa Hồi sức tích cực (ICU Intensive Care Unit) 16 người (15,53%), Khoa Mắt người (1,94%), Khoa NỘI 19 người (18,45%), Khoa Ngoại chấn thương người (1,94%), Khoa Tai Mũi Họng người (2,91%), Khoa Nhi người (%), Khoa Úng Bướu 13 người (12,62%), Phòng khám Da iiễu 11 người (10,68%) Phịng khám Phụ Khoa 10 người (9,71%) Ngồi có 22 bệnh nhân đến từ Bệnh viện Trung ương Huế: Khoa Huyét học lâm sàng 14 người (13,59%), Khoa Nhi thận - Tiết Niệu 8 người (7,77%) Tuổi trung bình đối tượng nghiên cứu chúng tơi 45 tuổi, tuổi nhỏ 21 ngày tuổi, tuổi iớn 89 tuổi Trong kết chúng tơi có 41 bệnh nhân nam (39,81%) 62 bệnh nhân nữ
(60,19%)
2 Nguồn gốc bệnh phẩm phân lập các Nquôn gốc phân ỉập Sô íượng Tỷ lệ %
Máu 1 0,97
Nước tiếu 16 15,53
Niêm mac miệng 26 25,24
Dich chọc rửa phế quản 6,80
Dịch dày 0,97
Đàm 19 18,45
Phân 6 5,83
Chat tiết mũi 1 0,97
Tố chửc xoang 2 1,94
Dịch âm đạo 10 9,71
Bôt mónq 8,74
Mủ vêí íhươnq 2 1,94
Tổ chức ioẻt giác mac 2 1,94
Dich màng bụnq 0,97
Tông cộng 103 100
nghiến cứu cua niêm mạc miệng (25,24%), đàm (18,45%); nước tiểu (15,53%), vậỵ ghi nhận đa dạng phân bố vế nguồn gốc phân lập
3 Sổ lượng chủng vi nấm phân Ịập
Từ 103 bệnh nhân nói chủng tơi phân lập 121 chung nấm men Kết giai thích có 87 bệnh nhân nhiễm chủng vi nấm từ 1 vị trí phân lập, 14 bệnh nhân nhiễm
2 chủng vi nấm khác từ 1 vị trí phân lập 2
bệnh nhân nhiễm chùng nấm khác từ vị trí phân lập;
4 kết định danh kỹ ỉhuật khối phổ MALDi - TOF
Với kỹ thuật khối phỗ kết định danh sau: C.albicans loài phổ biến (53 chủng chiếm 43,80%) Các loài c non albicans phân lập nghiên cứu C.tropicaiỉs (21 chủng chiếm 17,35%), c.parapsilosis (12 chủng chiếm 9,93%), c.orthopsilosỉs (5 chủng chiếm 4,13%), c.metapsiíosis (1 chủng chiếm 0,83%), c.glabrata (9 chủng chiếm 7,44%), c.krusei (4 chùng chiếm 3,30%), c.norvegensis (1 chủng chiếm 0,83%), c.guilíiermondii (4 chủng chiểm 3,30%) Ngồi chúng tơi ghi nhận loại nấm men khác íà Geotrichum capỉtatum (1,65%), Trichosporon asahii (0,83%) có 8 chùng (6,61 %) nấm men không định danh với kỹ thuật khối phố MALDI-TOF
5 Kết glảì trình trình tự gen chùng vi nấm không đĩnh danh băng kỹ thuật khối phổ M A LD I-TO F
3 chùng Candida parapsilopsis, chủng Debaryomyces hansenii (Candida famata), chùng Candida orthosilopsis, chủng Candida mesorugosa,
1 chủng Trichosporon asahii
6 Kết định danh loài dựa kết quà tổng
Loài vi nám Số lương %
C.albicans 53 43,80
c.non aỉbicans
C.tropicalis 21 17,35
c.parapsilosis 15 12,41
c.glabrata 7,44
c.orthopsilosis 6 4,96
c.metapsiiosis 1 0,83
c.krusei 3,30
c.guilliermondii 3,30
c.famata 2 1,65
c norvegensis 0,83
c.mesorugosa 0,83
Loài nẫm men khác
Geotrichum capitatum 2 1,65 Trichosporon asahii 2 1,65
(4)7 Tỷ lệ đề kháng với số thuốc khàng nấm cùa chùng nắm Candida sp. Candida sp
{Số chủng nấm thử nghiệm kháng nấm)
Amphotericine
B Nystatine Fluconazole itraconazole Fiuorocytosine5- Caspofungine
C.albicans (53) 0 0 (3,77%) Í5,66%> 10(18,86%) 7(13,2%)
c non albicans (54) 0 0 (40,74%)22 27 (50%) 11 (20,37%) 4(7,41%)
C.tropicalias (21) 0 0 (52,38%)11 11 (52,38%) 4(19,05%) (14,29%)
c.gỉabrata (14) 0 0 (7,14%) (50%) 0 0
c.parạpsiỉosis (9) 0 0 1 (11,11%) 1 (11,11%) 2 (22,22%) 1 (11,11%)
c.orỉhopsiiosis 6) 0 0 (83,33%) (83,33%) (16,67%) 0
c.krusei (4) 0 0 4(100%) (75%) (100%) 0
Tất loài vi nám thuộc giống Candida sp nghiên cứu nhạy cảm với amphoỉericỉn B nystatin Trong đó, c non albicans đề kháng với fluconazole itraconazole c albicans khốc biệt có ý nghĩa thống kê (p<0,0001) Tỷ lệ khác biệt đề kháng C albicans c non albicans với 5-fluorocystocine caspofungin khơng có ý nghĩa thống kê (p>0,05)
BAN LUẬN
Theo y van, nấm Candida sp sống hoại sinh mộỉ số vị trí thể trờ thành tác nhẩn gây bệnh khỉ có yếu tố thuận lợi [8,151 Các đối tượng ĩrong nghiên cứu chúm đen từ nhiều khoa phòng khác chiem tỷ lệ cao bệnh nhân bệnh nặng đơn vị ICU, Khoa Nội, Khoa Ung bướu, Huyết học lâm sàng, Nhi Tiết niệu Sự đa dạng loài nấm men phân lập từ khoa phòng khác nghiên cứu cho thấy phỗ biến bệnh lý nấm men bệnh nhan có yểu tố nguy cớ Theo báo cáo tổng quan Gary w yếu tố vật chủ có vai trị quan- trọng bệnh vi nấm, cẩc bệnh nhân bị bẹnh nặng điều tri ICU, bệnh bong, phẫu thuật, chấn thương nhóm nguy bệnh nấm giảm sức đề kháng, dùng kháng sinh íiều cao phổ rộng làm roi loạn khuẩn chí tạo moi trường thuận lợi cho nấm phát triển [3] Vi bệnh nấm sâu, đặc biệt bệnh nấm Candida sp đánh giá nhóm bệnh nồi bệnh nhiễm trùng đối tượng suy giảm mien dịch bầm sinh mắc phải Nghiên cứu ghi nhận tỷ ỉệ định nhiễm đen loài VI nấm từ vị trí phân iập
Theo kết nghiên cứu tác giả ở nhiều quốc gia khác mặt bệnh nguyên thuộc giống Candida sp., có loài gây bệnh biến Candida albicans, Candida giabrata, c.parapsiiopsis, C.tropicalis c.krusei [4,8,15] Kết nghiên cứu Nguyễn Khắc Lực cọng Học viẹn Quân y ghi nhạn loài Candida sp phổ biến !à ò.albicans 65%, c giabrata 6,67%, c tropỉcalis 6,67%, c.parapsolosis 5%, c.krusei 3,33% [2] Theo báo cáo tồng quan Giri s bệnh nguyên nấm Candida sp gây nhiễm trùng huyết thỉ 90% thuộc loài nói [4] Nghiên cứu Li F cộng Trung Quốc từ 2006 -2011 ghi nhận tống số 91 chùng vi nấm phân lập từ máu dịch tiết thể tỷ !ệ
(5)Trong kết chúng tơi có 6,61% nấm men không định danh với kỹ thuật khối phổ MALDI - TOF Điều tương tự với ghi nhận số tác giả khác the giới, ván đề giải íhích thiếu sở liệu đề cập tới số công trinh tác giả khác [13,16] Với chủng không xác định này, kết qiải trinh tự cho loài nấm men c.parapsilosis, c.orthopsilosis, c.famata, c.mesorugosa, Trichosporon asahii Trong số lồi nấm gặp người lần báo cáo phân lập Việt Nam c.orthopsilosis, c metapsiiosis, c.norvegensis, c mesorugosa
Kết thử nghiệm kháng nầm nghiên cứu chúng tơi cho thấy lồi vi nấm thuộc giổng Candida phân lập thành phố Huế nhạy cảm tốt với ỉhuốc kháng nấm thuộc nhóm polyene (amphotericin B nystatin) Trong khỉ đó, c albicans ghi nhận đề kháng với thuốc kháng nấm thuộc nhóm azoie (fluconazole itraconazole) lồi c non albicans Những lồi Candida sp có tỷ iệ đề kháng cao với fluconazole, loại thuốc kháng nấm thường dùng phồ biến điều trị bệnh nấm sâu dự phòng nhiễm trùng hội nấm bệnh nhân AIDS Việt Nam C tropỉcaiis (52,38%), c orthopsilosis (83,33%) c krusei (100%) Tỷ lệ đề kháng loài c non albicans với itraconazole thấp so với fluconazoie nhìn chung có tỷ lệ đề kháng cao: c tropicalis (52,38%), c ortbopsilosis (83,33%) c krusei (75%) Một số công trinh nghiên cứu khác Thổ Nhĩ Kỳ, Malaysia ghi nhận tỷ iệ đề kháng đáng kể cua Candida sp, với azole [5,7] Chúng ghi nhận tỷ lệ đề kháng với 5-fluorocystocine c albicans (18,86%), C.tropicalis (19,05%), c parapsilosis (22,22%), c orthopsiiosỉs (16,67%) c krusei (100%) Ngoài ra, kết kháng nấm đồ từ nghiên cứu bước đầu cho thấy có tỷ lệ đề kháng định Candida sp với caspofungin, íà thuốc kháng nấm thuộc nhóm echinocandin chưa dùng phổ biến Việt Nam Tuy nhiên giới hạn nghiên cứu đánh giá thử nghiệm kháng thuốc với lượng nhỏ chủng nấm thuộc nhóm c non albicans để kểí luận xốc cho vấn đề cần tiếp tục nghiên cứu cỡ mẫu lớn
Tóm lại, từ kết nghiên cứu cho thấy đa dạng bệnh nguyên loài nếm men phân lập từ bệnh nhân thành phố Huế kết kháng nấm đồ bước đầu cho thấy tỷ lệ đề kháng loài c non albíans với fluconazole itraconazole cao so với lồi C.albicans Từ cho thấy việc định danh íoài làm thử nghiệm kháng nấm ià cần thiết hữu ích việc định hướng đ ề u trị tiên lượng bệnh nấm Candida sp
KETLUẬN
Đề tài cua áp dụng kỹ thuật khối phổ MALDI - TOF giải trình tự gen để xác định loài 121 chủng nấm men phân íập từ 103 bệnh nhân thuộc Bệnh viện trường ĐH Y Dược Huế Bệnh viện Trung
Ương Huế Kết nghiên cứu cùa chứng ghi nhận tỷ lệ ỉoài nắm men sau: C.albicans 43,80% 52,9% loài c non albicans bao gồm: C.tropicalís 17,35%, c.parapsilosis 12,41%, c.glabrata 7,44%, c.orthopsilosis 4,96%, c.metapsilosis 0,83%, c.kruseí 3,30%, c.guilliermondii 3,30%, c.famata 1,65%, c.norvegensis 0,83%, c.mesoruaosa 0,83% Ngồi chúng tơi phân lập loài nấm men khác: Geotrỉchum capitatum 1,65%, Trichosporon asahỉi1,65%
Đánh giá nhạy cảm 6 loài V! nấm Candida sp có tần suất phân lập cao nghiên cứu ghi nhận 100% nhạy cảm với amphotericin B nystatin Tỷ íệ đề kháng c non albicans c albicans với fluconazole itraconazole lần iượt 40,74%, 3,77% 5,66%, 50% Kết chủng ghi nhận 20,37% C non albicans 18,86% c albicans đề kháng vởi 5- fluorocystocine Tỷ lệ đề kháng với caspofungin cùa c non albicans c albicans lần iượ ilà 7,41 % 13,2%
KIẾN NGHỊ
Tiếp tục nghiên cứu với số lượng chùng vi nấm phân lập nhiều để có sổ liệu xác thực đề khống với nhóm azole cùa c non aibicans Định danh ioài kháng nấm đồ cần thiết hữu Ich với bệnh nấm Candida sp., đặc biệt tường hợp bệnh nấm sâu
TÀI LIỆU THAM KHẢO
1 Phan Tuấn Anh, Cừ Thị Kim Loan (2010), Xác định tỷ lệ đặc điềm dịch tễ học viêm âm đạo tái phát nẩm, Tạp chí Y hoc TP Hồ Chí Minh, 14(1), trang 194 - 199
2 Nguyễn Khắc Lực, Đỗ Ngọc Anh (2013), Xác định loài so nắm men phân lập từ kỹ thuật PCR-RFLP, Tạp chí Phịng chống bệnh sốt rét bệnh Ký sinh trùng, Chuyên đề hội nghị Khoa học - Đào tạo chuyên ngành Ký sinh toàn quốc lan thứ 41, ỉrang 93- 100
3 Gary w Procop, Glenn D Roberts (2004), Emerging fungal diseases: the importance of the host, Clin Lab Med, 24, 691-719
4 Giri s, Kindo AJ, A review of Candida species causing blood stream infection., Indian J Med Microbiol., 30(3): 270-8
5 Guze! AB, Aydm M, Mera! M, Kalkanci A, ilkit M (2013), Clinical Characteristics of Turkish Women with Candida krusei Vaginitis and Antifungai Susceptibility of the c krusei Isolates, Infect Dis Obstet Gynecol., doi: 10.1155/2013/698736
6 Mali G, Hail L, Joyce M, Lodge B, Procop G, et al Multicenter evaluation of Candida albicans PNA FISH probe in biood cultures that contained yeast Presented at the ASM General Meeting; May 18, 2003
7 Jacinta Santhanam, Nazmiah Yahaya, Muhammad Nazri Aziz, Species distribution and antifungal susceptibility patterns of Candida species: is low susceptibility to itraconazole a trend in Malaysia ?, Med J Malaysia, 68 (4), p.343 -347
8 Julie Deialoye, Thierry calandra (2014), Invasive candidiasis as a cause of sepsis in the critically ill patient, Virulence, (Ị), 154-162
(6)(2013), Emergence of rton-aibicans Candida species in neonatal candidemia, N Am J Med Sci., 5(9), p.541-545
10 Li F, Wu L, Cao B, Zhang Y, Li X, Liu Y (2013), Surveillance of the prevalence, antibiotic susceptibility, and genotypic characterization of invasive candidiasis in a teaching hospitai in China between 2006 to 2011, BMC infect Dis., 3(1), p.353-356
11 Melyssa Negri,, Sónia Silva, Diogo Breda, Mariana Henriques, Joana Azeredo, Rosario Oliveira (2012), Candida tropicaiis biofilms: Effect on urinary epithelial cells, Microbial Pathogenesis, 53, 95-99
12 Piayford EG, Marriott D, Nguyen Q, Chen s, Ellis D, Slavin M, Sorrell TC (2008), Candidemia in nonneuỉropenic critically ill patients: risk factors for non albicans Candida spp Crit Care Med, 36, p.2034-2039
13 Giovanna Pulcrano, Dora Vita lula, Antonio Voiiaro, Aiessandra Tucci, Monica Cerullo, Matilde Esposito.Fabio Rossano, Maria Rosaria Catania (2013), Rapid and reliable MALDi-TOF mass spectrometry identification of Candida non-albicans isolates from
bloodstream infections, Journal of Microbiological Methods, 94, p 262-266
14 Rupinder Kaur, Renee Domergue, Margaret L Zupancic and Brendan p Cormack (2005), A yeast by any other name: Candida giabrata and its interaction with the host, Current Opinion in Microbiology, 8, p.378-384
15 William E.Dismukes et al (2003), Clinical mycology, Oxford University press
16 Gốrkem Yaman, lẹin Akyar, Simge Can (2012), Evaluation of the MALĐI TOF-MS method for identification of Candida strains isolated from biood cultures, Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, 73, p 65-67
17 Yashavanth R et all (2013), Candiduria: prevalence and trends in antifungai susceptibility in a tertiary care hospital of mangalore, J Clin Diagn Res., 7(11), p.2459-2461
18 Zhang, Y-, et al (2010), A simple method of genomic DNA extraction suitable for analysis of bulk fungal strains Letters in applied microbiology, 51(1): p 114-118
NGHIÊN Cứu ỨNG DỤNG KỸ THUẬT GENEXPERT MTB/RIF TRONG PHÁT HIỆN VI KHUẢN 'l a o t i h ả i p h ò n g
Hà Thị Bích Ngọc (Tiến s ĩ Sinh học, Bộ mơn Vi sinh Đ ại học Y Dược Hải Phòng)
Chu Thị Nga (Thạc s ỉ Bác sĩ, Khoa Vi sinh Bệnh viện Hữu nghị Việt Tiệp Hài Phòng)
Trần Đức (Tiến s ĩ Bấc sĩ, Khoa Vi sinh Bệnh viện Hữu nghị Việt Tiệp Hải Phòng)
Nguyễn Hùng Cường Ợiến s ĩ Bác sĩ, Bộ môn v ị sinh Đ ại học Ỷ Dược Hải Phòng)
Phạm Văn Quang (Thạc sĩ, Khoa Xét nghiệm Bệnh viện Lao Bệnh phổi Hải Phịng)
TĨM TẤT
Đặt vấn đề: Năm 2011, WHO đă khuyển cáo m rộng trìền khai kỹ thuật GeneXpert MTB/RIFIà hệ thống chẩn đoán phân tử tự động sử dụng kỹ thuật PCR để xác định có mặt cùa vi khuần lao phát đột biến khàng rifampicin gen rpoB cồa vi khuẩn lao [2,7] Mục tiêu nghiên cứu: Đánh giả hiệu quảứng dụng kỹ thuật GeneXpert Hải Phòng vể xấc định tỷ lệ nhiêm vi khuẩn lao phât tình trạng khảng rifampicin đồng thời xác định vùng gen đột biến kháng rifampicin Đối tượng phương pháp nghiên cứu: Xét nghiệm GeneXpert MTB/RIF tiến hành song song với kỹ thuật soi đờm trực tiếp nhuộm Ziehl Neelsen 436 mẫu bệnh phẩm đờm 436 bệnh nhàn Kết quà: Bệnh nhân phát có VI khuẩn lao nam cao gấp gần lần so với nữ bệnh nhân mắc lao thường độ tuổi 40 Tỷ lệ phàt MTB(+) 436 mẫu đờm là 94/436 (21,56%) cao gấp hai lần tỷ lệ phát AFB(+) 47/436 (10,77%) Trong 94 mẫu đờm có MTB(+) kỹ thuật GeneXpert phái 10 mẫu kháng rifampicin, tương đương 10,64% Phât tỷ lệ đột biến vùng lõi cùa gen rpoB bơi mẫu dò probe E (60%), probe B (30%) probe D (10%).Ket luận: Kỹ thuật GeneXpert MTB/RIF giúp chẩn đốn nhanh vi khuẩn lao tính kháng rifampicin với qui trình thao tác đơn giản đạt hiệu quả tốt, cho phép phât vi khuẩn lao với số lượng ít.
Từ khố: GeneXpert, Mycobacterium tuberculosis, kháng rifampicin.
SUMMARY
RESEARCHON IMPLEMENTING GENEXPERT TECHNIQUE TO DIAGNOSIS MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN HAI PHONG
(http://www.ai.bio.lmu.de/sequencing) http://blast.ncbi.nim.nih.gov/Blast.cg