Luận án Tiến sĩ Nông nghiệp: Nghiên cứu hệ gen của virus cúm A/H5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang

Mục tiêu nghiên cứu của luận văn này là giải mã được toàn bộ hệ gen gồm 8 phân đoạn của một chủng virus cúm A/H5N1 từ gà nuôi tại Hậu Giang; phân tích được một số đặc điểm sinh học phân tử của hệ gen nhằm thu được thêm dữ liệu làm cơ sở cho nghiên cứu vaccine phòng bệnh hiệu quả.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI TRẦN QUANG VUI LUẬN ÁN TIẾN SỸ NÔNG NGHIỆP Ng­ êi Hà Nội - 2012 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI TRẦN QUANG VUI Chuyên ngành: Vi sinh vật học thú y Mã số: 62 62 50 10 LUẬN ÁN TIẾN SỸ NÔNG NGHIỆP Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS LÊ THANH HOÀ TS NGUYỄN BÁ HIÊN Hà Nội - 2012 I LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu thân tơi thực Các số liệu, kết trình bày luận án trung thực chưa cơng bố cơng trình luận án trước Mọi giúp đỡ cảm ơn Các thơng tin, tài liệu trích luận án rõ nguồn gốc Nghiên cứu sinh Trần Quang Vui II LỜI CẢM ƠN Hoàn thành luận án này, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới: - PGS.TS Lê Thanh Hòa TS Nguyễn Bá Hiên - người thầy dành nhiều thời gian tâm huyết hướng dẫn nghiên cứu tận tình giúp đỡ tơi hồn thành luận án - Bộ Khoa học Công nghệ Nhiệm vụ Nghị định thư Việt Nam - Thái Lan Phịng Thí nghiệm trọng điểm Cơng nghệ gen (Viện Cơng nghệ sinh học) hỗ trợ kinh phí trang thiết bị để thực đề tài Tôi xin chân thành cảm ơn: - Phòng Miễn dịch học, Viện Công nghệ sinh học (Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam) t ạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ tơi nhiều q trình thực đề tài - Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, Khoa Thú Y, Viện Đào tạo Sau Đại học, Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội tạo điều kiện thuận lợi trình nghiên cứu - Khoa Chăn nuôi - Thú y, Trường Đại học Nông Lâm, Đại học Huế cho phép tạo điều kiện thuận lợi để tơi có đủ thời gian thực luận án - Th.S Nguyễn Thị Bích Nga, anh chị Phịng Miễn dịch học thuộc Viện Cơng nghệ Sinh học bạn đồng nghiệp tận tình giúp đỡ, hỗ trợ kỹ thuật trình nghiên cứu Góp cơng sức khơng nhỏ việc hoàn thành luận án người vợ thân yêu - đ ộng viên giúp đỡ, gánh vác công việc gia đình đ ể tơi dành thời gian cho nghiên cứu hoàn thành luận án Nghiên cứu sinh Trần Quang Vui III MỤC LỤC Trang DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA VI DANH MỤC CÁC BẢNG VIII DANH MỤC CÁC HÌNH XI MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cương bệnh cúm gia cầm 1.1.1 Lịch sử bệnh cúm gia cầm 1.1.2 Tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1 giới 1.1.3 Tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1 Việt Nam 1.1.4 Nguyên nhân gây bệnh 1.1.5 Cơ chế sinh bệnh 13 1.1.6 Triệu chứng lâm sàng 15 1.1.7 Bệnh tích 16 1.1.8 Chẩn đoán bệnh 18 1.1.9 Phòng chống bệnh cúm gia cầm 20 1.2 Sinh học phân tử virus cúm A 24 1.2.1 Hệ gen virus cúm A 24 1.2.2 Protein virus - cấu trúc chức 26 1.2.3 Cơ chế phân tử trình xâm nhiễm nhân lên virus cúm A 36 1.2.4 Các phương thức biến đổi kháng nguyên virus cúm A 38 1.3 Tiến hóa hệ gen virus cúm A/H5N1 42 1.3.1 Sự tiến hóa virus cúm A/H5N1 42 1.3.2 Sự xâm nhập genotype virus cúm A/H5N1 vào Việt Nam 44 1.3.3 Sự biến đổi thành phần hemagglutinin (HA) tạo nên nhóm kháng nguyên (clade) virus cúm A/H5N1 Việt Nam 47 IV 1.4 Phản ứng RT-PCR nghiên cứu virus cúm A 49 1.5 Một số nghiên cứu sinh học phân tử virus cúm A/H5N1 Việt 1.6 Nam 50 Tầm quan trọng việc giải mã hệ gen virus cúm A/H5N1 54 CHƯƠNG 2: NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 56 2.1 Đối tượng nghiên cứu 56 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 56 2.3 Nội dung nghiên cứu 56 2.3.1 Giải trình tự toàn b ộ hệ gen chủng virus cúm A/H5N1 (CkHG4) phân lập từ gà Hậu Giang 56 2.3.2 Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả hệ chủng CkHG4 với chủng Việt Nam giới 56 2.4 Vật liệu nghiên cứu 56 2.4.1 Nguyên liệu 56 2.4.2 Dụng cụ thiết bị 57 2.4.3 Hóa chất 57 2.4.4 Các dung dịch môi trường 57 2.5 Phương pháp nghiên cứu 58 2.5.1 Phương pháp tách chiết RNA tổng số 58 2.5.2 Phương pháp RT-PCR 59 2.5.3 Phương pháp kiểm tra sản phẩm RT -PCR 63 2.5.4 Phương pháp tinh sản phẩm RT-PCR 63 2.5.5 Phương pháp dịng hóa 64 2.5.6 Phương pháp giải trình tự 67 2.5.7 Phương pháp xử lý số liệu 69 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 70 3.1 Kết giải mã hệ gen virus cúm A/H5 N1 chủng CkHG4 70 3.1.1 Kết tách RNA tổng số 70 V 3.1.2 Kết giải trình tự gen kháng nguyên HA (H5) NA (N1) 71 3.1.2.1 Giải trình tự gen H5 (HA) 71 3.1.2.2 Giải trình tự gen N1 (NA) 73 3.1.3 Kết giải trình tự cá c gen polymerase 75 3.1.3.1 Giải trình tự gen PB2 75 3.1.3.2 Giải trình tự gen PB1 76 3.1.3.3 Giải trình tự gen PA 77 3.1.4 Kết giải trình tự gen NP, M NS 79 3.1.4.1 Giải trình tự gen NP 79 3.1.4.2 Giải trình tự gen M 79 3.1.4.3 Giải trình tự gen NS 80 3.2 Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả hệ chủng CkHG4 với chủng Việt Nam giới 83 3.2.1 Phân tích gen H5 84 3.2.2 Phân tích gen N1 93 3.2.3 Phân tích gen PB2 102 3.2.4 Phân tích gen PB1 PB1-F2 106 3.2.5 Phân tích gen PA 112 3.2.6 Phân tích gen NP 117 3.2.7 Phân tích gen M 120 3.2.8 Phân tích gen NS 124 3.3 Thảo luận chung 131 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 136 CÁC CƠNG TRÌNH ĐÃ CÔNG B Ố LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 138 TÀI LIỆU THAM KHẢO 139 PHỤ LỤC VI DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA Ký hiệu Tiếng Anh Aa Amino acid Thuật từ/Cách dùng nghĩa tiếng Việt Axit amin Bp Base pair Cặp bazơ Ck Chicken Gà CkHG4 A/Chicken/Vietnam/HG4/05(H5N1) Chủng virus cúm A/H5N1 phân lập từ gà Hậu Giang năm 2005 Da Dalton Đơn vị tính trọng lượng phân tử protein Dk Duck Vịt DNA Deoxyribonucleic Acid Axit deoxyribonucleic dNTP deoxy Nucleotide Triphosphate Tiền chất dNTP cho phản ứng PCR ddNTP dideoxy Nucleotide Triphosphate Tiền chất dNTP cho phản ứng giải trình tự Enzyme-Linked Immunosorbent Phản ứng miễn dịch đánh dấu Assay enzym FAO Food and Agricultural Organization Tổ chức nông lương giới Gs Goose Ngỗng HA Haemagglutinin Ngưng kết hồng cầu HI Hemagglutination Inhibition Ngăn trở ngưng kết hồng cầu HPAI Highly Pathogenic Avian Influenza Cúm gia cầm thể độc lực cao Kb Kilo base Kilo bazơ LB Luria-Bertani Môi trường Luria-Bertani nuôi cấy ELISA vi khuẩn LPAI Low Pathogenic Avian Influenza Cúm gia cầm thể độc lực thấp M Matrix Protein đệm MDk Muscovy duck Ngan MEGA Molecular Evolutionary Genetics Chương trình p hân tích tiến hóa VII Analysis gen NA Neuraminidase Enzym phân giải sialic NEP Nuclear Export Protein Protein vận chuyển NP Nucleoprotein Protein nhân NS Non structural protein Protein không cấu trúc OIE Office International des Epizooties Tổ chức Thú y giới PA Polymerase acidic protein Enzym polymerase có tính axit PB1 Polymerase basic protein Enzym polymerase có tính bazơ PB2 Polymerase basic protein Enzym polymerase có tính bazơ PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng PCR RNA Ribonucleic Acid Axit ribonucleic RNP Ribonucleoprotein Tổ hợp protein liên kết ribonucleic RT-PCR Reverse Transcription-Polymerase Phản ứng PCR ngược Chain Reaction SPF Specific Pathogen Free (-)ssRNA Negative single-strand Ribonucleic Không chứa mầm bệnh (siêu sạch) ARN sợi đơn âm Acid TAE Tris-Acetate-EDTA Tris-Acetate-EDTA TNF-α Tumor Necrosis Factor-α Yếu tố α gây hoại tử khối u WHO World Health Organization Tổ chức Y tế giới VIII DANH MỤC CÁC BẢNG TT Tên bảng 1.1 Tổng số trường hợp nhiễm cúm gia cầm A/H5N1 người báo Trang cáo cho WHO từ tháng 12/2003 đến 6/7/2012 2.1 Thành phần phản ứng RT -PCR 59 2.2 Chu trình nhiệt sử dụng nghiên cứu sinh học phân tử virus cúm A/H5N1 60 2.3 Danh sách mồi sử dụng để thu nhận hệ gen virus cúm gia cầm 61 2.4 Thành phần phản ứng chu trình nhiệt giải trình tự 68 3.1 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng gen H5 phân tích so sánh thành phần gen mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 3.2 So sánh vị trí sai khác nucleotide gen H5 chủng CkHG4 với 26 chủng virus cúm khác 3.3 86 So sánh vị trí sai khác amino acid chuỗi polypeptide H5 27 chủng virus cúm 3.4 85 87 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen H5 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 3.5 90 Danh sách chủng virus cúm A/H5N1 Việt Nam giới sử dụng gen N1 phân tích so sánh thành phần gen mối quan hệ nguồn gốc phả hệ 3.6 So sánh vị trí sai khác nucleotide gen N1 chủng CkHG4 với 26 chủng virus cúm khác 3.7 95 So sánh vị trí sai khác amino acid chuỗi polypeptide N1 27 chủng virus cúm 3.8 94 96 Tỷ lệ (%) đồng nucleotide (trên đường chéo) tương đồng amino acid (dưới đường chéo) gen N1 chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới 100 Phụ lục 9: TỶ LỆ (%) ĐỒNG NHẤT VỀ THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ TƯỜNG ĐỒNG VỀ AMINO ACID GIỮA CHỦNG CKHG4 VỚI CÁC CHỦNG CỦA VIỆT NAM VÀ THẾ GIỚI (Trên đường chéo tỷ lệ đồng nucleotide, đường chéo tỷ lệ đồng amino acid) A GEN PB2 TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 98 98 97 99 99 96 99 99 98 98 99 98 98 96 98 98 97 97 97 98 98 98 98 98 97 98 97 99 98 98 98 98 98 98 97 97 98 98 97 96 98 98 97 97 96 97 97 97 97 97 96 97 98 99 97 99 99 97 99 98 98 98 98 99 98 95 99 99 96 97 97 97 97 98 98 97 97 97 97 98 97 97 97 99 97 97 96 96 97 97 96 98 97 97 96 95 95 96 96 96 96 96 95 96 99 98 98 97 99 97 99 99 98 98 99 99 98 96 99 98 97 98 97 98 98 98 98 98 97 98 99 98 98 97 99 97 100 99 99 99 99 99 99 96 99 99 97 98 98 98 98 98 98 98 97 98 97 97 96 99 97 97 97 96 96 96 97 97 96 97 97 97 96 95 95 95 95 96 96 95 95 95 99 98 98 97 99 99 97 99 99 99 99 99 99 96 99 99 97 98 98 98 98 98 98 98 97 98 98 97 98 96 99 99 96 99 98 98 99 98 98 96 98 98 97 98 97 98 98 98 98 98 97 98 10 97 96 96 95 97 97 95 97 97 100 98 98 100 96 98 98 98 98 97 99 99 98 99 99 98 98 11 96 95 96 94 96 96 94 96 96 98 98 98 100 96 98 98 98 98 97 99 99 98 99 99 98 98 12 99 97 98 97 99 99 96 99 98 97 96 98 98 96 99 98 97 97 97 98 98 98 98 97 97 97 13 99 98 99 97 99 99 97 99 98 97 96 99 98 95 99 99 96 97 97 97 97 98 98 97 97 97 14 97 96 96 95 97 97 95 97 97 99 98 97 97 96 98 98 98 98 97 99 99 98 99 99 98 98 15 90 90 89 91 90 90 91 90 90 89 90 90 90 89 96 96 96 96 95 96 96 96 96 95 95 96 16 98 97 98 96 98 98 96 98 97 96 95 98 98 96 89 99 96 97 97 97 97 98 98 97 97 97 17 98 98 98 96 98 98 96 98 98 96 95 98 98 96 89 99 96 97 97 97 97 98 97 97 96 97 18 95 96 95 95 96 96 95 95 95 97 96 95 95 97 89 95 95 96 96 97 97 97 98 97 96 96 19 93 92 93 91 94 94 91 94 93 93 93 93 93 93 90 93 93 91 96 97 97 98 98 97 96 98 20 97 95 96 95 97 97 95 97 97 97 96 97 97 97 89 96 96 95 93 97 97 98 97 97 96 97 21 97 96 96 95 97 97 95 97 97 98 97 97 97 98 89 96 96 97 93 97 98 98 99 98 97 97 22 97 95 96 94 97 97 95 97 96 99 97 96 96 99 89 96 96 97 93 96 98 98 99 99 97 97 23 97 95 96 94 97 97 94 97 96 96 95 97 96 96 89 96 96 94 93 97 96 95 98 98 97 97 24 97 95 96 94 97 97 94 97 96 99 97 96 96 99 89 96 96 97 92 96 98 98 95 99 97 98 25 96 94 95 93 96 96 93 96 96 98 96 95 95 98 89 95 95 96 92 95 96 97 94 97 97 97 26 97 95 96 94 97 97 94 97 97 96 95 96 96 96 89 96 96 94 92 96 96 96 96 96 95 27 93 92 93 91 93 94 91 94 93 93 93 93 93 93 90 93 93 91 99 93 93 92 92 92 92 92 96 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.9, 1-5 chủng phân lập vùng Hậu Giang, 1-18 chủng phân lập Việt Nam, 19-27 chủng giới B GEN PB1 TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 98 98 99 99 99 99 99 99 99 98 99 98 98 98 98 99 99 99 99 99 97 98 98 98 98 97 97 99 99 99 99 99 99 99 99 98 98 98 98 98 98 99 99 98 99 99 97 98 98 98 98 97 98 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 99 98 98 99 99 99 99 99 99 97 98 98 98 98 97 99 97 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 99 99 99 99 99 97 98 99 99 99 98 99 98 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 99 99 99 99 99 97 98 99 99 99 98 98 98 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 99 99 99 99 99 97 98 99 99 99 98 99 98 98 99 99 99 100 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 100 99 97 99 99 99 99 98 99 98 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 100 99 97 99 99 99 99 98 99 98 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 99 99 99 99 99 97 98 99 99 99 98 10 99 98 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 99 99 99 99 99 97 98 99 99 99 98 11 97 96 96 97 97 97 97 97 97 97 99 98 99 98 98 99 99 99 99 99 97 98 98 98 98 97 12 97 97 97 97 98 97 98 98 98 98 99 98 99 98 98 99 99 99 99 99 97 98 98 98 98 97 13 98 98 98 98 99 99 99 99 99 99 97 97 98 98 98 99 99 99 99 98 96 98 98 98 98 97 14 97 96 96 97 97 97 97 97 97 97 98 98 97 98 98 98 98 98 99 99 97 98 98 98 98 97 15 97 96 96 97 97 97 97 97 97 97 98 98 97 97 98 98 98 98 99 98 96 98 98 98 98 97 16 97 96 96 97 97 97 97 97 97 97 96 97 96 97 96 99 99 99 99 99 97 98 99 99 98 97 17 98 98 99 98 98 99 98 98 98 98 96 97 98 96 96 96 99 99 99 99 97 98 98 98 98 98 18 98 97 97 98 98 98 98 98 98 98 97 98 98 97 97 97 97 99 99 99 97 98 98 98 98 98 19 98 97 97 98 98 98 98 98 98 98 97 98 97 97 97 97 97 98 99 99 97 98 98 98 98 98 20 97 97 97 97 98 97 98 98 98 98 98 98 97 97 97 97 97 98 98 99 97 99 99 99 99 98 21 97 96 96 97 97 97 97 97 97 97 96 97 97 98 96 98 96 97 97 97 97 99 99 99 98 97 22 94 94 94 95 95 94 95 95 95 95 94 94 94 95 94 96 94 95 95 95 96 97 97 97 96 95 23 96 95 96 96 97 96 97 97 97 97 96 96 96 97 96 98 96 97 97 96 98 96 98 98 98 97 24 97 96 96 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 96 98 96 97 97 97 98 96 98 98 98 97 25 96 96 96 96 97 96 97 97 97 97 96 96 96 97 96 98 96 97 97 96 98 96 98 98 98 97 26 97 96 96 97 97 97 98 97 97 97 96 96 97 96 96 95 97 96 96 96 96 93 95 96 95 27 91 90 90 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91 90 90 91 92 91 91 88 90 91 91 90 97 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.12; 1-17 chủng phân lập Việt Nam; 18-27 chủng giới; 1-6 chủng phân lập vùng Hậu Giang; 11, 14, 15, 16 chủng miền Bắc C GEN PB1-F2 TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 97 97 100 98 97 98 97 97 98 93 94 97 93 93 95 98 97 96 95 97 96 94 96 94 91 75 99 100 97 98 100 98 97 97 98 93 94 100 93 93 95 98 97 96 95 97 96 94 96 96 91 77 99 100 97 98 100 98 97 97 98 93 94 100 93 93 95 98 97 96 95 97 96 94 96 96 91 77 100 99 99 98 97 98 97 97 98 93 94 97 93 93 95 98 97 96 95 97 96 94 96 94 91 75 99 99 99 99 98 100 98 98 100 94 95 98 94 94 96 97 98 97 96 98 97 95 97 95 92 76 99 100 100 99 99 98 97 97 98 93 94 100 93 93 95 98 97 96 95 97 96 94 96 96 91 77 99 99 99 99 100 99 98 98 100 94 95 98 94 94 96 97 98 97 96 98 97 95 97 95 92 76 99 99 99 99 99 99 99 97 98 93 94 97 93 93 95 96 97 96 95 97 96 94 96 94 91 75 99 99 99 99 99 99 99 99 98 93 94 97 93 93 95 96 97 96 95 97 96 94 96 94 91 77 10 99 99 99 99 100 99 100 99 99 94 95 98 94 94 96 97 98 97 96 98 97 95 97 95 92 76 11 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 98 93 100 97 91 92 93 92 91 93 92 90 92 90 86 71 12 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 98 94 98 98 92 93 94 93 92 94 93 91 93 91 87 72 13 98 99 99 98 99 99 99 98 98 99 96 97 93 93 95 98 97 96 95 97 96 94 96 96 91 77 14 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 100 98 96 97 91 92 93 92 91 93 92 90 92 90 86 71 15 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 98 98 96 98 91 92 93 93 91 93 92 92 92 90 86 73 16 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 96 96 98 96 96 94 95 94 93 97 96 94 96 94 88 74 17 99 99 99 99 99 99 99 98 98 99 96 97 99 96 96 98 96 95 94 96 95 93 95 95 90 76 18 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 97 97 98 97 97 98 98 98 95 97 96 94 96 94 91 75 19 98 98 98 98 99 98 99 98 98 99 96 97 98 96 96 98 98 99 94 96 95 93 95 93 90 74 20 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 96 96 98 96 96 97 98 98 98 95 94 92 94 92 91 74 21 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 97 97 98 97 97 99 98 99 98 98 98 96 96 96 91 75 22 98 98 98 98 99 98 99 98 98 99 96 97 98 96 96 98 98 98 98 98 99 95 95 95 90 74 23 97 97 97 97 98 97 98 97 97 98 95 95 97 95 96 97 97 97 97 97 98 98 93 93 90 74 24 98 98 98 98 99 98 99 98 98 99 96 97 98 96 96 98 98 98 98 98 98 98 97 93 90 74 25 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 95 96 98 95 95 98 98 98 97 97 98 98 97 97 87 76 26 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 94 95 96 94 94 96 96 97 96 97 97 96 96 96 95 27 90 91 91 90 91 91 91 90 91 91 88 89 91 88 89 90 91 90 90 90 90 90 90 90 91 89 71 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.12; 1-17 chủng phân lập Việt Nam; 18-27 chủng giới; 1-6 chủng phân lập vùng Hậu Giang; 11, 14, 15, 16 chủng miền Bắc D GEN PA TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 98 98 97 98 98 96 97 98 97 98 96 98 96 97 97 98 99 99 99 99 99 99 99 100 99 99 98 98 97 98 98 97 97 99 98 98 97 98 97 98 97 99 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 98 97 98 98 97 97 98 98 98 96 98 97 98 97 99 99 99 100 100 100 99 99 99 99 99 99 99 98 98 98 97 98 99 98 98 97 99 97 98 97 99 99 99 99 100 100 99 99 99 99 99 99 99 98 98 98 97 98 99 98 98 97 99 97 98 97 99 99 99 99 100 100 99 99 99 99 99 99 99 98 98 98 97 98 99 98 98 97 99 97 98 97 99 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 98 98 97 98 99 98 98 97 99 97 98 97 99 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 98 97 98 98 97 97 99 98 98 97 98 97 98 97 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 98 97 98 98 97 98 99 98 98 97 98 97 98 97 10 98 99 98 99 99 99 99 98 99 99 99 98 98 97 98 98 97 97 99 98 98 97 98 97 98 97 11 98 99 98 99 98 98 98 98 99 99 99 98 98 97 98 98 97 97 98 98 98 96 98 97 98 97 12 98 99 98 99 99 99 99 98 99 99 99 98 98 97 98 98 97 98 99 98 98 97 98 97 98 97 13 97 97 97 98 98 98 98 98 98 97 97 97 99 97 98 99 96 97 98 97 98 96 98 96 97 96 14 97 97 97 98 97 97 97 97 97 97 97 97 99 97 98 98 96 97 98 97 98 96 98 96 97 97 15 93 92 93 93 93 93 93 93 93 92 92 92 93 93 98 97 99 98 97 96 97 99 97 98 98 98 16 95 94 95 95 95 95 95 95 95 94 94 95 95 96 96 97 98 98 98 97 97 98 98 97 98 97 17 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 98 98 92 95 96 97 98 97 98 96 98 96 97 96 18 92 92 92 93 93 93 92 93 92 92 92 92 92 92 99 95 92 97 96 96 96 98 96 98 98 97 19 90 90 91 91 91 91 91 91 90 90 90 90 90 90 92 91 90 91 97 96 97 97 97 97 98 99 20 97 97 98 98 98 98 98 98 98 97 97 97 98 98 93 95 97 92 90 98 98 96 98 96 97 97 21 97 97 97 98 98 98 97 98 97 97 97 97 98 97 92 94 97 92 90 98 97 95 97 96 97 96 22 97 96 97 97 97 97 97 97 97 97 96 97 97 97 92 94 97 92 90 97 97 96 99 96 97 96 23 92 92 92 92 92 92 92 92 92 92 92 92 92 92 98 95 92 98 91 92 92 91 96 97 97 97 24 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 96 97 97 97 92 94 97 92 90 98 97 99 91 96 97 96 25 92 91 92 92 92 92 92 92 92 92 91 92 92 92 98 95 92 97 91 92 91 91 97 91 98 97 26 93 92 93 93 93 93 93 93 93 92 92 92 93 93 95 94 93 95 91 93 92 92 95 93 95 27 90 90 91 91 91 91 91 91 91 90 90 90 90 90 92 91 90 91 99 90 90 90 91 90 91 92 98 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.16; 1-18 chủng phân lập Việt Nam; 19-27 chủng giới; 1-5 chủng phân lập vùng Hậu Giang; 14-18 chủng miền Bắc E GEN NP TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 96 99 99 99 98 99 98 99 99 99 99 99 99 98 98 99 98 98 98 99 98 99 98 98 99 99 96 97 97 96 98 97 98 97 97 96 96 97 96 97 97 97 97 96 95 96 97 96 98 96 96 96 98 97 99 99 99 99 98 99 99 99 99 99 99 98 98 100 99 99 98 99 98 98 98 98 99 99 99 96 99 99 98 100 98 100 99 99 99 99 99 98 98 99 99 98 98 99 98 99 98 98 99 99 99 96 99 99 98 99 98 99 99 99 99 99 99 98 98 99 98 98 98 99 98 99 98 98 99 99 98 97 98 98 98 98 98 98 99 98 98 99 98 98 99 99 98 98 97 98 99 98 99 97 98 98 99 96 99 99 99 98 98 100 99 99 99 99 99 98 98 99 99 98 98 99 98 99 98 98 99 99 98 97 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 99 98 97 97 97 98 98 98 99 97 98 98 99 96 99 99 99 98 99 98 99 99 99 99 99 98 98 99 99 98 98 99 98 99 98 98 99 99 10 98 95 97 97 98 97 98 96 98 99 99 100 99 98 98 99 99 99 98 99 98 99 98 98 99 99 11 98 95 98 98 98 97 98 97 98 98 99 99 100 98 98 99 98 98 98 99 98 99 98 98 99 99 12 98 95 97 98 98 97 98 97 98 98 99 99 99 98 98 99 98 98 98 99 98 99 98 98 99 99 13 99 96 99 99 99 98 99 98 99 98 98 98 99 98 98 99 99 99 98 99 98 99 98 98 99 99 14 98 95 97 98 98 97 98 97 98 98 99 99 98 98 98 99 98 98 98 99 98 99 98 98 99 99 15 96 95 96 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 98 98 97 97 97 98 98 98 98 97 98 98 16 96 95 96 97 97 97 97 97 97 97 98 97 96 98 98 98 98 97 97 98 99 98 99 97 98 98 17 98 96 99 98 99 98 99 98 99 97 97 97 99 97 96 96 99 99 98 99 98 98 98 98 99 99 18 98 96 99 98 98 98 98 97 98 97 97 97 98 97 96 96 99 99 97 98 98 98 98 98 98 98 19 98 96 99 98 98 98 98 97 98 97 97 97 98 97 96 96 99 99 97 98 97 98 97 97 98 98 20 92 90 92 92 92 92 93 91 93 93 92 92 92 92 92 91 92 92 92 98 97 97 97 97 98 98 21 97 94 97 97 98 96 98 96 98 97 98 98 97 98 96 96 97 97 97 92 98 99 98 98 99 99 22 96 95 96 97 97 97 97 97 97 96 97 97 97 97 97 97 96 96 96 91 96 98 99 97 98 98 23 97 95 97 97 97 97 97 97 97 98 98 98 97 99 97 98 97 96 96 92 97 97 98 98 98 99 24 96 96 96 96 97 97 97 98 97 97 98 97 96 98 98 99 96 96 96 91 96 97 98 97 98 98 25 96 94 96 97 96 95 97 95 97 96 97 97 96 97 96 96 96 96 96 92 97 96 96 96 98 98 26 96 94 96 96 97 95 97 95 97 97 97 97 97 98 96 96 96 96 96 91 96 95 97 96 96 27 97 95 97 98 98 96 98 97 98 97 98 98 97 98 96 96 97 97 97 93 97 96 97 96 96 96 99 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.19; 1-19 chủng phân lập Việt Nam; 20-27 chủng giới; 1-6 chủng phân lập vùng Hậu Giang; 10, 11, 14, 15, 16 chủng miền Bắc F GEN M1 TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 98 99 99 99 99 96 98 100 100 100 100 100 99 99 100 100 100 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 99 98 100 100 100 100 99 99 100 100 100 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 99 99 99 100 100 100 99 99 100 100 100 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 99 99 99 99 100 100 99 99 100 100 100 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 99 99 99 99 99 100 99 99 100 100 100 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 99 99 99 99 99 100 99 99 100 100 100 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 98 99 99 99 99 96 99 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 98 99 99 99 99 96 10 99 99 99 99 99 99 99 99 99 100 100 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 11 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 100 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 12 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 99 100 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 13 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 100 100 100 99 99 99 98 100 99 99 100 100 100 97 14 98 98 98 98 98 99 99 99 98 99 99 99 98 100 100 99 99 99 98 100 99 99 100 100 100 97 15 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 99 98 100 99 99 99 98 100 99 99 100 100 100 97 16 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 99 98 99 99 99 98 100 99 99 100 100 100 97 17 98 99 98 98 99 99 99 98 98 98 98 99 97 98 97 98 99 100 99 99 99 99 99 99 99 97 18 98 98 98 98 99 98 98 98 98 98 98 98 97 98 97 97 99 99 98 99 98 99 99 99 99 97 19 98 98 98 98 99 98 98 98 98 98 98 98 97 98 97 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 97 20 96 96 96 97 96 97 97 97 97 97 97 97 96 96 96 96 96 96 96 98 98 98 98 98 98 96 21 98 98 98 99 98 99 99 99 99 99 99 99 98 99 98 98 98 98 98 97 99 99 100 100 100 97 22 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 97 98 97 97 97 97 97 96 98 98 99 99 99 97 23 98 98 98 99 98 99 99 99 99 99 99 99 98 98 98 98 98 98 98 96 98 97 99 99 99 96 24 98 98 98 99 99 99 99 99 99 99 99 99 98 99 98 99 98 98 98 96 99 98 98 100 100 97 25 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 99 98 98 97 97 97 96 98 98 98 99 100 97 26 97 97 97 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 97 98 97 97 97 96 98 97 97 98 98 27 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 95 95 95 94 96 96 96 96 96 95 97 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.21; 1-20 chủng phân lập Việt Nam; 21-27 chủng giới; 1-6 chủng phân lập vùng Hậu Giang; 13-16 20 chủng miền Bắc G GEN M2 TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 98 97 98 98 98 98 98 98 98 98 98 95 94 94 94 96 89 96 95 95 90 97 94 93 93 90 99 98 100 100 100 100 100 100 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 99 99 98 98 98 98 98 98 98 98 98 95 94 94 94 96 89 96 95 95 90 97 94 93 93 90 99 99 99 100 100 100 100 100 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 99 100 99 99 100 100 100 100 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 99 99 99 100 99 100 100 100 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 99 99 99 100 99 100 100 100 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 99 99 99 99 99 99 99 100 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 99 99 99 100 99 100 100 99 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 10 99 99 99 100 99 100 100 99 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 11 99 99 99 100 99 100 100 99 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 12 99 99 99 100 99 100 100 99 100 100 100 96 95 95 95 97 90 97 96 96 91 98 95 94 94 91 13 98 98 98 98 99 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 94 87 94 97 100 94 95 98 97 97 92 14 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 99 100 100 93 86 93 96 98 95 94 100 98 98 92 15 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 99 100 100 93 86 93 96 98 95 94 100 98 98 92 16 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 98 99 99 93 86 93 96 98 95 94 100 98 98 92 17 96 97 96 97 97 97 97 97 97 97 97 97 96 95 95 95 92 97 94 94 90 96 93 92 92 89 18 90 91 90 90 91 90 90 91 90 90 90 90 90 89 89 89 93 92 87 87 83 89 86 85 85 85 19 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 97 97 97 97 97 92 94 94 89 96 93 92 92 91 20 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 96 94 88 96 97 92 95 96 95 95 92 21 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 99 99 99 98 96 89 97 97 94 95 98 97 97 92 22 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 96 97 97 97 97 94 88 95 95 97 90 95 96 94 88 23 97 97 97 98 97 98 98 98 98 98 98 98 96 96 96 96 97 91 96 96 97 95 94 93 93 90 24 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 99 100 100 99 95 89 97 97 99 97 96 98 98 92 25 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 98 98 98 98 94 88 96 97 98 97 95 98 97 91 26 97 97 97 98 97 98 98 97 98 98 98 98 98 99 99 98 95 89 96 97 99 97 96 99 98 27 94 94 94 95 94 95 95 94 95 95 95 95 95 95 95 94 92 87 94 95 95 94 94 95 94 95 91 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.21; 1-20 chủng phân lập Việt Nam; 21-27 chủng giới; 1-6 chủng phân lập vùng Hậu Giang; 13-16 20 chủng miền Bắc H GEN NS1 TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 95 95 96 98 96 97 97 96 98 96 97 97 97 92 96 96 92 96 96 95 95 96 94 95 97 93 97 100 98 96 98 95 95 94 96 94 96 96 97 89 94 94 90 99 98 97 92 93 92 92 95 91 97 100 98 96 98 95 95 94 96 94 96 96 97 89 94 94 90 99 98 97 92 93 92 92 95 91 98 99 99 96 99 95 96 94 96 95 96 96 97 90 95 94 90 99 99 98 93 94 92 93 95 91 99 98 98 98 96 98 99 97 100 98 99 99 97 93 97 97 93 97 96 96 96 97 96 96 98 94 98 98 98 99 98 95 96 94 96 95 96 96 97 90 95 94 91 99 100 99 93 94 92 93 95 91 98 97 97 97 99 97 99 98 98 98 98 98 96 93 98 97 93 96 95 94 96 97 96 96 99 95 98 97 97 98 99 98 99 98 99 99 98 98 96 94 98 98 94 96 96 95 97 98 96 97 99 95 98 97 97 97 99 97 99 99 97 97 97 97 95 92 97 96 92 95 94 93 96 96 95 96 98 94 10 99 97 97 98 99 98 99 99 99 98 99 99 97 93 97 97 93 97 96 96 96 97 96 96 98 94 11 98 97 97 97 99 97 99 99 99 99 97 97 95 93 97 97 93 95 95 94 96 97 96 96 98 95 12 99 97 97 98 99 98 99 99 99 99 99 99 96 92 97 96 93 96 96 95 96 96 95 96 98 94 13 98 98 98 98 99 98 99 99 98 99 98 99 96 92 97 96 93 96 96 95 96 96 95 96 98 94 14 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 98 90 95 95 91 98 97 96 93 94 93 93 96 92 15 94 93 93 94 95 94 95 95 95 95 95 95 94 94 94 94 96 90 90 89 96 95 94 93 94 92 16 97 96 96 96 98 96 98 98 97 97 97 97 97 97 95 99 94 95 95 94 97 98 97 97 98 96 17 97 95 95 96 97 96 97 98 97 97 97 97 97 96 95 99 94 95 94 93 97 98 96 97 97 95 18 95 93 93 94 95 94 95 95 95 95 95 95 95 94 97 95 95 91 91 90 96 95 94 93 94 92 19 98 99 99 99 98 99 98 98 98 98 98 98 98 99 94 96 96 94 99 98 93 94 93 93 96 92 20 98 99 99 99 98 99 98 98 97 98 97 98 98 99 94 96 96 94 99 99 93 94 92 93 95 91 21 97 98 98 99 98 99 97 97 97 98 97 98 97 98 93 96 96 93 99 99 92 93 92 92 94 90 22 97 95 95 96 97 96 97 98 97 97 97 97 97 96 96 97 97 96 96 96 96 98 96 96 97 95 23 97 96 96 97 98 97 98 98 98 98 98 98 98 97 96 98 98 96 97 97 96 98 98 97 97 96 24 96 95 95 96 97 96 97 97 97 97 97 97 96 96 95 97 97 94 96 96 95 97 98 96 96 98 25 96 95 95 96 97 96 97 97 97 97 97 97 97 96 94 98 98 94 96 96 95 97 98 96 96 94 26 98 96 96 97 98 97 98 99 98 98 98 98 98 97 94 97 97 95 97 97 97 97 97 96 96 27 94 94 94 94 95 94 95 96 95 95 95 95 95 94 94 95 95 93 94 94 94 95 96 97 95 95 95 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.23; 1-21 chủng Việt Nam; 22-27 chủng giới; 1-6 chủng phân lập vùng Hậu Giang; 15-18 chủng miền Bắc I GEN NS2 TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 95 95 96 99 96 92 93 97 99 98 99 98 98 91 97 97 92 97 91 95 96 97 97 95 96 94 98 100 99 96 97 90 90 95 96 95 96 95 95 91 95 95 92 98 92 97 95 95 95 94 94 93 98 100 99 96 97 90 90 95 96 95 96 95 95 91 95 95 92 98 92 97 95 95 95 94 94 93 98 99 99 97 98 90 91 95 97 96 97 96 96 91 96 96 92 99 93 97 95 95 95 95 95 94 99 98 98 98 97 93 94 98 100 99 100 99 97 92 98 98 93 98 92 96 97 98 98 96 97 95 98 99 99 99 98 90 91 95 97 96 97 96 96 90 96 96 90 99 95 99 95 95 95 95 95 92 93 92 92 92 93 92 97 93 93 94 93 92 90 85 93 93 86 91 95 90 90 93 91 91 92 88 93 92 92 92 93 92 99 92 94 93 94 93 91 86 92 92 87 92 96 90 91 92 92 90 91 89 98 97 97 97 99 97 93 93 98 99 98 97 95 90 98 98 91 96 90 95 95 98 96 96 97 93 10 99 98 98 98 100 98 93 93 99 99 100 99 97 92 98 98 93 98 92 96 97 98 98 96 97 95 11 99 98 98 98 99 98 93 93 99 99 99 98 96 91 99 99 92 97 91 95 96 99 97 97 98 94 12 99 98 98 98 100 98 93 93 99 100 99 99 97 92 98 98 93 98 92 96 97 98 98 96 97 95 13 99 97 97 97 99 98 93 93 98 99 99 99 96 91 97 97 92 97 91 95 96 97 98 95 96 95 14 99 98 98 98 98 98 92 92 98 98 98 98 98 90 95 95 90 97 91 95 95 95 95 94 95 92 15 94 93 93 93 95 93 88 89 94 95 94 95 94 93 90 90 99 90 85 90 95 92 92 89 90 90 16 98 97 97 97 98 97 93 92 98 98 99 98 98 97 95 100 91 97 91 95 95 98 96 98 97 93 17 98 97 97 97 98 97 93 92 98 98 99 98 98 97 95 100 91 97 91 95 95 98 96 98 97 93 18 95 94 94 94 95 93 89 89 94 95 95 95 94 94 98 95 95 91 85 90 95 93 93 90 90 91 19 98 99 99 99 98 99 92 92 98 98 98 98 98 98 93 97 97 94 94 98 95 96 96 95 95 93 20 93 93 93 93 93 94 97 97 92 93 93 93 92 93 88 92 92 88 94 94 90 90 90 90 90 87 21 98 98 98 98 98 99 92 92 97 98 98 98 97 98 93 97 97 93 99 94 95 95 95 94 94 91 22 98 96 96 96 98 96 92 92 97 98 98 98 97 97 96 98 98 96 97 91 96 97 97 94 95 94 23 98 96 96 96 98 97 92 92 98 98 98 98 98 97 95 99 99 95 97 92 96 98 98 96 97 95 24 97 96 96 96 98 96 91 92 97 98 97 98 97 96 95 98 98 95 96 91 96 98 98 95 95 96 25 97 96 96 96 98 96 92 92 97 98 98 98 97 96 94 99 99 94 96 91 96 97 98 97 95 91 26 98 96 96 96 98 97 93 93 98 98 98 98 98 97 93 98 98 93 97 93 96 96 97 96 97 27 95 94 94 94 95 94 89 90 95 95 95 95 95 94 93 95 95 93 94 89 94 95 96 97 95 94 92 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.23; 1-21 chủng Việt Nam; 22-27 chủng giới; 1-6 chủng phân lập vùng Hậu Giang; 15-18 chủng miền Bắc Phụ lục 10: Mối quan hệ nguồn gốc phả hệ chủng CkHG4 với chủng cúm A/H5N1 Việt Nam giới chương trình MEGA4.0 A GEN PB2 100 Ck-VN-29-07 Dk-HG-07-12-07 74 PB2 Nucleotide Dk-VN-BL-07-09-07 96 92 51 PB2 Amino acid Ck-VN-NCVD-3-07 100 Dk-VN-1771-05 Dk-VN-1231-05 62 65 84 70 33 17 Ck-Laos-1-08 Ck-GD-178-04 100 68 Ck-EastJava-UT6017-06 Ck-Guangxi604-05 84 87 Ck-VN-LS-200-05 94 Ck-VN-NB-209-05 29 Dk-VN-HaiPhong-208-06 87 Dk-VN-50-07 75 59 87 Ck-Hunan-8-08 Ck-TL-NP-172-06 Dk-TL-KU-56-07 Ck-VN-36-04 Ck-VN-HG4-05 75 Ck-VN-CT-018-04 VN-1203-04 Ck-GD-178-04 Ck-EastJava-UT6017-06 55 MDk-VN-1455-06 Dk-Guangxi-12-03 64 Dk-Hubei-46-09 99 Dk-VN-50-07 Ck-VN-LS-200-05 93 Ck-VN-NB-209-05 60 Dk-VN-HaiPhong-208-06 Ck-Guangxi604-05 Ck-Hunan-8-08 10 MDk-VN-1455-06 0.01 59 33 Dk-Guangxi-12-03 100 Ck-VN-NCVD-3-07 Ck-VN-NCVD09-05 Ck-VN-29-07 Dk-HG-07-12-07 60 44 VN-CL2009-05 Ck-VN-TG-023-04 44 Ck-VN-36-04 99 82 Ck-VN-TG-023-04 66 Ck-VN-HG4-05 66 Ck-VN-CT-018-04 VN-1203-04 34 92 Dk-VN-1771-05 Ck-VN-NCVD09-05 VN-CL2009-05 98 Dk-VN-1231-05 Dk-VN-BL-07-09-07 64 66 63 Dk-Hubei-46-09 Ck-TL-NP-172-06 Dk-TL-KU-56-07 Ck-Laos-1-08 0.002 B GEN PB1 98 Ck-VN-29-07 100 Dk-HG-07-12-07 94 Ck-VN-NCVD-24-07 99 Dk-VN-1771-05 PB1 Nucleotide PB1 Amino acid Ck-VN-NCVD09-05 VN-HG-178-04 39 Ck-VN-36-04 84 Ck-VN-DT-171-04 28 Ck-VN-TG-023-04 VN-1203-04 98 37 36 22 11 Ck-VN-HG4-05 52 100 VN-HG-207-05 Ck-TL-NS-341-08 Ck-Guangxi604-05 18 Ck-VN-LS-200-05 Dk-VN-HaiPhong-208-06 Ck-VN-10-05 53 MDk-VN-1455-06 44 Ck-Hubei-2856-07 Ck-TL-NP-172-06 38 99 Dk-TL-KU-56-07 61 MDk-VN-1455-06 VN-HG-178-04 Ck-VN-TG-023-04 Ck-Guangxi604-05 Dk-VN-50-07 Ck-Guangxi-463-06 61 Ck-Laos-16-08 46 Ck-Shantou-3744-03 Ck-GD-174-04 Dk-Hubei-46-09 88 0.01 Ck-VN-NCVD09-05 Ck-VN-LS-200-05 Dk-VN-HaiPhong-208-06 Ck-VN-10-05 59 50 VN-1203-04 Ck-VN-DT-171-04 Ck-VN-36-04 37 46 70 Ck-Laos-16-08 Ck-VN-29-07 94 Dk-HG-07-12-07 Ck-Shantou-3744-03 Ck-VN-NCVD-24-07 Dk-VN-1771-05 81 43 36 21 56 30 Ck-TL-NP-172-06 13 16 Ck-Guangxi-463-06 23 Ck-Hubei-2856-07 34 Dk-TL-KU-56-07 51 Dk-VN-50-07 Ck-VN-HG4-05 68 VN-HG-207-05 Ck-GD-174-04 Ck-TL-NS-341-08 Dk-Hubei-46-09 0.002 C GEN PA 62 Ck-VN-CT-018-04 67 Ck-VN-TG-023-04 Ck-VN-DT-171-04 80 VN-HG-178-04 PA Nucleotide 76 Ck-VN-HG4-05 99 100 85 VN-HG-207-05 Ck-VN-NCVD09-05 98 Dk-HG-07-12-07 Ck-VN-NCVD-24-07 100 79 84 100 65 Dk-HG-07-12-07 Ck-VN-NCVD-24-07 Ck-VN-NCVD-3-07 46 52 Dk-VN-BL-07-09-07 VN-1203-04 55 VN-HG-178-04 47 Ck-VN-TG-023-04 Ck-VN-HG4-05 61 Ck-VN-NCVD-3-07 54 Dk-VN-BL-07-09-07 VN-1203-04 Ck-GD-191-04 Ck-Guangxi604-05 35 83 90 59 Dk-VN-HaiPhong-208-06 Ck-Hunan-8-08 97 100 54 85 Ck-Hubei-2856-07 Ck-TL-NP-172-06 Ck-VN-NB-209-05 0.01 Ck-EastJava-UT6017-06 100 Dk-VN-LS-201-05 Ck-VN-10-05 MDk-VN-1455-06 61 Dk-VN-HaiPhong-208-06 Ck-Hunan-8-08 Dk-Guangxi-12-03 Dk-Hubei-46-09 Ck-Hubei-2856-07 99 68 44 Dk-PhuTho-07-92-07 Dk-Guangxi-12-03 100 Ck-Guangxi604-05 Ck-Indo-CDC25-05 61 100 Ck-EastJava-UT6017-06 Dk-VN-LS-201-05 Ck-VN-10-05 MDk-VN-1455-06 95 VN-HG-207-05 89 Ck-VN-CT-018-04 Ck-VN-DT-171-04 Ck-VN-NCVD09-05 Ck-GD-191-04 93 97 Ck-Indo-CDC25-05 78 PA Amino acid 88 96 70 Dk-Hubei-46-09 0.002 Ck-VN-NB-209-05 Dk-PhuTho-07-92-07 Ck-TL-NP-172-06 D GEN NP 100 91 NP Nucleotide 89 Ck-VN-NCVD-24-07 26 53 Dk-VN-1771-05 Ck-VN-LS-200-05 Ck-VN-NCVD09-05 VN-HG-178-04 Ck-Guangxi-463-06 Ck-VN-36-04 Ck-GD-174-04 Ck-VN-HG4-05 Ck-TL-NP-172-06 VN-HG-207-05 80 VN-HG-178-04 VN-HG-207-05 VN-1203-04 Ck-Guangxi604-05 Ck-Hubei-2856-07 27 Ck-Hunan-8-08 VN-1203-04 MDk-VN-1455-06 27 44 71 65 Dk-VN-1771-05 99 Ck-Guangxi604-05 Ck-VN-LS-200-05 Ck-VN-10-05 71 Ck-Hunan-8-08 28 Dk-VN-50-07 Ck-VN-10-05 Dk-Hubei-46-09 42 Dk-VN-50-07 54 48 Ck-VN-NB-209-05 64 Dk-VN-HaiPhong-208-06 Ck-Guangxi-463-06 Ck-TL-NP-172-06 68 87 Dk-VN-17A-TV-08 Dk-VN-36ST-08 19 12 Ck-VN-29-07 66 Dk-HG-07-12-07 Ck-VN-NCVD-24-07 Ck-VN-NCVD09-05 Ck-VN-TG-023-04 55 60 30 NP Amino acid Ck-VN-29-07 Dk-HG-07-12-07 82 90 Dk-VN-17A-TV-08 Dk-VN-36ST-08 Ck-VN-HG4-05 Ck-VN-NB-209-05 Ck-VN-36-04 25 73 Dk-VN-HaiPhong-208-06 Ck-GD-174-04 Ck-VN-TG-023-04 Ck-Hubei-2856-07 Dk-Hubei-46-09 MDk-VN-1455-06 Ck-Hubei-wn-03 Ck-Hubei-wn-03 46 0.01 0.001 E GEN M 95 58 55 Dk-VN-17A-TV-08 63 99 M Nucleotide Dk-VN-36ST-08 Thailand-NBL1-06 Ck-VN-CT-018-04 Ck-VN-NCVD-24-07 Ck-VN-30-03 Dk-HG-07-12-07 67 Dk-VN-1771-05 Ck-VN-NCVD09-05 Ck-VN-1-04 60 Ck-VN-5-03 Ck-VN-NCVD09-05 Ck-VN-TG-023-04 88 95 45 VN-HG-207-05 Ck-VN-HG4-05 VN-HG-207-05 34 Dk-VN-11-04 VN-HG-178-04 56 Dk-HG-07-12-07 Dk-VN-1771-05 38 Ck-VN-1-04 54 Ck-VN-TG-023-04 58 VN-HG-178-04 Ck-VN-CT-018-04 Dk-VN-11-04 67 Thailand-NBL1-06 Ck-VN-5-03 Ck-VN-NCVD-24-07 85 66 Dk-VN-36ST-08 Ck-VN-NCVD-093-08 Ck-VN-NCVD-093-08 75 Dk-Hubei-wp-03 Ck-VN-LS-200-05 Dk-VN-50-07 Ck-VN-LS-200-05 Dk-Hubei-wp-03 MDk-VN-1455-06 Ck-Hubei-2856-07 Dk-VN-50-07 56 18 Dk-Guangxi-288-06 MDk-VN-1455-06 19 Ck-VN-NB-209-05 Ck-Hubei-2856-07 54 Ck-Hunan-8-08 58 Ck-VN-NB-209-05 43 76 Dk-Guangxi-288-06 Ck-Guangxi604-05 Ck-Hunan-8-08 Ck-Guangxi604-05 Dk-Hubei-46-09 Dk-Hubei-46-09 0.005 Dk-VN-17A-TV-08 53 28 Ck-VN-30-03 69 53 75 Ck-VN-HG4-05 67 M Amino acid 0.005 F GEN NS Dk-VN-34-07 Dk-VN-36ST-08 Dk-VN-17A-TV-08 97 Ck-VN-NCVD-10-07 Dk-VN-1771-05 88 66 Ck-VN-29-07 86 99 Dk-HG-07-12-07 53 Ck-VN-NCVD09-05 88 Ck-VN-29-07 Dk-HG-07-12-07 43 Dk-VN-1771-05 66 NS Nucleotide NS Amino acid Dk-VN-34-07 94 Dk-VN-17A-TV-08 64 Dk-VN-36ST-08 87 Ck-VN-NCVD-10-07 80 Ck-VN-NCVD09-05 79 Ck-VN-HG4-05 Ck-VN-TG-023-04 VN-CL2009-05 Ck-VN-CT-018-04 64 Ck-VN-36-04 Ck-VN-TG-023-04 98 Ck-VN-30-03 Ck-TL-CU-354-08 VN-1203-04 4760 Ck-VN-5-03 48 Dk-VN-11-04 Ck-Hubei-2856-07 80 98 Ck-VN-NB-209-05 97 Dk-VN-HaiPhong-208-06 62 Ck-HK-4091-02 Ck-Guangxi604-05 39 90 96 Ck-India-09 Ck-Shantou-2535-01 51 Dk-VN-LS-201-05 MDk-VN-1455-06 100 Dk-HK-140-98 Ck-Hubei-97 HK-97-98 62 Ck-HK-786-2-97 99 Ck-China-27402-97 98 98 Ck-HK-258-97 54 Gs-GD-1-96 Gs-HK-99 100 Gs-HK-4853-2000 Gs-HK-10326-2000 87 0.02 Ck-VN-HG4-05 Ck-VN-36-04 57 55 Ck-VN-CT-018-04 43 VN-CL2009-05 69 Ck-VN-30-03 Ck-TL-CU-354-08 5258 38 87 Dk-VN-11-04 Ck-VN-5-03 VN-1203-04 Ck-Hubei-2856-07 Ck-VN-NB-209-05 34 85 75 Dk-VN-HaiPhong-208-06 Ck-HK-4091-02 53 Ck-Guangxi604-05 78 Ck-India-09 93 Ck-Shantou-2535-01 Dk-VN-LS-201-05 97 MDk-VN-1455-06 Dk-HK-140-98 56 38 Ck-Hubei-97 HK-97-98 100 Ck-HK-786-2-97 Ck-China-27402-97 98 71 Ck-HK-258-97 Gs-GD-1-96 43 Gs-HK-99 100 Gs-HK-4853-2000 66 Gs-HK-10326-2000 0.05 Phụ lục 11: So sánh thành phần nucleotide amino acid (rút gọn) gen NS chủng CkHG4 với chủng A/H5N1 Việt Nam giới qua năm 1996-2009 A NUCLEOTIDE Gs-GD-1-96 Ck-China-2 Ck-HK-258Ck-HK-786Ck-Hubei-9 HK-97-98AF Dk-HK-140Gs-HK-99GU Gs-HK-485 Gs-HK-1032 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 240 * 260 * 280 * 300 * 320 * 340 * ATAGCCATTGCTTCCAGTCCTGCTCCTCGGTATATCACCGATATGAGCATAGAGGAGATGAGCCGAGAATGGTACATGCTGATGCCTAGGCAGAAAATAACTGGAGGCCTTATGGTGA ATGACTATCGCTTCAGTGCCTGCTCCACGCTACCTAGCTGAAATGACTCTTGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTAATGCTCATTCCCAAGCAGAAAGTAACAGGGTCCCTTTGCATTA ATGACTATCGCTTCAGTGCCTGCTCCACGCTACCTAGCTGAAATGACTCTTGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTAATGCTCATTCCCAAGCAGAAAGTAACAGGGTCCCTTTGCATTA ATGACTATCGCTTCAGTGCCTGCTCCACGCTACCTAGCTGAAATGACTCTTGAGGAGATGTCAAGGGACTGGTTAATGCTCATTCCCAAGCAGAAAGTAACAGGGTCCCTTTGCATTA ATGACTATTGCTTCTGTACCTGCTCCACGCTACCTAACTGACATGACTCTTGAGGAGATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAACAGAAAGTGGCGGGTTCCCTCTGCATTA ATGACTATCGCTTCAGTGCCTGCTCCACGCTACCTAACTGAAATGACTCTTGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTAATGCTCATTCCCAAGCAGAAAGTGACAGGGTCCCTTTGCATTA ATGACTATTGCTTCTGTGCCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTTGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAGGTGGCAGGTCCCCTTTGCATCA ATAGCCATTGCTTCCAGTCCTGCTCCTCGGTATATCACCGATATGAGCATAGAGGAGATGAGCCGAGAATGGTACATGCTGATGCCTAGGCAGAAAATAACTGGAGGCCTTATGGTGA ATAGCCATTGCTTCCAGTCCTGCTCCTCGGTATATCACCGATATGAGCATAGAGGAGATGAGCCGAGAATGGTACATGCTGATGCCTAGGCAGAAAATAACTGGAGGCCTTATGGTGA ATAGCCATTGCTTCCAGTCCTGCTCCTCGGTATATCACCGATATGAGCATAGAGGAGATGAGCCGAGAATGGTACATGCTGATGCCTAGGCAGAAAATAACTGGAGGCCTTATGGTGA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACCCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTAGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCATGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCAGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAGATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGCTCCCTTAGCATCA ATG -CCGACTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCGGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGACCTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGCGGCGGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAGATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGCTCCCTTAGCATCA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGTTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAACAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTACATCA ATG -CCGGCTTCACGCTATCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCAGCTTCACGCTACCTAACTGATATGACTCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAACAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACTTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCGGCTTCACGCTACCTAACTGACATGACTCTCGAAGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCCAAGCAGAAAGTGGCAGGTTCCCTTTGCATCA ATG -CCAGCTTCACGCTACTTAACTGATATGACTCTCGAGGAAATGTCAAGGGACTGGTTCATGCTCATGCCTAAGCAGAAAGTGACAGGTTCCCTTTGCATCA : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 352 352 352 352 352 352 352 352 352 352 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 337 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 113 B AMINO ACID Gs-GD-1-96 Ck-China-2 Ck-HK-258Ck-HK-786Ck-Hubei-9 HK-97-98AF Dk-HK-140Gs-HK-99GU Gs-HK-485 Gs-HK-1032 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * MDSNTITSFQVDCYLWHIRKLLSMRDMCDAPFDDRLRRDQKALKGRGSTLGLDLRVATMEGKKIVEDILKSETNENLKIAIASSPAPRYITDMSIEEMSREWYMLMPRQKITGGLMVK MNSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIRTATREGKHIVERILEEESDEALKMTIASVPAPRYLAEMTLEEMSRDWLMLIPKQKVTGSLCIR MNSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRFRRDQKSLRGRGSTLGLDIRTATREGKHIVERILEEESDEALKMTIASVPAPRYLAEMTLEEMSRDWLMLIPKQKVTGSLCIR MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIRAATREGKHIVERILEEESDEALKMTIASVPAPRYLAEMTLEEMSRDWLMLIPKQKVTGSLCIR MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKMTIASVPAPRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIR MDSNTVSSFQVDCFLWRVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIRTATREGKHIVERILEEESDEALKMTIASVPAPRYLTEMTLEEMSRDWLMLIPKQKVTGSLCIR MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIETATCAGKLIVERILEEESDEALKMTIASVPASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGPLCIR MDSNTITSFQVDCYLWHIRKLLSMRDMCDAPFDDRLRRDQKALKGRGSTLGLDLRVATMEGKKIVEDILKSETNENLKIAIASSPAPRYITDMSIEEMSREWYMLMPRQKITGGLMVK MDSNTITSFQVDCYLWHIRKLLSMRDMCDAPFDDRLRRDQKALKGRGNTLGLDLRVATMEGKKIVEDILKSETNENLKIAIASSPAPRYITDMSIEEMSREWYMLMPRQKITGGLMVK MDSNTITSFQVDCYLWHIRKLLSMRDMCDAPFDDRLRRDQKALKGRGNTLGLDLRVATMEGKKIVEDILKSETNENLKIAIASSPAPRYITDMSIEEMSREWYMLMPRQKITGGLMVK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIEAATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILKEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEGESDKALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEKSDKALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PASCYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MNSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQEMGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIKTATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLSIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PTSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PTSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKAAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLSIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLYIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDKALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIK MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGSTLGLDIETATRAGKQIVERILEEESDEALKM -PASRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVTGSLCIK Phụ lục 12: Các loại amino acid virus cúm A/H5N1 đặc trưng cho loài vật chủ Protein Vị trí amino acid M1 M2 137 16 20 28 55 78 33 61 100 136 214 283 293 313 375 28 55 65 100 382 400 409 552 44 81 199 271 588 613 661 674 702 NP PA PB2 Loại amino acid đặc trưng Chủng nghiên cứu Gia cầm Người CkHG4 T A T E G E S/N N S I I/V V L F L Q K Q V I V I L I R V R L M L R K R L P L R K R F I F D G/E D P L P D N D S L S V A V E D E Q/T/S L S S N S T S T A S A T M T A S A T A T A I A V T V A T A A/S T A K R K ... tơi tiến hành đề tài: Nghiên cứu hệ gen virus cúm A/H5N1 phân lập từ gà nuôi Hậu Giang Mục tiêu đề tài (1) Giải mã toàn hệ gen gồm phân đoạn chủng virus cúm A/H5N1 từ gà nuôi Hậu Giang (2) Phân. .. phịng chống dịch cúm gia cầm Để có thêm nguồn gen virus cúm A/H5N1 lưu hành Việt Nam, từ làm sở liệu cho nghiên cứu gen /hệ gen virus cúm A/H5N1 nghiên cứu sản xuất chế phẩm sinh học hệ ứng dụng chẩn... phân tử hệ gen nhằm thu thêm liệu làm sở cho nghiên cứu vaccine phòng bệnh hiệu Ý nghĩa khoa học đề tài - Đây luận án nghiên cứu đầy đủ, có hệ thống sinh học phân tử hệ gen virus cúm A/H5N1 gà