Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)Nghiên cứu hệ gen của virus cúm AH5N1 phân lập từ gà nuôi tại Hậu Giang (luận văn tiến sĩ)
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP HÀ NỘI TRẦN QUANG VUI Chuyên ngành: Vi sinh vật học thú y Mã số: 62 62 50 10 LUẬN ÁN TIẾN SỸ NÔNG NGHIỆP Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS LÊ THANH HOÀ TS NGUYỄN BÁ HIÊN Hà Nội - 2012 I LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan công trình nghiên cứu thân thực Các số liệu, kết trình bày luận án trung thực chưa công bố công trình luận án trước Mọi giúp đỡ cảm ơn Các thông tin, tài liệu trích luận án rõ nguồn gốc Nghiên cứu sinh Trần Quang Vui II LỜI CẢM ƠN Hoàn thành luận án này, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới: - PGS.TS Lê Thanh Hòa TS Nguyễn Bá Hiên - người thầy dành nhiều thời gian tâm huyết hướng dẫn nghiên cứu tận tình giúp đỡ hoàn thành luận án - Bộ Khoa học Công nghệ Nhiệm vụ Nghị định thư Việt Nam - Thái Lan Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ gen (Viện Công nghệ sinh học) hỗ trợ kinh phí trang thiết bị để thực đề tài Tôi xin chân thành cảm ơn: - Phòng Miễn dịch học, Viện Công nghệ sinh học (Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam) t ạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ nhiều trình thực đề tài - Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, Khoa Thú Y, Viện Đào tạo Sau Đại học, Trường Đại học Nông nghiệp Hà Nội tạo điều kiện thuận lợi trình nghiên cứu - Khoa Chăn nuôi - Thú y, Trường Đại học Nông Lâm, Đại học Huế cho phép tạo điều kiện thuận lợi để có đủ thời gian thực luận án - Th.S Nguyễn Thị Bích Nga, anh chị Phòng Miễn dịch học thuộc Viện Công nghệ Sinh học bạn đồng nghiệp tận tình giúp đỡ, hỗ trợ kỹ thuật trình nghiên cứu Góp công sức không nhỏ việc hoàn thành luận án người vợ thân yêu - đ ộng viên giúp đỡ, gánh vác công việc gia đình đ ể dành thời gian cho nghiên cứu hoàn thành luận án Nghiên cứu sinh Trần Quang Vui III MỤC LỤC Trang DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA VI DANH MỤC CÁC BẢNG VIII DANH MỤC CÁC HÌNH XI MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Đại cương bệnh cúm gia cầm 1.1.1 Lịch sử bệnh cúm gia cầm 1.1.2 Tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1 giới 1.1.3 Tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1 Việt Nam 1.1.4 Nguyên nhân gây bệnh 1.1.5 Cơ chế sinh bệnh 13 1.1.6 Triệu chứng lâm sàng 15 1.1.7 Bệnh tích 16 1.1.8 Chẩn đoán bệnh 18 1.1.9 Phòng chống bệnh cúm gia cầm 20 1.2 Sinh học phân tử virus cúm A 24 1.2.1 Hệ gen virus cúm A 24 1.2.2 Protein virus - cấu trúc chức 26 1.2.3 Cơ chế phân tử trình xâm nhiễm nhân lên virus cúm A 36 1.2.4 Các phương thức biến đổi kháng nguyên virus cúm A 38 1.3 Tiến hóa hệ gen virus cúm A/H5N1 42 1.3.1 Sự tiến hóa virus cúm A/H5N1 42 1.3.2 Sự xâm nhập genotype virus cúm A/H5N1 vào Việt Nam 44 1.3.3 Sự biến đổi thành phần hemagglutinin (HA) tạo nên nhóm kháng nguyên (clade) virus cúm A/H5N1 Việt Nam 47 IV 1.4 Phản ứng RT-PCR nghiên cứu virus cúm A 49 1.5 Một số nghiên cứu sinh học phân tử virus cúm A/H5N1 Việt 1.6 Nam 50 Tầm quan trọng việc giải mã hệ gen virus cúm A/H5N1 54 CHƯƠNG 2: NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 56 2.1 Đối tượng nghiên cứu 56 2.2 Địa điểm thời gian nghiên cứu 56 2.3 Nội dung nghiên cứu 56 2.3.1 Giải trình tự toàn b ộ hệ gen chủng virus cúm A/H5N1 (CkHG4) phân lập từ gà Hậu Giang 56 2.3.2 Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả 2.4 2.5 3.1 hệ chủng CkHG4 với chủng Việt Nam giới 56 Vật liệu nghiên cứu 56 2.4.1 Nguyên liệu 56 2.4.2 Dụng cụ thiết bị 57 2.4.3 Hóa chất 57 2.4.4 Các dung dịch môi trường 57 Phương pháp nghiên cứu 58 2.5.1 Phương pháp tách chiết RNA tổng số 58 2.5.2 Phương pháp RT-PCR 59 2.5.3 Phương pháp kiểm tra sản phẩm RT -PCR 63 2.5.4 Phương pháp tinh sản phẩm RT-PCR 63 2.5.5 Phương pháp dòng hóa 64 2.5.6 Phương pháp giải trình tự 67 2.5.7 Phương pháp xử lý số liệu 69 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 70 Kết giải mã hệ gen virus cúm A/H5 N1 chủng CkHG4 70 3.1.1 Kết tách RNA tổng số 70 V 3.1.2 Kết giải trình tự gen kháng nguyên HA (H5) 3.2 NA (N1) 71 3.1.2.1 Giải trình tự gen H5 (HA) 71 3.1.2.2 Giải trình tự gen N1 (NA) 73 3.1.3 Kết giải trình tự cá c gen polymerase 75 3.1.3.1 Giải trình tự gen PB2 75 3.1.3.2 Giải trình tự gen PB1 76 3.1.3.3 Giải trình tự gen PA 77 3.1.4 Kết giải trình tự gen NP, M NS 79 3.1.4.1 Giải trình tự gen NP 79 3.1.4.2 Giải trình tự gen M 79 3.1.4.3 Giải trình tự gen NS 80 Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả hệ chủng CkHG4 với chủng Việt Nam giới 83 3.2.1 Phân tích gen H5 84 3.2.2 Phân tích gen N1 93 3.2.3 Phân tích gen PB2 102 3.2.4 Phân tích gen PB1 PB1-F2 106 3.2.5 Phân tích gen PA 112 3.2.6 Phân tích gen NP 117 3.2.7 Phân tích gen M 120 3.2.8 Phân tích gen NS 124 3.3 Thảo luận chung 131 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 136 CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG B Ố LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 138 TÀI LIỆU THAM KHẢO 139 PHỤ LỤC MỞ ĐẦU Tính cấp thiết đề tài Bệnh cúm gia cầm bệnh truyền nhiễm cấp tính có tốc độ lây lan nhanh, với tỷ lệ chết cao đàn gia cầm nhiễm bệnh phân týp (subtype) nhóm virus cúm A (Influenza virus A) thuộc họ Orthomyxoviridae gây Bệnh gây thiệt hại kinh tế lớn cho ngành chăn nuôi nhiều nước giới, có khả lây nhiễm từ động vật sang người Bệnh cúm gia cầm phân týp H5N1 xuất lần Việt Nam năm 2003 (Trương Văn Dung Nguyễn Viết Không, 2004) [3] Trong thời gian ngắn, bệnh cúm gia cầm lây lan toàn đất nước, hàng triệu gia cầm bị chết tiêu hủy, gây thiệt hại lớn cho kinh tế quốc dân ; từ đến bệnh xảy liên tục trở thành vấn đề dịch tễ phức tạp cầ n giải nước ta Virus cúm A loại virus có hệ gen RNA sợi đơn âm, bao gồm phân đoạn gen riêng biệt mang tên từ -8 (hay gọi theo tên p rotein mà chúng mã hoá tổng hợp), mã hoá cho 11 protein khác virus gồm: PB2, PB1, PB1-F2, PA, HA, NP, NA, M1, M2, NS1 NS2 (Murphy Webster, 1996) [113], (Rabadan cs, 2006) [126], phân chia thành nhiều phân týp khác dựa kháng nguyên HA NA có bề mặt capsid hạt virus (de Wit Fouchier, 2008) [55] H5N1 phân týp thuộc nhóm virus cúm A, loại hình phân týp kháng nguyên bề mặt HA H5 NA N1, có độc lực cao gây nhiễm gây bệnh nặng nề gia cầm người (Murphy Webster, 1996) [113] Virus cúm A/H5N1 có hệ gen biến đổi, tái tổ hợp biến chủng thay đổi cấu trúc kháng nguyên để thích ứng gây bệnh (Lê Thanh Hòa cs, 2004) [7] Trình tự nucleotide hệ gen sở để xác lập mối quan hệ nguồn gốc tiến hóa biến chủng virus cúm A/H5N1 Kết giải mã hệ gen nguồn liệu cung cấp thông tin nguồn gốc xuất xứ, tiến hóa virus, giúp phát biến chủng quần thể virus cúm gia cầm Thông qua việc giải mã hệ gen, so sánh, phân tích trình tự nucleotide amino acid xác định vùng gen thường biến đổi, vùng gen ổn định làm sở liệu gen học protein học chủng H5N1 xuất từ năm nước ta làm sở lựa chọn loại vaccine thích hợp công tác phòng chống dịch cúm gia cầm Để có thêm nguồn gen virus cúm A/H5N1 lưu hành Việt Nam, từ làm sở liệu cho nghiên cứu gen/hệ gen virus cúm A/H5N1 nghiên cứu sản xuất chế phẩm sinh học hệ ứng dụng chẩn đoán phòng bệnh, tiến hành đề tài: Nghiên cứu hệ gen virus cúm A/H5N1 phân lập từ gà nuôi Hậu Giang Mục tiêu đề tài (1) Giải mã toàn hệ gen gồm phân đoạn chủng virus cúm A/H5N1 từ gà nuôi Hậu Giang (2) Phân tích số đặc điểm sinh học phân tử hệ gen nhằm thu thêm liệu làm sở cho nghiên cứu vaccine phòng bệnh hiệu Ý nghĩa khoa học đề tài - Đây luận án nghiên cứu đầy đủ, có hệ thống sinh học phân tử hệ gen virus cúm A/H5N1 gà nuôi Hậu Giang - Luận án tài liệu tham khảo tốt phục vụ cho giảng dạy nghiên cứu khoa học virus cúm A/H5N1 Ý nghĩa thực tiễn đề tài - Kết nghiên cứu đề tài giúp hiểu biết thêm tính đa dạng virus cúm Trên sở góp phần xây dựng phương pháp chẩn đoán lựa chọn vaccine phòng bệnh phù hợp - Kết nghiên cứu đề tài góp phần làm sáng tỏ thêm mối quan hệ nguồn gốc phả hệ virus cúm A/H5N1 phân lập năm dịch xuất vùng đồng sông Cửu Long Những đóng góp đề tài (1) Giải trình tự n ghiên cứu hoàn chỉnh , có hệ thống hệ gen chủng virus cúm A/H5N1 thuộc thể độc lực cao (HPAI) phân lập từ gà Hậu Giang năm 2005 (ký hiệu chủng CkHG4) đợt dịch cúm gia cầm lần xuất ạt Việt Nam (2) Đã phân tích đặc điểm gen học hệ gen/gen chủng CkHG4, bao gồm trình tự nucleotide/amino acid, cấu trúc, đồng nhất/tương đồng ; so sánh với chủng vùng giới (3) Đã làm sáng tỏ mối quan hệ phả hệ, nguồn gốc tương quan gen/hệ gen virus cúm A/H5N1 cường độc dòn g Quảng Đông (chủng CkHG4), góp phần hiểu biết thêm virus cúm A/H5N1 gây bệnh đóng góp liệu cho đối chiếu với vaccine sử dụng Việt Nam (4) Đã khảo sát xác định cặp mồi sử dụng có hiệu để thu nhận giải trình tự hệ gen củ a virus cúm A/H5N1 thuộc phân dòng lần xuất lưu hành Việt Nam CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 ĐẠI CƯƠNG VỀ BỆNH CÚM GIA CẦM Cúm gia cầm (avian influenza) cúm loài chim, bệnh truyền nhiễm cấp t ính loài chim, nhóm virus cúm A, thuộc họ Orthomyxoviridae gây Đây nhóm virus có biên độ chủ rộng, phân chia thành nhiều phân týp khác dựa kháng nguyên HA NA có bề mặt capsid hạt virus (de Wit Fouchier, 2008) [55] Nhóm virus cúm A có 16 phân týp HA (từ H1 đến H16) phân type NA (từ N1 đến N9) (Lê Thanh Hòa cs, 2008) [11], (Horimoto Kawaoka, 2005) [78] Sự tái tổ hợp (reassortment) phân týp HA NA, mặt lý thuyết, tạo nhiều phân týp khác độc tính khả gây bệnh Dịch cúm gia cầm virus cúm A phân týp H5N1 thể độc lực cao xuất vùng Quảng Đông, Trung Quốc năm 1996 lan 60 nước giới châu Á, châu Âu châu Phi (Duan cs, 2008) [59], gây nhiều thiệt hại kinh tế gia cầm bị chết tiêu huỷ nhằm kiểm soát dịch, chứng minh có khả lây nhiễm từ động vật sang người, ảnh hưởng đến sức khỏe cộng đồng (Lê Thanh Hòa cs, 2004) [7] Bệnh cúm gia cầm A/H5N1 lần xuất Việt Nam vào cuối năm 2003, từ đến bệnh xảy liên tục, vấn đề dịch tễ phức tạp xuất nhiều phân dòng virus dịch bệnh cần phải giải nước ta (Nguyen cs, 2008) [116], (Lê Thanh Hòa cs, 2008) [11] Virus cúm A/H5N1 lưu hành nhiều nước, thường xuyên gây bệnh cho gia cầm người, nguy gây đại dịch toàn giới 1.1.1 Lịch sử bệnh cúm gia cầm Bệnh cúm gà (avian influenza) có tên dịch hạch gà (Fowl Plague) lần phát Ita lia vào năm 1878 Nhưng tới năm 1901 xác định yếu tố gây bệnh nguyên siêu nhỏ có khả qua màng lọc tới năm 1955 xác định xác nguyên nhân gây bệnh cúm gia cầm virus B GEN PB1 a Nucleotide (rút gọn) Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGGATGTCAATCCGACTTTACTTTTCTTGAAAGTACCAGTGCAAAATGCTATAAGTACCACATTCCCTTATACTGGAGACCCTCCATACAGCCATGGAACAGGGACAGGATACACCA G G G C G .G .G C G A C .G C G T C G G .C .G .G A G .C .G G .A G C T .T T T .A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 960 * 980 * 1000 * 1020 * 1040 * 1060 TAGGATGTTTCTGGCAATGATAATGTACATCACAAGGAACCAGCCAGAATGGTTTAGGAATGTCTTAAGCATTGCTCCTATAATGTTCTCAAACAAAATGGCGAGACTAGGAAAAGGA .C CC T .C CC T .C .C .C .C .C .C .C .C A .C .C .C .C A C .C C T G G A C .C C T .C .C .C .C.A .C T G A C .C .T C T .C .C.A .C G .T G .C .C .C .C C T G .C A T A G C T .C .C .T C T .C .C.A .C G .T G .C .C.A .C G .T G .C .C.A .C .T T G .C A C.A T C T G A T C .A .C.A C C G .T G G C .C .C CA A A T C A G C A T G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 1062 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 2140 * 2160 * 2180 * 2200 * 2220 * 2240 GTTGGAATTTCCAGCATGGTGGAGGCCATGGTGTCTAGGGCCCGAATTGACGCACGAATTGACTTCGAGTCTGGAAGGATTAAGAAAGAAGAGTTTGCTGAGATCATGAAGATCTGTT .G T T .C T T T .C T C T T .T T T T .T T T C C T G T .C T A G T T T .A T T T G T G T C .T .C T T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2242 2223 2242 2242 2242 2242 2242 b Amino acid (rút gọn) Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * MDVNPTLLFLKVPVQNAISTTFPYTGDPPYSHGTGTGYTMDTVNRTHQYSEKGKWTTNTETGAPQLNPIDGPLPEDNEPSGYAQTDCVLEAMAFLEESHPGIFENSCLETMEIVQQTR N N I V N I N .I E .A L .NH V : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 360 * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * YMFESKSMKLRTQIPAEMLANIDLKYFNELTKKKIEKIRPLLIDGTASLSPGMMMGMFNMLSTVLGVSILNLGQKRYTKTTYWWDGLQSSDDFALIVNAPNHEGIQAGVDRFYRTCKL M M .V A T V V A .S .I P S.R S : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 600 * 620 * 640 * 660 * 680 * 700 VSDGGPNLYNIRNLHIPEVCLKWELMDEDYQGRLCNPLNPLVSHKEIESVNNAVVMPAHGPAKSMEYDAVATTHSWIPKRNRSILNTSQRGILEDEQMYQKCCNLFEKFFPSSSYRRP F R F R F F F F F F F F T F K F R .FI I F F I V F F F V F F I R F I F I F I S F I F F : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 C GEN PB1-F2 a Nucleotide Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGGAACAGGGACAGGATACACCATGGACACAGTCAACAGAACACACCAATATTCAGAAAAGGGGAAGTGGACAACAAACACAGAGACTGGAGCACCCCAACTCAACCCGATTGATGG A G .G .G .G A A .T G A A A G .G .G A A A G T T C G A C A T A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 20 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * ACCACTACCTGAAGATAATGAGCCCAGTGGGTATGCACAAACAGATTGTGTATTGGAAGCAATGGCTTTCCTTGAAGAATCCCACCCAGGGATCTTTGAAAACTCGTGTCTTGAAACG G G G G G G C G G .G G .A.T C .G G .A.T G G .G G .A.T C .G G .A.T G .T G A G G A G .T A G .T G .T G .T G G G .T G G .A A A C GA C.C G C A G C A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 240 * 260 * ATGGAAATTGTTCAACAAACAAGAGTGGATAAACTGA .C C C C T A C .C C T C C C G .A .C C G .G C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273 b Amino acid Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Ck-Shantou Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Dk-TL-KU-5 Ck-Hubei-2 Ck-Laos-16 Ck-TL-NS-3 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * MEQGQDTPWTQSTEHTNIQKRGSGQQTQRLEHPNSTRLMDHYLKIMSPVGMHKQIVYWKQWLSLKNPTQGSLKTRVLKRWKLFNKQEWIN R T .R T R R T .R R T N R R R R R I .A .P R R R I P .R T R R R I .A .P RE R R I P L R I S T .R .E .R R E .G .R V Q R I R I R .E - K R I .G R S R G R I T S KE C.R - H Q E R.I I.T.R N PK IQ PR.T.RAD C S H S T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 89 90 90 89 90 D GEN PA a Nucleotide (rút gọn) Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Dk-VN-BL-0 Ck-VN-10-0 Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-PhuThoDk-Guangxi Ck-GD-191Ck-Guangxi Ck-Indo-CD Ck-TL-NP-1 Ck-EastJav Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGGAAGACTTTGTGCGACAATGCTTCAATCCAATGATTGTCGAGCTTGCAGAAAAGGCAATGAAAGAATATGGGGAAGATCCGAAAATCGAAACGAACAAGTTTGCTGCAATATGCA G G A G C .T G AC G T A C G A A C C T .G T A G A C C G A A A C C .C C G G A C A G A G A G A G A C G A C G A C C G A A C C G G A C A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Dk-VN-BL-0 Ck-VN-10-0 Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-PhuThoDk-Guangxi Ck-GD-191Ck-Guangxi Ck-Indo-CD Ck-TL-NP-1 Ck-EastJav Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 20 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * CACACTTGGAGGTCTGTTTCATGTATTCGGATTTTCACTTTATTGATGAACGGAGTGAATCAATAATTGTAGAATCTGGAGATCTGTATGCATTATTGAAACACCGATTTGAAATAAT C.A A C.A C.A C.A C.A C.A C.A C.A C.A C.A C .C.A C.A A A C .C .AG.C .C C.A .G C.A C.A A A C .C .AG.C .T C.A .G .A A.G C .C C AG.C .C CAA G C.A T A C.A.C C.A .G .A A .AG.C .C C.A .G C.A A A .C .AG.C .C C.A .G .A A .A C C AG.C .C C.A .G .A A C .C C AG.C .C CAA : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Dk-VN-BL-0 Ck-VN-10-0 Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-PhuThoDk-Guangxi Ck-GD-191Ck-Guangxi Ck-Indo-CD Ck-TL-NP-1 Ck-EastJav Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 1080 * 1100 * 1120 * 1140 * 1160 * 1180 CCAAAAACAAAGAACATGAAAAAAACAAGCCAGTTGAAGTGGACACTCGGTGAGAACATGGCACCAGAGAAAGTAGACTTTGAGGACTGCAAAGATGTTAGCGATCTAAGACAGTATG G A G A A G G G G G G G A G A A G A G A A G .G A A G G G A A G T A A G A .G T A A A G G A A G T A .G A .G G A .G G A G T C G.A G A G .A A A G C G A A G T A A G .A A G C G A A G T A G A .G T A T .G G A .G G A G T C G.A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 1180 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Dk-VN-BL-0 Ck-VN-10-0 Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-PhuThoDk-Guangxi Ck-GD-191Ck-Guangxi Ck-Indo-CD Ck-TL-NP-1 Ck-EastJav Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 1900 * 1920 * 1940 * 1960 * 1980 * 2000 AAGGCTCCATCGGAAAGGTGTGCAGAACCTTGCTGGCGAAGTCTGTGTTCAACAGTTTATATGCATCTCCACAACTCGAGGGGTTTTCAGCTGAATCAAGAAAATTGCTTCTCATTGC A .G T T C A A A T .A A A G C .A A .T G A A A A A A CC T T A .T G A A A A A A CC T T A .A T .A A .T G A A A A A A CC .C T .G A A A A A A .C C G G.C A .T T T .G G .T A .T G A A A A A A CC T T G G .T A .T G A A A A A A CC T T T G .A A A A A A CC T .G A A A A A A .C C G G.C A .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Dk-VN-BL-0 Ck-VN-10-0 Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-PhuThoDk-Guangxi Ck-GD-191Ck-Guangxi Ck-Indo-CD Ck-TL-NP-1 Ck-EastJav Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 2020 * 2040 * 2060 * 2080 * 2100 * 2120 TCAGGCACTTAGGGACAACCTGGAACCTGGGACCTTCGATCTTGGAAGGCTATTTGAAGCAATTGAGGAGTGCCTGATTAACGATCCCTGGGTTTTGCTTAATGCGTCTTGGTTCAAC G A G A G A G A G A G A G A G A G A G A G A G A G A A GG A T .A A GG A T .A G A G A GG A T .C A G T T A T G A .C .T G A G A G A C A GG A T .A G A C GG A T A GG A G G T A T G A .C .T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 2124 b Amino acid (rút gọn) Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Dk-VN-BL-0 Ck-VN-10-0 Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-PhuThoDk-Guangxi Ck-GD-191Ck-Guangxi Ck-Indo-CD Ck-TL-NP-1 Ck-EastJav Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * MEDFVRQCFNPMIVELAEKAMKEYGEDPKIETNKFAAICTHLEVCFMYSDFHFIDERSESIIVESGDLYALLKHRFEIIEGRDRTMAWTVVNSICNTTGVEKPKFLPDLYDYKENRFI PN N .PN .PN .PN .PN .PN .PN .PN K PN .PN L PN D PN N G .PN .D .PN .PN D N G .PN .D S G G .PN A .PN Q PN .PN L R N G .PN .D .PN .A L G .PN .D .G .PN .D .G .PN : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Dk-VN-BL-0 Ck-VN-10-0 Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-PhuThoDk-Guangxi Ck-GD-191Ck-Guangxi Ck-Indo-CD Ck-TL-NP-1 Ck-EastJav Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 360 * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * PKTKNMKKTSQLKWTLGENMAPEKVDFEDCKDVSDLRQYDSDEPESRSLASWIQSEFNKACELTDSSWIELDEIGEDVAPIEHIASMRRNYFTAEVSHCRATEYIMKGVYINTALLNA A .I A A A A A I A A A .I K A .I A .I A V A V A K P S A K S A V I A K P S A K P A N A N V.F A T A G K P S A T A PK S T A A K P : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-DT-1 VN-1203-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Ck-VN-NCVD Dk-VN-BL-0 Ck-VN-10-0 Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-PhuThoDk-Guangxi Ck-GD-191Ck-Guangxi Ck-Indo-CD Ck-TL-NP-1 Ck-EastJav Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 600 * 620 * 640 * 660 * 680 * 700 QIESMIEAESSVKEKDMTKEFFENKSETWPIGESPKGVEEGSIGKVCRTLLAKSVFNSLYASPQLEGFSAESRKLLLIAQALRDNLEPGTFDLGRLFEAIEECLINDPWVLLNASWFN G.Y G.Y G.Y G.Y G.Y G.Y G.Y G.Y G.Y G.Y G.Y N S .T .G.Y N A .T .G.Y .T S V .G.Y .T S V .G.Y S .T .G.Y .V VT A S V .G.Y R V .G.Y S .G.Y R S .G.Y S .G.Y .T S V .G.Y S .G.Y TV S V .G.Y Y .V .G.Y R V G G.Y : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 Phụ lục 8: SO SÁNH TRÌNH TỰ THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ AMINO ACID GEN NP, M VÀ NS GIỮA CHỦNG CKHG4 VỚI CÁC CHỦNG VIỆT NAM VÀ THẾ GIỚI A GEN NP a Nucleotide (rút gọn) Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-36-0 VN-1203-04 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Hubei-w Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-36-0 VN-1203-04 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Hubei-w Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-36-0 VN-1203-04 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Hubei-w Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGGCGTCTCAAGGCACCAAACGATCTTATGAACAAATGGAAACTGGTGGGGAACGCCAGAATGCTACTGAGATCAGGGCATCTGTTGGAAGAATGGTTAGTGGAATTGGGAGGTTCT - G .G C G C G C G C G C G C C G A C G A G .T C G A .G C G C G A G .T C G A G C G A G C G C G G A C G G A C .G C G A A G A T .G A C G A C C G .G A G C G A G C G .G A C C C C G A G C C A C G A .T C * 1320 * 1340 * 1360 * 1380 * 1400 * TGAGGGCAGAACGTCTGACATGAGGACTGAAATCATAAGAATGATGGAAAGTGCCAGACCAGAAGATGTGTCATTCCAGGGGCGGGGAGTCTTCGAGCTCTCGGACGAAAAGGCAACG T T .A T T T G A C T .G G A .T A 1420 * 1440 * 1460 * 1480 * AACCCGATCGTGCCTTCCTTTGACATGAATAATGAAGGATCTTATTTCTTCGGAGACAATGCAGAGGAGTATGACAATTAA : 1497 - : 1459 : 1497 : 1497 : 1497 - : 1486 : 1497 - : 1478 : 1497 : 1497 : 1497 : 1497 : 1497 : 1497 - : 1486 C .AGA : 1485 .C : 1497 .C : 1497 .C : 1497 G A : 1497 : 1497 - : 1486 - : 1494 . : 1479 : 1497 G : 1497 : 1497 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 115 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 1416 1413 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 1416 b Amino acid (rút gọn) Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-36-0 VN-1203-04 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Hubei-w Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * MASQGTKRSYEQMETGGERQNATEIRASVGRMVSGIGRFYIQMCTELKLSDYEGRLIQNSITIERMVLSAFDERRNRYLEEHPSAGKDPKKTGGPIYRRRDGKWVRELILYDKEEIRR - .S T S G T S .S .G I - .H P : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 117 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 117 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-36-0 VN-1203-04 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Hubei-w Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 240 * 260 * 280 * 300 * 320 * 340 * AMMDQVRESRNPGNAEIEDLIFLARSALMLRGSVAHKSCLPACVYGLAVASGYDFEREGYSLVGIDPFRLLQNSQVFSLIRPNENPAHKSQLVWMACHSAAFEDLRVSSFIRGTRVVP I I I I I I I I I I I I I I A V I I I I I I I I N .L I I I I : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 354 353 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 353 354 354 354 354 354 354 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-36-0 VN-1203-04 Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Ck-VN-10-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Hubei-w Ck-GD-174Ck-Guangxi Ck-TL-NP-1 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 360 * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * RGQLSTRGVQIASNENMEAMDSNTLELRSRYWAIRTRSGGNTNQQRASAGQISVQPTFSVQRNLPFERATIMAAFTGNTEGRTSDMRTEIIRMMESARPEDVSFQGRGVFELSDEKAT .K .K .K .K .K .K H.K H.K T S I I T S .K R : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 472 471 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 471 472 472 472 472 472 472 B GEN M1 a Nucleotide (rút gọn) Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGAGTCTTCTAACCGAGGTCGAAACGTACGTTCTCTCTATCATCCCGTCAGGCCCCCTCAAAGCCGAGATCGCGCAGAAACTTGAAGATGTCTTTGCAGGAAAGAACACCGATCTCG G .A A G .A A G G A G G .A T G .G T G .A T T A A T C T C .T G T G G G A G A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 480 * 500 * 520 * 540 * 560 * 580 * AGCATCGGTCTCACAGACAGATGGCAACTGTCACCAACCCACTAATCAGACATGAGAACAGAATGGTGCTGGCCAGCACTACAGCTAAGGCTATGGAGCAGATGGCGGGATCAAGTGA .A .A .A .G .A .A .A .A T A .A .A .A C .CA G CA A G .C .A G CA G .C .A .A A .A A .A A G A A G A G AC A CA G .C CA G .C CA G .C .A .A G T G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 590 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 600 * 620 * 640 * 660 * 680 * 700 GCAGGCAGCGGAAGCCATGGAGATTGCTAATCAGGCTAGGCAGATGGTGCAGGCAATGAGGACAATTGGGACTCATCCTAACTCTAGTGCTGGTCTGAGAGATAATCTTCTTGAAAAT C C C C C C C C C C C .AG G.C G C G.C .A C C T A C .A C A T C G C G.C G.C A C G.C .AG.C G.C A G.C G A A.C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 708 b Amino acid Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 * MSLLTEVETYVLSIIPSGPLKAEIAQKLEDVFAGKNTDLEALMEWLKTRPILSPLTKGILGFVFTLTVPSERGLQRRRFVQNALNGNGDPNNMDRAVKLYKKLKREITFHGAKEVALSYSTGALASCMGL R S M V .T.R Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * 240 * IYNRMGTVTTEVAFGLVCATCEQIADSQHRSHRQMATVTNPLIRHENRMVLASTTAKAMEQMAGSSEQAAEAMEIANQARQMVQAMRTIGTHPNSSAGLRDNLLENLQAYQKRMGVQMQRFK I .I .I .I .I .I .II I .I .I .I .I V I V I V I V I .I T I .I I I V I V T .I V I V I V I V.S T N - : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 252 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 130 C GEN M2 a Nucleotide Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGAGTCTTCTAACCGAGGTCGAAACGCCTACCAGAAACGAATGGGAGTGCAGATGCAGCGATTCAAGTGATCCTATTGTTGTTGCCGCAAATATCATTGGGATCTTGCACTTGATAT C .G .C .G .C .G .C .G T C .C .G .C A G .C .G T C .G A C .G .C G A C C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 20 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 * TGTGGATTTTTGATCGTCTTTTCTTCAAATGCATTTATCGTCGCCTTAAATACGGTTTGAAAAGAGGGCCTGCTACGGCAGGGGTACCTGAGTCTATGAGGGAAGAGTACCGGCAGGA C C C A C C C C C C C C C C C C T C T A C T A C T A G C C .A C A C .A C A C .A C A .T A C T C T A A T C C T A C T A.A C T A C A T G A .A T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 236 Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 240 * 260 * 280 * ACAGCAGAGTGCTGTGGATGTTGACGATGGTCATTTTGTCAACATAGAATTGGAGTAA .A A .A .A .C G A TA A G A C .GC : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 294 294 294 294 294 294 294 293 294 294 294 294 294 294 294 294 289 271 294 294 294 294 291 294 294 294 294 b Amino acid Ck-VN-HG4Dk-HG-07-1 VN-HG-207VN-HG-178Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Ck-VN-TG-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-1-04 Ck-VN-NCVD Ck-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 MDk-VN-145 Dk-VN-50-0 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-VN-NCVD Dk-Hubei-w Ck-Guangxi Thailand-N Dk-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-Hunan-8 Dk-Hubei-4 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * MSLLTEVETPTRNEWECRCSDSSDPIVVAANIIGILHLILWIFDRLFFKCIYRRLKYGLKRGPATAGVPESMREEYRQEQQSAVDVDDGHFVNIELE* L L I L L L L L L L L L .L S L S L S L S.E L S L S.E L S L S.E .L I - L D .I - L D .I L L.H S L S L S LI S L S.E .N DK L S .L S L S.E L S L S.E .N H .L S L S.E TG K .L L D S.G .A - : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 96 90 97 97 97 98 97 97 97 97 97 D GEN NS1 a Nucleotide (rút gọn) Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGGATTCCAACACTGTGTCAAGCTTTCAGGTAGACTGCTTTCTTTGGCATGTCCGCAAACGATTTGCAGACCAAGAACTGGGTGATGCCCCATTCCTTGACCGGCTTCGCCGAGATC A T A .C .G A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 360 * 380 * 400 * 420 * 440 * 460 * ATGGATAAAACCATCATATTGAAAGCAAACTTCAGTGTGGCTTTTGACCGGTTGGAAACCCTAATACTACTTAGAGCTTTCACAGAAGGAGGAGCAATCGTGGGAGAAATCTCACCAT T A A G .T A A G A A G A .A A G AT .A .AT .A .AT .A .A .AT A A .A A A .A A G C A C AT A .C AG G AT A G A .AT A G A .C A C A .C A G A A G A A G A A G Y.G A AT .A G AT A A .AT A .A G .A .AT A G .A A GT AT .A .AT A .A G .A G : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 472 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 600 * 620 * 640 * 660 * TTGGAGAAGCAGTGATGAGGATGGGAGACTTCCACTCCCTCCAAATCAGAAACGGAAAATGGCGAGAACAATTGAGTCAGAAGTTTGA G C C G C C G C C G .T C G A T C A TC T C .T .A .C T C .T G C G .T C G .T C C A G A T A GT .G.C .A : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 678 b Amino acid (rút gọn) Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * MDSNTVSSFQVDCFLWHVRKRFADQELGDAPFLDRLRRDQKSLRGRGNTLGLDIEAATRAGKQIVERILEEESDKALKMPVSRYLTDMTLEEMSRDWFMLMPKQKVAGSLCIKMDQAI .T V .T V .T K .T A .T .T A .T A .T G .A .T A .T .K A .T A .T A.C N T M KT E A S T E T .T E T A T E A S T .T .T .T E A Y T E A .T E A .T E A .T A .S .T E A .T Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 20 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 MDKTIILKANFSVAFDRLETLILLRAFTEGGAIVGEISPLPSLPGHTGEDVKIAIGVLIGGLEWNDNTVRVTETIQRFAWRSSDEDGRLPLPPNQKRKMARTIESEV* .T N N DI Q G N T N N DI Q G N T N N I Q G N T N T N N I Q G V .N I .E N W .I .E N I .E N N .- T N IL E N T K .N T N T N I N N.T .I .E .D N S L .K S S - I .E N S I .E N S N.T .E .D N S.AL N P S - T N N I Q G N T N N I Q G V .N T N -V N I Q G V .N N .I .E .D N S P .I .E .D N S .K IY E .D N S.I D K I KE N F .S Y L V .I .E N IY E .N N S.I V D K.- : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 225 225 225 225 225 225 226 225 224 225 225 225 225 225 224 225 225 224 225 225 224 225 225 225 225 225 225 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 E GEN NS2 a Nucleotide (rút gọn) Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * ATGGATTCCAACACTGTGTCAAGCTTTCAGGACATACTGGTGAGGATGTCAAAATTGCAATTGGCGTCCTCATCGGAGGACTTGAATGGAATGATAACACAGTTCGAGTCACTGAAAC A A.A .A A A.A .A A A .A A A A .A A A A A A A A .A A T A A .G A G .T A G T A G T A A .G A G .T G A A .A A A .A A .AA .A A A .G T A A .T A A .T T A .T .G T A G A .AA A G .T T : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 118 Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 240 * 260 * 280 * 300 * 320 * 340 * GATTGAAGAAGTAAGACATAGATTGAAAATTACAGAAAACAGCTTCGAACAGATAACGTTTATGCAAGCCTTACAACTACTGCTTGAAGTGGAGCAAGAGATAAGAACCTTCTCGTTT A G G G G T A .C .T G G C G .C G .C .T G G C G .C G A C .C G G A C : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 354 354 354 354 354 354 345 345 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 354 347 354 354 354 354 354 354 354 b Amino acid Ck-VN-HG4Ck-VN-29-0 Dk-HG-07-1 Dk-VN-1771 Ck-VN-CT-0 Dk-VN-34-0 Ck-VN-5-03 Ck-VN-30-0 VN-1203-04 Ck-VN-36-0 Dk-VN-11-0 Ck-VN-TG-0 VN-CL2009Ck-VN-NCVD Dk-VN-LS-2 Ck-VN-NB-2 Dk-VN-HaiP MDk-VN-145 Ck-VN-NCVD Dk-VN-17ADk-VN-36ST Ck-Shantou Ck-HK-409 Ck-Guangxi Ck-Hubei-2 Ck-TL-CU-3 Ck-India-0 : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : * 20 * 40 * 60 * 80 * 100 * 120 MDSNTVSSFQDILVRMSKLQLASSSEDLNGMITQFESLKLYRDSLGEAVMRMGDFHSLQIRNGKWREQLSQKFEEIRWLIEEVRHRLKITENSFEQITFMQALQLLLEVEQEIRTFSFQLI M T K .T.T M T K .T.T M K .T.T M M K .L .T M G A - M G . - M T A M M .A M M .L .N T .M M GY R .I L T H .M M G A M G A M M GY R L T H .M M K .T M K .L .T - M E K .L .T .M M G L .M M .A M M .I M G .T F A M R K A M M G L T M I : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : 121 121 121 121 121 121 115 115 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 121 115 121 121 121 121 121 121 121 Phụ lục 9: TỶ LỆ (%) ĐỒNG NHẤT VỀ THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ TƯỜNG ĐỒNG VỀ AMINO ACID GIỮA CHỦNG CKHG4 VỚI CÁC CHỦNG CỦA VIỆT NAM VÀ THẾ GIỚI (Trên đường chéo tỷ lệ đồng nucleotide, đường chéo tỷ lệ đồng amino acid) A GEN PB2 TT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 98 98 97 99 99 96 99 99 98 98 99 98 98 96 98 98 97 97 97 98 98 98 98 98 97 98 97 99 98 98 98 98 98 98 97 97 98 98 97 96 98 98 97 97 96 97 97 97 97 97 96 97 98 99 97 99 99 97 99 98 98 98 98 99 98 95 99 99 96 97 97 97 97 98 98 97 97 97 97 98 97 97 97 99 97 97 96 96 97 97 96 98 97 97 96 95 95 96 96 96 96 96 95 96 99 98 98 97 99 97 99 99 98 98 99 99 98 96 99 98 97 98 97 98 98 98 98 98 97 98 99 98 98 97 99 97 100 99 99 99 99 99 99 96 99 99 97 98 98 98 98 98 98 98 97 98 97 97 96 99 97 97 97 96 96 96 97 97 96 97 97 97 96 95 95 95 95 96 96 95 95 95 99 98 98 97 99 99 97 99 99 99 99 99 99 96 99 99 97 98 98 98 98 98 98 98 97 98 98 97 98 96 99 99 96 99 98 98 99 98 98 96 98 98 97 98 97 98 98 98 98 98 97 98 10 97 96 96 95 97 97 95 97 97 100 98 98 100 96 98 98 98 98 97 99 99 98 99 99 98 98 11 96 95 96 94 96 96 94 96 96 98 98 98 100 96 98 98 98 98 97 99 99 98 99 99 98 98 12 99 97 98 97 99 99 96 99 98 97 96 98 98 96 99 98 97 97 97 98 98 98 98 97 97 97 13 99 98 99 97 99 99 97 99 98 97 96 99 98 95 99 99 96 97 97 97 97 98 98 97 97 97 14 97 96 96 95 97 97 95 97 97 99 98 97 97 96 98 98 98 98 97 99 99 98 99 99 98 98 15 90 90 89 91 90 90 91 90 90 89 90 90 90 89 96 96 96 96 95 96 96 96 96 95 95 96 16 98 97 98 96 98 98 96 98 97 96 95 98 98 96 89 99 96 97 97 97 97 98 98 97 97 97 17 98 98 98 96 98 98 96 98 98 96 95 98 98 96 89 99 96 97 97 97 97 98 97 97 96 97 18 95 96 95 95 96 96 95 95 95 97 96 95 95 97 89 95 95 96 96 97 97 97 98 97 96 96 19 93 92 93 91 94 94 91 94 93 93 93 93 93 93 90 93 93 91 96 97 97 98 98 97 96 98 20 97 95 96 95 97 97 95 97 97 97 96 97 97 97 89 96 96 95 93 97 97 98 97 97 96 97 21 97 96 96 95 97 97 95 97 97 98 97 97 97 98 89 96 96 97 93 97 98 98 99 98 97 97 22 97 95 96 94 97 97 95 97 96 99 97 96 96 99 89 96 96 97 93 96 98 98 99 99 97 97 23 97 95 96 94 97 97 94 97 96 96 95 97 96 96 89 96 96 94 93 97 96 95 98 98 97 97 24 97 95 96 94 97 97 94 97 96 99 97 96 96 99 89 96 96 97 92 96 98 98 95 99 97 98 25 96 94 95 93 96 96 93 96 96 98 96 95 95 98 89 95 95 96 92 95 96 97 94 97 97 97 26 97 95 96 94 97 97 94 97 97 96 95 96 96 96 89 96 96 94 92 96 96 96 96 96 95 27 93 92 93 91 93 94 91 94 93 93 93 93 93 93 90 93 93 91 99 93 93 92 92 92 92 92 96 Ghi chú: Các chủng đánh số thứ tự từ đến 27 tương ứng với ký hiệu chủng Bảng 3.9, 1-5 chủng phân lập vùng Hậu Giang, 1-18 chủng phân lập Việt Nam, 19-27 chủng giới [...]... giảm sự xuất hiện các biến chủng virus cúm kháng thuốc (Ilyushina và cs, 2006) [83] 1.2 SINH HỌC PHÂN TỬ VIRUS CÚM A 1.2.1 Hệ gen của virus cúm A Hệ gen virus cúm A là RNA sợi đơn âm, bao gồm 8 phân đoạn gen riêng biệt mang tên từ 1-8 theo thứ tự giảm dần của kích thước phân tử (hay được gọi theo tên protein mà chúng mã hoá tổng hợp), mã hoá cho 11 protein khác nhau của virus gồm: PB2, PB1, PB1-F2, PA,... Vùng địa lí phân lập Số hiệu chủng Năm phân lập Phân type HA và NA Hình 1.1: Sơ đồ danh pháp quốc tế các chủng virus cúm (WHO, 2008) [159] (A: Phân lập ở các loài động vật; B: Phân lập trên người) 1.1.4.2 Hình thái và cấu trúc của virus cúm A Hạt virus cúm A (virion) có hình cầu, đường kính 80 -120 nanomet (nm), đôi khi có dạng hình sợi, khối lượng phân tử khoảng 250 triệu Da lton (Da) Hạt virus có cấu... Orthomyxoviridae trong hệ thống phân loại (Basic Taxomomy) (Murphy và Webster, 1996) [113] Họ Orthomyxoviridae được phân thành các nhóm virus cúm A (influenza A virus) , virus cúm B (influenza B virus) , virus cúm C (influenza C virus) và nhóm Thogotovirus dựa vào sự khác nhau về đặc tính kháng nguyên trong nucleoprotein (NP) và matrix (M1) protein của chúng Virus cúm B và C không phân loại thành các phân týp (subtype)... lực của virus (Zhu và cs, 2008) [166] Như vậy, virus cúm A (cụ thể: cúm A/H5N1) có hệ gen được cấu trúc từ 8 phân đoạn riêng biệt và không có gen mã hóa enzym sửa chữa RNA, tạo điều kiện thuận lợi cho sự xuất hiện các đột biến điểm trong các phân đoạn gen /hệ gen qua quá trình sao chép nhân lên của virus, hoặc trao đổi các phân đoạn gen giữa các chủng virus cúm đồng nhiễm trên cùng một tế bào, rất có thể... Phân đoạn 6 (gen NA) là gen mã hóa tổng hợp protein NA, kháng nguyên bề mặt c apsid của virus, có chiều dài thay đổi theo từng chủng virus cúm A (ở A/H1N1 là 1413 bp, ở A/H5N1 thay đổi khoảng từ 1350 - 1410 bp) Các nghiên cứu gần đây cho thấy gen NA của các chủng virus cúm A/H5N1 phân lập giai đoạn 1996-2003 có hiện tượng đột biến xóa đi 57 nucleotide, còn ở các chủng phân lập 26 sau 2003 số nucleotide... đọc mở khác nhau của cùng một phân đoạn RNA - Phân đoạn 8 (gen NS) là gen mã hoá protein không cấu trúc, có độ dài ổn định nhất trong hệ gen của virus cúm A, kích thước khoảng 890 bp, mã hoá tổng hợp hai protein là NS1 và NS2 Gen NS có liên quan đến độc lực của virus cúm A/H5N1 (Webster, 1998) [156], trong tự nhiên, việc đột biến xoá đi một phần gen NS có thể làm giảm độc lực của virus (Zhu và cs,... 74.811 con (Văn Đăng Kỳ, 2012) [15] Như vậy, dịch cúm gia cầm H5N1 ở Việt Nam hiện nay đã có sự xuất hiện của nhiều clade virus mới làm cho tình hình dịch tễ và định hướng phòng chống dịch trở nên phức tạp hơn 1.1.4 Nguyên nhân gây bệnh 1.1.4.1 Phân loại và danh pháp của virus cúm 1.1.4.1.1 Phân loại Virus cúm được phân loại chủ yếu dựa theo đặc tính kháng nguyên của virus Virus cúm A gây bệnh cúm gia... phân đoạn 4 và 6 mã hoá cho các protein (HA và NA) bề mặt capsid của virus, có tính kháng nguyên đặc trưng theo từng chủng virus cúm A, bao gồm: - Phân đoạn 4 (gen HA) có độ dài thay đổi tùy theo từng chủng vir us cúm A (ở A/H1N1 là 1778 bp, ở H9N1 là 1714 bp, ở H5N1 là khoảng 1704 - 1707 bp) Đây là gen chịu trách nhiệm mã hoá tổng hợp protein HA - kháng nguyên bề mặt của virus cúm - Phân đoạn 6 (gen. .. và sự trầm trọng của bệnh, và rối loạn điều hòa cytokine và chemokine có thể là một trong những cơ chế chủ yếu trong sinh bệnh học của virus cúm A/H5N1 Cơ chế sinh bệnh của virus cúm A/H5N1 được tóm lược và trình bày ở Hình 1.3 Hình 1.3: Sinh bệnh học của virus cúm A/H5N1 ở người Sơ đồ mô tả các cơ chế sinh bệnh chủ yếu, các gen và sản phẩm của gen tham gia vào sự gây nhiễm của virus cúm A/H5N1 (Nguồn:... hợp của 16 HA và 9 NA Vì vậy, virus cúm A được đặt tên là HxNy (x có giá trị từ 1 đến 16 và y có giá trị từ 1 đến 9) (Murphy và Webster, 1996) [113], (Nguyễn Tiến Dũng, 2008) [5] 1.1.4.1.1 Danh pháp Tổ chức Y tế thế giới quy định thống nhất danh pháp lưu trữ hệ gen của các chủng virus cúm trong Ngân hàng gen (GenBank), cũng như trong Trung tâm dữ 10 liệu các gen virus cúm ISD (Influenza Sequence Database), ... bệnh, tiến hành đề tài: Nghiên cứu hệ gen virus cúm A/H5N1 phân lập từ gà nuôi Hậu Giang Mục tiêu đề tài (1) Giải mã toàn hệ gen gồm phân đoạn chủng virus cúm A/H5N1 từ gà nuôi Hậu Giang (2) Phân. .. chủng virus cúm kháng thuốc (Ilyushina cs, 2006) [83] 1.2 SINH HỌC PHÂN TỬ VIRUS CÚM A 1.2.1 Hệ gen virus cúm A Hệ gen virus cúm A RNA sợi đơn âm, bao gồm phân đoạn gen riêng biệt mang tên từ 1-8... phòng chống dịch cúm gia cầm Để có thêm nguồn gen virus cúm A/H5N1 lưu hành Việt Nam, từ làm sở liệu cho nghiên cứu gen /hệ gen virus cúm A/H5N1 nghiên cứu sản xuất chế phẩm sinh học hệ ứng dụng chẩn