ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA PHAN THỊ HUYỀN NGHIÊN CỨU SỰ SẮP XẾP CỦA CÁC DNA OLIGOMER TRÊN NHIỄM SẮC THỂ VI KHUẨN VÀ NẤM MEN LUẬN ÁN TIẾN SĨ KỸ THUẬT TP HỒ CHÍ MINH NĂM 2015 ĐẠI HỌC QUỐC GIA TP HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA PHAN THỊ HUYỀN NGHIÊN CỨU SỰ SẮP XẾP CỦA CÁC DNA OLIGOMER TRÊN NHIỄM SẮC THỂ VI KHUẨN VÀ NẤM MEN TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA Chuyên ngành: Mã số chuyên ngành: Công nghệ Sinh học 62428005 Phản biện độc lập 1: GS.TS Trần Linh Thước Phản biện độc lập 2: PGS.TS Trần Liên Hà Phản biện 1: GS.TS Nguyễn Thị Lang Phản biện 2: PGS.TS Trần Văn Lăng Phản biện 3: PGS.TS Lê Thị Thủy Tiên NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC PGS.TS Nguyễn Đức Lượng LỜI CAM ĐOAN Tác giả xin cam đoan cơng trình nghiên cứu thân tác giả Các kết nghiên cứu kết luận luận án trung thực, không chép từ nguồn hình thức Việc tham khảo nguồn tài liệu (nếu có) thực trích dẫn ghi nguồn tài liệu tham khảo quy định Tác giả luận án Chữ ký Phan Thị Huyền i TÓM TẮT LUẬN ÁN Nhằm mục tiêu đạt kiến thức sâu phân bố nucleotide phân tử DNA nhiễm sắc thể vi khuẩn nấm men, đồng thời để thiết lập phương pháp phân loại vi khuẩn có mối quan hệ tiến hóa gần cấp độ giống, luận án thực hai nội dung nghiên cứu sau: Nội dung 1: Nghiên cứu xếp oligomer phân tử DNA nhiễm sắc thể vi khuẩn nấm men Những tìm hiểu bước đầu xếp oligomer phân tử DNA nhiễm sắc thể bao gồm việc khảo sát mối quan hệ kích thước oligomer tính đối xứng phân tử DNA nhiễm sắc thể, xem xét tính bất đối xứng monomer cục đoạn DNA nhiễm sắc thể, đồng thời xác định có mặt oligomer dọc theo chiều dài sợi đơn phân tử DNA nhiễm sắc thể Các kết cho thấy kích thước oligomer lớn mức độ đối xứng phân tử DNA nhiễm sắc thể giảm, phân tử DNA nhiễm sắc thể mang tính đối xứng mức độ nhiễm sắc thể vùng cục phân tử DNA nhiễm sắc thể biểu tính bất đối xứng Ở mức độ nhiễm sắc thể, phân bố oligomer oligomer bổ sung đảo ngược (BSĐN) tương ứng chúng trình tự mang thơng tin mã hóa protein đóng góp tương đương với phân bố chúng trình tự khơng mã hóa protein vào tính đối xứng phân tử DNA nhiễm sắc thể Trong trình tự mang thơng tin mã hóa protein, trimer mã hóa codon phân bố theo qui tắc tương đương tần suất xuất chúng sở vị trí nucleotide codon định dạng sử dụng codon, góp phần tạo nên tính đối xứng phân tử DNA nhiễm sắc thể Các kết khám phá sâu cho thấy phân bố trimer mã hóa codon trình tự sense phân tử DNA nhiễm sắc thể có mối quan hệ mật thiết với phân bố chúng trình tự antisense phân tử Sự phân bố trimer mã hóa codon trình tự sense antisense dọc theo chiều dài phân tử DNA nhiễm sắc thể vi khuẩn sở mối quan hệ định hình rõ hai replichore Mật độ phân bố trimer mã hóa codon trình tự sense antisense hai replichore phân tử DNA nhiễm sắc thể vi khuẩn cho thấy trimer mã hóa codon trimer BSĐN tương ứng chúng sở mối quan hệ phân bố cân đối trình ii tự sense antisense hai replichore, góp phần tạo nên tính đối xứng phân tử DNA nhiễm sắc thể Trong trình tự khơng mã hóa protein, phân bố trimer không giống trình tự mang thơng tin mã hóa protein Nội dung 2: Ứng dụng phân bố trimer gene để phân loại vi khuẩn có mối quan hệ tiến hóa gần Trên sở tính đặc trưng lồi sử dụng codon định dạng xếp trimer trình tự mang thơng tin mã hóa protein mức độ nhiễm sắc thể, tính đặc trưng lồi mật độ phân bố trimer gene xác định ứng dụng để phân loại vi khuẩn họ Enterobacteriaceae, Burkholderiaceae Pseudomonadaceae Kết nội dung nghiên cứu cho thấy mật độ phân bố trimer gene sử dụng để phân loại vi khuẩn cấp độ giống iii ABSTRACT Aims to get deep knowledge about the distribution of nucleotides in the chromosomes of bacteria and yeast, and to establish a method for classifying the closely related bacteria below genus level, this thesis has made two main research contents, as follows: Content 1: Study on the oligomer arrangement in the bacterial and yeast chromosomes Initial study includes the investigation on the relationship between the oligomer size and the chromosomal strand symmetry, the consideration of the monomer asymmetry of local sequences in the chromosome, and the determination of the presence of individual oligomers along the length of the single strand of chromosomal DNA molecules The results showed that the larger the oligomer size, the less symmetric the chromosomes were, and that while the whole chromosome was symmetric, the local sequences of the chromosomes were asymmetric At the chromosomal level, the distribution of oligomers and their respective reverse complements in the sequences that carried the information to encode proteins and that in the protein non-coding sequences contributed equivalently to the chromosomal strand symmetry In the sequences carrying information for encoding the proteins, the trimers were distributed according to a rule that exhibited the equivalence in their frequencies on the basis of the position of the nucleotides in a codon and thus shaping the codon usage, contributing to the chromosomal strand symmetry Deeper investigation results showed that the distribution of the codon encoding trimers in the sense sequences of each chromosome had a very close relationship with that in the antisense sequences The distribution of codon encoding trimers in the sense and antisense sequences along the length of the bacterial chromosomes on the basis of this relationship clearly shaped two replichores Densities of codon encoding trimers in the sense and antisense sequences on the replichores of the bacterial chromosome showed that the codon encoding trimers and their respective reverse complements on the basis of this relationship were distributed in the sense and antisense sequences to balance the two replichores, thus contributing to the bacterial chromosomal strand symmetry In the iv protein non-coding sequences, the distribution of trimers was different in comparison with that in the sequences that carried the information for encoding the proteins Content 2: Based on the species-specificity of the codon usage shaped by the trimer arrangement in the sequences that carried the information for encoding the proteins at the chromosomal level, the species-specificity of the trimer densities in genomes was determined and was applied in the classification of closely related bacteria belonging to the Enterobacteriaceae, Burkholderiaceae and Pseudomonadaceae families The results of this research content showed that the trimer densities in genomes could be used to classify the bacteria below genus level v LỜI CÁM ƠN Lời đầu tiên, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến Thầy PGS.TS Nguyễn Đức Lượng tận tình hướng dẫn giúp đỡ, lời cảm ơn chân thành xin gửi đến tập thể Bộ Môn Công Nghệ Sinh Học tạo điều kiện thuận lợi cho thực hồn thành luận án Xin bày tỏ lịng biết ơn đến Ban Giám Hiệu Trường Đại Học Bách Khoa TPHCM, Phòng Đào Tạo Sau Đại Học, Ban Chủ Nhiệm Văn Phịng Khoa Kỹ Thuật Hóa Học giúp đỡ tạo điều kiện cho tơi hồn thành luận án Xin cảm ơn Q Thầy, Cơ Hội đồng đánh giá chuyên đề Tiến sĩ, Q Thầy, Cơ Hội đồng đánh giá luận án cấp Bộ Môn, cấp Khoa cấp Trường đóng góp ý kiến q báu cho tơi thực hoàn chỉnh luận án Xin cảm ơn Q Thầy, Cơ, anh, chị, em Khoa Kỹ Thuật Hóa Học động viên khích lệ, cảm ơn bạn bè cổ vũ động viên lúc khó khăn q trình thực luận án Cuối cùng, xin cảm ơn Mẹ gia đình ln sát cánh bên con, cho động lực để cố gắng Nghiên cứu sinh Phan Thị Huyền vi MỤC LỤC DANH MỤC HÌNH x DANH MỤC BẢNG xiv DANH MỤC HÌNH PHỤ .xv DANH MỤC BẢNG PHỤ xvii CÁC TỪ VIẾT TẮT xviii CHƯƠNG MỞ ĐẦU 1.1 LÝ DO CHỌN ĐỀ TÀI .1 1.2 MỤC ĐÍCH NGHIÊN CỨU 1.3 ĐỐI TƯỢNG VÀ PHẠM VI NGHIÊN CỨU 1.4 TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU 1.5 Ý NGHĨA KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU 1.6 Ý NGHĨA THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU 1.7 TÍNH MỚI CỦA ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU CHƯƠNG TỔNG QUAN TÌNH HÌNH NGHIÊN CỨU .6 2.1 DNA 2.2 DNA OLIGOMER .7 2.3 CẤU TRÚC DNA NHIỄM SẮC THỂ 2.3.1 Nhiễm sắc thể tế bào sinh vật prokaryote 2.3.2 Nhiễm sắc thể tế bào sinh vật eukaryote .9 2.4 SỰ SAO CHÉP DNA NHIỄM SẮC THỂ .11 2.4.1 Sự chép DNA nhiễm sắc thể tế bào vi khuẩn 11 2.4.2 Sự chép DNA nhiễm sắc thể tế bào eukaryote 13 2.5 TÍNH BẤT ĐỐI XỨNG VÀ ĐỐI XỨNG CỦA DNA NHIỄM SẮC THỂ 14 2.5.1 Các định luật Erwin Chargaff .14 2.5.2 Các phương pháp xác định tính bất đối xứng đối xứng DNA .14 2.5.3 Sự tuân thủ DNA nhiễm sắc thể theo định luật Erwin Chargaff 17 2.6 TRÌNH TỰ NUCLEOTIDE TRONG PHÂN TỬ DNA NHIỄM SẮC THỂ VÀ CÁC MỐI LIÊN QUAN .21 vii 2.6.1 Sự phân bố nucleotide phân tử DNA nhiễm sắc thể vị trí điểm khởi đầu chép 21 2.6.2 Hai mạch chép DNA máy chép 24 2.6.3 Sự thay đổi trình tự nucleotide nhiễm sắc thể phương pháp tái tổ hợp sử dụng trình tự oligonucleotide sợi đơn hiệu suất tái tổ hợp 25 2.6.4 Sự thay đổi trình tự nucleotide nhiễm sắc thể mối liên quan .26 2.6.5 Codon, sử dụng codon mức độ biểu gene 27 2.7 PHÂN LOẠI CÁC VI KHUẨN CÓ MỐI QUAN HỆ TIẾN HÓA GẦN 29 2.7.1 Phân loại nhờ đặc điểm sinh, lý, hóa 29 2.7.2 Phân loại nhờ trình tự 16S rDNA 30 2.7.3 Phân loại nhờ trình tự gene 33 2.7.4 Phân loại nhờ dấu hiệu gene 35 2.7.5 Phân loại nhờ tín hiệu tuần hoàn nucleotide .37 CHƯƠNG 3.1 MỤC TIÊU VÀ NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU 39 MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU 39 3.1.1 Mục tiêu lý thuyết .39 3.1.2 Mục tiêu ứng dụng 39 3.2 NHIỆM VỤ NGHIÊN CỨU 39 CHƯƠNG NGUYÊN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40 4.1 NGUYÊN VẬT LIỆU .40 4.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 40 4.2.1 Xác định nucleotide skew 41 4.2.2 Xác định tần suất xuất oligomer trình tự nucleotide sợi đơn 41 4.2.3 Xác định tần suất xuất trimer trình tự mang thơng tin mã hóa protein phân tử DNA nhiễm sắc thể theo vị trí nucleotide codon 42 4.2.4 Xác định sử dụng codon .43 4.2.5 Xác định mối quan hệ tiến hóa vi khuẩn dựa trình tự 16S rDNA 44 4.2.6 Xác định mật độ phân bố trimer trình tự DNA sợi đơn .44 viii T rimer/Trimer BSĐN NC_003062_Agrobacterium tumefaciens str C58 circular (I) NC_003063_Agrobacterium tumefaciens str C58 linear (I) NC_007510_Burkholderia lata 383 chromosome (I) NC_007509_Burkholderia lata 383 chromosome (I) NC_007511_Burkholderia lata 383 chromosome (I) NC_002516_Pseudomonas aeruginosa PAO1 (I) NC_006461_Thermus thermophilus HB8 (I) NC_002505_Vibrio cholerae O1 str N16961 chromosome (I) NC_002506_Vibrio cholerae O1 str N16961 chromosome (I) NC_000913_Escherichia coli str K12 substr MG1655 (I) NC_004741_Shigella flexneri 2a str 2457T (I) NC_011740_Escherichia fergusonii ATCC 35469 (I) NC_003197_Salmonella enterica Typhimurium str LT2 (I) NC_003909_Bacillus cereus ATCC 10987 (I) NC_000964_Bacillus subtilis str 168 (I) Bảng phụ 15 Các giá trị bi(T/T BSĐN) trung bình nhóm I Hình 5.24, trang 194-195 AGT/ACT ACG/CGT AAG/CTT AAC/GTT AGC/GCT ACC/GGT ATC/GAT TAC/GTA TCC/GGA TTG/CAA CCG/CGG TAT/ATA GCG/CGC ATG/CAT GTG/CAC CTG/CAG TCG/CGA TGG/CCA GAC/GTC ACA/TGT AAA/TTT CCT/AGG GAA/TTC GCA/TGC ATT/AAT -0.099405 0.561350 0.482282 0.261806 0.319758 0.445701 0.458522 0.636310 0.992468 0.328321 0.901064 1.121741 0.063711 0.935409 0.984639 0.603884 1.318576 0.898040 -0.172248 0.460602 0.125305 0.147678 0.186704 0.687215 -0.010958 0.019599 0.699158 0.209419 0.204471 0.358349 0.439038 0.443100 0.652730 0.883586 0.305128 0.773045 1.146893 0.245036 0.872928 1.109427 0.563139 1.321849 0.846173 -0.270968 0.590511 0.057831 0.086570 0.066378 0.775995 0.039219 0.035461 1.329155 1.538363 1.364033 0.950843 0.731261 0.992424 1.320184 0.547529 0.025709 1.206897 0.830758 0.510412 1.095214 0.854291 0.661099 1.784414 1.257098 0.162368 0.123180 0.092692 0.140468 -0.345330 0.470861 0.001326 0.145153 1.380647 1.149923 1.219427 1.156081 0.850489 0.816922 1.214178 0.441391 0.212744 0.828029 0.978709 0.616053 0.946413 0.883603 0.691818 1.548690 1.234974 0.156352 0.175672 -0.109840 0.009298 -0.352656 0.343808 -0.012443 0.110995 1.504449 1.346578 1.388377 1.201365 0.869459 0.889751 1.338626 0.516093 0.128814 0.980272 0.975678 0.585798 0.989656 0.944614 0.722921 1.802862 1.361616 0.137514 0.165904 -0.023628 0.081015 -0.375840 0.353309 -0.038203 0.143565 -0.117587 1.555647 1.588310 1.612290 1.423891 1.353216 1.290335 0.841461 0.152207 0.929572 0.634546 -0.319068 1.121120 0.725310 0.885334 1.117448 1.214486 0.381191 -0.027120 0.326765 0.003382 -0.339408 -0.470148 -0.132739 -0.009718 0.975144 0.690530 1.147598 1.172316 1.805055 1.561745 1.824780 0.787593 0.632651 -1.135648 -0.022886 -0.116852 1.384914 1.138972 0.788408 0.420996 1.182482 0.168645 0.048939 -0.393301 -1.096157 -0.989236 -0.216348 0.306117 -0.107624 -0.508786 0.024941 0.070522 -0.344108 -0.225591 -0.361454 0.140174 -0.164030 -0.323770 0.794954 1.030416 0.493888 0.688600 0.911684 0.421383 0.416165 0.001049 -0.118191 0.138629 0.266742 1.097521 0.986270 1.074479 0.496453 0.064451 -0.318727 -0.034746 -0.023615 -0.386551 -0.370733 -0.348313 0.087341 -0.204363 -0.225986 0.599998 0.918839 0.454915 0.607170 0.791101 0.202775 0.389928 0.147252 -0.079109 0.226301 0.194841 0.885166 0.880220 0.935188 0.400448 -0.017301 -0.335586 -0.101209 0.073731 0.035250 -0.026702 -0.268504 0.013996 0.041803 -0.126680 1.190923 1.096030 0.405208 0.824902 0.943821 0.594269 0.611269 0.472849 0.133989 0.170683 0.426928 0.791390 0.946359 1.042087 0.632324 -0.066774 -0.380613 0.024089 0.075172 -0.039635 -0.087352 -0.225957 0.084059 0.018247 -0.180324 1.070963 1.007889 0.260397 0.798623 0.878136 0.537096 0.572434 0.490777 0.124079 0.197801 0.589467 0.677898 0.940688 0.966301 0.530974 -0.007961 -0.454076 -0.199186 -0.018935 -0.131745 -0.159385 -0.354654 -0.091292 -0.025280 -0.126543 1.067141 1.004937 0.373081 0.807760 0.950926 0.541008 0.490967 0.333956 0.144331 0.344422 0.421028 0.860251 1.047746 1.182767 0.579178 0.060758 0.032385 -0.087244 0.163757 0.296460 0.284180 -0.301684 -0.102146 0.092077 -0.031616 1.057774 0.989773 0.626032 0.752115 0.914342 0.525668 0.632129 0.721222 0.041036 0.056499 0.324653 0.760776 0.927150 0.599480 0.554653 0.160097 0.021846 0.054463 -0.658789 -0.958714 -1.343486 -0.988336 -1.055846 -1.348608 -0.972625 0.616112 0.510557 0.630111 0.568924 0.567183 -0.394015 -0.121586 -0.337864 0.214233 1.151657 0.539885 0.638510 1.352670 1.554511 0.431594 -0.249557 0.566701 -0.104382 -0.145765 -0.299901 -0.325832 -0.187059 -0.130410 -0.904178 -0.258516 0.694459 0.845368 0.718873 0.673129 0.757904 0.195198 0.252878 0.249562 0.045515 1.416709 0.556955 0.717062 1.273884 1.264085 0.552008 194 CTA/TAG TCA/TGA TTA/TAA TCT/AGA GAG/CTC GGG/CCC GGC/GCC ACT/AGT CAC/GTG CAT/ATG CAG/CTG CCA/TGG CGA/TCG ATA/TAT CGG/CCG CGC/GCG CGT/ACG CAA/TTG GGA/TCC CTT/AAG GAT/ATC GGT/ACC GTA/TAC GCT/AGC GTT/AAC GTC/GAC GCC/GGC CCC/GGG CTC/GAG AGA/TCT AGG/CCT TTC/GAA AAT/ATT TAG/CTA TAA/TTA TGA/TCA TGC/GCA TTT/AAA TGT/ACA 0.185999 0.109880 -0.026414 0.168203 -0.185507 -0.636026 -0.034817 0.099405 -0.984639 -0.935409 -0.603884 -0.898040 -1.318576 -1.121741 -0.901064 -0.063711 -0.561350 -0.328321 -0.992468 -0.482282 -0.458522 -0.445701 -0.636310 -0.319758 -0.261806 0.172248 0.034817 0.636026 0.185507 -0.168203 -0.147678 -0.186704 0.010958 -0.185999 0.026414 -0.109880 -0.687215 -0.125305 -0.460602 0.229535 0.250285 0.041335 0.129461 -0.196037 -0.408118 -0.068408 -0.019599 -1.109427 -0.872928 -0.563139 -0.846173 -1.321849 -1.146893 -0.773045 -0.245036 -0.699158 -0.305128 -0.883586 -0.209419 -0.443100 -0.439038 -0.652730 -0.358349 -0.204471 0.270968 0.068408 0.408118 0.196037 -0.129461 -0.086570 -0.066378 -0.039219 -0.229535 -0.041335 -0.250285 -0.775995 -0.057831 -0.590511 0.105852 -0.232624 -0.097952 0.051914 -0.394356 -0.011033 0.469274 -0.035461 -0.854291 -1.095214 -0.661099 -1.257098 -1.784414 -0.830758 -1.206897 -0.510412 -1.329155 -0.025709 -0.547529 -1.538363 -0.992424 -0.731261 -1.320184 -0.950843 -1.364033 -0.162368 -0.469274 0.011033 0.394356 -0.051914 -0.140468 0.345330 -0.001326 -0.105852 0.097952 0.232624 -0.470861 -0.092692 -0.123180 0.076064 -0.081384 -0.025640 0.017576 -0.305176 0.167797 0.352953 -0.145153 -0.883603 -0.946413 -0.691818 -1.234974 -1.548690 -0.978709 -0.828029 -0.616053 -1.380647 -0.212744 -0.441391 -1.149923 -0.816922 -0.850489 -1.214178 -1.156081 -1.219427 -0.156352 -0.352953 -0.167797 0.305176 -0.017576 -0.009298 0.352656 0.012443 -0.076064 0.025640 0.081384 -0.343808 0.109840 -0.175672 0.045439 -0.192371 -0.070965 0.030368 -0.530743 0.134802 0.425778 -0.110995 -0.944614 -0.989656 -0.722921 -1.361616 -1.802862 -0.975678 -0.980272 -0.585798 -1.504449 -0.128814 -0.516093 -1.346578 -0.889751 -0.869459 -1.338626 -1.201365 -1.388377 -0.137514 -0.425778 -0.134802 0.530743 -0.030368 -0.081015 0.375840 0.038203 -0.045439 0.070965 0.192371 -0.353309 0.023628 -0.165904 0.185872 -0.436791 -0.002394 0.065012 0.199760 -0.380383 -0.137088 -0.143565 -0.725310 -1.121120 -0.885334 -1.214486 -1.117448 -0.634546 -0.929572 0.319068 0.117587 -0.152207 -0.841461 -1.555647 -1.353216 -1.423891 -1.290335 -1.612290 -1.588310 -0.381191 0.137088 0.380383 -0.199760 -0.065012 -0.003382 0.339408 0.132739 -0.185872 0.002394 0.436791 0.470148 -0.326765 0.027120 0.343180 -0.244655 0.081180 -0.018011 -0.035670 -0.028462 -0.834045 0.009718 -1.138972 -1.384914 -0.788408 -1.182482 -0.420996 0.022886 1.135648 0.116852 -0.975144 -0.632651 -0.787593 -0.690530 -1.561745 -1.805055 -1.824780 -1.172316 -1.147598 -0.168645 0.834045 0.028462 0.035670 0.018011 1.096157 0.989236 -0.306117 -0.343180 -0.081180 0.244655 0.216348 0.393301 -0.048939 0.981860 1.095798 1.463534 0.889676 0.480618 0.282075 0.085815 0.107624 -0.911684 -0.688600 -0.421383 -0.001049 -0.416165 -1.030416 -0.794954 -0.493888 0.508786 0.323770 0.164030 -0.024941 0.361454 0.225591 -0.140174 0.344108 -0.070522 0.118191 -0.085815 -0.282075 -0.480618 -0.889676 -1.097521 -0.986270 -0.496453 -0.981860 -1.463534 -1.095798 -1.074479 -0.266742 -0.138629 195 0.885826 1.101875 1.365936 0.705764 0.451460 0.236486 0.150592 -0.064451 -0.791101 -0.607170 -0.202775 -0.147252 -0.389928 -0.918839 -0.599998 -0.454915 0.318727 0.225986 0.204363 0.034746 0.348313 0.370733 -0.087341 0.386551 0.023615 0.079109 -0.150592 -0.236486 -0.451460 -0.705764 -0.885166 -0.880220 -0.400448 -0.885826 -1.365936 -1.101875 -0.935188 -0.194841 -0.226301 0.579961 0.835297 1.219050 0.763619 0.383096 0.535786 0.090695 0.017301 -0.943821 -0.824902 -0.594269 -0.472849 -0.611269 -1.096030 -1.190923 -0.405208 0.335586 0.126680 -0.041803 0.101209 0.268504 0.026702 -0.013996 -0.035250 -0.073731 -0.133989 -0.090695 -0.535786 -0.383096 -0.763619 -0.791390 -0.946359 -0.632324 -0.579961 -1.219050 -0.835297 -1.042087 -0.426928 -0.170683 0.543610 0.794480 1.037808 0.699738 0.447983 0.503329 0.087445 0.066774 -0.878136 -0.798623 -0.537096 -0.490777 -0.572434 -1.007889 -1.070963 -0.260397 0.380613 0.180324 -0.018247 -0.024089 0.225957 0.087352 -0.084059 0.039635 -0.075172 -0.124079 -0.087445 -0.503329 -0.447983 -0.699738 -0.677898 -0.940688 -0.530974 -0.543610 -1.037808 -0.794480 -0.966301 -0.589467 -0.197801 0.623546 0.876022 1.296172 0.788818 0.492112 0.544548 0.043195 0.007961 -0.950926 -0.807760 -0.541008 -0.333956 -0.490967 -1.004937 -1.067141 -0.373081 0.454076 0.126543 0.025280 0.199186 0.354654 0.159385 0.091292 0.131745 0.018935 -0.144331 -0.043195 -0.544548 -0.492112 -0.788818 -0.860251 -1.047746 -0.579178 -0.623546 -1.296172 -0.876022 -1.182767 -0.421028 -0.344422 0.701059 0.726548 1.186504 0.633049 0.635057 0.467438 0.157875 -0.060758 -0.914342 -0.752115 -0.525668 -0.721222 -0.632129 -0.989773 -1.057774 -0.626032 -0.032385 0.031616 -0.092077 0.087244 0.301684 -0.284180 0.102146 -0.296460 -0.163757 -0.041036 -0.157875 -0.467438 -0.635057 -0.633049 -0.760776 -0.927150 -0.554653 -0.701059 -1.186504 -0.726548 -0.599480 -0.324653 -0.056499 1.021237 1.224628 2.194675 0.347322 1.012000 0.834854 0.422291 -0.160097 -0.567183 -0.568924 0.394015 0.337864 0.121586 -0.510557 -0.616112 -0.630111 -0.021846 0.972625 1.348608 -0.054463 0.988336 1.343486 1.055846 0.958714 0.658789 -0.214233 -0.422291 -0.834854 -1.012000 -0.347322 -0.638510 -1.352670 -0.431594 -1.021237 -2.194675 -1.224628 -1.554511 -0.539885 -1.151657 0.642461 1.357211 1.484338 0.181950 0.690942 0.777753 0.338381 0.249557 -0.757904 -0.673129 -0.195198 -0.249562 -0.252878 -0.845368 -0.694459 -0.718873 -0.566701 0.258516 0.904178 0.104382 0.187059 0.325832 0.130410 0.299901 0.145765 -0.045515 -0.338381 -0.777753 -0.690942 -0.181950 -0.717062 -1.273884 -0.552008 -0.642461 -1.484338 -1.357211 -1.264085 -0.556955 -1.416709 T rimer/Trimer BSĐN NC_003062_Agrobacterium tumefaciens str C58 circular (II) NC_003063_Agrobacterium tumefaciens str C58 linear (II) NC_007509_Burkholderia lata 383 chromosome (II) NC_007510_Burkholderia lata 383 chromosome (II) NC_007511_Burkholderia lata 383 chromosome (II) NC_002516_Pseudomonas aeruginosa PAO1 (II) NC_006461_Thermus thermophilus HB8 (II) NC_002505_Vibrio cholerae O1 str N16961 chromosome (II) NC_002506_Vibrio cholerae O1 str N16961 chromosome (II) NC_000913_Escherichia coli str K12 substr MG1655 (II) NC_004741_Shigella flexneri 2a str 2457T (II) NC_011740_Escherichia fergusonii ATCC 35469 (II) NC_003197_Salmonella enterica Typhimurium str LT2 (II) NC_003909_Bacillus cereus ATCC 10987 (II) NC_000964_Bacillus subtilis str 168 (II) Bảng phụ 16 Các giá trị bi(T/T BSĐN) trung bình nhóm II Hình 5.24, trang 196-197 AGT/ACT ACG/CGT AAG/CTT AAC/GTT AGC/GCT ACC/GGT ATC/GAT TAC/GTA TCC/GGA TTG/CAA CCG/CGG TAT/ATA GCG/CGC ATG/CAT GTG/CAC CTG/CAG TCG/CGA TGG/CCA GAC/GTC ACA/TGT AAA/TTT CCT/AGG GAA/TTC GCA/TGC ATT/AAT 0.025213 -0.540256 -0.418670 -0.067972 -0.197915 -0.325178 -0.413460 -0.594052 -0.989818 -0.322489 -0.776141 -1.101156 -0.179795 -0.833963 -1.096789 -0.530644 -1.315743 -0.858161 0.096086 -0.437382 -0.014930 -0.245114 -0.156625 -0.606645 -0.026338 -0.021558 -0.595529 -0.216045 -0.252373 -0.370165 -0.392194 -0.345944 -0.639184 -0.852888 -0.286278 -0.681852 -1.097076 -0.237578 -0.807505 -1.091144 -0.509097 -1.259805 -0.849204 0.180667 -0.562629 -0.075150 -0.066971 -0.128427 -0.773822 0.022672 -0.150034 -1.316564 -1.138580 -1.156081 -1.156652 -0.844101 -0.823465 -1.210926 -0.357660 -0.255792 -0.792506 -0.949154 -0.569967 -0.932514 -0.901193 -0.652947 -1.517375 -1.235197 -0.142031 -0.184768 0.150864 -0.069743 0.320006 -0.353690 -0.035627 -0.008784 -1.419220 -1.492504 -1.441233 -1.043908 -0.798103 -1.034857 -1.344524 -0.591011 -0.055168 -1.193438 -0.863894 -0.528704 -1.131346 -0.871040 -0.619014 -1.811204 -1.242256 -0.146986 -0.149548 -0.058562 -0.164715 0.361160 -0.439938 -0.003841 -0.075364 -1.489558 -1.349451 -1.395634 -1.186030 -0.905581 -0.885834 -1.328726 -0.545170 -0.137776 -0.953316 -0.946345 -0.522635 -0.971929 -0.893596 -0.696087 -1.756090 -1.310235 -0.178054 -0.167027 -0.027857 -0.088662 0.402777 -0.362115 -0.013020 -0.175790 0.214238 -1.526251 -1.475190 -1.405607 -1.245168 -1.227141 -1.262260 -0.835324 -0.277387 -0.904013 -0.684189 0.212879 -1.067157 -0.864307 -0.867061 -1.103585 -1.257165 -0.309371 0.066173 -0.295206 -0.022815 0.380262 0.500286 0.112066 -0.002520 -0.888279 -0.622947 -1.097076 -1.068866 -1.703463 -1.544309 -1.876775 -0.959182 -0.810626 1.172704 -0.013235 0.094050 -1.357041 -1.161536 -0.729213 -0.398020 -1.200997 -0.156931 -0.036411 0.561563 0.999714 1.142983 0.288592 -0.330589 0.199783 0.605298 -0.086512 -0.187692 0.384576 0.223415 0.304824 -0.169014 0.162108 0.404042 -0.874481 -1.034901 -0.486998 -0.816365 -0.913314 -0.537037 -0.445279 0.069757 0.030999 -0.144466 -0.414855 -1.142888 -1.054370 -1.201316 -0.537052 0.021909 0.219952 0.080525 -0.072359 0.271558 0.015841 0.326649 -0.213466 0.264195 0.228067 -0.725337 -0.975449 -0.568921 -0.636747 -0.882053 -0.318602 -0.356772 -0.204122 0.215573 -0.245053 -0.164731 -1.016633 -1.019225 -1.039516 -0.393656 0.060074 0.351706 0.038033 -0.073009 -0.053518 0.052337 0.237416 -0.037249 -0.094465 0.124963 -1.223893 -1.094821 -0.432703 -0.831810 -0.940069 -0.584989 -0.586233 -0.453363 -0.152296 -0.184475 -0.439699 -0.812107 -0.948428 -1.025818 -0.618158 0.067137 0.360092 0.001993 -0.053059 -0.008929 0.095825 0.213751 -0.124661 -0.061271 0.173227 -1.074221 -1.001244 -0.281718 -0.782814 -0.863481 -0.545113 -0.570996 -0.546525 -0.120554 -0.177443 -0.544162 -0.640541 -0.904076 -0.904126 -0.559226 0.066216 0.466665 0.185491 0.037271 0.197591 0.202677 0.340086 0.106001 0.053912 0.096903 -1.058079 -0.980892 -0.376667 -0.779679 -0.938460 -0.564101 -0.414646 -0.358363 -0.180731 -0.289004 -0.405055 -0.839471 -1.010717 -1.156062 -0.547953 -0.071538 -0.003199 0.079639 -0.167329 -0.274268 -0.250608 0.264287 0.050976 -0.134109 0.028170 -1.138619 -1.005627 -0.593107 -0.774380 -0.878514 -0.544097 -0.652445 -0.731700 -0.057380 -0.076515 -0.350691 -0.733548 -0.898037 -0.573022 -0.555180 -0.169628 -0.014803 0.000488 0.673472 0.956279 1.430041 0.973106 1.043998 1.391277 0.991329 -0.642273 -0.551781 -0.673298 -0.587961 -0.575969 0.350981 0.075129 0.368336 -0.282430 -1.176587 -0.552269 -0.653674 -1.365715 -1.608369 -0.459102 0.176767 -0.555022 0.073389 0.139369 0.287701 0.297067 0.258268 0.128302 0.895110 0.208793 -0.702101 -0.855721 -0.735548 -0.626574 -0.770336 -0.194364 -0.258812 -0.260445 -0.111859 -1.362359 -0.537148 -0.621621 -1.280464 -1.242904 -0.523976 196 CTA/TAG TCA/TGA TTA/TAA TCT/AGA GAG/CTC GGG/CCC GGC/GCC ACT/AGT CAC/GTG CAT/ATG CAG/CTG CCA/TGG CGA/TCG ATA/TAT CGG/CCG CGC/GCG CGT/ACG CAA/TTG GGA/TCC CTT/AAG GAT/ATC GGT/ACC GTA/TAC GCT/AGC GTT/AAC GTC/GAC GCC/GGC CCC/GGG CTC/GAG AGA/TCT AGG/CCT TTC/GAA AAT/ATT TAG/CTA TAA/TTA TGA/TCA TGC/GCA TTT/AAA TGT/ACA -0.178523 -0.086222 0.059113 -0.235646 0.003033 0.348516 -0.002816 -0.025213 1.096789 0.833963 0.530644 0.858161 1.315743 1.101156 0.776141 0.179795 0.540256 0.322489 0.989818 0.418670 0.413460 0.325178 0.594052 0.197915 0.067972 -0.096086 0.002816 -0.348516 -0.003033 0.235646 0.245114 0.156625 0.026338 0.178523 -0.059113 0.086222 0.606645 0.014930 0.437382 -0.253448 -0.264826 -0.040924 -0.122831 0.067112 0.328423 0.043297 0.021558 1.091144 0.807505 0.509097 0.849204 1.259805 1.097076 0.681852 0.237578 0.595529 0.286278 0.852888 0.216045 0.345944 0.392194 0.639184 0.370165 0.252373 -0.180667 -0.043297 -0.328423 -0.067112 0.122831 0.066971 0.128427 -0.022672 0.253448 0.040924 0.264826 0.773822 0.075150 0.562629 -0.072093 0.089598 0.027351 -0.028936 0.264606 -0.246815 -0.345316 0.150034 0.901193 0.932514 0.652947 1.235197 1.517375 0.949154 0.792506 0.569967 1.316564 0.255792 0.357660 1.138580 0.823465 0.844101 1.210926 1.156652 1.156081 0.142031 0.345316 0.246815 -0.264606 0.028936 0.069743 -0.320006 0.035627 0.072093 -0.027351 -0.089598 0.353690 -0.150864 0.184768 -0.083031 0.238253 0.096346 -0.081535 0.489100 0.022792 -0.453729 0.008784 0.871040 1.131346 0.619014 1.242256 1.811204 0.863894 1.193438 0.528704 1.419220 0.055168 0.591011 1.492504 1.034857 0.798103 1.344524 1.043908 1.441233 0.146986 0.453729 -0.022792 -0.489100 0.081535 0.164715 -0.361160 0.003841 0.083031 -0.096346 -0.238253 0.439938 0.058562 0.149548 -0.060714 0.195476 0.067021 -0.034926 0.459817 -0.128199 -0.406439 0.075364 0.893596 0.971929 0.696087 1.310235 1.756090 0.946345 0.953316 0.522635 1.489558 0.137776 0.545170 1.349451 0.885834 0.905581 1.328726 1.186030 1.395634 0.178054 0.406439 0.128199 -0.459817 0.034926 0.088662 -0.402777 0.013020 0.060714 -0.067021 -0.195476 0.362115 0.027857 0.167027 -0.199708 0.420470 0.011584 -0.079410 -0.340139 0.253967 0.105409 0.175790 0.864307 1.067157 0.867061 1.257165 1.103585 0.684189 0.904013 -0.212879 -0.214238 0.277387 0.835324 1.526251 1.227141 1.245168 1.262260 1.405607 1.475190 0.309371 -0.105409 -0.253967 0.340139 0.079410 0.022815 -0.380262 -0.112066 0.199708 -0.011584 -0.420470 -0.500286 0.295206 -0.066173 -0.214714 0.233396 -0.075956 0.012354 -0.091574 -0.028135 0.856330 0.002520 1.161536 1.357041 0.729213 1.200997 0.398020 0.013235 -1.172704 -0.094050 0.888279 0.810626 0.959182 0.622947 1.544309 1.703463 1.876775 1.068866 1.097076 0.156931 -0.856330 0.028135 0.091574 -0.012354 -0.999714 -1.142983 0.330589 0.214714 0.075956 -0.233396 -0.288592 -0.561563 0.036411 -1.060277 -1.107658 -1.479037 -0.918347 -0.477343 -0.264777 -0.109349 -0.199783 0.913314 0.816365 0.537037 -0.069757 0.445279 1.034901 0.874481 0.486998 -0.605298 -0.404042 -0.162108 0.086512 -0.304824 -0.223415 0.169014 -0.384576 0.187692 -0.030999 0.109349 0.264777 0.477343 0.918347 1.142888 1.054370 0.537052 1.060277 1.479037 1.107658 1.201316 0.414855 0.144466 197 -0.952245 -1.032755 -1.537368 -0.757386 -0.318918 -0.250394 0.044753 -0.021909 0.882053 0.636747 0.318602 0.204122 0.356772 0.975449 0.725337 0.568921 -0.219952 -0.228067 -0.264195 -0.080525 -0.326649 -0.015841 0.213466 -0.271558 0.072359 -0.215573 -0.044753 0.250394 0.318918 0.757386 1.016633 1.019225 0.393656 0.952245 1.537368 1.032755 1.039516 0.164731 0.245053 -0.562467 -0.785208 -1.163485 -0.816570 -0.486815 -0.560567 -0.134023 -0.060074 0.940069 0.831810 0.584989 0.453363 0.586233 1.094821 1.223893 0.432703 -0.351706 -0.124963 0.094465 -0.038033 -0.237416 -0.052337 0.037249 0.053518 0.073009 0.152296 0.134023 0.560567 0.486815 0.816570 0.812107 0.948428 0.618158 0.562467 1.163485 0.785208 1.025818 0.439699 0.184475 -0.514222 -0.776766 -1.021619 -0.673426 -0.467082 -0.539352 -0.110252 -0.067137 0.863481 0.782814 0.545113 0.546525 0.570996 1.001244 1.074221 0.281718 -0.360092 -0.173227 0.061271 -0.001993 -0.213751 -0.095825 0.124661 0.008929 0.053059 0.120554 0.110252 0.539352 0.467082 0.673426 0.640541 0.904076 0.559226 0.514222 1.021619 0.776766 0.904126 0.544162 0.177443 -0.601484 -0.877039 -1.215927 -0.802912 -0.483851 -0.562593 -0.083016 -0.066216 0.938460 0.779679 0.564101 0.358363 0.414646 0.980892 1.058079 0.376667 -0.466665 -0.096903 -0.053912 -0.185491 -0.340086 -0.202677 -0.106001 -0.197591 -0.037271 0.180731 0.083016 0.562593 0.483851 0.802912 0.839471 1.010717 0.547953 0.601484 1.215927 0.877039 1.156062 0.405055 0.289004 -0.670085 -0.682162 -1.164770 -0.605030 -0.635413 -0.433499 -0.172715 0.071538 0.878514 0.774380 0.544097 0.731700 0.652445 1.005627 1.138619 0.593107 0.003199 -0.028170 0.134109 -0.079639 -0.264287 0.250608 -0.050976 0.274268 0.167329 0.057380 0.172715 0.433499 0.635413 0.605030 0.733548 0.898037 0.555180 0.670085 1.164770 0.682162 0.573022 0.350691 0.076515 -1.011857 -1.245677 -2.228969 -0.406537 -1.044740 -0.855339 -0.483071 0.169628 0.575969 0.587961 -0.350981 -0.368336 -0.075129 0.551781 0.642273 0.673298 0.014803 -0.991329 -1.391277 -0.000488 -0.973106 -1.430041 -1.043998 -0.956279 -0.673472 0.282430 0.483071 0.855339 1.044740 0.406537 0.653674 1.365715 0.459102 1.011857 2.228969 1.245677 1.608369 0.552269 1.176587 -0.606457 -1.330234 -1.453172 -0.116090 -0.693338 -0.795746 -0.358014 -0.176767 0.770336 0.626574 0.194364 0.260445 0.258812 0.855721 0.702101 0.735548 0.555022 -0.208793 -0.895110 -0.073389 -0.258268 -0.297067 -0.128302 -0.287701 -0.139369 0.111859 0.358014 0.795746 0.693338 0.116090 0.621621 1.280464 0.523976 0.606457 1.453172 1.330234 1.242904 0.537148 1.362359 Bảng phụ 17 Các giá trị bi(T/T BSĐN) trung bình nhóm I Hình 5.25, trang 198-199 T/rimer/Trimer BSĐN NST (I) NST (I) NST (I) NST (I) NST (I) CCC/GGG CAG/CTG AAT/ATT AAC/GTT ACG/CGT ACT/AGT CCT/AGG CCA/TGG ATG/CAT AAA/TTT GAC/GTC ACA/TGT CCG/CGG AAG/CTT GCG/CGC GAA/TTC GAG/CTC GCA/TGC CTA/TAG TTA/TAA TCA/TGA TCG/CGA GCT/AGC GAT/ATC GGT/ACC GTG/CAC GCC/GGC TAC/GTA TCC/GGA TAT/ATA TCT/AGA TTG/CAA CAA/TTG AGA/TCT ATA/TAT CTG/CAG ATT/AAT CGT/ACG 0.097441 -0.052014 0.049757 0.189259 0.299217 0.132504 0.337389 0.525536 0.611687 0.365215 0.306753 0.863822 0.540729 0.965647 0.488872 0.694743 1.252805 1.033856 1.379970 1.737771 1.614021 0.791011 0.687074 0.480323 0.333262 0.524651 0.478039 0.182831 0.331683 -0.004934 0.261722 0.226318 -0.226318 -0.261722 0.004934 0.052014 -0.049757 -0.299217 0.156116 0.086156 0.074342 0.414157 0.427446 0.526806 0.126623 0.353292 0.630982 0.622443 0.604504 0.832160 0.714021 1.019658 0.616956 0.805680 1.037662 0.814116 1.529787 1.956907 1.909106 0.817813 0.665234 0.394514 0.351400 0.149724 0.279519 0.267376 0.365853 0.148007 0.106135 -0.000952 0.000952 -0.106135 -0.148007 -0.086156 -0.074342 -0.427446 0.006498 0.226373 0.061094 0.075076 0.047572 0.509212 0.364115 0.767666 0.603071 0.467551 0.478222 0.804805 0.650799 1.221665 0.578234 0.982233 1.211079 1.210716 1.571122 2.095150 1.734819 0.764615 0.936505 0.750983 0.731548 0.376394 0.312607 0.342826 0.271798 0.237276 -0.011480 0.087703 -0.087703 0.011480 -0.237276 -0.226373 -0.061094 -0.047572 -0.007913 0.052556 0.117691 0.006415 0.388564 0.235655 0.278764 0.447539 0.579661 0.459060 0.577333 0.987844 0.498993 0.805224 0.670960 0.815465 1.253205 1.233140 1.762117 2.156555 1.978382 0.918255 0.724612 0.830192 0.372504 0.397372 0.171224 0.226181 0.241959 0.192359 0.064398 0.203066 -0.203066 -0.064398 -0.192359 -0.052556 -0.117691 -0.388564 0.122916 -0.014284 0.111048 0.207881 0.478053 0.334127 0.209850 0.503652 0.504803 0.448151 0.585306 0.778009 0.668119 1.012123 0.693216 0.966783 1.160000 1.040045 1.662101 2.098076 1.826456 0.783227 0.571115 0.684602 0.444607 0.416862 0.226169 0.255655 0.188827 -0.038399 0.152099 0.065808 -0.065808 -0.152099 0.038399 0.014284 -0.111048 -0.478053 NST NST 10 NST (I) (I) (I) 0.043662 0.184625 0.102592 0.165725 0.204025 0.310433 0.354752 0.583340 0.468290 0.396330 0.484103 0.717876 0.498491 1.027701 0.582672 0.824440 1.093062 1.033301 1.572649 2.075737 1.752916 0.659971 0.547706 0.592006 0.316798 0.351466 0.206236 0.241603 0.232762 0.184630 0.104314 0.095050 -0.095050 -0.104314 -0.184630 -0.184625 -0.102592 -0.204025 -0.025869 0.080695 0.098290 -0.017020 0.236181 0.384321 0.239423 0.413068 0.539888 0.494752 0.528379 0.743974 0.584663 0.914952 0.523951 0.830988 1.068685 1.108214 1.615889 2.178783 1.779531 0.661582 0.630657 0.656152 0.441134 0.416848 0.144198 0.281656 0.151473 0.121298 0.082992 0.055487 -0.055487 -0.082992 -0.121298 -0.080695 -0.098290 -0.236181 0.040069 0.101700 0.076771 0.187691 0.240514 0.298501 0.236718 0.523871 0.491373 0.509469 0.574259 0.618823 0.674256 0.923237 0.584659 0.822964 1.029563 1.056038 1.593055 2.058691 1.827720 0.776337 0.608951 0.611286 0.628933 0.195919 0.177301 0.250665 0.146508 0.068465 -0.057402 -0.025777 0.025777 0.057402 -0.068465 -0.101700 -0.076771 -0.240514 198 NST (I) -0.055341 0.145770 0.180407 0.072860 0.196109 0.366645 0.307450 0.500000 0.529952 0.458366 0.625458 0.748744 0.648322 0.963163 0.630734 0.868176 1.164766 1.109121 1.723792 2.262003 1.911220 0.818260 0.755649 0.755753 0.536929 0.345089 0.195855 0.284618 0.183268 0.092159 0.017790 -0.044566 0.044566 -0.017790 -0.092159 -0.145770 -0.180407 -0.196109 NST NST 16 NST 15 NST 13 NST 14 NST 12 NST 11 (I) (I) (I) (I) (I) (I) (I) 0.100239 0.097812 0.087116 0.116111 0.232592 0.291890 0.341470 0.708326 0.495417 0.530996 0.673656 0.777259 0.617133 1.052707 0.605018 1.068881 1.212281 1.062128 1.713159 2.284817 1.878295 0.767021 0.777768 0.798288 0.579738 0.319299 0.159934 0.211013 0.149092 0.132078 0.003878 -0.025601 0.025601 -0.003878 -0.132078 -0.097812 -0.087116 -0.232592 0.065552 0.075047 0.123722 0.142333 0.204668 0.363920 0.287012 0.558283 0.513013 0.473897 0.597677 0.758396 0.651519 1.013844 0.635119 0.981815 1.265836 1.092246 1.771840 2.252806 1.927796 0.771165 0.682905 0.832747 0.642660 0.331088 0.205513 0.170260 0.205367 0.112854 -0.084846 0.025289 -0.025289 0.084846 -0.112854 -0.075047 -0.123722 -0.204668 0.053486 0.151817 0.112741 0.120565 0.286985 0.309720 0.338660 0.519300 0.447118 0.490330 0.572028 0.818478 0.669737 0.928918 0.634315 0.986201 1.162524 1.106940 1.697604 2.210408 1.920498 0.735248 0.700445 0.823977 0.489923 0.351474 0.188011 0.144754 0.143143 0.086771 0.085590 -0.046992 0.046992 -0.085590 -0.086771 -0.151817 -0.112741 -0.286985 0.032121 0.145928 0.273944 0.221473 0.246013 0.258777 0.284114 0.598600 0.455773 0.531494 0.664907 0.755582 0.652779 0.978925 0.578432 0.915312 1.151259 1.070831 1.677410 2.130847 1.899948 0.726897 0.669983 0.766005 0.543389 0.368341 0.164138 0.197555 0.201583 0.075635 -0.004880 -0.077825 0.077825 0.004880 -0.075635 -0.145928 -0.273944 -0.246013 0.086914 0.177114 0.164152 0.197985 0.285042 0.418729 0.338569 0.647196 0.533066 0.510031 0.574505 0.839451 0.686726 1.010327 0.548426 0.897254 1.139995 1.085908 1.717717 2.211684 1.916515 0.824153 0.609023 0.803568 0.513467 0.318506 0.185559 0.155756 0.218502 0.062801 0.128193 0.033820 -0.033820 -0.128193 -0.062801 -0.177114 -0.164152 -0.285042 0.113373 0.087275 0.019855 0.157840 0.261525 0.382369 0.357321 0.565104 0.455751 0.477686 0.552326 0.701483 0.625124 0.963942 0.597668 0.881560 1.198813 1.095103 1.704977 2.202500 1.841244 0.787036 0.669477 0.627424 0.493782 0.248479 0.195807 0.245501 0.293659 0.051335 -0.027559 0.015715 -0.015715 0.027559 -0.051335 -0.087275 -0.019855 -0.261525 0.152029 0.072572 0.160964 0.189545 0.197222 0.320679 0.289242 0.649465 0.539904 0.557273 0.616285 0.856237 0.761501 1.027413 0.486217 0.898544 1.336147 1.226560 1.756242 2.233470 2.010199 0.880534 0.615762 0.910290 0.510043 0.364865 0.181372 0.140372 0.254668 0.049346 0.174534 -0.094953 0.094953 -0.174534 -0.049346 -0.072572 -0.160964 -0.197222 AGT/ACT CAC/GTG ACC/GGT AGG/CCT CAT/ATG ATC/GAT AGC/GCT CGA/TCG CGG/CCG CTT/AAG CGC/GCG CTC/GAG TGC/GCA TAA/TTA TAG/CTA TGA/TCA TTC/GAA TGT/ACA GTC/GAC TTT/AAA TGG/CCA GGC/GCC GGA/TCC GTA/TAC GTT/AAC GGG/CCC -0.132504 -0.524651 -0.333262 -0.337389 -0.611687 -0.480323 -0.687074 -0.791011 -0.540729 -0.965647 -0.488872 -1.252805 -1.033856 -1.737771 -1.379970 -1.614021 -0.694743 -0.863822 -0.306753 -0.365215 -0.525536 -0.478039 -0.331683 -0.182831 -0.189259 -0.097441 -0.526806 -0.149724 -0.351400 -0.126623 -0.630982 -0.394514 -0.665234 -0.817813 -0.714021 -1.019658 -0.616956 -1.037662 -0.814116 -1.956907 -1.529787 -1.909106 -0.805680 -0.832160 -0.604504 -0.622443 -0.353292 -0.279519 -0.365853 -0.267376 -0.414157 -0.156116 -0.509212 -0.376394 -0.731548 -0.364115 -0.603071 -0.750983 -0.936505 -0.764615 -0.650799 -1.221665 -0.578234 -1.211079 -1.210716 -2.095150 -1.571122 -1.734819 -0.982233 -0.804805 -0.478222 -0.467551 -0.767666 -0.312607 -0.271798 -0.342826 -0.075076 -0.006498 -0.235655 -0.397372 -0.372504 -0.278764 -0.579661 -0.830192 -0.724612 -0.918255 -0.498993 -0.805224 -0.670960 -1.253205 -1.233140 -2.156555 -1.762117 -1.978382 -0.815465 -0.987844 -0.577333 -0.459060 -0.447539 -0.171224 -0.241959 -0.226181 -0.006415 0.007913 -0.334127 -0.416862 -0.444607 -0.209850 -0.504803 -0.684602 -0.571115 -0.783227 -0.668119 -1.012123 -0.693216 -1.160000 -1.040045 -2.098076 -1.662101 -1.826456 -0.966783 -0.778009 -0.585306 -0.448151 -0.503652 -0.226169 -0.188827 -0.255655 -0.207881 -0.122916 -0.310433 -0.351466 -0.316798 -0.354752 -0.468290 -0.592006 -0.547706 -0.659971 -0.498491 -1.027701 -0.582672 -1.093062 -1.033301 -2.075737 -1.572649 -1.752916 -0.824440 -0.717876 -0.484103 -0.396330 -0.583340 -0.206236 -0.232762 -0.241603 -0.165725 -0.043662 -0.384321 -0.416848 -0.441134 -0.239423 -0.539888 -0.656152 -0.630657 -0.661582 -0.584663 -0.914952 -0.523951 -1.068685 -1.108214 -2.178783 -1.615889 -1.779531 -0.830988 -0.743974 -0.528379 -0.494752 -0.413068 -0.144198 -0.151473 -0.281656 0.017020 0.025869 -0.298501 -0.195919 -0.628933 -0.236718 -0.491373 -0.611286 -0.608951 -0.776337 -0.674256 -0.923237 -0.584659 -1.029563 -1.056038 -2.058691 -1.593055 -1.827720 -0.822964 -0.618823 -0.574259 -0.509469 -0.523871 -0.177301 -0.146508 -0.250665 -0.187691 -0.040069 199 -0.366645 -0.345089 -0.536929 -0.307450 -0.529952 -0.755753 -0.755649 -0.818260 -0.648322 -0.963163 -0.630734 -1.164766 -1.109121 -2.262003 -1.723792 -1.911220 -0.868176 -0.748744 -0.625458 -0.458366 -0.500000 -0.195855 -0.183268 -0.284618 -0.072860 0.055341 -0.291890 -0.319299 -0.579738 -0.341470 -0.495417 -0.798288 -0.777768 -0.767021 -0.617133 -1.052707 -0.605018 -1.212281 -1.062128 -2.284817 -1.713159 -1.878295 -1.068881 -0.777259 -0.673656 -0.530996 -0.708326 -0.159934 -0.149092 -0.211013 -0.116111 -0.100239 -0.363920 -0.331088 -0.642660 -0.287012 -0.513013 -0.832747 -0.682905 -0.771165 -0.651519 -1.013844 -0.635119 -1.265836 -1.092246 -2.252806 -1.771840 -1.927796 -0.981815 -0.758396 -0.597677 -0.473897 -0.558283 -0.205513 -0.205367 -0.170260 -0.142333 -0.065552 -0.309720 -0.351474 -0.489923 -0.338660 -0.447118 -0.823977 -0.700445 -0.735248 -0.669737 -0.928918 -0.634315 -1.162524 -1.106940 -2.210408 -1.697604 -1.920498 -0.986201 -0.818478 -0.572028 -0.490330 -0.519300 -0.188011 -0.143143 -0.144754 -0.120565 -0.053486 -0.258777 -0.368341 -0.543389 -0.284114 -0.455773 -0.766005 -0.669983 -0.726897 -0.652779 -0.978925 -0.578432 -1.151259 -1.070831 -2.130847 -1.677410 -1.899948 -0.915312 -0.755582 -0.664907 -0.531494 -0.598600 -0.164138 -0.201583 -0.197555 -0.221473 -0.032121 -0.418729 -0.318506 -0.513467 -0.338569 -0.533066 -0.803568 -0.609023 -0.824153 -0.686726 -1.010327 -0.548426 -1.139995 -1.085908 -2.211684 -1.717717 -1.916515 -0.897254 -0.839451 -0.574505 -0.510031 -0.647196 -0.185559 -0.218502 -0.155756 -0.197985 -0.086914 -0.382369 -0.248479 -0.493782 -0.357321 -0.455751 -0.627424 -0.669477 -0.787036 -0.625124 -0.963942 -0.597668 -1.198813 -1.095103 -2.202500 -1.704977 -1.841244 -0.881560 -0.701483 -0.552326 -0.477686 -0.565104 -0.195807 -0.293659 -0.245501 -0.157840 -0.113373 -0.320679 -0.364865 -0.510043 -0.289242 -0.539904 -0.910290 -0.615762 -0.880534 -0.761501 -1.027413 -0.486217 -1.336147 -1.226560 -2.233470 -1.756242 -2.010199 -0.898544 -0.856237 -0.616285 -0.557273 -0.649465 -0.181372 -0.254668 -0.140372 -0.189545 -0.152029 Bảng phụ 18 Các giá trị bi(T/T BSĐN) trung bình nhóm II Hình 5.25, trang 200-201 T/rimer/Trimer BSĐN NST 10 NST 11 NST 12 NST 14 NST 13 NST 16 NST NST 15 NST (II) (II) (II) (II) (II) (II) (II) (II) (II) CCC/GGG CAG/CTG AAT/ATT AAC/GTT ACG/CGT ACT/AGT CCT/AGG CCA/TGG ATG/CAT AAA/TTT GAC/GTC ACA/TGT CCG/CGG AAG/CTT GCG/CGC GAA/TTC GAG/CTC GCA/TGC CTA/TAG TTA/TAA TCA/TGA TCG/CGA GCT/AGC GAT/ATC GGT/ACC GTG/CAC GCC/GGC TAC/GTA TCC/GGA TAT/ATA TCT/AGA TTG/CAA CAA/TTG AGA/TCT ATA/TAT CTG/CAG ATT/AAT CGT/ACG -0.157121 -0.083603 -0.061912 -0.149824 -0.379494 -0.354448 -0.460871 -0.527416 -0.483233 -0.376634 -0.642711 -0.793422 -0.574756 -1.000559 -0.715925 -0.839568 -1.138897 -1.083601 -1.777251 -2.334346 -1.977737 -0.872557 -0.707994 -0.733990 -0.442597 -0.448130 -0.244480 -0.358314 -0.270708 -0.132247 -0.182887 0.014732 -0.014732 0.182887 0.132247 0.083603 0.061912 0.379494 -0.016995 -0.216577 -0.026135 -0.260858 -0.312813 -0.367486 -0.197974 -0.452960 -0.534072 -0.596674 -0.710499 -0.726192 -0.685305 -1.093874 -0.631171 -1.011675 -1.289524 -1.070500 -1.708860 -2.241942 -1.968615 -0.768884 -0.661386 -0.845697 -0.591390 -0.310277 -0.103508 -0.178388 -0.121079 -0.046468 0.017558 0.041634 -0.041634 -0.017558 0.046468 0.216577 0.026135 0.312813 -0.119800 -0.100229 -0.133046 -0.137117 -0.322051 -0.421932 -0.376247 -0.501380 -0.615982 -0.572209 -0.585716 -0.813881 -0.609541 -0.978026 -0.599997 -0.843092 -1.118229 -0.952071 -1.718174 -2.186375 -1.881780 -0.742296 -0.702614 -0.661571 -0.483347 -0.324366 -0.187387 -0.287814 -0.230205 -0.065726 0.000702 -0.021400 0.021400 -0.000702 0.065726 0.100229 0.133046 0.322051 -0.053722 -0.131254 -0.137705 -0.140254 -0.209196 -0.266885 -0.271196 -0.587479 -0.516597 -0.535572 -0.576189 -0.871118 -0.708420 -0.978120 -0.550837 -0.943302 -1.251549 -1.156182 -1.730762 -2.164842 -1.763360 -0.802545 -0.644466 -0.750672 -0.572032 -0.352580 -0.108583 -0.102337 -0.107661 -0.061846 -0.031165 0.045666 -0.045666 0.031165 0.061846 0.131254 0.137705 0.209196 -0.062777 -0.131294 -0.217471 -0.109582 -0.238242 -0.306664 -0.367890 -0.566832 -0.439963 -0.533428 -0.692329 -0.840700 -0.626354 -1.006120 -0.597515 -0.902424 -1.247038 -1.150069 -1.799380 -2.276611 -1.932833 -0.827302 -0.658203 -0.789345 -0.484247 -0.351003 -0.122455 -0.219327 -0.243054 -0.090320 0.037351 0.015257 -0.015257 -0.037351 0.090320 0.131294 0.217471 0.238242 0.040425 -0.170320 -0.198449 -0.160838 -0.431686 -0.291698 -0.298848 -0.557834 -0.428370 -0.494897 -0.626629 -0.837723 -0.657934 -0.967697 -0.580408 -0.998083 -1.225339 -1.148108 -1.790261 -2.268465 -1.887617 -0.816645 -0.653477 -0.867891 -0.548641 -0.334014 -0.160852 -0.164534 -0.111547 -0.094900 -0.058036 0.060565 -0.060565 0.058036 0.094900 0.170320 0.198449 0.431686 -0.049643 -0.186635 -0.212352 -0.196137 -0.299692 -0.323894 -0.342763 -0.508754 -0.425644 -0.544300 -0.598458 -0.809209 -0.708394 -0.995628 -0.601686 -0.997489 -1.257814 -1.196972 -1.736260 -2.248124 -1.949667 -0.754230 -0.634713 -0.924819 -0.542496 -0.285517 -0.134408 -0.126740 -0.117474 -0.090947 0.016405 0.020365 -0.020365 -0.016405 0.090947 0.186635 0.212352 0.299692 -0.105006 -0.021279 -0.077507 -0.086093 -0.307054 -0.340264 -0.340026 -0.543057 -0.416722 -0.488068 -0.438825 -0.802717 -0.675502 -0.983833 -0.659658 -0.885332 -1.202412 -1.170811 -1.667119 -2.220284 -1.798648 -0.802809 -0.725129 -0.764781 -0.591241 -0.371995 -0.234942 -0.130142 -0.197266 -0.051657 -0.040040 -0.067212 0.067212 0.040040 0.051657 0.021279 0.077507 0.307054 200 -0.107015 -0.128238 -0.086411 -0.153227 -0.251272 -0.371288 -0.317683 -0.589014 -0.471990 -0.512032 -0.591176 -0.786875 -0.596675 -1.034299 -0.658723 -0.943879 -1.197784 -1.177549 -1.660248 -2.229752 -1.813774 -0.845970 -0.810305 -0.745918 -0.629803 -0.340346 -0.247665 -0.236512 -0.333887 -0.113383 -0.007077 0.005707 -0.005707 0.007077 0.113383 0.128238 0.086411 0.251272 NST (II) NST (II) NST (II) NST (II) NST (II) NST (II) NST (II) 0.002209 -0.097010 -0.132703 -0.083060 -0.236166 -0.394817 -0.349257 -0.503302 -0.515114 -0.539476 -0.605868 -0.813191 -0.677146 -1.116592 -0.711144 -0.950122 -1.181788 -1.121152 -1.740942 -2.263333 -1.937972 -0.819610 -0.754807 -0.785103 -0.654206 -0.350741 -0.300822 -0.241090 -0.338176 -0.193948 -0.012600 -0.050495 0.050495 0.012600 0.193948 0.097010 0.132703 0.236166 -0.137111 -0.072292 -0.024437 -0.259841 -0.320402 -0.385796 -0.355199 -0.664070 -0.534802 -0.429599 -0.501228 -0.601363 -0.624899 -0.998406 -0.625217 -0.810295 -1.118454 -1.107573 -1.598466 -2.066747 -1.842452 -0.761662 -0.710199 -0.713925 -0.502795 -0.324367 -0.197367 -0.171430 -0.210167 -0.133862 0.028167 0.026464 -0.026464 -0.028167 0.133862 0.072292 0.024437 0.320402 -0.016931 -0.190863 -0.085621 -0.105773 -0.078690 -0.423468 -0.369297 -0.521999 -0.576979 -0.471370 -0.574647 -0.700039 -0.559975 -1.123855 -0.673902 -0.807324 -1.282826 -1.113632 -1.707793 -2.232536 -1.868729 -0.779655 -0.729400 -0.772850 -0.661790 -0.322093 -0.093680 -0.140157 -0.142748 -0.230476 -0.052004 0.013132 -0.013132 0.052004 0.230476 0.190863 0.085621 0.078690 -0.006706 -0.114978 -0.091511 -0.308981 -0.366176 -0.368020 -0.345986 -0.457739 -0.604580 -0.478106 -0.593937 -0.992579 -0.531749 -0.969745 -0.563288 -0.792345 -1.281091 -1.183239 -1.686643 -2.147086 -1.875842 -1.020158 -0.586391 -0.610637 -0.582613 -0.615348 -0.270398 -0.239914 -0.279990 -0.231549 -0.093528 -0.026505 0.026505 0.093528 0.231549 0.114978 0.091511 0.366176 -0.178682 -0.012008 -0.044608 -0.033584 -0.267959 -0.479779 -0.351217 -0.268982 -0.657526 -0.315955 -0.504634 -0.564144 -0.571050 -0.938216 -0.527213 -0.706438 -0.974859 -1.121218 -1.564727 -1.947499 -1.529138 -0.962848 -0.643958 -0.536812 -0.470079 -0.389937 -0.298128 -0.164068 -0.200405 -0.164260 0.111660 -0.178811 0.178811 -0.111660 0.164260 0.012008 0.044608 0.267959 -0.111444 -0.215990 -0.006379 -0.286300 -0.250465 -0.472397 -0.213690 -0.480904 -0.541961 -0.360602 -0.533367 -0.654076 -0.410394 -1.205385 -0.571368 -0.890013 -1.124510 -1.072843 -1.482903 -1.701363 -1.461070 -0.734254 -0.654481 -0.674356 -0.415234 -0.335171 -0.344416 -0.286339 -0.110991 -0.333267 -0.046831 -0.072954 0.072954 0.046831 0.333267 0.215990 0.006379 0.250465 -0.041273 0.027464 -0.005313 -0.165340 -0.281658 -0.541079 -0.387692 -0.424749 -0.702636 -0.435196 -0.530616 -0.861681 -0.573819 -1.220845 -0.618257 -0.769495 -1.072805 -1.179192 -1.839772 -2.128384 -1.958461 -1.047065 -0.663447 -0.508331 -0.209835 -0.333610 -0.348707 -0.756280 -0.655063 -0.063042 -0.222597 0.132696 -0.132696 0.222597 0.063042 -0.027464 0.005313 0.281658 AGT/ACT CAC/GTG ACC/GGT AGG/CCT CAT/ATG ATC/GAT AGC/GCT CGA/TCG CGG/CCG CTT/AAG CGC/GCG CTC/GAG TGC/GCA TAA/TTA TAG/CTA TGA/TCA TTC/GAA TGT/ACA GTC/GAC TTT/AAA TGG/CCA GGC/GCC GGA/TCC GTA/TAC GTT/AAC GGG/CCC 0.354448 0.448130 0.442597 0.460871 0.483233 0.733990 0.707994 0.872557 0.574756 1.000559 0.715925 1.138897 1.083601 2.334346 1.777251 1.977737 0.839568 0.793422 0.642711 0.376634 0.527416 0.244480 0.270708 0.358314 0.149824 0.157121 0.367486 0.310277 0.591390 0.197974 0.534072 0.845697 0.661386 0.768884 0.685305 1.093874 0.631171 1.289524 1.070500 2.241942 1.708860 1.968615 1.011675 0.726192 0.710499 0.596674 0.452960 0.103508 0.121079 0.178388 0.260858 0.016995 0.421932 0.324366 0.483347 0.376247 0.615982 0.661571 0.702614 0.742296 0.609541 0.978026 0.599997 1.118229 0.952071 2.186375 1.718174 1.881780 0.843092 0.813881 0.585716 0.572209 0.501380 0.187387 0.230205 0.287814 0.137117 0.119800 0.266885 0.352580 0.572032 0.271196 0.516597 0.750672 0.644466 0.802545 0.708420 0.978120 0.550837 1.251549 1.156182 2.164842 1.730762 1.763360 0.943302 0.871118 0.576189 0.535572 0.587479 0.108583 0.107661 0.102337 0.140254 0.053722 0.306664 0.351003 0.484247 0.367890 0.439963 0.789345 0.658203 0.827302 0.626354 1.006120 0.597515 1.247038 1.150069 2.276611 1.799380 1.932833 0.902424 0.840700 0.692329 0.533428 0.566832 0.122455 0.243054 0.219327 0.109582 0.062777 0.291698 0.334014 0.548641 0.298848 0.428370 0.867891 0.653477 0.816645 0.657934 0.967697 0.580408 1.225339 1.148108 2.268465 1.790261 1.887617 0.998083 0.837723 0.626629 0.494897 0.557834 0.160852 0.111547 0.164534 0.160838 -0.040425 0.323894 0.285517 0.542496 0.342763 0.425644 0.924819 0.634713 0.754230 0.708394 0.995628 0.601686 1.257814 1.196972 2.248124 1.736260 1.949667 0.997489 0.809209 0.598458 0.544300 0.508754 0.134408 0.117474 0.126740 0.196137 0.049643 0.340264 0.371995 0.591241 0.340026 0.416722 0.764781 0.725129 0.802809 0.675502 0.983833 0.659658 1.202412 1.170811 2.220284 1.667119 1.798648 0.885332 0.802717 0.438825 0.488068 0.543057 0.234942 0.197266 0.130142 0.086093 0.105006 201 0.371288 0.340346 0.629803 0.317683 0.471990 0.745918 0.810305 0.845970 0.596675 1.034299 0.658723 1.197784 1.177549 2.229752 1.660248 1.813774 0.943879 0.786875 0.591176 0.512032 0.589014 0.247665 0.333887 0.236512 0.153227 0.107015 0.394817 0.350741 0.654206 0.349257 0.515114 0.785103 0.754807 0.819610 0.677146 1.116592 0.711144 1.181788 1.121152 2.263333 1.740942 1.937972 0.950122 0.813191 0.605868 0.539476 0.503302 0.300822 0.338176 0.241090 0.083060 -0.002209 0.385796 0.324367 0.502795 0.355199 0.534802 0.713925 0.710199 0.761662 0.624899 0.998406 0.625217 1.118454 1.107573 2.066747 1.598466 1.842452 0.810295 0.601363 0.501228 0.429599 0.664070 0.197367 0.210167 0.171430 0.259841 0.137111 0.423468 0.322093 0.661790 0.369297 0.576979 0.772850 0.729400 0.779655 0.559975 1.123855 0.673902 1.282826 1.113632 2.232536 1.707793 1.868729 0.807324 0.700039 0.574647 0.471370 0.521999 0.093680 0.142748 0.140157 0.105773 0.016931 0.368020 0.615348 0.582613 0.345986 0.604580 0.610637 0.586391 1.020158 0.531749 0.969745 0.563288 1.281091 1.183239 2.147086 1.686643 1.875842 0.792345 0.992579 0.593937 0.478106 0.457739 0.270398 0.279990 0.239914 0.308981 0.006706 0.479779 0.389937 0.470079 0.351217 0.657526 0.536812 0.643958 0.962848 0.571050 0.938216 0.527213 0.974859 1.121218 1.947499 1.564727 1.529138 0.706438 0.564144 0.504634 0.315955 0.268982 0.298128 0.200405 0.164068 0.033584 0.178682 0.472397 0.335171 0.415234 0.213690 0.541961 0.674356 0.654481 0.734254 0.410394 1.205385 0.571368 1.124510 1.072843 1.701363 1.482903 1.461070 0.890013 0.654076 0.533367 0.360602 0.480904 0.344416 0.110991 0.286339 0.286300 0.111444 0.541079 0.333610 0.209835 0.387692 0.702636 0.508331 0.663447 1.047065 0.573819 1.220845 0.618257 1.072805 1.179192 2.128384 1.839772 1.958461 0.769495 0.861681 0.530616 0.435196 0.424749 0.348707 0.655063 0.756280 0.165340 0.041273 Hình phụ 25 Đường cong tích lũy giá trị gán bi(T/T BSĐN) trung bình trình tự mang thơng tin mã hóa protein phân tử DNA nhiễm sắc thể vi khuẩn 202 Hình phụ 25 Đường cong tích lũy giá trị gán bi(T/T BSĐN) trung bình trình tự mang thơng tin mã hóa protein phân tử DNA nhiễm sắc thể vi khuẩn (tiếp theo) Các số hình vị trí bắt đầu kết thúc trình tự mang thơng tin mã hóa protein nằm gần vị trí khởi đầu chép (mũi tên màu đỏ) kết thúc chép (mũi tên màu xanh) theo Worning cộng [90] 203 Hình phụ 26 Đường cong tích lũy giá trị gán bi(T/T BSĐN) trung bình trình tự mang thơng tin mã hóa protein phân tử DNA nhiễm sắc thể S cerevisiae 204 Hình phụ 26 Đường cong tích lũy giá trị gán bi(T/T BSĐN) trung bình trình tự mang thơng tin mã hóa protein phân tử DNA nhiễm sắc thể S cerevisiae (tiếp theo) NST số từ đến 16 thích Hình 5.25 205 Hình phụ 27 Mật độ phân bố trimer mã hóa codon trình tự sense antisense hai replichore phân tử DNA nhiễm sắc thể B lata 383 Thứ tự trimer thuộc nhóm (a) giữ nguyên theo kết so sánh dãy giá trị bất đối xứng trimer (bi T/T BSĐN) trình tự mang thơng tin mã hóa protein phân tử DNA nhiễm sắc thể (kết so sánh khơng trình bày đây) Các trimer thuộc nhóm (b) trimer BSĐN (A) Nhiễm sắc thể (B) Nhiễm sắc thể (C) Nhiễm sắc thể NT1, T1, NT2 T2 thích Hình 5.31 Các replichore xác định theo vị trí khởi đầu vị trí kết thúc chép công bố Worning cộng [90] 206 Bảng phụ 19 bi(T/T BSĐN) trung bình nhóm (I) (II) Hình 5.35 Trimer/trimer BSĐN AAA/TTT AAC/GTT AAG/CTT AAT/ATT ACA/TGT ACC/GGT ACG/CGT ACT/AGT AGA/TCT AGC/GCT AGG/CCT AGT/ACT ATA/TAT ATC/GAT ATG/CAT ATT/AAT CAA/TTG CAC/GTG CAG/CTG CAT/ATG CCA/TGG CCC/GGG CCG/CGG CCT/AGG CGA/TCG CGC/GCG CGG/CCG CGT/ACG CTA/TAG CTC/GAG CTG/CAG CTT/AAG GAA/TTC GAC/GTC GAG/CTC GAT/ATC GCA/TGC GCC/GGC GCG/CGC GCT/AGC GGA/TCC GGC/GCC GGG/CCC GGT/ACC GTA/TAC GTC/GAC GTG/CAC GTT/AAC TAA/TTA TAC/GTA TAG/CTA TAT/ATA TCA/TGA TCC/GGA TCG/CGA TCT/AGA TGA/TCA TGC/GCA TGG/CCA TGT/ACA TTA/TAA TTC/GAA TTG/CAA TTT/AAA Mang thơng tin mã hóa protein (I) (II) -0.007870 -0.498722 0.193859 -0.212479 0.078405 -0.601989 -0.389234 -0.088361 0.059235 -0.370008 0.088009 0.090401 -0.093794 -0.359525 0.206507 -0.049173 0.034268 -0.627449 -0.300792 -0.073278 0.026926 -0.363373 -0.206507 0.049173 -0.275446 -0.079498 0.155191 0.228668 -0.075598 -0.302196 0.300792 0.088361 0.115744 -0.238085 0.145800 0.021454 -0.218302 -0.138164 0.247569 0.302196 0.150324 0.119109 0.095173 0.198073 0.111971 -0.022197 0.075598 0.363373 -0.032635 -0.324367 0.161861 0.011134 -0.095173 0.022197 0.007870 0.359525 0.336048 -0.160909 0.145265 0.337515 0.275446 0.138164 0.135184 0.601989 0.029469 -0.526677 -0.294000 -0.270907 -0.135184 -0.337515 -0.247569 -0.228668 -0.274919 -0.092589 0.344608 0.042818 -0.161861 -0.011134 0.294000 0.073278 -0.155191 -0.340610 -0.111971 -0.042818 -0.088009 -0.198073 -0.145800 -0.090401 -0.344608 0.159555 -0.059235 0.270907 -0.150324 -0.021454 -0.193859 0.212479 -0.378701 -0.095168 0.218302 -0.159555 -0.336048 0.160909 0.274919 0.079498 -0.026926 0.174558 0.032635 0.340610 0.093794 0.324367 -0.078405 0.627449 -0.145265 -0.174558 0.389234 0.092589 -0.124220 -0.119109 0.124220 0.370008 0.378701 0.095168 -0.034268 0.526677 -0.115744 0.238085 -0.029469 0.498722 207 Không mã hóa protein (I) (II) -0.093794 0.081410 0.059235 -0.099319 -0.155191 0.169661 -0.032635 0.091622 0.193859 -0.178921 0.206507 -0.255904 -0.075598 0.091403 0.095173 -0.118283 -0.145265 0.216160 0.034268 0.002900 -0.294000 0.374126 -0.095173 0.118283 0.026926 0.055427 0.218302 -0.256939 -0.300792 0.327984 0.032635 -0.091622 0.115744 -0.156164 0.344608 -0.362870 0.078405 0.018514 0.300792 -0.327984 0.336048 -0.335265 0.378701 -0.425651 0.088009 -0.219600 0.294000 -0.374126 -0.135184 0.102057 0.150324 -0.167177 -0.088009 0.219600 0.075598 -0.091403 0.111971 -0.141223 0.275446 -0.393108 -0.078405 -0.018514 0.155191 -0.169661 -0.247569 0.305183 -0.124220 0.099176 -0.275446 0.393108 -0.218302 0.256939 0.029469 0.061040 0.145800 -0.219584 -0.150324 0.167177 -0.034268 -0.002900 -0.389234 0.458421 -0.145800 0.219584 -0.378701 0.425651 -0.206507 0.255904 -0.161861 0.149312 0.124220 -0.099176 -0.344608 0.362870 -0.059235 0.099319 -0.007870 0.056525 0.161861 -0.149312 -0.111971 0.141223 -0.026926 -0.055427 0.274919 -0.321350 0.389234 -0.458421 0.135184 -0.102057 0.145265 -0.216160 -0.274919 0.321350 -0.029469 -0.061040 -0.336048 0.335265 -0.193859 0.178921 0.007870 -0.056525 0.247569 -0.305183 -0.115744 0.156164 0.093794 -0.081410 Hình phụ 28 Sự chồng khít lên kết Hình 5.38 Hình 5.39 208 ... sp PCC6803 vào nhiễm sắc thể vi khuẩn B subtilis cách chèn toàn DNA nhiễm sắc thể Synechocystis vào điểm phân tử DNA nhiễm sắc thể Bacillus Thí nghiệm thành cơng phân tử DNA nhiễm sắc thể tạo thành... histone DNA sợi đơi Các hình màu đen-trắng hình ảnh DNA nhiễm sắc thể kính hiển điện tử vi truyền suốt [25] 10 2.4 SỰ SAO CHÉP DNA NHIỄM SẮC THỂ 2.4.1 Sự chép DNA nhiễm sắc thể tế bào vi khuẩn. .. dung 1: Nghiên cứu xếp oligomer phân tử DNA nhiễm sắc thể vi khuẩn nấm men Những tìm hiểu bước đầu xếp oligomer phân tử DNA nhiễm sắc thể bao gồm vi? ??c khảo sát mối quan hệ kích thước oligomer tính