Mô hình xác suất hiện diện đa loài cho quần xã chim kiếm ăn ở mặt đất ở khu vực trung trường sơn

LỜI CẢM ƠN Tôi xin cảm ơn Viện nghiên cứu Động vật hoang dã Leibniz hỗ trợ kinh phí, kỹ thuật hậu cần; tổ chức WWF – Việt Nam, tổ chức WWF – Lào, ban quản lý cán dự án CarBi, Vườn quốc gia Bạch Mã, Khu bảo tồn Sao la Quảng Nam, Khu bảo tồn Sao la Huế hỗ trợ cho đội khảo sát thực địa; Bộ Giáo dục Khoa học Cộng Hòa Liên Bang Đức hỗ trợ kinh phí kỹ thuật cho nghiên cứu (BMBF FKZ: 01LN1301A); Point Defiance Zoo & Aquarium, Safari Club International, Critical Ecosystem Partnership Fund tài trợ kinh phí cho dự án nghiên cứu Tơi chân thành cảm ơn TS Andreas Wilting, TS Trần Thị Anh Đào, TS Rahel Sollmann, Andrew Tilker, TS Jesse Abrams, TS Jürgen Niedballa, Tejas Bhagwat hỗ trợ kỹ thuật, cố vấn khoa học; hỗ trợ phân tích liệu góp ý hồn thiện luận văn; tất thành viên đội khảo sát, bao gồm Đặng Công Viên, Võ Văn Sáng, Nguyễn Đăng Trung, cán kiểm lâm người địa phương năm khu vực nghiên cứu tham gia làm việc điều kiện thực địa khó khăn TÓM TẮT Cảnh quan Trung Trường Sơn khu vực có mức độ đa dạng đặc hữu đặc biệt nhóm chim Sự đa dạng lồi chim Trung Trường Sơn chịu ảnh hưởng tiêu cực từ việc sinh cảnh khai thác mức Tình trạng săn bắt mối đe dọa phổ biến quần xã loài chim: loài chim thuộc Sẻ bị bắt để bán làm cảnh, loài thuộc Gà bị suy giảm tình trạng sử dụng bẫy dây phanh với quy mô lớn Mục tiêu trước tiên nghiên cứu đánh giá trạng loài chim kiếm ăn mặt đất khu vực Trung Trường Sơn, mục tiêu thứ hai tìm hiểu yếu tố ảnh hưởng đến phân bố loài mức độ cảnh quan Dữ liệu quần xã chim thu thập phương pháp bẫy ảnh theo hệ thống năm khu vực nghiên cứu thuộc Việt Nam Lào Để đánh giá yếu tố ảnh hưởng đến phân bố lồi chim, mơ hình xác suất diện quần xã xây dựng cho loài chim kiếm ăn mặt đất với kết hợp yếu tố người tự nhiên Các biến liên quan đến người gồm có khoảng cách đến đường gần nỗ lực tháo gỡ bẫy dây phanh Các biến tự nhiên bao gồm độ cao số thể chất lượng rừng trích xuất từ hình ảnh vệ tinh có chất lượng cao RapidEye® Hơn nữa, tham số ước lượng từ mơ hình xác suất diện quần xã sử dụng để dự đoán phân bố loài mức độ giàu loài cho toàn khu vực nghiên cứu Với tổng cộng 17,042 đêm bẫy ảnh 132 vị trí khảo sát, 21 lồi chim ghi nhận có 12 lồi chim kiếm ăn mặt đất đưa vào mô hình xác suất diện quần xã Trong bốn biến đưa vào mơ hình, độ cao có ảnh hưởng mạnh diện phần lớn loài 12 loài Ba loài cho thấy chúng xuất nhiều khu vực đất thấp, hai lồi ưu thích khu vực cao Lồi Trĩ Rheinardia ocellata, lồi chim sống đất có kích thước lớn biết đến lồi nhạy cảm với tình trạng bẫy bắt dây phanh, có phản ứng tích cực mạnh khu vực có nỗ lực gỡ bẫy dây phanh cao Ngồi loài Trĩ sao, nghiên cứu thất bại việc ghi nhận bốn lồi chim trĩ có kích thước lớn mà trước phân bố vực nghiên cứu, có lồi Gà lơi lam mào trắng Lophura edwardsi, loài đặc hữu nguy cấp Sự thất bại việc ghi nhận loài phản ánh quần thể chúng tuyệt chủng cục tuyệt chủng mặt chức Kết cho thấy khơng có nỗ lực gỡ bẫy dây phanh cách hiệu loài Trĩ tuyệt chủng cục lồi chim có kích thước lớn khác thuộc Galliformes cảnh quan Trung Trường Sơn Thêm nữa, kết nghiên cứu cịn cho thấy nhóm chim cụt có khả bị ảnh hướng gián tiếp từ việc săn bắt bẫy dây phanh thông qua tượng “mesopredator release” – gia tăng quần thể loài săn mồi bậc thấp Kết nghiên cứu giúp cập nhật thơng tin cho lồi chim kiếm ăn mặt đất khu vực Trung Trường Sơn Bản đồ độ giàu loài đồ phân bố loài khu vực nghiên cứu cung cấp thông tin cách trực quan cho hoạt động ngăn chặn săn bắt trái phép cung cấp liệu mức độ quần xã cho hoạt động giám sát biến động quần thể loài chim kiếm ăn mặt đất tương lai ABSTRACT The central Annamites landscape is an area of exceptional avian richness and endemism Avian diversity in the Annamites has been negatively impacted by both habitat loss and overharvesting Poaching is the most pervasive threat to the bird community: songbirds are caught to sell in local markets, and galliforms have been decimated through industrial snaring The objectives of this study are to first assess the status of the ground-foraging bird community in the central Annamites, and second, to understand the factors influencing their distribution at the landscape-scale Data on the bird community was collected using systematic camera trapping across five areas in Vietnam and Laos To assess factors that influence avian distribution, a community occupancy model was built for ground-foraging birds, incorporating both anthropogenic and environmental covariates Anthropogenic covariates included distance to nearest road and level of active snare removal efforts Environmental covariates included elevation and a measure of habitat quality derived from high-resolution RapidEye® satellite imagery Furthermore, the parameter estimates from the community occupancy model were used to predict species-specific distributions and species richness across the study areas In 17,042 camera trapping nights across 136 stations, at least 21 bird species were recorded 12 ground-foraging species were included in the community occupancy model Of the four covariates, elevation had the strongest influence on the occurrence of most of the 12 species Three species were found to occur more frequently in lowland areas, and two species were associated with higher elevations Crested argus Rheinardia ocellata, a large ground-dwelling galliform known to be sensitive to snaring, showed a strong positive response to areas with higher snare removal efforts Apart from the rare crested argus we failed to detect four other large galliforms that historically occurred in this area, including the Critically Endangered and endemic Edwards’s pheasant Lophura edwardsi Failure to record these species suggests their local extinction or at least functional extinction Thus without effective snare removal efforts, crested argus will follow other large galliforms in the landscape to local extirpation The results also suggest that pittas could potentially be indirectly impacted by snaring through mesopredator release mechanisms Overall, this study provides an updated account of ground-foraging avian diversity in the central Annamites The avian species richness map for these study sites provide a useful visualization to direct anti-poaching efforts and a community-level baseline to monitor ground-foraging avian community future population trends in the MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN ii TÓM TẮT iii ABSTRACT iv MỤC LỤC vi DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT viii DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ ix DANH MỤC CÁC BẢNG x MỞ ĐẦU CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN 1.1 Trung Trường Sơn suy giảm hệ động vật 1.2 Đối tượng nghiên cứu 1.2.1 Các loài chim trĩ 1.2.2 Các loài chim cụt 1.2.3 Các lồi chim khác kiếm ăn mặt đất 1.3 Khảo sát bẫy ảnh 13 1.4 Mơ hình xác suất diện 14 1.4.1 Mơ hình xác suất diện đơn lồi 16 1.4.2 Mơ hình xác suất diện quần xã / đa lồi 18 CHƯƠNG 2: PHƯƠNG PHÁP 21 2.1 Thời gian thực 21 2.2 Khu vực nghiên cứu 21 2.3 Dụng cụ nghiên cứu phần mềm 23 2.4 Thiết kế nghiên cứu 24 2.5 Đặt bẫy ảnh 25 2.6 Thu thập biến 26 2.7 Quản lý định danh hình ảnh từ bẫy ảnh 27 2.8 Phân tích xác suất diện quần xã 28 2.9 Giải đoán 31 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ 33 3.1 Danh lục loài xác suất diện loài chim kiếm ăn mặt đất 33 3.2 Ảnh hưởng biến đến loài chim kiếm ăn mặt đất 37 3.3 Các đồ dự đoán 39 CHƯƠNG 4: THẢO LUẬN 42 4.1 Danh lục loài trạng loài 42 4.2 Các yếu tố ảnh hưởng đến phân bố loài chim kiếm ăn mặt đất mức độ cảnh quan 47 4.3 Giải đoán 50 CHƯƠNG 5: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 51 5.1 Kết luận 51 5.2 Kiến nghị 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO 54 PHỤ LỤC 64 DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT BCI: Khoảng tin cậy Bayes CarBi: Carbon Đa dạng sinh học CI: Khoảng tin cậy CR: Cực kỳ nguy cấp EN: Nguy cấp GIS: Hệ thống thơng tin địa lý tồn cầu GPS: Hệ thống định vị toàn cầu IUCN: Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế KBT: Khu bảo tồn thiên nhiên KBTQG: Khu bảo tồn quốc gia Lào: Cộng hồ Dân chủ Nhân dân Lào LC: Ít quan tâm Leibniz-IZW: Viện nghiên cứu Động vật hoang dã Leibniz NT: Gần bị đe dọa PAO: Phần trăm diện tích lồi diện PFES: Dịch vụ chi trả môi trường rừng Sách đỏ IUCN: Danh lục đỏ IUCN loài bị đe dọa Việt Nam: Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam VQG: Vườn quốc gia VU: Dễ tổn thương WWF: Quỹ Quốc tế Bảo vệ Thiên nhiên DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ Hình 1.1: Số lượng báo năm đề cập đến cụm từ “occupancy model” “camera-trap” Google Scholar kể từ năm 2002 Hình 2.1: Vị trí điểm đặt bẫy ảnh năm khu vực nghiên cứu Trung Trường Sơn Hình 2.2: Các lớp biến sử dụng để thực giải đốn Hình 3.1: Mối tương quan xác suất diện loài với độ cao, chất lượng rừng, khoảng cách đến đường, mức độ bảo vệ Hình 3.2: Bản đồ giải đốn phân bố lồi Hình 3.3: Bản đồ giải đốn độ giàu lồi Mặc dù mơ hình xác suất diện trở thành phương pháp phân tích số liệu phổ biến giới nghiên cứu sinh thái học bảo tồn việc ứng dụng phương pháp hạn chế Việt Nam với nghiên cứu xuất tạp chí khoa học quốc tế [53] Với ưu điểm tính tốn “vắng mặt giả”, áp dụng cho nhiều đối tượng nghiên cứu khác nhau, áp dụng cho nhiều phương pháp thu thập liệu khác nên phương pháp phân tích mơ hình xác suất diện nên sử dụng rộng rãi nghiên cứu sinh thái bảo tồn Việt Nam Nghiên cứu nêu rõ cách phân tích để thấy ảnh hưởng yếu tố ảnh môi trường đến diện loài cách kết hợp mơ hình với liệu viễn thám/GIS để giải đốn phân bố lồi với mục đích định hướng hoạt động bảo tồn Những đồ thể độ giàu lồi từ phương pháp sử dụng kết hợp với chương trình PFES phát triển Việt Nam Một thách thức PFES Việt Nam đánh giá giá trị đa dạng sinh học rừng Hiện nay, giá trị đa dạng sinh học chương trình đánh giá thơng q độ che phủ rừng [34], [82], Việt Nam độ che phủ cao rừng không đồng nghĩa với giá trị bảo tồn đa dạng sinh học cao, đặc biệt nhiều khu rừng Việt Nam có thảm thực vật nguyên vẹn lại “khu rừng trống” kết săn bắt mức Bản đồ độ giàu lồi giải đốn từ mơ hình xác suất diện giúp bổ sung cho lỗ hổng cách phản ánh xác giá trị đa dạng sinh học khu rừng Việt Nam 55 TÀI LIỆU THAM KHẢO Abrams J.F., Axtner J., Bhagwat T., Mohamed A., Nguyen A., Niedballa J., Sollmann R., Tilker A., and Wilting A (2018), Studying terrestrial mammals in tropical rainforests A user’s guide for camera-trapping and environmental DNA, Leibniz Institute for Zoo and Wildlife Research, Berlin Ancrenaz M., Hearn A.J., Ross J., Sollman R., and Wilting A (2012), Handbook for wildlife monitoring using camera-traps, BBEC Publication, Kota Kinabalu Andrew Gelman and Shirley K (2011) Inference from Simulations and Monitoring Convergence Handbook of markov chain monte carlo 163–174 Anoop K.R and Hussain S.A (2004) Factors affecting habitat selection by smooth-coated otters (Lutra perspicillata) in Kerala, India Journal of Zoology, 263(4), pp 417–423 Baltzer M.C., Dao N.T., and Shore R (2001), Towards a vision for the biodiversity conservation in the forests of the lower Mekong ecoregion complex Summary of the biological assessment for the Ecoregion Biodiversity Conservation Program in the Forests of the Lower Mekong Ecoregion Complex, WWF Indochina/WWF-US, Hanoi and Washington D.C Bekker F (2017), Six monthly technical progress report July 2016 – December 2016, WWF Greater Mekong, Hanoi Benítez-López A., Alkemade R., Schipper A.M., Ingram D.J., Verweij P.A., Eikelboom J.A.J., and Huijbregts M.A.J (2017) The impact of hunting on tropical mammal and bird populations Science, 356(6334), pp 180–183 BirdLife International (2016) Lophura edwardsi The IUCN Red List of Threatened Species BirdLife International (2017) Pitta nympha The IUCN Red List of Threatened Species 10 BirdLife International (2016) Francolinus pintadeanus The IUCN Red List of Threatened Species 56 11 BirdLife International (2016) Coturnix japonica The IUCN Red List of Threatened Species 12 BirdLife International (2016) Synoicus chinensis The IUCN Red List of Threatened Species 13 BirdLife International (2016) Arborophila rufogularis The IUCN Red List of Threatened Species 14 BirdLife International (2016) Arborophila brunneopectus The IUCN Red List of Threatened Species 15 BirdLife International (2016) Gallus gallus The IUCN Red List of Threatened Species 16 BirdLife International (2016) Lophura nycthemera The IUCN Red List of Threatened Species 17 BirdLife International (2016) Lophura diardi The IUCN Red List of Threatened Species 18 BirdLife International (2016) Polyplectron bicalcaratum The IUCN Red List of Threatened Species 19 BirdLife International (2016) Rheinardia ocellata The IUCN Red List of Threatened Species 20 BirdLife International (2016) Pavo muticus The IUCN Red List of Threatened Species 21 BirdLife International (2016) Hydrornis phayrei The IUCN Red List of Threatened Species 22 BirdLife International (2016) Hydrornis soror The IUCN Red List of Threatened Species 23 BirdLife International (2016) Hydrornis oatesi The IUCN Red List of Threatened Species 24 BirdLife International (2016) Hydrornis cyaneus The IUCN Red List of Threatened Species 25 BirdLife International (2016) Hydrornis elliotii The IUCN Red List of 57 Threatened Species 26 BirdLife International (2016) Pitta moluccensis The IUCN Red List of Threatened Species 27 BirdLife International (2016) Chalcophaps indica The IUCN Red List of Threatened Species 28 BirdLife International (2016) Geokichla citrina The IUCN Red List of Threatened Species 29 BirdLife International (2016) Myophonus caeruleus The IUCN Red List of Threatened Species 30 BirdLife International (2017) Zoothera dauma The IUCN Red List of Threatened Species 31 Brickle N.W., Duckworth J.W., Tordoff A.W., Poole C.M., Timmins R., and McGowan P.J.K (2008) The status and conservation of Galliformes in Cambodia, Laos and Vietnam Biodiversity and Conservation, 17(6), pp 1393–1427 32 Brodie J.F., Giordano A.J., Zipkin E.F., Bernard H., Mohd-Azlan J., and Ambu L (2015) Correlation and persistence of hunting and logging impacts on tropical rainforest mammals Conservation Biology, 29(1), pp 110–121 33 Broms K.M., Hooten M.B., and Fitzpatrick R.M (2016) Model selection and assessment for multi-species occupancy models Ecology, 97(7), pp 1759–1770 34 Bui D.T., Tran H.T., and Tran V.G.P (2014) Evaluation of the Impact of Pilot Payments for Forest Environmental Services: Case study in Lam Dong Province, Viet Nam Climate Risks, Regional Integration, and Sustainability in the Mekong Region Perpustakaan Negara, Kuala Lumpur, 270–284 35 Burnham K.P and Anderson D.R (2002), Model Selection and Multimodel Inference: A Practical Information-Theoretic Approach (2nd ed), Springer 36 Burton A.C., Neilson E., Moreira D., Ladle A., Steenweg R., Fisher J.T., Bayne E., and Boutin S (2015) Wildlife camera trapping: A review and 58 recommendations for linking surveys to ecological processes Journal of Applied Ecology, 52(3), pp 675–685 37 Chmel K., Riegert J., Paul L., Mulau M., Sam K., and Novotny V (2018) Predation on artificial and natural nests in the lowland rainforest of Papua New Guinea Bird Study, 65(1), pp 114–122 38 Cochard R., Ngo D.T., Waeber P.O., and Kull C.A (2017) Extent and causes of forest cover changes in Vietnam ’ s provinces 1993-2013 : a review and analysis of official data Extent and causes of forest cover changes in Vietnam ’ s provinces 1993 -2013 : a review and analysis of official data (September 2016) 39 Corlett R.T (2007) The Impact of Hunting on the Mammalian Fauna of Tropical Asian Forests Biotropica, 39(3), pp 292–303 40 Deere N.J., Guillera-Arroita G., Baking E.L., Bernard H., Pfeifer M., Reynolds G., Wearn O.R., Davies Z.G., and Struebig M.J (2018) High Carbon Stock forests provide co-benefits for tropical biodiversity Journal of Applied Ecology, 55(2), pp 997–1008 41 Dorazio R.M and Royle J.A (2005) Estimating Size and Composition of Biological Communities by Modeling the Occurrence of Species Journal of the American Statistical Association, 100(470), pp 389–398 42 Eaton J.A., Nguyen M.D.T., Willemsen M., Lee J., and Chng S.C.L (2017), Caged in the city : An inventory of birds for sale in Ha Noi and Ho Chi Minh City, Vietnam, TRAFFIC, Petaling Jaya 43 Edmunds K., Roberton S.I., Few R., Mahood S., Bui P.L., Hunter P.R., and Bell D.J (2011) Investigating Vietnam’s ornamental bird trade: Implications for transmission of zoonoses EcoHealth, 8(1), pp 63–75 44 Erritzoe J (2003) Order Passeriformes Family Pittidae Handbook of the Birds of the World Lynx Edicions, Barcelona, 106–161 45 van Etten J (2017) R Package gdistance : Distances and Routes on Geographical Grids Journal of Statistical Software, 76(13) 59 46 Forest Science Insitute of Vietnam (FSIV) (2009), Vietnam Forestry Outlook Study, FAO, Bangkok 47 Gelman A., Meng X.L., and Stern H (1996) Posterior predictive assessment of model fitness via realized discrepancies Statistica Sinica, 6(4), pp 733–807 48 Gogoleva S.S and Palko I.V (2014) Breeding biology and life history traits of three pitta species in southern Vietnam 26th International Ornithological Congress, Tokyo 49 Grainger M.J., Garson P.J., Browne S.J., McGowan P.J.K., and Savini T (2018) Conservation status of Phasianidae in Southeast Asia Biological Conservation, 220, pp 60–66 50 Gray T.N.E., Calame T., Hayes B., Hurley M.J., Nielsen P.H., Lamaxay V., Timmins R.J., and Thongsamouth K (2013), Biodiversity Surveys of Xe Sap National Protected Area Lao PDR 2012, WWF Greater Mekong, Vientiane 51 Gray T.N.E., Hughes A.C., Laurance W.F., Long B., Lynam A.J., O’Kelly H., Ripple W.J., Seng T., Scotson L., and Wilkinson N.M (2018) The wildlife snaring crisis: an insidious and pervasive threat to biodiversity in Southeast Asia Biodiversity and Conservation, 27(4), pp 1031–1037 52 Gray T.N.E., Lynam A., Seng T., Laurance W., Long B., Scotson L., and Ripple W.J (2017) Wildlife-snaring crisis in Asian forests Science, 355(6322), pp 255.2-256 53 Gray T.N.E., Nguyen Q.H.A., and Nguyen V.T (2014) Bayesian occupancy monitoring for Annamite endemic biodiversity in central Vietnam Biodiversity and Conservation, 23(6), pp 1541–1550 54 Guisan A., Tingley R., Baumgartner J.B., Naujokaitis-Lewis I., Sutcliffe P.R., Tulloch A.I.T., Regan T.J., Brotons L., Mcdonald-Madden E., Mantyka-Pringle C., Martin T.G., Rhodes J.R., Maggini R., Setterfield S.A., Elith J., Schwartz M.W., Wintle B.A., Broennimann O., Austin M., et al (2013) Predicting species distributions for conservation decisions Ecology 60 Letters, 16(12), pp 1424–1435 55 Harrison R.D., Sreekar R., Brodie J.F., Brook S., Luskin M., O’Kelly H., Rao M., Scheffers B., and Velho N (2016) Impacts of hunting on tropical forests in Southeast Asia Conservation Biology, 30(5), pp 972–981 56 Del Hoyo J., Collar N.J., Christie D.A., Elliot A., and Fishpool L.D.C (2014), Illustrated Checklist of the Birds of the World, Lynx Edicions, Barcelona 57 IUCN (2017) The IUCN Red List of Threatened Species 58 Jiang A., Yang G., Pagani-Núñez E., and Jiang D (2017) Ecology of two Pittas (Pitta soror and Pitta nympha) in limestone forests of South China Journal of Natural History, 51(31–32), pp 1929–1941 59 Kéry M and Royle J.A (2016) Applied Hierarchical Modeling in Ecology Analysis of distribution, abundance and species richness in R and BUGS Applied Hierarchical Modeling in Ecology Elsevier 60 Kim E.M., Choi C.Y., and Kang C.W (2013) Causes of injury and mortality of fairy pitta pitta nympha on Jeju Island, Republic of Korea Forktail, (29), pp 145–148 61 Krause J and Ruxton G.D (2002), Living in Groups, Oxford University Press, New York 62 Lang C.R (2001) Deforestation, in Vietnam, Laos, and Cambodia Deforestation, Environment, and Sustainable Development: A Comparative Analysis Praeger Publishers, Westport, 111–139 63 Le M (2017), In search of Edwards’s Pheasant (Lophura edwardsi) in the Annamese lowlands of Vietnam, CEPF Final Project Completion Report Instructions, Critical Ecosystem Parnership Fund 64 Le T.T., Richardson W.J., Le V.C., Tran H.M., Tran Q.N., Nguyen V.S., and Monastyrskii A.L (1999), A feasibility study for the establishment of Phong Dien (Thua Thien Hue Province) and Dakrong (Quang Tri Province) nature 61 reserves, Vietnam, BirdLife International Vietnam Programme and Forest Inventory and Planning Institute, Hanoi 65 Lin Y (2009) Home range of Chalcophaps indica Linnaeus 1758 (Aves: Columbidae) in a semi-forested landscape Malayan Nature Journal, 61(2), pp 209–212 66 Long B (2005), Identification of Priority Areas for Integrated Conservation Management in Quang Nam Province, Vietnam, University of Kent 67 MacKenzie D.I., Nichols J.D., Lachman G.B., Droege S., Royle A.A., and Langtimm C.A (2002) Estimating site occupancy rates when detection probabilities are less than one Ecology, 83(8), pp 2248–2255 68 MacKenzie D.I., Nichols J.D., and Yoccoz N.G (2006), Occupancy Estimation and Modeling Inferring patterns and dynamics of species occurrence, Elsevier 69 Mackenzie D.I and Royle J.A (2005) Designing occupancy studies: General advice and allocating survey effort Journal of Applied Ecology, 42(6), pp 1105–1114 70 Madge S and McGowan P (2002) Pheasants, Partridges, and Grouse 71 Ministry of Natural Resources and Environment (2011), Vietnam National Biodiversity Strategy to 2020, Vision to 2030, Hanoi 72 Murphy A.J., Farris Z.J., Karpanty S., Kelly M.J., Miles K.A., Ratelolahy F., Rahariniaina R.P., and Golden C.D (2017) Using camera traps to examine distribution and occupancy trends of ground-dwelling rainforest birds in north-eastern Madagascar Bird Conservation International, pp 1–14 73 Nguyen-Phuc H., Fulton J.E., and Berres M.E (2016) Genetic variation of major histocompatibility complex (MHC) in wild Red Junglefowl (Gallus gallus) Poultry Science, 95(2), pp 400–411 74 Nguyen T.V., Ngoprasert D., Browne S., and Savini T (2017) Status and range decline of two galliform species in South-East Asia Bird Conservation International, pp 1–16 62 75 Nguyen T.Y.L (2013), Evaluating the pilot implementation of payment for forest environmental service in Lam Dong, Vietnam, WorldFish (ICLARM), Laguna 76 Nguyen V L (2015), Impact assessment of the pilot policy on benefit-sharing mechanism in management , protection and sustainable development of Special-Use Forests in Vietnam - Case study at Bach Ma National Park, Ernst-Moritz-Arndt-Universität Greifswald 77 Niedballa J., Sollmann R., Courtiol A., and Wilting A (2016) camtrapR: an R package for efficient camera trap data management Methods in Ecology and Evolution, 7(12), pp 1457–1462 78 Niedballa J., Sollmann R., Mohamed A Bin, Bender J., and Wilting A (2015) Defining habitat covariates in camera-trap based occupancy studies Scientific Reports, 5, pp 1–10 79 O’Brien T.G and Kinnaird M.F (2008) A picture is worth a thousand words: the application of camera trapping to the study of birds Bird Conservation International, 18(S1), pp S144–S162 80 O’Connell A.F., Nichols J.D., and Karanth K.U (2011), Camera Traps in Animal Ecology, Springer 81 Pangau-Adam M.Z., Waltert M., and Mühlenberg M (2006) Nest predation risk on ground and shrub nests in forest margin areas of Sulawesi, Indonesia Biodiversity and Conservation, 15(13), pp 4143–4158 82 Pham T.T., Loft L., Bennett K., Phuong V.T., Dung L.N., and Brunner J (2015) Monitoring and evaluation of Payment for Forest Environmental Services in Vietnam: From myth to reality Ecosystem Services, 16, pp 220–229 83 Plummer M (2003) JAGS: A program for analysis of Bayesian graphical models using Gibbs sampling Proceedings of the 3rd International Workshop on Distributed Statistical Computing, pp 1–10 84 Plummer M (2016) rjags: Bayesian graphical models using MCMC 63 85 R Core Team (2015) R: A Language and Environment for Statistical Computing 1–2630 86 Redford K.H (1992) The Empty Forest BioScience, 42(6), pp 412–422 87 Robson C (2011), A Field Guide to the Birds of South-East Asia, New Holland Publisher, Chatswood 88 Rodríguez J.P., Brotons L., Bustamante J., and Seoane J (2007) The application of predictive modelling of species distribution to biodiversity conservation Diversity and Distributions, 13(3), pp 243–251 89 Royle J.A., Nichols J.D., and Kéry M (2005) Modelling occurrence and abundance of species when detection is imperfect Oikos, 110(2), pp 353–359 90 Smirnov D (2015), Assessment of scope of illegal logging in Laos and associated trans-boundary timber trade, (Unpublished report), WWF Greater Mekong 91 Sodhi N (2009) Causes and consequences of species extinctions The Princeton Guide to Ecology, pp 514–520 92 Sollmann R., Gardner B., and Belant J.L (2012) How does spatial study design influence density estimates from spatial capture-recapture models? PLoS ONE, 7(4), pp 1–8 93 Sollmann R., Mohamed A., Niedballa J., Bender J., Ambu L., Lagan P., Mannan S., Ong R.C., Langner A., Gardner B., and Wilting A (2017) Quantifying mammal biodiversity co-benefits in certified tropical forests Diversity and Distributions, 23(3), pp 317–328 94 Sreekar R., Zhang K., Xu J., and Harrison R.D (2015) Yet another empty forest: Considering the conservation value of a recently established tropical nature reserve PLoS ONE, 10(2), pp 1–18 95 Sterling E.J., Hurley M., and Le D.M (2006), Vietnam: a natural history, Yale University Press, New Haven 96 Sukumal N., Dowell S.D., and Savini T (2017) Micro-habitat selection and 64 population recovery of the Endangered Green Peafowl Pavo muticus in western Thailand: Implications for conservation guidance Bird Conservation International, 27(3), pp 414–430 97 Sukumal N., McGowan P.J.K., and Savini T (2015) Change in status of green peafowl Pavo muticus (Family Phasianidae) in Southcentral Vietnam: A comparison over 15years Global Ecology and Conservation, 3, pp 11–19 98 Sunarto, Sollmann R., Mohamed A., and Kelly M.J (2013) Camera trapping for the study and conservation of tropical carnivores The Raffles Bulletin of Zoology, (SUPPL.28), pp 21–42 99 Thornton D.H., Branch L.C., and Sunquist M.E (2012) Response of large galliforms and tinamous (Cracidae, Phasianidae, Tinamidae) to habitat loss and fragmentation in northern Guatemala Oryx, 46(4), pp 567–576 100 Tilker A (2014), A Survey of Eastern Areas of Xe Sap National Protected Area , Lao PDR for Saola and Other Large Ungulates, Global Wildlife Conservation, Saola Working Group, World Wildlife Fund Greater Mekong Program 101 Tilker A (2014), Estimating Site Occupancy for Four Threatened Mammals in Southeastern Laos, University of Texas 102 Tilker A., Nguyen A., Abrams J.F., Bhagwat T., Le M., Nguyen T.V., Nguyen T.A., Niedballa J., Sollmann R., and Wilting A (2018) Ecology, occupancy, and local abundance for the little-known Annamite striped rabbit Nesolagus timminsi in Vietnam and Laos in preparation, pp 1–28 103 Timmins R.J., Hedges S., and Robichaud W (2016) Pseudoryx nghetinhensis, The IUCN Red List of Threatened Species 104 Tordoff A., Timmins R., Smith R., and Mai K.V (2003), A Biological Assessment of the Central Truong Son Landscape, WWF Indochina, Hanoi 105 Tordoff A.W (2000), A Feasibility Study for Establishment of Ngoc Linh Nature Reserve, Quang Nam Province, Vietnam, BirdLife International Vietnam Programme and Forest Inventory and Planning Institute, Hanoi 65 106 Tordoff A.W., Bezuijen M.R., Duckworth J.W., Fellowes J.R., Koenig K., Pollard E.H.B., and Royo A.G (2012), Ecosystem Profile: Indo-Burma Biodiversity Hotspot Indochina Region, Critical Ecosystem Partnership Fund 107 Van N.T., Vu N.T., Do T., Hoang M., Le T.D., Nguyen M.H., and Dickinson C (2006), An Assessment of the Mammal Fauna of the Green Corridor Forest Landscape , Thua Thien Hue Province , Vietnam Green Corridor Project : Technical Report No 6, WWF Greater Mekong, Hanoi 108 Winarni N., Carrol J., and O’Brien T (2004) The application of camera traps to the study of Galliformes in southern Sumatra, Indonesia International Galliformes Symposium 2004, pp 109–121 109 WWF (2013) The Saola’s Battle for Survival on The Ho Chi Minh Trail 110 Yen P., Ziegler S., Huettmann F., and Onyeahialam a I (2005) Change Detection of Forest and Habitat Resources from 1973 to 2001 in Bach Ma National Park, Vietnam, Using Remote Sensing Imagery International Forestry Review, 7(1), pp 1–8 66 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Tóm tắt hệ số tương quan hậu nghiệm biến độ cao (β1), khoảng cách đến đường (β2), chất lượng rừng (β3), mức độ bảo vệ (β4) Loài Độ cao Mean SD Gà so họng 1.96 0.71 [0.78 Gà so họng trắng 1.19 0.81 Gà so trung -1.37 Gà rừng Khoảng cách đến đường Mean SD Mean SD 3.57] 0.33 0.30 [-0.23 0.97] 0.36 0.52 [-0.49 [0.00 3.22] 0.07 0.32 [-0.59 0.68] -0.21 0.44 0.50 [-2.47 -0.52] 0.21 0.26 [-0.29 0.74] -0.15 -1.15 0.62 [-2.51 -0.13] 0.18 0.30 [-0.42 0.77] 0.49 0.55 [-0.51 1.63] 0.12 0.32 [-0.52 Trĩ -0.18 0.40 [-0.98 0.59] 0.27 0.28 Đuôi cụt bụng vằn -1.27 0.54 [-2.45 -0.33] -0.01 Cu luồng -0.12 0.29 [-0.70 0.45] Hoét vàng -0.37 0.32 [-1.01 Sáo đất 0.32 0.48 Hoét xanh 0.24 0.39 Gà lôi trắng 95% BCI 95% BCI Chất lượng rừng Mức độ bảo vệ Mean SD 1.56] -1.16 0.89 [-3.14 0.30] [-1.18 0.56] -0.05 0.74 [-1.54 1.41] 0.26 [-0.68 0.35] -0.03 0.62 [-1.24 1.21] 0.37 0.43 [-0.36 1.35] -0.49 0.81 [-2.24 0.97] 0.74] 0.42 0.53 [-0.42 1.67] -1.11 1.03 [-3.57 0.47] [-0.27 0.84] 0.58 0.51 [-0.17 1.83] 0.81 0.72 [-0.43 2.36] 0.30 [-0.63 0.54] 0.14 0.33 [-0.46 0.84] -0.25 0.71 [-1.71 1.13] 0.28 0.23 [-0.16 0.74] -0.13 0.25 [-0.64 0.35] 0.53 0.53 [-0.46 1.60] 0.23] -0.01 0.24 [-0.50 0.45] 0.30 0.31 [-0.24 0.97] -0.31 0.54 [-1.43 0.72] [-0.56 1.30] 0.16 0.29 [-0.42 0.73] 0.48 0.52 [-0.30 1.72] 0.41 0.71 [-0.87 1.91] [-0.52 1.03] 0.30 0.28 [-0.23 0.88] 0.60 0.55 [-0.20 1.95] -0.90 0.79 [-2.67 0.42] 67 95% BCI 95% BCI Phụ lục 2: Tóm tắt ước lượng hậu nghiệm siêu tham số (hyperparameter) quần xã Tham số Xác suất phát μp σp β.eff Xác suất diện μα σα μβ1 μβ2 μβ3 μβ4 σβ1 σβ2 σβ3 σβ4 Mean SD 2.5% 50% 97.5% -3.315 0.579 0.064 0.456 0.245 0.014 -4.265 0.229 0.037 -3.300 0.537 0.063 -3.315 0.579 0.092 -2.592 0.735 0.007 0.167 0.240 -0.284 1.166 0.327 0.502 0.971 0.345 0.327 0.390 0.165 0.248 0.434 0.402 0.120 0.248 0.461 -3.330 0.197 -0.754 -0.158 -0.179 -1.206 0.592 0.164 0.200 0.306 -2.574 0.695 -0.002 0.167 0.215 -0.263 1.100 0.303 0.446 0.899 -1.972 1.491 0.812 0.492 0.807 0.519 2.126 0.623 1.133 2.088 Phụ lục 3: Tóm tắt hệ số chặn hậu nghiệm xác suất phát loài (α.p) Loài Gà so họng Gà so họng trắng Gà so trung Gà rừng Gà lôi trắng Trĩ Đuôi cụt đầu xám Đuôi cụt bụng vằn Cu luồng Hoét vàng Sáo đất Hoét xanh Mean -3.634 -3.917 -3.063 -3.655 -3.709 -3.063 -3.528 -2.888 -2.860 -2.899 -3.389 -3.187 SD 0.551 0.700 0.503 0.656 0.713 0.557 0.581 0.567 0.460 0.475 0.605 0.553 68 2.5% -4.773 -5.414 -4.081 -5.049 -5.268 -4.187 -4.746 -4.010 -3.791 -3.862 -4.641 -4.314 50% -3.615 -3.870 -3.055 -3.614 -3.660 -3.054 -3.495 -2.886 -2.849 -2.890 -3.366 -3.173 97.5% -2.606 -2.679 -2.109 -2.479 -2.447 -2.002 -2.460 -1.778 -1.983 -1.995 -2.267 -2.130 Phụ lục 4: Tóm tắt hệ số chặn hậu nghiệm xác suất diện loài (α) Loài Gà so họng Gà so họng trắng Gà so trung Gà rừng Gà lôi trắng Trĩ Đuôi cụt đầu xám Đuôi cụt bụng vằn Cu luồng Hoét vàng Sáo đất Hoét xanh Mean -2.767 -2.697 -2.474 -2.863 -2.857 -3.013 -2.239 -3.159 -1.832 -1.730 -2.985 -2.485 SD 0.619 0.639 0.470 0.624 0.622 0.579 0.504 0.618 0.385 0.394 0.600 0.467 69 2.5% -4.135 -3.992 -3.449 -4.216 -4.168 -4.284 -3.188 -4.532 -2.576 -2.480 -4.284 -3.437 50% -2.717 -2.676 -2.458 -2.825 -2.826 -2.963 -2.258 -3.102 -1.833 -1.734 -2.943 -2.475 97.5% -1.679 -1.461 -1.590 -1.752 -1.710 -2.023 -1.167 -2.117 -1.075 -0.948 -1.939 -1.586 ... cụt 1.2.3 Các loài chim khác kiếm ăn mặt đất 1.3 Khảo sát bẫy ảnh 13 1.4 Mơ hình xác suất diện 14 1.4.1 Mơ hình xác suất diện đơn lồi 16 1.4.2 Mơ hình xác suất diện quần xã / đa loài 18 CHƯƠNG 2:... Phân tích xác suất diện quần xã 28 2.9 Giải đoán 31 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ 33 3.1 Danh lục loài xác suất diện loài chim kiếm ăn mặt đất 33 3.2 Ảnh hưởng biến đến loài chim kiếm ăn mặt đất 37 3.3 Các đồ... xác suất lồi có mặt khu vực tính tốn khác biệt xác suất phát loài khu vực [68] Mục tiêu nghiên cứu ước lượng xác suất diện quần xã chim kiếm ăn mặt đất (trong có lồi hoạt động mặt đất) tìm hiểu