Giám sát sự lưu hành và xác định một số đặc tính sinh học phân tử của virus cúm gia cầm type

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN MẠNH THƯỞNG GIÁM SÁT SỰ LƯU HÀNH VÀ XÁC ĐỊNH MỘT SỐ ĐẶC TÍNH SINH HỌC PHÂN TỬ CỦA VIRUS CÚM GIA CẦM TYPE A/H9N2 Ở GIA CẦM SỐNG BÁN TẠI MỘT SỐ CHỢ CỦA THÀNH PHỐ HÀ NỘI VÀ TỈNH BẮC NINH NĂM 2017 Chuyên ngành: Thú y Mã số: 8640101 Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Trịnh Đình Thâu NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2019 LỜI CAM ĐOAN Tơi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi, kết nghiên cứu trình bày luận văn trung thực, khách quan chưa dùng để bảo vệ lấy học vị Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn, thơng tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc./ Hà Nội, ngày tháng 11 năm 2019 Tác giả luận văn Nguyễn Mạnh Thưởng i LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Ban Quản lý đào tạo, Khoa Thú y quan tâm tạo điều kiện thuận lợi cho chúng tơi q trình học tập thực đề tài Nhân dịp hoàn thành luận văn, cho phép tơi bày tỏ lịng kính trọng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Trịnh Đình Thâu, người tận tình giúp đỡ hướng dẫn tơi suốt q trình học tập thực đề tài Tôi xin cảm ơn thầy giáo, cô giáo Khoa Thú y, thầy, cô Học viện Nơng nghiệp Việt Nam nhiệt tình giúp đỡ tơi q trình hồn thành luận văn Tơi xin chân thành cảm ơn giúp đỡ tạo điều kiện Ban Lãnh đạo Cơ quan, tập thể cán bộ, công chức Chi cục Chăn nuôi Thú y tỉnh Lai Châu; Phòng Dịch tễ - Cục Thú y; Chi cục Chăn nuôi Thú y thành phố Hà Nội tỉnh Bắc Ninh; Trung tâm Chẩn đoán thú y Trung ương tạo điều kiện tốt giúp đỡ suốt thời gian nghiên cứu Xin chân thành cảm ơn gia đình, người thân, bạn bè đồng nghiệp tạo điều kiện thuận lợi giúp đỡ mặt, động viên khuyến khích tơi hồn thành luận văn./ Hà Nội, ngày tháng 11 năm 2019 Tác giả luận văn Nguyễn Mạnh Thưởng ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình viii Trích yếu luận văn ix Thesis abstract xi Phần Mở đầu 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu đề tài 1.3 Ý nghĩa đề tài Phần Tổng quan tài liệu 2.1 Khái niệm bệnh cúm gia cầm 2.2 Tình hình bệnh cúm gia cầm giới 2.2.1 Tình hình chung 2.2.2 Tình hình dịch cúm H9N2 giới 10 2.3 Tình hình bệnh cúm gia cầm việt nam 11 2.4 Căn bệnh 16 2.4.1 Đặc điểm sinh học phân tử virus cúm gia cầm 16 2.4.2 Cấu trúc, chức Protein Hemagglutinin Neuraminidase 19 2.4.3 Tính thích ứng đa vật chủ virus cúm 24 2.4.4 Cơ chế xâm nhiễm gây bệnh virus cúm A tế bào vật chủ 24 2.4.5 Độc lực khả gây bệnh virus cúm gia cầm 26 2.4.6 Triệu chứng 26 2.4.7 Bệnh tích 27 2.4.8 Chẩn đoán bệnh 27 2.5 Sơ lược hoạt động giám sát cúm gia cầm việt nam 28 2.5.1 Kết giám sát 28 2.5.2 Kết phân tích virus cúm gia cầm Việt Nam 31 2.6 Cơng tác phịng, chống bệnh cúm gia cầm 31 iii Phần Vật liệu phương pháp nghiên cứu 34 3.1 Đối tượng nghiên cứu 34 3.1.1 Đối tượng 34 3.1.2 Địa điểm 34 3.1.3 Thời gian 34 3.2 Nội dung nghiên cứu 34 3.3 Nguyên liệu 35 3.3.1 Mẫu thí nghiệm 35 3.3.2 Dụng cụ, trang thiết bị hóa chất lấy mẫu 35 3.4 Phương pháp nghiên cứu 36 3.4.1 Phương pháp dịch tễ học mô tả, dịch tễ học phân tích 36 3.4.2 Phương pháp lấy mẫu 36 3.4.3 Phương pháp xét nghiệm virus cúm A/H9N2 37 3.4.4 Phương pháp giải trình tự phân tích gen HA 40 3.4.5 Phương pháp xử lý số liệu 40 Phần Kết thảo luận 42 4.1 Tình hình chăn ni, tiêm phịng dịch bệnh cúm gia cầm Hà Nội Bắc Ninh giai đoạn 2015-2018 42 4.1.1 Tình hình chăn ni gia càm Hà Nội Bắc Ninh giai đoạn 20152018 42 4.1.2 Tình hình tiêm phịng vaccine cúm gia cầm Hà Nội Bắc Ninh giai đoạn 2015-2018 44 4.1.3 Tình hình dịch cúm gia cầm Hà Nội Bắc Ninh giai đoạn 20152018 46 4.2 Kết giám sát virus cúm A/H9N2 chợ tỉnh, thành nghiên cứu 47 4.2.1 Kết lấy mẫu tỉnh 47 4.2.2 Tỷ lệ nhiễm virus cúm type A mẫu bệnh phẩm 48 4.2.3 Tỷ lệ nhiễm virus cúm gia cầm type A mẫu môi trường 50 4.3 Một số đặc điểm phân tử gen virus cúm gia cầm A/H9N2 Hà Nội Bắc Ninh giai đoạn 2017-2018 51 4.3.1 Các trình tự gen tham chiếu dùng nghiên cứu 51 iv 4.3.2 Mối liên hệ di truyền dựa vào trình tự gen HA virus cúm A/H9N2 57 4.5.3 Mối liên hệ di truyền dựa vào trình tự gen NA virus cúm A/H9N2 58 4.4 Đánh giá số yếu tố nguy lưu hành virus cúm gia cầm 59 4.4.1 Đối tượng tiêu thụ 60 4.4.2 Nguồn gốc chăn nuôi (nguồn cung cấp) 62 4.4.3 Nơi lưu giữ số gia cầm cịn lại khơng tiêu thụ hết 64 4.4.3 Nơi lưu giữ số gia cầm cịn lại khơng tiêu thụ hết 65 4.4.4 Tần suất nhập 66 4.4.5 Tình trạng tiêm phịng 67 Phần Kết luận kiến nghị 69 5.1 Kết luận 69 5.2 Đề nghị 69 Tài liệu tham khảo 71 Phụ lục 76 v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Nghĩa tiếng Việt AI Avian Influenza - Cúm gia cầm BNNPTNT Bộ Nông nghiệp Phát triển nông thôn cs Cộng Ct Cycle of threshold - Chu kỳ ngưỡng DNA Deoxyribo Nucleic Acid GP Glycoprotein HA Hemagglutination HI Hemagglutination Inhibition - Phản ứng ngăn trở ngưng kết hồng cầu HPAI Highly Pathogenic Avian Influenza - Cúm gia cầm thể độc lực cao LPAI Low Pathogenic Avian Influenza - Cúm gia cầm thể độc lực thấp M Matrix NA Neuraminidase OIE Office International des Epizooties - Tổ chức Thú y Thế giới PB1 Polymerase basic protein PB2 Polymerase basic protein PBS Phosphate Buffered Saline PCR Polymerase Chain Reaction RNA Ribonucleic Acid RNP Ribonucleoprotein Tp Thành phố WHO World Health Organization - Tổ chức Y tế Thế giới FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations - Tổ chức Nông lương Liên hợp quốc vi DANH MỤC BẢNG Bảng 2.1 Tình hình dịch cúm gia cầm giới giai đoạn 2004 – 2017 Bảng 2.2 Tình hình bệnh cúm H5N1 người giai đoạn 2003 - 2017 Bảng 2.3 Tóm tắt chủng virus cúm gia cầm lưu hành Việt Nam giai đoạn 2003 - 2018 31 Bảng 3.1 Trình tự đoạn mồi đoạn dị để phát virus H9N2 36 Bảng 4.1 Kết thống kê đàn gia cầm Hà Nội Bắc Ninh giai đoạn 20152018 43 Bảng 4.2 Kết thống kê tình hình tiêm phịng vaccine cúm gia cầm Hà Nội Bắc Ninh giai đoạn 2015-2018 45 Bảng 4.3 Kết lấy mẫu Hà Nội Bắc Ninh 47 Bảng 4.4 Kết xác định tỷ lệ lưu hành virus cúm type A mẫu từ gà chợ nghiên cứu 48 Bảng 4.5 Kết xác định tỷ lệ lưu hành virus cúm type A mẫu môi trường 51 Bảng 4.6 Danh sách trình tự gen HA dùng tham chiếu 52 Bảng 4.7 Danh sách trình tự gen NA dùng tham chiếu 54 Bảng 4.8 Tổng hợp kết phân tích số yếu tố nguy 59 vii DANH MỤC HÌNH Hình 2.1 Sơ đồ lịch sử đại dịch cúm người Hình 2.2 Tình hình dịch cúm gia cầm giới giai đoạn 2004 - 2017 Hình 2.3 Tình hình bệnh cúm H5N1 người giai đoạn 2003 - 2016 Hình 2.4 Bản đồ dịch tễ dịch cúm gia cầm năm 2016 - 2017 13 Hình 2.5 Biểu đồ so sánh tình hình cúm gia cầm nước tháng đầu năm 2018 tháng đầu năm 2019 14 Hình 2.6 Biểu đồ so sánh số lượng gia cầm mắc cúm tháng đầu năm 2018 tháng đầu năm 2019 15 Hình 2.7 Cấu trúc bên virus cúm gia cầm 17 Hình 2.8 Cấu trúc hệ gen virus cúm type A 19 Hình 2.9 Mơ hình chế xâm nhiễm nhân lên virus cúm A tế bào chủ 25 Hình 3.1 Quy trình xét nghiệm phát virus cúm A/H9N2 39 Hình 4.1 Cây phả hệ chủng virus cúm dựa trình tự gen HA 57 Hình 4.2 Cây phả hệ chủng virus cúm dựa trình tự gen NA 58 viii TRÍCH YẾU LUẬN VĂN Tên tác giả: Nguyễn Mạnh Thưởng Tên luận văn: “Giám sát lưu hành xác định số đặc tính sinh học phân tử virus cúm gia cầm type A/H9N2 gia cầm sống bán số chợ thành phố Hà Nội tỉnh Bắc Ninh năm 2017” Ngành: Thú y Mã số: 8640101 Tên sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam Mục đích nghiên cứu Xác định lưu hành số đặc tính sinh học phân tử chủng virus cúm gia cầm A/H9N2 địa bàn tỉnh, thành nghiên cứu, đánh giá số yếu tố nguy nhằm cảnh báo sớm dịch cúm gia cầm phục vụ điều chỉnh biện pháp phòng, chống dịch phù hợp Phương pháp nghiên cứu - Dùng phương pháp điều tra hồi cứu tình hình chăn ni gia cầm, diễn biến dịch cúm gia cầm thực trạng cơng tác tiêm phịng cúm gia cầm Thành phố Hà Nội Tỉnh Bắc Ninh giai đoạn 2015 - 2018 - Phương pháp lấy mẫu: phương pháp thường quy nghiên cứu virus - Dùng phương pháp Realtime PCR để xác định có mặt virus cúm A/H9N2 mẫu dịch hầu họng gà mẫu môi trường thu từ chợ buôn bán gia cầm sống địa bàn nghiên cứu - Xác định biến đổi di truyền nhánh virus cúm gia cầm type A/H9N2 lưu hành kỹ thuật giải trình tự phân tích trình gene HA NA sử dụng phần mềm MEGA6.0 Cây phát sinh chủng loại phương pháp kết nối liền kề - Sử dụng bảng câu hỏi dịch tễ học thiết kế sẵn để vấn trực tiếp chủ gia cầm chọn lấy mẫu Mẫu thí nghiệm bảng câu hỏi ghi theo mã số nhằm đánh giá chi phối yếu tố ảnh hưởng tới tỷ lệ lưu hành virus cúm A Kết nghiên cứu - Kết thống kê tình hình chăn ni gia cầm địa bàn nghiên cứu giai đoạn 2015 - 2018 cho thấy: Tổng đàn gia cầm có tăng trưởng qua năm Số lượng đàn gà chiếm tỷ trọng lớn nhất, dao động khoảng 75 - 76% Hà Nội 78 80% Bắc Ninh, tổng đàn vịt chiếm từ 15 - 21%, lại số loại gia cầm khác chiếm tỷ lệ không đáng kể ix Như vậy, từ kết ta thấy gia cầm nhập từ trang trại lớn, khả dương tính với virus cúm A giảm xuống so với nguồn gia cầm khác Kết tương tự thu phân tích nguồn cung khác như: khả lưu hành cúm gia cầm tăng lên nguồn cung từ chợ gia cầm khác hay gia cầm nhập thông qua người buôn trung gian (middle-man) 4.4.3 Nơi lưu giữ số gia cầm cịn lại khơng tiêu thụ hết Chúng xây dựng phiếu điều tra nhằm đánh giá mối tương quan nơi lưu giữ gia cầm với tỷ lệ lưu hành virus cúm A Ba tiêu đánh giá bao gồm: không lưu giữ (bán hết); lưu giữ nhà lưu giữ chợ Kết phân tích kết xét nghiệm cho thấy: Khi bán hết ngày: Yếu tố nguy Bán hết ngày Dương tính Âm tính Tổng hàng Có 43 49 Khơng 100 157 252 Tổng cột 106 198 304 Tỷ suất chênh lệch OR (odds ratio) 0.2 (CI 95%: 0.1-0.5) Chitest (Giá trị P-value) 0.05), nhiên OR = 0.2 < nên chưa thấy có mối nguy mẫu dương tính cúm A với việc bán hết gà ngày Khi bán không hết lưu số gia cầm lại nhà (mang về): Yếu tố nguy Lưu số gia cầm khơng bán hết gia đình Dương tính Âm tính Tổng hàng Có 99 128 227 Khơng 70 77 Tổng cột 106 198 304 Tỷ suất chênh lệch OR (odds ratio) 4.8 (CI 95%: 2.1-10.8) Chitest (Giá trị P-value) 0.05), nghĩa khơng có liên hệ việc nhập gà ngày với mẫu dương tính virus cúm A 66 Nếu nhập lần/tuần: Yếu tố nguy Nhập lần/tuần Dương tính Âm tính Tổng hàng Có 26 38 64 Khơng 80 160 240 Tổng cột 106 198 304 Tỷ suất chênh lệch OR (odds ratio) 1.4 (CI 95%: 0.8-2.4) Chitest (Giá trị P-value) 0.3 Kết chấp nhận H0 (do P > 0.05), nghĩa khơng có liên hệ việc nhập gà ba ngày/tuần với mẫu dương tính virus cúm A Có kết này, theo chúng tơi đặc tính virus cúm, virus lưu hành thường xuyên môi trường khả lây lan qua nhiều đường khác (trực tiếp gián tiếp thơng qua mơi trường) Vì vậy, tần suất nhập gia cầm không định tỷ lệ lưu hành virus mà quan trọng nguồn nhập gia cầm thời gian giao thương từ nguồn cung cho tới tay người tiêu dùng 4.4.5 Tình trạng tiêm phịng Kết phân tích yếu tố tình trạng miễn dịch cho thấy: Yếu tố nguy Tình trạng khơng tiêm phịng cúm Dương tính Âm tính Tổng hàng Có 54 126 124 Không 52 72 180 Tổng cột 106 198 304 Tỷ suất chênh lệch OR (odds ratio) 0.6 (CI 95%: 0.4-1.0) Chitest (Giá trị P-value) 0.032 Kết không chấp nhận H0 (do P < 0.05), nhiên OR = 0.6 nhỏ nên chưa tìm thấy mối liên quan đến mẫu dương tính với virus cúm A với việc tiêm phịng 67 Có kết này, theo ảnh hưởng nhiều yếu tố: - Thứ nhất: câu hỏi vấn, theo chúng tơi, có tỷ lệ “rủi ro” cao vì: người bán thường có tâm lý “đề phòng” hỏi trạng thái tiêm phòng, thường đưa câu trả lời thiếu tính “trung thực” Hoặc đôi khi, họ thực gà họ nhập bán tiêm phòng vaccine cúm hay chưa theo yếu tố tiếp sau - Thứ hai: tình trạng gà có tiêm phịng hay chưa khó xác định đặc biệt gà nhập từ hộ chăn nuôi nhỏ lẻ (ngại tiêm phịng) thơng qua nhiều người bn trung gian - Thứ ba tính hiệu lực loại vaccine hành Khả biến chủng lớn virus cúm điều giới khoa học nhận định Do vậy, gia cầm tiêm phòng vaccine cúm điều khơng có nghĩa chúng bảo hộ hoàn toàn trước virus cúm 68 PHẦN KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 5.1 KẾT LUẬN - Tổng đàn gia cầm Hà Nội Bắc Ninh cao, phát triển ổn định, hình thức chăn ni vừa có chăn ni tập trung quy mơ vừa, lớn chăn ni nhỏ lẻ, mang tính chất nơng hộ - Hà Nội Bắc Ninh địa phương thực tốt cơng tác tiêm phịng vaccine cho đàn gia cầm với tỷ lệ tiêm phịng ln đạt cao 93% - Trong giai đoạn 2015 - 2018 dịch cúm gia cầm Bắc Ninh Hà Nội kiểm soát tốt, xuất vài ổ dịch cúm gia cầm nhỏ lẻ phát xử lý triệt để - Tất chợ lấy mẫu phát lưu hành virus cúm type A, chợ bán lẻ có tỷ lệ nhiễm virus cao hẳn chợ bán buôn Tỷ lệ lưu hành virus cúm A mẫu từ gà chiếm 34.87%, mẫu môi trường 44.76% Tỷ lệ lưu hành virus cúm A/H9N2 mẫu từ gà 20.9%; mẫu dương tính với cúm A, virus cúm A/H9N2 chiếm tới 58.49% - Trong tổng số yếu tố nguy phân tích, yếu tố nguy ảnh hưởng đến lưu hành virus cúm A (P-value < 0.05) bao gồm yếu tố như: Đối tượng tiêu thụ, nguồn từ chợ gia cầm khác, nguồn từ người buôn trung gian nơi lưu giữ gia cầm không bán hết - Các yếu tố tương quan với tỷ lệ lưu hành virus cúm A (P-value > 0.05) bao gồm yếu tố khác như: nguồn gà từ hộ chăn ni gia đình, từ trang trại nhỏ, từ trang trại lớn, tần suất nhập tình trạng tiêm phịng vaccine cúm gia cầm - Virus cúm A/H9N2 chủng phân lập nằm phân nhánh Y280 (HA) F98 like (NA) với tỷ lệ tương đồng cao với chủng cúm A/H9N2 công bố 5.2 KIẾN NGHỊ - Tiếp tục tiến hành chương trình giám sát lưu hành virus cúm gia cầm type A/H9N2 nói riêng type khác đàn gia cầm chợ, tỉnh nằm tuyến đường vận chuyển gia cầm nhập lậu với số lượng mẫu lớn thời gian liên tục năm 69 - Cần tiếp tục có thêm nghiên cứu xác định subtype H N khác virus cúm gia cầm nước ta nói chung tỉnh giám sát nói riêng - Tiếp tục thực giải trình tự tồn hệ gen virus cúm A/H9N2 để xác định đặc tính sinh học phân tử gen, xác định biến đổi, đột biến Trên sở có biện pháp phịng, chống dịch có hiệu cao Bên cạnh cần có hướng chuyển đổi, xây dựng chợ bn bán, lị giết mổ tập trung có quản lý, giám sát chặt chẽ quan thú y với đầy đủ trang thiết bị kỹ thuật nhằm nhanh chóng phát xử lý gia cầm có nguy mắc cúm./ 70 TÀI LIỆU THAM KHẢO I Tài liệu tiếng Việt: Bùi Quang Anh (2005) Báo cáo dịch cúm gia cầm, Hội nghị kiểm soát dịch cúm gia cầm khu vực châu Á FAO, OIE tổ chức, từ 23 - 25 tháng năm 2005, thành phố Hồ Chí Minh Lê Thanh Hịa (2004) Họ Orthomyxoviridae nhóm virus cúm A gây bệnh người gà, Viện Khoa học công nghệ Lê Thanh Hoà, Đinh Duy Kháng Lê Trần Bình (2006) Sinh học phân tử virus cúm A/H5N1 quan hệ lây nhiễm tự nhiên Y - Sinh học phân tử, I (chủ biên: Lê Thanh Hòa) NXB Y học, Hà Nội tr 29-48 Lê Văn Năm (2004) Bệnh cúm gia cầm Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XI, (01) tr 81-86 Nguyễn Bá Hiên, Phạm Sĩ Lăng, Nguyễn Thị Lan, Nguyễn Tùng, Đỗ Ngọc Thúy, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Trịnh Đình Thâu, Trần Quang Vui, Lê Văn Phan, Phạm Đức Phúc, Phạm Thị Mỹ Dung (2014) Bệnh cúm người động vật Nhà xuất Nông nghiệp, Hà Nội Nguyễn Ngọc Tiến (2013) Tình hình dịch cúm gia cầm giai đoạn 2008-2012 biện pháp phòng chống Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XX 01 tr 82-90 Nguyễn Tiến Dũng (2004) Bệnh cúm gia cầm, hội thảo số biện pháp khôi phục đàn gia cầm sau dập dịch Hà Nội.tr 5-9 Phạm Thành Long (2016) Kết giám sát lưu hành virus cúm gia cầm chợ giai đoạn 2015 - 2016 Tập huấn giám sát lấy mẫu cúm gia cầm, cúm lợn, Thành phố Hải Phòng Phạm Thành Long (2016) Tình hình dịch cúm gia cầm Việt Nam Tập huấn giám sát lấy mẫu cúm gia cầm, cúm lợn, Thành phố Hải Phòng 10 Phạm Sỹ Lăng (2004) Diễn biến bệnh cúm gà giới Hội thảo số biện pháp khôi phục đàn gia cầm sau dập dịch, Hà Nội tr 33-38” 11 Tô Long Thành (2004) Thông tin cập nhật tái xuất bệnh cúm gia cầm nước Châu Á Tạp chí Khoa học kỹ thuật Thú y XI 04 tr 87-93 12 Nguyễn Như Thanh (2015) Giáo trình Dịch tễ học thú y NXB Đại học Nông nghiệp, Hà Nội 71 II Tài liệu tiếng Anh: 13 Alexander D.J (1993) Orthomyxovirus Infections In Viral Inffections of Vertebrates, Volume 3: Viral Infections of Birds McFerran J.B & McNulty M.S., eds Horzinek M.C., Series editor Elserviers, Amsterdam, the Netherlands pp 287 - 316 14 Aoki F Y., G Boivin and N Roberts (2007) Influenza virus susceptibility and resistance to oseltamivir Antivir Ther Vol 12(4B) pp 603-16 15 Baigent S J and J W Mc Cauley (2001) Glycosylation of haemagglutinin and stalk-length of neuraminidase combine to regulate the growth of avian influenza viruses in tissue culture Virus Res Vol 79 (1-2) pp 177-185 16 Basler CF (2007) Influenza viruses: basic biology and potential drug targets Infect Disord Drug Targets Vol 7(4) pp 282-293 Review 17 Beard C W (1998) Avian Influenza In Foreign Animal Disease, United States Animal Health Association pp 71-80 18 Bender C., H Hall, J Huang, A Klimov, N Cox, A Hay, V Gregory, K Cameron, W Lim and K Subbarao (1999) Characterization of the surface proteins of influenza A (H5N1) viruses isolated from humans in1997- 1998 Vol 254 pp 115-123 19 Bosch F.X., W Garten, H.D Klenk and R Rott (1981) Proteolytic cleavage of influenza virus hemagglutininss; primary structure of the connecting peptide between HA1 and HA2 determines proteolytic cleavability and pathogenicity of avian influenza viruses Vol 113 pp 725-735 20 Chen H., G J D Smith, K S Li, J Wang, X H Fan, J M Rayner, D Vijaykrishna, J X Zhang, L J Zhang, C T Guo, C L Cheung, K M Xu, L Duan, K Huang, K Qin, Y H C Leung, W L Wu, H R Lu, Y Chen, S Xia, T S P Naipospos, K Y Yuen, S S Hassan, S Bahri, T D Nguyen, R G Webster, J S M.Peiris and Y Guan (2006) Establishment of multiple sublineages of H5N1 influenza virus in Asia: Implications for pandemic control Proc Natl Acad Sci USA Vol 103(8) pp 2845-2850 21 Chu D H., M Okamatsu, K Matsuno, T Hiono, K Ogasawara, L T Nguyen, L Van Nguyen, T N Nguyen, T T Nguyen, D Van Pham, D H Nguyen, T D Nguyen, T L To, H Van Nguyen, H Kida and Y Sakoda, (2016) Genetic and antigenic characterization of H5, H6 and H9 avian influenza viruses circulating in live bird markets with intervention in the center part of Vietnam Vet Microbiol 192 194-203 72 22 David A Steinhauer (1999) Role of Hemagglutinin Cleavage for the Pathogenicity of Influenza Virus, Virology 258, 1-20 23 De Wit E and R.A Foichier (2008) Emerging influenza J Clin Virol Vol 41 (1) pp 1-6 24 Cohen Miriam, Xing-Quan Zhang, Hooman P Senaati, Hui-Wen Chen, Nissi M Varki, Robert T Schooleyand Pascal Gagneux (2013) Influenza A penetrates host mucus by cleaving sialic acids with neuraminidase 10:321 25 Conenello G.M., D Zamazin, L.A Perrone, T Tumpey and P Palese (2007) A single mutation in the PB1-F2 of H5N1 (HK/97) and 1918 influenza A viruses contributes to increased virulence PloS Pathog Vol 3(10): 1414-1421 26 Gambotto A., S.M Barratt-Boyes, M.D Jong, G Neumann and Y Kawaoka (2008) Human infection with highly pathogenic H5N1 influenza virus Lancet Vol 731 (9622) pp 1464-1475 Review 27 Indriani Risa, Gina Samaan, Anita Gultom, Leo Loth, Sri Indryani, Rma Adjid, Ni Luh Putu Indi Dharmayanti, John Weaver, Elizabeth Mumford, Kamalini Lokuge, Paul M Kelly, and Darminto (2010) Environmental sampling for avian influenza virus A (H5N1) in live-bird markets, Indonesia Emerg Infect Dis 16(12): 1889-1895 28 Ito T., J.N Couceiro, S Kelm, L.G Baum, S Krauss, M.R Castrucci, I Donatelli, H Kida, J.C Paulson, R.G Wobster and Y Kawaoka (1998) Molecular basis for the generation in pigs of influaenza A viruses with pandemic potential 72 pp 7367-7373 29 Keawcharoen J., A Amonsin, K Oraveerakul, S Wattanodorn, T Papravasit, S Karnda, K Lekakul, R Pattanarangsan, S Noppornpanth, R.A Fouchier, A.D Osterhaus, S Payungporn, A Theamboonlers and Y Poovorawan (2005) Characterization of the hemagglutinin and neuraminidase genes of recent influenza virusisolates from different avian species in Thailand Vol 49(4) 30 Katoh Kazutaka, John Rozewicki and Kazunori D Yamada, (2017) MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization Briefings in Bioinformatics 31 Kumar S., G Stecher and K Tamura (2016) MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets Mol Biol Evol 33 (7) pp.1870-1874 73 32 Liu Yu-Fu, Han-Zhang Lai, Lin Li, Yu-Peng Liu, Wen-Yan Zhang, Ren Gao, Wen-Ke Huang, Qin-Fang Luo, Yan Gao, Qiong Luo, Xiao-Yu Xie, Jia-Hua Xu and Rui-Ai Chen, (2016) Endemic Variation of H5N6 Avian Influenza Virus in China Avian Diseases 60 (4) pp 817-825, 819 33 Luong G and P Palese (1992) Genetic analysis of influenza virus Curr Opinion Gen Develop Vol pp 77-81 34 Murphy B.R and Webster (1996) Orthomyxoviruses, In Fields B.N., Knipe D.M., Howley P.M, (eds.) Fields Virology, 3rd ed, Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia pp 1397-1445 35 Suarez D.L and S Schultz-Cherry (2000) Immunology of avianinfluenza virus: a review Dev Comp Immunol 24 (2-3) pp 269-283 36 Subbarao K., A Klimov, J Katz, H Regnery, W Lim and H Hall (1998) Charavterization of an avian influenza A (H5N1) viruses isolatedfrom a child with a fatal respiratory illness Vol 279 pp 393-396 37 Tamura K, Stecher G, Peterson D, Filipski A, and Kumar S (2013) MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 Molecular Biology and Evolution 30.pp.2725-2729 38 Taubenberger J.K (1997) Initial genetic characterization of the 1918 "Spanish" influenza virus Science Vol 275 pp 1793-6 39 Mai Thuy Duong, Thomas Peacock, Bich Vu Thi Ngoc, Thomas Fabrizio, Dang Nguyen Hoang, Nguyen Dang Tho, Diep Nguyen, Minh Nguyen, Hoa Nguyen Minh Le, Trang Hau Thi Thu, Marc Choisy, Ken Inui, Scott Newman, Nguyen vu Trung, H Rogier van Doorn, To Long Thanh, Munir Iqbal and Juliet Bryant, 2016: Prevalence and diversity of H9N2 avian influenza in chickens of Northern Vietnam, 2014 40 Tumpey TM1, Suarez DL, Perkins LE, Senne DA, Lee JG, Lee YJ, Mo IP, Sung HW, Swayne DE.(2002) Characterization of a highly pathogenic H5N1 avian influenza A virus isolated from duck meat J Virol 76 (12).pp.6344-55 41 Suxiang Tong, Xueyong Zhu, Yan Li et al, (2013) New world bats harbor biverse influenza A virus PLoS Pathog 9(10) doi: 10.1371/journal.ppat.1003657 42 Uiprasertkul M., R Kitphati, P Puthavathana, R Kriwong, A Kongchanagul, K Ungchusak, S Angkasekwinai, K Chokephaibulkit, K Srisook, N Vanprapar and P Auewarakul (2007) Apoptosis and pathogensis of avian influenza A (H5N1) viruses in humans Emerg Infect Dis Vol 13(5).pp 708-712 74 43 Wangner R., M Matrosovich and H Klenk (2002) Functional balance between haemagglutinin and neuraminidase in fluenza virus infections Vol 12(3) pp 159-166 44 Wasilenko J.L., C.W Lee, L Sarmento, E Spackman, D.R Kapczynski, D.L Suarez and M.J Pantin-Jackwood (2008) NP, PB1 and PB2 viral genes contribute to altered replication of H5N1 avian influenza viruses in chickens Vol 82(9) pp 4544-4553 45 Webster R G., Y Guan, M Peiris, D Walker, S Krauss, N N Zhou, E A Govorkova, T M Ellis, K C Dyrting, T Sit, D R Perez and K F Shortridge (2002) Characterization of H5N1 influenza viruses that continue to circulate in geese in southeastern China Vol 76(1) pp 118-126 46 Wolfgang Garten and Hans-Dieter Klenk (2008) Cleavage Activation of the Influenza Virus Hemagglutinin and Its Role in Pathogenesis Avian Influenza 27, pp 156-167 47 Wu W L., Y Chen, P Wang, W Song, S Y Lau, J M Rayner, G J Smith, R G Webster,J S Peiris, T Lin, N Xia, Y Guan and H Chen (2008) Antigenic profile of avian H5N1 viruses in Asia from 2002 to 2007 82(4) pp 1798-17807 48 Zhao Z.M., K.F Shortridge, M Garci, Y Guan and X.F Wan (2008) Genotypic diversity of H5N1 highly pathogenic avian influenza viruses Vol 89(9) pp 2182-2193 III Tài liệu Internet: 49 http://www.cucthuy.gov.vn 50 http://www.vncdc.gov.vn 51 http://www.wpro.who.int/emerging_diseases 52 http://www.oie.int/en/animal-health-in-the-world/update-on-avian-influenza/2016/ 53 http://www.micro.magnet.fsu.edu/cells/viruses/influenzavirus.html 54 http://www.fao.org/docs/eims/upload/200354/hpai_manual.pdf 55 http://www.fao.org/indonesia/news/detail-events/en/c/1145340/ 56 http://www.fao.org/myanmar/programmes-and-projects/success-stories/poultryproduction-yangon/en/ 57 http://www.who.int 75 PHỤ LỤC BẢNG CÂU HỎI ĐIỀU TRA Chương trình giám sát lưu hành virus cúm A/H9N2 chợ bán gia cầm sống thuộc Thành phố Hà Nội tỉnh Bắc Ninh Ngày /tháng/năm: Thời gian vấn lấy mẫu: Tỉnh, huyện tên chợ: Mã câu hỏi (giống với mã mẫu): Thông tin thêm (dùng để cung cấp cho người bán gia cầm) - Đây khảo sát thí nghiệm tình hình lưu hành virus cúm gia cầm chợ buôn bán gia cầm sống - Bảng câu hỏi hai nội dung thí nghiệm, thiết kế cho người bán gia cầm chợ lựa chọn - Đề nghị xác minh xác người bán chủ sở hữu gia cầm người trực tiếp bán gia cầm chợ - Nội dung thứ hai thí nghiệm yêu cầu người bán gia cầm cung cấp gà cho mục đích lấy mẫu (dùng tăm bơng ngốy dịch hầu/họng) Lưu ý thao tác không ảnh hưởng đến sức khoẻ gà tiếp tục bán sau thực lấy mẫu - Người bán gia cầm có quyền từ chối nội dung thí nghiệm, nhiên đồng ý tham gia cần phải hồn thành hai nội dung - Nghiên cứu thực Trung tâm Chẩn đoán thú y Trung ương (Việt Nam) Viện Pirbright (Anh) Hướng dẫn: - Điều quan trọng nhà cung cấp tham gia trả lời câu hỏi trước gia cầm họ nhập vào chợ mua vào thời gian ngắn trước thực thí nghiệm - Nếu nhà cung cấp gia cầm đồng ý với hai điều kiện chọn ngẫu nhiên gà, đảm bảo xác nhận chọn mang đến chợ lần Thu thập mẫu đơn – ngốy dịch khí quản – từ gà, cho vào ống chứa dung dịch bảo quản mẫu Thực gà thí nghiệm 76 Đối với bảng câu hỏi, cần ghi rõ nguồn gốc xuất xứ gà dùng để lấy mẫu phương thức kinh doanh người cung cấp Người vấn sử dụng câu hỏi câu hỏi sử dụng bút để ghi chép lại câu trả lời Khi hoàn tất vấn, mã câu hỏi (được ghi đầu trang) dùng để đánh số cho ống mẫu swab thu thập từ gà người trả lời vấn cung cấp Nếu trường hợp người bán gia cầm muốn dừng, khơng tiếp tục tham gia vấn, nguyên nhân cần ghi lại cụ thể đây: Số gà lấy mẫu giống gà (nếu biết): Số gà: Giống gà (gà thịt/gà đẻ/gà ta (bản địa)): Ơng/bà có mặt chợ Đối tượng mà ơng/bà bán gà? bao lâu? (tính theo giờ) Khách hàng tiêu thụ (mua để ăn/nhà hàng ) Nhà cung cấp khác (người mua trung gian người bán lẻ khác) Khác (mơ tả ) Ơng/bà mua gia cầm đâu? Ghi lại tỉnh, huyện, tên trang trại, chợ Nếu đàn gia cầm mua nhiều nơi, ghi lại nơi Ơng/bà mua gia cầm từ trang trại có quy mơ nào? Đánh dấu đánh nhiều ô gia cầm đến từ nhiều nguồn Ghi tên trang trại, chợ Gà thả vườn (500) Chợ gia cầm sống khác (ghi lại tên) Khác (mơ tả) 77 Lồi/giống gia cầm bán? Mỗi loại, Ơng/bà bán con/một ngày? (Đánh dấu vào loài mô tả giống ) Gà (gà thịt/gà đẻ/gà địa/khác) Vịt (thịt/đẻ/ngan/khác) Chim bồ câu Khác (mô tả) Tuần trước, có Trong ngày cịn dư ngày ơng/bà khơng bán hết gia cầm, số lượng lồi gia cầm? (Trả lời phải từ lại bao nhiêu? - ngày) Ghi loại (nếu biết) Trong ngày cịn dư ơng/bà nhốt gia cầm đâu? Gà Tại nhà Vịt Tại chợ Bồ câu Khác (mô tả) Khác Bao lâu ông/bà lại nhập gia cầm lần? Đàn gia cầm ơng (bà) tiêm phịng cúm chưa? Có/khơng/khơng biết Hàng ngày ngày/lần Trên/dưới lần/tuần Ông/bà đến chợ khác tuần? Ông/bà chợ lần tuần? 78 ... tiến hành thực đề tài: ? ?Giám sát lưu hành xác định số đặc tính sinh học phân tử virus cúm gia cầm type A/H9N2 gia cầm sống bán số chợ thành phố Hà Nội tỉnh Bắc Ninh năm 2017”, từ giám sát lưu hành. .. lưu hành virus cúm gia cầm nhằm cảnh báo sớm dịch cúm gia cầm điều chỉnh biện pháp phòng, chống dịch cho phù hợp - Xác định số đặc tính sinh học phân tử chủng virus cúm gia cầm A/H9N2 phân lập... bệnh cúm gia cầm Hà Nội Bắc Ninh giai đoạn 2015 - 2018 (ii) Giám sát lưu hành virus cúm A/H9N2 chợ - Xác định tỷ lệ nhiễm virus cúm type A mẫu - Xác định tỷ lệ nhiễm virus cúm subtype H9 mẫu - Xác