Với mục đích kiểm định cá Tra (Pangasianodon hypophthalmus), việc xây dựng quy trình phân tích đoạn Cytochrome b là cần thiết. Cặp mồi universal cho Cytb được sử dụng để nhân gen thuộc vùng gen ty thể thông qua PCR các mẫu cá Tra và một số loài cá da trơn khác với kích thước 430 bp. Sản phẩm PCR sau đó được tinh sạch và giải trình tự.
Pangasius elongatus 28 TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SƠNG CỬU LONG - SỐ - THÁNG 9/2016 VIỆN NGHIÊN CỨU NI TRỒNG THỦY SẢN II Ngay sau có kết tiến hóa, tiến hành thực bước đến bước 9, nhà nghiên cứu so sánh kết với tiến hóa mà nhà nghiên cứu định nghĩa sẵn từ trước Sự sai khác hai tiến hóa giúp nhà nghiên cứu đến định chấp nhận kết hay quay lại hiệu chỉnh Sau có tiến hóa, nhà nghiên cứu đưa tiến hóa vào chương trình xử lý hình ảnh đồ hịa thơng thường để hiệu chỉnh hay làm bật nhóm lịai cần ý trước cơng bố Ngồi ra, Mega giúp tính tốn khoảng cách di truyền loài nghiên cứu chức Distance Compute pairwise distances dựa vào mơ hình tính tốn Kimura 2-Parameter (K2P) Kết nhận bảng 3, khoảng cách di truyền mẫu thuộc họ cá dứa cá xác sọc 0,137, kết thể khác biệt rõ rệt hai loài Bảng 3: Khoảng cách di truyền mẫu thuộc loài họ Pangasiidae: Pangasius macronema Pangasius elongatus IV KẾT LUẬN Quy trình phân tích đoạn gien Cytochrome b hồn tồn phù hợp với mục đích nghiên cứu kiểm định cá Tra Các mẫu DNA sau thực phản ứng PCR tinh giải trình tự Các trình tự sau nhận từ cơng ty giải trình tự kiểm tra chất lượng xử lý kết hợp hai phần mềm FinchTV Bioedit để đạt trình tự chuẩn xác cho bước phân tích Sau đó, phần mềm BLAST liệu NCBI so sánh xác định mức độ tương đồng mẫu nghiên cứu với trình tự mẫu, kết thể 99-100%, kết luận mẫu nghiên cứu có mức độ tương đồng cao với mẫu công bố liệu NCBI Cuối cùng, phần mềm Mega phần mềm thích hợp cho phân tích phát sinh loài khoảng cách di truyền cá Tra loài cá da trơn khác họ Pangasiidae TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SƠNG CỬU LONG - SỐ - THÁNG 9/2016 29 VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN II TÀI LIỆU THAM KHẢO Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L., deWaard, J.R., 2003 Biological identifications through DNA barcodes Proceedings of the Royal Society of London Series B: Biological Sciences 270, 313-321 Kimura, M., 1980 A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences Journal of Molecular Evolution 16:111-120 MRC, 2008 Mekong River Commission, Phnom Penh Puckridge, M., Andreakis, N., Appleyard, S.A., Ward, R.D., 2013 Cryptic diversity in flathead fishes (Scorpaeniformes: Platycephalidae) across the Indo-West Pacific uncovered by 30 DNA barcoding Molecular Ecology Resources 13, 32-42 Tamura K, Dudley J, Nei M & Kumar S, 2007 MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0 Molecular Biology and Evolution 24:15961599 Sevilla R, Diez A, Noren M, 2007 Primers and polymerase chain reaction conditions for DNA barcoding teleost fish based on the mitochondrial cytochrome b and nuclear rhodopsin gienes Mol Ecol Notes 7:730–734 Vences, M, 2005 Comparative performance of the 16S rRNA gene in DNA barcoding of of amphibians http://www.fishbase.org (ngày 16/07/2016) TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SƠNG CỬU LONG - SỐ - THÁNG 9/2016 VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN II PROCESS OF ANALYSIS FOR CYTOCHROME B GEN ON TRA CATFISH (Pangasianodon hypophthalmus) SAMPLES Tran Nguyen Ai Hang1*, Tran Thi Thuy Ha1 ABSTRACT For identify Tra catfish (Pangasianodonhypoph-thalmus), process of analysis for cytochrome b gen was built Using the universal primer for cytochrome b gen to amplify PCR products about 430 bp for length from Tra catfish and other catfish samples belonging to Pangasidae After cleaning process, products were sent to sequence Before using for the analyzed steps, these sequences will be pre-treated to get the best sequences by two software such as FinchTV and Bioedit Next, using BLAST to find a similarity with species was published in the database of NCBI Finally, Mega software would be use to analyze genetic distance as well as building Neighbor-Joining tree subspecies which also confirm close relationships between these species in the same family Pangasiidae Keywords: Tra Catfish, Cytochrome b, Finch TV and Bioedit, Pangasianodon hypophthalmus, Mega Người phản biện: ThS Bùi Thị Liên Hà Ngày nhận bài: 26/7/2016 Ngày thông qua phản biện: 10/8/2016 Ngày duyệt đăng: 05/9/2016 Department of Experimental Biology, Research Institute for Aquaculture No.2 Research Institute for Aquaculture No.1 *Email: hangtna.ria2@mard.gov.vn TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SÔNG CỬU LONG - SỐ - THÁNG 9/2016 31 ... elongatus IV KẾT LUẬN Quy trình phân tích đoạn gien Cytochrome b hoàn toàn phù hợp với mục đích nghiên cứu kiểm định cá Tra Các mẫu DNA sau thực phản ứng PCR tinh giải trình tự Các trình tự sau nhận... Kimura 2-Parameter (K2P) Kết nhận b? ??ng 3, khoảng cách di truyền mẫu thuộc họ cá dứa cá xác sọc 0,137, kết thể khác biệt rõ rệt hai loài B? ??ng 3: Khoảng cách di truyền mẫu thuộc loài họ Pangasiidae:... CATFISH (Pangasianodon hypophthalmus) SAMPLES Tran Nguyen Ai Hang1*, Tran Thi Thuy Ha1 ABSTRACT For identify Tra catfish (Pangasianodonhypoph-thalmus), process of analysis for cytochrome b gen was built