Nghiên Cứu Tỷ Lệ Biểu Lộ Và Đột Biến Gen LMP1 Của Virus Epstein-Barr Và HLA Trên Bệnh Nhân Ung Thư

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ  TRỊNH THỊ HỒNG CỦA NGHIÊN CỨU TỶ LỆ BIỂU LỘ VÀ ĐỘT BIẾN GEN LMP1 CỦA VIRUS EPSTEIN-BARR VÀ HLA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM MŨI HỌNG TẠI THÀNH PHỐ CẦN THƠ LUẬN ÁN TIẾN SĨ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã ngành: 62 42 02 01 Cần Thơ - 2020 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ  TRỊNH THỊ HỒNG CỦA NGHIÊN CỨU TỶ LỆ BIỂU LỘ VÀ ĐỘT BIẾN GEN LMP1 CỦA VIRUS EPSTEIN-BARR VÀ HLA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM MŨI HỌNG TẠI THÀNH PHỐ CẦN THƠ LUẬN ÁN TIẾN SĨ Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã ngành: 62 42 02 01 CÁN BỘ HƯỚNG DẪN PGs.Ts Trần Ngọc Dung Gs.TSKH Phan Thị Phi Phi Cần Thơ - 2020 TRANG XÁC NHẬN CỦA NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC Luận án “Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ đột biến gen LMP1 Virus EpsteinBarr HLA bệnh nhân ung thư vòm mũi họng Thành phố Cần Thơ” nghiên cứu sinh Trịnh Thị Hồng Của thực hướng dẫn PGs.Ts.Trần Ngọc Dung Gs.TSKH.Phan Thị Phi Phi Người hướng dẫn khoa học Tác giả luận án PGs.Ts.Trần Ngọc Dung Trịnh Thị Hồng Của i LỜI CẢM TẠ Xin chân thành cám ơn cô PGs.Ts.Trần Ngọc Dung (hướng dẫn chính) Gs.TSKH.Phan Thị Phi Phi (hướng dẫn phụ) tận tình hướng dẫn tơi bước phương pháp nghiên cứu khoa học, giúp hiểu rõ bệnh học ung thư vòm mũi họng, động viên cho lời khuyên gặp khó khăn giai đoạn nghiên cứu luận án Xin chân thành cám ơn Ban Giám Hiệu Trường Đại học Cần Thơ, Ban Giám Hiệu Trường Đại học Y Dược Cần Thơ, Khoa sau đại học Trường Đại học Cần Thơ, Ban lãnh đạo Viện Nghiên cứu & Phát triển Công nghệ sinh học, Ban Giám Đốc, lãnh đạo Khoa (Khoa khám chữa bệnh, Khoa nội soi, Khoa ngoại tổng hợp 1, Khoa xạ trị, Khoa Giải phẫu bệnh) Bác sĩ đồng nghiệp, điều dưỡng Khoa, Phòng ban Bệnh viện Ung bướu Cần Thơ tạo điều kiện thuận lợi cho thực thủ tục, thu nhận mẫu bệnh phẩm nghiên cứu Xin gửi lòng biết ơn sâu sắc đến 108 bệnh nhân mắc bệnh ung thư vòm mũi họng sẵn lòng cung cấp thơng tin cá nhân, bệnh tật để tơi hồn thành luận án Tơi xin tri ân người bệnh người thầy giúp đỡ tơi q trình tiếp cận với tri thức Y khoa Xin cám ơn gia đình, thầy/cơ Viện Nghiên cứu & Phát triển Công nghệ sinh học, thầy/cô Bộ môn Sinh lý bệnh - Miễn dịch, Trường Đại học Y Dược Cần Thơ, động viên, hỗ trợ nghiên cứu, công tác sống để tơi có thời gian hồn thành chương trình đào tạo Một lần nữa, tơi xin chân thành cám ơn Trịnh Thị Hồng Của ii TĨM TẮT Ung thư vịm mũi họng (UTVMH - NPC: Nasopharyngeal Carcinoma) khối u ác tính xuất phát chủ yếu từ lớp tế bào biểu mơ phủ vịm mũi họng với mức độ biệt hóa khác Đây mười loại ung thư hàng đầu ung thư thường gặp loại ung thư vùng đầu mặt cổ Việt Nam Bệnh UTVMH thường chẩn đốn muộn nhiều lý dẫn đến kết điều trị làm tỷ lệ tử vong tăng cao Các nghiên cứu trước cho thấy, yếu tố sinh bệnh chính, nhiễm virus Epstein-Barr (EBV) xem yếu tố định bệnh sinh học UTVMH nên quan tâm nghiên cứu nhiều nhất, đặc biệt gen Latent Membrane Protein (LMP1) EBV tìm thấy hầu hết mơ sinh thiết vịm mũi họng bệnh nhân UTVMH Kiểu đột biến đoạn 30 bp LMP1 EBV có liên quan chặt chẽ cho phát triển khối u ác tính biểu mơ vịm mũi họng bệnh nhân (BN) có nhiễm EBV Bên cạnh đó, đặc điểm bệnh sinh học UTVMH cịn liên quan đến yếu tố địa gen Human Leukocyte Antigen (HLA) nhạy cảm với UTVMH điều làm nên đặc tính khác tỷ lệ bệnh vùng miền Mục tiêu nghiên cứu nhằm xác định tỷ lệ diện đột biến gen LMP1 EBV mẫu mô sinh thiết BN UTVMH xác định tần suất phổ biến alen HLA BN nghiên cứu Thiết kế nghiên cứu mô tả cắt ngang 108 mẫu mơ sinh thiết vịm BN chẩn đoán xác định UTVMH Bệnh viện Ung bướu Cần Thơ Nghiên cứu thực kỹ thuật PCR cổ điển với cặp mồi đặc hiệu LMP1 (168373-168174) kỹ thuật giải trình tự gen LMP1 để phát diện gen LMP1 kiểu đột biến gen LMP1 Kết cho thấy, tỷ lệ diện gen LMP1 EBV mẫu mô sinh thiết vòm BN UTVMH 64,8% (70/108), kiểu đột biến đoạn 30 bp gen LMP1 qua kỹ thuật điện di sản phẩm khuếch đại 72,9% (51/70) nghiên cứu xác nhận kết đột biến đoạn 30 bp LMP1 kỹ thuật giải trình tự gen LMP1 với tỷ lệ 75,8% (25/33) Vị trí đột biến đoạn 30 bp gen LMP1 EBV 168266-168295 số đột biến thay nucleotide 168225A>T, 168295T>A, 168308A>G, 168320T>C Bằng kỹ thuật Polymerase Chain Reaction - Sequence Specific Oligonucleotide probes (PCR-SSO) nghiên cứu xác định tần suất alen HLA xuất cao BN nghiên cứu -A*02 (40,4%), -A*11 (21,2%), -A*24 (21,2%); -B*15 (25%), -B*46 (23,1%), -B*38 (9,6%), -B*07 (7,7%); -DRB1*12 (17,3%) -DRB1*09 (13,8%); -DQB1*03 (44,7%), -DQB1*05 (21,4%) -DQB1*06 (17,9%); -DQA1*01 (35,7%), DQA1*03 (28,6%) -DQA1*06 (21,4%) Người mang alen -DRB1*08 có nguy mắc bệnh UTVMH gấp lần người bình thường (OR = 8,098, p < 0,05), iii ngược lại người mang alen -DRB1*12 -DQB1*03 giảm nguy mắc bệnh lý (OR = 0,335, p < 0,05; OR = 0,367, p < 0,05) so với người không mang alen Liên quan kiểu đột biến đoạn 30 bp gen LMP1 EBV với thể mô bệnh học ung thư tế bào biểu mơ khơng biệt hóa có ý nghĩa thống kê (p < 0,05) khơng có liên quan giai đoạn bệnh (p > 0,05) Người mang alen HLA-B*15 có nguy đột biến đoạn 30 bp LMP1 EBV cao gấp 4,6 lần so với người không mang alen Riêng alen HLA-A*02 có liên quan đến thể mơ bệnh học ung thư tế bào biểu mô không biệt hóa (p < 0,05) alen HLAB*15, HLA-DQA1*03 làm giảm 12,2%, 17,8% nguy mắc UTVMH giai đoạn muộn bệnh nhân nghiên cứu Từ khóa: mơ bệnh học, protein màng tiềm ẩn - LMP1, virus Epstein-Barr, ung thư vòm mũi họng iv ABSTRACT Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a malignant tumour originating mainly from the epithelial cell lining the nasopharynx with different degrees of differentiation This is one of the top ten cancers and also the most common cancer among the head and neck cancers in Vietnam The disease is often diagnosed late for a variety of reasons and as a result in poorer treatment outcomes and increased mortality Previous studies have demonstrated that, among the main pathogenetic factors, Epstein-Barr virus (EBV) infection is considered to be the decisive factor in the pathogenesis of NPC and should be paid the most attention to research, especially the Latent Membrane Protein (LMP1) of EBV is found in most nasopharynx biopsy tissue of NPC patients The loss 30bp mutation LMP1 EBV is strongly associated with malignant tumour growth in the nasopharynx epithelium in patients with EBV infection In addition, due to the characteristics of NPC, it is also related to Human Leucocyte Antigen (HLA) genomic factor, which is sensitive to NPC and this has made different characteristic of diseases rates among regions The objective of the study determined the rate of the presence and mutation of LMP1 gene of EpsteinBarr Virus in biopsy samples of NPC patients and figured out the prevalence of common HLA alleles in the study patients The cross-sectional description research of 108 nasopharynx biopsy samples in patients diagnosed with nasopharyngeal carcinoma at Can Tho Oncology Hospital was conducted Classical PCR technique was implemented utilizing primer pair LMP1 (168373-168174) to detect the presence of LMP1 EBV gene and LMP1 gene sequencing technique was also conducted to ascertain LMP gene mutation type The results showed that the rate of the presence of LMP1 EBV gene was 64.8% (70/108), loss 30bp mutation in LMP1 gene accounted for 72.9% (51/70) by PCR technique and the study has confirmed the result of 30bp loss mutation by gene sequencing technique that was 75.8% (25/33) The site of the 30bp gene LMP1 EBV mutation was 168266-168295 and some nucleotide replacement mutations such as 168225A>T, 168295T>A, 168308A>G, 168320T>C By Polymerase Chain Reaction - Sequence Specific Oligonucleotide probes (PCR-SSO) technique, the study has determined the frequencies of HLA alleles in patients that were -A*02 (40.4%), -A*11 (21.2%), -A*24 (21.2%); -B*15 (25%), -B*46 (23.1%), -B*38 (9.6%), -B*07 (7.7%); -DRB1*12 (17.3%) and -DRB1*09 (13.8%); -DQB1*03 (44.7%), -DQB1*05 (21.4%) and -DQB1*06 (17.9%); -DQA1*01 (35.7%), -DQA1*03 (28.6%) and -DQA1*06 (21.4%) People who carry the allele -DRB1*08 are at risk for NPC eight times more than normal people (OR = 8.098, p < 0.05), whereas people who carry the allele -DRB1*12 and -DQB1*03 reduce the risk of this disease (OR = 0.335, p < 0.05; OR = 0.367, p < 0.05) compared to people without these alleles The relationships between 30bp loss mutation in LMP1 EBV gene with undifferentiated carcinoma in NPC patients were statistically significant (p < 0.05) but not related to the stage in the studied NPC patients (p > 0.05) HLA-B*15 allele was v an allele that can risk of loss 30bp mutation LMP1 EBV gene four times more than people without these alleles (with OR = 4.640, p = 0.018) Particularly for HLA-A*02 allele was correlated with undifferentiated carcinoma (p < 0.05) HLA-B*15 and HLA-DQA1*03 alleles can reduce the risk of late stage of disease by 12.2% and 17.8% Key words: Histopathology, Latent Membrane Protein - LMP1, Epstein-Barr virus, nasopharyngeal carcinoma vi CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập – Tự – Hạnh phúc CAM KẾT KẾT QUẢ Tôi xin cam kết luận án “Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ đột biến gen LMP1 Virus Epstein-Barr HLA bệnh nhân ung thư vòm mũi họng Thành phố Cần Thơ” hoàn thành dựa kết nghiên cứu thực hướng dẫn PGs.Ts.Trần Ngọc Dung Gs.TSKH.Phan Thị Phi Phi Các kết cơng trình nghiên cứu chưa dùng cho luận án cấp khác Tác giả luận án Trịnh Thị Hồng Của vii MỤC LỤC Trang xác nhận người hướng dẫn khoa học i Lời cám ơn ii Tóm tắt iii Abstract v Cam kết kết vii Mục lục viii Danh sách bảng xii Danh sách biểu đồ xiv Danh sách hình xv Danh mục từ viết tắt xvii CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Sơ lược cấu trúc giải phẫu hệ thống mạch bạch huyết vùng VMH 2.1.1 Cấu trúc giải phẫu vòm mũi họng 2.1.2 Hệ thống mạch bạch huyết vùng vòm mũi họng 2.2 Bệnh ung thư vòm mũi họng 2.2.1 Định nghĩa 2.2.2 Dịch tễ học bệnh ung thư vòm mũi họng giới Việt Nam 2.2.3 Đặc điểm lâm sàng cận lâm sàng bệnh ung thư vòm mũi họng 2.2.4 Đánh giá xếp loại giai đoạn theo T, N, M cho UTVMH 12 2.3 Bệnh sinh học ung thư vòm mũi họng 13 2.3.1 Nguyên nhân yếu tố nguy gây bệnh bệnh UTVMH 13 2.3.2 Virus Epstein-Barr (EBV) 13 2.3.3 Yếu tố địa HLA 21 2.3.4 Những biến đổi sinh học di truyền UTVMH liên quan đến gen LMP1 EBV 32 2.4 Các kỹ thuật SHPT ứng dụng phát gen LMP1 EBV định type gen HLA 34 2.4.1 Các kỹ thuật SHPT ứng dụng phát gen LMP1 EBV 34 2.4.2 Các kỹ thuật SHPT ứng dụng xác định type gen HLA 35 2.5 Tình hình nghiên cứu gen LMP1 EBV, type HLA BN UTVMH 36 2.5.1 Các nghiên cứu gen LMP1 EBV bệnh ung thư vòm mũi họng 36 2.5.2 Các nghiên cứu HLA bệnh ung thư vòm mũi họng 37 CHƯƠNG 3: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 39 3.1 Đối tượng nghiên cứu 39 3.1.1 Đối tượng nghiên cứu 39 viii 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 B14019 B14020 B14023 B14025 B15030 B15031 B15032 B15035 B15036 B15037 B15039 B15040 B15041 B15042 B15043 B15044 B15052 ST tươi Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin ST tươi ST tươi Block parafin ST tươi ST tươi ST tươi ST tươi Block parafin Block parafin Block parafin ST tươi ST tươi A14-8463 Carcinome KBH 87.5 2.04 (+) A14-1218 Carcinome KBH 397.6 1.80 (-) A14-5601 Carcinome KBH 128.4 1.80 (+) A14-6056 Carcinome KBH 8.4 1.60 A14-7846 Carcinome TBGKSH 119.9 A15-854 Carcinome KBH A15-960 Carcinome KBH A15-885 Carcinome TBGKSH A15-1302 Carcinome KBH A15-1493 Carcinome TBGKSH A15-1879 Carcinome KBH A15-5348 200 T2N3M0 IVB T3N2M0 III T1N2M0 III (-) T1N1M0 II 1.85 (-) T3N0M0 III 175 2.10 (+) 200 T4N0M0 IVA 119.5 2.10 (+) 200 T2N2M0 III 7.9 1.60 (-) T4N2M0 IVA 109.6 1.94 (+) 200 PK 917 1.83 (+) 200 PK 372.3 1.81 (+) 200 PK Carcinome TBGKSH 293 1.98 (-) PK A15-1094 Carcinome KBH 27.3 1.60 (-) T2N2M0 III A15-2431 Carcinome KBH 44.91 1.88 (-) T3N1M0 III A15-2681 Carcinome KBH 215.4 1.90 (+) 200 30bp del T2N3M0 IVB A15-5128 Carcinome TBGKSH 54.89 1.97 (+) 200 30bp del T3N2M0 III A15-6143 Carcinome KBH 5.3 2.10 (+) 230 T1N1M0 II 200 30bp del 30bp del 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 B15055 B15056 B15057 B15059 B15060 B15062 B15063 B15064 B15066 B15067 B16077 B16083 B16089 B16091 B16093 B16101 B16102 Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin ST tươi ST tươi ST tươi ST tươi Block parafin ST tươi Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin A15-4551 Carcinome KBH 11.67 1.75 (-) T1N1M0 II A15-2586 Carcinome TBGKSH 197.2 1.82 (+) T2N2M0 III A15-4638 Carcinome KBH 15.34 1.84 (-) T3N0M0 III A15-6172 Carcinome KBH 355.9 1.82 (+) T2N2M0 III A15-3007 Carcinome KBH 1972 1.82 (-) T2N2M0 III A15-7240 Carcinome TBGKSH 76.15 1.95 (-) T2N0M0 II A15-7285 Carcinome TBGKSH 213.7 1.82 (+) 200 T3N1M0 III A15-7951 Carcinome KBH 35.49 2.03 (+) 200 PK A15-9142 Carcinome KBH 17.37 2.08 (+) 230 PK A15-8914 Carcinome KBH 4.5 1.82 (-) T2N2M0 III A17-1654 Carcinome TBGKSH 7.2 2.20 (-) T4N3M0 IVB A15-1300 Carcinome KBH 4.1 1.98 (+) T4N1M0 IVA A16-1207 Carcinome KBH 25.44 2.05 (-) T4N1M0 IVA A16-640 Carcinome TBGKSH 8.4 1.92 (-) T2N1M0 II A16-1359 Carcinome TBGKSH 9.5 2.12 (+) T3N2M0 III A16-3963 Carcinome TBGKSH 9.1 1.60 (-) T4N2M0 IVA A16-5399 Carcinome TBGKSH 19.14 1.89 (-) T1N2M0 III 200 200 30bp del 200 200 30bp del 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 B16103 B16107 B16108 B16110 B16111 B16112 B16115 B16117 B16121 B17123 B17124 B17126 B17129 B17131 B17135 B17139 B17140 Block parafin ST tươi ST tươi Block parafin ST tươi Block parafin Block parafin ST tươi Block parafin ST tươi ST tươi Block parafin Block parafin Block parafin ST tươi Block parafin ST tươi A16-3818 Carcinome TBGKSH 141.5 1.87 (+) 200 A16-5769 Carcinome TBGKSH 88.1 1.70 (+) 230 A16-5815 Carcinome TBGKSH 2.3 1.80 (-) T2N2M0 III A16-6120 Carcinome TBGKSH 5.9 1.60 (-) T4N2M0 IVA A16-6603 Carcinome KBH 21.7 1.60 (+) 200 30bp del T1N0M0 I A16-5246 Carcinome KBH 2.3 1.60 (+) 200 30bp del T3N3M0 IVB A16-6326 Carcinome TBGKSH 7.1 2.10 (-) T2N2M0 III A16-7694 Carcinome KBH 3.3 2.10 (-) T2N2M0 III A16-8341 Carcinome TBGKSH 80.38 1.90 (-) T1N2M0 III A17-110 Carcinome TBGKSH 111.15 1.93 (+) 200 T4N2M0 IVA A17-376 Carcinome TBGKSH 56.38 1.92 (+) 200 PK A17-9723 Carcinome KBH 3.4 2.10 (-) T2N1M0 II A17-692 Carcinome TBGKSH 3.8 2.10 (-) T4N2M0 VA A17-691 Carcinome TBGKSH 3.3 2.10 (-) T2N2M0 III T2N2M0 III T2N2M0 III T2N2M0 III A17-4274 Carcinome TBGKSH A17-3689 Carcinome KBH A17-5353 Carcinome TBGKSH 59.85 1.82 (+) 7.4 2.10 (-) 181.1 1.88 (+) 230 200 30bp del T2N2M0 III PK No 30bp del 30bp del 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 B17141 B17142 B17144 B17145 B17146 B17148 B17149 B17150 B17151 B17152 B17153 B17154 B17156 B17157 B17158 B17159 B18160 Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin ST tươi Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin ST tươi Block parafin Block parafin ST tươi Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin A17-2612 Carcinome TBGKSH 4.9 1.60 (-) T4N1M0 IVA A17-4820 A1716311 Carcinome KBH 28.44 1.73 (+) 200 T1N2M0 III 230 30bp del No 30bp del Carcinome TBGKSH 7.9 1.60 (+) T4N1M0 IVA A17-6200 Carcinome TBGKSH 7.1 2.10 (+) 200 30bp del T3N2M0 III A17-6450 Carcinome KBH 1315 1.78 (+) 200 30bp del T4N0M0 IVA A17-6816 Carcinome TBGKSH 9.2 1.60 (+) 200 30bp del T2N2M0 III A17-2156 Carcinome TBGKSH 29.95 1.77 (+) 200 T3N1M1 IVC A17-7798 Carcinome TBGKSH 18.65 1.75 (+) 200 T4N1M0 IVA A17-7444 Carcinome KBH 158.9 1.80 (+) 200 T1N2M0 III A17-8015 Carcinome TBGKSH 14.32 1.90 (-) T4N2M0 IVA A17-7948 Carcinome TBGKSH 5.0 1.72 (+) 200 T4N2M0 IVA A17-6594 Carcinome TBGKSH 27.01 1.93 (+) 200 T2N2M0 III A17-8488 Carcinome TBGKSH 25.63 2.03 (+) 230 T2N2M0 III A17-8456 Carcinome TBGKSH 7,245 2.10 (-) T2N1M0 II A17-4484 Carcinome TBGKSH 17.1 1.88 (-) T1N0M0 I A17-8087 A1710071 Carcinome TBGKSH 8.1 1.99 (+) T4N0M0 IVA Carcinome TBGKSH 19.57 1.85 (-) T2N2M0 III 200 30bp del 30bp del No 30bp del 30bp del 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 B18161 B18162 B18163 B18165 B18166 B18167 B18169 B18170 B18171 B18172 B18173 B18174 B18176 B18177 B18178 B18179 B18181 Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin ST tươi Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin A17-9620 Carcinome TBGKSH 4.0 2.10 (-) T2N2M0 III A17-9980 Carcinome KBH 17.64 2.04 (+) T2N2M0 III A17-6845 Carcinome TBGKSH 11.57 2.08 (-) T3N3M0 IVB A17-9917 Carcinome KBH 26.45 2.12 (+) 230 T2N0M0 II A18-01 Carcinome TBGKSH 24.39 2.14 (+) 200 T2N1M0 II A17-4275 Carcinome TBGKSH 6.1 1.97 (-) T2N2M1 IVC A17-6021 Carcinome TBGKSH 8.5 1.90 (+) 230 TNM1 IVC A18-472 Carcinome KBH 8.71 1.90 (+) 200 T2N2M0 III A17-6037 Carcinome TBGKSH 113.3 1.85 (+) 200 T1N2M0 III A17-1316 Carcinome KBH 23.96 1.72 (-) T2N1M0 II A18-214 Carcinome TBGKSH 3.6 2.10 (+) 200 T2N2M0 III A18-297 Carcinome TBGKSH 605.6 1.91 (+) 200 200 30bp del 30bp del A18-2109 Carcinome KBH 272.1 1.99 (+) 230 No 30bp del A17-9754 Carcinome KBH 53.1 2.04 (+) 200 30bp del A17-9297 Carcinome TBGKSH 47 1.88 (+) 230 A18-1650 Carcinome KBH 22 2.10 (+) 200 A17-7610 Carcinome KBH 126.7 1.90 (+) 200 30bp del T2N2M0 III T2N2M0 III T2N2M0 III T4N0M0 IVA T2N2M0 III T2N2M0 III 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 B18183 B18184 B18186 B18187 B18188 B18189 B18190 B18192 B18193 B18194 B18195 Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin Block parafin A18-1715 Carcinome TBGKSH 11 1.60 (+) 230 A18-1241 Carcinome TBGKSH 19.99 1.70 (+) 230 A18-2814 Carcinome TBGKSH 16.86 1.71 (+) 230 A18-4658 Carcinome TBGKSH 42.06 2.00 (+) 200 A18-5182 Carcinome TBGKSH 37.5 1.92 (+) 230 A18-4352 Carcinome TBGKSH 76.32 1.85 (+) 200 A18-5127 Carcinome TBGKSH 148.3 1.94 (+) 200 A18-1675 Carcinome TBGKSH 119.4 1.91 (+) A18-4674 Carcinome TBGKSH 143.8 1.87 A18-4308 Carcinome TBGKSH 203.7 A18-5849 Carcinome TBGKSH 104.2 No 30bp del No 30bp del T4N2M0 IVA T2N2M0 III T4N0M0 IVA T2N1M0 II T4N1M0 IVA T2N0M0 II T2N0M0 II 230 30bp del No 30bp del T1N2M1 IVC (+) 200 30bp del T3N1M0 III 1.91 (+) 230 T2N1M0 II 1.89 (+) 200 T2N1M0 II 30bp del No 30bp del 30bp del PHỤ LỤC D KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU HLA Tên luận án: "Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ đột biến gen LMP1 Virus Epstein-Barr HLA bệnh nhân ung thư vòm mũi họng Thành phố Cần Thơ" ST T 10 11 12 13 14 15 COD E B15044 B15052 B15059 B15063 B16093 B16112 B17140 B17144 B17145 B17146 B17153 B17154 B17156 B17159 B18162 DNA MÁU CO A260/ N 280 64 27 1.7 81 1.8 43 11 45 1.7 1.7 1.775 32 13 34 19 14 94 26 21 72 125 102 55 22 1.9 1,714 82 1.78 1.6 1.6 1,583 2.1 1,812 1.78 ST T HLA NPC HLA-A A*0 A*1 A*0 A*1 A*0 A*2 A*1 A*3 A*0 A*0 2 A*0 A*2 A*0 A*2 A*1 A*1 1 A*0 A*2 A*0 A*0 2 A*2 A*3 A*1 A*1 A*3 A*1 A*0 A*3 Bla Bla nk nk HLA-B B*1 B*5 B*1 B*1 5 B*0 B*4 B*0 B*1 B*4 B*4 6 B*3 B*4 B*1 B*5 B*4 B*1 B*4 B*1 B*3 B*5 B*4 B*5 B*3 B*1 5 B*1 B*5 B*5 B*3 Bla Bla nk nk HLA-DRB1 DRB1 DRB1 *12 *12 DRB1 DRB1 *08 *12 DRB1 DRB1 *07 *12 DRB1 DRB1 *08 *14 DRB1 DRB1 *08 *09 DRB1 DRB1 *09 *12 DRB1 DRB1 *09 *10 DRB1 DRB1 *09 *15 DRB1 DRB1 *12 *15 DRB1 DRB1 *10 *16 DRB1 DRB1 *07 *12 DRB1 DRB1 *12 *09 DRB1 DRB1 *03 *12 DRB1 DRB1 *15 *14 DRB1 DRB1 *04 *13 HLA-DQB1 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *03 *06 DQB1 DQB1 *03 *05 DQB1 DQB1 *05 *06 DQB1 DQB1 *03 *06 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *03 *05 DQB1 DQB1 *03 *06 DQB1 DQB1 *03 *05 DQB1 DQB1 *05 *05 DQB1 DQB1 *02 *03 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *03 *05 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *04 *06 HLA-DQA1 DQA1 DQA1 *04 *06 DQA1 DQA1 *01 *04 DQA1 DQA1 *01 *01 DQA1 DQA1 *01 *01 DQA1 DQA1 *01 *03 DQA1 DQA1 *03 *06 DQA1 DQA1 *01 *03 DQA1 DQA1 *03 *06 DQA1 DQA1 *01 *06 DQA1 DQA1 *01 *01 DQA1 DQA1 *02 *06 DQA1 DQA1 *03 *06 DQA1 DQA1 *01 *06 DQA1 DQA1 *02 *03 DQA1 DQA1 *01 *03 10 11 12 13 14 15 HLA CONTROL HLA-A A*1 A* 24 A*0 A* 29 A*0 A* 02 A*0 A* 33 A*2 A* 29 A*0 A* 33 A*0 A* 24 A*0 A* 02 A*0 A* 33 A*2 A* 33 A*2 A* 24 A*1 A* 33 A*1 A* 11 A*1 A* 24 A*0 A* 03 HLA-B B*3 B* 40 B*0 B* 46 B*3 B* 38 B*1 B* 58 B*0 B* 35 B*4 B* 58 B*3 B* 46 B*2 B* 46 B*4 B* 58 B*0 B* 58 B*1 B* 15 B*0 B* 15 B*1 B* 15 B*1 B* 15 B*3 B* 46 HLA-DRB1 DRB1* DRB1 09 *12 DRB1* DRB1 04 *12 DRB1* DRB1 10 *11 DRB1* DRB1 03 *12 DRB1* DRB1 10 *12 DRB1* DRB1 09 *10 DRB1* DRB1 08 *09 DRB1* DRB1 09 *12 DRB1* DRB1 09 *10 DRB1* DRB1 03 *10 DRB1* DRB1 09 *12 DRB1* DRB1 12 *15 DRB1* DRB1 12 *12 DRB1* DRB1 12 *12 DRB1* DRB1 09 *10 HLA-DQB1 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *03 *04 DQB1 DQB1 *03 *05 DQB1 DQB1 *02 *03 DQB1 DQB1 *03 *05 DQB1 DQB1 *03 *05 DQB1 DQB1 *03 *06 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *03 *05 DQB1 DQB1 *02 *05 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *03 *06 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *03 *03 DQB1 DQB1 *03 *05 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 B18165 B18166 B18170 B18173 B18174 B18178 B18179 B18181 B18183 B18184 B18186 B18189 B18192 B18193 B18194 51 21 137 84 67 84 57 78 25 83 32 41 08 206 80 08 66 21 17 19 55 9.5 20 58 1.88 1.78 1,917 1.9 1,941 1,994 1,923 2,046 2,098 1.7 1.6 2.0 1,853 2.1 1.77 Bla nk Bla nk A*0 A*0 A*0 A*1 Bla nk A*0 A*0 A*0 A*0 A*0 A*0 A*0 A*0 Bla nk Bla nk A*0 A*2 A*2 A*2 Bla nk A*3 A*2 A*2 A*2 A*1 A*3 A*1 A*1 Bla nk Bla nk B*4 B*3 B*0 B*3 Bla nk B*4 B*1 B*1 B*1 B*1 B*4 B*1 B*1 Bla nk Bla nk B*1 B*5 B*0 B*3 Bla nk B*4 B*2 B*4 B*4 B*4 B*5 B*3 B*4 Blank DRB1 *04 DRB1 *04 DRB1 *04 DRB1 *14 DRB1 *08 DRB1 *07 DRB1 *07 DRB1 *12 DRB1 *09 DRB1 *04 DRB1 *04 DRB1 *07 DRB1 *04 DRB1 *09 Blank DRB1 *06 DRB1 *14 DRB1 *08 DRB1 *14 DRB1 *10 DRB1 *08 DRB1 *08 DRB1 *15 DRB1 *15 DRB1 *14 DRB1 *09 DRB1 *07 DRB1 *15 DRB1 *15 DQB1 *03 DQB1 *04 DQA1 *03 DQA1 *03 Blank DQB1 *03 DQB1 *02 DQB1 *03 DQB1 *05 Blank DQB1 *06 DQB1 *03 DQB1 *05 DQB1 *06 Blank DQA1 *01 DQA1 *03 DQA1 *06 DQA1 *01 Blank DQA1 *03 DQA1 *06 DQA1 *06 DQA1 *01 17 Blank DQB1 *02 DQB1 *03 DQB1 *04 DQB1 *02 DQB1 *03 DQB1 *02 DQB1 *04 DQB1 *03 Blank DQB1 *06 DQB1 *05 DQB1 *05 DQB1 *03 DQB1 *06 DQB1 *03 DQB1 *05 DQB1 *06 Blank DQA1 *01 DQA1 *01 DQA1 *01 DQA1 *02 DQA1 *03 DQA1 *02 DQA1 *01 DQA1 *01 Blank DQA1 *02 DQA1 *06 DQA1 *03 DQA1 *06 DQA1 *03 DQA1 *02 DQA1 *03 DQA1 *03 22 16 18 19 20 21 23 24 25 26 27 28 29 30 A*2 A*0 A*2 A*1 A*1 A*2 A*1 A*0 A*0 A*0 A*0 A*0 A*0 A*0 A*0 A* 33 A* 03 A* 33 A* 29 A* 11 A* 24 A* 24 A* 29 A* 24 A* 68 A* 34 A* 33 A* 26 A* 33 A* 33 B*1 B*1 B*3 B*0 B*1 B*1 B*1 B*1 B*1 B*1 B*4 B*4 B*1 B*1 B*5 B* 58 B* 46 B* 56 B* 15 B* 46 B* 44 B* 15 B* 46 B* 46 B* 57 B* 56 B* 54 B* 51 B* 44 B* 58 DRB1* 03 DRB1* 09 DRB1* 09 DRB1* 12 DRB1* 12 DRB1* 07 DRB1* 12 DRB1* 09 DRB1* 09 DRB1* 07 DRB1* 04 DRB1* 04 DRB1* 04 DRB1* 07 DRB1* 12 DRB1 *12 DRB1 *10 DRB1 *12 DRB1 *13 DRB1 *15 DRB1 *12 DRB1 *12 DRB1 *12 DRB1 *15 DRB1 *09 DRB1 *12 DRB1 *09 DRB1 *12 DRB1 *12 DRB1 *03 DQB1 *02 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *05 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *06 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *03 DQB1 *05 Blank Blank Blank Blank Blank Blank Blank Blank Blank Blank Blank Blank PHỤ LỤC E HÌNH ẢNH TRANG THIẾT BỊ CỦA PHỊNG THÍ NGHIỆM THỰC HIỆN NGHIÊN CỨU Phòng xét nghiệm Sinh học phân tử, Bệnh viện Trường Đại học Y Dược Cần Thơ Hình 1: Thực quy trình tách chiết DNA mẫu sinh thiết mẫu máu BN nghiên cứu Phịng thí nghiệm Sinh học phân tử, Viện nghiên cứu phát triển công nghệ sinh học, Trường Đại học Cần Thơ Hình 2: Hình thực quy trình khuếch đại gen LMP1 EBV chạy điện di sản phẩm mẫu nghiên cứu Hệ thống máy LabScan3DTM (máy Luminex, công nghệ XMAP, công ty Onelambda) đơn vị xét nghiệm - miễn dịch, Bệnh viện Chợ Rẫy Hình 3: Hệ thống máy LabScan3DTM PHỤ LỤC F MỘT SỐ HÌNH ẢNH VỀ KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU Hình ảnh khối u vòm mũi họng qua nội soi BN UTVMH nghiên cứu Hình 1: Hình ảnh khối u sùi vịm vị trí thành sau phải qua nội soi BN Đỗ Văn M., 49 tuổi, Vĩnh Long (Code 064) Kết mô bệnh học BN UTVMH nghiên cứu Hình 2: Kết mơ bệnh học ung thư biểu mơ khơng biệt hóa H.E 400X (A14-6056), BN Nguyễn Văn B., 62 tuổi, Cần Thơ (Code 025) Hình 3: Kết mơ bệnh học ung thư biểu mơ khơng biệt hóa H.E 400X (A15-960), BN Huỳnh Văn G., 45 tuổi, Sóc Trăng (Code 032) Hình 4: Kết hội chẩn tiêu với Bệnh viện K, Hà Nội Kết đo nồng độ độ tinh DNA Hình 5: Kết đo nồng độ (109.0 ng/µL) độ tinh DNA A260/A280 = 1,786 Kết điện di sản phẩm khuếch đại gen LMP1 EBV Hình 6: Hình ảnh điện di sản phẩm khuếch đại gen LMP1 EBV gel agarose Kết phân tích giải trình tự gen LMP1 EBV Hình 7: Hình kết phân tích giải trình tự mẫu 192 (Đột biến thêm nucleotide (168260-168295)) Kết gen HLA nhóm chứng Hình 8: Hình kết alen HLA nhóm chứng (STT 30) ... Nghiên cứu tỷ lệ biểu lộ đột biến gen LMP1 Virus Epstein-Barr HLA bệnh nhân ung thư vòm mũi họng Thành phố Cần Thơ ” thực 1.2 MỤC TIÊU ĐỀ TÀI (1) Xác định tỷ lệ diện đột biến gen LMP1 virus Epstein-Barr. ..BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ  TRỊNH THỊ HỒNG CỦA NGHIÊN CỨU TỶ LỆ BIỂU LỘ VÀ ĐỘT BIẾN GEN LMP1 CỦA VIRUS EPSTEIN-BARR VÀ HLA TRÊN BỆNH NHÂN UNG THƯ VÒM MŨI HỌNG TẠI... định type gen HLA 35 2.5 Tình hình nghiên cứu gen LMP1 EBV, type HLA BN UTVMH 36 2.5.1 Các nghiên cứu gen LMP1 EBV bệnh ung thư vòm mũi họng 36 2.5.2 Các nghiên cứu HLA bệnh ung thư vòm mũi