Khảo sát tỉ lệ phân bố và tình trạng đề kháng kháng sinh của vi khuẩn staphylococcus ở một số tỉnh thuộc khu vực phía nam​

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT TỈ LỆ PHÂN BỐ VÀ TÌNH TRẠNG ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN STAPHYLOCOCCUS Ở MỘT SỐ TỈNH THUỘC KHU VỰC PHÍA NAM Ngành: CƠNG NGHỆ SINH HỌC-THỰC PHẨM -MÔI TRƢỜNG Chuyên ngành: VI SINH THỰC PHẨM Giảng viên hƣớng dẫn :TH.S DIỆP THẾ TÀI Sinh viên thực :NGUYỄN THỊ NGỌC HƢƠNG MSSV: 1311100988 Lớp: 13DSH01 TP Hồ Chí Minh, 2017 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CƠNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT TỈ LỆ PHÂN BỐ VÀ TÌNH TRẠNG ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN STAPHYLOCOCCUS Ở MỘT SỐ TỈNH THUỘC KHU VỰC PHÍA NAM Ngành: CÔNG NGHỆ SINH HỌC- THỰC PHẨM -MÔI TRƢỜNG Chuyên ngành: VI SINH THỰC PHẨM Giảng viên hƣớng dẫn :TH.S DIỆP THẾ TÀI Sinh viên thực :NGUYỄN THỊ NGỌC HƢƠNG MSSV: 1311100988 Lớp: 13DSH01 TP Hồ Chí Minh, 2017 Đồ án tốt nghiệp LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu riêng tơi đƣợc hƣớng dẫn khoa học Ths Diệp Thế Tài Các nội dung nghiên cứu, kết đề tài trung thực chƣa công bố dƣới hình thức trƣớc Những số liệu bảng biểu phục vụ cho việc phân tích, nhận xét, đánh giá đƣợc tác giả thu thập từ nguồn khác có ghi rõ phần tài liệu tham khảo TP Hồ Chí Minh, ngày 09 tháng 08 năm 2017 I Đồ án tốt nghiệp LỜI CẢM ƠN Đầu tiên, cho phép đƣợc gửi lời cảm ơn chân thành tới ThS Diệp Thế Tài ngƣời nhiệt tình hƣớng dẫn giúp đỡ tơi suốt q trình thực đề tài Tơi gửi lời cảm ơn tới tất nhân viên thuộc phòng Vi khuẩn – Vi khuẩn Đƣờng ruột, Khoa Vi sinh Miễn dịch, Viện Pasteur thành phố Hồ Chí Minh giúp đỡ tạo điều kiện cho tơi thực tốt cơng việc suốt thời gian qua Tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới Ban Giám hiệu Trƣờng Đại học Công Nghệ TP.HCM tồn thể Thầy, Cơ khoa Cơng Nghệ Sinh Học truyền dạy kiến thức chuyên ngành để tơi có đủ khả hồn thành đề tài Đặc biệt, xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình tơi ln ln hậu phƣơng vững giúp đỡ động viên không từ bỏ việc học Xin cảm ơn tới tất bạn học lớp 13DSH01, ngƣời vƣợt qua thời gian học tập sinh sống thành phố Hồ Chí Minh Xin chân thành cảm ơn! Thành phố Hồ Chí Minh, ngày 09 tháng 08 năm 2017 Sinh viên thực Nguyễn Thị Ngọc Hƣơng II Đồ án tốt nghiệp MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN I LỜI CẢM ƠN II MỤC LỤC III DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT VI DANH MỤC CÁC BẢNG VII DANH MỤC BIỂU ĐỒ VIII DANH MỤC HÌNH ẢNH IX MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Tình hình nghiên cứu Câu hỏi nghiên cứu CHƢƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tụ cầu khuẩn Staphylococcus aureus 1.1.1 Tình hình phân bố Staphylococcus aureus 1.1.1.1 Trên giới 1.1.1.2 Tại Việt Nam 1.2 Đặc điểm phân loại tụ cầu khuẩn (Staphylococcus aureus) 1.2.1 Giới thiệu 1.2.2 Phân loại tụ cầu vàng 1.2.3 Đặc điểm sinh học 1.2.3.1 Hình thể tính chất bắt màu Stphylococcus aureus 1.2.3.2 Nuôi cấy 1.2.4 Điều kiện tăng trƣởng phân bố 10 1.2.5 Đặc điểm sinh hóa 11 1.2.6 Khả đề kháng 11 1.2.7 Tình hình đề kháng kháng sinh vi khuẩn Staphylococcus giới Việt Nam 12 1.2.7.1 Tình hình đề kháng kháng sinh S.aureus giới 12 III Đồ án tốt nghiệp 1.2.7.2 Tình hình đề kháng kháng sinh S.aureus Việt Nam .13 1.2.8 Khả gây bệnh S.aureus 15 1.2.9 Các yếu tố độc lực Staphylococcus aureus 16 1.2.10 Phòng điều trị bệnh 17 1.2.10.1 Phòng bệnh 17 1.2.10.2 Điều trị 17 CHƢƠNG VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 18 2.2 Vật liệu thí nghiệm 18 2.2.1 Đối tƣợng nghiên cứu 18 2.2.2 Dụng cụ thiết bị 18 2.2.2.1 Dụng cụ 18 2.2.2.2 Thiết bị 18 2.2.3 Hóa chất mơi trƣờng 19 2.3 Phƣơng pháp tiến hành 19 2.3.1 Kỹ thuật nuôi cấy phân lập 19 2.3.1.1 Mẫu nƣớc 19 2.3.1.2 Mẫu thực phẩm 19 2.3.1.3 Mẫu phân 20 2.3.2 Quan sát hình thái 20 2.3.3 Kỹ thuật multiplex PCR 20 2.3.4 Kỹ thuật kháng sinh đồ theo phƣơng pháp Kirby-Bauer 23 CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 27 3.1 Kết nuôi cấy phân lập vi khuẩn S.aureus từ loại mẫu thực phẩm, mẫu nƣớc mẫu bệnh phẩm 27 3.1.1 Quan sát đặc điểm khuẩn lạc S.aureus 27 3.1.2 Kết nuôi cấy phân lập vi khuẩn S.aureus từ loại mẫu thực phẩm, môi trƣờng mẫu bệnh phẩm tỉnh An Giang, Sóc Trăng, Bến Tre, Bình Phƣớc, TP.Hồ Chí Minh 28 IV Đồ án tốt nghiệp 3.1.3 So sánh kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh thành theo loại mẫu 30 3.2 Kết định danh vi khuẩn S.aureus 30 3.3 Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus từ loại mẫu thực phẩm, môi trƣờng mẫu bệnh phẩm tỉnh An Giang, Sóc Trăng, Bến Tre, Bình Phƣớc, TP.Hồ Chí Minh 31 3.4 Tỉ lệ S.aureus kháng Methicilline (MRSA) 35 CHƢƠNG KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 36 4.1 Kết luận 36 4.2 Kiến nghị 37 TÀI LIỆU THAM KHẢO 38 V Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT BHI Brain Heart Infusion BP Baird Paker Agar MH Mueller Hinton Agar LB Luria-Bertani TBE Tris-borate-EDTA VRSA Vancomycin-resistant Staphylococcus aureus MRSA Methicillin-resistant Staphylococcus aureus S.aureus Staphylococcus Aureus PCR Polymerase Chain Reaction FOX Cefoxitin CN Gentamicin CIP Cipro VA Vancomycine NA Clindamycin AZM Azithromycin DO Doxycicline VI Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 Trình tự cặp mồi đƣợc sử dụng cho phản ứng PCR 21 Bảng 2.2 Thành phần phản ứng PCR đa mồi sở phát vi khuẩn S.aureus .22 Bảng 2.3 Chu trình nhiệt sở mồi 22 Bảng 2.4 Bảng tiêu chuẩn đánh giá kết đƣờng kính vơ khuẩn Staphylococcus aureus theo CLSI năm 2017 26 Bảng 3.1 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus Thành phố Hồ Chí Minh 28 Bảng 3.2 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh An Giang 28 Bảng 3.3 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh Bến Tre 29 Bảng 3.4 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh Bình Phƣớc 29 Bảng 3.5 Kết nuôi cấy, phân lập định danh S.aureus tỉnh Sóc Trăng .29 Bảng 3.6 Kết nuôi cấy phân lập vi khuẩn S.aureus khu vực phía Nam theo loại mẫu 30 Bảng 3.7 Kết kháng sinh đồ S.aureus (n = 17) 32 VII Đồ án tốt nghiệp DANH MỤC SƠ ĐỒ BIỂU ĐỒ Sơ đồ 1.1 quy trình PCR 21 Sơ đồ 2.2 Quy trình thực kháng sinh đồ S.aureus 24 Biểu đồ 3.1 Tỉ lệ đề kháng đa kháng sinh S.aureus (n= 15) 32 Biểu đồ 3.2 Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus mẫu bệnh phẩm (n= 6) 33 Biểu đồ 3.3 Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus mẫu nƣớc 34 Biểu đồ 3.4 Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus mẫu thực phẩm 34 VIII Đồ án tốt nghiệp 20 Viện Vệ sinh Dịch tể Trung Ƣơng (2013) Kỹ thuật khoanh giấy kháng sinh khuếch tán, http://www.nihe.org.vn/new-vn/thuong-quy-va-huong-dan-kythuat/936/Ky-t huat-khoanh-giay-khang-sinh-khuech-tan.vhtm, cập nhật ngày 12/08/2013 21 Phạm Hùng Vân (2000) Cẩm nang kỹ thuật xét nghiệm vi sinh lâm sàng dùng cho phịng thí nghiệm bệnh viện, Đại Học Y Dƣợc TP.HCM 22 Phạm Hùng Vân (2005) Tình hình đề kháng kháng sinh vi khuẩn Staphylococcus aureus Kết nghiên cứu đa trung tâm thực 235 chủng vi khuẩn, Trƣờng Đại học Y dƣợc, Thành phố Hồ Chí Minh 23 Nguyễn Văn Vinh (2011) Tìm hiểu tính kháng kháng sinh staphylococcus aureus phân lập bệnh nhân Viện Pasteur Nha Trang năm 2011 http://pasteur-nhatrang.org.vn/pages/chitiet.aspx, Cập nhật ngày 17/08/2013 24 Wikipedia (8/2013) Tụ cầu khuẩn, http://vi.wikipedia.org/wiki/T%E1%BB %A5_c%E1%BA%A7u_khu%E1% BA%A9n, cập nhật ngày 06/08/2013 Tài liệu tiếng Anh 25 Berger-Bachi (1999) "Genetic basis of methicillin resistant in Staphylococcus aureus" Cellular and Moclecular Life Sciences CMLS, Volume 56 26 CDC (1997) "Update: Staphylococcus aureus with reduced susceptibility to vancomycin - United States, 1997 MMWR 1997; 46: 813-814" 27 Gever J.Senior Editor (2011) "Germicidal Surgical Mask Approved" Senior Editor Published, April 09, 2011 28 Association for Professionals in Infection Control and Epidemilogy (June 25, 2007) "National Prevalence Study of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in U.S" Healthcare Facilities, Archived from the original on September 7, 2007, Retrieved 2007-07-14, Volume 35 (10) 29 M C Faires, D L Pearl, O Berke, R J Reid-Smith, J S Weese (2013) "The identification and epidemiology of meticillin-resistant Staphylococcus 40 Đồ án tốt nghiệp aureus and Clostridium difficile in patient rooms and the ward environment" BMC Infect Dis, 13, 342 30 First study finds MRSA in U.S pigs and farmers (2008) seattlepi.com, June 2008 31 MRSA Infections (2013) "Keep Kids Healthy" 32 Jernigan JA, Arnol K, Heilpern K, Kainer M, Woods C, Hughes JM (2006) "Methicillin-resistant Staphylococcus aureus as community pathogen, Symposium on Community-Associated Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus" Centers for Disease Control and Prevention, Retrieved 2007-01-07 33 Jawetz, Welnick, Adelberg’s (2007) "Medical microbiology 24th edition 2007" Tr.161-196 34 F.D Lowy (2003) "Antimicrobial resistance: the example of Staphylococcus aureus" The Journal of Clinical Investigation 35 M Monaco, A Pantosti, A Sanchini (2007) "Mechanism of antibiotic resistance in Staphylococcus aureus" Future Microbiology, Vol.2 (3) 36 CA Muto, JA Jernigan, BE Ostrowsky, HM Richet, WR Jarvis, JM Boyce, BM Farr (May 2003) "SHEA guideline for preveting nosocomial transmission of multidrug-resistant strains of Staphylococcus aureus and Enterococcus" Infect Control Hosp Epidemiol 37 Fritz SA, Garbutt J, Elward A et al (2008) "Prevalence of and risk factors for community-acquired methicillin-resistant and methicillin-sensitive Staphylococcus aureus colonization in children seen in a pratice-based research network" Pediatrics 41 Đồ án tốt nghiệp PHỤ LỤC Bảng Kết nuôi cấy, phân lập định danh vi khuẩn S.aures tỉnh An Giang STT S5 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 Đồ án tốt nghiệp Đồ án tốt nghiệp Chú thích: +: dƣơng tính, -: âm tính Bảng Kết ni cấy, phân lập định danh vi khuẩn S.aures tỉnh Bình Phƣớc STT Đồ án tốt nghiệp 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 Đồ án tốt nghiệp Đồ án tốt nghiệp Chú thích: +: dƣơng tính, -: âm tính Bảng Kết nuôi cấy, phân lập định danh vi khuẩn S.aures tỉnh Bến Tre STT Đồ án tốt nghiệp 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 Đồ án tốt nghiệp Đồ án tốt nghiệp Đồ án tốt nghiệp Chú thích: +: dƣơng tính, -: âm tính Bảng Kết nuôi cấy, phân lập định danh vi khuẩn S.aures tỉnh Sóc Trăng STT 10 11 12 13 14 15 10 Đồ án tốt nghiệp 11 Đồ án tốt nghiệp 12 Đồ án tốt nghiệp 13 ... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHỆ TP HỒ CHÍ MINH KHĨA LUẬN TỐT NGHIỆP KHẢO SÁT TỈ LỆ PHÂN BỐ VÀ TÌNH TRẠNG ĐỀ KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHU? ??N STAPHYLOCOCCUS Ở MỘT SỐ TỈNH THUỘC KHU VỰC PHÍA... hạn chế tỉ lệ S.aureus kháng kháng sinh cộng đồng Vì vậy, chúng tơi tiến hành nghiên cứu tỉ lệ phân bố vi khu? ??n Staphylococcus tình trạng đề kháng kháng sinh chúng số tỉnh thuộc khu vực phía nam... cứu Tỉ lệ phân bố S.aureus số tỉnh thuộc khu vực phía nam bao nhiêu? Tỉ lệ đề kháng kháng sinh S.aureus phân lập đƣợc khu vực phía nam ? Mục tiêu nghiên cứu Mục tiêu tổng quát: Xác định tỉ lệ phân