đặc điểm hình thái và đa dạng di truyền của sò lông anadara antiquata

d BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC HUẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM  TRẦN THỊ KIM ANH ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA SỊ LƠNG Anadara antiquata LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Huế , 2018 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC HUẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM  TRẦN THỊ KIM ANH ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA SỊ LƠNG Anadara antiquata LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC TS TRẦN VĂN GIANG PGS.TS TRẦN QUỐC DUNG Huế , 2018 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu luận văn Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác; số liệu, sơ đồ kết luận văn chưa cơng bố Mọi liệu, hình ảnh, biểu đồ trích dẫn tham khảo luận văn thu thập sử dụng từ nguồn liệu mở với đồng ý tác giả Các phần mềm phân tích NYSYS 2.1, POPGENE32 có quyền sử dụng với đồng ý (nhóm) tác giả xây dựng phần mềm Tơi xin hồn tồn chịu trách nhiệm với lời cam đoan Học viên Trần Thị Kim Anh LỜI CẢM ƠN Trong suốt thời gian học tập hồn thành luận văn, tơi xin chân thành cảm ơn quý thầy cô giáo Khoa Sinh học, Trường Đại học Sư phạm Huế nhiệt tình truyền đạt kiến thức cho chúng tơi Tơi xin cảm ơn thầy cô tạo điều kiện thuận lợi cho tơi hồn thành luận văn Đặc biệt, xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành sâu sắc đến thầy giáo TS Trần Văn Giang thầy giáo PGS.TS Trần Quốc Dung tận tình hướng dẫn, bảo tạo điều kiện thuận lợi để tơi hồn thành luận văn Tôi xin gửi lời cảm ơn đến quý thầy cô giáo Phịng thí nghiệm Di truyền-Vi sinh Phịng thí nghiệm Động vật học giúp đỡ dẫn nhiệt tình trình nghiên cứu Cuối cùng, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến người thân gia đình, bạn bè ln quan tâm, động viên giúp đỡ suốt thời gian học tập nghiên cứu để hoàn thành luận văn Huế, tháng 10 năm 2018 Học viên Trần Thị Kim Anh M ỤC L ỤC MỞ ĐẦU 1 Lí chọn đề tài Mục tiêu đề tài .2 Chương 1: TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU .3 1.1 Tổng quan sị lơng Anadara antiquata 1.1.1 Danh pháp phân loại 1.1.1.1 Danh pháp .3 1.1.1.2 Phân loại 1.1.2 Đặc điểm hình thái 1.2 Phân bố 1.3 Sinh trưởng .4 1.4 Đặc điểm dinh dưỡng 1.5 Vai trò 1.6 Tình hình khai thác sị lơng Việt Nam 1.7 Các nghiên cứu sị lơng 1.7.1 Trên giới 1.7.2 Ở Việt Nam 10 1.8 Ứng dụng thị phân tử nghiên cứu đa dạng di truyền 12 1.8.1 Kỹ thuật đa hình đoạn khuếch đại ngẫu nhiên (RAPD) 12 1.8.2 Một số kỹ thuật khác 15 1.8.2.1 Kỹ thuật đa hình chiều dài đoạn giới hạn (RFLP) 15 1.8.2.2 Kỹ thuật đa hình độ dài đoạn khuếch đại (AFLP) 15 1.8.2.3 Vi vệ tinh 16 Chương ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.1 Đối tượng, nguyên vật liệu thiết bị nghiên cứu .18 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 18 2.1.2 Nguyên vật liệu nghiên cứu 18 2.1.3 Hóa chất thiết bị sử dụng nghiên cứu .20 2.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 20 2.2.1 Địa điểm nghiên cứu .20 2.2.2 Thời gian nghiên cứu 20 2.3 Phương pháp nghiên cứu 21 2.3.1 Phương pháp nghiên cứu đặc điểm hình thái .21 2.3.2 Tách chiết DNA tổng số .21 2.3.3 Phương pháp PCR-RAPD 22 2.3.4 Phương pháp điện di gel agarose 23 2.3.5 Phương pháp tinh sản phẩm PCR 24 2.3.6 Phương pháp xử lý số liệu 24 2.3.7 Xây dựng giản đồ phả hệ 24 Chương KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 25 3.1 Một số đặc điểm hình thái sị lơng A antiquata 25 3.1.1 Kích thước vỏ 25 3.1.2 Thể tích vỏ thể tích khoang vỏ 27 3.1.3 Trọng lượng vỏ khô tỷ trọng vỏ .28 3.2 Kết tách chiết DNA tổng số 29 3.3 Kết thực RADP-PCR 29 3.3.1 Kết RADP với primer OPD11 30 3.3.2 Kết RADP với primer OPN06 31 3.3.3 Kết RADP với primer OPG17 32 3.3.4 Kết RADP với primer OPA03 33 3.3.5 Kết RADP với primer OPB01 33 3.3.6 Kết RADP với primer OPA04 34 3.3.7 Kết RADP với primer OPF04 35 3.3.8 Kết RADP với primer OPB11 36 3.4 Phân tích mối quan hệ di truyền sị lơng A antiquata 37 3.4.1 Mối quan hệ di truyền cá thể sò lông A antiquata 37 3.4.2 Mối quan hệ di truyền quần thể sị lơng A antiquata 39 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .41 TÀI LIỆU THAM KHẢO 43 PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT AFLP Amplified fragment length polymorphism (Đa hình độ dài đoạn khuếch đại) Bp Base pair (cặp base nitơ) Cs cộng DNA Deoxyribonucleic acid EDTA Ethylenediamine tetraacetic acid NTSYSpc Numerical Taxonomy System for personal computer PCI Phenol: Chloroform: Isoamylalcohol PCR Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp) PPB Percentage of polymorphic band (Tỷ lệ băng đa hình) PBS Phosphate buffered saline RAPD Random amplified polymorphic DNA (Đa hình đoạn khuếch đại ngẫu nhiên) RFLP Restriction fragment length polymorphism (Đa hình độ dài đoạn cắt hạn chế) SDS Sodium dodecylsulfate SSR Simple sequence repeat (Sự lặp lại trình tự đơn giản) TAE Tris base: Acetic acid: EDTA DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Hàm lượng trung bình Pb Cu sị lơng ven biển Đà Nẵng 11 Bảng 2.1 Các mẫu sị lơng A antiquata sử dụng nghiên cứu .18 Bảng 2.2 Trình tự primer ngẫu nhiên sử dụng nghiên cứu 19 Bảng 2.3 Các hóa chất sử dụng nghiên cứu .20 Bảng 2.4 Những thiết bị sử dụng nghiên cứu 20 Bảng 3.1 Kích thước vỏ sị lơng A antiquata (mm) .26 Bảng 3.2 Thể tích vỏ thể tích khoang vỏ sị lơng A antiquata (ml) 27 Bảng 3.3 Trọng lượng vỏ khô (g) tỷ trọng vỏ sị lơng A antiquata 28 Bảng 3.4 Các mẫu DNA sị lơng sử dụng nghiên cứu đa dạng di truyền … 30 Bảng 3.5 Khoảng cách di truyền (dưới đường chéo) hệ số tương đồng di truyền (trên đường chéo) bốn quần thể sị lơng A antiquata 39 DANH MỤC CÁC HÌNH Hình 1.1 Hình thái vỏ sị lơng A antiquata A Mặt ngồi; B Mặt Hình 2.1 Các địa điểm thu mẫu sị lơng A antiquata .19 Hình 3.1 Điện di đồ DNA tổng số số mẫu sị lơng 29 Hình 3.2 Hình ảnh điện di PCR-RADP với mồi OPD11 30 Hình 3.3 Hình ảnh điện di PCR-RADP với mồi OPN06 31 Hình 3.4 Hình ảnh điện di PCR-RADP với mồi OPG17 32 Hình 3.5 Hình ảnh điện di PCR-RADP với mồi OPA03 33 Hình 3.6 Hình ảnh điện di PCR-RADP với mồi OPB01 34 Hình 3.7 Hình ảnh điện di PCR-RADP với mồi OPA04 35 Hình 3.8 Hình ảnh điện di PCR-RADP với mồi OPF04 36 Hình 3.9 Hình ảnh điện di PCR-RADP với mồi OPB11 37 Hình 3.10 Giản đồ phả hệ DNA cá thể sò lông A antiquata nghiên cứu 38 Hình 3.11 Giản đồ phả hệ thu phương pháp UPGMA dựa khoảng cách di truyền Nei (1972) bốn quần thể sị lơng A antiquata 40 18 Nguyễn Hữu Phụng, Võ Sĩ Tuấn (1996), Nguồn lợi thân mềm hai mảnh vỏ (Bivalvia) chủ yếu biển Việt Nam, Tuyển tập Nghiên cứu biển, 7, 9-16 19 Hoàng Tấn Quảng, Nguyễn Thị Thu Hiền, Nguyễn Thị Thu Liên, Trương Thị Bích Phượng, Nguyễn Hoàng Lộc (2010), Đa dạng quần thể bưởi Thanh Trà (Citrus grandis (L.) Osbeck) Hương Trà, Thừa Thiên Huế, Tạp chí Cơng nghệ sinh hoc, 8(2), 213220 20 Trần Thanh Sơn (2012), Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể nhông cát rivơ (Leiolepis reevesii Gray, 1831) miền Trung Việt Nam, Luận văn Thạc sĩ Khoa học Sinh học, Trường Đại học Khoa học Huế 21 Nguyễn Vũ Thanh Thanh (2003), Nghiên cứu thành phần hóa sinh hạt tính đa dạng di truyền số giống đậu xanh có khả chịu hạn khác nhau, Luận văn Thạc sĩ Sinh học, Trường Đại học Sư phạm, Đại học Thái Nguyên Tiếng Anh 22 Afiati N (2007), Hermaphroditism in Anadara granosa (L.) and Anadara antiquata (L.) (Bivalvia: Arcidae) from Central Java, Journal of Coastal Development, 10(3), 171-179 23 Broom M.J (1985), The biology and culture of marine bivalvie molluscs of the genus Anadara, International center for living aquatic resources managenment, 1-37 24 Girsang E, Fachrial E, Aziz H, Chaidir Z, Zein R (2017), Utilization of Anadara antiquata shells to improving of waste cooking oil based lipid profiles measurements in experimental rats, Scholars Research Library, 9(5), 156-163 25 Hameed A, Muhammad F, Muhammad AA, Shafi M, Sultana R (2018), Morphological and structral characterization of blood cells of Anadara antiquata, Iranian Journal of Fisheries Sciences, 17(3), 613-619 45 26 Hidayat T (2013), Profile of amino acid and fatty acid of hairy cockle (Anadara antiquata), Jurnal Pengolahan Hasil Parikanan Indonesia, 16(2), 159-167 27 Jaccar A (1980), Nouvelles recherches sur la ditribution florale, Bulletin de la société des Sciences Naturelles, 44, 223-270 28 Jacobsen K, Esherick L (2007), A survey of the cockle Anadara antiquata, Chumbe Island, SIT Zanzibar Coastal Ecology 29 Kimberling DN, Ferreira AR, Shuster SM, Keim P (1996), RAPD marker estimation of genetic structure among isolated nothern leopard frogs populations in the South western USA, Molecular Ecology, 5, 521-529 30 Matojo ND, Pratap HB (2009), Histopathology of gills and gut of the edible cockle Anadara antiquata (Bivalvia: Arcidae) exposed to acute level of Ammonium sulfate, International Journal Of Integrative Biology, 7(3), 166-170 31 Moretti A, Mule G, Ritieni A, Laday M, Stubnya V, Hornok L, Logrieco A (2008), Cryptic subspecies and beauvericin production by Fusarium subglutinans from Europe, In J Food Microbiol, 127(3), 312-315 32 Qonita Y, Wardiatno Y, Nurlisa A.B (2015), Morphological variation in three populations of the pill ark cockle, Anadara pilula (Mollusca: Bivalve) of Java, Indonesia, AACL Bioflux, 8(4), 558 33 Mzighani S (2005), Fecundity and population structure of cockles, Anadara antiquata L 1758 (Bivalvia: Arcidae) from a Sandy/Muddy Beach near Dar es Salaam, Tanzania, Western Indian Ocean J Mar Sci., 4(1), 77-84 34 Sambrook, J, Russel, D W (2001), Molecular cloning: A laboratory manual, Cold spring harbor labortory press, New York 35 Shahnaz J, Ghazala S, Zarrien A (2013), Temporal variation in the reproductive pattern of blood cockle Anadara antiquata from Pakistan (northern Arabian Sea), Turkish Journal of Zoology, 38(3), 263-272 46 36 Shunula JP (2004), Length-weight relationship in the bivalve anadara antiquata (Linnaeus 1758), Tanz J Sci, 30(2), 425-429 37 Siahainenia L, Tuhumury SF, Uneputty PA, Tuhumury NC (2018), Pattern of relative growth in cockle Anadara antiquata in Ihamahu coastal water, Central Maluku, IOP Conference Series: Earth and Environmental Science, 139(1), 116-122 38 Tanaka T Aranishi F (2013), Mitochondrial DNA Markers for PCR-Based Phylogenetic Analysis of Ark Shells, Open Journal of Marine Science, 2013(3), 182189 39 Toral – Barza L& Gomez ED (1985), Reproductive Cycle of the Cockle Anadara antiquata L in Calatagan, Batangas, Philippines, J Coast Res., 1(3), 241-245 40 Verma S, Karihaloo JL, Tiwari SK, Magotra R, Koul AK (2007), Genetic diversity in Eremostachys superba Royle ex Benth (Lamiaceae), an endangered Himalayan species, as assessed by RAPD, Genner Resour Crop Evol., 54, 221-229 47 PHỤ LỤC 48 Hình Mẫu sị lơng (A antiquata) thu Đà Nẵng 49 Hình Mẫu sị lơng (A antiquata) thu Quảng Nam 50 51 Hình Mẫu sị lơng (A antiquata) thu Phú n 52 53 Hình Mẫu sị lơng (A antiquata) thu Nha Trang 54 55 Hình Mẫu sị lơng (A antiquata) thu Bình Thuận 56 57 Hình Mẫu sị lơng (A antiquata) thu Thanh Hóa 58 59 ... cứu đặc điểm sinh học, đặc điểm sinh sản, di truyền, sinh hóa sị lơng A antiquata chưa đầy đủ Riêng Việt Nam đề tài nghiên cứu đặc điểm hình thái, giải phẫu, đặc điểm sinh học, đặc điểm di truyền. .. “Nghiên cứu đặc điểm hình thái đa dạng di truyền sị lơng Anadara antiquata? ?? Mục tiêu đề tài Xác định số đặc điểm hình thái đánh giá đa dạng di truyền sò lông A antiquata số tỉnh thuộc miền Trung...BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC HUẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM  TRẦN THỊ KIM ANH ĐẶC ĐIỂM HÌNH THÁI VÀ ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA SỊ LƠNG Anadara antiquata LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH