Nghiên cứu đặc điểm di truyền giống mít cổ loa góp phần phục hồi và phát triển nguồn gen cây ăn quả đặc sản địa phương

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Phạm Tiến Tồn NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN GIỐNG MÍT CỔ LOA GÓP PHẦN PHỤC HỒI VÀ PHÁT TRIỂN NGUỒN GEN CÂY ĂN QUẢ ĐẶC SẢN ĐỊA PHƯƠNG LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội, 2019 i BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - Phạm Tiến Toàn NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM DI TRUYỀN GIỐNG MÍT CỔ LOA GĨP PHẦN PHỤC HỒI VÀ PHÁT TRIỂN NGUỒN GEN CÂY ĂN QUẢ ĐẶC SẢN ĐỊA PHƯƠNG Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 8420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC Người hướng dẫn 1: TS Nguyễn Như Toản Người hướng dẫn 2: TS Phạm Hùng Cương Hà Nội, 2019 ii LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan cơng trình nghiên cứu tơi thực Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chưa công bố cơng trình khác Mọi giúp đỡ thơng tin trích dẫn nêu rõ nguồn gốc Tơi hồn tồn chịu trách nhiệm số liệu luận văn Hà Nội, ngày 25 tháng 12 năm 2019 Tác giả Phạm Tiến Toàn iii LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn tốt nghiệp này, tơi xin tỏ lịng biết ơn chân thành đến Viện Hàn Lâm Khoa Học Công Nghệ Việt Nam, học viện Khoa Học Công Nghệ, thầy giáo, cô giáo tham gia quản lý, giảng dạy giúp đỡ tơi suốt q trình học tập, nghiên cứu Đặc biệt, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc tới hai thầy hướng dẫn khoa học TS Nguyễn Như Toản - Trường ĐHTĐ Hà Nội TS Phạm Hùng Cương - TTTN thực vật – Viện Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam, người ln tận tình, dành nhiều thời gian, công sức hướng dẫn suốt trình hướng dẫn thực nghiên cứu đóng góp nhiều ý kiến q báu giúp đỡ tơi suốt q trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận văn Cám ơn bạn bè người thân giúp đỡ động viên tơi q trình học tập nghiên cứu thân Em xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày 25 tháng 12 năm 2019 Tác giả luận văn Phạm Tiến Toàn iv MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN ii LỜI CẢM ƠN iii MỤC LỤC iv DANH MỤC KÝ HIỆU CÁC CHỮ VIẾT TẮT vii DANH MỤC CÁC BẢNG viii DANH MỤC CÁC HÌNH ix MỞ ĐẦU 1 Lý chọn đề tài: Mục tiêu nghiên cứu Yêu cầu đề tài Ý nghĩa khoa học ý nghĩa thực tiễn 4.1 Ý nghĩa khoa học 4.2 Ý nghĩa thực tiễn Đối tượng phạm vi nghiên cứu đề tài 5.1 Đối tượng nghiên cứu 5.2 Phạm vi nghiên cứu Đóng góp CHƯƠNG I: TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU VÀ CƠ SỞ KHOA HỌC CỦA ĐỀ TÀI 1.1 Đặc điểm sinh vật học Mít 1.1.1 Nguồn gốc phân bố mít 1.1.2 Đặc điểm thực vật học mít 1.1.3 Yêu cầu sinh thái mít 1.2 Tình hình nghiên cứu Mít giới 10 v 1.2.1 Nghiên cứu giá trị sử dụng Mít 10 1.2.2 Nghiên cứu nơng học với Mít 13 1.2.3 Nghiên cứu đa dạng di truyền 19 1.3 Tình hình nghiên cứu mít Việt Nam 22 1.3.1 Nghiên cứu giá trị sử dụng mít 22 1.3.2 Nghiên cứu nông học đa dạng nguồn gen mít 24 1.4 Tổng quan loại thị phân tử thường sử dụng 29 1.5 Đặc điểm tự nhiên, xã hội khu vực nghiên cứu 35 CHƯƠNG II: VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 38 2.1 Vật liệu nghiên cứu 38 2.2 Nội dung nghiên cứu 388 2.2.1 Đánh giá đặc điểm nông sinh học nguồn gen Mít Cổ Loa xây dựng bảng mơ tả nguồn gen Mít Cổ Loa 38 2.2.2 Đánh giá mối quan hệ di truyền nguồn gen Mít Cổ Loa kỹ thuật sinh học phân tử ISSR 38 2.2.3.Đánh giá mối quan hệ di truyền Mít Cổ Loa số giống Mít khác 38 2.3 Phương pháp nghiên cứu 38 2.3.1 Nghiên cứu đánh giá đặc điểm nông sinh học, xây dựng bảng mơ tả nguồn gen Mít Cổ Loa 38 2.3.2 Phương pháp đánh giá chất lượng nguồn gen Mít Cổ Loa 39 2.3.3 Phương pháp đánh giá mối quan hệ di truyền kỹ thuật sinh học phân tử nguồn gen Mít Cổ Loa số giống Mít khác 40 2.3.4 Xử lý số liệu 45 2.4 Địa điểm thời gian nghiên cứu 45 2.4.1 Địa điểm 45 2.4.2 Thời gian 45 CHƯƠNG III: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 46 vi 3.1 Đánh giá đặc điểm nông sinh học, xây dựng bảng mô tả nguồn gen quần thể giống Mít Cổ Loa 46 3.2 Đặc điểm nơng sinh học chất lượng nguồn gen Mít Cổ Loa 50 3.2.1 Đặc điểm hình thái tán thân nguồn gen mít Cổ Loa 50 3.2.2 Đặc điểm hình thái nguồn gen mít Cổ Loa 51 3.2.3 Các thời kỳ hoa, chín năm Mít Cổ Loa 52 3.2.4 Đặc điểm múi, hạt Mít Cổ Loa 55 3.2.5 Đánh giá chất lượng Mít Cổ Loa 57 3.3 Xây dựng bảng mô tả giống Mít Cổ Loa 59 3.4 Đa dạng di truyền nguồn gen Mít Cổ Loa mức độ phân tử 60 3.4.1 Sự đa hình sản phẩm PCR sử dụng thị ISSR khác mẫu Mít Cổ Loa 60 3.4.2 Mối quan hệ di truyền cá thể quần thể mít Cổ Loa 67 3.5 Đánh giá mối quan hệ di truyền Mít Cổ Loa với giống mít phổ biến khác giải trình tự hệ gen 70 3.5.1 So sánh trình tự gen mẫu nghiên cứu: 70 3.5.2 Đối chiếu trình tự nghiên cứu ngân hàng gen 70 3.5.3 Mối quan hệ di truyền giống mít 70 KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 73 Kết luận 73 Đề nghị 73 TÀI LIỆU THAM KHẢO 74 PHỤ LỤC 79 PHỤ LỤC BẢNG MƠ TẢ GIỐNG MÍT CỔ LOA 79 PHỤ LỤC KẾT QUẢ GIẢI TRÌNH TỰ HỆ GEN LỤC LẠP VÀ GEN NHÂN CỦA GIỐNG MÍT 82 PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH MÍT CỔ LOA 88 vii DANH MỤC KÝ HIỆU CÁC CHỮ VIẾT TẮT Ký hiệu Nghĩa từ ACP Axit phosphatase ADH Alcohol dehidrogenase AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism EDDHA natri ferric diethylenediamine di- oydroxyphenylaceatte EDTHA natri ferric diethylenetriamine pentaacetate GA3 Gibberellic GOT Glutamate oxaloacetate transaminase IAA axitIndole-3-acetic IB The BIOVERSITY INTERNATIONAL IBA Axit Indole-3-butyric ISSR Inter Simple Sequence Repeats MDH Malete dehidrogenase ML Maximum Livelihood NAA axit axetic α-naphthalene PCR Polymerase Chain Reaction RAPD Random Amplified Polymorphic RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism SNP single Nucleotide Polymorphism SSR Simple Sequence Repeat UTFANET CS CTV TCVN Cây ăn nhiệt đới chưa quan tâm sử dụng Cộng Cộng tác viên Tiêu chuẩn Việt Nam viii DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng Trang Bảng 2.1 Thành phần hỗn hợp PCR 42 Bảng 2.2 Chu trình nhiệt PCR 43 Bảng 2.3 Ký hiệu mẫu ký hiệu trình từ gen nghiên cứu 44 Bảng 3.1 Bảng tổng hợp Mít cổ thụ 50 tuổi Cổ Loa 46 Bảng 3.2 Kết điều tra xác định mẫu giống Mít Cổ Loa 47 Bảng 3.3 Đặc điểm hình thái mẫu giống nguồn gen mít Cổ Loa 51 Bảng 3.4 Một số đặc điểm hình thái lá, nguồn gen Mít Cổ Loa 52 Bảng 3.5 Thời gian hoa số mẫu giống mít Cổ Loa 53 Bảng 3.6 Thời gian chín số mẫu giống mít Cổ Loa 54 Bảng 3.7 Kích thước múi, hạt số mẫu giống mít Cổ Loa 55 Bảng 3.8 Đánh giá cảm quan giống mít Cổ Loa Đơng Anh, Hà Nội 56 Bảng 3.9 Một số đặc điểm cấu thành suất Mít Cổ Loa Đơng Anh, Hà Nội, 2017 57 Bảng 3.10 Kết phân tích chất lượng mẫu mít Cổ Loa 58 Bảng 3.11 Một số tiêu hóa sinh mít Cổ Loa so sánh với Mít miền Nam (giá trị trung bình) 59 Tổng số băng, số phân đoạn tỷ lệ đa hình sử dụng 08 mồi ISSR 66 Bảng 3.12 Bảng 3.13 Hệ số tương đồng di truyền 20 mẫu mít nghiên cứu 68 ix Hình Hình 3.1 DANH MỤC CÁC HÌNH Tên hình Đặc điểm mít Cổ Loa xã Cổ Loa, Đông Anh, Hà Nội Trang 88 Hình 3.2 Đặc điểm hoa điển hình giống Mít Cổ Loa 89 Hình 3.3 Đặc trưng màu sắc múi tỷ lệ phần ăn giống Mít Cổ Loa 89 Hình 3.4 Điện di ADN tổng số 20 mẫu Mít 60 Hình 3.5 Hình ảnh điện di sản phẩm ISSR sử dụng mồi ISSR1 61 Hình 3.6 Hình ảnh điện di sản phẩm ISSR sử dụng mồi ISSR2 61 Hình 3.7 Hình ảnh điện di sản phẩm ISSR sử dụng mồi ISSR3 62 Hình 3.8 Hình ảnh điện di sản phẩm ISSR sử dụng mồi ISSR5 62 Hình 3.9 Hình ảnh điện di sản phẩm ISSR sử dụng mồi ISSR6 63 Hình 3.10 Hình ảnh điện di sản phẩm ISSR sử dụng mồi ISSR7 64 Hình 3.11 Hình ảnh điện di sản phẩm ISSR sử dụng mồi ISSR8 64 Hình 3.12 Hình ảnh điện di sản phẩm ISSR sử dụng mồi ISSR10 65 Hình 3.13 Sơ đồ quan hệ di truyền 20 mẫu mít nghiên cứu theo hệ số Jaccard kiểu phân nhóm UPGMA 69 Hình 3.14 Cây phát sinh chủng loại giống mít lồi cơng bố 71 75 12 Sudiyani, Y S., Horisawa, S., Chen KeLi Doi, and Imammural, Y.(2002) Changes in surface properties of tropical wood species exposed tothe Indonesian climate in relation to mould colonies Journal of WoodScience Springer-Verlag, Tokyo, 486:542-547 13.Siddappa, G.S., 1957 Effect of processing trypsin inhibator in jackfruit seed J Sci Ind Res 16c:199-201 14 Kabir, S.,1998 Jacalin: a jackfruit (Artocarpus heterophyllus) seedderived lectin of versatile applications in immunological research J.Immn Methods 15.Thanh Van, Do Thi, Nguyen Thi Mui and Ledin, I., 2005 Animal FeedScience & Technology 118(1/2):1-17 16.Khan, M.R., Omoloso, A.D and Kihara, M., 2003 Antibiotic activities of Artocarpus heterophyllus Fitoterapia 75(5):501-505 17.Sato, M., Fujiwara, S., Tsuchiya, S., Fujii, H.M., Linuma, T., Tosa, H.and Ohkawa,Y., 1996 Flavonoids with antibacterial activity against carcinogenic bacteria Journal of Ethnopharmacology 54(2/3):171-176 18 Komarayati S., 1995 Development of prospect of jackfruit plantevaluated from charcoal properties and other aspects Journal PenelitianHasil Hutum (Indonesia) 13(2):45-51 19.Gunasena, H.P.M., Ariyadasa, K.P., Wikramasinghe, A., Herath,H.M.W., Wikramasinghe, P and Rajakaruna, S.B (1996) Manual ofJack Cultivation in Sri Lanka Forest Information Service, Forest Department: 48 20.Purseglove J.W., 1968 Tropical crops Dicotyledons John Wiley and Sons, Inc., New York: 384-387 21.Azad AK, Jones JG and Haq N 2007 Assessing morphological and isozyme variation of jackfruit (Artocarpus heterophyllus Lam.) in Bangladesh Agroforestry Syst 71: 109-125 22.Samaddar H N., 1988 Jackfruit In: Fruit: Tropical and Subtropical Naya Prokash, Calcuta, India P: 638-648 76 23.Hossain A.K.M.A and Haq N., 2006 Jackfruit, Artocarpus heterophyllus, Field Manual for Extension Workers and Farmers, SCUC, Southampton University, UK 24.Ghosh, 1996 Technical Report for Use of Underutilised Tropical fruits in Asia Network UTFANET, Southampton University, UK 25.Coronel, R.E., 1983 Promising fruits of the Philippines UPLB, Collegeof Agriculture Laguna, Philippines: 251-274 26.Maiti C.S.; Wangchu L and Sen S.K., 2003 Effect of pre-sowing seedtreatments with different chemicals on seed germination and seedlinggrowth of jackfruit (Artocarpus heterophyllus Lam.) Environment and Ecology 21(2):290-292 27.Morton, J.F., 1987 Fruits of Warm Climates Creative Resources System, Inc., Winterville, North Carolina, USA: 58-64 28.Yap, A.R., 1972 Cultural Directions for Philippine agricultural crops.Fruits BPI, Department of Agriculture, 1:137-141 29.IBPGR, 2000 Description for Jackfruit (Artocarpus heterophyllus) International Plant Genetic Resources Institute Rome, Italy 30.Mitra, S.K and Mani, D (2000) Conservation and utilisation of genetic resources in jackfruit (Artocarpus heterophyllus Lamk.) - A potential underutilised fruit Acta Hortic 523, 229-232 https://doi.org/10.17660/ActaHortic.2000.523.29 31.Phạm Hùng Cương, et al., 2019 Đánh giá đặc điểm nông sinh học chất lượng Mít Cổ Loa phục vụ khai thác phát triển nguồn gen Mít đặc sản Tạp chí Khoa học Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam - Số 2(99)/2019 Tr.37-43 32.Hội Dinh dưỡng Việt Nam (2016) Giá trị dinh dưỡng mít 33.Lê Khả Tường, Nguyễn Hữu Hải, Vũ Văn Tùng, Nguyễn Khắc Quỳnh 2015 Kết nghiên cứu kỹ thuật canh tác giống mít na huyện Ba Vì thành phố Hà Nội Kỷ yếu Hội thảo Quốc gia Khoa học Cây trồng lần thứ Nxb Nông nghiệp Hà Nội, 2015 Trang 780-785 34.Bùi Xuân Khôi, Mai Văn Trị, Nguyễn Văn Hùng, Phan Văn Dũng, Nguyễn An Đệ, Châu Văn Toàn, Nguyễn Văn Thu Chung Thị Hồng 77 Thoa, 2002 Kết chọn lọc ưu tú mít ta miền Đơng Nam Tạp chí NN&PTNT số 9/2002 Trang 769-770 35.Nguyễn Thị Hạnh Kết bình tuyển, chọn lọc mít ưu tú Tây Nguyên Kết nghiên cứu KHCN 2006-2010, Viện KHNN Việt Nam 36.Trần Văn Hâu, Trần Thị Doãn Xuân Phạm Thanh Sang (2015) Ảnh hưởng liều lượng phân N-P-K-Mg đến suất phẩm chất trái mít Ba Láng hạt lép (Artocarpus heterophyllus Lam.) quận Cái Răng, thành phố Cần Thơ Tạp chí Khoa học Trường Đại học Cần Thơ 36 (2015): 63-71 37.Lý Thị Lẹ, 2006.Tái sinh phơi soma mít (Artocarpus heterophyllus Lam) Luận văn kỹ sư công nghệ sinh học Đại học nông lâm TP Hồ Chí Minh 2006 38.Lê Trí Nhân, Trần Thị Doãn Xuân, Trần Sỹ Hiếu Trần Văn Hâu, 2016 Đặc điểm hoa, phát triển trái thời điểm xuất hiện tượng đen xơ mít Thái siêu sớm (Artocarpus heterophyllus Lam) quận Cái Răng, thành phố Cần Thơ Tap chí Khoa hoc Trường Đại học Cần Thơ Số chuyên đề: Nông nghiệp (2016) (3): 79-87 39.Nguyễn Đức Thành, 2014 Các kỹ thuật thị DNA nghiên cứu chọn lọc thực vât Tạp chí Sinh học, 36(3): 265-294 DOI:10.15625/08667160/v36n3.5974 40.Thái Nguyễn Diễm Hương, 2009 Nghiên cứu đặc điểm sáu giống mít (A heterophyllus) số biện pháp canh tác cho giống mít TN1 Phú Giáo, Bình Dương Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp 2009 41.Mai Van Tri et al., 2015 Decline of jackfruit (Artocarpus heterophyllus) incited by Phytophthora palmivora in Vietnam Phytopathologia Mediterranea (2015) 54, 2, 275−280www.fupress.com/pm ISSN (print): 0031-9465© Firenze University Press ISSN (online): 1593-2095 42 Phạm Tiến Dũng, 2008, Giáo trình Thiết kế thí nghiệm xử lý kết IRRISTAT Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội – 2008 43.IPGRI, 2000, Descriptors for Jackfruit (Artocarpus heterophyllus) International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy 78 44.Wang X.M., Optimization of DNA isolation, ISSR-PCR system and primers screening of genuine species of rhubarb, an important herbal medicine in China, J Med Plants Res (10) (2010) 904–908 45 Yeh F.C., Yang R.C., Boyle T., 1999 POPGENE Microsoft WindowsBased Freeware for Population Genetic Analysis Release 1.31, University of Alberta, Edmonton 46 Rohlf F.J., 1992 NTSYS-PC: Numerical taxonomy and multivariate analysis system version 2.0 State University of New York (Stony Brook, New York) 47 Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S, 2013 MEGA6.0.6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 6.0.6 48.Hồng Văn Khốn (2002), Cổ Loa Trung tâm hội tụ Văn minh sông Hồng, Nxb Thông Tin, 2002, Tr 261 79 PHỤ LỤC PHỤ LỤC BẢNG MÔ TẢ GIỐNG MÍT CỔ LOA I THƠNG TIN CHUNG: Tên giống: Mít Cổ Loa Nguồn giống: Nhân giống hạt Nơi trồng: xã Cổ Loa – Đông Anh - Hà Nội Cơ quan mô tả:Trung tâm Tài nguyên Thực vật II DỮ LIỆU MÔ TẢ Tuổi (Tree age) (năm): - 100 năm Sức sinh trưởng cây: Cây cao Chiều cao (m): 9,08 ± 2,1 Chu vi thân (cm): 137,2 ± 7,5 Bề mặt thân: Nhẵn Đường kính tán: 8,52 ± 0,9 Hình dạng tán cây: Khơng Tập tính sinh trưởng cây:Đứng Mật độ cành: Thưa 10 Kiểu phân cành: Không 11 Chiều dài phiến (cm): 14,4 ± 1,7 12 Bề rộng phiến (cm): 8,3 ± 0,4 13 Hình dạng phiến lá: Elip 14 Hình dạng chóp lá: Nhọn mũi 15 Hình dạng gốc lá: Nghiêng 16 Mép lá: Gợn sóng 17 Màu sắc lá: Xanh đậm 80 18 Lông mặt lá: Nhẵn 19 Lông mặt lá: Nhẵn 20 Hình dạng cuống lá: Trịn 21 Chiều dài cuống (mm): 21,5 ± 2,3 22 Rãnh cuống lá: Có 23 Góc cuống thân: Nhọn (< 900) 24 Thời điểm hoa: T11 25 Mùi hương hoa cái: Thơm nhẹ 26 Màu chùm hoa: Xanh 27 Ra hoa lứa hai: Khơng 28 Vị trí chùm hoa cái: Chủ yếu thân, cành cấp cành cấp 29 Số ngày từ đến chín: 160 ngày 30 Thời vụ chín: Chính vụ 31 Tập tính quả: Hàng năm 32 Vị trí mang quả: Chủ yếu thân, cành cấp 1, số cành cấp 33 Tập tính mang nhóm quả: Đơn 34 Hình dạng quả: Hình Elip 35 Núm quả: Dạng lõm 36 Chiều dài (cm): 48,3 ± 5,2 37 Đường kính (cm): 25,7 ± 3,1 38 Khối lượng (kg): 5,2 ± 0,6 39 Độ dầy vỏ quả: Trung bình 40 Màu vỏ quả: Vàng xanh 41 Bề mặt quả: Có gai 42 Hình dạng gai quả: Trung bình 81 43 Mật độ gai quả: Thưa 44 Chất lượng quả: Tốt 45 Số lượng múi/ kg quả: 97 múi 46 Chiều dài múi (cm): 6,45 ± 0,7 47 Chiều rộng múi (cm): 3,84 ± 0,3 48 Độ dày múi: Mỏng 49 Hình dạng múi: Dạng xoắn 50 Sự có mặt của sợi (xơ) múi: Nhiều 51 Cấu trúc múi: Mềm 52 Vị thịt quả: Ngọt 53 Độ thịt quả: Mềm 54 Mùi thơm thịt quả: Thơm 55 Nước thịt quả: Khơng có nước 56 Màu thịt quả: Vàng 57 Chiều rộng lõi (cm): 6,3 ± 1,3 58 Chiều dài hạt (cm): 3,72 ± 0,52 59 Chiều rộng hạt (cm): 2,25 ± 0,23 60 Hình dạng hạt: Hình bầu dục 61 Chất nhầy bề mặt hạt: Trung bình 62 Độ dày áo hạt: Mỏng 63 Cấu trúc bề mặt hạt: Đồng 64 Màu sắc áo hạt: Trắng 82 PHỤ LỤC KẾT QUẢ GIẢI TRÌNH TỰ GEN LỤC LẠP VÀ GEN NHÂN CỦA GIỐNG MÍT Mít Cổ Loa ký hiệu: MCL Mít đồi ký hiệu: MD Mít Na ký hiệu: MN Mít Thái ký hiệu: MT So sánh trình tự gen 1.1 So sánh trình tự gen trnL (tRNA-Leu) hệ gen lục lạp mẫu nghiên cứu: MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL ATAACTTTCA AATTCAGAGA AACCCTGGAA TTAAAAATGG GTAATCCTGA [ [ [ [ 50] 50] 50] 50] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL GCCAAATCCG GTTTTCTGAA AACAAACAAG GGTTCAGAAA GCGATAATAA [100] [100] [100] [100] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL AAAAGGATAG GTGCAGAGAC TCAATGGAAG CTGTTCTAAC AAATGGAGTT [150] [150] [150] [150] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL GGCTGCAGTG CATTAGTAAA GGAATCACTT CAGAAAGGAT GAAGAATAAA [200] [200] [200] [200] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL CGTATATACG TATACGTACT GAAATACTAT CTTCAAATGA TTAATGACAA [250] [250] [250] [250] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL CACAAATCCG TATTTCTTTT AATTTTCATT AAAAATTAAA GAATTGTTGT [300] [300] [300] [300] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL GAATCAATTA TAAGTTGAAA AAAGAATCAA ATATTCATTG ATCAAATCAT [350] [350] [350] [350] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL TTACTCCATC AAAACCTGAT AGATCTTTTG AAGAATTGAT TAATCGGACG [400] [400] [400] [400] MCL-trnL MT-trnL AGAATAAAGA TAGAGTCCCA TTCTACATGT CAATATCGAC AACAATATGT [450] [450] 83 MN-trnL MD-trnL [450] [450] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL CAATATCGAC AACAATGAAA TTTATAGTAA GAGGAAAATC CGTCGACTTT [500] [500] [500] [500] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL AAAAATCGTG AGGGTTCAAG TCCCTCTATC CCCAAAAAGG TCCATCTGAT [550] [550] [550] [550] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL TCCCTAATTA TTTATCCTAC CCTCTCATTT CGTTAGCGGT TCAAAATTCG [600] [600] [600] [600] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL CTATCTTTCT CGTTCATTCT AATTCTACAA ACGTATCTGA GCGAAAATTT [650] [650] [650] [650] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL TTTTCTTATC ACAAGCCTTG TGATAGAGGT GAAACACGTA CAAATGAACA [700] [700] [700] [700] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL TCTTTGAGAA AGGAATCCCA ATGTTAAATT TGAATAATTA ATAATTCATT [750] [750] [750] [750] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL TTATTACTCG TACTGTACTG AAACTTACAA AGTCTTTTTT TGAAGATCCA [800] [800] [800] [800] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL AGAAATTCCA CCAGGGCTTG GATAAGACTT TCCAACTCCC CTTTCGTCTT [850] [850] [850] [850] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL TTTAATTGAC ATAGGCCCAA GTCCTCTATT AAAATGAGAA TGATGCGTAA [900] [900] [900] [900] MCL-trnL MT-trnL MN-trnL MD-trnL GGAATGGT [908] [908] [908] [908] 1.2 So sánh trình tự gen ITS hệ gen nhân mẫu nghiên cứu: MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS GGATCATTGT CGAAACCTGC CCAGCAGAAA GACCCGCGAA CAGGTTTACA MN-ITS MD-ITS ACACTTGGGG GCGAGGGGTG CAATGCGCCT TGAACCCCCC ATGCCGAGCG [ [ [ [ 50] 50] 50] 50] [100] [100] 84 MT-ITS MCL-ITS [100] [100] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS CGTGTGGCTT TGCCATGCGT CCCCGGCCAC TAACCAACCC CGGCGCGGAA [150] [150] [150] [150] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS TGCGTCAAGG AAACATAAAG AAACGAGCTT CTACTGTGGC CCCAGATTTG [200] [200] [200] [200] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS GTGCCTGCTG CAGCAGATGT GTCGTGTTTC GTTAAGTCTA AAAACGACTC [250] [250] [250] [250] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS TCGGCAACGG ATATCTCGGC TCTCGCATCG ATGAAGAACG TAGCGAAATG [300] [300] [300] [300] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS CGATACTTGG TGTGAATTGC AGAATCCCGT GAACCATCGA GTCTTTGAAC [350] [350] [350] [350] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS GCAAGTTGCG CCCGAAGCCA TCCGGTCGAG GGCACGTCTG CCTGGGCGTC [400] [400] [400] [400] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS ACACACCGTT GCCCCCCTAA GTCCCTTTGA CACTATCCAT GTGGTGCATG [450] [450] [450] [450] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS GGGACTACGA GTGGCGGATG ATGGCCTCCC GTGGGCCTTG ACTCGCGGTT [500] [500] [500] [500] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS GGTCTAAATT TGAGTCCTCG GTCACGGTCG CCGTGGCAAT AGGTGGTCGT [550] [550] [550] [550] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS CGATCATTCG GTGCCCTGCC ACGCGCTCCG GAAAAAAGCA TCGAGAGACT [600] [600] [600] [600] MN-ITS MD-ITS MT-ITS MCL-ITS TTACAAACTT GACCCCGATG CACCACAACG TAGGTGCTTC CAACGCGACC [650] [650] [650] [650] MN-ITS CCAGGTCAGG C [661] 85 MD-ITS MT-ITS MCL-ITS [661] [661] [661] Đối chiếu trình tự nghiên cứu ngân hàng gen 2.1 Kết so sánh với trình tự MCL-trnL với Genbank phần mềm BLAST Artocarpus heterophyllus voucher SBG6 tRNA-Leu (trnL) gene, partial sequence; trnL-trnF intergenic spacer, complete sequence; and tRNA-Phe (trnF) gene, partial sequence; chloroplast Sequence ID: Length: 969Number of Matches: Related Information Range 1: 30 to 937GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities 1677 bits(908) 0.0 Query Sbjct 30 Query 61 Sbjct 90 Query 121 Sbjct 150 Query 181 Sbjct 210 Query 241 Sbjct 270 Query 301 Sbjct 330 Query 361 Sbjct 390 Query 421 Sbjct 450 Query 481 Sbjct 510 Gaps 908/908(100%) 0/908(0%) Strand Plus/Plus ATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGTAATCCTGAGCCAAATCCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATAACTTTCAAATTCAGAGAAACCCTGGAATTAAAAATGGGTAATCCTGAGCCAAATCCG 60 GTTTTCTGAAAACAAACAAGGGTTCAGAAAGCGATAATAAAAAAGGATAGGTGCAGAGAC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTTTTCTGAAAACAAACAAGGGTTCAGAAAGCGATAATAAAAAAGGATAGGTGCAGAGAC 120 TCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGAGTTGGCTGCAGTGCATTAGTAAAGGAATCACTT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCAATGGAAGCTGTTCTAACAAATGGAGTTGGCTGCAGTGCATTAGTAAAGGAATCACTT 180 CAGAAAGGATGAAGAATAAACGTATATACGTATACGTACTGAAATACTATCTTCAAATGA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CAGAAAGGATGAAGAATAAACGTATATACGTATACGTACTGAAATACTATCTTCAAATGA 240 TTAATGACAACACAAATCCGTATTTCTTTTAATTTTCATTAAAAATTAAAGAATTGTTGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTAATGACAACACAAATCCGTATTTCTTTTAATTTTCATTAAAAATTAAAGAATTGTTGT 89 149 209 269 300 329 GAATCAATTATAAGTTGAAAAAAGAATCAAATATTCATTGATCAAATCATTTACTCCATC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GAATCAATTATAAGTTGAAAAAAGAATCAAATATTCATTGATCAAATCATTTACTCCATC 360 AAAACCTGATAGATCTTTTGAAGAATTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AAAACCTGATAGATCTTTTGAAGAATTGATTAATCGGACGAGAATAAAGATAGAGTCCCA 420 TTCTACATGTCAATATCGACAACAATATGTCAATATCGACAACAATGAAATTTATAGTAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTCTACATGTCAATATCGACAACAATATGTCAATATCGACAACAATGAAATTTATAGTAA 480 GAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GAGGAAAATCCGTCGACTTTAAAAATCGTGAGGGTTCAAGTCCCTCTATCCCCAAAAAGG 540 389 449 509 569 86 Query 541 Sbjct 570 Query 601 Sbjct 630 Query 661 Sbjct 690 Query 721 Sbjct 750 Query 781 Sbjct 810 Query 841 Sbjct 870 Query 901 Sbjct 930 TCCATCTGATTCCCTAATTATTTATCCTACCCTCTCATTTCGTTAGCGGTTCAAAATTCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCCATCTGATTCCCTAATTATTTATCCTACCCTCTCATTTCGTTAGCGGTTCAAAATTCG 600 629 CTATCTTTCTCGTTCATTCTAATTCTACAAACGTATCTGAGCGAAAAtttttttCTTATC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTATCTTTCTCGTTCATTCTAATTCTACAAACGTATCTGAGCGAAAATTTTTTTCTTATC 660 ACAAGCCTTGTGATAGAGGTGAAACACGTACAAATGAACATCTTTGAGAAAGGAATCCCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACAAGCCTTGTGATAGAGGTGAAACACGTACAAATGAACATCTTTGAGAAAGGAATCCCA 720 ATGTTAAATTTGAATAATTAATAATTCATTTTATTACTCGTACTGTACTGAAACTTACAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATGTTAAATTTGAATAATTAATAATTCATTTTATTACTCGTACTGTACTGAAACTTACAA 780 AGTCtttttttGAAGATCCAAGAAATTCCACCAGGGCTTGGATAAGACTTTCCAACTCCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGTCTTTTTTTGAAGATCCAAGAAATTCCACCAGGGCTTGGATAAGACTTTCCAACTCCC 840 CTTTCGTCTTTTTAATTGACATAGGCCCAAGTCCTCTATTAAAATGAGAATGATGCGTAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTTTCGTCTTTTTAATTGACATAGGCCCAAGTCCTCTATTAAAATGAGAATGATGCGTAA GGAATGGT |||||||| GGAATGGT 689 749 809 869 900 929 908 937 Chú giải: Một phần kết so sánh với trình tự MCL-trnLvới Genbank phần mềm BLAST 2.2 Kết so sánh với trình tự MCL-ITS với Genbank phần mềm BLAST Artocarpus heterophyllus voucher NZ438 internal transcribed spacer 1, partial sequence; 5.8S ribosomal RNA gene, complete sequence; and internal transcribed spacer 2, partial sequence Sequence ID: KU855508.1Length: 711Number of Matches: Related Information Range 1: 29 to 689GenBankGraphicsNext MatchPrevious Match Alignment statistics for match #1 Score Expect Identities Gaps Strand 1216 bits(658) 0.0 660/661(99%) 0/661(0%) Plus/Plus Query GGATCATTGTCGAAACCTGCCCAGCAGAAAGACCCGCGAACAGGTTTACAACACTTGGGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGATCATTGTCGAAACCTGCCCAGCAGAAAGACCCGCGAACAGGTTTACAACACTTGGGG 60 Sbjct 29 Query 61 120 89 GCGAGGGGTGCAATGCGCCTTGAACCCCCCATGCCGAGCGCGTGTGGCTTTGCCATGCGT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GCGAGGGGTGCAATGCGCCTTGAACCCCCCATGCCGAGCGCGTGTGGCTTTGCCATGCGT Sbjct Query 121 CCCCGGCCACTAACCAACCCCGGCGCGGAATGCGTCAAGGAAACATAAAGAAACGAGCTT 180 88 148 87 Sbjct 149 Query 181 Sbjct 209 Query 241 Sbjct 269 Query 301 Sbjct 329 Query 361 Sbjct 389 Query 421 Sbjct 449 Query 481 Sbjct 509 Query 541 Sbjct 569 Query 601 Sbjct 629 Query 661 Sbjct 689 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCCCGGCCACTAACCAACCCCGGCGCGGAATGCGTCAAGGAAACATAAAGAAACGAGCTT 208 CTACTGTGGCCCCAGATTTGGTGCCTGCTGCAGCAGATGTGTCGTGTTTCGTTAAGTCTA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTACTGTGGCCCCAGATTTGGTGCCTGCTGCAGCAGATGTGTCGTGTTTCGTTAAGTCTA 240 AAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATG 300 CGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCG 360 CCCGAAGCCATCCGGTCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACACACCGTTGCCCCCCTAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCCGAAGCCATCCGGTCGAGGGCACGTCTGCCTGGGCGTCACACACCGTTGCCCCCCTAA 420 GTCCCTTTGACACTATCCATGTGGTGCATGGGGACTACGAGTGGCGGATGATGGCCTCCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTCCCTTTGACACTATCCATGTGGTGCATGGGGACTACGAGTGGCGGATGATGGCCTCCC 480 268 328 388 448 508 GTGGGCCTTGACTCGCGGTTGGTCTAAATTTGAGTCCTCGGTCACGGTCGCCGTGGCAAT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GTGGGCCTTGACTCGCGGTTGGTCTAAATTTGAGTCCTCGGTCACGGTCGCCGTGGCAAT 540 AGGTGGTCGTCGATCATTCGGTGCCCTGCCACGCGCTCCGGAAAAAAGCATCGAGAGACT |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| AGGTGGTCGTCGATCATTCGGTGCCCTGCCACGCGCTCCGGACAAAAGCATCGAGAGACT 600 TTACAAACTTGACCCCGATGCACCACAACGTAGGTGCTTCCAACGCGACCCCAGGTCAGG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTACAAACTTGACCCCGATGCACCACAACGTAGGTGCTTCCAACGCGACCCCAGGTCAGG 660 C | C 568 628 688 661 689 Chú giải: Một phần kết so sánh với trình tựMCL-ITSvới Genbank phần mềm BLAST 88 PHỤ LỤC MỘT SỐ HÌNH ẢNH MÍT CỔ LOA Dạng thn Dạng Elip Hình 3.1 Đặc điểm mít Cổ Loa xã Cổ Loa, Đơng Anh, Hà Nội 89 Hình 3.2 Đặc điểm hoa điển hình giống Mít Cổ Loa Hình 3.3 Đặc trưng màu sắc múi tỷ lệ phần ăn giống Mít Cổ Loa ... nguồn gen Mít Cổ Loa xây dựng bảng mơ tả nguồn gen Mít Cổ Loa 2.2.2 Đánh giá mối quan hệ di truyền nguồn gen Mít Cổ Loa kỹ thuật sinh học phân tử ISSR 2.2.3 Đánh giá mối quan hệ di truyền Mít Cổ Loa. .. địa phương khu di tích Cổ Loa xây dựng bảng tính đặc điểm đặc trưng giống Mít Cổ Loa Đánh giá mối quan hệ di truyền cho thấy quần thể Mít Cổ Loa có tương đồng di truyền cao So sánh trình tự gen. .. hợp tử AFLP sử dụng nghiên cứu lập đồ genome, đa dạng di truyền quan hệ chủng loại kiểu gen có mối quan hệ gần, nghiên cứu cấu trúc di truyền nguồn gen đánh giá phân hóa di truyền quần thể (Nguyễn