Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử của virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm ở gà (chicken infectious anemia virus CIAV) lưu hành tại miền bắc việt nam

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM ĐÀO ĐOAN TRANG NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA VIRUS GÂY BỆNH THIẾU MÁU TRUYỀN NHIỄM Ở GÀ (CHICKEN INFECTIOUS ANEMIA VIRUS- CIAV) LƯU HÀNH TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM LUẬN ÁN TIẾN SĨ NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2020 HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM - - ĐÀO ĐOAN TRANG NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC PHÂN TỬ CỦA VIRUS GÂY BỆNH THIẾU MÁU TRUYỀN NHIỄM Ở GÀ (CHICKEN INFECTIOUS ANEMIA VIRUS- CIAV) LƯU HÀNH TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y Mã số: 9.64.01.08 Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS Huỳnh Thị Mỹ Lệ TS Nguyễn Văn Giáp HÀ NỘI, NĂM 2020 LỜI CAM ĐOAN Dữ liệu luận án phần đề tài “Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng dịch tễ học phân tử virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà (chicken infectious anemia virus, CIAV) lưu hành miền Bắc Việt Nam”, mã số 04/DAVB, tài trợ Dự án Việt- Bỉ, giai đoạn 2014-2019 Tôi xin cam đoan: (1) tất kết thu luận án thân tơi nhóm nghiên cứu thực phép công bố với đồng ý chủ nhiệm đề tài thành viên tham gia thực hiện; (2) kết trình bày luận án trung thực, khách quan không trùng lặp với luận án tiến sĩ công bố trước đây; (3) giúp đỡ cho việc thực luận án cảm ơn, thông tin trích dẫn luận án rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Tác giả luận án Đào Đoan Trang i LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận án, tác giả nhận giúp đỡ tạo điều kiện nhiều cá nhân, đơn vị tổ chức Trước hết, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới PGS.TS Huỳnh Thị Mỹ Lệ TS Nguyễn Văn Giáp, người trực tiếp hướng dẫn bảo tận tình, giúp đỡ tơi suốt q trình nghiên cứu hồn thành luận án Bên cạnh đó, tơi muốn gửi lời cảm ơn đến dự án Việt- Bỉ Học viện Nơng nghiệp Việt Nam cấp kinh phí đề tài để tơi thực nội dung nghiên cứu luận án Đồng thời, xin trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Ban Quản lý đào tạo, Ban Chủ nhiệm khoa Thú y, Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm, tồn thể thầy, giáo cán Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam, tạo điều kiện thuận lợi trình học tập, trang bị cho kiến thức quý báu giúp đỡ tơi hồn thành cơng trình nghiên cứu Nhân dịp hồn thành luận án, tơi xin gửi lời cảm ơn chân thành đến tập thể Lãnh đạo tồn thể cán cơng nhân viên Trung tâm Thực nghiệm Bảo tồn Vật nuôi (Viện Chăn ni), đồng nghiệp, gia đình bạn bè tạo điều kiện thời gian, động viên, chia sẻ vật chất, tinh thần, giúp đỡ trình học tập, nghiên cứu hồn thành luận án Hà Nội, ngày tháng năm 2020 Nghiên cứu sinh Đào Đoan Trang ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục từ viết tắt vi Danh mục bảng viii Danh mục hình ix Trích yếu luận án xi Thesis abstract xiii PHẦN MỞ ĐẦU 1.1 Tính cấp thiết đề tài 1.2 Mục tiêu nghiên cứu 1.3 Phạm vi nghiên cứu 1.4 Những đóng góp đề tài 1.5 Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài PHẦN TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1 Virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà 2.1.1 Lịch sử phát phân loại virus gây bệnh 2.1.2 Hình thái, cấu trúc CIAV 2.1.3 Sức đề kháng CIAV 2.1.4 Tính kháng nguyên biến đổi chủng CIAV 2.2 Bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà 2.2.1 Giới thiệu chung 2.2.2 Địa dư bệnh 2.2.3 Thiệt hại bệnh thiếu máu truyền nhiễm gây 2.2.4 Loài vật mắc bệnh 2.2.5 Phương thức truyền lây 10 2.2.6 Cơ chế sinh bệnh 11 2.2.7 Triệu chứng bệnh thiếu máu truyền nhiễm 11 2.2.8 Bệnh tích bệnh thiếu máu truyền nhiễm 14 2.2.9 Chẩn đoán bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà 16 iii 2.2.10 Biện pháp phòng bệnh 19 2.3 Đặc điểm dịch tễ học phân tử CIAV 20 2.3.1 Mối quan hệ di truyền chủng CIAV 20 2.3.2 Sự lưu hành CIAV theo nhóm di truyền số quốc gia 22 2.3.3 Khác biệt di truyền CIAV 23 2.4 Tình hình nghiên cứu CIAV Việt Nam 25 PHẦN VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 3.1 Địa điểm nghiên cứu 26 3.2 Thời gian nghiên cứu 26 3.3 Đối tượng/ vật liệu nghiên cứu 26 3.3.1 Đối tượng nghiên cứu 26 3.3.2 Dụng cụ thiết bị 26 3.3.3 Vật liệu nghiên cứu 27 3.4 Nội dung nghiên cứu 28 3.4.1 Nghiên cứu lưu hành virus bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà nuôi số tỉnh/thành phố miền Bắc Việt Nam 28 3.4.2 Nghiên cứu số đặc điểm đặc điểm dịch tễ học phân tử CIAV 29 3.5 Phương pháp nghiên cứu 29 3.5.1 Phương pháp lựa chọn sở chăn nuôi để thu mẫu 29 3.5.2 Phương pháp theo dõi triệu chứng lâm sàng bệnh tích đặc trưng 29 3.5.3 Phương pháp mổ khám lấy mẫu 30 3.5.4 Phương pháp tách chiết ADN 30 3.5.5 Phương pháp PCR phát CIAV 30 3.5.6 Phương pháp chứng minh độc lực CIAV 31 3.5.7 Phương pháp giải trình tự gen giải cấu trúc gen 32 3.5.8 Phương pháp phân tích đặc điểm di truyền 32 3.5.9 Phương pháp xây dựng phát sinh chủng loại 33 3.5.10 Phương pháp phân tích đặc điểm dịch tễ học phân tử 33 3.5.11 Phương pháp xử lý số liệu 33 PHẦN KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 34 4.1 Sự lưu hành virus bệnh thiếu máu truyền nhiễm 34 4.1.1 Kết nghiên cứu lưu hành CIAV 34 iv 4.1.2 Triệu chứng lâm sàng bệnh tích gà nhiễm CIAV tự nhiên 37 4.1.3 Đặc điểm lưu hành CIAV 40 4.1.4 Kết chứng minh độc lực CIAV lưu hành gà miền Bắc 45 4.2 ĐẶc điểm dịch tễ học phân tử CIAV miền Bắc 56 4.2.1 Đặc điểm di truyền gen CIAV lưu hành miền Bắc 56 4.2.2 Đặc điểm di truyền gen mã hóa capsid protein 60 4.2.3 Nguồn gốc phát sinh chủng loại CIAV lưu hành miền Bắc 68 4.2.4 Đặc điểm phát tán theo không gian thời gian CIAV lưu hành miền Bắc 74 PHẦN KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 82 5.1 Kết luận 82 5.2 Đề nghị 83 Danh mục cơng trình cơng bố có liên quan đến luận án 84 Tài liệu tham khảo 85 Phụ lục 101 v DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Từ viết tắt Chữ viết đầy đủ Nghĩa tiếng Việt ADN Acid Deoxyribonucleic Axit Deoxyribonucleic ALV Avian Leukosis Virus Virus gây bệnh Lơ-cô gà ARV Avian Reovirus Reovirus gà ATF Activating Transcription Factor Yếu tố khởi đầu phiên mã BWD Blue Wing Disease Bệnh cánh xanh CAA Chicken Anemia Agent Tác nhân gây thiếu máu gà CIA Chicken Infectious Anemia Thiếu máu truyền nhiễm gà CIAV Chicken Infectious Anemia Virus ELISA Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay Virus gây thiếu máu truyền nhiễm gà Phản ứng ELISA FAdV Fowl Adenovirus Adenovirus loài cầm FAdV4 Fowl Adenovirus serotype FPV Fowlpox Virus Adenovirus loài cầm thuộc serotype Virus gây bệnh đậu gia cầm GDP Gross Domestic Product Tổng sản phẩm quốc nội HPS Hydropericardium Bao tim tích nước ICTV IBD International Committee Taxonomy of Viruses Infectious Brusal Disease IBDV Infectious Brusal Disease Virus Virus gây bệnh Gumboro IBH Inclusion Body Hepatitis Viêm gan thể vùi IFA Indirect Immunofluorescence Assay ILTV Infectious Laryngotracheitis Virus LL Lymphoid Leukosis Phản ứng miễn dịch huỳnh quang gián tiếp Virus gây bệnh viêm - khí quản truyền nhiễm Bệnh Lơ-cơ MD Marek’s Disease Bệnh Marek’s MDCC-JP2 Marek’s Disease Chicken Cell-JP2 MDCC-MSB1 Marek’s Disease Chicken Cell- MSB1 Tế bào JP2 gà mắc bệnh Marek’s Tế bào MSB1 gà mắc Marek’s MDV Marek’s Disease Virus Virus gây bệnh Marek’s ND Newcastle Disease Bệnh Newcastle NDV Newcastle Disease Virus Virus gây bệnh Newcastle vi on Ủy ban quốc tế phân loại virus Bệnh Gumboro ORF Open Reading Frame Khung đọc mở PCR Polymerase Chain Reaction Phản ứng tổng hợp chuỗi ADN PCV Packed Cell Volume Tỷ khối huyết cầu REV Reticuloendotheliosis Virus RFLP SPF Restriction Fragment Length Polymorphism Specific Pathogen Free Virus gây bệnh hệ lưới nội bì gia cầm Đa hình chiều dài đoạn cắt enzyme Sạch với số loại mầm bệnh TTMV Torque Teno Mini Virus Virus Torque Teno Mini TTV Torque Teno Virus Virus Torque Teno VNT Virus Neutralization Test Phản ứng trung hòa virus VP Virion Protein Protein cấu tạo nên virion vii DANH MỤC BẢNG Tên bảng TT Trang 2.1 Đối chiếu cách phân loại nhóm di truyền CIAV 20 2.2 Khoảng cách di truyền CIAV dựa vào gen ORF1 24 3.1 Trình tự mồi đặc hiệu dùng nghiên cứu 28 4.1 Kết PCR phát CIAV mẫu bệnh phẩm 34 4.2 Kết PCR phát CIAV mẫu bệnh phẩm thu từ 10 tỉnh/thành phố miền Bắc Việt Nam 35 4.3 Kết phát virus huyết gà sau gây nhiễm CIAV 47 4.4 Bệnh tích đại thể nhóm gà nhiễm CIAV 55 4.5 Trình tự amino acid VP1 liên quan đến độc lực CIAV 67 viii TT GenBank Quốc gia Năm 243 HE662919 Cameroon 244 HE662927 Cameroon 245 HE662931 246 Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm 2007 284 HE686973 Cameroon 2007 285 HE687010 Cameroon Cameroon 2007 286 HE662953 HE662937 Cameroon 2007 287 247 HE662925 Cameroon 2007 248 HE662928 Cameroon 2007 249 HE662941 Cameroon 250 HE662930 251 252 TT GenBank Quốc gia Năm 2009 324 HE662978 Cameroon 2009 2009 325 HE686994 Cameroon 2009 Cameroon 2009 326 HE662979 Cameroon 2009 HE663003 Cameroon 2009 327 HE662983 Cameroon 2009 288 HE662998 Cameroon 2009 328 HE662980 Cameroon 2009 289 HE663002 Cameroon 2009 329 HE662982 Cameroon 2009 2007 290 HE662999 Cameroon 2009 330 HE686993 Cameroon 2009 Cameroon 2007 291 HE687015 Cameroon 2009 331 HE662981 Cameroon 2009 HE662933 Cameroon 2007 292 HE662984 Cameroon 2009 332 HE662986 Cameroon 2009 HE662936 Cameroon 2007 293 HE686996 Cameroon 2009 333 HE662996 Cameroon 2009 253 HE662935 Cameroon 2007 294 HE663000 Cameroon 2009 334 HE662997 Cameroon 2009 254 HE662884 Cameroon 2007 295 HE662988 Cameroon 2009 335 HE686991 Cameroon 2009 255 HE662877 Cameroon 2007 296 HE662952 Cameroon 2009 336 HE662987 Cameroon 2009 256 HE662880 Cameroon 2007 297 HE662954 Cameroon 2009 337 HE686995 Cameroon 2009 257 HE662913 Cameroon 2007 298 HE686978 Cameroon 2009 338 HE662942 Cameroon 2009 258 HE662897 Cameroon 2007 299 HE686979 Cameroon 2009 339 HE662943 Cameroon 2009 259 HE662900 Cameroon 2007 300 HE663001 Cameroon 2009 340 HE662956 Cameroon 2009 260 HE662921 Cameroon 2007 301 HE662950 Cameroon 2009 341 HE662945 Cameroon 2009 261 HE662916 Cameroon 2007 302 HE686982 Cameroon 2009 342 HE662958 Cameroon 2009 262 HE662892 Cameroon 2007 303 HE686983 Cameroon 2009 343 HE662966 Cameroon 2009 263 HE662886 Cameroon 2007 304 HE662944 Cameroon 2009 344 HE662971 Cameroon 2009 264 HE662918 Cameroon 2007 305 HE662965 Cameroon 2009 345 HE662970 Cameroon 2009 265 HE662923 Cameroon 2007 306 HE686989 Cameroon 2009 346 HE686988 Cameroon 2009 266 HE662876 Cameroon 2007 307 HE662955 Cameroon 2009 347 HE662968 Cameroon 2009 267 HE662881 Cameroon 2007 308 HE662961 Cameroon 2009 348 HE686971 Cameroon 2009 268 HE662894 Cameroon 2007 309 HE662957 Cameroon 2009 349 HE662969 Cameroon 2009 269 HE662907 Cameroon 2007 310 HE662960 Cameroon 2009 350 HE662973 Cameroon 2009 270 HE662922 Cameroon 2007 311 HE662964 Cameroon 2009 351 HE686972 Cameroon 2009 271 HE662889 Cameroon 2007 312 HE686970 Cameroon 2009 352 HE662972 Cameroon 2009 272 HE662901 Cameroon 2007 313 HE662959 Cameroon 2009 353 HE686985 Cameroon 2009 273 HE662912 Cameroon 2007 314 HE662962 Cameroon 2009 354 HE662975 Cameroon 2009 274 HE662924 Cameroon 2007 315 HE662946 Cameroon 2009 355 HE662976 Cameroon 2009 275 HE662974 Cameroon 2009 316 HE662963 Cameroon 2009 356 HE662993 Cameroon 2009 276 HE686990 Cameroon 2009 317 HE686981 Cameroon 2009 357 HE687013 Cameroon 2009 277 HE687009 Cameroon 2009 318 HE662967 Cameroon 2009 358 HE687005 Cameroon 2009 278 HE662947 Cameroon 2009 319 HE687016 Cameroon 2009 359 HE687007 Cameroon 2009 279 HE662949 Cameroon 2009 320 HE686986 Cameroon 2009 360 HE687012 Cameroon 2009 280 HE662948 Cameroon 2009 321 HE686987 Cameroon 2009 361 HE687006 Cameroon 2009 281 HE662994 Cameroon 2009 322 HE686984 Cameroon 2009 362 HE687014 Cameroon 2009 282 HE662995 Cameroon 2009 323 HE662977 Cameroon 2009 363 HE687008 Cameroon 2009 365 HE662951 Cameroon 2009 406 KJ728829 Đài Loan 2012 364 HE687011 Cameroon 2009 366 HE686976 Cameroon 2009 407 KY888904 Đài Loan 2012 447 KY888916 Đài Loan 2014 367 HE686977 Cameroon 2009 408 KJ728828 Đài Loan 2012 448 KY888926 Đài Loan 2014 103 Nhóm Nhóm G3a TT GenBank Quốc gia Năm 368 HE686974 Cameroon 369 HE686992 Cameroon 370 HE686975 371 Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm 2009 409 KY888903 Đài Loan 2009 410 KJ728816 Đài Loan Cameroon 2009 411 KJ728820 HE662985 Cameroon 2009 412 372 HE686999 Cameroon 2009 373 HE687003 Cameroon 2009 374 HE686980 Cameroon 375 HE662989 376 377 TT GenBank Quốc gia Năm 2012 449 KY888930 Đài Loan 2014 2012 450 KY888933 Đài Loan 2014 Đài Loan 2012 451 KY888929 Đài Loan 2014 KJ728819 Đài Loan 2012 452 KY888918 Đài Loan 2014 413 KJ728818 Đài Loan 2012 453 KY888925 Đài Loan 2014 414 KJ728823 Đài Loan 2012 454 KY888935 Đài Loan 2014 2009 415 KJ728821 Đài Loan 2012 455 KY888920 Đài Loan 2014 Cameroon 2009 416 KJ728825 Đài Loan 2012 456 KY888932 Đài Loan 2014 HE662990 Cameroon 2009 417 KY888900 Đài Loan 2012 457 MK358456 Đài Loan 2015 HE686998 Cameroon 2009 418 KJ728814 Đài Loan 2012 458 MK360817 Đài Loan 2015 378 HE687002 Cameroon 2009 419 KJ728830 Đài Loan 2012 459 KY888939 Đài Loan 2015 379 HE662991 Cameroon 2009 420 KY888905 Đài Loan 2012 460 MK376316 Đài Loan 2016 380 HE662992 Cameroon 2009 421 KJ728815 Đài Loan 2012 461 MK376315 Đài Loan 2016 381 HE687000 Cameroon 2009 422 KJ728824 Đài Loan 2012 462 MK386570 Đài Loan 2016 382 HE687001 Cameroon 2009 423 KJ728817 Đài Loan 2012 463 AB031296 G3b 383 HE686997 Cameroon 2009 424 KY888906 Đài Loan 2013 464 AJ297678 Germany 384 JQ308214 Chile 2006 425 KY888915 Đài Loan 2013 465 AJ297679 Germany 385 JQ308213 Chile 2008 426 KY888912 Đài Loan 2013 466 AJ297680 Germany 386 KC602112 Croatia 2011 427 KY888913 Đài Loan 2013 467 AJ297681 Germany 387 KC602113 Croatia 2012 428 KY888914 Đài Loan 2013 468 AJ297682 Germany 388 KC602115 Croatia 2012 429 KY888907 Đài Loan 2013 469 AJ297683 Germany 389 KC602114 Croatia 2012 430 KY888911 Đài Loan 2013 470 AJ297684 Germany 390 KY888890 Đài Loan 2010 431 KY888909 Đài Loan 2013 471 AJ297685 Germany 391 KY888891 Đài Loan 2010 432 KY888908 Đài Loan 2013 472 AJ297686 Germany 392 KY888898 Đài Loan 2011 433 KY888910 Đài Loan 2013 473 AJ297687 Germany 393 KY888897 Đài Loan 2011 434 KY888924 Đài Loan 2014 474 AJ401053 Germany 394 KY888895 Đài Loan 2011 435 KY888936 Đài Loan 2014 475 AJ536295 Germany 395 KY888893 Đài Loan 2011 436 KY888921 Đài Loan 2014 476 M55918 Germany 396 KY888899 Đài Loan 2011 437 KY888922 Đài Loan 2014 477 M81223 Germany 397 KY888896 Đài Loan 2011 438 KY888917 Đài Loan 2014 478 U66304 Germany 398 KY888892 Đài Loan 2011 439 KY888928 Đài Loan 2014 479 JF507715 Hàn Quốc 1991 399 KY888894 Đài Loan 2011 440 KY888927 Đài Loan 2014 480 HM018709 Hàn Quốc 2008 400 KJ728827 Đài Loan 2012 441 KY888931 Đài Loan 2014 481 HM018711 Hàn Quốc 2009 401 KY888902 Đài Loan 2012 442 KY888937 Đài Loan 2014 482 HM018713 Hàn Quốc 2009 402 KX772161 Đài Loan 2012 443 KY888938 Đài Loan 2014 483 HM018712 Hàn Quốc 2009 403 KJ728822 Đài Loan 2012 444 KY888923 Đài Loan 2014 484 HM018714 Hàn Quốc 2009 404 KJ728826 Đài Loan 2012 445 KY888919 Đài Loan 2014 485 HM018717 Hàn Quốc 2009 405 KY888901 Đài Loan 2012 446 KY888934 Đài Loan 2014 486 HM018715 Hàn Quốc 2009 488 HM018724 Hàn Quốc 2009 530 AB046587 Japan 487 HM018716 Hàn Quốc 2009 489 HM018725 Hàn Quốc 2009 531 AB046588 Japan 572 AF311898 Mỹ 1998 490 HM018726 Hàn Quốc 2009 532 AB046589 Japan 573 AF311890 Mỹ 1998 491 HM018730 Hàn Quốc 2009 533 AB046590 Japan 574 AF311894 Mỹ 1998 492 HM018729 Hàn Quốc 2009 534 D31965 Japan 575 AF311888 Mỹ 1998 104 Nhóm Nhóm G3a TT GenBank Quốc gia Năm 493 HM018727 Hàn Quốc 494 HM018728 Hàn Quốc 495 HM018722 496 Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm 2009 535 MH496998 Lào 2009 536 MH496996 Lào Hàn Quốc 2009 537 MH496989 Lào 2014 HM018718 Hàn Quốc 2009 538 MH496986 Lào 497 HM018719 Hàn Quốc 2009 539 MH496987 498 HM018720 Hàn Quốc 2009 540 MH496988 499 HM018721 Hàn Quốc 2009 541 500 HM018723 Hàn Quốc 2009 501 HM018735 Hàn Quốc 502 HM018736 Hàn Quốc 503 HM018733 504 TT GenBank Quốc gia Năm 2014 576 AF311891 Mỹ 1998 2014 577 AF311892 Mỹ 1998 578 AF311897 Mỹ 1998 2014 579 AF311899 Mỹ 1998 Lào 2014 580 GQ168469 Mỹ 2001 Lào 2014 581 GQ168471 Mỹ 2001 MH496992 Lào 2014 582 GQ168470 Mỹ 2001 542 MH496983 Lào 2015 583 GQ168468 Mỹ 2001 2009 543 MH496984 Lào 2015 584 GQ168473 Mỹ 2001 2009 544 MH496997 Lào 2015 585 GQ168472 Mỹ 2001 Hàn Quốc 2009 545 MH496995 Lào 2015 G3b 586 AF372658 Mỹ 2001 HM018740 Hàn Quốc 2009 546 MH496994 Lào 2015 G3b 587 GQ168457 Mỹ 2001 505 HM018737 Hàn Quốc 2009 547 MH496993 Lào 2015 588 DQ991394 Mỹ 2001 506 HM018739 Hàn Quốc 2009 548 MH496990 Lào 2015 589 GQ168465 Mỹ 2003 507 HM018738 Hàn Quốc 2009 549 MH496991 Lào 2015 590 GQ168476 Mỹ 2003 508 HM018734 Hàn Quốc 2009 550 MH496985 Lào 2015 591 GQ168478 Mỹ 2003 509 HM018731 Hàn Quốc 2009 G3a 551 AF390038 Malaysia 2001 592 AY513714 Mỹ 2003 510 HM018732 Hàn Quốc 2009 G3a 552 FJ167515 Malaysia 2007 593 GQ168459 Mỹ 2003 511 HM018710 Hàn Quốc 2009 553 FJ167517 Malaysia 2007 594 GQ168467 Mỹ 2003 512 JN903251 Iran 2009 554 FJ167518 Malaysia 2007 595 GQ168477 Mỹ 2003 513 JN903250 Iran 2009 555 FJ167516 Malaysia 2007 596 GQ168463 Mỹ 2003 514 JN903252 Iran 2009 556 FJ167514 Malaysia 2007 597 GQ168466 Mỹ 2003 515 KU195692 Iran 2013 557 FJ167513 Malaysia 2007 598 GQ168458 Mỹ 2003 516 KU195690 Iran 2013 558 FJ167522 Malaysia 2007 599 GQ168464 Mỹ 2003 517 KU195691 Iran 2013 559 FJ167521 Malaysia 2007 600 GQ168461 Mỹ 2004 518 KU195693 Iran 2013 560 FJ167520 Malaysia 2007 601 GQ168460 Mỹ 2004 519 KU195694 Iran 2013 561 AF285882 Malaysia 602 GQ168474 Mỹ 2004 520 KU195689 Iran 2013 562 AF390102 Malaysia 603 GQ168475 Mỹ 2004 521 KU523251 Iran 2015 563 AF527037 Malaysia 604 GQ168462 Mỹ 2004 522 KT276305 Iran 2015 564 AY040632 Malaysia 605 GQ168479 Mỹ 2006 523 MH095973 Iraq 2017 565 DQ217400 Malaysia 606 GQ168480 Mỹ 2006 524 MH095975 Iraq 2017 566 DQ217401 Malaysia 607 GQ168481 Mỹ 2006 525 MH095976 Iraq 2017 567 AF311887 Mỹ 1998 608 MF416374 Mỹ 2014 526 MH095977 Iraq 2017 568 AF311895 Mỹ 1998 609 KT390281 Nam Phi 2006 527 MH095974 Iraq 2017 569 AF311889 Mỹ 1998 610 KT390283 Nam Phi 2006 528 KF649567 Israel 2004 570 AF311893 Mỹ 1998 611 KT390282 Nam Phi 2006 529 AB027470 Japan 571 AF311896 Mỹ 1998 612 KT390280 Nam Phi 2006 614 KT390278 Nam Phi 2006 653 DQ016139 Slovenia 2000 613 KT390279 Nam Phi 2006 615 KT390277 Nam Phi 2006 654 DQ016140 Slovenia 2000 692 HE663005 Trung Phi 2008 616 MK687563 Nga 2012 655 KC762955 Thái Lan 2008 693 HE663006 Trung Phi 2008 617 MK687565 Nga 2013 656 KC762957 Thái Lan 2008 694 HE663049 Trung Phi 2009 618 MK687564 Nga 2013 657 KC762956 Thái Lan 2008 695 HE663030 Trung Phi 2009 619 MK687566 Nga 2014 658 KC762958 Thái Lan 2009 696 HE663031 Trung Phi 2009 105 Nhóm G3b G4 G3a G3a Nhóm G3a TT GenBank Quốc gia Năm 620 KM226339 Nhật Bản 621 KM226337 Nhật Bản 622 KM226338 Nhật Bản 1977 623 KJ004669 Nhật Bản 1977 624 KJ004667 Nhật Bản 1979 625 KM226341 Nhật Bản 1980 626 KJ004668 Nhật Bản 627 KM226342 628 629 Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm 1974 659 KC762959 Thái Lan 1976 660 KC762960 Thái Lan G3a 661 KC762961 G3a 662 TT GenBank Quốc gia Năm 2010 697 HE663038 Trung Phi 2009 2010 698 HE663036 Trung Phi 2009 Thái Lan 2010 699 HE663035 Trung Phi 2009 KC762964 Thái Lan 2011 700 HE663034 Trung Phi 2009 663 KC762967 Thái Lan 2011 701 HE663042 Trung Phi 2009 664 KC762962 Thái Lan 2011 702 HE663051 Trung Phi 2009 1980 665 KC762965 Thái Lan 2011 703 HE663043 Trung Phi 2009 Nhật Bản 1991 666 KC762966 Thái Lan 2011 704 HE663046 Trung Phi 2009 KM226343 Nhật Bản 1992 667 KC762963 Thái Lan 2011 705 HE663040 Trung Phi 2009 KM226340 Nhật Bản 1994 668 HE663029 Trung Phi 2008 706 HE663044 Trung Phi 2009 630 AB119448 Nhật Bản 2003 669 HE663022 Trung Phi 2008 707 HE663033 Trung Phi 2009 631 KJ126838 Nhật Bản 2013 670 HE663004 Trung Phi 2008 708 HE663032 Trung Phi 2009 632 KJ004670 Nhật Bản 2013 671 HE663013 Trung Phi 2008 709 HE663039 Trung Phi 2009 633 KJ004672 Nhật Bản 2013 672 HE663023 Trung Phi 2008 710 HE663037 Trung Phi 2009 634 KJ004671 Nhật Bản 2013 673 HE663007 Trung Phi 2008 711 HE663045 Trung Phi 2009 635 MK624991 Nhật Bản 2017 674 HE663008 Trung Phi 2008 712 HE663048 Trung Phi 2009 636 AJ888519 Nigeria 2002 675 HE663012 Trung Phi 2008 713 HE663047 Trung Phi 2009 637 AJ888520 Nigeria 2002 676 HE663018 Trung Phi 2008 714 HE663050 Trung Phi 2009 638 AJ888522 Nigeria 2002 677 HE663014 Trung Phi 2008 715 HE663041 Trung Phi 2009 639 AJ888523 Nigeria 2002 678 HE663026 Trung Phi 2008 716 HE663053 Trung Phi 2010 640 AJ888526 Nigeria 2002 679 HE663020 Trung Phi 2008 717 HE663056 Trung Phi 2010 641 AJ888527 Nigeria 2002 680 HE663019 Trung Phi 2008 718 HE663055 Trung Phi 2010 642 AJ888530 Nigeria 2002 681 HE663024 Trung Phi 2008 719 HE663054 Trung Phi 2010 643 AJ888528 Nigeria 2002 682 HE663011 Trung Phi 2008 720 HE663052 Trung Phi 2010 644 AJ888529 Nigeria 2002 683 HE663010 Trung Phi 2008 721 AF448446 Trung Quốc 2001 645 AJ888525 Nigeria 2004 684 HE663017 Trung Phi 2008 722 AF475908 Trung Quốc 2002 646 AJ888532 Nigeria 2004 685 HE663015 Trung Phi 2008 723 AM407847 Trung Quốc 2004 647 AJ888521 Nigeria 2004 686 HE663016 Trung Phi 2008 724 AM407851 Trung Quốc 2004 648 AJ888524 Nigeria 2004 687 HE663028 Trung Phi 2008 725 AM407864 Trung Quốc 2004 649 AJ888531 Nigeria 2004 688 HE663021 Trung Phi 2008 726 AM407862 Trung Quốc 2004 650 KY055442 Pakistan 2016 689 HE663025 Trung Phi 2008 727 AM407858 Trung Quốc 2004 651 KY055441 Pakistan 2016 690 HE663027 Trung Phi 2008 728 AM407859 Trung Quốc 2004 G3a G3b G3b Nhóm G3b Nhóm 652 DQ016138 Slovenia 2000 691 HE663009 Trung Phi 2008 729 AM407856 Trung Quốc 2004 731 AM407879 Trung Quốc 2004 771 AM407835 Trung Quốc 2005 730 AM407874 Trung Quốc 2004 732 AM407857 Trung Quốc 2004 772 AM407867 Trung Quốc 2005 811 HQ872046 Trung Quốc 2010 733 AM407881 Trung Quốc 2004 773 AM407863 Trung Quốc 2005 812 HQ872045 Trung Quốc 2010 G3b 734 AM407865 Trung Quốc 2004 774 AM407830 Trung Quốc 2005 813 FR850023 Trung Quốc 2010 G3b 735 AM407823 Trung Quốc 2004 775 AM407871 Trung Quốc 2005 814 HQ872023 Trung Quốc 2010 736 AY846844 Trung Quốc 2004 776 AM407838 Trung Quốc 2005 815 HQ872035 Trung Quốc 2010 737 AM407850 Trung Quốc 2004 777 AM407870 Trung Quốc 2005 816 HQ872033 Trung Quốc 2010 738 AM407854 Trung Quốc 2005 778 AM407849 Trung Quốc 2005 817 HQ872036 Trung Quốc 2010 739 AM407860 Trung Quốc 2005 779 AM407828 Trung Quốc 2005 818 HQ872047 Trung Quốc 2010 740 AM407821 Trung Quốc 2005 780 AM407825 Trung Quốc 2005 819 HQ872038 Trung Quốc 2010 106 G3b TT GenBank Quốc gia Năm 741 AM407836 Trung Quốc 742 DQ124936 Trung Quốc 743 AM407839 744 Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm 2005 781 AM407829 Trung Quốc 2005 782 AM407845 Trung Quốc Trung Quốc 2005 783 AM407840 AM407824 Trung Quốc 2005 784 745 AM407853 Trung Quốc 2005 746 AM407837 Trung Quốc 2005 747 AM407831 Trung Quốc 748 DQ124935 749 750 TT GenBank Quốc gia Năm 2005 820 HM134240 Trung Quốc 2010 2005 821 FR850025 Trung Quốc 2010 Trung Quốc 2005 822 FR850026 Trung Quốc 2010 AM407841 Trung Quốc 2005 823 HQ872030 Trung Quốc 2010 785 AM407861 Trung Quốc 2005 824 HQ872029 Trung Quốc 2010 786 AM407872 Trung Quốc 2005 825 HQ872034 Trung Quốc 2010 2005 787 AM407846 Trung Quốc 2005 826 FR850028 Trung Quốc 2010 Trung Quốc 2005 788 AM407875 Trung Quốc 2005 827 FR850029 Trung Quốc 2010 AM407843 Trung Quốc 2005 789 AM407878 Trung Quốc 2005 828 HQ872031 Trung Quốc 2010 AM407844 Trung Quốc 2005 790 AM407876 Trung Quốc 2005 829 HQ872032 Trung Quốc 2010 751 AM407869 Trung Quốc 2005 791 AY999018 Trung Quốc 2005 830 HQ872025 Trung Quốc 2010 752 AM407852 Trung Quốc 2005 792 DQ141673 Trung Quốc 2005 831 HQ872041 Trung Quốc 2010 753 AM407868 Trung Quốc 2005 793 AM407880 Trung Quốc 2005 832 HQ872039 Trung Quốc 2010 754 AM407877 Trung Quốc 2005 794 AY839944 Trung Quốc 2005 833 HQ872040 Trung Quốc 2010 755 DQ124934 Trung Quốc 2005 795 DQ141671 Trung Quốc 2005 834 FR850024 Trung Quốc 2010 756 AM407817 Trung Quốc 2005 796 DQ141672 Trung Quốc 2005 835 FR850027 Trung Quốc 2010 757 AM407848 Trung Quốc 2005 797 AY843527 Trung Quốc 2005 836 FR850022 Trung Quốc 2010 758 AM407827 Trung Quốc 2005 798 DQ141670 Trung Quốc 2005 837 FR850021 Trung Quốc 2010 759 AM407832 Trung Quốc 2005 799 EF176599 Trung Quốc 2006 838 FR850030 Trung Quốc 2010 760 AM407818 Trung Quốc 2005 800 JX964755 Trung Quốc 2006 839 KF224935 Trung Quốc 2012 761 AM407819 Trung Quốc 2005 801 JQ690762 Trung Quốc 2007 840 KF224937 Trung Quốc 2012 762 AM407873 Trung Quốc 2005 802 FJ172347 Trung Quốc 2008 841 KC414026 Trung Quốc 2012 763 AM407822 Trung Quốc 2005 803 HQ872026 Trung Quốc 2010 842 KF224927 Trung Quốc 2012 764 AM407820 Trung Quốc 2005 804 HQ872027 Trung Quốc 2010 843 JX260426 Trung Quốc 2012 765 AM407842 Trung Quốc 2005 805 HQ872043 Trung Quốc 2010 844 KF224926 Trung Quốc 2012 766 AM407826 Trung Quốc 2005 806 HQ872028 Trung Quốc 2010 845 KF224928 Trung Quốc 2012 767 AM407855 Trung Quốc 2005 807 HQ872042 Trung Quốc 2010 846 KF224929 Trung Quốc 2012 768 AM407866 Trung Quốc 2005 808 HQ872024 Trung Quốc 2010 847 KF224930 Trung Quốc 2012 769 AM407834 Trung Quốc 2005 809 HQ872037 Trung Quốc 2010 848 KF224931 Trung Quốc 2012 770 AM407833 Trung Quốc 2005 810 HQ872044 Trung Quốc 2010 849 KF224934 Trung Quốc 2012 851 KF224933 Trung Quốc 2012 891 KU050678 Trung Quốc 2015 850 KF224932 Trung Quốc 2012 852 KF224936 Trung Quốc 2012 892 KU050679 Trung Quốc 2015 931 MH801130 Trung Quốc 2017 853 KF224938 Trung Quốc 2012 893 KY486141 Trung Quốc 2015 932 MK089240 Trung Quốc 2017 854 KM496309 Trung Quốc 2013 894 KY486153 Trung Quốc 2015 933 MK089242 Trung Quốc 2017 855 KM496308 Trung Quốc 2013 895 KY486142 Trung Quốc 2015 934 MK089241 Trung Quốc 2017 856 KM496310 Trung Quốc 2013 896 KU645507 Trung Quốc 2015 935 MK089243 Trung Quốc 2017 857 KM496300 Trung Quốc 2013 897 KU598851 Trung Quốc 2015 936 MH186137 Trung Quốc 2018 858 KM496307 Trung Quốc 2013 898 KY486143 Trung Quốc 2015 937 MH186141 Trung Quốc 2018 859 KM496306 Trung Quốc 2013 899 KY486154 Trung Quốc 2015 938 MH186139 Trung Quốc 2018 860 KM496304 Trung Quốc 2014 900 KY486139 Trung Quốc 2015 939 MH186142 Trung Quốc 2018 861 KU221054 Trung Quốc 2014 901 KU645523 Trung Quốc 2015 940 MH186138 Trung Quốc 2018 862 KU645520 Trung Quốc 2014 902 KU645506 Trung Quốc 2015 941 MK484615 Trung Quốc 2018 863 KM496305 Trung Quốc 2014 903 KU645508 Trung Quốc 2015 942 MK484614 Trung Quốc 2018 G3b 107 Nhóm G3b G4 G4 G4 Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm 864 KU645513 Trung Quốc 865 KM496301 Trung Quốc 866 KM496302 867 Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm 2014 904 KU645509 Trung Quốc 2015 2014 905 KU645519 Trung Quốc 2015 Trung Quốc 2014 906 KU645515 Trung Quốc KY486148 Trung Quốc 2014 907 KU645510 868 KY486136 Trung Quốc 2014 908 869 KU645511 Trung Quốc 2014 909 870 KU641013 Trung Quốc 2014 871 KU645514 Trung Quốc 872 KY486147 873 KM496303 874 GenBank Quốc gia Năm 943 MK484616 Trung Quốc 2018 944 MH186140 Trung Quốc 2018 2015 945 KU095829 Tunisia 2009 Trung Quốc 2015 946 MH144347 Tunisia 2016 KU645516 Trung Quốc 2015 947 AF311900 USA KU645512 Trung Quốc 2015 948 AF313470 USA 910 KU641015 Trung Quốc 2015 949 D10068 USA 2014 911 KU050677 Trung Quốc 2015 950 L14767 USA Trung Quốc 2014 912 KU050680 Trung Quốc 2015 951 KP780289 Việt Nam 2013 Trung Quốc 2014 913 KY486138 Trung Quốc 2015 952 KP780292 Việt Nam 2013 KY486146 Trung Quốc 2014 914 KY486140 Trung Quốc 2015 953 KP780287 Việt Nam 2013 875 KY486145 Trung Quốc 2014 915 KY486151 Trung Quốc 2015 954 KP780288 Việt Nam 2013 876 KU641014 Trung Quốc 2015 916 KU645524 Trung Quốc 2015 955 KP780290 Việt Nam 2013 877 KX811526 Trung Quốc 2015 917 KX447637 Trung Quốc 2016 956 KP780291 Việt Nam 2013 878 KU645517 Trung Quốc 2015 918 KX447636 Trung Quốc 2016 957 MF611979 Việt Nam 2016 879 KU645525 Trung Quốc 2015 919 KX447633 Trung Quốc 2016 958 MF611938 Việt Nam 2016 880 KU845734 Trung Quốc 2015 920 KX447635 Trung Quốc 2016 959 MF611949 Việt Nam 2016 881 KU845735 Trung Quốc 2015 921 MK887168 Trung Quốc 2016 960 MF611970 Việt Nam 2016 882 KU645518 Trung Quốc 2015 922 MK887171 Trung Quốc 2016 961 MF611960 Việt Nam 2016 883 KY486150 Trung Quốc 2015 923 MK887167 Trung Quốc 2016 962 MF611928 Việt Nam 2016 884 KY486144 Trung Quốc 2015 924 MK887169 Trung Quốc 2016 963 MF611929 Việt Nam 2016 885 KY486155 Trung Quốc 2015 925 MK887164 Trung Quốc 2016 964 MF611982 Việt Nam 2016 886 KY486149 Trung Quốc 2015 926 MK887170 Trung Quốc 2016 965 MF611980 Việt Nam 2016 887 KU645521 Trung Quốc 2015 927 KX447634 Trung Quốc 2016 966 MF611981 Việt Nam 2016 888 KU645522 Trung Quốc 2015 928 MK770259 Trung Quốc 2016 967 MF611947 Việt Nam 2016 889 KY486137 Trung Quốc 2015 929 MK887165 Trung Quốc 2016 968 MF611948 Việt Nam 2016 890 KY486152 Trung Quốc 2015 930 MK887166 Trung Quốc 2016 969 MF611978 Việt Nam 2016 971 MF611946 Việt Nam 2017 1011 MF611950 Việt Nam 2017 970 MF611951 Việt Nam 2017 972 MF611954 Việt Nam 2017 1012 MF611934 Việt Nam 2017 G3b 1051 U69548 G3b 973 MF611959 Việt Nam 2017 1013 MF611941 Việt Nam 2017 G3b 1052 U69549 G2 974 MH536105 Việt Nam 2017 1014 MF611940 Việt Nam 2017 G2 975 MF611956 Việt Nam 2017 1015 MK423867 Việt Nam 2018 G3b 976 MF611961 Việt Nam 2017 1016 MK423873 Việt Nam 2018 G3b 977 MF611964 Việt Nam 2017 1017 MK423871 Việt Nam 2018 G3b 978 MF611971 Việt Nam 2017 1018 MK423870 Việt Nam 2018 979 MF611974 Việt Nam 2017 1019 MK423866 Việt Nam 2018 980 MF611942 Việt Nam 2017 1020 MK423872 Việt Nam 2018 G2 981 MF611943 Việt Nam 2017 1021 MK423868 Việt Nam 2018 G3b 982 MF611944 Việt Nam 2017 1022 MK423869 Việt Nam 2018 G3b 983 MF611963 Việt Nam 2017 1023 MK423874 Việt Nam 2018 G3a 984 MF611965 Việt Nam 2017 1024 A48606 985 MF611976 Việt Nam 2017 1025 AB248708 986 MF611966 Việt Nam 2017 1026 AJ133507 G2 G2 108 Nhóm TT Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm Nhóm TT GenBank 987 MF611967 Việt Nam 2017 988 MF611969 Việt Nam 2017 G1 989 MF611972 Việt Nam 2017 G1 990 MF611977 Việt Nam 2017 991 MF611968 Việt Nam 2017 992 MF611973 Việt Nam 2017 1027 AJ133508 1028 AJ133509 1029 AJ133510 1030 AJ133511 1031 AJ133512 1032 AJ133513 993 MF611933 Việt Nam 2017 1033 AJ133514 994 MF611952 Việt Nam 2017 1034 AJ133515 995 996 MF611975 Việt Nam 2017 1035 AJ133516 MF611945 Việt Nam 2017 1036 AJ133517 997 MF611962 Việt Nam 2017 1037 AJ133518 998 MF611953 Việt Nam 2017 1038 AJ890284 G3b G3b G2 999 MF611955 Việt Nam 2017 1039 AY150576 1000 MF611957 Việt Nam 2017 1040 DD273157* 1001 MF611958 Việt Nam 2017 1041 DI010342 1002 MH536104 Việt Nam 2017 1042 DI071423 1003 MF611930 Việt Nam 2017 1043 DI072479 1004 MH536106 Việt Nam 2017 1044 E51057 1005 MF611935 Việt Nam 2017 G3b 1045 EF552227 1006 MF611936 Việt Nam 2017 G3b 1046 EF552229 1007 MF611931 Việt Nam 2017 1008 MF611937 Việt Nam 2017 1009 MF611932 Việt Nam 1010 MF611939 Việt Nam 1047 EF552230 1048 HH982173 2017 1049 JA844115 2017 1050 NC001427 G2 Quốc gia Năm Nhóm TT GenBank Quốc gia Năm Nhóm Ghi chú: * trình tự DD273157 truy cập từ sở liệu Nhật Bản (DNA Data Bank of Japan), http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/DD273157/?filetype=html 109 Phụ lục Tóm tắt thơng tin trình tự gen dùng phân tích Ghi chú: chữ số ô số lượng trình tự gen ORF1 thu thập quốc gia/ vùng lãnh thổ, tương ứng năm 110 Phụ lục Bảng phân tích trình tự amino acid VP1 (75Iliên quan đến giảm độc lực chủng CIAV Việt Nam Nhóm di truyền* G2 G2 G2 G2 G2 G2 G2 G2 G2 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 G3 89T- 125L- 141L- 144E) Vị trí amino acid VP1*** Tên chủng** 75 KP780289_2013 KP780292_2013 MH536105_G17.33.5_2017 MF611946_C27_Han_2017 MF611951_C31_BN_2017 MF611954_C34_Han_2017 MF611956_C36_VP_2017 MF611959_C39_VP_2017 MF611961_C40_ VP_2017 KP780287_2013 KP780288_2013 KP780290_2013 KP780291_2013 MH536106_G17.3.1_2017 MH536104_G17.33.3_2017 MF611928_C10_HB_2016 MF611929_C11_HB_2016 MF611930_C12_HN_2017 MF611931_C13_HN_2017 MF611932_C14_HN_2017 MF611933_C15_HN_2017 MF611934_C16_HN_2017 MF611935_C17_HN_2017 MF611936_C18_HN_2017 MF611937_C19_HN_2017 MF611938_C1_Han_2016 MF611939_C20_Qni_2017 MF611940_C21_Qni_2017 MF611941_C22_Qni_2017 MF611942_C23_Han_2017 MF611943_C24_Han_2017 MF611944_C25_Han_2017 MF611945_C26_Han_2017 MF611947_C28_Han_2016 MF611948_C29_Han_2016 MF611949_C2_Han_2016 I I I I I I I I I V V V V V I I I V V V V V V V V I V V V I I I I I I I 111 89 125 141 144 394 T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T T I I I I I I I I I L L L L L I I I L L L L L L L L I L L L I I I I I I I Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q E E E E E Q Q Q E E E E E E E E Q E E E Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Nhóm di truyền* Vị trí amino acid VP1*** Tên chủng** 75 89 125 141 144 394 V T L Q E G3 MF611950_C30_BN_2017 I T I Q Q G3 MF611952_C32_BN_2017 I T I Q Q G3 MF611953_C33_Han_2017 I T I Q Q G3 MF611955_C35_VP_2017 I T I Q Q G3 MF611957_C37_VP_2017 I T I Q Q G3 MF611958_C38_VP_2017 I T I Q Q G3 MF611960_C3_Han_2016 I T I Q Q G3 MF611962_C41_VP_2017 V T L Q E G3 MF611963_C43_Han_2017 V T L Q E G3 MF611964_C44_Han_2017 V T L Q E G3 MF611965_C45_Han_2017 V T L Q E G3 MF611966_C46_Han_2017 V T L Q E G3 MF611967_C47_Han_2017 V T L Q E G3 MF611968_C48_Han_2017 V T L Q E G3 MF611969_C49_Han_2017 I T I Q Q G3 MF611970_C4_Han_2016 V T L Q E G3 MF611971_C50_Han_2017 V T L Q E G3 MF611972_C51_Han_2017 V T L Q E G3 MF611973_C52_Han_2017 V T L Q E G3 MF611974_C53_Han_2017 I T I Q Q G3 MF611975_C54_Han_2017 V T L Q E G3 MF611976_C55_Han_2017 V T L Q E G3 MF611977_C56_Han_2017 V T L Q E G3 MF611978_C5_HB_2016 I T I Q Q G3 MF611979_C6_HB_2016 I T I Q Q G3 MF611980_C7_HB_2016 I T I Q Q G3 MF611981_C8_HB_2016 I T I Q Q G3 MF611982_C9_HB_2016 * Theo gen VP1 ** trình tự gen VP1 hồn chỉnh *** Khơng có chủng Việt Nam có trình tự liên quan đến giảm độc lực CIAV: 75I- 89T- 125L- 141L- 144E (Todd et al., 2002) 112 Phụ lục Thông tin mẫu xét nghiệm CIAV Địa phương Tuổi gà (tuần) Đàn Ký hiệu 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 Đàn 64 Đàn 49 Đàn 48 Đàn 37 Đàn 47 Đàn Đàn 20 Đàn 46 Đàn 32 Đàn 33 Đàn Đàn 23 Đàn 23 Đàn 23 Đàn 23 Đàn 53 Đàn Đàn Đàn G18.69.2 G18.34.2 G18.34.1 G17.94 G17.97 G16.17.2.2 G17.3.5 G17.96.9 G17.6.3 G17.6.4 G16.18.2.2 G17.33.1 G17.33.2 G17.33.3 G17.33.4 G18.38.4 G16.37 G16.41 G16.42 Hà Nội Bắc Ninh Bắc Ninh Hà Nội Phú Thọ Vĩnh Phúc Hải Phòng Phú Thọ Hà Nội Hà Nội Vĩnh Phúc Vĩnh Phúc Vĩnh Phúc Vĩnh Phúc Vĩnh Phúc Vĩnh Phúc Vĩnh Phúc Vĩnh Phúc Hà Nội 10 10 10 17 60 17 17 12 12 12 12 17 12 25 + + + + + + + + + + + + + + + + + 20 Đàn 28 G17.5.1 Quảng Ninh 12 + 21 Đàn 29 G17.5.3 Quảng Ninh 12 + 22 Đàn 30 G17.5.7 Quảng Ninh 12 + 23 Đàn G16.19.3 Hải Phòng + 24 Đàn 51 G18.38.2 Hà Nội 28 - 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 Đàn 31 Đàn 34 Đàn 42 Đàn 43 Đàn 44 Đàn 45 Đàn 26 Đàn 38 Đàn 39 Đàn 40 G17.6.14 G17.6.5 G17.96.5 G17.96.6 G17.96.7 G17.96.8 G17.4.6 G17.96.1 G17.96.2 G17.96.3 Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội Nam Định Nam Định Nam Định 3 9 9 50 50 50 + + + + - TT 113 Giống CIAV Gà ta lai Gà hồ Gà hồ Minh Dư Ai cập lai Ai cập Ai cập Ai cập Ai cập Ai cập lai Ai cập Ai cập Ai cập Ai cập Ai cập Ai cập lai Ai cập Ai cập Isa (siêu trứng) Isa (siêu trứng) Isa (siêu trứng) Ri lai Lương Phượng Ai cập Ai cập Ai cập Ai cập Ai cập Ai cập Lạc Thủy Ai cập Ai cập Ai cập Loại hình ni Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Hở Kín Hở Hở Kín Quy mơ (con) 1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Hở >1000 Kín >1000 Kín Kín Kín Kín Kín Kín Hở Kín Kín Kín >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 TT Đàn Ký hiệu Địa phương Tuổi gà (tuần) Giống CIAV 35 36 37 38 39 Đàn 41 Đàn 59 Đàn 59 Đàn 59 Đàn 59 G17.96.4 G18.51.12 G18.51.3 G18.51.7 G18.51.9 Nam Định Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội 50 2 2 + + - 40 Đàn 63 G18.69.1 Hà Nội 30 + 41 Đàn 10 G16.45 Nam Định 24 + 42 Đàn 17 G17.20.2.3 Bắc Ninh 28 + 43 Đàn 17 G17.22.1 Bắc Ninh 28 + 44 Đàn 17 G17.22.3 Bắc Ninh 28 + 45 Đàn 17 G17.22.4 Bắc Ninh 28 - 46 Đàn 17 G17.22.5 Bắc Ninh 28 + 47 Đàn 17 G17.22.6 Bắc Ninh 28 + 48 Đàn 17 G17.22.7 Bắc Ninh 28 + 49 Đàn 17 G17.22.8 Bắc Ninh 28 - 50 Đàn 18 G17.20.5.1 Bắc Ninh 32 + 51 Đàn 18 G17.24.1 Bắc Ninh 32 - 52 Đàn 18 G17.24.2 Bắc Ninh 32 - 53 Đàn 18 G17.24.3 Bắc Ninh 32 + 54 Đàn 18 G17.24.4 Bắc Ninh 32 - 55 Đàn 18 G17.24.6 Bắc Ninh 32 - 56 Đàn 18 G17.24.7 Bắc Ninh 32 - 57 Đàn 18 G17.24.8 Bắc Ninh 32 - 58 Đàn 18 G17.24.9 Bắc Ninh 32 + 59 Đàn 56 G18.47.1 Bắc Ninh 28 - 114 Ai cập Lạc Thủy Lạc Thủy Lạc Thủy Lạc Thủy Lương phượng Ai cập Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Isa Brown Loại hình ni Kín Kín Kín Kín Kín Quy mơ (con) >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 TT Đàn Ký hiệu Địa phương Tuổi gà (tuần) 60 Đàn 56 G18.47.2 Bắc Ninh 28 61 Đàn 15 G17.20.1.1 Bắc Ninh 12 62 Đàn 15 G17.20.1.2 Bắc Ninh 12 63 Đàn 16 G17.20.2.1 Bắc Ninh 24 64 Đàn 16 G17.23.1 Bắc Ninh 24 65 Đàn 16 G17.23.3 Bắc Ninh 24 66 Đàn 16 G17.23.4 Bắc Ninh 24 67 Đàn 16 G17.23.5 Bắc Ninh 24 68 Đàn 16 G17.23.6 Bắc Ninh 24 69 70 71 72 73 Đàn 62 Đàn 62 Đàn 62 Đàn 62 Đàn 62 G18.59.1 G18.59.2 G18.59.3 G18.59.4 G18.59.5 Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội 3 3 74 Đàn 12 G17.20.4.1 Bắc Ninh 75 Đàn 13 G17.21.1 Bắc Ninh 76 Đàn 13 G17.21.10 Bắc Ninh 77 Đàn 13 G17.21.2 Bắc Ninh 78 Đàn 13 G17.21.3 Bắc Ninh 79 Đàn 13 G17.21.4 Bắc Ninh 80 Đàn 13 G17.21.5 Bắc Ninh 81 Đàn 13 G17.21.6 Bắc Ninh 82 Đàn 13 G17.21.7 Bắc Ninh 83 Đàn 13 G17.21.8 Bắc Ninh 84 Đàn 13 G17.21.9 Bắc Ninh 115 CIAV Giống + Isa Brown Lương + Phượng Lương Phượng Lương + Phượng Lương Phượng Lương + Phượng Lương + Phượng Lương + Phượng Lương Phượng + gà jafa + gà jafa + gà jafa + gà jafa + gà jafa Lương + Phượng Lương Phượng Lương + Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương Phượng Lương + Phượng Lương Phượng + Lương Loại hình ni Kín Quy mơ (con) >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín Kín Kín Kín Kín >1000 >1000 >1000 >1000 >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 Kín >1000 TT Đàn Ký hiệu Địa phương Tuổi gà (tuần) Giống CIAV Phượng Lương Phượng Ai cập Quý Phi Phu Phan Ai Cập lai Ai Cập lai Lương Phượng Gà lai hồ lai mía lai mía lai mía Loại hình nuôi 85 Đàn 14 G17.20.3.1 Bắc Ninh + 86 87 88 89 90 Đàn 19 Đàn 58 Đàn 25 Đàn 57 Đàn 57 G17.3.1 G18.51.10 G17.4.5 G18.51.1 G18.51.11 Quảng Ninh Hà Nội Hà Nội Hà Nội Hà Nội 27 2 + + + - 91 Đàn 61 G18.51.4 Hà Nội - 92 93 94 95 Đàn 50 Đàn 54 Đàn 54 Đàn 54 G18.38.1 G18.45.1 G18.45.2 G18.45.3 Bắc Ninh Hà Nội Hà Nội Hà Nội 8 + + + 96 Đàn 11 G16.46 Nam Định 12 + Ai cập Hở 97 Đàn 27 G17.4.8 Hải Dương 54 + Gà Chọi Hở 98 Đàn 24 G17.4.13 Hải Dương 32 + Lương Phượng Kín 99 Đàn G16.26.2 Hải Phòng 18 + Ri lai Hở 100 Đàn 21 G17.3.7 Vĩnh Phúc 25 + Ai cập Hở 101 Đàn 22 G17.32.1 Hịa Bình - Lạc Thủy Hở 102 Đàn 22 G17.32.2 Hịa Bình - Lạc Thủy Hở 103 Đàn G16.19.1 Vĩnh phúc + Ai cập lai Hở 104 Đàn 52 G18.38.3 Hà Nội 17 - 105 Đàn 55 G18.46 Hà Nội 19 - 106 Đàn 60 G18.51.2 Hà Nội - H'Mơng Kín 107 Đàn 60 G18.51.5 Hà Nội - H'Mơng Kín 108 Đàn 60 G18.51.6 Hà Nội - H'Mơng Kín 109 Đàn 60 G18.51.8 Hà Nội + H'Mơng Kín 110 Đàn G16.40 Hịa Bình + Lạc Thủy Hở 116 Lương Phượng Lương Phượng Quy mô (con) Kín >1000 Kín Kín Hở Kín Kín >1000 100-500 100-500 100-500 100-500 Kín 100-500 Hở Hở Hở Hở 100-500 100-500 100-500 100-500 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 500- Kín Kín Ký hiệu Địa phương Tuổi gà (tuần) Đàn 111 Đàn 35 G17.69.1 Hịa Bình - Hở 112 Đàn 35 G17.69.2 Hịa Bình - Hở 113 Đàn 35 G17.69.3 Hịa Bình - Hở 114 Đàn 36 G17.74.1 Hà Nam + Hở 115 Đàn 36 G17.74.2 Hà Nam + Hở 116 Đàn 36 G17.74.3 Hà Nam + Hở 117 Đàn 36 G17.75.1 Hà Nam + Hở 118 Đàn 36 G17.75.2 Hà Nam + Hở 119 Đàn 36 G17.75.3 Hà Nam + Hở 117 Giống Loại hình ni TT CIAV Quy mơ (con) 1000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 5001000 ... Tên Luận án: Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ học phân tử virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà (Chicken Infectious Anemia Virus - CIAV) lưu hành miền Bắc Việt Nam Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y... ? ?Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng dịch tễ học phân tử virus gây bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà (chicken infectious anemia virus, CIAV) lưu hành miền Bắc Việt Nam? ??, mã số 04/DAVB, tài trợ Dự án Việt- ... Nội dung nghiên cứu 28 3.4.1 Nghiên cứu lưu hành virus bệnh thiếu máu truyền nhiễm gà nuôi số tỉnh/thành phố miền Bắc Việt Nam 28 3.4.2 Nghiên cứu số đặc điểm đặc điểm dịch tễ học phân tử CIAV