Dựa trên cơ sở dữ liệu trực tuyến, lựa chọn gen và tách dòng gen mong muốn

TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC- CƠNG NGHỆ THỰC PHẨM BÁO CÁO THÍ NGHIỆM BỘ MÔN: TIN SINH HỌC Họ tên: Nguyễn Thị Thanh Diệp MSSV: 20174525 Lớp: KTSH01 GVHD: PGS.TS Nguyễn Văn Cách Hà Nội, 2020 Đề tài thí nghiệm : Dựa sở liệu trực tuyến, lựa chọn gen tách dòng gen mong muốn Lựa chọn đề tài thí nghiệm - Lựa chọn tách dịng gen ALS87231.1 virus Coxsackie A16 virus gây bệnh tay chân miệng người II Thơng tin gen Tìm hiểu bệnh tay chân miệng (HFMD) - Bệnh tay chân miệng loại virus thuộc họ Enterovirus gây Người bệnh xác định nhiễm tay chân miệng xét nghiệm dương tính với virus Coxsackievirus A từ đến 8, 10, 12, 14, 16; Coxsackievirus B 1, 2, 3, 5; Enterovirus 71- Tay chân miệng EV71 - Khi nhiễm virus tay chân miệng người bệnh có biểu tổn thương da, niêm mạc dạng nước vị trí đặc biệt niêm mạc miệng, lịng bàn tay, lịng bàn chân, mơng, gối Các trường hợp biến chứng nặng bệnh tay chân miệng thường EV71 gây không phát sớm điều trị kịp thời gây nhiều biến chứng nguy hiểm dẫn đến tử vong viêm não màng não, viêm tim, phù phổi cấp - Một số thơng tin tìm trang web www.ncbi.nlm.nih.gov + https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4185891/ + https://link.springer.com/article/10.1007/s00430-016-0465-y I 2 Thông tin virus CV-A16 - CA16 phân lập lần Nam Phi vào năm 1951 Nó loại virus thuộc loài Enterovirus A (HEV-A) thuộc vào chi Enterovirus, Picornaviridae CA16 hạt nhỏ (đường kính ~ 30nm), không bao bọc, chứa gen RNA virus polyadenylated chuỗi đơn, khoảng 7,4 kb Bộ gen chứa khung đọc mã hóa tiền chất polyprotein lớn, sau xử lý thành protein cấu trúc P1 protein phi cấu trúc P2 P3 P1 xử lý proteinase mã hóa virus, dẫn đến protein tiểu đơn vị capsid virus VP0, VP1 VP3 VP0 tách để tạo VP2 VP4 VP1, VP2 VP3 nằm phần bên capsid VP4 nằm phần bên Các epitopes trung hịa chủ yếu nằm VP1 Vùng mã hóa đặt cạnh vùng khơng mã hóa 5′ 3′ Vùng khơng mã hóa 5′ bao gồm ~ 740 nucleotide chứa trình tự kiểm sốt chép dịch mã gen, chẳng hạn vị trí nhập liệu ribosome bên (IRES) Vùng khơng mã hóa 3′ chứa đuôi polyA cần thiết cho lây nhiễm vi-rút - Thơng tin tìm kiếm trang web + https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4185891/ + https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28659474/ Dòng gen lựa chọn - Lựa chọn tách dòng gen ALS87231.1 virus Coxsackie A16 III Thiết kế mồi primer xây dựng phương án thực hành tách dòng gen Thiết kế mồi primer Các bước tiến hành Dưa Graphic viết, t tìm gen cần tách dịng Sau vào FASTA để tìm trình tự nucleotide Ta có kết ảnh sau: Lựa chọn thêm số gen khác có tương đồng để tìm đoạn tương đồng Ở đây, gen lựa chọn thể hình ảnh sau Sau tìm gen, ta tìm đoạn tương đồng, để tìm mồi phù hợp + Giao diện trang web https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ + Ở STEP 1, phần Enter or paste a set of , ta lựa chọn RNA + Tiếp đó, ta copy đoạn gen tìm vào Chúng kết ảnh Lựa chọn vùng bảo thủ đoạn có nhiều tương đồng ( lựa chọn khoảng từ 30-50 nucleotide) Ảnh minh họa cho tương đồng Ở ta lựa chọn vùng bảo thủ từ 61 đến 120 từ 301 đến 360 Sau tìm đoạn tương đồng, ta thiết kế đoạn mồi phù hợp Vào trang https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primerblast/index.cgi?LINK_LOC=BlastHome, ta có giao diện ảnh Điền thông số ảnh đây: Giao diện kết ra: Ta lựa chọn mồi theo trình tự web xếp, mồi có tỉ lệ phù hợp cao so với mồi Hình ảnh mồi ảnh Ngồi mồi đầu tiên, web đưa mồi khác có tỉ lệ phù hợp thấp Chạy PCR - Vào trang web https://www.bioinformatics.org/sms2/pcr_products.html để pcr - Ta có giao diện ảnh - Ta điền thông số ảnh - Ta kết ảnh Thông tin protein a Khối lượng phân tử, điểm đẳng nhiệt - Sau vào trang web blast X https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&PAGE_T YPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome - Giao diện ảnh sau - Tiếp theo ta có kết giao diện Ta lựa chọn trình tự protein Khi ta có kết ảnh dưới, tiếp lựa chọn vào FASTA để xem trình tự protein Ta có kết ảnh Sau có trình tự protein, vào trang web https://www.expasy.org/ Lựa chọn Proteomics, ta có giao diện ảnh Lựa chọn vào trang web https://web.expasy.org/compute_pi/ ta có kết ảnh Sau ta điền copy đoạn protein vào phần trắng ảnh Ta có kết sau Ta có : Điểm đẳng nhiệt : 5.11 Khối lượng phân tử : 22928.69 b Vị trí protein tế bào Ta vào lại Blast X, ta vào tương tự để kết Ta thấy có nhiều lồi tương đồng 100% với ALS87231.1, ta lựa chọn ALB74861.1, click chọn FASTA , ta có trình tự protein nói phía Vào http://phobius.sbc.su.se/, copy trình protein vào chạy chương trình, ta kết quả: Nhận xét: Ta thấy vị trí protein ngồi tế bào chất ( với tỉ lệ gần tuyệt đối) Dự đoán chức - Vào https://www.expasy.org/, chọn proteomics, chọn protein modifications, chọn UniProtKB/Swiss-Prot, vào BLAST, copy trình tự protein chạy chương trình, ta có kết - Ta chọn protein có tỉ lệ cao 98%, thu phần dự đoán chức ...Đề tài thí nghiệm : Dựa sở liệu trực tuyến, lựa chọn gen tách dòng gen mong muốn Lựa chọn đề tài thí nghiệm - Lựa chọn tách dòng gen ALS87231.1 virus Coxsackie A16 virus... https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28659474/ Dòng gen lựa chọn - Lựa chọn tách dòng gen ALS87231.1 virus Coxsackie A16 III Thiết kế mồi primer xây dựng phương án thực hành tách dòng gen Thiết kế mồi primer Các... tìm gen cần tách dịng Sau vào FASTA để tìm trình tự nucleotide Ta có kết ảnh sau: Lựa chọn thêm số gen khác có tương đồng để tìm đoạn tương đồng Ở đây, gen lựa chọn thể hình ảnh sau Sau tìm gen,