Một số đặc tính sinh học phân tử của chủng PEDV (Porcine epidemic diarrhea virus) phân lập ở lợn nuôi tại Hưng Yên

Để góp phần hạn chế thiệt hại do bệnh gây ra, việc chế tạo và sử dụng vacxin phù hợp chủng là cần thiết. Nhằm cung cấp thêm thông tin về đặc tính sinh học của PEDV gây bệnh ở Việt Nam, nghiên cứu này đã phân tích đặc tính sinh học phân tử gen mã hóa tiểu phần S1 của một chủng PEDV phân lập ở Hưng Yên năm 2017.

Vietnam J Agri Sci 2020, Vol 18, No 7: 463-474 Tạp chí Khoa học Nơng nghiệp Việt Nam 2020, 18(7): 463-474 www.vnua.edu.vn MỘT SỐ ĐẶC TÍNH SINH HỌC PHÂN TỬ CỦA CHỦNG PEDV (PORCINE EPIDEMIC DIARRHEA VIRUS) PHÂN LẬP Ở LỢN NUÔI TẠI HƯNG YÊN Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ* Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam * Tác giả liên hệ: huynhtmle@vnua.edu.vn Ngày chấp nhận đăng: 02.06.2020 Ngày nhận bài: 19.05.2020 TÓM TẮT Kể từ phát vào năm 2009, đến nay, PEDV lưu hành miền Bắc, Trung Nam gây thiệt hại không nhỏ cho ngành chăn nuôi Việt Nam Để góp phần hạn chế thiệt hại bệnh gây ra, việc chế tạo sử dụng vacxin phù hợp chủng cần thiết Nhằm cung cấp thêm thông tin đặc tính sinh học PEDV gây bệnh Việt Nam, nghiên cứu phân tích đặc tính sinh học phân tử gen mã hóa tiểu phần S1 chủng PEDV phân lập Hưng Yên năm 2017 Kết nghiên cứu cho biết chủng phân lập PEDV_HY2017 thuộc genogroup G2 PEDV có mức tương đồng với chủng PEDV Việt Nam 90-91% (genogroup G1) 95,7-98,2% (genogroup G2) Chủng PEDV_HY2017 mang vùng đột biến thêm - xóa đoạn gen mã hóa tiểu phần protein S1 giống với chủng PEDV genogroup G2 Việt Nam Từ khóa: Porcine Epidemic Diarrhea Virus, đặc tính sinh học phân tử, Việt Nam Molecular Characterizations of Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV) Isolated in Hung Yen Province ABSTRACT Since the first detection in 2009, PEDV has been circulating in the North, Centre and the South of Vietnam The disease has caused significant damages to the pig production sector In order to mitigate the economic damage caused by diseases, the manufacture and use of field- matching vaccines are necessary Aimed at providing more information on the biology of pathogenic PEDV strains in Vietnam, this study analyzed the molecular biology of the gene encoding S1 domain of one PEDV isolate detected in Hung Yen in 2017 The results showed that the field isolate, PEDV_HY2017, is genogroup G2 PEDV The virus shared nucleotide similarity with PEDV strains of Vietnam in the ranges of 90-91% and 95.7-98.2% in compared to genogroup G1 and genogroup G2, respectively The PEDV_HY2017 strain carries two regions of insertion-deletion mutations in the gene segment encoding the S1 domain of the Spike protein This characteristic was similar to the other Vietnamese PEDV genogroup G2 viruses Keywords: Porcine Epidemic Diarrhea Virus, molecular characterizations, Vietnam T VN Dch tiờu chõy cỗp ln (Porcine Epidemic Diarrhea - PED) müt bệnh truyền nhiễm cÿa lồi lợn, müt lội virus thc hư Coronaviridae gây Trên giĊi, dịch PED læn đæu tiên đĂợc phát ċ Anh vào nëm 1971 (Oldham, 1972) lĂu hành ċ hỉu hết nĂĊc chën ni lợn giĊi (Chen & cs., 2012; Song & Park, 2012; Carvajal & cs., 2015; Grasland & cs., 2015; Theuns & cs., 2015; Boniotti & cs., 2016) Dća vào trình tć gen, chỵ có serotype nhỗt, PEDV c chia lm genogroup: nhúm G1 cỳ điển (G1, classical) nhóm mĊi núi G2 (field epidemic/pandemic) (Lee, 2015) TrĂĊc nëm 2013, vacxin phòng bệnh PED c sõn xuỗt t chng PEDV thuỹc genogroup G1; s xuỗt hin v lu hnh ca PEDV thuỹc nhúm mi núi làm giâm hiệu lćc cÿa vacxin (Song & cs., 2015) 463 Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn nuôi Hưng Yên Ở Việt Nam, dịch PED đĂợc phát lỉn đỉu tiên vào cúi nëm 2008, đæu nëm 2009 (Do Tien Duy & cs., 2011; Nguyn Tỗt Ton & ỷ Tin Duy, 2012; Nguyn Tỗt Toàn & cs., 2012) Đến nay, PED đĂợc xác định có mặt ċ câ miền Bíc, Trung, Nam (Nguyễn Trung Tiến & cs., 2015; Le & cs., 2016) thuüc nhóm di truyền, nhóm mĊi núi thuüc genogroup G2 chiếm Ău (Nguyễn Trung Tiến & cs., 2015; Diep & cs., 2018) Về vacxin phòng bệnh, nay, vacxin lĂu hành ċ Việt Nam c sõn xuỗt da vo cỏc chng thuỹc nhúm cỳ điển G1, chĂa có vacxin chế täo tă chÿng virus thuüc nhóm mĊi núi G2 Do sù lĂợng nghiên cĄu PEDV ċ Việt Nam chĂa nhiều, việc phân lêp virus, làm rõ đặc tính sinh hưc phân tą cÿa chÿng PEDV thćc địa cæn thiết Bài báo ny nhỡm cung cỗp thụng tin kt quõ nghiờn cu xác định müt sù đặc tính sinh hưc phân tą cÿa chÿng PEDV (ký hiệu PEDV_HY2017) phân lêp đĂợc tă méu bệnh phèm cÿa lợn nuôi täi HĂng Yên nëm 2017 Kt quõ ny gúp phổn cung cỗp, hon thin thơng tin đặc tính sinh hưc phân tą cÿa chÿng PEDV phân lêp; qua làm cĈ sċ cho việc phát triển vacxin phòng bệnh PED phù hợp vĊi chÿng gây bệnh täi miền Bíc PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Nghiên cĄu đĂợc thćc täi phịng thí nghiệm Bü môn Vi sinh vêt - Truyền nhiễm (VSV-TN), Khoa Thú y, Hưc viện Nơng nghiệp Việt Nam, tă tháng 2/2017 đến tháng 6/2018 2.1 Nguyên liệu - Chÿng virus PEDV_HY2017 phân lêp vào nëm 2017 tă ruüt non ca ln s sinh mớc bnh tiờu chõy cỗp tỵnh HĂng n, đĂợc xác định chỵ dĂĈng tính vĊi PEDV - Dịng tế bào Vero bü mơn VSV-TN cung cỗp - Húa chỗt tỏch, tinh sọch ARN tỳng sù: TRIzol (ThermoFisher Scientific, 15596026), chloroform (Merck, 102445), 2-propanol (Merck, 109634), ethanol (Merck, 108543) - Bü kít túng hợp cDNA (M-MLV Reverse Transcriptase, ThermoFisher Scientific, 28025013), bü kít PCR (Maxime PCR PreMix, 25165, iNtRON, Hàn Quùc) - Cặp møi đặc hiệu (Bâng 1) dùng giâi trình tć gen S (Gao & cs., 2013; Tian & cs., 2013) Bảng Bộ mồi dùng cho giải trình tự gen S Trình tự nucleotide (5’-3’) Vị trí bắt đầu* Kích thước (bp) W20F GTTACCTGATGGCATTATGTTT 19.837 2382 W20R AACGAGATTGGCACTACTAAGAC 22.218 W21F TTCAGGTTTCTGGACCATAGC 21.933 W21R CTCATACTAAAGTTGGTGGGAAT 23.000 W22F TAGGGAGTTGCCTGGTTTC 22.812 W22R CAGTCGGGAATAAATGTCATCAATA 23.850 W23F GTTTGAACACTGTGGCTCATG 23.708 W23R TTCGCAACAGATGTAGGTCAG 25.344 PEDVS1-P1 CCATTAGTGATGTTGTGTTAG 20.535 PEDVS1-P2 GCACAGCAGCTCCATT 21.565 PEDVS2-P1 CCACATACCAGAAGGTTTTAG 21.372 PEDVS2-P2 CCAGTAATCAACTCACCCTT 22.517 PEDVS3-P1 CCCTGAGTTTGGTAGTGG 22.446 PEDVS3-P2 CATCCGTCTGTAGAGCAAG 23.599 PEDVS4-P1 CTCATCGGTGGTATGGTGCT 23.497 PEDVS4-P2 AGCAGACTTTGAGACATCTTTGAC 24.851 Tên mồi 464 1068 1039 1637 1031 1146 1154 1355 Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ 2.2 Phương pháp nghiên cứu 2.2.1 Phương pháp cấy chuyn virus Chng giựng PEDV c cỗy chuyn trờn mữi trĂĉng tế bào Vero chuèn bị sau 24 giĉ, dća vào phĂĈng pháp c÷ng bù trĂĊc đåy (Chung & cs., 2015) Sau gây nhiễm huyễn dịch virus giĉ, tiến hành lội bơ dịch gây nhiễm rąa thâm tế bào lỉn bìng dung dịch PBS 1x Ni thâm tế bào sau gây nhiễm virus bìng m÷i trĂĉng vĊi thành phæn sau: (i) DMEM, (ii) tryptose phosphate broth 0,3%, (iii) yeast extract 0,05% (iv) 10 µg/ml trypsin Theo dõi bệnh tích tế bào hàng ngày (vêt kính 10x) Thu tế bào sau gây nhiễm 48 giĉ Huyễn dịch đĂợc đ÷ng tan lỉn (ċ -80C), ly tâm 4.000 vịng/phút/4C 15 phút để lội bơ cặn tế bào 2.2.2 Phương pháp tách ARN ARN túng sù đĂợc tách chiết bìng TRIzol, theo hĂĊng dén cÿa nhà sõn xuỗt Cỏc bc thc hin c túm tớt di đåy (i) Ly giâi méu: bú sung 750µl dung dịch TRIzol vào 250µl huyễn dịch virus, vortex Ủ ċ nhiệt đü phòng phút (ii) Tách pha chĄa ARN: bú sung 200µl Chloroform, vortex mänh 15 giây Ly tâm 12.000 vòng/ phút 10 phút ċ 4C (iii) Tÿa ARN: chuyển 450µl pha có chĄa ARN vào ùng Eppendorf mĊi, bú sung 450µl 2-propanol Tÿa ċ -20C/10 phút Ly tâm 12.000 vịng/phút 10 phút ċ 4C, bơ dịch trên, thu tÿa ARN (iv) Rąa tÿa ARN: thêm 1ml ethanol 75%, đâo nhẹ để trün Ly tâm 12.000 vịng/phút 10 phút ċ 4C Lội bơ cøn hong khơ ċ nhiệt đü phịng (v) Hồn ngun ARN: hũa ta ARN 30àl nc cỗt lổn xą lý loäi Rnase bâo quân ċ -70C cho tĊi są dāng 2.2.3 Phương pháp tổng hợp cDNA TrĂĊc thćc phân Ąng PCR, cæn chuyển ARN thành ADN (sợi đĈn) bìng phân Ąng túng hợp cDNA Thành phỉn phân Ąng đĂợc tóm tít ċ bâng 2.2.4 Phương pháp thực phản ứng PCR Thành phỉn cÿa phân Ąng PCR gøm: 17µl i-Star Master mix solution + 1µl møi xi + 1µl møi ngĂợc + 1µl cDNA Chu trình nhiệt tùi Ău cÿa phân Ąng PCR trình bày ċ bâng Sân phèm PCR đĂợc phân tích bìng phĂĈng pháp điện di thäch agarose 2%, có bú sung RedSafe Nucleic Acid Staining Solution (1x) Sân phèm PCR đặc hiệu đĂợc tinh säch giâi trình tć gen chiều bìng cặp møi tĂĈng Ąng täi Công ty 1st BASE (Malaysia) Bảng Thành phần nhiệt độ phản ứng tổng hợp cDNA Thành phần Nhiệt độ (C) Thể tích (µl) ARN tổng số 10 65C/ 5phút; Random primer (10 pmole) Giữ 4C dNTPs (40mM) 25C/ phút; DTT (0,1M) 37C/ 60 phút; First strand buffer (5x) 72C/ 10 phút; M-MLV (200 U/µl) Giữ 4C Bảng Chu trình nhiệt phản ứng RT-PCR nhân gen S Giai đoạn phản ứng Nhiệt độ (C) Thời gian (giây) Số vịng lặp Tiền biến tính 94 180 Biến tính 94 15 40 Bắt mồi 56 20 Kéo dài 72 120 Kéo dài cuối 72 300 465 Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn nuôi Hưng Yên W20F/R W23F 23.708 W21R 23.000 W22R 23.850 W20R KT941120_Vietnam KJ960180_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ645682_USA KR610992_Thailand KF804028_USA KJ645639_USA KY007140_China LT898444_Germany AF353511_Belgium LC063847_Japan KJ645653_USA KP403954_Ukraine KR153326_China JX560761_China KJ645696_USA KY111278_Italy KU982974_USA KM609213_China KU558702_USA KY019623_Slovenia EF185992_China KJ588064_Korea GTTACCTGATGGCATTATGTTT G .A .A .A .A .C .A T GTCTTAGTAGTGCCAATCTCGTT A G .C TA .A G .C TA .A G .C TA .A G .C TA A A G .C TA C.A GG .C TA .AA G .C TA .A GA C TA .A G .C A .A G .C TA.C A G .C TA .A G G.C A .A G G.C TA .C G .C TA .C.G G .C TA .G G .C TAC .G G .C TA G .C TA G TAC TA G .C A TA G .C TA TC G .C C N A G .C TA W22F KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KT941120_Vietnam KC189944_China KJ645697_USA KR265802_USA KY111278_Italy KP403954_Ukraine MF577027_Russia W21F/R ATTCCCACCAACTTTAGTATGAG A T.TG T C G C G .T G G TATTGATGACATTTATTCCCGACTG .C T .C T .C T .C C C T .CA .C C T .C T .C T G .C.TT T T G C T C A T GGTA T 23710 23720 | | | | W23F/R W21F 21.933 W20R 22.218 W20F 19.837 23000 23010 23020 | | | | | W21R KT941120_Vietnam KJ960180_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960178_Vietnam MF577027_Russia KU847996_China KJ645705_USA KY111278_Italy KU836638_UK KX058033_China A TTCAGGTTTCTGGACCATAGC T T C A T G T T C T T G T T .T A .T .T T T T .T TAGGGAGTTGCCTGGTTTC A C A A T .GTCC GCT A T 23850 23860 23870 | | | | | W22R KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KT941120_Vietnam KX064280_China KC210146_China KC189944_China KM609204_China KY111278_Italy KJ020932_China KF384500_China AF353511_Belgium KR265824_USA KR818832_China MF577027_Russia W23F KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KR061458_Italy LT900500_Germany KX064280_China KY111278_Italy KX981440_China LT898443_Germany MF577027_Russia 21940 21950 | | | | W21F KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KU836638_UK KR265769_USA AF353511_Belgium KC189944_China KJ020932_China KY019624_Slovenia KX812524_China MF577027_Russia KP890336_China KM609204_China KY111278_Italy KJ645700_Mexico 3’ 22820 22830 | | | | W22F/R W20F KT941120_Vietnam KJ960180_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960178_Vietnam KR610994_Thailand KY007140_China KJ623926_Korea KY111278_Italy KC140102_China 22220 22230 22240 | | | | | W22F 22.812 5’ 3’ 19840 19850 | | | | W23R 25.344 S gene 5’ GTTTGAACACTGTGGCTCATG G A C .A .T G C.CTGG A A G 25350 25360 | | | | W23R KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KX839250_China KF761675_China KY007139_China KY111278_Italy LT898436_Germany AF353511_Belgium MF577027_Russia KX981440_China KY793536_China KU836638_UK CTGACCTACATCTGTTGCGAA G .A G C G G GT T T G T G T B Ghi chú: (A) Vị trí tương đối cặp mồi giâi trình tự tồn gen S; (B) So sánh trình tự mồi trình tự gen chủng PEDV Việt Nam (đóng khung màu đỏ) giới Hình Kết phân tích trình tự mồi số dùng giải trình tự gen S 2.2.5 Phương pháp phân tích trình tự gen Các bĂĊc phân tích trình tć gen xây dćng phâ hệ đĂợc tóm tít nhĂ sau: (i) Trình tć müt phỉn gen S đĂợc bít cặp so sánh vĊi trình tć tĂĈng Ąng cÿa PEDV đĂợc công bù GenBank; (ii) Síp xếp, cën chỵnh trình tć nucleotide cÿa chÿng PEDV theo cüt cĈ sċ bü ba mã hóa (codon - based alignment) bìng 466 phỉn mềm BioEdit (phiên bân 7.2.6.1); (iii) Xây dćng phâ hệ bìng tht tốn neighborjoining đĂợc tích hợp chĂĈng trình MEGA7 (Kumar & cs., 2016) MĄc tin cêy cÿa nhánh phõn chia mỷi nỵt (node) c biu th bỡng giá trị bootstrap (lặp läi 1.000 læn); (iv) Biểu diễn, phâ hệ bìng phỉn mềm FigTree Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ PEDVS1-P1 20.535 PEDVS1-P2 21.565 PEDVS3-P1 22.446 PEDVS2-P1 21.372 A 5’ PEDVS3-P2 23.599 PEDVS2-P2 22.517 PEDVS4-P1 23.497 PEDVS2-P1/P2 PEDVS1-P1/P2 AATGGAGCTGCTGTGC C C C C A C.T C .T A A A A A A C G TC T C C TTA.T.GTC.A PEDVS2-P1 KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam LC063813_Japan KY111278_Italy KR265823_USA KJ645638_USA KR610994_Thailand AF353511_Belgium KX839247_China KU836638_UK MF577027_Russia 23590 | | | B PEDVS3-P2 KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KX791060_China KY111278_Italy KP890336_China AF353511_Belgium MF577027_Russia KR265844_USA CTTGCTCTACAGACGGATG A G T G A A T G AAGGGTGAGTTGATTACTGG A A A K T T .C G G.T T A A 23500 23510 | | | | PEDVS4-P1 KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam AF353511_Belgium KY420075_China KY111278_Italy KU836638_UK KC189944_China JN547228_China MF577027_Russia PEDVS4-P1/P2 PEDVS3-P1/P2 CCCTGAGTTTGGTAGTGG - T - - - - A G T - C.T - C.A . - .C C A. - .C - A. - CC - .A - - .T - .ACAACAGTCCATTGG .G - T A - T - C C - C - CT .CCAGC A TCCTGG -T TCT A CCACATACCAGAAGGTTTTAG .C C C .A G .T .C T .T .T .T T TG T TCC.TCC C 22520 22530 | | | | PEDVS2-P2 KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KU836638_UK AF353511_Belgium KY111278_Italy KR265812_USA KJ645650_USA KJ645636_USA JX088695_China KY007139_China MF577027_Russia 22450 22460 22470 | | | | | | PEDVS3-P1 KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KT323980_China KU982975_USA KJ526096_China JN547228_China KC189944_China KU982978_USA LC063821_Japan KJ645651_USA KY111278_Italy KJ645640_USA KY007140_China KM609205_China KR265779_USA LT898436_Germany AF353511_Belgium KP890336_China KR061458_Italy MF577027_Russia KU836638_UK 3’ 21380 21390 | | | | CCATTAGTGATGTTGTGTTAG .T ATCG TA.T 21570 21580 | | | | PEDVS1-P2 KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KT941120_Vietnam KC189944_China MF737355_Korea JN547228_China KR265770_USA KU836638_UK KM609212_China KU982980_USA KY111278_Italy KY007139_China AF353511_Belgium KM609211_China KY928065_China KR265785_USA MF577027_Russia PEDVS4-P2 24.851 5’ 3’ 20540 20550 | | | | | PEDVS1-P1 KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KT941120_Vietnam KY111278_Italy KX550281_China MF577027_Russia S gene CTCATCGGTGGTATGGTGCT .A C C T C C C T C TG.T A.C AT 24830 24840 24850 | | | | | PEDVS4-P2 KT941120_Vietnam KJ960178_Vietnam KJ960179_Vietnam KJ960180_Vietnam KM609211_China KR809885_China JN547228_China KY928065_China KX791060_China KY111278_Italy JQ282909_China KU982980_USA KC189944_China AF353511_Belgium KX839247_China KM609204_China LT898426_Germany KU982970_USA KU836638_UK KC140102_China GTCAAAGATGTCTCAAAGTCTGCT T C T C T C A C .A G C G.T C .C T G G C G .TC G .T T C .T .T .T C .T .T T C Ghi chú: (A) Vị trí tương đối cặp mồi giâi trình tự tồn gen S; (B) So sánh trình tự mồi trình tự gen chủng PEDV Việt Nam (đóng khung màu đỏ) giới Hình Kết phân tích trình tự mồi số dùng giải trình tự gen S 467 Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn nuôi Hưng Yên KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN đüt biến xóa nucleotide cÿa chÿng virus (mĀi tên, hình 1) Đùi vĊi bü møi sù (Hình 2), 3/8 møi có trình tć täi vị trí bít møi khác vĊi trình tć nucleotide cÿa chÿng PEDV cÿa Vit Nam (ỏnh dỗu mu xỏm) Tuy nhiờn, cỏc v trí sai khác khơng nìm không 3-5 nucleotide täi đæu 3’ cÿa møi Tă so sánh kể trên, bü møi sù đĂợc chön 3.1 Kết lựa chọn cặp mồi dùng giải trình tự gen S Nghiên cĄu giâi mã gen S để làm rõ müt sù đặc điểm sinh höc phân tą cÿa chÿng PEDV_HY2017 Do tĂợng thêm - xóa, để làm cĈ s la chửn bỹ mứi phự hp nhỗt, nghiờn cu trĂĊc tiên so sánh trình tć møi vĊi 28 chÿng đäi diện (gøm chÿng cÿa Việt Nam) có trình tć bü gen hồn chỵnh ċ ngân hàng gen Do kích thĂĊc lĊn cÿa gen S (không hĈn 4.000bp), nghiên cĄu têp trung giâi mã vùng gen mã hóa receptor bám vào thā thể bề mặt tế bào vêt chÿ (S10 S1A) thuüc tiểu phæn protein S1 (nucleotide 1-1533, đánh sù theo chÿng tham chiếu CV777, AF353511) Các výng receptor đĂợc chĄng minh l ớch tỗn cụng ca khỏng th trung hũa (Li & cs., 2017) Phân tích kết q giâi trình tć gen bìng phỉn mềm BioEdit thu đĂợc trình tć müt phæn gen S gøm 1533 nucleotide (bao gøm vùng S10 S1A) Hình hình phân tích sć phù hợp giĆa trình tć møi trình tć gen cÿa 28 chÿng PEDV đäi diện, có chÿng PEDV cÿa Việt Nam Đùi vĊi bü møi sù (Hình 1), 7/8 møi có trình tć täi vị trí bít møi khác vĊi trình tć nucleotide ca chng PEDV ca Vit Nam (ỏnh dỗu mu xỏm) ỏng chỵ ý, mứi W20R cú ti 5/23 nucleotide sai khác so vĊi chÿng cÿa Việt Nam, đặc biệt täi đỉu 3’ cÿa møi Ngồi ra, møi W23R có vị trí gín møi nìm vùng KR941555_VN01141_Vietnam_2013 KX982554_VN02_Vietnam_2013 KR941556_GF04131_Vietnam_2013 KJ960180_KCHY310113_Vietnam_2013 KJ960179_VAP1113_Vietnam_2013 KJ960178_JFP1013_Vietnam_2013 KX708900_HUAPED117_Vietnam KX708899_HUAPED118_Vietnam KX708898_HUAPED115_Vietnam KX708897_HUAPED114_Vietnam KX708896_HUAPED113_Vietnam KX708895_HUAV2_Vietnam KX708894_HUAM17_Vietnam KX708903_HUAPED111_Vietnam KP455313_HUAPED45_Vietnam KP455314_HUAPED47_Vietnam KX708901_HUAPED88_Vietnam KX708902_HUAPED86_Vietnam KX982569_VN297_Vietnam_2014 KX708907_HUAPED96_Vietnam KT941120_HUA14PED96_Vietnam KX708906_HUAPED94_Vietnam KX982576_VNTH15_Vietnam_2015 KX982570_VN344_Vietnam_2014 KX982561_VN97_Vietnam_2013 KR941555_VN01141_Vietnam_2013 KX982572_VN385_Vietnam_2014 KX982554_VN02_Vietnam_2013 Pairwise identity (%) KX982557_VN12_Vietnam_2013 KR941556_GF04131_Vietnam_2013 KX982553_VN01_Vietnam_2013 KJ960180_KCHY310113_Vietnam_2013 100 99 KX982566_VN270_Vietnam_2014 KJ960179_VAP1113_Vietnam_2013 KX982577_VNJafa_Vietnam_2015 KJ960178_JFP1013_Vietnam_2013 98 KX982575_VNK28_Vietnam_2015 KX708900_HUAPED117_Vietnam KX982574_VNK23_Vietnam_2015 KX708899_HUAPED118_Vietnam 97 KX982567_VN288_Vietnam_2014 KX708898_HUAPED115_Vietnam KX982563_VN112_Vietnam_2013 KX708897_HUAPED114_Vietnam 96 94 KX982562_VN101_Vietnam2012 KX708896_HUAPED113_Vietnam KX982560_VN44_Vietnam_2013 KX708895_HUAV2_Vietnam 93 KX982558_VN15_Vietnam_2013 KX708894_HUAM17_Vietnam KX982556_VN11_Vietnam2012 KX708903_HUAPED111_Vietnam 92 KX982555_VN06_Vietnam_2013 KP455313_HUAPED45_Vietnam KX982559_VN19_Vietnam_2013 KP455314_HUAPED47_Vietnam 91 90 Q3Q5_Vietnam_2017 KX708901_HUAPED88_Vietnam KX982573_VNK2_Vietnam_2015 KX708902_HUAPED86_Vietnam KX708905_HUAPED106_Vietnam KX982569_VN297_Vietnam_2014 89 KX708904_HUAPED103_Vietnam KX708907_HUAPED96_Vietnam KX982571_VN367_Vietnam_2014 KT941120_HUA14PED96_Vietnam KX982568_VN292_Vietnam_2014 KX708906_HUAPED94_Vietnam KR941554_VN60514_Vietnam_2014 KX982576_VNTH15_Vietnam_2015 KR941552_VN20514_Vietnam_2014 KX982570_VN344_Vietnam_2014 KR941553_VN10514_Vietnam_2014 KX982561_VN97_Vietnam_2013 KX982565_VN262_Vietnam_2014 KX982572_VN385_Vietnam_2014 KP455319_HUAPED67_Vietnam KX982557_VN12_Vietnam_2013 Pairwise identity (%) 100 KP455316_HUAPED58_Vietnam KX982553_VN01_Vietnam_2013 KP455317_HUAPED60_Vietnam KX982566_VN270_Vietnam_2014 99 KP455315_HUAPED55_Vietnam KX982577_VNJafa_Vietnam_2015 KP455318_HUAPED63_Vietnam KX982575_VNK28_Vietnam_2015 98 97 KP455320_HUAPED68_Vietnam KX982574_VNK23_Vietnam_2015 KX982564_VN232_Vietnam_2013 KX982567_VN288_Vietnam_2014 96 KX982564_VN232_Vietnam_2013 KP455320_HUAPED68_Vietnam KP455318_HUAPED63_Vietnam KP455315_HUAPED55_Vietnam KP455317_HUAPED60_Vietnam KP455316_HUAPED58_Vietnam KP455319_HUAPED67_Vietnam 93 KX982565_VN262_Vietnam_2014 KR941553_VN10514_Vietnam_2014 KR941552_VN20514_Vietnam_2014 KR941554_VN60514_Vietnam_2014 KX982568_VN292_Vietnam_2014 KX982571_VN367_Vietnam_2014 KX708904_HUAPED103_Vietnam KX708905_HUAPED106_Vietnam KX982573_VNK2_Vietnam_2015 Q3Q5_Vietnam_2017 KX982559_VN19_Vietnam_2013 KX982555_VN06_Vietnam_2013 KX982556_VN11_Vietnam2012 KX982558_VN15_Vietnam_2013 KX982560_VN44_Vietnam_2013 KX982562_VN101_Vietnam2012 KX982563_VN112_Vietnam_2013 KX982567_VN288_Vietnam_2014 KX982574_VNK23_Vietnam_2015 KX982575_VNK28_Vietnam_2015 KX982577_VNJafa_Vietnam_2015 KX982566_VN270_Vietnam_2014 KX982553_VN01_Vietnam_2013 KX982557_VN12_Vietnam_2013 KX982572_VN385_Vietnam_2014 KX982561_VN97_Vietnam_2013 KX982570_VN344_Vietnam_2014 KX982576_VNTH15_Vietnam_2015 KX708906_HUAPED94_Vietnam KT941120_HUA14PED96_Vietnam KX708907_HUAPED96_Vietnam KX982569_VN297_Vietnam_2014 KX708902_HUAPED86_Vietnam KX708901_HUAPED88_Vietnam KR941552_VN20514_Vietnam_2014 KP455314_HUAPED47_Vietnam KR941554_VN60514_Vietnam_2014 KP455313_HUAPED45_Vietnam KX982568_VN292_Vietnam_2014 KX708903_HUAPED111_Vietnam KX982571_VN367_Vietnam_2014 KX708894_HUAM17_Vietnam KX708904_HUAPED103_Vietnam KX708895_HUAV2_Vietnam KX708905_HUAPED106_Vietnam KX708896_HUAPED113_Vietnam KX982573_VNK2_Vietnam_2015 KX708897_HUAPED114_Vietnam Q3Q5_Vietnam_2017 KX708898_HUAPED115_Vietnam KX982559_VN19_Vietnam_2013 KX708899_HUAPED118_Vietnam KX982555_VN06_Vietnam_2013 KX708900_HUAPED117_Vietnam KX982556_VN11_Vietnam2012 94 KJ960178_JFP1013_Vietnam_2013 KX982554_VN02_Vietnam_2013 KX982558_VN15_Vietnam_2013 KJ960179_VAP1113_Vietnam_2013 KR941555_VN01141_Vietnam_2013 KX982560_VN44_Vietnam_2013 KR941556_GF04131_Vietnam_2013 KX982562_VN101_Vietnam2012 KJ960180_KCHY310113_Vietnam_2013 KX982563_VN112_Vietnam_2013 92 91 90 89 KR941553_VN10514_Vietnam_2014 KX982565_VN262_Vietnam_2014 KP455319_HUAPED67_Vietnam KP455316_HUAPED58_Vietnam KP455317_HUAPED60_Vietnam KP455315_HUAPED55_Vietnam KP455318_HUAPED63_Vietnam KP455320_HUAPED68_Vietnam KX982564_VN232_Vietnam_2013 KP455320_HUAPED68_Vietnam KP455318_HUAPED63_Vietnam KP455315_HUAPED55_Vietnam KP455317_HUAPED60_Vietnam KP455316_HUAPED58_Vietnam KP455319_HUAPED67_Vietnam KX982565_VN262_Vietnam_2014 KR941553_VN10514_Vietnam_2014 KR941552_VN20514_Vietnam_2014 KR941554_VN60514_Vietnam_2014 KX982568_VN292_Vietnam_2014 KX982571_VN367_Vietnam_2014 KX708904_HUAPED103_Vietnam KX708905_HUAPED106_Vietnam KX982573_VNK2_Vietnam_2015 Q3Q5_Vietnam_2017 KX982559_VN19_Vietnam_2013 KX982555_VN06_Vietnam_2013 KX982556_VN11_Vietnam2012 KX982558_VN15_Vietnam_2013 KX982560_VN44_Vietnam_2013 KX982562_VN101_Vietnam2012 KX982563_VN112_Vietnam_2013 KX982567_VN288_Vietnam_2014 KX982574_VNK23_Vietnam_2015 KX982575_VNK28_Vietnam_2015 KX982577_VNJafa_Vietnam_2015 KX982566_VN270_Vietnam_2014 KX982553_VN01_Vietnam_2013 KX982557_VN12_Vietnam_2013 KX982572_VN385_Vietnam_2014 KX982561_VN97_Vietnam_2013 KX982570_VN344_Vietnam_2014 KX982576_VNTH15_Vietnam_2015 KX708906_HUAPED94_Vietnam KT941120_HUA14PED96_Vietnam KX708907_HUAPED96_Vietnam KX982569_VN297_Vietnam_2014 KX708902_HUAPED86_Vietnam KX708901_HUAPED88_Vietnam KP455314_HUAPED47_Vietnam KP455313_HUAPED45_Vietnam KX708903_HUAPED111_Vietnam KX708894_HUAM17_Vietnam KX708895_HUAV2_Vietnam KX708896_HUAPED113_Vietnam KX708897_HUAPED114_Vietnam KX708898_HUAPED115_Vietnam KX708899_HUAPED118_Vietnam KX708900_HUAPED117_Vietnam KJ960178_JFP1013_Vietnam_2013 KJ960179_VAP1113_Vietnam_2013 KJ960180_KCHY310113_Vietnam_2013 KR941556_GF04131_Vietnam_2013 KX982554_VN02_Vietnam_2013 KR941555_VN01141_Vietnam_2013 KX982564_VN232_Vietnam_2013 Ghi chú: Vị trí chủng PEDV_HY2017 đánh dấu mũi tên Tỷ lệ % tương đồng biểu thị màu sắc (thang màu đính kèm) Hình Mức tương đồng chủng PEDV_HY2017 với PEDV Việt Nam 468 Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ 3.2 Đặc điểm tương đồng trình tự nucleotide Hình trình bày kết q phån tích tĂĈng đøng cÿa tồn bü phån độn gen S (1533 nucleotide) giĆa chÿng PEDV_HY2017 vĊi 56 chÿng PEDV cÿa Việt Nam Kết quâ cho thỗy chng PEDV_HY2017 cú mc tng ứng nucleotide so vĊi 56 chÿng PEDV cÿa Việt Nam: tĂĈng đøng 90-91% (vùng màu xanh lam) tă 95,7-98,2% (výng màu vàng) TĂĈng đøng ċ tăng vị trí nucleotide giĆa chÿng PEDV_HY2017 so vĊi chÿng PEDV ċ Việt Nam đĂợc trình bày ċ hình Trong không nucleotide 1-721 (Hình 4), chng PEDV_HY2017 (i) Cú s tng ứng thỗp (0,9) đùi vĊi 48 chÿng läi Kể tă nucleotide 721 đến 1533, chÿng PEDV_HY2017 có mĄc tĂĈng đøng cao (>0,9) đùi vĊi 56 chÿng PEDV thu đĂợc Sć dao đüng mĄc tĂĈng đøng döc chiều dài gen S cÿa chÿng PEDV lĂu hành ċ Việt Nam (trình bày ċ hình 4) cĀng đĂợc biết đùi vĊi müt sù chÿng PEDV lĂu hành giĊi, có Trung Qúc (Chen & cs., 2016a) Kết quâ so sánh tĂĈng đøng trình t gen (Hỡnh v 4) cho thỗy cú ớt nhỗt nhúm di truyn ca PEDV Vit Nam 3.3 Kết xây dựng phát sinh chủng loại Để làm rõ đặc điểm này, phát sinh chÿng lội đĂợc xây dćng dća vào trình tć độn gen S gøm 1533 nucleotide (Hình 5) Cây phát sinh chÿng lội dća vào müt phỉn gen S cho biết chÿng PEDV giĊi ċ Việt Nam bao gøm genogroup G1 G2 Trong 56 chÿng PEDV ċ Việt Nam đĂợc phân tích, có chÿng thuüc genogroup G1 48 chÿng (bao gøm chÿng phân lêp PEDV_HY2017) thuüc genogroup G2 (Hình 5) Kết quâ phân tích kể phù hợp vĊi cơng bù trĂĊc đåy phân nhóm PEDV gây bệnh ċ Việt Nam (Nguyễn Trung Tiến & cs., 2015; Vui & cs., 2015; Diep & cs., 2018) Mặc dù thuüc genogroup G2, nhĂng 48 chÿng PEDV ċ Việt Nam nìm ċ nhánh khác cÿa phát sinh chÿng lội Chÿng PEDV_HY2017 (thu thêp nëm 2017, Hình 6) đĂợc xác định thuüc phân nhóm vĊi chÿng PEDV thu thêp tă nëm 2014-2015 (HUAPED106, HUAPED103, VNK2, VN367, VN292, VN20514, VN10514, VN60514) Mức tương đồng 0.9 0.7 101 161 221 281 341 401 461 521 581 641 701 761 821 881 941 1001 1061 1121 1181 1241 1301 1361 1421 0.5 Vị trí nucleotide trung tâm* Ghi chú: Trục Ox biểu diễn vị trí nucleotide trung tâm nhóm gồm 200 nucleotide; mức tương đồng từ cao-thấp (0-1) biểu diễn trục Oy Hình Mức tương đồng theo vị trí nucleotide chủng PEDV_HY2017 với chủng PEDV Việt Nam 469 Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn nuôi Hưng Yên Việt Nam G2 Q3Q5 100% G1 100% Ghi chú: nhánh dẫn tới chủng PEDV Việt Nam đánh dấu màu xanh, chủng PEDV_HY2017 đánh dấu màu đỏ Giá trị bootstrap nút (node) hiểu thị cho nhánh Hình Cây phát sinh chủng loại PEDV dựa vào phần gen S 3.4 Đặc điểm đột biến thêm - xóa Trên cĈ sċ síp xếp trình tć nucleotide theo cüt so sánh, vùng gen S cÿa chÿng PEDV_HY2017 có đüt biến thêm - xóa đĂợc xác định (Hình 7) Trong 56 chÿng PEDV ċ Việt Nam, có vị trí cÿa độn gen mã hóa tiểu phỉn protein S1 mang đüt biến thêm - xóa Các vùng thêm- xóa thĂĉng ngín, chỵ gøm 1-2-4 codon, ngội tră chÿng KX982576 (nucleotide 1135- 470 1140) có đüt biến thêm codon So vĊi chÿng tham chiếu CV777 (chÿng virus thĂĉng đĂợc dùng sõn xuỗt vacxin phũng bnh PEDV), chng phõn lờp PEDV_HY2017 có vị trí mang đüt biến xóa (nucleotide 172-177 nucleotide 469- 480) Đüt biến thêm- xóa cÿa chÿng PEDV_HY2017 phân lêp đĂợc nëm 2017 giùng vĊi chng PEDV Vit Nam xuỗt hin vo nởm 2014- 2015 (VNK2, HUAPED106, HUAPED103, VN367, VN292) Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ výng đüt biến xóa 197 aa, vai trị cÿa đüt biến thêm - xóa ċ chÿng PEDV lĂu hành ċ Việt Nam cỉn đĂợc làm rõ bìng thćc nghiệm Trên protein S, có vùng định kháng ngun kích thích sân sinh kháng thể trung hịa: COE tă aa 499-638 (Chang & cs., 2002), S1D tă aa 636-789 (Sun & cs., 2007) 2C10 tă aa 1368-1374 (Cruz & cs., 2008) Đüt biến thêm - xóa cÿa chÿng PEDV_HY2017 nghiên cĄu xây täi codon mã hóa aa ċ vị trí (so vĊi chÿng CV777) là: 58-59 (vùng 1), 158-159 (vùng 4) nìm ngồi epitop trung hịa kể Do đó, đüt biến thêm - xóa đĂợc dć đốn kh÷ng ânh hĂċng tĊi đáp Ąng miễn dịch Thćc nghiệm in vitro chĄng minh khâ nëng trung hòa chéo giĆa chÿng PEDV có đüt biến thêm - xóa nhĆng chÿng khơng có đüt biến (Chen & cs., 2016b) 2014 2015 Đüt biến thêm - xóa täi vị trí khác cÿa gen S đĂợc phát ċ nhiều chÿng PEDV lĂu hành ċ nhiều quùc gia, vi lng nucleotide thờm- xúa rỗt a dọng: t đến 11 nucleotide (Marthaler & cs., 2014; Wang & cs., 2014), tă 582- 648 nucleotide (Diep & cs., 2017) Hiện nay, vai trò cÿa đüt biến thêm - xóa cĈ chế sinh bệnh cÿa PEDV chĂa đĂợc làm sáng tơ Kết q phân tích trình tć gen cÿa chÿng PEDV nhĂợc đüc hóa m÷i trĂĉng tế bo (TC-PC177) thỗy xuỗt hin ỹt bin xúa 197 aa ċ đæu N cÿa protein S Đüt biến đĂợc chĄng minh khơng ânh hĂċng tĊi tính hĂĊng tú chĄc nhĂng làm giâm đüc lćc cÿa chÿng virus (Hou & cs., 2017) Kết quâ so sánh trình tć gen S giĆa 56 chÿng PEDV cÿa Việt Nam nói chung v chng phõn lờp PEDV_HY2017 núi riờng cho thỗy výng mang đüt biến thêm - xóa tă vùng sù đến vùng sù (Hình 7) nìm hồn tồn 2017 Ghi chú: Nhánh dẫn tới chủng PEDV Việt Nam đánh dấu màu xanh, chủng PEDV_HY2017 đánh dấu màu đỏ Giá trị bootstrap nút (node) hiểu thị cho phân nhánh Hình Nhánh sinh học phân tử PEDV dẫn tới chủng PEDV_HY2017 471 Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn ni Hưng n Ghi chú: Vị trí nucleotide đánh dấu theo chủng tham chiếu CV777 (AF353511) Hình Đột biến thêm - xóa phần gen S chủng virus PEDV_HY2017 KẾT LUẬN - Đã xác định đĂợc bü møi theo nghiên cĄu cÿa Tian & cs (2013) phù hợp để giâi mã gen chÿng PEDV_HY2017 - Chÿng phân lêp PEDV_HY2017 thuüc genogroup G2 có mĄc tĂĈng đøng trình tć gen mã hóa tiểu phỉn protein S1 vĊi chÿng PEDV cÿa Việt Nam 90%- 91% (genogroup G1) 95,7%- 98,2% (genogroup G2) - Chÿng PEDV_HY2017 mang výng đüt biến thêm- xóa ċ độn gen mã hóa tiểu phỉn protein S1 giùng vĊi chÿng PEDV genogroup G2 cÿa Việt Nam 472 TÀI LIỆU THAM KHẢO Boniotti M.B., Papetti A., Lavazza A., Alborali G., Sozzi E., Chiapponi C., Faccini S., Bonilauri P., Cordioli P & Marthaler D (2016) Porcine Epidemic Diarrhea Virus and Discovery of a Recombinant Swine Enteric Coronavirus, Italy Emerg Infect Dis 22(1): 83-7 Carvajal A., Arguello H., Martinez-Lobo F.J., Costillas S., Miranda R., de Nova P.J.D & Rubio P (2015) Porcine epidemic diarrhoea: new insights into an old disease Porcine Health Manag 1(1): 12 Chang S.H., Bae J.L., Kang T.J., Kim J., Chung G.H., Lim C.W., Laude H., Yang M.S & Jang Y.S (2002) Identification of the epitope region capable of inducing neutralizing antibodies against the Nguyễn Văn Giáp, Đặng Hữu Anh, Trương Hà Thái, Huỳnh Thị Mỹ Lệ porcine epidemic diarrhea virus Mol Cells 14(2): 295-9 Chen X., Yang J., Yu F., Ge J., Lin T & Song T (2012) Molecular characterization and phylogenetic analysis of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) samples from field cases in Fujian, China Virus Genes 45(3): 499-507 Chen F., Ku X., Li Z., Memon A.M., Ye S., Zhu Y., Zhou C., Yao L., Meng X & He Q (2016a) Genetic characteristics of porcine epidemic diarrhea virus in Chinese mainland, revealing genetic markers of classical and variant virulent parental/attenuated strains Gene 588(1): 95-102 Chen Q., Thomas J.T., Gimenez-Lirola L.G., Hardham J.M., Gao Q., Gerber P.F., Opriessnig T., Zheng Y., Li G., Gauger P.C., Madson D.M., Magstadt D.R & Zhang J (2016b) Evaluation of serological cross-reactivity and cross-neutralization between the United States porcine epidemic diarrhea virus prototype and S-INDEL-variant strains BMC Vet Res 12(1): 70 Chung H.C., Nguyen V.G., Moon H.J., Lee J.H., Park S.J., Lee G.E., Kim H.K., Noh Y.S., Lee C.H., Goede D & Park B.K (2015) Isolation of Porcine Epidemic Diarrhea Virus during outbreaks in South Korea, 2013-2014 Emerg Infect Dis 21(12): 2238-40 Cruz D.J., Kim C.J & Shin H.J (2008) The GPRLQPY motif located at the carboxy-terminal of the spike protein induces antibodies that neutralize Porcine epidemic diarrhea virus Virus Res 132(1-2): 192-6 Diep N.V., Norimine J., Sueyoshi M., Lan N.T & Yamaguchi R (2017) Novel Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV) Variants with Large Deletions in the Spike (S) Gene Coexist with PEDV Strains Possessing an Intact S Gene in Domestic Pigs in Japan: A New Disease Situation PLoS One 12(1): e0170126 Diep N.V., Sueyoshi M., Izzati U., Fuke N., Teh A.P.P., Lan N.T & Yamaguchi R (2018) Appearance of US-like porcine epidemic diarrhoea virus (PEDV) strains before US outbreaks and genetic heterogeneity of PEDVs collected in Northern Vietnam during 2012-2015 Transbound Emerg Dis 65(1): e83-e93 Do Tien Duy, Nguyen Tat Toan, Puranaveja S & Thanawongnuwech R (2011) Genetic characterization of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) isolates from southern Vietnam during 2009-2010 outbreaks Thai Journal of Veterinary Medicine 41(1): 55-64 Gao Y., Kou Q., Ge X., Zhou L., Guo X & Yang H (2013) Phylogenetic analysis of porcine epidemic diarrhea virus field strains prevailing recently in China Arch Virol 158(3): 711-5 Grasland B., Bigault L., Bernard C., Quenault H., Toulouse O., Fablet C., Rose N., Touzain F & Blanchard Y (2015) Complete genome sequence of a porcine epidemic diarrhea s gene indel strain isolated in france in december 2014 Genome Announc 3(3): e00535-15 Hou Y., Lin C.M., Yokoyama M., Yount B.L., Marthaler D., Douglas A.L., Ghimire S., Qin Y., Baric R.S., Saif L.J & Wang Q (2017) Deletion of a 197-amino-acid region in the N-terminal domain of spike protein attenuates porcine epidemic diarrhea virus in piglets J Virol 91(14): e00227-17 Kumar S., Stecher G & Tamura K (2016) MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets Mol Biol Evol 33(7): 1870-4 Le V.P., Le D.Q., Than D.D., Nguyen T.T., Nguyen B.H., Choi S.E & An D.J (2016) Genetic diversity of the spike gene of the porcine epidemic diarrhea virus collected from the central and northern Vietnam during 2013-2016, 19th Federation of Asian Veterinary Associations Congress pp 113-117 Lee C (2015) Porcine epidemic diarrhea virus: An emerging and re-emerging epizootic swine virus Virol J 12(1): 193 Li C., Li W., Lucio De Esesarte E., Guo H., Van Den Elzen P., Aarts E., Van Den Born E., Rottier P.J M & Bosch B.J (2017) Cell attachment domains of the porcine epidemic diarrhea virus spike protein are key targets of neutralizing antibodies J Virol 91(12): e00273-17 Marthaler D., Bruner L., Collins J & Rossow K (2014) Third strain of porcine epidemic diarrhea virus, United States Emerg Infect Dis 20(12): 2162-3 Nguyễn Tất Toàn & Đỗ Tiến Duy (2012) Đặc trưng kiểu gien virus gây bệnh tiêu chảy cấp (PEDV) heo số tỉnh miền Đông Nam Bộ Tạp chí Khoa học Kĩ thuật Thú y 19(7): 34-41 Nguyễn Tất Tồn, Nguyễn Đình Qt, Trịnh Thị Thanh Huyền, Đỗ Tiến Duy, Trần Thị Dân, Nguyễn Thị Phước Ninh & Nguyễn Thị Thu Năm (2012) Phát virus gây bệnh tiêu chảy cấp (PEDV) heo tỉnh miền Đơng Nam Bộ Tạp chí Khoa học Kĩ thuật Thú y 19(5): 23-28 Nguyễn Trung Tiến, Vũ Thị Thu Hằng, Huỳnh Thị Mỹ Lệ, Nguyễn Bá Hiên & Lê Văn Phan (2015) Một số đặc điểm sinh học phân tử virus gây dịch tiêu chảy cấp lợn (porcine epidemic diarrheaPED) Quảng Trị, Thái Nguyên Thái Bình tự năm 2013-2014 Tạp chí Khoa học Phát triển 13(7): 1089-1100 Oldham J (1972) Letter to the editor Pig Farming p 10 473 Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn nuôi Hưng Yên Song D., Moon H & Kang B (2015) Porcine epidemic diarrhea: a review of current epidemiology and available vaccines Clin Exp Vaccine Res p Song D & Park B (2012) Porcine epidemic diarrhoea virus: a comprehensive review of molecular epidemiology, diagnosis, and vaccines Virus Genes p 44 Sun D.B., Feng L., Shi H.Y., Chen J.F., Liu S.W & Chen H.Y (2007) Spike protein region (aa 636789) of porcine epidemic diarrhea virus is essential for induction of neutralizing antibodies Acta Virol p 51 Theuns S., Conceicao-Neto N., Christiaens I., Zeller M., Desmarets L.M., Roukaerts I.D., Acar D.D., Heylen E., Matthijnssens J & Nauwynck H.J (2015) Complete genome sequence of a porcine epidemic diarrhea virus from a novel outbreak in 474 belgium, january 2015 Genome Announc 3(3): e00506-15 Tian Y., Yu Z., Cheng K., Liu Y., Huang J., Xin Y., Li Y., Fan S., Wang T., Huang G., Feng N., Yang Z., Yang S., Gao Y & Xia X (2013) Molecular characterization and phylogenetic analysis of new variants of the porcine epidemic diarrhea virus in Gansu, China in 2012 Viruses 5(8): 1991-2004 Vui D.T., Thanh T.L., Tung N., Srijangwad A., Tripipat T., Chuanasa T & Nilubol D (2015) Complete genome characterization of porcine epidemic diarrhea virus in Vietnam Arch Virol 160(8): 1931-8 Wang L., Byrum B & Zhang Y (2014) New variant of porcine epidemic diarrhea virus, United States Emerg Infect Dis 20(5): 917-9  ... theo vị trí nucleotide chủng PEDV_ HY2017 với chủng PEDV Việt Nam 469 Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn nuôi Hưng Yên Việt Nam G2 Q3Q5 100%... Pig Farming p 10 473 Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn nuôi Hưng Yên Song D., Moon H & Kang B (2015) Porcine epidemic diarrhea: a review.. .Một số đặc tính sinh học phân tử chủng PEDV (Porcine Epidemic Diarrhea Virus) phân lập lợn nuôi Hưng Yên Ở Việt Nam, dịch PED đĂợc phát lỉn đỉu tiên