NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KHÁNG KHÁNG SINH VÀ GEN LIÊN QUAN Ở CÁC CHỦNG Salmonella ĐA KHÁNG

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ - NGUYỄN THANH VIỆT NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KHÁNG KHÁNG SINH VÀ GEN LIÊN QUAN Ở CÁC CHỦNG Salmonella ĐA KHÁNG LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC HÀ NỘI – 2020 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ …… ….***………… NGUYỄN THANH VIỆT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM KHÁNG KHÁNG SINH VÀ GEN LIÊN QUAN Ở CÁC CHỦNG Salmonella ĐA KHÁNG Chuyên ngành: Vi sinh vật học Mã sỗ: 42 01 07 Người hướng dẫn khoa học: GS TS Nghiêm Ngọc Minh PGS TS Võ Thị Bích Thủy Hà Nội – 2020 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu sử dụng phân tích luận án có nguồn gốc rõ ràng, công bố theo quy định Các kết nghiên cứu luận án tơi tự tìm hiểu, phân tích cách trung thực, khách quan Các kết nghiên cứu công bố tạp chí quốc tế tạp chí chuyên ngành nước với đồng ý đồng tác giả Các kết chưa công bố nghiên cứu tác giả khác Tác giả luận án Nguyễn Thanh Việt Lời cảm ơn Để hoàn thành luận án này, trước tiên xin cảm ơn GS TS Nghiêm Ngọc Minh, Phó Viện trưởng Viện Nghiên cứu Hệ gen PGS TS Võ Thị Bích Thủy, Phó Trưởng phòng Hệ gen học Vi sinh, Viện Nghiên cứu Hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam trực tiếp hướng dẫn, truyền đạt kiến thức kinh nghiệm quý báu trình học tập Tơi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Quân y, Ban Giám đốc Viện Nghiên cứu Y dược học Quân sự, Học viện Quân y, Bộ Quốc phòng tạo điều kiện cho tơi học tập Học viện Khoa học Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam Tôi xin chân thành cảm ơn Ban lãnh đạo viện Nghiên cứu hệ gen tạo điều kiện cho học tập nghiên cứu viện Cảm ơn TS Nguyễn Thị Thanh Ngân, chuyên viên đào tạo Viện Nghiên cứu hệ gen giúp đỡ tơi hồn thành thủ tục cần thiết trình học tập Tôi xin chân thành cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Khoa học Công nghệ, Viện Hàn lâm Khoa học Cơng nghệ Việt Nam, Phòng Đào tạo, Học viện Khoa học Công nghệ tạo điều kiện để tơi hồn thành khóa học Tơi xin cảm ơn Khoa xét nghiệm, Viện Bỏng Quốc gia Lê Hữu Trác, Học viện Quân y giúp thực số thí nghiệm q trình thực đề tài Tôi xin cảm ơn TS Moreland Gibbs, Trung tâm hỗ trợ phần mềm Genenious, New Zealand, giúp đỡ tơi q trình phân tích số liệu Cảm ơn đồng nghiệp đóng góp, giúp đỡ tơi hồn thiện luận án Cuối cùng, tơi xin cảm ơn sâu sắc đến gia đình, người bạn thân thiết bên cạnh, động viên giúp đỡ tơi q trình học tập Nghiên cứu sinh Nguyễn Thanh Việt DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TẮT Viết tắt Viết đầy đủ Tên tiếng việt AM Ampicillin BHI Brain Heart Infusion Broth C Chloramphenicol CAZ Ceftazidime CIP Ciprofloxacin DNA Deoxyribonucleic Acid Axit đêôxiribônuclêic RNA Ribonucleic Acid Axit ribônuclêic GN Gentamycin GI Genomic Island KSĐ Canh thang BHI Kháng sinh đồ Độ dài contig dài LCS Longest Contig Size LPS Lipopolysaccharide MDR Multidrug Resistance Đa kháng kháng sinh MSS Mean Sequence Size Kích thước trung bình trình tự NC Number of Contigs Số lượng contig NGS Next Generation Sequencing Giải trình tự hệ OMP Outer Membrane Protein Protein màng R Resistant Đề kháng S Sensitive Nhạy cảm STR Streptomycin SCS Shortest Contig Size SXT Sulfamethoxazol/Trimetoprim TE Tetracycline Độ dài contig ngắn MỤC LỤC Trang Trang phụ bìa Lời cam đoan Lời cảm ơn Danh mục từ viết tắt Mục lục Danh mục bảng Danh mục hình vẽ, đồ thị MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN 1.1 Đặc điểm sinh học Salmonella 1.1.1 Hình thái 1.1.2 Tính chất nuôi cấy 1.1.3 Tính chất hóa sinh 1.1.4 Sức đề kháng 1.1.5 Kháng nguyên 1.1.5.1 Kháng nguyên O 1.1.5.2 Kháng nguyên H 1.1.5.3 Kháng nguyên Vi 1.1.6 Phân loại 1.2 Đặc điểm hệ gen Salmonella 1.2.1 Cấu trúc hệ gen 1.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh Salmonella 10 1.2.2.1 Cơ chế kháng kháng sinh nhóm aminoglycoside 11 1.2.2.2 Cơ chế kháng kháng sinh nhóm β-lactam 12 1.2.2.3 Cơ chế kháng kháng sinh nhóm phenicol 13 1.2.2.4 Cơ chế kháng kháng sinh nhóm quinolone 13 1.2.2.5 Cơ chế kháng kháng sinh tetracycline 13 1.2.2.6 Cơ chế kháng sulfonamide và trimethoprim 14 1.2.3 Liên quan đột biến gen và kiểu hình kháng kháng sinh vi khuẩn 15 1.2.4 Các gen liên quan đến kênh bơm thải thuốc 15 1.2.4.1 Phân loại các loại kênh bơm thải thuốc 16 1.2.4.2 Liên quan giữa kênh bơm thải thuốc và kháng kháng sinh ở Salmonella 18 1.3 Tình hình nhiễm đề kháng kháng sinh Salmonella thực phẩm 19 1.3.1 Trên giới 19 1.3.2 Tại Việt Nam 22 1.4 Một số kỹ thuật hay được sử dụng nghiên cứu biểu gen 23 1.4.1 Reverse transcription PCR (RT-PCR) 24 1.4.2 Real-time PCR (qPCR) 24 1.4.3 Microarray 24 1.4.4 Giải trình tự hệ mới 26 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 28 2.1 VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU 28 2.1.1 Nguyên liệu 28 2.1.2 Mơi trường, hóa chất, kháng sinh, bộ kit 29 2.1.2.1 Môi trường, hóa chất phân lập Salmonella theo tiêu chuẩn ISO 6579:2002 29 2.1.2.2 Môi trường dùng để làm kháng sinh đồ 33 2.1.2.3 Kháng sinh 34 2.1.2.4 Các kít 34 2.1.3 Thiết bị nghiên cứu 35 2.2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 37 2.2.1 Phương pháp lấy mẫu 37 2.2.2 Định danh Salmonella 37 2.2.2.1 Tăng sinh sơ không chọn lọc 37 2.2.2.2 Tăng sinh chọn lọc 37 2.2.2.3 Quy trình khẳng định 38 2.2.3 Kháng sinh đồ 41 2.2.4 Giải trình tự hệ mới 42 2.2.4.1 Tách chiết, tinh sạch RNA tổng số thiết lập thư viện cDNA 42 2.2.4.2 Giải trình tự hệ công nghệ Illumina 42 2.2.5 Nhóm phương pháp tin sinh học 43 2.2.5.1 Kiểm tra chất lượng trình tự 43 2.2.5.2 Lọc trình tự chất lượng cao phần mềm Trimmomatic [57] 43 2.2.5.3 Lắp ráp de novo 43 2.2.5.4 Chú thích hệ gen biểu 44 2.2.5.5 Xác định các gen kháng kháng sinh 44 2.2.5.6 Xác định đột biến gen kháng kháng sinh 44 2.2.6 Xác nhận kết đột biến gen kháng kháng sinh phương pháp giải trình tự gen Sanger 45 2.2.7 Xử lý thống kê 45 Chương KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 46 3.1 Phân lập định danh type chủng Salmonella nghiên cứu 46 3.1.1 Kết phân lập Salmonella 46 3.1.2 Kết định danh type chủng Salmonella phân lập 56 3.2 Đặc điểm kháng kháng sinh chủng Salmonella phân lập được 59 3.2.1 Mức độ đề kháng kháng sinh chủng Salmonella phân lập 61 3.2.2 Số lượng Salmonella đề kháng kháng sinh theo nguồn phân lập 63 3.2.3 Salmonella đề kháng loại kháng sinh theo nguồn phân lập 65 3.2.4 Kiểu hình kháng kháng sinh 66 3.3 Kết phân tích nhóm gen số chủng Salmonella đa kháng kháng sinh 69 3.3.1 Số lượng trình tự đọc (read) 71 3.3.2 Lắp ráp de novo 72 3.3.3 Chú thích chức các gen 73 3.3.4 Phân tích nhóm gen chủng Salmonella nghiên cứu 74 3.3.4.1 Nhóm gen kháng kháng sinh 74 3.3.4.2 Đột biến gen kháng kháng sinh nhóm Quinolone 87 3.3.4.3 Nhóm gen liên quan đến hệ thống kênh bơm thải thuốc (efflux pump) 90 3.3.4.4 Nhóm gen độc lực 97 3.3.4.5 Nhóm gen liên quan đến tổng hợp flagellar 99 3.3.4.6 Nhóm gen liên quan đến quá trình tổng hợp Lipopolysaccharide (LPS) thành tế bào 101 3.3.4.7 Nhóm gen đáp ứng với các chất gây độc 102 3.3.4.8 Nhóm gen di truyền vận động, phage và prophage 105 3.3.4.9 Nhóm gen liên quan đến kênh vận chuyển ABC 107 3.4 Xác nhận kết đột biến gen kháng kháng sinh phương pháp giải trình tự gen Sanger 110 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 114 Kết luận 114 Kiến nghị 114 NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA LUẬN ÁN 115 NHỮNG CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ ĐÃ CƠNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN LUẬN ÁN 116 TÀI LIỆU THAM KHẢO 117 PHỤ LỤC Phụ lục Kết kiểm tra chất lượng thư viện cDNA máy Bioanalyzer Phụ lục Gen độc lực biểu mẫu nghiên cứu Phụ lục Biểu gen liên quan đến flagellar 14 Phụ lục Các gen tổng hợp LPS thành tế bào 16 Phụ lục Các gen liên quan đến yếu tố di truyền vận động, phage, prophage 18 Phụ lục Các gen liên quan đến tác động bất lợi môi trường biểu mẫu nghiên cứu 20 Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 VFG000551 + + + + + + VFG000552 + + + + + + VFG000553 + + + + + + VFG000554 + + + + + + VFG000555 + + + + + + VFG000556 + + + + + + VFG000557 + + + + + + Chức components); Surface presentation of antigens protein SpaQ Type III secretion inner membrane protein (YscR,SpaR,HrcR,EscR,homologous to flagellar export components); Surface presentation of antigens protein SpaP Type III secretion inner membrane protein (YscQ,homologous to flagellar export components); Surface presentation of antigens protein SpaO Type III secretion host injection and negative regulator protein (YopD); Surface presentation of antigens protein SpaN (Invasion protein InvJ) Surface presentation of antigens protein SpaM Type III secretion cytoplasmic ATP synthase (EC 3.6.3.14, YscN,SpaL,MxiB,HrcN,EscN); Probable ATP synthase SpaL (Invasion protein InvC) Type III secretion system protein BsaR; Surface presentation of antigens protein SpaK (Invasion protein InvB) Type III secretion inner membrane channel protein (LcrD,HrcV,EscV,SsaV); Invasion protein InvA Phân loại Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 VFG000558 + + + + + + VFG000559 + + + + + + VFG000560 + + + + + + VFG000561 + + + + + + VFG000574 + + + + + + VFG000575 + + + + + + VFG000589 + + + + + + VFG000925 + + + + + + VFG000926 + + + + + + VFG000928 + + + + + + VFG000931 + + + + + + Chức Type III secretion outermembrane contact sensing protein (YopN,Yop4b,LcrE); Invasion protein InvE Type III secretion outermembrane pore forming protein (YscC,MxiD,HrcC, InvG); Protein InvG precursor Type III secretion thermoregulatory protein (LcrF,VirF,transcription regulation of virulence plasmid) Invasion protein invH precursor Mg(2+) transport ATPase, P-type (EC 3.6.3.2) Mg(2+)-transport-ATPase-associated protein MgtC Pentapeptide repeat family protein Ferric enterobactin transport ATP-binding protein FepC Ferric enterobactin transport system permease protein FepD Ferric enterobactin transport system permease protein FepG Isochorismate synthase) [enterobactin] siderophore @ Isochorismate synthase of siderophore biosynthesis 10 Phân loại Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Secretion system,Type III secretion system,Invasion Magnesium uptake Magnesium uptake Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 Chức Isochorismatase [enterobactin] siderophore / Apo-aryl carrier domain of EntB @ Isochorismatase of siderophore biosynthesis 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase [enterobactin] siderophore @ 2,3-dihydro-2,3-dihydroxybenzoate dehydrogenase (EC 1.3.1.28) of siderophore biosynthesis VFG000933 + + + + + + VFG000934 + + + + + + VFG000935 + + + + + + Outer Membrane Siderophore Receptor IroN VFG001443 + + + + + + Outer membrane protein A precursor VFG002302 + + + + + + Transcriptional regulator VFG002304 + + + + + + autotransporter VFG002305 + + + + + + AIDA autotransporter-like protein VFG002306 + + + + + + VFG002307 + + + + + + VFG002319 + + + + + + Putative outer membrane protein adherence and invasion outermembrane protein (Inv,enhances Peyer's patches colonization) RNA polymerase sigma factor for flagellar operon VFG002329 + + + + + + Flagellar motor switch protein FliG VFG002335 + + + + + + Flagellar motor switch protein FliM 11 Phân loại Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore Iron uptake,Siderophore receptor Invasion,Serum resistance Resistance to antimicrobial peptides Adherence,Nonfimbrial,Au totransporter Adherence,Nonfimbrial,Au totransporter Adherence,Nonfimbrial Adherence,Nonfimbrial Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 Chức VFG002338 + + + + + + Flagellar biosynthesis protein FliP VFG002345 + + + + + + Flagellar L-ring protein FlgH VFG002346 + + + + + + Flagellar basal-body rod protein FlgG VFG002350 + + + + + + Flagellar basal-body rod protein FlgC VFG003635 + + + + + + VFG003645 VFG003977 VFG003988 + + + + + + + + + + + + + + + + + + VFG004125 + + + + + + VFG012513 + + + + + + VFG013418 + + + + + + VFG013465 + + + + + + VFG042066 VFG042067 + + + + + + + + + + + + VFG043206 + + + + + + VFG043210 + + + + + + Putative effector protein OrgC of SPI-1 type III secretion system Oxygen-regulated invasion protein OrgA Deubiquitinating protease ElaD secreted effector protein Transcriptional regulator CsgD for 2nd curli operon Glycosyltransferase IroB D-sedoheptulose 7-phosphate isomerase (EC 5.3.1.28) 2-Keto-3-deoxy-D-manno-octulosonate-8phosphate synthase (EC 2.5.1.55) Putative inner membrane protein hypothetical protein Chemotaxis regulator - transmits chemoreceptor signals to flagellar motor components CheY Positive regulator of CheA protein activity (CheW) 12 Phân loại Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility Secretion system,Invasion,Motility unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown Source ID VFG043213 VFG044165 Sal Sal + + + + Sal + + Sal + + Sal 11 + + Sal 12 + + VFG000521 + + - - + + VFG000670 + + + + + + VFG000932 + - + + + + VFG002321 + - + - - - VFG003982 VFG003997 + + + + - + + + + + + VFG020318 + - + - - - VFG042068 VFG000468 VFG000529 VFG000669 VFG004016 VFG042216 VFG042552 VFG042553 VFG042559 VFG043209 VFG000452 + - + + + + + + - + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + Chức Flagellar motor rotation protein MotA Enterobactin exporter EntS Type III secretion inner membrane protein (YscT,HrcT,SpaR,EscT,EpaR1,homologous to flagellar export components) Bactoprenol glucosyl transferase 2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase (EC 2.7.7.58) [enterobactin] siderophore @ 2,3dihydroxybenzoate-AMP ligase (EC 2.7.7.58) of siderophore biosynthesis Phân loại unknown unknown Secretion system,Type III secretion system Endotoxin Iron uptake,Siderophore Secretion system,Invasion,Motility hypothetical protein unknown hypothetical protein unknown Cytolethal distending toxin subunit B, DNase Toxin,Intracellular I-like toxin,DNaseI hypothetical protein unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown unknown Adherence,Fimbrial Flagellin FliC 13 Source ID Sal Sal Sal Sal Sal 11 Sal 12 Chức Phân loại VFG000453 + + + Adherence,Fimbrial VFG000454 + + + Adherence,Fimbrial VFG000455 + + + Adherence,Fimbrial VFG000456 + + + Adherence,Fimbrial VFG000463 + + + Stress protein VFG003971 + + + unknown VFG004006 + + unknown Chú thích: +(gen có biểu hiện), -(gen khơng biểu hiện), Sal (S Indiana), Sal (S Derby), Sal (S Give), Sal (S Typhimurium S360), Sal 11 (S Typhimurium S384), Sal 12 (S Typhimurium S181) Phụ lục Biểu gen liên quan đến flagellar Tên gen flgA flgB flgC flgE flgF flgG flgH flgI flgK flgL flgN flhA Phân loại Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Chức protein Flagella basal body P-ring formation protein flgA Flagellar basal-body rod protein flgB Flagellar basal-body rod protein flgC Flagellar hook protein flgE Flagellar basal-body rod protein flgF Flagellar basal-body rod protein flgG Flagellar L-ring protein Flagellar P-ring protein Flagellar hook-associated protein Flagellar hook-associated protein Flagella synthesis protein flgN Flagellar biosynthesis protein flhA 14 Tên gen flhB flhC flhD flhE fliC fliD fliE fliF fliG fliH fliI fliJ fliK fliL fliM fliN fliO fliP fliQ fliR fliS fliT flk ycgR motA motB Phân loại Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Flagellar Chức protein Flagellar biosynthetic protein flhB Flagellar transcriptional regulator FlhC Flagellar transcriptional regulator FlhD Flagellar protein flhE Flagellin Flagellar hook-associated protein Flagellar hook-basal body complex protein FliE Flagellar M-ring protein Flagellar motor switch protein FliG Flagellar assembly protein fliH Flagellum-specific ATP synthase Flagellar fliJ protein Flagellar hook-length control protein Flagellar protein FliL Flagellar motor switch protein FliM Flagellar motor switch protein FliN Flagellar protein fliO Flagellar biosynthetic protein fliP Flagellar biosynthetic protein FliQ Flagellar biosynthetic protein fliR Flagellar protein fliS Flagellar protein FliT Flagellar regulator flk Flagellar brake protein YcgR Motility protein A Motility protein B 15 Phụ lục Các gen tổng hợp LPS thành tế bào Phân loại Chức protein Capsular and extracellular polysacchrides dTDP-4-dehydrorhamnose reductase Capsular and extracellular polysacchrides Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase Capsular and extracellular polysacchrides dTDP-glucose 4,6-dehydratase Capsular and extracellular polysacchrides dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase Capsular and extracellular polysacchrides Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase Capsular and extracellular polysacchrides Putative capsular polysaccharide transport protein YegH Capsular and extracellular polysacchrides O-antigen flippase Wzx Capsular and extracellular polysacchrides Oligosaccharide repeat unit polymerase Wzy Capsular and extracellular polysacchrides UDP-glucose 4-epimerase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylneuraminate lyase Capsular and extracellular polysacchrides Glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase Capsular and extracellular polysacchrides Transcriptional regulator NanR Capsular and extracellular polysacchrides Sialic acid transporter (permease) NanT Capsular and extracellular polysacchrides Glucosamine-6-phosphate deaminase Capsular and extracellular polysacchrides Predicted sialic acid transporter Capsular and extracellular polysacchrides UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase Putative sugar isomerase involved in processing of exogenous sialic Capsular and extracellular polysacchrides acid Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylmannosamine kinase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylneuraminic acid outer membrane channel protein NanC Capsular and extracellular polysacchrides Phosphoglucosamine mutase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase Capsular and extracellular polysacchrides N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase CMP-N-acetylneuraminate-beta-galactosamide-alpha-2,3Capsular and extracellular polysacchrides sialyltransferase 16 12 + + + + + + + + + + + + + + + + 11 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + - - - + - + Phân loại Capsular and extracellular polysacchrides Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Gram-Negative cell wall components Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Chức protein Sialic acid utilization regulator, RpiR family UDP-glucuronic acid oxidase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase Polymyxin resistance protein PmrG UDP-glucose 6-dehydrogenase Protein of unknown function YceH Virulence factor MviM Proposed peptidoglycan lipid II flippase MurJ Protein YhjJ, putative peptidase LysR family transcriptional regulator YhjC Inner membrane protein YhjD Uncharacterized protein YhjG Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC Lipoprotein releasing system transmembrane protein LolE Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase Soluble lytic murein transglycosylase precursor Muramoyltetrapeptide carboxypeptidase UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase L,D-transpeptidase YcfS L,D-transpeptidase YnhG L,D-transpeptidase YcbB L,D-transpeptidase YbiS L,D-transpeptidase ErfK 17 12 11 + + + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + Phân loại Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Cell Wall and Capsule - no subcategory Chức protein UDP-N-acetylmuramate:L-alanyl-gamma-D-glutamyl-mesodiaminopimelate ligase Gamma-D-Glutamyl-meso-Diaminopimelate Amidase AmpG permease Membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor 12 11 + + + + + + + + - + + - + + + + + - + + - + + - Chú thích: +(gen có biểu hiện), -(gen khơng biểu hiện) 12 (Sal 12), 11 (Sal 11), (Sal 8), (Sal 7), (Sal 6), (Sal 4) Phụ lục Các gen liên quan đến yếu tố di truyền vận động, phage, prophage Tên gen - Phân loại Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage tail proteins Phage replication Phage replication Phage packaging machinery Phage packaging machinery Phage packaging machinery Phage packaging machinery Phage packaging machinery Phage tail proteins Phage tail proteins Chức các gen Phage tail tube protein Phage tail assembly protein I Phage tail/DNA circulation protein Phage tail length tape-measure protein Phage minor tail protein Phage tail length tape-measure protein Phage tail assembly protein DNA polymerase III alpha subunit Phage replication protein Phage terminase, small subunit Phage terminase, ATPase subunit Phage terminase, large subunit Phage portal protein Phage DNA-binding protein Phage tail assembly protein I Phage tail length tape-measure protein 18 Sal 12 + + + + + + + + + + + + + + + + Sal 11 + + + + + + + + + + + + + + + + Sal + + + + + + + + + + Sal + + + + + + + + - Sal + + + + + + + + + + - Sal + + + + + - Tên gen - Phân loại Chức các gen Phage tail proteins Phage minor tail protein Phage tail proteins Phage tail length tape-measure protein Phage tail proteins Phage tail assembly protein Phage tail fiber proteins Phage tail fiber protein Phage tail fiber proteins Phage tail fibers Phage tail fiber proteins Phage tail fiber assembly protein Phage capsid proteins Phage capsid and scaffold Phage capsid proteins Phage major capsid protein IbrA and IbrB: co-activators of Co-activator of prophage gene expression prophage gene expression IbrB IbrA and IbrB: co-activators of Co-activator of prophage gene expression prophage gene expression IbrA Integrons Integron integrase IntI4 Integrons Integron integrase IntI1 Phage tail proteins Phage tail protein Phage tail proteins Phage tail assembly protein Phage packaging machinery Phage-related capsid packaging protein Phage packaging machinery Phage terminase, endonuclease subunit Phage capsid proteins Phage capsid scaffolding protein Phage lysis modules Phage endolysin Phage lysis modules Phage holin Phage capsid proteins Phage head completion-stabilization protein Phage lysis modules Phage outer membrane lipoprotein Rz1 Phage lysis modules Phage spanin Rz Phage tail proteins Phage tail completion protein Phage packaging machinery Phage terminase 19 Sal 12 + + + + + + + + Sal 11 + + + + + + + + Sal + + + + + + + Sal + + + + + Sal + + + + + Sal + + + + + + + + + + + + + + + - - + + + + + + + + + + + + + + + - + + + + + + + - + + - Chú thích: + (gen có biểu hiện), - (gen khơng biểu hiện), Sal (S Indiana), Sal (S Derby), Sal (S Give), Sal (S Typhimurium S360), Sal 11 (S Typhimurium S384), Sal 12 (S Typhimurium S181) Phụ lục Các gen liên quan đến tác động bất lợi môi trường biểu mẫu nghiên cứu Phân loại Subsystem Chức Osmotic stress Osmoregulation Outer membrane protein A precursor Osmotic stress Osmoregulation Propanediol diffusion facilitator Osmotic stress Osmoregulation Osmotically inducible protein OsmY Osmotic stress Osmoregulation Glycerol uptake facilitator protein Osmoprotectant ABC transporter YehZYXW of Osmotic stress Osmoprotectant ABC transporter permease protein YehY Enterobacteriales Osmoprotectant ABC transporter YehZYXW of Osmotic stress Osmoprotectant ABC transporter inner membrane protein YehW Enterobacteriales Osmoprotectant ABC transporter YehZYXW of Osmotic stress Osmoprotectant ABC transporter binding protein YehZ Enterobacteriales Osmoprotectant ABC transporter YehZYXW of Osmotic stress Osmoprotectant ABC transporter ATP-binding subunit YehX Enterobacteriales Osmotic stress Synthesis of osmoregulated periplasmic glucans Glucans biosynthesis protein C (EC 2.1.-.-) Osmotic stress Synthesis of osmoregulated periplasmic glucans Glucans biosynthesis protein D precursor Osmotic stress Synthesis of osmoregulated periplasmic glucans Glucans biosynthesis glucosyltransferase H (EC 2.4.1.-) Osmotic stress Synthesis of osmoregulated periplasmic glucans Glucans biosynthesis protein G precursor Oxidative stress Protection from Reactive Oxygen Species Superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor (EC 1.15.1.1) Oxidative stress Protection from Reactive Oxygen Species Cytochrome c551 peroxidase (EC 1.11.1.5) Oxidative stress Protection from Reactive Oxygen Species Superoxide dismutase [Fe] (EC 1.15.1.1) Oxidative stress Oxidative stress Redox-sensitive transcriptional activator SoxR Oxidative stress Oxidative stress Alkyl hydroperoxide reductase subunit C-like protein Oxidative stress Oxidative stress Superoxide dismutase [Cu-Zn] precursor (EC 1.15.1.1) 20 Phân loại Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Subsystem Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Glutathione: Biosynthesis and gamma-glutamyl cycle Glutathione: Biosynthesis and gamma-glutamyl cycle Glutathione: Biosynthesis and gamma-glutamyl cycle Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Oxidative stress Glutathione: Non-redox reactions Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Non-redox reactions Glutathione: Redox cycle Oxidative stress Glutathione: Redox cycle Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress 21 Chức Paraquat-inducible protein B Superoxide dismutase [Fe] (EC 1.15.1.1) Ferric uptake regulation protein FUR Superoxide dismutase [Mn] (EC 1.15.1.1) Nitrite-sensitive transcriptional repressor NsrR Paraquat-inducible protein A Fumarate and nitrate reduction regulatory protein Gamma-glutamyltranspeptidase (EC 2.3.2.2) Glutathione synthetase (EC 6.3.2.3) Glutamate cysteine ligase (EC 6.3.2.2) Glutathione S-transferase, zeta (EC 2.5.1.18) Glutathione S-transferase (EC 2.5.1.18) Uncharacterized glutathione S-transferase-like protein Lactoylglutathione lyase (EC 4.4.1.5) FIG005121: SAM-dependent methyltransferase (EC 2.1.1.-) Glutathione S-transferase, omega (EC 2.5.1.18) Uncharacterized GST-like protein yghU associated with glutathionylspermidine synthetase/amidase Hydroxyacylglutathione hydrolase (EC 3.1.2.6) Probable glutathione S-transferase (EC 2.5.1.18), YfcF homolog Probable glutathione S-transferase (EC 2.5.1.18), YfcG homolog Glutathione reductase (EC 1.8.1.7) Glutaredoxin-like protein NrdH, required for reduction of Ribonucleotide reductase class Ib Phân loại Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Subsystem Glutathione: Redox cycle Glutathione: Redox cycle Glutathione: Redox cycle Glutathione: Redox cycle Oxidative stress Glutaredoxins Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress Oxidative stress* Oxidative stress Glutaredoxins Glutaredoxins Glutaredoxins Glutaredoxins* Glutathionylspermidine and Trypanothione Oxidative stress Glutathionylspermidine and Trypanothione Oxidative stress Glutathionylspermidine and Trypanothione Detoxification Uptake of selenate and selenite Detoxification Uptake of selenate and selenite Detoxification Tellurite resistance: Chromosomal determinants Detoxification Tellurite resistance: Chromosomal determinants Detoxification Tellurite resistance: Chromosomal determinants Glutathione-dependent pathway of formaldehyde detoxification Glutathione-dependent pathway of formaldehyde detoxification Detoxification Detoxification 22 Chức Glutathione peroxidase (EC 1.11.1.9) Glutaredoxin (Grx3) Glutaredoxin Glutaredoxin Glutaredoxin-like protein NrdH, required for reduction of Ribonucleotide reductase class Ib Glutaredoxin (Grx3) Glutaredoxin Glutaredoxin Cell wall endopeptidase, family M23/M37* Glutathionylspermidine amidohydrolase (EC 3.5.1.78) Uncharacterized GST-like protein yghU associated with glutathionylspermidine synthetase/amidase Glutathionylspermidine synthase (EC 6.3.1.8) Sulfate and thiosulfate import ATP-binding protein CysA (EC 3.6.3.25) DedA protein Uncharacterized membrane lipoprotein clustered with tellurite resistance proteins TehA/TehB FIG005189: putative transferase clustered with tellurite resistance proteins TehA/TehB Tellurite resistance protein TehA S-formylglutathione hydrolase (EC 3.1.2.12) S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (EC 1.1.1.284) Phân loại Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Periplasmic Stress Subsystem Chức Periplasmic Stress Response Sigma factor RpoE negative regulatory protein RseA Periplasmic Stress Response Outer membrane stress sensor protease DegS Periplasmic Stress Response Outer membrane protein H precursor Periplasmic Stress Response Intramembrane protease RasP/YluC, implicated in cell division based on FtsL cleavage Periplasmic Stress Response Sigma factor RpoE negative regulatory protein RseB precursor Periplasmic Stress Response Outer membrane stress sensor protease DegQ, serine protease Periplasmic Stress Response HtrA protease/chaperone protein Ghi chú: * Gen không biểu Sal 23