Phân tích hệ Protein huyết thanh bệnh đái tháo đường Type 2

Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng phương pháp biến tính nhiệt, sắc ký ái lực và kít loại albumin và Ig để phân đoạn protein huyết thanh bệnh nhân đái tháo đường type 2 (ĐTĐT2). Hỗn hợp protein sau khi phân đoạn được thủy phân bằng enzyme trypsin, phân tích và nhận dạng bằng sắc ký lỏng 2 chiều kết nối khối phổ (2DnanoLC ESI-MS/MS). Các protein nhận dạng trong kết quả tìm kiếm, được định danh, phân loại dưới sự hỗ trợ của các công cụ sinh tin học (ID mapping, cơ sở dữ liệu trên Swissprot...) để tiến tới xây dựng cơ sở dữ liệu hệ protein huyết thanh. Kết quả đã xác định được 468 glycoprotein, 1110 protein của phân đoạn nhiệt và 4044 protein tổng số trong 30 mẫu huyết thanh bệnh nhân ĐTĐT2 ñã nghiên cứu. Đồng thời, đã phát hiện được 26 protein liên quan đến sự phát sinh và phát triển của bệnh ĐTĐT2.

TẠP CHÍ SINH HỌC, 2012, 34(2): 253-258 PHÂN TÍCH HỆ PROTEIN HUYẾT THANH BỆNH ĐÁI THÁO ĐƯỜNG TYPE Nguyễn Thị Minh Phương*, Phạm Đức Đan, Nguyễn Bích Nhi, Phan Văn Chi Viện Cơng nghệ sinh học, (*)minhphuongibt@gmail.com TĨM TẮT: Trong nghiên cứu này, sử dụng phương pháp biến tính nhiệt, sắc ký lực kít loại albumin Ig ñể phân ñoạn protein huyết bệnh nhân ñái tháo ñường type (ĐTĐT2) Hỗn hợp protein sau phân ñoạn ñược thủy phân enzyme trypsin, phân tích nhận dạng sắc ký lỏng chiều kết nối khối phổ (2DnanoLC ESI-MS/MS) Các protein nhận dạng kết tìm kiếm, định danh, phân loại hỗ trợ công cụ sinh tin học (ID mapping, sở liệu Swissprot ) ñể tiến tới xây dựng sở liệu hệ protein huyết Kết ñã xác ñịnh ñược 468 glycoprotein, 1110 protein phân ñoạn nhiệt 4044 protein tổng số 30 mẫu huyết bệnh nhân ĐTĐT2 ñã nghiên cứu Đồng thời, ñã phát ñược 26 protein liên quan ñến phát sinh phát triển bệnh ĐTĐT2 Từ khóa: Cơ sở liệu, ñái tháo ñường type 2, hệ protein, huyết người, khối phổ MỞ ĐẦU Huyết thành phần quan trọng máu, chứa protein có nguồn gốc chức khác nhau, tác ñộng lên nhiều quan trình sinh học thể Bất kỳ thay ñổi liên quan ñến bệnh lý ñược phản ánh ña dạng ñầy ñủ hệ protein huyết [2] Vì vậy, việc sử dụng huyết cho mục đích nghiên cứu cách tiếp cận hợp lý hứa hẹn mang lại nhiều thơng tin bổ ích để phát triển cơng tác nghiên cứu, chẩn đốn, chữa trị bệnh khác như: chứng viêm nhiễm, ung thư bệnh trao ñổi chất có đái tháo đường type (ĐTĐT2) [1] Tại Việt Nam, nghiên cứu proteome huyết bệnh ĐTĐT2 ñã ñang ñược triển khai theo nhiều hướng tiếp cận khác Bên cạnh việc phân tích mức ñộ biểu hệ protein huyết bệnh ĐTĐT2 giai đoạn khác nhau, chúng tơi tiến hành xác định nhận dạng tồn hệ protein để có nhìn tổng thể proteome huyết bệnh ĐTĐT2 nói chung bệnh lý khác Bởi thay đổi bất thường số lượng, thành phần nồng ñộ protein huyết sở cho việc phát thị phân tử sinh học (biomarker) ñối với trạng thái bệnh lý [9] Trong nghiên cứu này, phương pháp biến tính nhiệt, sắc ký lực kít loại albumin Ig sử dụng để phân ñoạn protein huyết Hỗn hợp protein sau phân đoạn thủy phân enzyme trypsin, phân tích nhận dạng sắc ký lỏng chiều kết nối khối phổ (2DnanoLC ESIMS/MS) Kết ñã xác ñịnh ñược 468 glycoprotein, 1110 protein phân ñoạn nhiệt 4044 protein tổng số huyết bệnh nhân ĐTĐT2 Trong đó, xác định 26 protein liên quan ñến phát sinh phát triển bệnh ĐTĐT2 PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Vật liệu Huyết ñược thu từ máu nguyên bệnh nhân ĐTĐT2 (30 mẫu ñược lựa chọn từ 100 mẫu) giai ñoạn bệnh, lứa tuổi khác ñược tuyển chọn cung cấp bới Bệnh viện Nội tiết Trung ương, bảo quản - 80°C giã đơng nhiệt độ phòng trước sử dụng Các hóa chất sử dụng cho sắc ký lỏng nano ñều ñược cung cấp hãng có uy tín, có độ tinh cần thiết cho sinh học phân tử Hệ thống máy khối phổ QSTARXL MS/MS (AppliedBiosystem/MDS Sciex, Toronto, Canada) với trang thiết bị khác Phòng thí nghiệm trọng điểm Cơng nghệ gen, Viện Công nghệ sinh học, Viện Khoa học Cơng nghệ Việt Nam Phương pháp nghiên cứu Phân đoạn protein huyết Thu nhận glycoprotein sắc ký lực: Hỗn hợp glycoprotein huyết ñược thu nhận qua cột sắc kí lực với chất giá Sepharose-4B gắn lectin ConA theo quy trình 253 Nguyen Thi Minh Phuong, Pham Duc Dan, Nguyen Bich Nhi, Phan Van Chi mơ tả Vũ Minh Thiết nnk (2006) [10] Phân ñoạn nhiệt protein phương pháp biến tính nhiệt: Huyết trộn với đệm cân (EDTA 20 mM, Tris HCl pH 8,9 0,2 M, polyethylene glycol (PEG) 6000 7%) theo tỉ lệ 1:1 Hỗn hợp huyết ñệm ñược ủ lắc 10 phút 98oC sau để nhiệt độ phòng 10 phút Mẫu ñược ly tâm 10 phút với tốc độ 12000 vòng/phút để thu giữ phần dịch Nồng ñộ protein mẫu ñược xác ñịnh phương pháp Bradford trước tiến hành thí nghiệm Kít loại Albumin Ig: Dịch huyết loại albumin (HSA) γ-Immuglobulin (IgG) Aurum serum protein mini Kit (BioRad, Mỹ) Kít gồm có cột MicroSpin hỗn hợp Affi-Gel Blue Affi-Gel protein A Huyết hồ vào đệm Aurum đưa lên cột MicroSpin, phần khơng bám cột thu lại ly tâm 10000 vòng/phút phút Thủy phân hỗn hợp protein enzyme trypsin Hỗn hợp protein huyết sau phân đoạn làm khơ khử cầu nối disulfide dung dịch khử Dithiothreitol mM 56oC giờ, alkyl hoá gốc cysteine Iodoacetamide 20 mM nhiệt độ phòng, khơng ánh sáng giờ, sau thuỷ phân enzyme trypsin (Sigma, Mỹ) với tỷ lệ enzyme/protein 1/50 37oC 16 Hỗn hợp peptide làm khơ nhiệt ñộ phòng máy Speedvac hòa với dung dịch acid formic (FA) 0,1% ñể ngừng phản ứng Nhận dạng protein huyết sắc ký lỏng hai chiều kết nối khối phổ Hỗn hợp peptide sau thuỷ phân phân tích qua hệ thống sắc ký lỏng hai chiều cột sắc ký trao ñổi cation (SCX) chiều thứ cột ngược pha (RP-C18) chiều thứ hai Cột ngược pha C18 ñược gắn vào ñầu ñưa mẫu Silica Tip kết nối với máy khối phổ QSTARXL nguồn Nano-ESI (NanoElectrospray ionization) Phổ khối MS/MS ñược phân tích phần mềm Mascot v1.8 Cơ sở liệu dùng để tìm kiếm Mascot NCBInr, sở liệu protein toàn diện với triệu trình tự khác 254 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Phân ñoạn hệ protein huyết người Như biết, có nhiều mơ, quan đóng vai trò quan trọng phát triển bệnh ĐTĐT2 hội chứng chúng Để xác ñịnh ñược ñặc ñiểm sinh lý trình gây bệnh tạo nên phát triển bệnh tìm liệu pháp để chữa trị phải nghiên cứu nhiều Đặc biệt, phân tích đặc điểm protein đặc hiệu mơ, tế bào điều kiện giống ĐTĐ kích thích mơi trường khác dẫn tới phát triển ĐTĐ; phân tích mẫu từ bệnh nhân ĐTĐ kháng insulin sai hỏng q trình điều tiết đường so sánh chúng với cá thể khỏe mạnh Có nhiều mơ quan quan trọng liên quan ñến ĐTĐ như: tuyến tụy, gan, mô cơ, mô mỡ, thận, nước tiểu, tim nhiên, so sánh với mơ trình bày trên, huyết có nhiều thuận lợi cho nghiên cứu ñiều trị bệnh Bệnh nhân cung cấp mẫu máu tốt so với sử dụng mô sinh thiết Hơn nữa, huyết nguồn cung cấp giá trị phân tích proteomic, nơi xảy q trình sinh lý bệnh lý thể Tuy nhiên, hệ protein huyết phức tạp gồm nhiều protein hàm lượng lớn thường gây cản trở cho việc phân tích nhận dạng protein có nồng độ thấp nên việc phân ñoạn protein ñể nghiên cứu cần thiết Trong nghiên cứu này, sử dụng ba phương pháp ñể phân ñoạn protein: phương pháp biến tính nhiệt, sắc ký lực kít loại albumin IgG Nồng ñộ protein sau phân ñoạn ñược xác ñịnh phương pháp Bradford ñiện di gel SDS-PAGE 12,6% (hình ảnh điện di khơng trình bày đây) Kết cho thấy thành phần protein thu ñược, nồng ñộ albumin số protein hàm lượng lớn khác ñã giảm ñáng kể, tạo ñiều kiện thuận lợi cho việc nghiên cứu nhận diện protein có nồng độ thấp Nhận dạng, xây dựng sở liệu hệ protein huyết bệnh nhân ĐTĐT2 Xác ñịnh nhận dạng protein huyết bệnh ĐTĐT2 sắc ký lỏng hai chiều kết nối khối phổ TẠP CHÍ SINH HỌC, 2012, 34(2): 253-258 Hỗn hợp protein thu ñược sau phân ñoạn ñược kết tủa acetone lạnh với tỷ lệ protein:acetone/1:4 thể tích, để qua đêm 200C Sau hỗn hợp protein ñược thủy phân enzyme trypsin phân tích hệ thống sắc ký lỏng hai chiều nano kết nối khối phổ hỗ trợ phần mềm Mascot v1.8 liệu NCBInr với triệu trình tự khác Chỉ protein có điểm số ion peptide lớn 35 ñược xác ñịnh Trong tổng số 30 mẫu bệnh ĐTĐT2 phân tích nhận dạng, chúng tơi thu ñược có từ 100999 protein mẫu huyết nghiên cứu, tùy thuộc vào phương pháp phân ñoạn protein Các protein nhận dạng ñược bao gồm loại immunoglobin, thành phần bổ thể, protein liên kết, enzyme, thụ thể số protein khác, có phù hợp hầu hết thành phần huyết Xây dựng ngân hàng liệu hệ protein huyết bệnh ĐTĐT2 Hỗn hợp protein tổng thể, protein bền nhiệt glycoprotein huyết 30 mẫu bệnh ĐTĐT2 sau nhận dạng ñược loại bỏ protein trùng (về tên protein số ñăng ký NCBInr), chúng tơi xác định 942 glycoprotein, 1906 protein phân ñoạn nhiệt 5451 protein tổng thể Sau đó, protein tiếp tục sàng lọc theo nguyên tắc protein có số mảnh peptide bắt cặp ≥ tần số xuất mẫu ≥ ñược xác ñịnh protein hỗn hợp huyết nghiên cứu Đồng thời, hỗ trợ công cụ ID mapping sở liệu glycoprotein SwissProt [14, 15], sở liệu hệ protein huyết bệnh ĐTĐT2 Việt Nam ñã ñược xây dựng với 468 glycoprotein, 1110 protein bền nhiệt 4044 protein tổng số huyết 30 mẫu bệnh ĐTĐT2 (bao gồm giai ñoạn bệnh) Cơ sở liệu ñược thể dạng bảng liệu ñược xếp sau protein: số đăng kí protein, tên protein ñược xếp theo thứ tự ABC, số ñăng kí Uniprot protein (ñược link với trang web có đầy đủ thơng số kết nghiên cứu protein này), chức protein, vị trí protein tế bào, biến ñổi protein (nếu có) liên quan đến phát sinh, phát triển bệnh, ñặc biệt ĐTĐT2 bệnh chuyển hóa khác (nếu có) Như vậy, hệ glycoprotein (468 protein) chiếm số lượng so với hệ protein tổng thể với 4044 protein Số liệu hoàn toàn hợp lý, phần protein tạo tế bào thực cải biến sau dịch mã có q trình glycosyl hóa Kết 4044 protein tổng thể ñược nhận dạng phù hợp với cơng bố năm 2005 35 phòng thí nghiệm dự án proteome huyết tương người HUPO (Human Proteome Organization), với số lượng protein 3020 cơng bố khơng thức năm 2009, số khoảng 5000 protein huyết Đây dẫn liệu ñầu tiên sở liệu hệ protein huyết bệnh ĐTĐT2 Việt Nam Bảng Tỷ lệ protein liên quan ñến bệnh ĐTĐT2 bệnh chuyển hóa khác hệ protein huyết bệnh nhân ĐTĐT2 Cơ sở liệu Hệ protein tổng thể Hệ glycoprotein Hệ protein bền nhiệt Protein liên quan ñến bệnh ĐTĐT2 Số lượng Tổng số Tỷ lệ protein protein 22 4044 0,54% 468 1,71% 18 1110 1,67% Bên cạnh đó, sở liệu hệ protein huyết bệnh ĐTĐT2, chúng tơi phân tích xác định nhiều protein có liên quan đến tiến trình phát triển bệnh ĐTĐT2 Protein liên quan đến bệnh chuyển hóa khác Số lượng Tổng số Tỷ lệ protein protein 66 4044 1,63% 468 1,50% 25 1110 2,25% bệnh chuyển hóa khác thường biến chứng ĐTĐT2 tim mạch, béo phì Trong đó, hệ protein tổng thể có 22 protein liên quan ñến bệnh ĐTĐT2, chiếm 0,54% 66 255 Nguyen Thi Minh Phuong, Pham Duc Dan, Nguyen Bich Nhi, Phan Van Chi protein liên quan ñến số bệnh chuyển hóa khác, chiếm 1,63% Còn hệ glycoprotein 1,71% 1,51%, hệ protein bền nhiệt 1,67% 2,25% (bảng 1) Như vậy, tỷ lệ protein liên quan ñến bệnh ĐTĐT2 hệ glycoprotein cao nhất, chiếm 1,71% thấp hệ protein tổng thể với 0,54% Tỷ lệ protein liên quan ñến bệnh chuyển hóa khác cao hệ protein bền nhiệt thấp hệ glycoprotein (bảng 1) Trong số protein ñã ñược nhận dạng (ở hệ glycoprotein, hệ protein bền nhiệt hệ protein tổng thể), chúng tơi phân tích xác định 26 protein có liên quan đến tiến trình phát triển bệnh ĐTĐT2 Đáng ý, 10 protein thấy xuất kết phân tích mẫu huyết bệnh nhân ĐTĐT2 mà không thấy mẫu người bình thường (bảng 2) Bảng Số lượng protein có liên quan đến tiến trình phát triển bệnh đái tháo ñường type S TT Số ñăng ký NCBInr Tên protein Số mảnh peptide bắt cặp Vị trí Chức Biến ñổi sau dịch mã gi|556192 51C protein 10 Màng tế bào Thụ thể, enzyme Photphoryl, glycosyl hóa gi|4504661 Tế bào chất Liên kết protein Photphoryl hóa, acetyl hóa gi|11225607 17 Màng Thụ thể Glycosyl hóa gi|2506805 Thụ thể Glycosyl hóa gi|189650 gi|7549809 gi|52000783 gi|28412326 gi|1480871 10 gi|4323171 Interleukin receptor accessory protein isoform Interleukin receptor accessory protein-like Laminin subunit alpha-2 precursor Plasma cell membrane glycoprotein PC-1 Plastin Tiểu phần riboxom Màng tế bào Ngoại bào Tế bào chất 10 Nhân Sulfonylurea receptor Ty thể Type diabetes autoantigen ICA12 27 Nhân, lưới nội chất Protein phosphatase regulatory subunit 3A Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1beta-2a 51C protein (Phosphatidylinositol-3,4,5trisphosphate 5-phosphatase 2): đóng vai trò quan trọng việc điều khiển ñộ nhạy insulin Kaisaki et al (2004) [4] ñã khẳng ñịnh biến ñổi gen mã hóa cho 51C protein thật liên quan đến bệnh ĐTĐT2 Interleukin receptor accessory protein isoform: Claus M et al (2007) [3] chứng minh rằng, biểu ñối kháng interleukin receptor giảm ñảo tụy bệnh nhân ĐTĐT2 nồng độ glucose cao kích thích sản xuất interleukin β tế bào β tuyến tụy 256 18 Hoạt tính enzyme Liên kết ion canxi Hoạt tính enzyme Hoạt tính enzyme, thụ thể Enzyme oxi hóa khử Hoạt tính enzyme Glycosyl hóa Liên kết disufide Photphoryl hóa Photphoryl hóa Acetyl hóa Photphoryl hóa dẫn ñến tiết insulin giảm phát triển tế bào Sulfonylurea receptor (SUR): Thụ thể SUR hai tiểu phần thuộc họ ATP-binding cassette (ABC) SUR1 ñơn vị chức ATP sensitive potassium channel (KATP) tế bào beta KATP đóng vai trò quan trọng q trình tiết insulin Vì vậy, biến đổi xảy protein ảnh hưởng đến q trình kháng insulin, ngun nhân quan trọng dẫn ñến bệnh ĐTĐT2 [6] Laminin subunit alpha-2 precursor: TẠP CHÍ SINH HỌC, 2012, 34(2): 253-258 protein tìm thấy chất nội bào, phần protein ñược coi tiền chất ñể xây dựng quan nội bào Nghiên cứu gần ñây Tae-sun H et al (1999) chứng minh thay đổi nồng độ protein có liên quan ñến xuất bệnh ĐTĐT1 ĐTĐT2 [8] Peroxisome proliferatoractivated receptor gamma coactivator 1beta2 (PPARγ): Các thụ thể hoạt hóa sinh sản nhanh peroxisome (PPARs) yếu tố dịch mã, ñiều khiển hoạt động gen, đóng vai trò quan trọng việc điều hòa nồng độ glucose lipid Chất kích động PPARγ thường ñược sử dụng nhiều ñiều trị bệnh ĐTĐ ñể cải thiện ñộ nhạy insulin ñể ñiều hòa đường mức bình thường, thơng qua việc cải thiện trình tiết insulin [12] Plasma cell membrane glycoprotein PC-1: glycoprotein biểu nhiều mơ ức chế tín hiệu insulin mức độ thụ thể PC-1 mơ đích insulin đóng vai trò quan trọng phát triển kháng insulin bệnh nhân béo phì ĐTĐT2 Đa hình PC-1 ñược chứng minh có liên quan ñến kháng insulin, ngun nhân dẫn đến ĐTĐT2 [7] Bile salt-activated lipase: protein mã hóa gen CEL thể người Khuyết tật CEL nguyên nhân bệnh tiểu ñường khởi phát trẻ loạn rối loạn chức ngoại tiết (MODY8), gọi bệnh tiểu đường rối loạn chức tuyến tụy ngoại tiết [5] Eukaryotic translation initiation factor 2-alpha kinase 3: enzyme thể người mã hóa gen EIF2AK3 Khuyết tật EIF2AK3 nguyên nhân hội chứng Wolcott-Rallison (WRS), gọi loạn sản epiphyseal với hội chứng ĐTĐ khởi phát sớm [13] Protein phosphatase regulatory subunit 3A (PPPRS3): Đây enzyme thuộc nhóm kinase, Xia J et al (1998) chứng minh đa hình PPPRS3 liên quan ñến kháng insulin ĐTĐT2 [11] KẾT LUẬN Bằng phương pháp phân ñoạn protein kết hợp với sắc ký lỏng hai chiều kết nối khối phổ, ñã phân tích nhận dạng ñược 468 glycoprotein, 1110 protein phân ñoạn nhiệt 4044 protein tổng số từ 30 mẫu huyết bệnh nhân ĐTĐT2 Trong đó, ñã xác ñịnh ñược 26 protein có liên quan ñến phát sinh, phát triển bệnh ĐTĐT2 10 protein thấy xuất kết phân tích mẫu huyết bệnh nhân ĐTĐT2 mà không thấy mẫu người bình thường Lời cảm ơn: Cơng trình ñược ñề tài KC 0414/06-10 Đề tài Độc lập cấp Nhà nước số 03/2011 PTNTĐ/HĐ-ĐTĐL, phòng Thí nghiệm trọng ñiểm Quốc gia, Bộ Khoa học Công nghệ tài trợ TÀI LIỆU THAM KHẢO Anderson N L., Anderson N G., 2002 The human plasma proteome, history, character and diagnostic prospects Molecular & Cellular Proteomics, 1: 845-867 Anderson N L, Polanski M., Rembert P., Gatlin T., Tirumalai R S., Conrads T P., Veenstra T D, Adkins J N., Pounds J G., Fagan R., Anna L., 2004 The Human Plasma Proteome-A Nonredundant List Developed by Combination of Four Separate Sources Molecular & Cellular Proteomics, 3: 311-326 Claus M., Larsen M D., Mirjam Faulenbach M D., Allan Vaag M D., Volund A., Jan A , Ehses., Seifert B., Thomas MandrupPoulsen M D., 2007 Interleukin-1– Receptor Antagonist in Type Diabetes Mellitus N Engl J Med., 356: 1517-1526 Kaisaki P J., Delepine M., Woon P Y., Sebag-Montefiore L., Wilder S P., Menzel S., Vionnet N., Marion E., Riveline J P., Charpentier G., Schurmans S., Levy J C., Lathrop M., Farrall M., Gauguier D., 2004 Polymorphisms in type II SH2 domaincontaining inositol 5-phosphatase (INPPL1, SHIP2) are associated with physiological abnormalities of the metabolic syndrome Diabetes, 53: 1900-1904 Raeder H., Johansson S., Holm P I., Haldorsen I S., Mas E., Sbarra V., Nermoen I., Grevle L., Bjoerkhaug L., Sagen J V., Aksnes L., Soevik O., Lombardo D., 257 Nguyen Thi Minh Phuong, Pham Duc Dan, Nguyen Bich Nhi, Phan Van Chi Molven A., 2006 Mutations in the CEL VNTR cause a syndrome of diabetes and pancreatic exocrine dysfunction Njoelstad P R Nat Genet., 38: 54-62 Reis A F., Velho G., 2002 sulfonylurea receptor-1: genetic and metabolic evidences for a role in the susceptibility to type diabetes mellitus Diabetes Metab., 28: 14-19 Stefanovic V., Antic S., 2004 Plasma cell membrane glycoprotein (PC-1): a marker of insulin resistance in obesity, uremia and diabetes mellitus Clin Lab., 50(5-6): 271278 Tae-sun H., Jeffrey L., Barnes., Jennier L., and et al., 1999 Regulation of Renal Laminin in Mice with Type II Diabetes J Am Soc Nephorol., 10: 1931-1939 Tirumalai R S., Chan K., Prieto D A., Issaq H J., Thomas P., Conrads D V., 2004 Characterization of the Low Molecular Weight Human Serum Proteome SAICFrederick Inc., Laboratory of Proteomics and Analytical Technology, Mass Spectrometry Center, National Cancer Institute at Frederick, P O Box B, Frederick, MD, 21702-1201 10 Vũ Minh Thiết, Trần Thế Thành, Nguyễn Thị Minh Phương, Phan Văn Chi, 2006 Phân tích glycoprotein huyết người Tạp chí Cơng nghệ sinh học, 4(1): 13-22 11 Xia J., Scherer S W., Cohen P T W., Majer M., Xi T., Norman R A., Knowler W C., Bogardus C., Prochazka M., 1998 A common variant in PPP1R3 associated with insulin resistance and type diabetes Diabetes, 47:1519-1524 12 Yael R., Yoav S M., Guy C., Evgenia A., Arie G., Juergen E., Bart S., Michel G., Shlomo S., 2010 The Natural Protective Mechanism Against Hyperglycemia in Vascular Endothelial Cells: Roles of the Lipid Peroxidation Product 4Hydroxydodecadienal and Peroxisome Proliferator-Activated Receptor δ Diabetes, 59(4): 808-818 13 Http//www.uniprot.org 14 Http://www.uniprot.org/mapping 15 Http://us.expasy.org/sprot ANALYSIS OF SERUM PROTEOME FROM TYPE MELLITUS PATIENT Nguyen Thi Minh Phuong, Pham Duc Dan, Nguyen Bich Nhi, Phan Van Chi Institute of Biotechnology, VAST SUMMARY Serum is an exceptional and special proteome in many respects It contains a lot of essential information for the study and disease diagnosis However, the analysis of serum is analytically challenging due to the high dynamic concentration range of constituent protein species Therefore, the fractionation of serum proteome is very necessary In this study, a combination of different methods: depletion by Aurum Serum Protein MiniKit, thermostable fraction, affinity chromatography, was used to separate proteins from type diabetes mellitus (T2DM) serum The protein fractions were then digested by trypsin and analyzed by 2DnanoESI-LCMS/MS The proteins were named, classified and used to built database by using bioinformatics tools including ID mapping, Swiss-Prot It was shown that 468 glycoproteins, 1110 proteins in thermostable fraction, and totally 4044 proteins from 30 T2DM serum samples were identified Moreover, 26 proteins were found positively associated with T2DM Keywords: 2DnanoLC ESI-MS/MS, database, human serum, proteome, type diabetes mellitus Ngày nhận bài: 25-8-2011 258 ... năm 20 09, số khoảng 5000 protein huyết Đây dẫn liệu ñầu tiên sở liệu hệ protein huyết bệnh ĐTĐT2 Việt Nam Bảng Tỷ lệ protein liên quan ñến bệnh ĐTĐT2 bệnh chuyển hóa khác hệ protein huyết bệnh. .. hệ protein huyết bệnh nhân ĐTĐT2 Xác ñịnh nhận dạng protein huyết bệnh ĐTĐT2 sắc ký lỏng hai chiều kết nối khối phổ TẠP CHÍ SINH HỌC, 20 12, 34 (2) : 25 3 -25 8 Hỗn hợp protein thu ñược sau phân ñoạn... protein huyết bệnh nhân ĐTĐT2 Cơ sở liệu Hệ protein tổng thể Hệ glycoprotein Hệ protein bền nhiệt Protein liên quan ñến bệnh ĐTĐT2 Số lượng Tổng số Tỷ lệ protein protein 22 4044 0,54% 468 1,71% 18