1. Trang chủ
  2. » Tất cả

KHÓA LUẬN HC - PHƯƠNG 13-8-17 (1)

235 4 0
Tài liệu đã được kiểm tra trùng lặp

Đang tải... (xem toàn văn)

Tài liệu hạn chế xem trước, để xem đầy đủ mời bạn chọn Tải xuống

THÔNG TIN TÀI LIỆU

Cấu trúc

  • LỜI CẢM ƠN

  • TÓM TẮT

  • MỤC LỤC

  • DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

  • DANH MỤC CÁC BẢNG

  • DANH MỤC CÁC HÌNH

  • MỞ ĐẦU

    • Tính cấp thiết của đề tài

    • Mục tiêu của đề tài

  • Chương 1

  • TỔNG QUAN

    • 1.1. Tổng quan về Phong lan

      • 1.1.1. Giới thiệu về Phong lan

      • 1.1.2. Phân họ lan Hài (Cypripedioideae)

      • 1.1.3. Giới thiệu chi lan Hài Paphiopedilum

        • 1.1.3.1. Nguồn gốc của Paphiopedilum

        • 1.1.3.2. Vị trí phân loại của Paphiopedilum

        • 1.1.3.3. Phân bố địa lý của Paphiopedilum

        • 1.1.3.4. Đặc điểm sinh thái của Paphiopedilum

        • 1.1.3.5. Đặc điểm hình thái của Paphiopedilum

        • 1.1.3.6. Giá trị của lan Hài Paphiopedilum

    • 1.2. Một số vùng trình tự (locus) nhận diện loài của chi lan Hài Paphiopedilum đã được nghiên cứu

      • 1.2.1. Trên bộ gen nhân (Nuclear genome)

        • 1.2.1.1. Vùng ITS (Internal transcribed spacer)

        • 1.2.1.2. Vùng gen RAD51 (DNA repair protein RAD51)

        • 1.2.1.3. Vùng gen LFY (Leafy)

        • 1.2.1.4. Vùng gen DEF4 (Deficiens like Mads - box transcription factor)

        • 1.2.1.5. Vùng gen ACO (1 - aminocyclopropane - 1 - carboxylate oxidase)

        • 1.2.1.6. Vùng gen CHS (Chalcome synthase)

        • 1.2.1.7. Vùng gen XDH (Xanthine dehydrogenase)

        • 1.2.1.8. Vùng gen 18S (18S ribosomal RNA)

        • 1.2.1.9. Vùng gen 5S (5S ribosomal RNA)

        • 1.2.1.10. Vùng gen GLO (MADS box transcription factor GLO)

        • 1.2.1.11. Vùng gen DEF (MADS box transcription factor DEF)

        • 1.2.1.12. Vùng gen LOAE (Lanatoside 15 - O - acetylesterase)

        • 1.2.1.13. Vùng gen IFR (Isoflavone reductase - like protein)

        • 1.2.1.14. Vùng gen DFR (Dihydroflavonol - 4 - reductase)

      • 1.2.2. Trên bộ gen lục lạp (Chloroplast genome)

        • 1.2.2.1. Vùng gen matK (Maturase K)

        • 1.2.2.2. Vùng gen rbcL (Ribulose - 1,5 - bisphosphate carboxylase/ oxygenase large subunit)

        • 1.2.2.3. Vùng gen trnL (tRNA - Leu)

        • 1.2.2.4. Vùng gen ccsA (Heme attachment to plastid cytochrome c)

        • 1.2.2.5. Vùng gen accD (Acetyl - CoA carboxulase beta subunit)

        • 1.2.2.6. Vùng gen rpoC1 (RNA polymerase beta' subunit)

        • 1.2.2.7. Vùng gen rpoC2 (RNA polymerase beta″ subunit)

        • 1.2.2.8. Vùng gen rpoB (RNA polymerase beta subunit)

        • 1.2.2.9. Vùng gen ycf1 (Hypoothetical protein ycf1)

        • 1.2.2.10. Vùng gen ycf2 (Hypoothetical protein RF2)

        • 1.2.2.11. Vùng gen ndhJ (NADH - plastoquinone oxidoreductase subunit J)

        • 1.2.2.12. Vùng gen psbA (Photosystem II reaction center protein D1)

        • 1.2.2.13. Vùng gen psaB (Photosystem I P700 apoprotein A2)

        • 1.2.2.14. Vùng gen trnK (tRNA - Lys)

        • 1.2.2.15. Vùng giữa gen (Intergenic spacer - IGS) trnH-psbA

        • 1.2.2.16. Vùng giữa gen (Intergenic spacer - IGS) atpH-atpF

        • 1.2.2.17. Vùng giữa gen (Intergenic spacer - IGS) atpI-atpH

        • 1.2.2.18. Vùng giữa gen (Intergenic spacer - IGS) trnL-trnF

        • 1.2.2.19. Vùng giữa gen (Intergenic spacer - IGS) trnS-trnfM

        • 1.2.2.20. Vùng giữa gen (Intergenic spacer - IGS) trnQ-rps16

        • 1.2.2.21. Vùng giữa gen (Intergenic spacer - IGS) atpB-rbcL

        • 1.2.2.22. Vùng giữa gen (Intergenic spacer - IGS) psaA-ycf3

      • 1.2.3. Trên bộ gen ti thể (Mitochondrial genome)

        • 1.2.3.1. Vùng nad1 (NADH dehydrogenase subunit 1)

    • 1.3. Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nước

      • 1.3.1. Tình hình nghiên cứu trên thế giới

        • 1.3.1.1. Những nghiên cứu về nhận diện lan nói chung

        • 1.3.1.2. Những nghiên cứu về nhận diện các loài Paphiopedilum

      • 1.3.2. Tình hình nghiên cứu trong nước

    • 1.4. Tổng quan một số phương pháp phân loại thực vật

      • 1.4.1. Các phương pháp nhận diện không sử dụng sinh học phân tử

        • 1.4.1.1. Phương pháp hình thái học (phân loại học truyền thống)

        • 1.4.1.2. Phương pháp cổ thực vật học

        • 1.4.1.3. Phương pháp địa lý thực vật học

        • 1.4.1.4. Phương pháp hóa sinh học

        • 1.4.1.5. Phương pháp cá thể phát triển

        • 1.4.1.6. Phương pháp miễn dịch

        • 1.4.1.7. Phương pháp giải phẫu

        • 1.4.1.8. Phương pháp tế bào học

        • 1.4.1.9. Phương pháp hỗ trợ

      • 1.4.2. Các phương pháp nhận diện bằng sinh học phân tử

        • 1.4.2.1. Phương pháp điện di

        • 1.4.2.2. Phương pháp PCR (Polymerase Chain Reaction)

        • 1.4.2.3. Phương pháp RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphisms)

        • 1.4.2.4. Phương pháp AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)

        • 1.4.2.5. Phương pháp RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA)

        • 1.4.2.6. Phương pháp ISSR (Inter - Simple Sequence Repeats)

        • 1.4.2.7. Phương pháp SSR (Simple Sequence Repeats)

        • 1.4.2.8. Phương pháp SNP (Single nucleotide polymorphism)

        • 1.4.2.9. Phương pháp DarT (Diversity array Technology)

        • 1.4.2.10. Phương pháp NGS (giải trình tự thế hệ mới - Nextgeneation sequencing)

        • 1.4.2.11. Phương pháp mã vạch DNA (DNA barcode)

  • Chương 2

  • NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

    • 2.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu

    • 2.2. Nội dung nghiên cứu

    • 2.3. Vật liệu nghiên cứu

    • 2.4. Phương pháp nghiên cứu

      • 2.4.1. Thu thập và chọn lọc các trình tự của từng vùng (locus) thuộc chi lan Hài Paphiopedilum từ ngân hàng cơ sở dữ liệu GenBank

      • 2.4.2. Hiệu chỉnh trình tự (Alignment)

      • 2.4.3. Phân tích đặc điểm của trình tự

      • 2.4.4. Tính toán ma trận khoảng cách di truyền (Distance matrix) và xây dựng cây phát sinh loài (Phylogenetic tree)

        • 2.4.4.1. Tính toán ma trận khoảng cách di truyền (Distance matrix)

        • 2.4.4.2. Cây phát sinh loài (Phylogenetic tree)

      • 2.4.5. Đánh giá khả năng phân định loài dựa trên ma trận khoảng cách di truyền, cây phát sinh và các đặc điểm trình tự đã phân tích

        • 2.4.5.1. Đánh giá khả năng phân định loài của các vùng trình tự riêng lẻ (Single sequences)

        • 2.4.5.2. Đánh giá khả năng phân định loài của các vùng trình tự kết hợp (combinated sequences)

      • 2.4.6. Quản lý dữ liệu

  • Chương 3

  • KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

    • 3.1. Thu thập và chọn lọc trình tự của chi lan Hài Paphiopedilum từ GenBank

    • 3.2. Hiệu chỉnh và đánh giá mức độ đa dạng di truyền của từng locus

    • 3.3. Đánh giá khả năng phân định loài của các vùng trình tự riêng lẻ

    • 3.4. Đánh giá khả năng phân định loài của các vùng trình tự kết hợp

      • 3.4.1. Ghép 2 vùng trình tự

      • 3.4.2. Ghép 3 vùng tình tự

    • 3.5. Sử dụng thông tin đoạn chèn - đoạn mất (indel) trong nhận diện loài

  • KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ

    • Kết luận

    • Đề nghị

  • TÀI LIỆU THAM KHẢO

    • Tiếng Việt

    • Tiếng Anh

  • PHỤ LỤC

Nội dung

Ngày đăng: 25/10/2019, 20:32

TÀI LIỆU CÙNG NGƯỜI DÙNG

  • Đang cập nhật ...

TÀI LIỆU LIÊN QUAN

w