Chọn lọc một số chỉ thị SSR có mức độ đa hình cao phục vụ đánh giá đa dạng di truyền keo tai tượng (acacia mangium willd ) và keo lá tràm (acacia auriculiformis a cunn ex benth)

VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI & TÀI NGUYÊN SINH VẬT DƯƠNG THỊ HOA CHỌN LỌC MỘT SỐ CHỈ THỊ SSR CĨ MỨC ĐỘ ĐA HÌNH CAO PHỤC VỤ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN KEO TAI TƯỢNG (Acacia mangium Willd.) VÀ KEO LÁ TRÀM (Acacia auriculiformis A.Cunn ex Benth.) Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm Mã số: 60420114 LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC Hà Nội, 2014 VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI & TÀI NGUYÊN SINH VẬT DƯƠNG THỊ HOA CHỌN LỌC MỘT SỐ CHỈ THỊ SSR CĨ MỨC ĐỘ ĐA HÌNH CAO PHỤC VỤ ĐÁNH GIÁ ĐA DẠNG DI TRUYỀN KEO TAI TƯỢNG (Acacia mangium Willd.) VÀ KEO LÁ TRÀM (Acacia auriculiformis A.Cunn ex Benth.) Chuyên ngành:Sinh học thực nghiệm Mã số: 60420114 LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS HÀ HUY THỊNH TS NGHIÊM QUỲNH CHI Hà Nội, 2014 LỜI CẢM ƠN Luận văn hồn thành theo chương trình đào tạo Cao học hệ quy tập chung khóa 16 (2012 – 2014) trường Đại Học Thái Nguyên Tác giả xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành sâu sắc tới TS Hà Huy Thịnh, TS Nghiêm Quỳnh Chi, ThS Lê Sơn dành nhiều thời gian, công sức truyền đạt kiến thức, kinh nghiệm quý báu dành tình cảm tốt đẹp cho tác giả trình thực luận văn Tác giả chân thành cảm ơn phòng đào tạo Sau đại học – Viện sinh thái Tài nguyên sinh vật, thầy cô giáo, quan tâm giúp đỡ tác giả trình nghiên cứu luận văn Tác giả xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới Ban lãnh đạo Viện nghiên cứu Giống Công nghệ sinh học, bạn đồng nghiệp gia đình nhiệt tình giúp đỡ tinh thần, vật chất đóng góp nhiều ý kiến quý báu cho việc hoàn thiện luận văn Mặc dù có nhiều cố gắng, kinh nghiệm hạn chế, nên luận văn tránh khỏi thiếu sót Tác giả mong nhận ý kiến đóng góp thầy giáo đồng nghiệp Tác giả xin cam đoan số liệu kết nghiên cứu luận văn trung thực chưa sử dụng để bảo vệ học vị thơng tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Xin chân thành cảm ơn! Hà Nội, ngày tháng 12 năm 2014 Tác giả Dương Thị Hoa i MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i MỤC LỤC ii DANH MỤC CÁC BẢNG v DANH MỤC CÁC HÌNH vi DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ vii ĐẶT VẤN ĐỀ CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU NGHIÊN CỨU 1.1 Tổng quan đối tượng nghiên cứu 1.1.1 Keo tràm (Acacia auriculiformis) 1.1.2 Keo tai tượng (Acacia mangium) 1.2 Tổng quan thị SSR 1.2.1 Khái niệm thị SSR 1.2.2 Tính chất thị SSR 1.2.3 Sự phát triển mồi SSR 1.2.4 Các loại thị SSR 1.2.5 Cơ chế hình thành thị SSR 1.2.6.Vai trò thị SSR 1.2.7 Ưu điểm hạn chế thị SSR 10 1.2.8 Các phương pháp phát thị SSR 11 1.3 Ứng dụng thị phân tử với lâm nghiệp 13 1.3.1 Vai trò thị phân tử nghiên cứu cải thiện giống rừng 14 1.3.2 Một số kết ứng dụng thị phân tử với Keo tràm Keo tai tượng………………………………………………………………………… 15 1.3.2.1.Kết nghiên cứu nước………………………………………15 1.3.2.2 Kết nghiên cứu nước…………………………………………….17 CHƯƠNG 2: MỤC TIÊU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 2.1 Mục tiêu nghiên cứu 20 2.2 Nội dung nghiên cứu 20 2.3 Vật liệu nghiên cứu 20 ii Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn 2.4 Thời gian - địa điểm nghiên cứu: 20 2.5 Hóa chất thiết bị phục vụ nghiên cứu 21 2.5.1 Hóa chất tách chiết ADN 21 2.5.2 Hóa chất tiến hành phản ứng PCR 21 2.5.3 Hóa chất điện di 22 2.5.4 Trang thiết bị phục vụ nghiên cứu…………………………………… 23 2.6 Phương pháp nghiên cứu 23 2.6.1 Phương pháp tách chiết ADN 23 2.6.2 Phương pháp sàng lọc mồi đa hình cao đánh giá đa dạng di truyền24 2.6.3 Phương pháp tiến hành phản ứng PCR 25 2.6.3.1.Phương pháp PCR 26 2.6.3.2.Phương pháp PCR đa mồi (Muitlplex PCR) 26 2.6.4 Phương pháp điện di gel poly acryamide………………………… 27 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 29 3.1 Sàng lọc mồi hoạt động tốt hai loài Keo tai tượng Keo tràm 29 3.1.1 Kết tách chiết ADN cho Keo tai tượng Keo tràm 29 3.1.2.Sàng lọc mồi đa hình với số lượng mẫu nhỏ………………… .30 3.1.2 Sàng lọc mồi đa hình với số lượn g mẫu lớn….……………… 33 3.2 Hồn thiện phản ứng PCR đa mồi (multiplex PCR) 36 3.3 Đánh giá mức độ đa dạng di truyền loài nghiên cứu 38 3.3.1 Đa dạng di truyền mức độ loài 38 3.3.2 Đa dạng di truyền xuất xứ 41 3.3.2.1 Đa dạng di truyền xuất xứ Keo tràm 41 3.3.2.2 Đa dạng di truyền xuất xứ Keo tai tượng 42 CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN, TỒN TẠI VÀ KIẾN NGHỊ 48 4.1 Kết luận 48 4.2 Tồn 49 4.3 Kiến nghị 49 TÀI LIỆU THAM KHẢO 50 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn DANH MỤC CÁC TỪ VIẾT TĂT STT Viết tắt Nghĩa đầy đủ Aa Keo tràm Am Keo tai tượng Bp Base pair SSR Trình tự lặp lại đơn giản PCR Phản ứng chuỗi trùng hợp RFLP Đa hình chiều dài đoạn giới hạn Na Số alen trung bình Ho Tỉ lệ dị hợp tử quan sát He Tỉ lệ dị hợp tử mong đợi 10 Tm Nhiệt độ bắt cặp 11 P% Tỉ lệ đa hình 12 F Hệ số cố định 13 Fis Hệ số tương đồng 14 Fst Hệ số cận huyết Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng Tên bảng Trang 2.1 Thành phần phản ứng PCR 25 3.1 Kết đo nồng độ ADN OD260nm/280nm 29 3.2 Kết sàng lọc mồi phương pháp cho điểm 31 3.3 Một số cặp mồi có mức độ đa hình cao cho Keo tràm 34 3.4 Một số cặp mồi có mức độ đa hình cao cho Keo tai tượng 35 3.5 Kết hoàn thiện phản ứng PCR đa mồi 37 3.6 Đa dạng di truyền loài Keo nghiên cứu 39 3.7 Đa dạng di truyền xuất xứ Keo tràm 41 3.8 Hệ số tương đồng di truyền xuất xứ Keo tràm 43 3.9 Đa dạng di truyền xuất xứ Keo tai tượng 44 3.10 Hệ số tương dồng di truyền xuất xứ Keo tai tượng 47 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Tên hình Trang 1.1 Chỉ thị SSR (Microsatellites) 1.2 Cơ chế bắt chéo lỗi giảm phân 1.3 Cơ chế trượt lỗi trình mã 3.1 Hình ảnh điện di sản phẩm tách chiết ADN 30 3.2 Hình ảnh điện di mức điểm 32 3.3 Hình ảnh điện di mức điểm 33 3.4 Hình ảnh điện di phản ứng đa mồi nhóm 37 3.5 Hình ảnh điện di phản ứng đa mồi nhóm 38 3.6 Hình ảnh điện di phản ứng đa mồi không hoạt động tốt cho tất mồi thành phần 38 3.7 Quan hệ di truyền xuất xứ Keo tràm 46 3.8 Quan hệ di truyền xuất xứ Keo tai tượng 46 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn DANH MỤC CÁC BIỂU ĐỒ TT Tên biểu đồ Trang 3.1 Tỷ lệ đa hình đánh giá phương pháp cho điểm 3.2 Tần số alen trung bình cho locut loài Keo nghiên cứu 3.3 Đa dạng di truyền mức độ loài cho loài Keo nghiên cứu Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN vii http://www.lrc.tnu.edu.vn 32 35 39 ĐẶT VẤN ĐỀ Keo tai tượng (Acacia mangium Willd.) Keo tràm (Acacia auriculiformis A Cunn ex Benth) loài trồng rừng chủ lực chiến lược phát triển rừng đến năm 2020 khả sinh trưởng nhanh, thích nghi tốt gỗ chúng sử dụng với nhiều mục đích: gỗ xẻ (đồ mộc, gỗ xây dựng, sàn nhà ), giấy lượng Kỹ thuật thị phân tử ADN (DNA- based markers) cơng cụ hữu ích để đánh giá đa dạng di truyền, nghiên cứu tổ chức genome, đồ liên kết (linkage maps) mức độ tiến hóa nhiều loài rừng (Ahujia, 2001) Nhiều loại thị ADN sử dụng nghiên cứu RFLP (Đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn), RAPD (Đa hình chiều dài đoạn cắt giới hạn), minisatellites (chỉ thị vệ tinh) microsatellites (chỉ thị vi vệ tinh hay thị SSR).Trong đó, thị SSR sử dụng nghiên cứu đánh giá đa dạng di truyền cho nhiều loài lâm nghiệp (Jeffrey et al 2000; Wang et al 2001) Hơn nữa, thị SSR ứng dụng nghiên cứu quản lý hệ thống rừng giống, vườn giống nghiên cứu tỷ lệ giao phấn chéo, di cư gen, nhiễm phấn từ bên ngoài, nhầm lẫn rừng trồng, xác định bố mẹ lai giống xác định phả hệ cho nhiều lồi keo, bạch đàn, thơng (Butcher,1999) [20] Các nghiên cứu sử dụng thị SSR đánh giá đa dạng di truyền số loài keo giới tiến hành có kết định Nhưng việc sử dụng thị Việt Nam cho loài Keo tai tượng Keo tràm có nhiều hạn chế, đặc biệt với Keo tràm Do khả khuyếch đại mồi SSR loài keo tương đối khác nhau, thị hoạt động tốt Keo tai tượng lại không hoạt động cho Keo tràm ngược lại Một hạn chế số lượng thị SSR nghiên cứu trước chưa nhiều nên kết đem lại khơng lớn Vì thế, Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn Phụ lục 4: Kết đánh giá đa dạng di truyền xuất xứ Keo tràm phần mềm Genalex6.5 Pop ARI BNT BTR AH54 AH29 Am429 AH16 AH20 Am387 Am465 Am438 Am136 Am401 N 3 5 5 Na 4 3 1 4 Ne I 2.941 3.600 2.000 2.000 1.000 1.000 3.333 2.778 2.941 3.125 1.194 1.330 0.868 0.868 0.000 0.000 1.280 1.055 1.194 1.359 Ho 0.200 1.000 0.333 0.333 0.000 0.000 0.200 0.000 0.200 1.000 He 0.660 0.722 0.500 0.500 0.000 0.000 0.700 0.640 0.660 0.680 uHe 0.733 0.867 0.600 0.600 0.000 0.000 0.778 0.711 0.733 0.756 F N 0.697 -0.385 0.333 0.333 0.000 0.000 0.714 1.000 0.697 -0.471 4 5 5 Na 3 Ne 4.500 3.556 1.923 2.571 1.000 2.000 4.545 2.381 2.778 2.500 I 1.561 1.321 0.673 1.011 0.000 0.693 1.643 0.943 1.055 1.228 Ho He 0.667 0.750 0.800 0.333 0.000 0.000 0.800 0.400 0.000 0.400 0.778 0.719 0.480 0.611 0.000 0.500 0.780 0.580 0.640 0.600 uHe 0.933 0.821 0.533 0.733 0.000 0.571 0.867 0.644 0.711 0.667 F 0.143 -0.043 -0.667 0.455 0.000 1.000 -0.026 0.310 1.000 0.333 N 4 5 5 Na Ne 5 4 3.571 4.000 4.000 3.333 1.000 3.846 3.333 3.333 2.909 4.167 I 1.418 1.386 1.494 1.280 0.000 1.471 1.498 1.280 1.213 1.609 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn RCK Ho 1.000 1.000 1.000 0.800 0.000 0.200 0.600 0.400 0.500 0.800 He 0.720 0.750 0.750 0.700 0.000 0.740 0.700 0.700 0.656 0.760 uHe F 0.800 0.857 0.857 0.778 0.000 0.822 0.778 0.778 0.750 0.844 -0.389 -0.333 -0.333 -0.143 0.000 0.730 0.143 0.429 0.238 -0.053 N 5 3 4 Na 2 1 1 Ne 2.000 2.000 2.000 3.000 1.000 1.000 2.273 1.000 1.000 1.471 I Ho 0.693 0.693 0.693 1.099 0.000 0.000 0.950 0.000 0.000 0.500 1.000 1.000 1.000 0.667 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.400 He 0.500 0.500 0.500 0.667 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.320 uHe 0.600 0.556 0.556 0.800 0.000 0.000 0.622 0.000 0.000 0.356 -1.000 -1.000 -1.000 0.000 0.000 0.000 0.286 0.000 0.000 -0.250 N Na 5 5 5 5 4 6 Ne 6.250 2.941 1.515 3.556 1.000 5.000 5.000 1.600 3.125 8.333 I 1.887 1.221 0.639 1.321 0.000 1.696 1.696 0.562 1.359 2.164 Ho 1.000 1.000 0.400 0.750 0.000 0.600 0.600 0.500 0.600 0.800 He uHe 0.840 0.660 0.340 0.719 0.000 0.800 0.800 0.375 0.680 0.880 0.933 0.733 0.378 0.821 0.000 0.889 0.889 0.500 0.756 0.978 F -0.190 -0.515 -0.176 -0.043 0.000 0.250 0.250 -0.333 0.118 0.091 N 4 4 5 5 Na Ne I 3.200 2.133 1.600 4.000 1.000 2.174 5.000 1.385 2.174 2.500 1.255 0.900 0.562 1.494 0.000 0.898 1.696 0.451 0.898 1.228 F PVW MHD Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN http://www.lrc.tnu.edu.vn 0RO MHR JGD Ho 1.000 0.750 0.500 1.000 0.000 0.200 0.800 0.333 0.200 0.800 He 0.688 0.531 0.375 0.750 0.000 0.540 0.800 0.278 0.540 0.600 uHe F 0.786 0.607 0.429 0.857 0.000 0.600 0.889 0.333 0.600 0.667 -0.455 -0.412 -0.333 -0.333 0.000 0.630 0.000 -0.200 0.630 -0.333 N 4 5 5 Na 4 Ne 3.846 1.280 2.462 4.571 1.000 2.941 3.571 1.800 2.941 3.571 I Ho 1.366 0.377 0.974 1.560 0.000 1.194 1.314 0.637 1.221 1.418 0.600 0.250 1.000 0.250 0.000 0.200 0.400 0.667 0.600 0.800 He 0.740 0.219 0.594 0.781 0.000 0.660 0.720 0.444 0.660 0.720 uHe 0.822 0.250 0.679 0.893 0.000 0.733 0.800 0.533 0.733 0.800 F 0.189 -0.143 -0.684 0.680 0.000 0.697 0.444 -0.500 0.091 -0.111 N Na 5 5 5 5 5 4 2 Ne 2.941 1.471 2.273 2.941 1.000 2.174 2.000 1.000 2.000 3.846 I 1.194 0.500 0.950 1.194 0.000 0.898 0.693 0.000 0.693 1.366 Ho 1.000 0.400 0.800 1.000 0.000 0.400 1.000 0.000 1.000 1.000 He uHe 0.660 0.320 0.560 0.660 0.000 0.540 0.500 0.000 0.500 0.740 0.733 0.356 0.622 0.733 0.000 0.600 0.556 0.000 0.556 0.822 F -0.515 -0.250 -0.429 -0.515 0.000 0.259 -1.000 0.000 -1.000 -0.351 N 5 5 5 5 5 Na 4 3 3 Ne I 2.632 3.846 3.846 2.632 1.000 2.381 1.000 2.778 2.632 5.556 1.030 1.366 1.366 1.030 0.000 0.943 0.000 1.055 1.030 1.748 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 10 http://www.lrc.tnu.edu.vn MRV DRV GWC Ho 0.600 1.000 1.000 0.600 0.000 0.200 0.000 0.400 1.000 1.000 He 0.620 0.740 0.740 0.620 0.000 0.580 0.000 0.640 0.620 0.820 uHe F 0.689 0.822 0.822 0.689 0.000 0.644 0.000 0.711 0.689 0.911 0.032 -0.351 -0.351 0.032 0.000 0.655 0.000 0.375 -0.613 -0.220 N 5 5 5 5 Na 4 3 Ne 3.846 5.556 5.000 3.333 1.000 2.909 1.515 1.852 2.273 5.556 I Ho 1.471 1.834 1.696 1.280 0.000 1.213 0.639 0.802 0.950 1.834 0.400 0.800 0.600 0.400 0.000 0.750 0.200 0.400 0.800 1.000 He 0.740 0.820 0.800 0.700 0.000 0.656 0.340 0.460 0.560 0.820 uHe 0.822 0.911 0.889 0.778 0.000 0.750 0.378 0.511 0.622 0.911 F 0.459 0.024 0.250 0.429 0.000 -0.143 0.412 0.130 -0.429 -0.220 N Na 5 4 5 5 5 4 Ne 1.684 4.167 2.941 3.200 1.280 2.941 1.000 1.724 1.852 6.250 I 0.736 1.505 1.221 1.255 0.377 1.221 0.000 0.611 0.802 1.887 Ho 0.250 1.000 0.400 0.750 0.250 0.600 0.000 0.600 0.600 1.000 He uHe 0.406 0.760 0.660 0.688 0.219 0.660 0.000 0.420 0.460 0.840 0.464 0.844 0.733 0.786 0.250 0.733 0.000 0.467 0.511 0.933 F 0.385 -0.316 0.394 -0.091 -0.143 0.091 0.000 -0.429 -0.304 -0.190 N 5 5 5 5 Na 3 2 Ne I 4.167 2.174 2.174 4.167 1.000 3.333 1.923 1.280 2.381 6.250 1.505 0.898 0.898 1.505 0.000 1.280 0.673 0.377 1.089 1.973 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 11 http://www.lrc.tnu.edu.vn SAR Ho 0.600 0.600 0.600 1.000 0.000 0.800 0.000 0.250 0.800 1.000 He 0.760 0.540 0.540 0.760 0.000 0.700 0.480 0.219 0.580 0.840 uHe F 0.844 0.600 0.600 0.844 0.000 0.778 0.533 0.250 0.644 0.933 0.211 -0.111 -0.111 -0.316 0.000 -0.143 1.000 -0.143 -0.379 -0.190 N 5 5 5 5 5 Na 3 4 Ne 2.381 2.941 3.571 2.174 1.000 3.333 1.923 2.174 1.724 6.250 I Ho 0.943 1.089 1.332 0.898 0.000 1.280 0.673 0.898 0.611 1.887 0.800 0.400 0.800 0.600 0.000 0.600 0.800 0.400 0.600 0.800 He 0.580 0.660 0.720 0.540 0.000 0.700 0.480 0.540 0.420 0.840 uHe 0.644 0.733 0.800 0.600 0.000 0.778 0.533 0.600 0.467 0.933 -0.379 0.394 -0.111 -0.111 0.000 0.143 -0.667 0.259 -0.429 0.048 N Na 5 5 5 5 5 5 5 Ne 4.545 2.000 2.632 2.941 1.515 3.125 3.846 4.545 2.000 4.167 I 1.557 0.693 1.030 1.221 0.639 1.359 1.471 1.557 0.693 1.505 Ho 1.000 0.200 0.600 0.600 0.200 0.800 0.600 1.000 1.000 1.000 He uHe 0.780 0.500 0.620 0.660 0.340 0.680 0.740 0.780 0.500 0.760 0.867 0.556 0.689 0.733 0.378 0.756 0.822 0.867 0.556 0.844 F -0.282 0.600 0.032 0.091 0.412 -0.176 0.189 -0.282 -1.000 -0.316 N 5 5 5 5 5 Na 1 3 Ne I 2.000 5.000 3.846 1.000 1.000 2.381 1.852 1.852 2.381 7.143 0.693 1.696 1.471 0.000 0.000 1.089 0.802 0.802 0.943 2.025 F ORV MBN Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 12 http://www.lrc.tnu.edu.vn BSW Ho 1.000 0.800 0.600 0.000 0.000 0.600 0.200 0.600 1.000 1.000 He 0.500 0.800 0.740 0.000 0.000 0.580 0.460 0.460 0.580 0.860 uHe F 0.556 0.889 0.822 0.000 0.000 0.644 0.511 0.511 0.644 0.956 -1.000 0.000 0.189 0.000 0.000 -0.034 0.565 -0.304 -0.724 -0.163 N 5 5 5 5 5 Na 1 4 3 Ne 2.000 5.000 4.167 1.000 1.000 2.941 3.846 1.724 2.381 2.381 I Ho 0.693 1.696 1.505 0.000 0.000 1.221 1.366 0.611 0.943 0.943 1.000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.600 0.600 0.200 1.000 1.000 He 0.500 0.800 0.760 0.000 0.000 0.660 0.740 0.420 0.580 0.580 uHe 0.556 0.889 0.844 0.000 0.000 0.733 0.822 0.467 0.644 0.644 -1.000 -0.250 -0.316 0.000 0.000 0.091 0.189 0.524 -0.724 -0.724 N Na 5 5 5 5 5 1 4 Ne 2.000 3.846 4.167 1.000 1.000 1.923 2.632 2.941 1.852 5.000 I 0.693 1.471 1.609 0.000 0.000 0.940 1.030 1.221 0.802 1.696 Ho 1.000 0.400 0.400 0.000 0.000 0.600 0.600 0.800 0.600 1.000 He uHe 0.500 0.740 0.760 0.000 0.000 0.480 0.620 0.660 0.460 0.800 0.556 0.822 0.844 0.000 0.000 0.533 0.689 0.733 0.511 0.889 -1.000 0.459 0.474 0.000 0.000 -0.250 0.032 -0.212 -0.304 -0.250 F PRV F Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 13 http://www.lrc.tnu.edu.vn Phụ lục 5: Kết chọn lọc đánh giá đa dạng di truyền xuất xứ Keo tai tượng phần mềm Genalex6.5 Pop AVW1 BAR BNT AH54 AH29 Am429 AH16 AH20 Am387 Am465 Am438 Am136 Am401 N 5 5 5 5 Na 2 Ne 2.381 2.000 2.000 2.174 1.923 1.000 5.000 1.000 1.220 8.333 I 0.943 0.693 0.693 0.898 0.673 0.000 1.696 0.000 0.325 2.164 Ho He 1.000 1.000 1.000 0.600 0.800 0.000 0.800 0.000 0.200 1.000 0.580 0.500 0.500 0.540 0.480 0.000 0.800 0.000 0.180 0.880 uHe 0.644 0.571 0.556 0.600 0.533 0.000 0.889 0.000 0.200 0.978 F -0.724 -1.000 -1.000 -0.111 -0.667 0.000 0.000 0.000 -0.111 -0.136 N 5 4 5 Na Ne 3 3 2.571 1.882 2.778 2.273 2.462 2.909 2.500 1.000 1.882 5.556 I 1.011 0.662 1.055 0.950 0.974 1.213 1.228 0.000 0.662 1.834 Ho 1.000 0.750 0.400 0.400 1.000 0.750 0.800 0.000 0.750 0.600 He 0.611 0.469 0.640 0.560 0.594 0.656 0.600 0.000 0.469 0.820 uHe F 0.733 0.536 0.711 0.622 0.679 0.750 0.667 0.000 0.536 0.911 -0.636 -0.600 0.375 0.286 -0.684 -0.143 -0.333 0.000 -0.600 0.268 N 4 5 5 5 5 Na 3 5 Ne 2.667 1.882 1.852 1.852 3.846 1.220 3.571 1.220 1.000 5.556 I 1.040 0.662 0.802 0.802 1.471 0.325 1.418 0.325 0.000 1.748 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 14 http://www.lrc.tnu.edu.vn CRV Ho 0.750 0.750 0.200 0.600 1.000 0.200 0.800 0.200 0.000 0.600 He 0.625 0.469 0.460 0.460 0.740 0.180 0.720 0.180 0.000 0.820 uHe F 0.714 0.536 0.511 0.511 0.822 0.200 0.800 0.200 0.000 0.911 -0.200 -0.600 0.565 -0.304 -0.351 -0.111 -0.111 -0.111 0.000 0.268 N 4 5 5 5 Na 2 2 2 Ne 2.000 2.000 1.600 2.000 1.923 1.220 2.632 1.923 1.000 8.333 I Ho 0.693 0.693 0.562 0.693 0.673 0.325 1.030 0.673 0.000 2.164 1.000 1.000 0.500 1.000 0.800 0.200 0.600 0.800 0.000 1.000 He 0.500 0.500 0.375 0.500 0.480 0.180 0.620 0.480 0.000 0.880 uHe 0.556 0.571 0.429 0.571 0.533 0.200 0.689 0.533 0.000 0.978 -1.000 -1.000 -0.333 -1.000 -0.667 -0.111 0.032 -0.667 0.000 -0.136 N Na 4 5 5 5 4 1 Ne 2.909 2.000 1.000 3.846 2.909 2.632 3.600 1.000 1.000 5.556 I 1.213 0.693 0.000 1.471 1.213 1.030 1.330 0.000 0.000 1.748 Ho 1.000 1.000 0.000 0.600 1.000 1.000 1.000 0.000 0.000 1.000 He uHe 0.656 0.500 0.000 0.740 0.656 0.620 0.722 0.000 0.000 0.820 0.750 0.571 0.000 0.822 0.750 0.689 0.867 0.000 0.000 0.911 F -0.524 -1.000 0.000 0.189 -0.524 -0.613 -0.385 0.000 0.000 -0.220 N 5 5 5 5 5 Na 3 3 2 Ne I 2.174 1.923 2.174 1.220 2.381 2.632 2.000 1.000 2.000 4.167 0.898 0.673 0.898 0.325 0.943 1.030 0.693 0.000 0.693 1.609 F ERC KKRM Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 15 http://www.lrc.tnu.edu.vn MHD Ho 0.800 0.800 0.800 0.200 1.000 0.800 1.000 0.000 0.600 1.000 He 0.540 0.480 0.540 0.180 0.580 0.620 0.500 0.000 0.500 0.760 uHe F 0.600 0.533 0.600 0.200 0.644 0.689 0.556 0.000 0.556 0.844 -0.481 -0.667 -0.481 -0.111 -0.724 -0.290 -1.000 0.000 -0.200 -0.316 N 5 5 5 Na 2 2 Ne 2.000 2.571 3.333 1.882 1.923 1.220 5.556 1.220 1.220 4.167 I Ho 0.693 1.011 1.280 0.662 0.673 0.325 1.748 0.325 0.325 1.505 1.000 1.000 1.000 0.750 0.800 0.200 0.800 0.200 0.200 0.800 He 0.500 0.611 0.700 0.469 0.480 0.180 0.820 0.180 0.180 0.760 uHe 0.571 0.733 0.778 0.536 0.533 0.200 0.911 0.200 0.200 0.844 -1.000 -0.636 -0.429 -0.600 -0.667 -0.111 0.024 -0.111 -0.111 -0.053 N Na 5 5 5 3 2 1 Ne 2.778 2.000 2.000 1.515 2.000 1.220 3.200 1.000 1.000 5.556 I 1.168 0.693 0.868 0.639 0.693 0.325 1.386 0.000 0.000 1.834 Ho 0.400 1.000 0.333 0.400 1.000 0.200 0.750 0.000 0.000 1.000 He uHe 0.640 0.500 0.500 0.340 0.500 0.180 0.688 0.000 0.000 0.820 0.711 0.571 0.600 0.378 0.556 0.200 0.786 0.000 0.000 0.911 F 0.375 -1.000 0.333 -0.176 -1.000 -0.111 -0.091 0.000 0.000 -0.220 N 5 5 5 5 Na 3 2 1 Ne I 2.778 1.800 2.778 1.923 2.381 1.220 1.600 1.000 1.000 1.515 1.168 0.637 1.055 0.673 0.943 0.325 0.562 0.000 0.000 0.639 F NSW SRT Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 16 http://www.lrc.tnu.edu.vn WMH Ho 1.000 0.667 0.400 0.800 1.000 0.200 0.000 0.000 0.000 0.400 He 0.640 0.444 0.640 0.480 0.580 0.180 0.375 0.000 0.000 0.340 uHe F 0.711 0.533 0.711 0.533 0.644 0.200 0.429 0.000 0.000 0.378 -0.563 -0.500 0.375 -0.667 -0.724 -0.111 1.000 0.000 0.000 -0.176 N 5 5 5 5 Na 3 3 2 Ne 2.462 2.174 2.174 2.462 2.381 1.220 1.923 1.000 2.000 2.500 I Ho 0.974 0.898 0.898 0.974 0.943 0.325 0.673 0.000 0.693 1.228 0.750 0.800 0.800 1.000 1.000 0.200 0.800 0.000 1.000 0.800 He 0.594 0.540 0.540 0.594 0.580 0.180 0.480 0.000 0.500 0.600 uHe 0.679 0.600 0.600 0.679 0.644 0.200 0.533 0.000 0.556 0.667 -0.263 -0.481 -0.481 -0.684 -0.724 -0.111 -0.667 0.000 -1.000 -0.333 N Na 3 5 5 3 Ne 2.571 2.909 2.174 1.800 2.000 2.133 5.556 1.000 1.852 4.545 I 1.011 1.213 0.898 0.637 0.868 0.900 1.834 0.000 0.802 1.557 Ho 0.667 0.500 0.400 0.000 0.667 0.250 0.600 0.000 0.200 1.000 He uHe 0.611 0.656 0.540 0.444 0.500 0.531 0.820 0.000 0.460 0.780 0.733 0.750 0.600 0.533 0.600 0.607 0.911 0.000 0.511 0.867 F -0.091 0.238 0.259 1.000 -0.333 0.529 0.268 0.000 0.565 -0.282 N 2 5 Na 2 2 1 Ne I 1.800 2.667 1.923 1.600 2.000 2.000 2.500 1.000 1.000 6.250 0.637 1.040 0.673 0.562 0.693 0.693 1.228 0.000 0.000 1.887 F SEM LCI Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 17 http://www.lrc.tnu.edu.vn TMB Ho 0.000 0.500 0.000 0.500 1.000 1.000 0.400 0.000 0.000 1.000 He 0.444 0.625 0.480 0.375 0.500 0.500 0.600 0.000 0.000 0.840 uHe F 0.533 0.833 0.533 0.500 0.667 0.667 0.667 0.000 0.000 0.933 1.000 0.200 1.000 -0.333 -1.000 -1.000 0.333 0.000 0.000 -0.190 N 5 4 5 5 Na 4 2 Ne 2.941 2.778 1.923 2.462 2.000 1.280 4.167 1.220 1.000 7.143 I Ho 1.194 1.168 0.940 0.974 0.693 0.377 1.505 0.325 0.000 2.025 1.000 1.000 0.600 1.000 1.000 0.250 0.800 0.200 0.000 1.000 He 0.660 0.640 0.480 0.594 0.500 0.219 0.760 0.180 0.000 0.860 uHe 0.733 0.711 0.533 0.679 0.571 0.250 0.844 0.200 0.000 0.956 -0.515 -0.563 -0.250 -0.684 -1.000 -0.143 -0.053 -0.111 0.000 -0.163 N Na 5 3 5 5 4 2 Ne 3.333 3.571 3.846 1.800 1.385 1.684 4.167 1.000 1.724 2.941 I 1.280 1.314 1.366 0.637 0.451 0.736 1.505 0.000 0.611 1.194 Ho 0.800 0.800 0.600 0.667 0.333 0.250 1.000 0.000 0.600 1.000 He uHe 0.700 0.720 0.740 0.444 0.278 0.406 0.760 0.000 0.420 0.660 0.778 0.800 0.822 0.533 0.333 0.464 0.844 0.000 0.467 0.733 F -0.143 -0.111 0.189 -0.500 -0.200 0.385 -0.316 0.000 -0.429 -0.515 N 5 3 5 Na 2 3 2 Ne I 2.941 1.220 1.923 3.600 2.571 2.133 4.000 1.220 1.220 7.143 1.194 0.325 0.673 1.330 1.011 0.900 1.386 0.325 0.325 2.025 F ABF BSW Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 18 http://www.lrc.tnu.edu.vn MLM KVO WSA Ho 1.000 0.200 0.000 1.000 1.000 0.250 1.000 0.200 0.200 1.000 He 0.660 0.180 0.480 0.722 0.611 0.531 0.750 0.180 0.180 0.860 uHe F 0.733 0.200 0.533 0.867 0.733 0.607 1.000 0.200 0.200 0.956 -0.515 -0.111 1.000 -0.385 -0.636 0.529 -0.333 -0.111 -0.111 -0.163 N 3 4 5 5 Na 3 5 2 Ne 4.500 2.000 2.778 3.200 3.200 1.000 4.545 1.471 1.220 7.143 I Ho 1.561 0.868 1.055 1.386 1.386 0.000 1.557 0.500 0.325 2.025 0.667 0.667 0.400 0.750 1.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.600 He 0.778 0.500 0.640 0.688 0.688 0.000 0.780 0.320 0.180 0.860 uHe 0.933 0.600 0.711 0.786 0.786 0.000 0.867 0.356 0.200 0.956 F 0.143 -0.333 0.375 -0.091 -0.455 -0.026 1.000 -0.111 0.302 N Na 4 5 5 3 2 Ne 1.000 2.000 2.000 1.882 2.462 1.385 5.000 1.923 1.471 5.000 I 0.000 0.693 0.868 0.662 0.974 0.451 1.696 0.673 0.500 1.696 Ho 0.000 1.000 0.333 0.750 1.000 0.333 0.800 0.000 0.400 1.000 He uHe 0.000 0.500 0.500 0.469 0.594 0.278 0.800 0.480 0.320 0.800 0.000 0.571 0.600 0.536 0.679 0.333 0.889 0.533 0.356 0.889 F 0.000 -1.000 0.333 -0.600 -0.684 -0.200 0.000 1.000 -0.250 -0.250 N 5 5 4 5 Na 3 3 2 Ne I 5.000 2.462 2.273 5.556 2.778 2.667 2.667 1.600 1.471 5.000 1.696 0.974 0.950 1.748 1.168 1.040 1.040 0.562 0.500 1.696 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 19 #N/A http://www.lrc.tnu.edu.vn RCW MKP LMW Ho 1.000 1.000 0.400 1.000 1.000 0.000 0.500 0.500 0.400 1.000 He 0.800 0.594 0.560 0.820 0.640 0.625 0.625 0.375 0.320 0.800 uHe F 0.889 0.679 0.622 0.911 0.711 0.714 0.833 0.429 0.356 0.889 -0.250 -0.684 0.286 -0.220 -0.563 1.000 0.200 -0.333 -0.250 -0.250 N 5 4 4 5 Na 4 3 Ne 1.923 1.000 2.133 2.909 2.571 2.133 2.909 1.000 1.515 2.500 I Ho 0.940 0.000 0.900 1.213 1.011 0.900 1.213 0.000 0.639 1.228 0.400 0.000 0.250 0.500 1.000 0.250 0.750 0.000 0.200 0.600 He 0.480 0.000 0.531 0.656 0.611 0.531 0.656 0.000 0.340 0.600 uHe 0.533 0.000 0.607 0.750 0.733 0.607 0.750 0.000 0.378 0.667 F 0.167 0.529 0.238 -0.636 0.529 -0.143 0.000 0.412 0.000 #N/A N Na 4 3 4 3 3 4 Ne 1.600 2.000 2.462 2.462 2.381 1.000 3.600 2.381 1.684 4.571 I 0.562 0.868 0.974 0.974 0.943 0.000 1.330 1.089 0.736 1.560 Ho 0.000 0.667 0.500 1.000 1.000 0.000 0.333 0.200 0.250 1.000 He uHe 0.375 0.500 0.594 0.594 0.580 0.000 0.722 0.580 0.406 0.781 0.429 0.600 0.679 0.679 0.644 0.000 0.867 0.644 0.464 0.893 F 1.000 -0.333 0.158 -0.684 -0.724 0.000 0.538 0.655 0.385 -0.280 N 3 4 4 5 Na 2 2 Ne I 1.000 1.385 1.923 2.000 2.000 2.462 4.571 1.220 1.515 7.143 0.000 0.451 0.673 0.693 0.693 0.974 1.667 0.325 0.639 2.025 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 20 http://www.lrc.tnu.edu.vn BWP WAP LTY Ho 0.000 0.333 0.000 1.000 1.000 1.000 0.750 0.200 0.400 1.000 He 0.000 0.278 0.480 0.500 0.500 0.594 0.781 0.180 0.340 0.860 uHe F 0.000 0.333 0.533 0.571 0.571 0.679 0.893 0.200 0.378 0.956 0.000 -0.200 1.000 -1.000 -1.000 -0.684 0.040 -0.111 -0.176 -0.163 N 4 4 5 Na 3 4 Ne 2.000 0.000 1.600 2.462 2.462 2.000 3.846 1.515 2.909 4.545 I Ho 0.868 0.000 0.562 0.974 0.974 0.693 1.366 0.639 1.213 1.557 0.333 0.000 0.500 1.000 1.000 0.000 1.000 0.200 0.250 1.000 He 0.500 0.000 0.375 0.594 0.594 0.500 0.740 0.340 0.656 0.780 uHe 0.600 0.000 0.429 0.679 0.679 0.571 0.822 0.378 0.750 0.867 F 0.333 -0.333 -0.684 -0.684 1.000 -0.351 0.412 0.619 -0.282 N Na 4 5 5 5 4 10 Ne 1.684 3.200 2.632 3.200 2.381 5.556 4.000 1.852 1.923 10.000 I 0.736 1.255 1.030 1.255 0.943 1.748 1.494 0.802 0.940 2.303 Ho 0.250 0.500 0.400 1.000 1.000 0.400 0.750 0.200 0.400 1.000 He uHe 0.406 0.688 0.620 0.688 0.580 0.820 0.750 0.460 0.480 0.900 0.464 0.786 0.689 0.786 0.644 0.911 0.857 0.511 0.533 1.000 F 0.385 0.273 0.355 -0.455 -0.724 0.512 0.000 0.565 0.167 -0.111 N 3 5 5 Na 4 3 2 10 Ne I 4.500 3.333 1.600 3.600 2.571 2.571 6.250 1.220 1.471 10.000 1.561 1.280 0.562 1.330 1.011 1.011 1.887 0.325 0.500 2.303 Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 21 http://www.lrc.tnu.edu.vn WPO Ho 0.667 0.800 0.000 1.000 1.000 0.333 1.000 0.200 0.000 1.000 He 0.778 0.700 0.375 0.722 0.611 0.611 0.840 0.180 0.320 0.900 uHe F 0.933 0.778 0.429 0.867 0.733 0.733 0.933 0.200 0.356 1.000 0.143 -0.143 1.000 -0.385 -0.636 0.455 -0.190 -0.111 1.000 -0.111 N 5 4 4 Na 3 2 Ne 3.556 2.000 1.852 2.462 1.600 1.684 3.600 1.220 1.280 4.571 I Ho 1.321 0.693 0.802 0.974 0.562 0.736 1.330 0.325 0.377 1.667 1.000 1.000 0.400 1.000 0.500 0.250 0.333 0.200 0.250 1.000 He 0.719 0.500 0.460 0.594 0.375 0.406 0.722 0.180 0.219 0.781 uHe 0.821 0.556 0.511 0.679 0.429 0.464 0.867 0.200 0.250 0.893 -0.391 -1.000 0.130 -0.684 -0.333 0.385 0.538 -0.111 -0.143 -0.280 F Số hóa Trung tâm Học liệu – ĐHTN 22 http://www.lrc.tnu.edu.vn ... - Chọn lọc - 10 thị SSR có mức độ a hình cao hoạt động tốt loài Keo tai tượng (Acacia mangium) Keo tràm (Acacia auriculiformis) - Xác định mức độ a dạng di truyền cho loài Keo tràm Keo tai tượng. .. KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI & TÀI NGUYÊN SINH VẬT DƯƠNG THỊ HOA CHỌN LỌC MỘT SỐ CHỈ THỊ SSR CĨ MỨC ĐỘ A HÌNH CAO PHỤC VỤ ĐÁNH GIÁ A DẠNG DI TRUYỀN KEO TAI TƯỢNG (Acacia. .. SSR có tính a hình khuếch đại phản ứng PCR cho hai loài Keo tai tượng Keo tràm mang lại nhiều ý ngh a Từ sở trên, đề tài Chọn lọc số thị SSR có mức độ a hình cao phục vụ đánh giá a dạng di truyền