Chuẩn hóa quy trình tách chiết DNA từ hạt tiêu xanh

New Text Document.txt Chuẩn hóa quy trình tách chiết DNA từ hạt tiêu xanh Bùi Nhật Trường Trần Hồng Bảo Quyên (Giảng Viên Hướng Dẫn) Tp.HCM, 08/2012 Page PHIẾU GIAO ĐỒ ÁN Khoa: Khoa Môi Trường Và Công Nghệ Sinh Học PHIẾU GIAO ĐỀ TÀI ĐỒ ÁN (Phiếu dán trang báo cáo ĐA/KLTN) Họ tên sinh viên: Bùi Nhật Trường ô Tên đề tài ệs ọ ọ p â ó Các liệu ban đầu : Các yêu cầu chủ yếu : Kết tối thiểu phải có: â 1) p p p ó ệ 2) 3) 4) ề …… /…… /……… pb …… /…… /……… TP HCM, ngày … tháng … năm ……… Chủ nhiệm ngành Giảng viên hướng dẫn (Ký ghi rõ họ tên) (Ký ghi rõ họ tên) Giảng viên hướng dẫn phụ (Ký ghi rõ họ tên) LỜI CAM ĐOAN ô ậ b â , ô s M ệ ệ e - e p ò R& ệ ữ, ă ệp p ò ấ à ô s s s ọ p â ô ổp s , ô ậ ă k ẳ ị ềs TP HCM, à 30 07 ă ù 2012 ệ ậ ờng LỜI CẢM ƠN ,e ô ổ p ệ ậ Lờ ô ă ấ e - e k , k ô ã sở ề ệ p ù , e ô kịp k ók ă ập p ô ệ ô sâ s ệ e ề k s , pe ă k ô b ệ ậ ô â à e ọ b ù ổ , ã ó ọ , ã ô ã e ệ ị ô ọ ă ệ ễ gian qua ọ , e ô ô , ềk sâ s p e , b s ệ ấ ề ậ b ấ bè, , ữ ể ệ ù ậ MỤC LỤC P IẾU I O ĐỒ Á i LỜI ẢM Ơ iii M vii M Ả M viii Ữ IẾ Ắ ix MỞ ĐẦU ƯƠ 11 Ổ U ệ ề â 111 112 P â 113 .6 ấ 1 Đặ ể 115 s ọ 11 ị â 12 12 k Đị í , ị 131 ậ 132 ậ 14 ậ ậ 14 A 15 15 ệ 15 ậ P R 16 ƯƠ 21 212 ậ Ậ LIỆU À P ƯƠ P ÁP 17 ệ 18 ó 213 ấ 18 bị, ụ ù ậ ụ 19 MSSV: 0851110265 Trang iv 22 P p p 20 221 k ậ ù ề 20 2212 20 2212 ậ 2213 ậ 2214 ậ P R 25 2215 23 ệ 24 k 26 222 P p pb í í ệ 26 2222 í ệ s 2223 í ệ s 2224 í ệ s 2225 í ệ s 2226 í ệ s 2227 s p ệ 27 27 í k ă p 28 s P I, I 28 ị 29 30 222 í k 30 222 í ệ Ế ƯƠ 31 ệ í ể k ù UẢ À I b ệ ệ k s 312 í ệ k s 313 í ệ k s 314 í ệ k s 315 í ệ k s 316 í ệ k s P R 30 32 í ậ í ẢO LUẬ 31 311 ù ă ấ p 32 ấ p ệ 33 35 k 37 ă s ấ P I, CI 39 40 MSSV: 0851110265 Trang v 317 í 32 kể 33 k ƯƠ ệ k k Ế LUẬ ă ù s í p 44 í k I À b IẾ 45 P R 47 48 41 ậ 49 42 ị 49 ÀI LIỆU P L M ẢO 50 53 ù ậ MSSV: 0851110265 Trang vi ANH MỤC H NH 11 ô Piper nigrum ( ệ ) .7 12 ó ă 12 21 18 2 M s ụ ụ bị ể 19 23 s b 20 24 ô 25 ô 27 ô ô p b b I P I 21 21 b b O 70 22 23 O 100 ( ) b Isopropanol (B) 29 31 ấ p ổ ệ à ấ p 34 ổ í ệ ệ í 36 p 34 ệ ổ k s ệ 36 ệ p p p 39 37 ổ ổ ệ K 11 H ệ 32 32 s àk í ệ 13 ệ ệ k ổ 14 ù í ệ ậ s e ấ s 41 42 43 í p s p p 45 ệ P Rk MSSV: 0851110265 kể ù 46 I 47 Trang vii ANH MỤC BẢNG ng Tên gọi h tiêu gi i ng Thành hần c b n h t tiêu 10 ng Thành hần hoá ch t PC m u NA tách h tiêu 25 ng tr th nghi m h o át n ng đ hoá ch t há màng 27 ng tr th nghi m h o át nhi t đ ủ 28 ng ng b tr th nghi m th i gian ủ m u 28 ng tr th nghi m h o át h tinh ng tr th nghi m h o át n ng đ i o ro ano 29 ng tr th nghi m h o át n ng đ ch PC C 28 t H 29 ng tr th nghi m th i gian tủa 30 ng tr th nghi m h o iểm tra quy tr nh ng Kết qu đo quang t tinh o i m u h tiêu 30 ch hoá ch t há màng 32 ng Kết qu đo quang tư ng ng v i n ng đ hoá ch t há màng 33 ng Kết qu đo quang th nghi m h o át nhi t đ ủ 37 ng Kết qu th nghi m h o át th i gian ủ 39 ng ng ết qu đo quang th nghi m h o át tinh ch PC , C 39 ng Kết qu đo quang th nghi m tủa b ng i o ro ano 41 ng Kết qu đo quang th nghi m tủa b ng thano % 42 ng Kết qu đo quang th nghi m h o át th i gian tủa 44 ng Kết qu đo quang th nghi m iểm tra quy tr nh 46 ù ậ MSSV: 0851110265 Trang viii DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT CI : Chloroform : Iso Amyl Alcohol (24:1) CTAB : Hexadecyl trimethyl-ammonium bromide DNA : Deoxyribonucleic acid IISR : The Indian Institute of Spices Research P MIN (MI U ) PCI : Phenol: Chloroform : Iso Amyl Alcohol (25:24:1) Q1 : RNA : Ribonucleic acid RADP : Random amplified polymorphic DNA SCAR : Sequence confirmed amplified region TBE : Đệ dNTPs : Deoxynucleotide Triphosphates k PrF M PrR M Taq ô ù ệ : Taq polymerase ể í V OD : Optical density ù ậ MSSV: 0851110265 Trang ix http://ndhmoney.vn/web/guest/s17/-/journal_content/tang-du-bao-kim-ngach-xuatkhau-ho-tieu-len-742-3-trieu-usd 23 í http://baodientu.chinhphu.vn/Home/Kim-ngach-xuat-khau-ho-tieu-co-the-tang-kyluc/20119/98726.vgp 24 ệp ệ http://www.peppervietnam.com/ ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 52 PHỤ LỤC L S LIỆU B NG STATGRAPHICS PLUS THÍ NGHIỆM IL = ANOVA Table for HAM LUONG DNA by HOA CHAT Analysis of Variance Source Sum of Squares Df Mean Square F-Ratio P-Value Between groups 238050,0 Within groups 112,5 119025,0 6348,00 0,000 18,75 Total (Corr.) 238162,0 Multiple Range Tests for HAM LUONG DNA by HOA CHAT -Method: 95,0 percent LSD HOA CHAT Count Mean Homogeneous Groups -B ,0 X C ,0 X A 345,0 X -Summary Statistics for HAM LUONG DNA CUA HOA CHAT A Count = Average = 345,0 Variance = 56,25 Standard deviation = 7,5 Minimum = 337,5 Maximum = 352,5 Stnd skewness = ,0 Stnd kurtosis = ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 53 Sum = 1035,0 Confidence Intervals for HAM LUONG DNA 95,0% confidence interval for mean: 345,0 +/- 18,631 [326,369,363,631] 95,0% confidence interval for standard deviation: [3,90494,47,1355] THÍ NGHIỆM ANOVA Table for DNA TONG by NONG DO HOA CHAT PHA MANG Analysis of Variance Source Sum of Squares Df Mean Square F-Ratio P-Value Between groups 1.06248E6 Within groups 19060.5 10 22 106248.0 122.63 0.0000 866.386 Total (Corr.) 1.08154E6 32 Multiple Range Tests for DNA TONG by NONG DO HOA CHAT PHA MANG -Method: 95.0 percent LSD Level Count Mean Homogeneous Groups -T0 T10 157.5 T20 217.5 X T30 217.5 X T90 225.0 X T60 225.0 X T80 255.0 XX T40 300.0 X T100 412.5 X T70 630.0 T50 690.0 ù 112.5 ậ X X X X MSSV: 0851110265 Trang 54 THÍ NGHIỆM ANOVA Table for HAM LUONG DNA by NHIET DO Analysis of Variance Source Sum of Squares Df Mean Square F-Ratio P-Value Between groups 72600,0 72600,0 Within groups 1400,0 350,0 207,43 0,01 Total (Corr.) 74000,0 Multiple Range Tests for HAM LUONG DNA by NHIET DO -Method: 95,0 percent LSD NHIET DO Count Mean Homogeneous Groups -N3 270,0 N6 490,0 X X Summary Statistics for NHIET DO PHONG Count = Average = 270,0 Variance = 300,0 Standard deviation = 17,3205 Minimum = 250,0 Maximum = 280,0 Stnd skewness = -1,22474 Stnd kurtosis = Sum = 810,0 Confidence Intervals for NHIET DO PHONG 95,0% confidence interval for mean: 270,0 +/- 43,0265 [226,973,313,027] 95,0% confidence interval for standard deviation: [9,01807,108,855] s ù ậ sf (Ở 60 oC) MSSV: 0851110265 Trang 55 Count = Average = 490,0 Variance = 400,0 Standard deviation = 20,0 Minimum = 470,0 Maximum = 510,0 Stnd skewness = ,0 Stnd kurtosis = Sum = 1470,0 Confidence Intervals for N6 95,0% confidence interval for mean: 490,0 +/- 49,6828 [440,317,539,683] 95,0% confidence interval for standard deviation: [10,4132,125,695] THÍ NGHIỆM ANOVA Table for HAM LUONG DNA by THOI GIAN U Analysis of Variance Source Sum of Squares Df Mean Square F-Ratio P-Value Between groups 72833,3 24277,8 Within groups 9733,33 1216,67 19,95 0,0005 Total (Corr.) 82566,7 11 Multiple Range Tests for HAM LUONG DNA by THOI GIAN U -Method: 95,0 percent LSD THOI GIAN U Count Mean Homogeneous Groups -120 263,333 90 360,0 30 450,0 X 60 453,333 X ù ậ X X MSSV: 0851110265 Trang 56 Summary Statistics for U O 30MIN Count = Average = 450,0 Variance = 100,0 Standard deviation = 10,0 Minimum = 440,0 Maximum = 460,0 Stnd skewness = ,0 Stnd kurtosis = Sum = 1350,0 Confidence Intervals for U O 30MIN 95,0% confidence interval for mean: 450,0 +/- 24,8414 [425,159,474,841] 95,0% confidence interval for standard deviation: [5,20658,62,8473] Summary Statistics for U O 60MIN Count = Average = 453,333 Variance = 433,333 Standard deviation = 20,8167 Minimum = 430,0 Maximum = 470,0 Stnd skewness = -,914531 Stnd kurtosis = Sum = 1360,0 Confidence Intervals for U O 60MIN 95,0% confidence interval for mean: 453,333 +/- 51,7115 [401,622,505,045] 95,0% confidence interval for standard deviation: [10,8384,130,827] Summary Statistics U O 90MIN Count = Average = 360,0 Variance = 2800,0 Standard deviation = 52,915 ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 57 Minimum = 300,0 Maximum = 400,0 Stnd skewness = -1,03086 Stnd kurtosis = Sum = 1080,0 Confidence Intervals for U O 90MIN 95,0% confidence interval for mean: 360,0 +/- 131,448 [228,552,491,448] 95,0% confidence interval for standard deviation: [27,5506,332,557] Summary Statistics for U O 120MIN Count = Average = 263,333 Variance = 1633,33 Standard deviation = 40,4145 Minimum = 220,0 Maximum = 300,0 Stnd skewness = -,510608 Stnd kurtosis = Sum = 790,0 Confidence Intervals for U O 120MIN 95,0% confidence interval for mean: 263,333 +/- 100,395 [162,938,363,729] 95,0% confidence interval for standard deviation: [21,0422,253,995] THÍ NGHIỆM ANOVA Table for TI LE TINH SACH by NGHIEM THUC Analysis of Variance Source Sum of Squares Df Mean Square F-Ratio P-Value Between groups 1,71201 0,570669 Within groups 0,195614 0,0244518 23,34 0,0003 Total (Corr.) ù 1,90762 ậ 11 MSSV: 0851110265 Trang 58 Multiple Range Tests for TI LE TINH SACH by NGHIEM THUC -Method: 95,0 percent LSD NGHIEM THUC Count Mean Homogeneous Groups -TC 1,06533 X C 1,06567 X P 1,12567 X TP 1,956 X -Summary Statistics for TP XU LY LAN PCI VA LAN CI Count = Average = 1,956 Variance = ,065968 Standard deviation = ,256842 Minimum = 1,68 Maximum = 2,188 Stnd skewness = -,529112 Stnd kurtosis = Sum = 5,868 Confidence Intervals for TP XU LY LAN PCI VA LAN CI 95,0% confidence interval for mean: 1,956 +/- ,638032 [1,31797,2,59403] 95,0% confidence interval for standard deviation: [,133727,1,61419] Summary Statistics for P XU LY LAN PCI Count = Average = 1,12567 Variance = ,0309563 Standard deviation = ,175944 Minimum = ,992 Maximum = 1,325 Stnd skewness = 1,02217 ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 59 Stnd kurtosis = Sum = 3,377 Confidence Intervals for P XU LY LAN PCI 95,0% confidence interval for mean: 1,12567 +/- ,437069 [,688597,1,56274] 95,0% confidence interval for standard deviation: [,0916068,1,10576] Summary Statistics for C XU LY MOT CI Count = Average = 1,06567 Variance = ,000177333 Standard deviation = ,0133167 Minimum = 1,051 Maximum = 1,077 Stnd skewness = -,746586 Stnd kurtosis = Sum = 3,197 Confidence Intervals for XU LY MOT LAN CI 95,0% confidence interval for mean: 1,06567 +/- ,0330804 [1,03259,1,09875] 95,0% confidence interval for standard deviation: [,00693343,,0836917] Summary Statistics for TC XU LY LAN CI Count = Average = 1,06533 Variance = ,000705333 Standard deviation = ,0265581 Minimum = 1,05 Maximum = 1,096 Stnd skewness = 1,22474 Stnd kurtosis = Sum = 3,196 Confidence Intervals for TC XU LY LAN CI 95,0% confidence interval for mean: 1,06533 +/- ,065974 [,999359,1,13131] 95,0% confidence interval for standard deviation: [,0138277,,166911] ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 60 THÍ NGHIỆM O Á Á IỆ 1V EtOH100% V Isopropanol ANOVA Table for HAM LUONG DNA THU DUOC by HOA CHAT TUA Analysis of Variance Source Sum of Squares Df Mean Square F-Ratio P-Value Between groups Within groups 3266.67 3266.67 138867.0 34716.7 0.09 0.7743 Total (Corr.) 142133.0 Multiple Range Tests for HAM LUONG DNA THU DUOC by HOA CHAT TUA -Method: 95.0 percent LSD HOA CHAT TUA Count Mean Homogeneous Groups -ISO Et 690.0 736.667 X X -THÍ NGHIỆM ANOVA Table for TI LE by THOI GIAN TUA Analysis of Variance Source Sum of Squares Df Mean Square F-Ratio P-Value Between groups 0,848109 0,282703 Within groups 0,962797 0,12035 2,35 0,1487 Total (Corr.) ù 1,81091 ậ 11 MSSV: 0851110265 Trang 61 Multiple Range Tests for TI LE by THOI GIAN TUA -Method: 95,0 percent LSD THOI GIAN TUA Count Mean Homogeneous Groups -I120 1,23265 X I90 1,28875 XX I30 1,48889 XX I60 1,90996 X -ANOVA Table for HAM LUONG DNA by THOI GIAN TUA Analysis of Variance Source Sum of Squares Df Mean Square F-Ratio P-Value Between groups 258092,0 86030,6 Within groups 2000,0 250,0 344,12 0,0000 Total (Corr.) 260092,0 11 Multiple Range Tests for HAM LUONG DNA by THOI GIAN TUA -Method: 95,0 percent LSD THOI GIAN TUA Count Mean Homogeneous Groups -I30 370,0 I60 426,667 I90 643,333 I120 723,333 X X X X -Summary Statistics for I30 THOI GIAN TUA 30 MIN Count = ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 62 Average = 370,0 Variance = 100,0 Standard deviation = 10,0 Minimum = 360,0 Maximum = 380,0 Stnd skewness = ,0 Stnd kurtosis = Sum = 1110,0 Confidence Intervals for I30 95,0% confidence interval for mean: 370,0 +/- 24,8414 [345,159,394,841] 95,0% confidence interval for standard deviation: [5,20658,62,8473] Summary Statistics for I60 THOI GIAN TUA LA 60 MIN Count = Average = 426,667 Variance = 133,333 Standard deviation = 11,547 Minimum = 420,0 Maximum = 440,0 Stnd skewness = 1,22474 Stnd kurtosis = Sum = 1280,0 Confidence Intervals for I60 95,0% confidence interval for mean: 426,667 +/- 28,6844 [397,982,455,351] 95,0% confidence interval for standard deviation: [6,01204,72,5699] Summary Statistics for I90 THOI TUA TUA 90 MIN Count = Average = 643,333 Variance = 533,333 Standard deviation = 23,094 Minimum = 630,0 ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 63 Maximum = 670,0 Stnd skewness = 1,22474 Stnd kurtosis = Sum = 1930,0 Confidence Intervals for I90 95,0% confidence interval for mean: 643,333 +/- 57,3687 [585,965,700,702] 95,0% confidence interval for standard deviation: [12,0241,145,14] Summary Statistics for I120 THOI GIAN TUA LA 120 MIN Count = Average = 723,333 Variance = 233,333 Standard deviation = 15,2753 Minimum = 710,0 Maximum = 740,0 Stnd skewness = ,6613 Stnd kurtosis = Sum = 2170,0 Confidence Intervals for I120 95,0% confidence interval for mean: 723,333 +/- 37,9458 [685,388,761,279] 95,0% confidence interval for standard deviation: [7,95319,96,0009] Summary Statistics for TI LE TINH SACH CUA MAU TUA O THOI GIAN 30 MIN Count = Average = 1,48889 Variance = ,256266 Standard deviation = ,506227 Minimum = ,904762 Maximum = 1,8 Stnd skewness = -1,21695 Stnd kurtosis = ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 64 Sum = 4,46667 Confidence Intervals for TI LE TINH SACH CUA MAU TUA O THOI GIAN 30 MIN 95,0% confidence interval for mean: 1,48889 +/- 1,25754 [,231351,2,74643] 95,0% confidence interval for standard deviation: [,263571,3,1815] Summary Statistics for TI LE TINH SACH CUA MAU TUA O THOI GIAN 60 MIN Count = Average = 1,90996 Variance = ,183574 Standard deviation = ,428456 Minimum = 1,41935 Maximum = 2,21053 Stnd skewness = -1,13369 Stnd kurtosis = Sum = 5,72988 Confidence Intervals for TI LE TINH SACH CUA MAU TUA O THOI GIAN 60 MIN 95,0% confidence interval for mean: 1,90996 +/- 1,06434 [,845617,2,9743] 95,0% confidence interval for standard deviation: [,223079,2,69273] Summary Statistics for TI LE TINH SACH CUA MAU TUA O THOI GIAN 90 MIN Count = Average = 1,28875 Variance = ,0300419 Standard deviation = ,173326 Minimum = 1,18868 Maximum = 1,48889 Stnd skewness = 1,22474 ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 65 Stnd kurtosis = Sum = 3,86625 Confidence Intervals for TI LE TINH SACH CUA MAU TUA O THOI GIAN 90 MIN 95,0% confidence interval for mean: 1,28875 +/- ,430566 [,858183,1,71932] 95,0% confidence interval for standard deviation: [,0902437,1,08931] Summary Statistics for TI LE TINH SACH CUA MAU TUA O THOI GIAN 120 MIN Count = Average = 1,23265 Variance = ,0115161 Standard deviation = ,107313 Minimum = 1,125 Maximum = 1,33962 Stnd skewness = -,0202019 Stnd kurtosis = Sum = 3,69796 Confidence Intervals for TI LE TINH SACH CUA MAU TUA O THOI GIAN 120 MIN 95,0% confidence interval for mean: 1,23265 +/- ,26658 [,966072,1,49923] 95,0% confidence interval for standard deviation: [,0558734,,674433] ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 66 ... ệ ậ MSSV: 0851110265 ệ Trang 19 2 Phương pháp 2.2.1 Cá o đ 2.2.1.2 Quy tr nh tách chiết NA Hình Quy trình tách chiết NA t hạt tiêu anh sơ ù ậ MSSV: 0851110265 Trang 20 Mô M ệ , ị ấ, e ù k p ị... sinh học ấp bở b M ô ổ p b ô , ệ e , e - e ấ sọ Hình Hình ảnh mẫu h tiêu nghiên cứu A: sọ e b t 2 Hóa ch t Hố ch t tách chiết ị :Đ ơ ệ e - e ấp, ó ấ ọ , , PCI (Phenol – Chloroform - Isoamyl... 46 I 47 Trang vii ANH MỤC BẢNG ng Tên gọi h tiêu gi i ng Thành hần c b n h t tiêu 10 ng Thành hần hoá ch t PC m u NA tách h tiêu 25 ng tr th nghi m h o át n ng đ hoá ch t