Bài 2. Anh (chị) hãy sử dụng các phần mềm đã học để thiết kế cặp mồi đặc hiệu cho nhân gen mà các Anh (chị) tìm được ở trên. Ghi chú : Ở cả mồi xuôi và mồi ngược đều gắn điểm cắt của enzyme giới hạn phù hợp, tính toán các thông số của mồi như: số nucleotide, Tm, tỷ lệ % GC. Trả lời Origin TCCCATCATCTCTCGCCATGCGCCCAACACGCTCCCCTGTGCCGGCTACGGCGCTGCTCCTGCTTGCCGTGGCACTGGCACTGGCCGCCACGGCGGGGCCCGCCACTTCTACACCACCACCACCACCACCCGCGTCCCGGCGCCAGCGGAGCGGGCGGACGAGGAGGTAAGGCGCATGTACGAGGCGTGGAAGTCGAAGCACGGGCGCGGCGGCAGCAGCAACGACGACTGCGACATGGCGCCCGGCGATGATGAGCAGGAGGAGGACCGCCGGCTGCGGCTGGAGGTGTTCCGCGACAACCTTCGGTACATCGACAAGCACAACGCGGAGGCGACGCTGGGCTCCACACCTTCCGCCTCGGCCTCACCCCCTTCGCCGACCTCACCCTGGACGAGTACCGCGGCCGCGTCCTCGGATTCCGCGCCCGCGCCCGCCGCAGCGGCGCCCGCTACGGCCACGGCCACGGCTACCGCGCCCGTCCCCGCGGCGGCGACCTCCTCCCCGACGCCATCGACTGGCGCCAGCTTGGCGCCGTCACCGAGGTCAAGGACCAGCAACAGTGCGGTCCGTAGCATATATACTCCGACCCATAGCGCGCCGTACTCTTACATATGTGTGCGTGCTCTCCGGCGAGAAGCTTGTTGCGGCTACTTATCTGATGACGATCTCTGTGGGGGGCATGCAATGCATGCATGCTTGCAGGTGGGTGCTGGGCGTTCTCGGCGGTGGCGGCCATCGAGGGGATCAACGCGATCGCGACGGGTAACCTGGTGTCGCTGTCGGAGCAGGAGATCATCGACTGCGACGCCCAGGACAGCGGCTGCGACGGCGGGCAGATGGAGAACGCGTTCCGGTTCGTCATCGGCAACGGCGGGATCGACACCGAGGCCGACTACCCCTTCATCGGAACCGACGGCACTTGTGACGCCAGCAAGGTCGGTATGGGTGCTGGCGTGCTGCTGCTTTTGCTTCGTCGATCGATGGATGGATGATGCGGTAGTACTGCTGCTAATATAACGGAGAGATCGATATGACTGTGTGTGTACGTGTTCAATTCAATGCAGGAGAACAACGAGAAGGTCGCCACCATAGATGGGTTGGTGGAGGTGGCGAGCAACAACGAGACGGCGCTGCAGGAGGCGGTGGCGATCCAGCCCGTCAGTGTCGCCATCGACGCAAGCGGGCGTGCGTTCCAGCACTACAGTTCGGTAAGCTAGCTAGCTAGCTAAGCATGCATGAGAATGAGATCCATCAGACGACGACGACGACGACCGTCACAGATTTAGGAAGAACTAGCTAGCTAGGTTCTGTGCGTGTCTGTCTGTGTGATGAACTGTTGTAGTATGCACTATAATGCAGGGCATCTTCAACGGGCCATGCGGGACGAGCCTGGACCACGGCGTCACGGCGGTGGGCTACGGCAGCGAGAGCGGCAAGGACTACTGGATCGTGAAGAACTCGTGGAGCGCCAGCTGGGGCGAGGCCGGCTACATCCGCATGAGGCGCAACGTGCCCCGGCCCACGGGCAAGTGCGGCATCGCCATGGACGCGTCCTACCCTGTGAAGGACACCTACCACGACCCCGGCACCGGCACCGGCACCGCCACGGCTACGGCAGCTGCCATGGATGTGATCAAGATGGTTCTTGCTTAGGAGGGAGCGAGCGGAGCAGGCAGCAGAGAGCCGATGGTCTTGTCGTGTTGAACTTTACATATGGTAGCTAGGTACCACTGGGGATAATTAAGTTAATCCGTTATGGTGTGGCAAGTTAATTAATATGTGCGTATCTCTTTTGATGAGTGCCATATATGATGTAATGAAGTTACATAAACTCAAATAAAGTCGTAATCGTAATGGTAAA • Thiết kế mồi xuôi : Bước 1: Từ mã mở đầu kéo dài 1520 nucleotide sau mã mở đầu Bước 2 : Thêm 3 nucleotide trước mã mở đầu Bước 3 : Thêm enzym cắt giới hạn trước 3 nucleotide Bước 4 : Thêm 1 vài nucleotide trước điểm cắt enzym cắt giới hạn. copy trình tự gen > vào DNAclub kiểm tra và chọn enzym có trình tự cắt là 0 => enzym được chọn có tên AluI (AGCT).
Trang 1Bài 1 Anh (chị) hãy sử dụng công cụ tìm kiếm trên internet để tìm 01 gen liên quan đến khả năng kháng sâu của cây trồng (trong Ngân hàng gen Quốc tế NCBI - Copy toàn bộ thông tin và trình tự nucleotide của gen đó để đưa vào Báo cáo)
Trả lời
Zea mays cultivar B73 chromosome 6, B73
RefGen_v4, whole genome shotgun sequence
NCBI Reference Sequence: NC_024464.2
FASTA Graphics
Go to:
LOCUS NC_024464 1864 bp DNA linear CON 20-MAR-2017 DEFINITION Zea mays cultivar B73 chromosome 6, B73 RefGen_v4, whole genome
shotgun sequence
ACCESSION NC_024464 REGION: complement(91511985 91513848)
GPC_000002840
VERSION NC_024464.2
DBLINK BioProject: PRJNA249074
BioSample: SAMN04296295
Assembly: GCF_000005005.2
KEYWORDS WGS; RefSeq
SOURCE Zea mays
ORGANISM Zea mays
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta;
Spermatophyta; Magnoliophyta; Liliopsida; Poales; Poaceae; PACMAD clade; Panicoideae; Andropogonodae; Andropogoneae; Tripsacinae;
Zea
COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000782.4
On Mar 20, 2017 this sequence version replaced gi:662248888
Assembly name: B73 RefGen_v4
The genomic sequence for this RefSeq record is from the
whole-genome assembly released by the maizesequence on 2017/02/07 The original whole-genome shotgun project has the accession
LPUQ00000000.1
##Genome-Assembly-Data-START##
Trang 2Assembly Provider :: Genome Center, Washington University
School of Medicine, USA, St Louis
Assembly Method :: Celera Assembler v CA 8.3rc2
Assembly Name :: B73 RefGen_v4
Long Assembly Name :: B73 RefGen_v4 Zm00001d
Genome Representation :: Full
Expected Final Version :: Yes
Genome Coverage :: 65.0x
Sequencing Technology :: PacBio
##Genome-Assembly-Data-END##
##Genome-Annotation-Data-START##
Annotation Provider :: NCBI
Annotation Status :: Full annotation
Annotation Version :: Zea mays Annotation Release 101
Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation
pipeline
Annotation Software Version :: 7.3
Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon
Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA
##Genome-Annotation-Data-END##
FEATURES Location/Qualifiers
source 1 1864
/organism="Zea mays"
/mol_type="genomic DNA"
/cultivar="B73"
/db_xref="taxon:4577"
/chromosome="6"
/tissue_type="seedling"
/country="USA"
gene <1 1864
/gene="mir1"
/gene_synonym="CL872_-2; CL872_-2_ov; GRMZM2G150276" /note="maize insect resistance 1; Derived by automated
computational analysis using gene prediction method:
BestRefSeq."
/db_xref="GeneID:542561"
mRNA join(1 >567,706 938,1068 1211,1363 1864)
/gene="mir1"
/gene_synonym="CL872_-2; CL872_-2_ov; GRMZM2G150276"
Trang 3/product="maize insect resistance 1"
/inference="similar to RNA sequence, mRNA (same
species):RefSeq:NM_001112101.1"
/exception="annotated by transcript or proteomic data"
/note="The RefSeq transcript has 24 substitutions, 6
non-frameshifting indels and aligns at 97% coverage
compared to this genomic sequence; Derived by automated
computational analysis using gene prediction method:
BestRefSeq."
/transcript_id="NM_001112101.1"
/db_xref="GeneID:542561"
CDS join(18 567,706 938,1068 1211,1363 1656)
/gene="mir1"
/gene_synonym="CL872_-2; CL872_-2_ov; GRMZM2G150276" /inference="similar to AA sequence (same
species):RefSeq:NP_001105571.1"
/exception="annotated by transcript or proteomic data"
/note="The RefSeq protein has 13 substitutions, 6
non-frameshifting indels and aligns at 99% coverage
compared to this genomic sequence; Derived by automated
computational analysis using gene prediction method:
BestRefSeq."
/codon_start=1
/product="maize insect resistance 1 precursor"
/protein_id="NP_001105571.1"
/db_xref="GeneID:542561"
/translation="MRPTRSAVSATALLLLAVALALAATAAARHSYTTTTTRVPAPAE
RADEEVRRMYEAWKSKHGRGGSSNDDCDMAPGDDEQEEEDRRLRLEVFRDNLRYIDA H
NAEADAGLHTFRLGLTPFADLTLEEYRGRVLGFRARGRRSGARYGSGYSVRGGDLPDA
IDWRQLGAVTEVKDQQQCGGCWAFSAVAAIEGVNAIATGNLVSLSEQEIIDCDAQDSG
CDGGQMENAFRFVIGNGGIDTEADYPFIGTDGTCDASKEKNEKVATIDGLVEVASNNE
TALQEAVAIQPVSVAIDASGRAFQHYSSGIFNGPCGTSLDHGVTAVGYGSESGKDYWI
VKNSWSASWGEAGYIRMRRNVPRPTGKCGIAMDASYPVKDTYHPGTGTATARAAAM DV
Trang 4IKMVLA"
Origin
TCCCATCATCTCTCGCCATGCGCCCAACACGCTCCCCTGTGCCGGCTAC GGCGCTGCTCCTGCTTGCCGTGGCACTGGCACTGGCCGCCACGGCGGC GGCCCGCCACTTCTACACCACCACCACCACCACCCGCGTCCCGGCGCCA GCGGAGCGGGCGGACGAGGAGGTAAGGCGCATGTACGAGGCGTGGAA GTCGAAGCACGGGCGCGGCGGCAGCAGCAACGACGACTGCGACATGG CGCCCGGCGATGATGAGCAGGAGGAGGACCGCCGGCTGCGGCTGGAG GTGTTCCGCGACAACCTTCGGTACATCGACAAGCACAACGCGGAGGCG GACGCTGGGCTCCACACCTTCCGCCTCGGCCTCACCCCCTTCGCCGACC TCACCCTGGACGAGTACCGCGGCCGCGTCCTCGGATTCCGCGCCCGCGC CCGCCGCAGCGGCGCCCGCTACGGCCACGGCCACGGCTACCGCGCCCG TCCCCGCGGCGGCGACCTCCTCCCCGACGCCATCGACTGGCGCCAGCTT GGCGCCGTCACCGAGGTCAAGGACCAGCAACAGTGCGGTCCGTAGCAT ATATACTCCGACCCATAGCGCGCCGTACTCTTACATATGTGTGCGTGCT CTCCGGCGAGAAGCTTGTTGCGGCTACTTATCTGATGACGATCTCTGTG GGGGGCATGCAATGCATGCATGCTTGCAGGTGGGTGCTGGGCGTTCTC GGCGGTGGCGGCCATCGAGGGGATCAACGCGATCGCGACGGGTAAC CTGGTGTCGCTGTCGGAGCAGGAGATCATCGACTGCGACGCCCAGGAC AGCGGCTGCGACGGCGGGCAGATGGAGAACGCGTTCCGGTTCGTCATC GGCAACGGCGGGATCGACACCGAGGCCGACTACCCCTTCATCGGAACC GACGGCACTTGTGACGCCAGCAAGGTCGGTATGGGTGCTGGCGTGCTG CTGCTTTTGCTTCGTCGATCGATGGATGGATGATGCGGTAGTACTGCTG CTAATATAACGGAGAGATCGATATGACTGTGTGTGTACGTGTTCAATTC AATGCAGGAGAACAACGAGAAGGTCGCCACCATAGATGGGTTGGTGG AGGTGGCGAGCAACAACGAGACGGCGCTGCAGGAGGCGGTGGCGATC CAGCCCGTCAGTGTCGCCATCGACGCAAGCGGGCGTGCGTTCCAGCAC TACAGTTCGGTAAGCTAGCTAGCTAGCTAAGCATGCATGAGAATGAGA TCCATCAGACGACGACGACGACGACCGTCACAGATTTAGGAAGAACTA GCTAGCTAGGTTCTGTGCGTGTCTGTCTGTGTGATGAACTGTTGTAGTA TGCACTATAATGCAGGGCATCTTCAACGGGCCATGCGGGACGAGCCTG GACCACGGCGTCACGGCGGTGGGCTACGGCAGCGAGAGCGGCAAGGA CTACTGGATCGTGAAGAACTCGTGGAGCGCCAGCTGGGGCGAGGCCGG CTACATCCGCATGAGGCGCAACGTGCCCCGGCCCACGGGCAAGTGCGG CATCGCCATGGACGCGTCCTACCCTGTGAAGGACACCTACCACGACCC CGGCACCGGCACCGGCACCGCCACGGCTACGGCAGCTGCCATGGATGT GATCAAGATGGTTCTTGCTTAGGAGGGAGCGAGCGGAGCAGGCAGCAG AGAGCCGATGGTCTTGTCGTGTTGAACTTTACATATGGTAGCTAGGTAC CACTGGGGATAATTAAGTTAATCCGTTATGGTGTGGCAAGTTAATTAAT
Trang 5ATGTGCGTATCTCTTTTGATGAGTGCCATATATGATGTAATGAAGTTAC ATAAACTCAAATAAAGTCGTAATCGTAATGGTAAA
Bài 2 Anh (chị) hãy sử dụng các phần mềm đã học để thiết kế cặp mồi đặc hiệu
cho nhân gen mà các Anh (chị) tìm được ở trên Ghi chú : Ở cả mồi xuôi và mồi ngược đều gắn điểm cắt của enzyme giới hạn phù hợp, tính toán các thông số của mồi như: số nucleotide, Tm, tỷ lệ % GC
Trả lời
Origin
GGCGCTGCTCCTGCTTGCCGTGGCACTGGCACTGGCCGCCACGGCGGG GCCCGCCACTTCTACACCACCACCACCACCACCCGCGTCCCGGCGCCAG CGGAGCGGGCGGACGAGGAGGTAAGGCGCATGTACGAGGCGTGGAAG TCGAAGCACGGGCGCGGCGGCAGCAGCAACGACGACTGCGACATGGC GCCCGGCGATGATGAGCAGGAGGAGGACCGCCGGCTGCGGCTGGAGG TGTTCCGCGACAACCTTCGGTACATCGACAAGCACAACGCGGAGGCGA CGCTGGGCTCCACACCTTCCGCCTCGGCCTCACCCCCTTCGCCGACCTC ACCCTGGACGAGTACCGCGGCCGCGTCCTCGGATTCCGCGCCCGCGCC CGCCGCAGCGGCGCCCGCTACGGCCACGGCCACGGCTACCGCGCCCGT CCCCGCGGCGGCGACCTCCTCCCCGACGCCATCGACTGGCGCCAGCTTG GCGCCGTCACCGAGGTCAAGGACCAGCAACAGTGCGGTCCGTAGCATA TATACTCCGACCCATAGCGCGCCGTACTCTTACATATGTGTGCGTGCTC TCCGGCGAGAAGCTTGTTGCGGCTACTTATCTGATGACGATCTCTGTGG GGGGCATGCAATGCATGCATGCTTGCAGGTGGGTGCTGGGCGTTCTCG GCGGTGGCGGCCATCGAGGGGATCAACGCGATCGCGACGGGTAACCTG GTGTCGCTGTCGGAGCAGGAGATCATCGACTGCGACGCCCAGGACAGC GGCTGCGACGGCGGGCAGATGGAGAACGCGTTCCGGTTCGTCATCGGC AACGGCGGGATCGACACCGAGGCCGACTACCCCTTCATCGGAACCGAC GGCACTTGTGACGCCAGCAAGGTCGGTATGGGTGCTGGCGTGCTGCTG CTTTTGCTTCGTCGATCGATGGATGGATGATGCGGTAGTACTGCTGCTA ATATAACGGAGAGATCGATATGACTGTGTGTGTACGTGTTCAATTCAAT GCAGGAGAACAACGAGAAGGTCGCCACCATAGATGGGTTGGTGGAGG TGGCGAGCAACAACGAGACGGCGCTGCAGGAGGCGGTGGCGATCCAG CCCGTCAGTGTCGCCATCGACGCAAGCGGGCGTGCGTTCCAGCACTAC AGTTCGGTAAGCTAGCTAGCTAGCTAAGCATGCATGAGAATGAGATCC ATCAGACGACGACGACGACGACCGTCACAGATTTAGGAAGAACTAGCT AGCTAGGTTCTGTGCGTGTCTGTCTGTGTGATGAACTGTTGTAGTATGC
Trang 6ACTATAATGCAGGGCATCTTCAACGGGCCATGCGGGACGAGCCTGGAC CACGGCGTCACGGCGGTGGGCTACGGCAGCGAGAGCGGCAAGGACTA CTGGATCGTGAAGAACTCGTGGAGCGCCAGCTGGGGCGAGGCCGGCTA CATCCGCATGAGGCGCAACGTGCCCCGGCCCACGGGCAAGTGCGGCAT CGCCATGGACGCGTCCTACCCTGTGAAGGACACCTACCACGACCCCGG CACCGGCACCGGCACCGCCACGGCTACGGCAGCTGCCATGGATGTGAT CAAGATGGTTCTTGCTTAGGAGGGAGCGAGCGGAGCAGGCAGCAGAG AGCCGATGGTCTTGTCGTGTTGAACTTTACATATGGTAGCTAGGTACCA CTGGGGATAATTAAGTTAATCCGTTATGGTGTGGCAAGTTAATTAATAT
AAACTCAAATAAAGTCGTAATCGTAATGGTAAA
Thiết kế mồi xuôi :
Bước 1: Từ mã mở đầu kéo dài 15-20 nucleotide sau mã mở đầu
Bước 2 : Thêm 3 nucleotide trước mã mở đầu
Bước 3 : Thêm enzym cắt giới hạn trước 3 nucleotide
Bước 4 : Thêm 1 vài nucleotide trước điểm cắt enzym cắt giới hạn copy trình tự gen -> vào DNAclub kiểm tra và chọn enzym có trình tự cắt là 0 => enzym được chọn có tên AluI (AGCT)
* Kết quả : Mồi xuôi : ATCAGCTCGCATGCGCCCAACACGCTCCCCTG
E AluI START
Tm=71%; GC% = 65; nt = 32
Thiết kế mồi ngược:
Bước 1: Từ mã kết thúc kéo dài 15-20 nucleotide trước mã kết thúc
Bước 2 : Thêm 3 nucleotide sau mã kết thúc
Bước 3 : Thêm enzym cắt giới hạn sau 3 nucleotide đó
Bước 4 : Thêm 1 vài nucleotide sau điểm cắt enzym cắt giới hạn Copy trình tự gen -> vào DNAclub kiểm tra và chọn enzym có trình tự cắt là 0 => enzym được chọn
có tên BssH II (GCGCGC)
Mồi chưa đảo chiều :
STOP E BssH II
Trang 7Trình tự mồi :
Mồi đã đảo chiều và bổ sung:
CGCGCGCGCAGCTCATTACATCATATATGGCACT
Tm = 64; GC% = 52; nt = 34
Điều chỉnh thông số 2 mồi giống nhau :
Mồi xuôi: ATCAGCTCGCATGCGCCCAACACGCTCCCCTG ( thêm 4 nu AT)
=> ATCAGCTCGCATGCGCCCAACACGCTCCCCTGATAT
Được: Tm = 70; GC% = 58; nt = 36
Mồi ngược: CGCGCGCGCAGCTCATTACATCATATATGGCACT (thêm 4 nu
GC vào cuối) => CGCGCGCGCAGCTCATTACATCATATATGGCACTGCGC Được: Tm = 68; GC% = 57; nt = 38
Nhận xét : tỉ lệ GC Content cả hai mồi đều >50%
Tm in PCR của cả hai mồi gần sát nhau (>55)
Chiều dài của 2 mồi chênh lệch nhau là 2
=> Đoạn mồi thiết kế được là hợp lý
Trang 8Bài 3: Anh (chị) hãy sử dụng các phần mềm đã học để so sánh trình tự nucleotide
của các đoạn ADN như bên dưới (S1, S2, S3, S4 và S5)
Sử dụng công cụ tạo cây quan hệ di truyền (Tool/Tree) trong Ngân hàng dữ liệu DNA Việt Nam (www.dnabank.vn) để tạo cây quan hệ di truyền giữa các mẫu (S1, S2, S3, S4 và S5)
S1
ATGCGATACTTGCTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTT GAACGCTAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGTCTGCCTG GGCGTCTCACGTTGCGTCGCCCGCGCCCCCTCCCCCGCGAAGGGAAGA AGGGCTGCGGACGGATGCTGGCCCCCCGCGCGCGGTCGGCCCAAAAAC GAGTCCCCCGCGACGGACGACGCGTCGCGACGAGTGGTGGTTGACAAA CCGTTGCGTCGCCTCGCGCGCGTCCGCGCCGTCTCGGGAGGCCTGTCGT GAGCCCATCGCGCCGCCAAGGCCAAGGCCAAGGCCAAGGCGCTCCGAT CGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCGGCTGAGTTTAAGCATATCAA TAAGCGGAGGA
S2
ATGCGATACTTGGTGTGAATTGGAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTT GAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGTCTGCCTG GGCGTCTCACGTTGCGTCGCCCGCGCCCCCTCCCCCGCGAAGGGAAGA AGGGCTGCGGGCGGATGCTGGCCCCCCGCGCGCGGTCGGCCCAAAAAC GAGTCCCCCGCGACGGACGACGCGTCGCGACGAGTGGTGGTTGACAAA CCGTTGCGTCGTCTCGCGCGCGTCCGCGCCGTCTCGGGAGGCCTGTCGT GACCCCATCGCGCCGCCAAGGCCAAGGCCAAGGCCAAGGCGCTCCGAT CGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCAA TAAGCGGAGGA
S3
ATGCGATACTTAGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTT GAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGTTGAGGGCACGTCTGCCTG GGCGTCTCACGTTGCGTCGCCCGCGCCCCCCTCCCCCGCGAAGGGAAG AAGGGCTGCGGGCGGATGCTGGGCCCCCGCGCGCGCCCGCGCACGGTC GGCCCAAAAGCGAGTCCCCCGCGACGGACGACGCGTCGCGACGAGTGG TGGTTGACAAACCGTTGCGTCGCCTCGCGCGCGTCCGCGCCGTCTCGGG AGGCCTGTCGTGACCCCATCGCGCCAAGGCCAAGGCCAAGGCGCTGCG
Trang 9ATCGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTTTAAGCATATC AATAAGCGGAGGA
S4
ATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTT GAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGTTGAGGGCACGTCTGCCTG GGCGTCTCGCGTTGCGTCGCCCGCGCCCCCCTCCCCCGCGAAGGGAAG AAGGGCTGCCGGCGGATGCTGGCCCCCCGCGCGCGCCCGCGCGCGGTC GGCCCAAAAGCGAGTCCCCCGCGACGGACGACGCGTCGCGACGAGTGG TGGTTGACAATCCGTTGCGTCGCCTCGCGCGCGTCCGCGCCGTCTCGGG AGGCCTGTCGTGACCCCATCGCGCCAAGGCCAAGGCCAAGGCGCTCCG ATCGCGACCCGAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTTTAAGCATATC AATAAGCGGAGGA
S5
ATGCGATATTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGCGAACCATCGAGTCTTT GAACGCAAGTTGCGCCCGAAGCCATTAGGCTGAGGGCACGTCTGCCTG GGCGTCTCACGTTGCGTCGCCCGCGCCCCCTCCCCCGCGAAGGGAAGA AGGGCTGCAGGCGGATGCTGGCCCCCCGCGCGCGGTCTGACCAAAAAC GAGTCCCCCGCGACGGACGACGCGTCGCGACGAGTGGTGGTTGACAAA CCGTTGCGTCGCCTCGCGCGCGTCCGCGCCGTTTCGGGAGGCCTGTCGT GACGCCATCGCGCCGCCAAGGCCTAGGCCAAGGCCAAGGCGCTCCGAT CGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCAA TAAGCAGAGGA
Bước 1: Vào Notepad
Trang 10Bước 2: Vào ClustalX
Bước 3: Vào Gendoc để so sánh trình tự nucleotide của các đoạn ADN như bên dưới (S1, S2, S3, S4 và S5)
Trang 11Bước 4: Lập sơ đồ cây di truyền bằng gendoc
Sau khi ra được kết quả như trên, ta sử dụng Gendoc để tạo cây di truyền: Tree->Manage Expression->Import->Chọn file của gen ở dạng “.ph” bằng cách lưu file trên ClustalX với “Draw tree”->OK->Phylogenetic View
Kết quả:
Trang 12Bài 4 Anh (chị) hãy sử dụng các phần mềm đã học để xử lý trình tự nucleotide từ
phổ giải trình tự sau (File phổ trình tự gửi kèm)
Thông tin bổ sung:
Trình tự đọc theo chiều xuôi : Tên File PMYB-F
Trình tự đọc theo chiều ngược : Tên File PMYB-R
Primer F: ataatggggaggcaaccgtgctgtgacaaa
Primer R: gcggctcacaattcatcgtcatcaagaaaggg
Bài làm
Từ file PMYB-F ta vào Edit/Copy Fasta Formatted rồi Paste sang word ta được
trình tự F:
>2259053_PMYB_DN1_PMYBF
5’TGGATTGTTGCCCACGTTTGTGGGACAGCAGTAGGTAAGACACGACA AACATAGGTGAATTTTATCACCCTGCATGGCCATGGATGCTGGCGCGA AGTACCCAAACTTGCTGGTCTGCTTAGATGTGGCAAGAGCTGTAGATTG CGCTGGACAAATTACTTGCGCCCAGATTTGAAGCGTGGATTATTGTCTG AATCAGAAGAGAAGCTCATCATTGATCTACATGCTGCCATAGGGAATA GGTGGTCACGAATCGCTGCGCAATTGCCAGGGAGAACTGATAACGAGA TCAAGAATTACTGGAACACGAGGATCAAGAAGAAACTGCGCCAGATGG GAATCGATCCTGTGACCCACAAGCCTCTCACCCAAATGCAAATGCAGA GCACCCCTGCGCAGACTCTGCTGCTGCAAGAAAATGATACAGAGCAGA AGCAGCAGGAGCAACATAATGAGCCTGATCCTGATCAGAATCAGAGCA GCAATGGCACTGTGGAGACATTGGTCTCGAGGGCGAGAGAACCCCACG ACGACATAGAGCCTCTGCAGAATTTCAACATGGAGGATTCGAATTTTA ACATGGAGGATTCGATGCAATTGTTCGATGTCTGCTCGCCCACCAGCGG GATAAGCCTGTCTGGGAGAACCGAGGAGGTCGATTCAGATGATTCTGA TCAGGTCTCCAAGAGCTTCGGCAATGGCAGCAGTACCCATTCTCAGTAC ATTGGGCGAGAAAGCTCTGGTGTCGAGGCCGAATGTGGTTTGTCTGGTT GGGATCAGATGGCTGGCGTTTTGGGCGATCCCCTTTCTGAGTGGAATGT CGATTTGGAGTCCTGGGCTGCTGGATTGGATGCCCCTGCAGCCTCTGCC TCTGCATGGATTCAGCAGCTCCCTGACTGCCAATGGAACGACTTCCAGG GCGATTTTGAGATCTGCAGCAGCAAGTCATGTCCGGAGACTCTGCAGA GACTGGGGCCCTTTCTTGATGACGATGATTTTGGGGACCCCAAAATTTT TTAT3’