Trước năm 1837, Long Khánh là vùng dân tộc ít người, sử cũ gọi là man sách, thuộc hai phủ phủ Long An và Phước Khánh và một số buôn, sóc xen kẽ của người dân tộc ở tỉnh Bình Thuận. Tháng 3 năm 1936, Bố chính Biên Hòa Phạm Duy Trinh tâu xin và được phép mộ dân, khai khẩn đến vùng núi Chứa Chan. Tháng 11 năm 1837, huyện Long Khánh gồm 5 tổng, 36 xã thôn, 451 số đinh, trên cơ sở nhập hai trại man ở hai đồn Long An và Phước Khánh, lúc đó thuộc phủ Phước Tuy cũng mới lập4. Năm 1851, bỏ huyện Long Khánh, nhập về phủ Phước Tuy. Năm 1957, chính quyền Việt Nam Cộng Hoà lập tỉnh Long Khánh bao gồm 2 quận Xuân Lộc và Định Quán, sau lập thêm quận Kiệm Tân tách ra từ quận Xuân Lộc. Năm 1976, huyện Xuân Lộc được thành lập thuộc tỉnh Đồng Nai, đến năm 1991 chia huyện Xuân Lộc thành huyện Xuân Lộc và huyện Long Khánh. Khi mới thành lập, huyện Long Khánh có thị trấn Xuân Lộc và 6 xã: Xuân Bình, Xuân Đường, Xuân Lập, Xuân Mỹ, Xuân Tân, Xuân Vinh. Năm 1992, chia xã Xuân Đường thành 2 xã: Xuân Đường và Xuân Quế. Đến ngày 29 tháng 8 năm 1994 Long Khánh lại tách một số xã thành 18 xã và 1 thị trấn: chia xã Xuân Bình thành 2 xã: Bình Lộc và Xuân Thiện; chia xã Xuân Vinh thành 2 xã: Bảo Quang và Bảo Vinh; chia xã Xuân Tân thành 4 xã: Xuân Tân, Xuân Thanh, Long Giao, Nhân Nghĩa; chia xã Xuân Lập thành 4 xã: Xuân Lập, Bàu Sen, Suối Tre, Xuân Thạnh; chia xã Xuân Quế thành 2 xã: Xuân Quế và Sông Nhạn; chia xã Xuân Đường thành 2 xã: Xuân Đường và Thừa Đức4. Tính đến cuối năm 2002, huyện Long Khánh có 1 thị trấn Xuân Lộc và 17 xã: Bàu Sen, Bình Lộc, Bảo Quang, Bảo Vinh, Long Giao, Nhân Nghĩa, Sông Nhạn, Suối Tre, Thừa Đức, Xuân Đường, Xuân Lập, Xuân Mỹ, Xuân Quế, Xuân Tân, Xuân Thanh, Xuân Thạnh, Xuân Thiện. Ngày 21 tháng 8 năm 2003, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 972003NĐ.CP thành lập thị xã Long Khánh trên cơ sở tách thị trấn Xuân Lộc và 8 xã: Xuân Lập, Bàu Sen, Suối Tre, Bình Lộc, Bảo Quang, Bảo Vinh, Xuân Tân, Xuân Thanh thuộc huyện Long Khánh cũ1 với 15 đơn vị hành chính cấp xã, phường trực thuộc, trong đó có 6 phường và 9 xã, trong đó có 59 ấp, khu phố. 6 phường nội thị và xã Bàu Trâm được thành lập trên cơ sở giải thể thị trấn Xuân Lộc, xã Xuân Thanh đổi tên thành xã Hàng Gòn (do trùng tên với phường Xuân Thanh). Phần còn lại của huyện Long Khánh cùng với 6 xã: Xuân Bảo, Bảo Bình, Xuân Đông, Xuân Tây, Sông Ray, Lâm San của huyện Xuân Lộc thành lập huyện Cẩm Mỹ và sáp nhập 2 xã còn lại của huyện Long Khánh là Xuân Thiện, Xuân Thạnh vào huyện Thống Nhất.