DSpace at VNU: Nghiên cứu xác định hệ protein màng trong huyết thanh của bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành cấp

Nghiên cứu xác định hệ protein màng huyết bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành cấp Trần Thái Thượng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn ThS Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm; Mã số: 60 42 01 14 Người hướng dẫn: TS Lê Thị Bích Thảo, PGS.TS Trịnh Hồng Thái Năm bảo vệ: 2011 Abstract: Nhận diện protein màng có huyết bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành cấp Xây dựng phân tích liệu protein Dự đoán số vùng xuyên màng cấu trúc protein màng Keywords: Sinh học; Sinh học thực nghiệm; hệ protein màng; Bệnh mạch vành cấp Content: MỞ ĐẦU Hội chứng mạch vành cấp (Acute Co ronary Syndrome, ACS) thường xảy bất ngờ, đột ngột, có tỉ lệ tử vong cao để lại nhiều di chứng nặng nề không cấp cứu kịp thời Ở Việt Nam, áp lực công việc ngày tăng cao với thói quen ăn uống khơng cân đối, tình trạng thừa cân, béo phì hay hút thuốc dẫn đến tỉ lệ bệnh lí tim mạch nói chung ACS nói riêng tăng lên rõ rệt năm gần Hội chứng mạch vành cấp thường liên quan đến biến đổi bất thường xảy bên dòng máu Hơn nữa, dòng máu tuần hồn gần khắp thể, tiếp xúc với hầu hết tế bào nên nhiều biến đổi thể phản ánh vào máu Huyết thành phần máu, mơi trường cho tế bào máu hoạt động nên biến đổi phản ánh huyết Do đó, huyết lựa chọn đối tượng nghiên cứu nhiều bệnh lí, đặc biệt tim mạch Đã có nhiều nghiên cứu thực huyết gần hướng tiếp cận protein màng thu hút quan tâm nhà khoa học Protein màng có vai trò then chốt hoạt động sống tế bào chúng thực nhiều chức quan trọng Những thay đổi bất thường hoạt động protein dấu hiệu nhận biết phát sinh phát triển bệnh lí Những năm gần nghiên cứu protein đặc biệt protein màng quan tâm đầu tư Cùng với đời, phát triển tin sinh học kĩ thuật phân tích dựa phổ khối lượng, cách tiếp cận proteomics cho thấy phương pháp hữu hiệu khó thay việc phân tích hệ protein thể Tại Việt Nam, nghiên cứu proteomics tiến hành số năm qua đạt kết định Trên sở thực đề tài “Nghiên cứu xác định hệ protein màng huyết bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành cấp” với mục đích: Nhận diện protein màng có huyết bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành cấp Xây dựng phân tích liệu protein Dự đoán số vùng xuyên màng cấu trúc protein màng Đề tài thực Phòng Thí nghiệm Trọng điểm Cơng nghệ Gen, Viện Cơng nghệ Sinh học, Viện Hàn lâm Khoa học Công nghệ Việt Nam TÀI LIỆU THAM KHẢO Tiếng Việt Phan Văn Chi (2006), Proteomics: Khoa học hệ protein, Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam, Hà Nội Phan Văn Chi (2009), “Thực trạng nghiên cứu Proteomics”, Hội thảo VNProteomics lần 1, Nhà xuất Khoa học Tự nhiên Công nghệ, Hà Nội Trần Văn Dương (2000), “Vai trò chụp động mạch vành chẩn đốn điều trị bệnh ĐMV”, Kỷ yếu tồn văn đề tài khoa học Đại hội Tim mạch học Quốc gia Việt nam lần thứ VII, tr 483-489 4 Đỗ Ngọc Liên (2004), Miễn dịch học sở, Nhà xuất Đại học Quốc gia, Hà Nội Đỗ Trung Phấn (2004), Bài giảng huyết học-truyền máu, Nhà Xuất Y Học, Hà Nội Nguyễn Thị Minh Phương, Trần Thái Thượng, Phạm Đức Đan, Đỗ Hữu Chí, Nguyễn Bích Nhi, Đặng Minh Hải, Đỗ Dỗn Lợi, Phan Văn Chi (2013), “Mức độ biểu protein bền nhiệt huyết bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành cấp”, Tạp chí Y học Việt Nam, 410(2), tr 114-120 Hoàng Văn Sơn (2009), “Proteomics lâm sàng”, Hội thảo VNProteomics lần I, Nhà xuất Khoa học Tự nhiên Công nghệ, Hà Nội Tiếng Anh Adkins J., Susan N., Varnum M., Auberry K J (2002), “Toward a human bloodserum proteome analysis by multimensional seperation coupled with mass spectrometry”, Molecular Cellular proteomics, 1, pp 947-955 Almén M S., Nordström K J V., Fredriksson R., Schiöth H B (2009), “Mapping the human membrane proteome: a majority of the human membrane proteins can be classified according to function and evolutionary origin”, BioMed Central Biology, 7(50), pp 1-14 10 Anderson J L., Adams C D., Antman E M (2007), “ACC/AHA guidelines for the management of patients with unstable angina/non-ST-Elevation myocardial infarction: a report of the American College of Cardiology”, Journal of American Heart Association, 116, pp 148-304 11 Anderson N L., Anderson N G (1998), “Proteome and proteomics: new technologies, new concepts, and new words, Electrophoresis, 19(11), pp 18531861 12 Anderson N L., Anderson N G (2002), “The human plasma proteome, history, character and diagnostic prospects”, Molecular & Cellular Proteomics, 1(10), pp 845-867 13 Anderson, N L., Anderson N G (2003), “The Human Plasma Proteome: History, Character, and Diagnostic Prospects”, Molecular & Cellular Proteomics, 2(1), pp 50 14 Anderson N L., Polanski M., Rembert P., Gatlin T., Tirumalai R S., Conrads T P., Veenstra T D., Adkins J N., Pounds J G., Fagan R., Anna L (2004), “The Human Plasma Proteome-A Nonredundant List Developed by Combination of Four Separate Sources”, Molecular & Cellular Proteomics, 3, pp 311-326 15 Bashore T M., (2001), “American College of Cardiology/Society for Cardiac Angiography and Interventions Clinical Expert Consensus Document on Cardiac Catheterization Laboratory Standards A Report of the American College of Cardiology Task Force - 50 -on Clinical Expert Consensus Documents”, Journal of the American College of Cardiology, 37, pp 2170-2214 16 Chan K C., Lucas D A., Hise D., Schaefer C F., Xiao Z., Janini G M., Kenneth H B., Haleem J I., Veenstra T D., Conrads T P (2004), “Analysis of the Human serum proteome”, Clinical Proteomics I, 1(2), pp 101-225 17 Cnop M., Welsh N., Jonas J C., Jorns A (2005), “Mechanisms of pancreatic beta-cell death in type and type diabetes: many differences, few similarities”, Diabetes, 54, pp 97-107 18 Da Cruz S., Martinou J C (2008), “Purification and proteomic analysis of the mouse liver mitochondrial inner membrane”, Methods in Molecular Biology, 432, pp 101-116 19 Das S., Hahn Y., Nagata S., Willingham M C (2007), “NGEP – a prostate – specific plasma membrane protein that promotes the association of LNCaP cells”, Cancer Research, 67, pp 1594–1601 20 Dhillon A S., Hagan S., Rath O., Kolch W (2007), “MAP kinase signalling pathways in cancer”, Oncogene, 26, pp 3279–3290 21 Dung N T., Chi D H., Thao L T B., Dung N T K., Nhi N B and Chi P V (2013), “Identification and Characterization of Membrane Proteins from Mouse Brain Tissue”, Journal Proteomics & Bioinformatics, 6(6), pp 142-147 22 Foster L J., Zeemann P A., Li C., Mann M (2005), “Differential expression profiling of membrane proteins by quantitative proteomics in a human mesenchymal stem cell line undergoing osteoblast differentiation”, Stem Cells, 23, pp 1367–1377 23 Franklin S., Zhang M J., Chen H., Paulsson A K., Mitchell-Jordan S A., Li Y., Ping P., Vondriska T.M (2010), “Specialized compartments of cardiac nuclei exhibit distinct proteomic anatomy”, Molecular & Cellular Proteomics, pp 10 24 Gianazza E., Arnaud P (1982), “General method for fractionation of plasma protein: Dye-ligand affinity chromatography on immobillized Cibacron Blue F3-GA”, Biochemical Journal, 201, pp 129-136 25 Gloriam D., Foord S., Blaney F., Garland S (2009), “Definition of the G proteincoupled receptor transmembrane bundle binding pocket and calculation of receptor similarities for drug design”, Journal of Medicinal Chemistry, 52, pp 4429–4442 26 Hunt D., Henderson R., Shabanowitz J., Sakaguchi K., Michel H., Sevilir N., Cox A., Appella E., and Engelhard V (1992), “Characterization of peptides bound to the class I MHC molecule HLA-A2.1 by mass spectrometry”, Science, 255(5049), pp 1261-1263 27 International Diabetes Federation (2003), “Metabolic syndrome -driving the CVD epidemic”, Avenue Emile De Mot 19 B-1000 Brussels, Belgium, pp 1-3 28 Kabbani N (2008), “Proteomics of membrane receptors and signaling”, Proteomics, 8, pp 4146-4155 29 Kislinger T., Cox B., Kannan A., Chung C., Hu P., Ignatchenko A., Scott M S., Gramolini A O., Morris Q., Hallett M T., Rossant J., Hughes T R., Frey B., Emili A (2006), “Global Survey of Organ and Organelle Protein Expression in Mouse: Combined Proteomic and Transcriptomic Profiling” Cell, 125, pp 173186 30 Lallet-Daher H., Roudbaraki M., Bavencoffe A., Mariot P (2009), “Intermediateconductance Ca21-activated K1channels (IKCa1) regulate human prostate cancer cell proliferation through a close control of calcium entry”, Oncogene, 28, pp 1792-1806 31 Li J., Kelly J F., Chernushevich I., Harrison D J., Thibault P (2000), “Separation and Identification of Peptides from Gel-Isolated Membrane Proteins Using a Microfabricate dDevice for Combined Capillary Electrophoresis/ Nanoelectrospray Mass Spectrometry”, Analytical Chemistry, 72, pp 599-609 32 Liebler D C (2002), Introduction to Proteomics, Humana Press, Totowa, New Jersey 33 Lindmark R., Thoren-Tolling K., Sjoquist J (1983), “Binding of Immunoglobulins to Protein A and Immunoglobulin Levels in Mammalian Sera”, Journal of Immunological Methods, 62, pp 1-13 34 Liu X., Zhang M., Go V L., (2010), “Membrane proteomic analysis of pancreatic cancer cells”, Journal of Biomedical Science;17(1), pp 17-74 35 Lodish H., Berk A., Zipursk S L., Matsudaira P (2002), Molecular Cell Biology, 4th Edition, W H Freeman and Company, New York 36 Mackay J., Mensah G A (2004), "Deaths From coronary heart disease", The atlas of heart disease and stroke-WHO, Geneva, pp 48-49 37 Maruyama T., Tanaka S., Shimada A., Funae O (2008), “Insulin intervention in slowly progressive insulin-dependent (type 1) diabetes mellitus”, The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism, 93, pp 2115-2121 38 Morandell S., Stasyk T., Skvortsov S., Ascher S., Huber L A (2008), “Quantitative proteomics and phosphoproteomics reveal novel insights into complexity and dynamics of the EGFR signaling network”, Proteomics, 8, pp 4383-4401 39 Nguyen V., Cao L., Lin J T., Hung N (2009), “A new approach for quantitative phosphoproteomic dissection of signaling pathways applied to T cell receptor activation” Molecular & Cellular Proteomics, 8, pp 2418-2431 40 Nielsen P A., Olsen J V., Podtelejnikov A V., (2005), “Proteomic mapping of brain plasma membrane proteins”, Molecular & Cellular Proteomics, 4(4), pp 402-408 41 Olsen J V., Blagoev B., Gnad F., Macek B (2006), “Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks”, Cell, 127, pp 635-648 42 Pallister C J.,Watson M S (2010), Haematology, Scion Publishing, Banbury, UK, pp 334-336 43 Parker B L., Palmisano G., Edwards A V G., White M Y., Engholm-Keller K., Lee A., Scott N E., Kolarich D., Hambly B D., Packer N H., Larsen M R., Cordwell S J (2011), “Quantitative N-linked Glycoproteomics of Myocardial Ischemia and Reperfusion Injury Reveals Early Remodeling in the Extracellular Environment”, Molecular & Cellular Proteomics, 10, pp 1-10 44 Parveen S., Jake C., Anthony O G (2013), “Recent advances in cardiovascular proteomics”, Journal of Proteomics, 81, pp 3-14 45 Ren L., Hong S H., Cassavaugh J., Osborne T (2009), “The actin-cytoskeleton linker protein ezrin is regulated during osteosarcoma metastasis by PKC”, Oncogene, 28, pp 792–802 46 Thanh T T., Chi P V (2010), “Separation and identification of mouse liver membrane proteins using a gel-based approach in combination with 2DnanoLCQ-TOF-MS/MS”, Advances In Natural Sciences: Nanoscience and Nanotechnology, 1, pp 1-7 47 Tirumalai R S., Chan K C., Prieto D A., Issaq H J., Conrads T P., Veenstra T D (2004), “Characterization of the Low Molecular Weight Human Serum Proteome”, Molecular & Cellular Proteomics, 2, pp 1096-1103 48 Turner M W., Hulme B (1970), The Plasma Proteins: An Introduction, Pitman Medical &Scientific Publishing Co Ltd., London 49 Verrills, N M (2006), “Clinical proteomics: present and future prospects”, The Clinical biochemist Reviews/Australian Association of Clinical”, Biochemists, 27(2), pp 99-116 50 Wilkins M R., Sanchez J C., Gooley A A., Appel R D., Humphery-Smith I., Hochstrasser D F., and Williams K L (1996), “Progress with proteome projects: why all proteins expressed by a genome should be identified and how to it”, Biotechnology & genetic engineering reviews, 13, pp 19-50 51 Yu, L (2013), "Genetic and pharmacological inhibition of galectin-3 prevents cardiac remodeling by interfering with myocardial fibrogenesis", Circulation: Heart Failure, 6(1), pp 107–117 52 Zhang L., Xie J., Wang X., Liu X (2005), Proteomic analysis of mouse liver plasma membranes: use of differential extraction to enri hydrophobic membrane proteins Proteomics, 5, pp 4510–4524 World Wide Web 53 http://emedicine.medscape.com/article/811905-overview#aw2aab6b3 (21/12/2013) 54 http://www.hopkinsmedicine.org/healthlibrary/conditions/cardiovascular_ diseases/anatomy_and_function_of_the_coronary_arteries_85,P00196/ (06/12/2013) 55 http://www.uniprot.org/taxonomy/complete-proteomes (15/11/2013) 56 http://www.unitus.it/scienze/corsonew/lezione11.html(06/11/2013) 57 http://www.who.int/cardiovascular_diseases/en/ (29/11/2013) ... tích hệ protein thể Tại Việt Nam, nghiên cứu proteomics tiến hành số năm qua đạt kết định Trên sở chúng tơi thực đề tài Nghiên cứu xác định hệ protein màng huyết bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành. .. chứng mạch vành cấp với mục đích: Nhận diện protein màng có huyết bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành cấp Xây dựng phân tích liệu protein Dự đoán số vùng xuyên màng cấu trúc protein màng Đề tài thực... (2013), “Mức độ biểu protein bền nhiệt huyết bệnh nhân mắc hội chứng mạch vành cấp , Tạp chí Y học Việt Nam, 410(2), tr 114-120 Hoàng Văn Sơn (2009), “Proteomics lâm sàng”, Hội thảo VNProteomics