Đang tải... (xem toàn văn)
332-LuanVanThacSi-ChuaPhanLoai (398).pdf tài liệu, giáo án, bài giảng , luận văn, luận án, đồ án, bài tập lớn về tất cả...
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN VŨ VĂN QUỲ NGHIÊN CỨU TẦN SUẤT ALEN CỦA MỘT SỐ LOCUS GEN Ở NGƯỜI VIỆT LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà nội, 2010 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN VŨ VĂN QUỲ NGHIÊN CỨU TẦN SUẤT ALEN CỦA MỘT SỐ LOCUS GEN Ở NGƯỜI VIỆT LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Chuyên ngành: Di truyền học Mã số: 60 42 70 Người hướng dẫn: TS Trần Văn Khoa Hà nội, 2010 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành luận văn này, nhận giúp đỡ tận tình từ thầy cô, ban lãnh đạo công ty nơi làm việc, gia đình bạn bè Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến TS Trần Văn Khoa – Chủ nhiệm Bộ môn Sinh học & Di truyền học – Học viện Quân Y, CN Triệu Tiến Sang tập thể Phòng Công nghệ gen Di truyền tế bào – Trung tâm nghiên cứu Sinh-Y-Dược học Quân - Học viện Quân Y tận tình hướng dẫn, tạo điều kiện giúp đỡ suốt trình nghiên cứu Tôi xin chân thành cảm ơn thầy cô Bộ môn Di truyền học, Ban Chủ nhiệm khoa Sinh học, Phòng Sau đại học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên tạo điều kiện giúp đỡ trình học tập nghiên cứu Chân thành cảm ơn anh chị em, bạn đồng nghiệp chia sẻ khó khăn trình thực đề tài nghiên cứu Xin chân thành cảm ơn gia đình, bạn bè động viên, giúp đỡ mặt tinh thần để hoàn thành luận văn Hà nội, tháng 12 năm 2010 Vũ Văn Quỳ MỤC LỤC Trang MỞ ĐẦU Chương TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Các phương pháp kinh điển nhận dạng pháp y khoa học hình 1.1.1 Nhận dạng người phương pháp hình thái 1.1.1.1 Nhận dạng thông qua mô tả 1.1.1.2 Phương pháp vẽ lại đối tượng qua mô tả 1.1.1.3 Phương pháp ghép ảnh 1.1.1.4 Phương pháp phục chế khuôn mặt hộp sọ 1.1.2 Phương pháp nhận dạng qua 1.1.3 Nhận dạng vân da 10 1.1.4 Nhận dạng cá thể yếu tố di truyền có chất Protein 12 1.1.4.1 Xác định nhóm máu 13 1.1.4.2 Xác định số nhóm protein huyết 14 1.1.4.3 Xác định nhóm enzyme 15 1.2 DNA nhận dạng pháp y, khoa học hình 15 1.2.1 Cơ sở khoa học phân tích DNA nhân nhận dạng cá thể 15 1.2.2 Đa hình trình tự DNA 16 1.2.3 Phương pháp phân tích DNA nhận dạng pháp y 18 1.2.3.1 Phương pháp lai DNA – DNA 18 1.2.3.2 Phương pháp RFLP 18 1.2.3.3 Các phương pháp phân tích DNA dựa kỹ thuật PCR 19 1.3 STR sử dụng nhận dạng cá thể người 20 1.3.1 Khái niệm đoạn lặp STR 20 1.3.2 Danh pháp marker DNA 22 1.4 Các kit thương mại sử dụng locus STR nhận dạng cá thể người 23 1.5 Bộ kit nhận dạng AmpFlSTR® Identifiler® PCR Amplification Kit 29 Chương VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 32 2.1 Vật liệu nghiên cứu 32 2.1.1 Đối tượng nghiên cứu 32 2.1.2 Hóa chất 32 2.1.3 Thiết bị dụng cụ 33 2.2 Phương pháp nghiên cứu 34 2.2.1 Các phương pháp tách chiết DNA 34 2.2.1.1 Phương pháp tách chiết Chelex 34 2.2.1.2 Phương pháp tách chiết PrepFiler™ Forensic DNA Extraction Kit 35 2.2.1.3 Phương pháp tách chiết DNA QIAamp DNA Investigator Kit 36 2.2.1.4 Quy trình tách chiết hạt từ tính 38 2.2.2 Phương pháp định lượng DNA 39 2.2.3 Phương pháp PCR 39 2.2.4 Phương pháp điện di huỳnh quang 43 2.2.5 Phương pháp phân tích tính tần suất alen 45 2.2.5.1 Phương pháp phân tích alen 45 2.2.5.2 Phương pháp tính tần suất alen 46 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 49 3.1 Tách chiết DNA tổng số từ mẫu nghiên cứu 49 3.1.1 Phương pháp tách chiết Chelex 50 3.1.2 Phương pháp tách DNA PrepFilerTM Forensic DNA Extraction Kit 50 3.1.3 Phương pháp tách DNA QIAamp® DNA Investigator Kit 52 3.1.4 Phương pháp tách chiết hạt từ tính 53 3.2 Xác định kiểu gen locus STR 54 3.3 So sánh tần suất tương đối alen nghiên cứu với số nghiên cứu khác 59 3.3.1 Locus D8S1179 60 3.3.2 Locus D21S11 61 3.3.3 Locus D7S820 62 3.3.4 Locus CSF1PO 63 3.3.5 Locus D3S1358 64 3.3.6 Locus TH01 65 3.3.7 Locus D13S317 66 3.3.8 Locus D16S539 67 3.3.9 Locus D2S1338 68 3.3.10 Locus D19S433 69 3.3.11 Locus vWA 70 3.3.12 Locus TPOX 71 3.3.13 Locus D18S51 72 3.3.14 Locus D5S818 73 3.3.15 Locus FGA 74 KẾT LUẬN 78 KIẾN NGHỊ 79 TÀI LIỆU THAM KHẢO 80 CÁC BẢNG PHỤ LỤC DANH MỤC CÁC BẢNG Số hiệu Tên bảng Trang 1.1 Các kit thương mại marker STR phổ biến 24 1.2 So sánh alen có số kit thương mại phổ biến 27 1.3 Vị trí locus NST Dye label tương ứng 30 2.1 Hàm lượng DNA loại mô khác 40 2.2 Thành phần phản ứng PCR 42 2.3 Đặc điểm chất nhuộm màu huỳnh quang sử dụng 43 kit Identifiler 3.1 Kết kiểm tra nồng độ DNA mẫu nghiên cứu 51 tách PrepFilerTM Forensic DNA Extraction Kit 3.2 Kết đo nồng độ độ tinh DNA tách chiết từ 53 mẫu chân tóc hạt từ tính 3.3 Kiểu gen 16 Locus STR (mẫu HN00254) 57 3.4 Tần suất xuất alen quần thể nghiên cứu 58 3.5 Tần suất alen locus D8S1179 nghiên cứu chúng 60 số nước giới 3.6 Tần suất alen locus D21S11 nghiên cứu chúng 61 số nước giới 3.7 Tần suất alen locus D7S820 nghiên cứu chúng 62 số nước giới 3.8 Tần suất alen locus CSF1PO nghiên cứu chúng 63 số nước giới 3.9 Tần suất alen locus D3S1358 nghiên cứu chúng 64 số nước giới 3.10 Tần suất alen locus TH01 nghiên cứu 65 số nước giới 3.11 Tần suất alen locus D13S317 nghiên cứu chúng 66 số nước giới 3.12 Tần suất alen locus D16S539 nghiên cứu số nước giới 67 3.20 Tần suất alen locus D2S1338 nghiên cứu chúng 68 số nước giới 3.21 Tần suất alen locus D19S433 nghiên cứu chúng 69 số nước giới 3.22 Tần suất alen locus vWA nghiên cứu 70 số nước giới 3.23 Tần suất alen locus TPOX nghiên cứu 71 số nước giới 3.24 Tần suất alen locus D18S51 nghiên cứu chúng 72 số nước giới 3.25 Tần suất alen locus D5S818 nghiên cứu chúng 73 số nước giới 3.26 Tần suất alen locus FGA nghiên cứu 74 số nước giới 3.27 Bảng tổng hợp khả phân biệt tất locus nghiên cứu số nước giới 77 DANH MỤC CÁC HÌNH VẼ, ĐỒ THỊ Số hiệu Tên hình vẽ, đồ thị Trang 1.1 Vân da đầu ngón tay 11 1.2 Một số locus đa hình sử dụng nhận dạng cá thể 23 1.3 Hai kit sử dụng phổ biến nhận dạng pháp y 26 1.4 Bộ kit thương mại Identifiler hãng Applied Biosystems 29 1.5 Khả phân biệt loci kit Identifiler 31 2.1 Sơ đồ tóm tắt quy trình nghiên cứu 34 2.2 Bộ kít tách DNA PrepFiler™ Forensic DNA Extraction Kit 35 2.3 Quy trình tách chiết DNA PrepFiler extraction kit 35 2.4 Thành phần bước tách DNA kít QIAamp 36 DNA Investigator kit 2.5 Các dye kỹ thuật điện di huỳnh quang màu 44 2.6 Các locus tương ứng với màu kỹ thuật điện di huỳnh 44 quang 2.7 Các alen thang alen chuẩn AmpFlSTR Identifiler™ 46 Allelic Ladder 3.1 Ảnh kiểm tra nồng độ DNA tách Chelex 100 máy 50 quang phổ 3.2 Ảnh điện di kiểm tra DNA gel Agarose 0.8% 52 3.3 Ảnh điện di thang alen ứng với locus D8S1179, D21S11, 54 D7S820 CSF1PO (Dye 6-FAM) 3.4 Ảnh điện di thang alen ứng với locus D3S1358, TH01, 55 D13S317, D16S539 D2S1338 (Dye VIC) 3.5 Ảnh điện di thang alen ứng với locus D19S433, vWA, 55 TPOX D18S51 (Dye NED) 3.6 Ảnh điện di thang alen ứng với locus Amelogenin, 56 D5S818 FGA (Dye PET) 3.7 Kiểu gen 16 locus STR (mẫu HN00254) 57 DANH MỤC CHỮ CÁI VIẾT TẮT DNA Deoxyribonucleic acid NST Nhiễm sắc thể STR Các đoạn lặp lại ngắn Short tandem repeat Bp Base pair RFLP Restriction fragment length polymorphism Đa hình chiều dài đoạn cắt enzyme giới hạn AFLP Amplified fragment length polymorphism Đa hình chiều dài đoạn nhân PCR Polymerase chain reaction Phản ứng chuỗi trùng hợp