SỬ DỤNG PHẦN MỀM QUANTUM GIS TRONG VIỆC QUẢN LÝ DỊCH PRRS TẠI LONG AN NĂM 2011

BỘ GIÁO DỤC ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH KHOA CHĂN NUÔI – THÚ Y **************** PHẠM HIỀN SỬ DỤNG PHẦN MỀM QUANTUM GIS TRONG VIỆC QUẢN LÝ DỊCH PRRS TẠI LONG AN NĂM 2011 Khóa luận đệ trình để đáp ứng yêu cầu cấp Bác sỹ thú y Giáo viên hướng dẫn TS LÊ THANH HIỀN TS TRẦN THỊ BÍCH LIÊN Tháng 08/2012 i PHIẾU XÁC NHẬN CỦA GIÁO VIÊN HƯỚNG DẪN Họ tên sinh viên thực hiện: Phạm Hiền Tên khóa luận: “SỬ DỤNG PHẦN MỀM QUANTUM GIS TRONG VIỆC QUẢN LÝ DỊCH PRRS TẠI LONG AN NĂM 2011” Đã hoàn thành khóa luận theo yêu cầu giáo viên hướng dẫn ý kiến nhận xét, đóng góp hội đồng chấm thi tốt nghiệp Khoa, ngày 16/08/2012 Giáo viên hướng dẫn TS Lê Thanh Hiền TS Trần Thị Bích Liên ii LỜI CẢM TẠ Tôi xin chân thành cảm tạ: – Cảm ơn công ơn sinh thành nuôi dưỡng cha mẹ người suốt đời hy sinh cho mong có ngày hôm – Ban Giám hiệu, quý thầy, cô khoa Chăn nuôi – Thú y trường Đại học Nông lâm thành phố Hồ Chí Minh tạo điều kiện truyền đạt kiến thức cho thời gian học tập trường – TS Trần Thị Bích Liên TS Lê Thanh Hiền tận tình hướng dẫn trình thực luận văn – Chân thành cảm ơn anh Bạch Đức Lữu anh chị Cơ quan Thú y vùng VI, hỗ trợ giúp đỡ suốt trình thực tập – Chân thành cảm ơn anh chị Chi cục Thú y Long An Trạm Thú y Tân An, Tân Trụ, Châu Thành hỗ trợ giúp đỡ suốt trình thực tập – Các bạn lớp thú y, khóa 2007 – 2012, trường Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh hỗ trợ chia sẻ kiến thức quý báu trình học tập Sinh viên Phạm Hiền iii TÓM TẮT Đề tài ”Sử dụng phần mềm Quantum GIS việc quản lý dịch PRRS Long An năm 2011” thực từ ngày 12 tháng 02 năm 2012 đến ngày 20 tháng 06 năm 2012 Phương pháp điều tra hồi cứu điều tra bệnh chứng áp dụng để thu thập sở liệu địa bàn khảo sát Việc điều tra cụ thể bao gồm: điều tra thông tin chung tình hình chăn nuôi tỉnh huyện (Châu Thành, Tân Trụ Tân An) từ thống kê Chi cục Thú y; trực tiếp xác định tọa độ hộ bệnh PRRS 2011 huyện khảo sát; điều tra trực tiếp thông tin chăn nuôi hộ có bệnh không bệnh Châu Thành Với thông tin thu thập được, dạng đồ tình hình chăn nuôi, tình hình dịch PRRS xây dựng Việc điều tra nông hộ góp phần vào việc đánh giá yếu tố nguy liên quan đến dịch PRRS Chúng xác định việc tiêm vaccine trước thời gian có dịch hay tăng cường sát trùng chuồng trại có khả bảo vệ hộ chăn nuôi không bị dịch, khoảng cách gần hộ bệnh bán kính km có tiền sử bệnh yếu tố nguy liên quan đến bệnh Tóm lại, QGIS phần mềm hữu ích việc quản lý chăn nuôi dịch bệnh cho tỉnh, góp phần vào việc xác định yếu tố nguy mặt không gian từ có nhận định dịch đưa chiến lược hợp lý việc khống chế dịch PRRS nói riêng dịch bệnh nói chung iv MỤC LỤC TRANG BỘ GIÁO DỤC ĐÀO TẠO i PHIẾU XÁC NHẬN CỦA GIÁO VIÊN HƯỚNG DẪN ii LỜI CẢM TẠ iii TÓM TẮT iv MỤC LỤC v TRANG v DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT viii DANH SÁCH CÁC BẢNG, BIỂU ĐỒ ix DANH SÁCH CÁC HÌNH x Chương MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục đích yêu cầu 1.2.1 Mục đích 1.2.2 Yêu cầu Chương TỔNG QUAN 2.1 Giới thiệu bệnh PRRS .4 2.1.1 Lịch sử phát nghiên cứu bệnh PRRS 2.1.2 Căn bệnh 2.1.3 Triệu chứng .5 2.1.4 Bệnh tích 2.1.5 Chẩn đoán .8 v 2.1.6 Phòng bệnh .9 2.1.7 Dịch tễ học 10 2.1.7.1 Chất chứa virus 10 2.1.7.2 Đường xâm nhập 11 2.1.7.3 Cách sinh bệnh .11 2.1.7.4 Phương thức lây lan .13 2.1.7.5 Tình hình bệnh PRRS giới 14 2.1.7.6 Tình hình bệnh PRRS Việt Nam 15 2.2 Hệ thống thông tin địa lý .16 2.2.1 Giới thiệu 16 2.2.2 Định nghĩa 16 2.2.3 Các hoạt động GIS .17 2.2.4 Những ứng dụng thực tiễn GIS .19 2.2.5 Giới thiệu Quantum GIS .19 2.2.5.1 Chương trình QGIS 21 2.2.5.2 Hệ thống menu chuẩn QGIS 22 Chương NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23 3.1 Thời gian địa điểm 23 3.2 Vật liệu 23 3.3 Nội dung thực 24 3.4 Phương pháp nghiên cứu .24 3.4.1 Điều tra thông tin sở 24 3.4.2 Xác định tọa độ địa lý hộ bệnh PRRS năm 2011 25 3.4.3 Xây dựng đồ quản lý dịch PRRS 25 3.4.3.1 Xây dựng lớp đồ 25 vi 3.4.3.2 Xây dựng lớp liệu liên quan đến tình hình chăn nuôi dịch PRRS 25 3.4.3.3 Xác định số thông số không gian liên quan đến dịch PRRS 26 3.4.4 Các thao tác QGIS 26 3.4.4.1 Phương pháp tải liệu 26 3.4.4.2 Thao tác thêm lớp liệu vào phần mềm QGIS .27 3.4.4.3 Những thao tác đồ 27 3.4.4.4 Thao tác đưa tọa độ điểm lên đồ 29 3.4.4.5 Tạo vùng dịch vùng đệm cho ổ dịch 30 3.4.4.6 Đo khoảng cách tọa độ điểm dùng QGIS 31 Chương KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN .33 4.1 Tình hình chăn nuôi bệnh PRRS Châu Thành, Tân Trụ Tân An 33 4.1.1 Tình hình chăn nuôi Châu Thành, Tân Trụ Tân An .33 4.1.2 Tình hình dịch PRRS Châu Thành, Tân Trụ Tân An .34 4.1.3 Bản đồ dịch tễ dịch PRRS 2011 36 4.1.3.1 Bản đồ phân bố hộ bệnh mật độ chăn nuôi Châu Thành, Tân Trụ Tân An 36 4.1.3.2 Thiết lập đồ vùng có dịch, vùng đệm huyện thị .38 4.2 Kết điều tra chăn nuôi bệnh PRRS Châu Thành 40 4.2.1 Tình hình chăn nuôi bệnh PRRS Châu Thành .40 4.2.2 Các yếu tố liên quan đến bệnh 45 Chương KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ .48 5.1 Kết luận .48 5.2 Đề Nghị .48 TÀI LIỆU THAM KHẢO .49 PHỤ LỤC 53 vii DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt Nguyên văn IFA Indirect Fluorescent Antibody IPMA Immonoperoxydase Monoplayer Assay ELISA Enzyme Linked Immunosorbent Assay GIS Geographic Information System GPS Global Positionning System OIE Office International des Epizooties OR Odd Ratio ORF Open Reading Frames PAM Pulmonary Alveolar Macrophage PRRS Porcine Reproductive anh Respiratory Syndrome PRRSV Porcine Reproductive anh Respiratory Syndrome Virus RNA Ribonucleic Acid RT–PCR Reverse Transcriptase – Polymerase Chain Frames SVN Serum Virus Neutralization viii DANH SÁCH CÁC BẢNG, BIỂU ĐỒ BẢNG TRANG Bảng 4.1 Cơ cấu đàn heo huyện thuộc Long An 33 Bảng 4.2 Thống kê dịch PRRS Long An 35 Bảng 4.3 Tình hình chăn nuôi dịch PRRS Châu Thành .43 Bảng 4.4 Các tiêu khảo sát .45 Bảng 4.5 Các thông số không gian 47 BIỂU ĐỒ TRANG Biểu đồ 4.1 Tỷ lệ bệnh PRRS xã huyện Châu Thành 44 ix DANH SÁCH CÁC HÌNH HÌNH TRANG Hình 2.1 Cửa sổ chương trình QGIS .21 Hình 3.1 Máy định vị Garmin etrex 10 23 Hình 3.2 Thao tác thêm lớp liệu vào phần mềm 27 Hình 3.3 Thay đổi lớp đồ 28 Hình 3.4 Xác định thông tin lớp liệu đồ 28 Hình 3.5 Cửa sổ mở tập tin chứa tọa độ điểm phần mền QGIS 30 Hình 3.6 Màn hình vào buffer(s) 31 Hình 3.7 Cửa sổ buffer(s) 31 Hình 3.8 Màn hình vào Distance matrix 32 Hình 3.9 Cửa sổ Distance matrix 32 Hình 4.1 Bản đồ mật độ chăn nuôi 34 Hình 4.2 Màn hình vào Attribute table 37 Hình 4.3 Cửa sổ Attribute table 37 Hình 4.4 Phân bố hộ bệnh, lò mổ điểm trung chuyển sông ngòi đường giao thông huyện khảo sát 38 Hình 4.5 Bản đồ mật độ chăn nuôi phân bố hộ bệnh 38 Hình 4.6 Vùng dịch vùng đệm quanh ổ dịch PRRS huyện khảo sát 40 Hình 4.7 Kiểu chuồng nuôi heo Châu Thành 41 x + Vị trí sát trùng: chuồng □ vách chuồng □ mái chuồng □ + Loại thuốc: Vôi □ Thuốc sát trùng □ Vôi + thuốc sát trùng □ Số lần sát trùng ……………………, khè lửa □, khác ……………………… + Thuốc sát trủng sử dụng: ……………… • Dụng cụ chăn nuôi dùng chung cho dãy chuồng: Có □ • Kim tiêm dùng chung heo: Có □ Không □ Có □ Không □ • Xử lý chất thải: (1) Hốt phân riêng  ủ phân nuôi……… m (2) Biogas (3) Có hồ sinh học (4) Thải trực tiếp Không □ □, khoảng cách nơi ủ phân so với chuồng □ □ □ 56 • Các bệnh tiêm phòng trại: Quy trình tiêm Bệnh Heo nái Heo thịt Heo đực Tên vaccine giống PRRS Dịch tả LMLM • Bảo quản vắc xin quy định nhiệt độ – 80C ngăn mát tủ lạnh tránh ánh sáng chiếu trực tiếp: Có □ Không □ • Phối giống: (1) Trực tiếp □, đực giống lấy từ đâu? (2) Nhân tạo □, tinh dịch nhận từ đâu? (3) Cả hai □ 2.3 Một số yếu tố trại (hộ) • Thức ăn: đánh dấu chéo hay viết cụ thể tên thương mại Loại thức ăn Heo nái Nái nuôi Tập ăn Tă hỗn hợp Tă đậm đặc + trộn Tă tự trộn hoàn toàn Thức ăn thừa gia đình Thức ăn thừa lấy từ nơi khác 57 Cai sữa Heo thịt – Nguồn nguyên liệu thức ăn tự trộn : + Mua hoàn toàn □ Tự sản xuất □ – Có cho ăn rau xanh: có □ không □ + nguồn gốc: nhà trồng □ mua chợ + Trước cho ăn có rửa không: có □ • Hình thức đưa thức ăn trại: Tự vận chuyển □ □ không Đại lý vận chuyển • Phun thuốc sát trùng xe người vào trại: Có □ • Sát trùng vị trí đậu xe: có □ Không □ □ không □ III Diễn tiến tình hình dịch bệnh – Năm 2009 có xảy dịch không: có □ – Năm 2010 có xảy dịch không: có □ không không □ □ • Thời điểm phát bệnh: ngày ……….tháng ……………năm 2011 + Khoảng thời gian bệnh kéo dài……………………… + Có báo cáo không………… + Biện pháp xử lý: (1) Tiêu hủy bệnh □ (2) Điều trị bệnh □ (3) Bán bệnh □ • Cách xử lý xác chết: + Chôn: độ sâu … m, rải vôi: □ + Đốt : đưa đên lò đốt: □, tự đào hố lót vỉ đốt: + Đốt +chôn: □ □ • Ổ dịch quản lý nào? + Nuôi giữ heo chuồng để chăm sóc, theo dõi: + Tiêu huỷ số heo lại + Giết mổ heo ổ dịch + Bán chạy + Tiêu độc khử trùng khu vực ổ dịch + Tiêm phòng vắc xin cho heo lại 58 □ + Điều trị tăng sức đề kháng: Tự điều trị □ Có: □ Không: □ Người khác điều trị □ Điều trị phát triệu chứng gì, nhóm heo …………………………………………………………………………… + Loại thuốc ……………………………………………………………………… + Thời gian điều trị……………………………………………………… + Liều điều trị + Kết điều trị………………………………………………………… + Người điều trị người hướng dẫn điều trị ………………………… Khác (ghi rõ) IV THÔNG TIN VỀ CÁN BỘ ĐIỀU TRA Họ tên: Đơn vị công tác: Chức vụ: Người cung cấp thông tin Người điều tra (ký ghi rõ họ, tên) (ký ghi rõ họ, tên) 59 Phục lục PHIẾU ĐIỀU TRA CÁC HỘ NUÔI HEO KHÔNG BỆNH PRRS (từ năm 2008 đến năm 2011) TẠI HUYỆN CHÂU THÀNH, TỈNH LONG AN Số phiếu:………… Ngày điều tra: Tên chủ trại (hộ): Địa Ấp…………………… Xã………………………Huyện…………………… Điện thoại liên lạc: Tọa độ: Kinh tuyến: ………………………………… Vĩ tuyến: ………………… II Thông tin chung Nhóm heo Nội dung Đực giống Nái Cai sữa Trên Trên Theo –2 –4 tháng mẹ tháng tháng tuổi tuổi tuổi hậu bị Ghi Số nuôi Số nuôi thời điểm có dịch II Yếu tố khảo sát (dịch tễ) 2.1 Con giống • Heo nuôi trại có chủ yếu nguồn gốc: (1) Tự sản xuất (2) Mua bên (3) Cả hai + Khoảng tháng, trước thời điểm dịch đề cập, trại có mua heo từ bên không? Có □ Không □ + Nếu có, mua bao nhiêu: …………, nguồn gốc từ: (1) Trại giống (2) Trại chăn nuôi khác 60 (3) Hộ gia đình khác + Khoảng cách từ nơi mua đến trại là: …………… (km) + Tháng tuổi heo lúc mua về………………tháng + Mục đích mua: nuôi giống □ nuôi thịt □ + Heo mua có thông tin tiêm phòng không? Có □ Không □ + Nếu có, liệt kê bệnh tiêm phòng: ……………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………… 2.2 Điều kiện chăn nuôi trại • Nguồn nước sử dụng: (2) Nước máy (2) Giếng khoan (3) Giếng đào (4) Nước bề mặt + Nước sử dụng khử trùng không? + Nếu có loại thuốc (ghi tên thuốc):……………………………………… • Chuồng trại: + Tổng số dãy chuồng: - Heo nái: …………….dãy - Heo sau cai sữa:………………… dãy - Heo thịt:…………………… dãy - Heo hậu bị:……………… dãy - Heo đực giống:…………… dãy + Nuôi chung loại heo dãy chuồng: Có □ Không □ + Lối dãy chuồng: Chung □ Riêng □ + Khoảng cách bình quân dãy chuồng:…………….m + Diện tích chuồng: Chuồng heo nái: …………… con/chuồng ……… (m) x…… (m) Chuồng heo cai sữa – tháng tuổi:….…con/chuồng ……(m) x…… (m) Chuồng heo thịt:….…… con/chuồng ……… (m) x…… (m) Chuồng heo hậu bị:….…… con/chuồng ……… (m) x…… (m) + Để trống chuồng thả heo vào: Có □ Không □, thời gian …… ngày + Tiêu độc khử trùng thời gian trống chuồng: Có □ Không □ + Hố sát trùng trước cửa dãy trại (chuồng): Có □ Không □ + Hố xử lý phân: có □ không □; vị trí: chuồng □ chuồng □, chuồng khoảng cách so với chuồng:……………m • Tiêu độc sát trùng chuồng trại theo định kì: Có □ 61 Không □ + Vị trí sát trùng: chuồng □ vách chuồng □ mái chuồng □ + Loại thuốc: Vôi □ Thuốc sát trùng □ Vôi + thuốc sát trùng □ Số lần sát trùng ……………………………., khè lửa □, khác ……………… + Thuốc sát trủng sử dụng: ……………… • Dụng cụ chăn nuôi dùng chung cho dãy chuồng: Có □ • Kim tiêm dùng chung heo: Có □ Không □ Có □ Không □ • Xử lý chất thải: (1) Hốt phân riêng  ủ phân nuôi……… m (2) Biogas (3) Có hồ sinh học (4) Thải trực tiếp Không □ □, khoảng cách nơi ủ phân so với chuồng □ □ □ 62 • Các bệnh tiêm phòng trại: Quy trình tiêm Bệnh Heo nái Heo thịt Heo đực Tên vaccine giống PRRS Dịch tả LMLM • Bảo quản vắc xin quy định nhiệt độ – 80C ngăn mát tủ lạnh tránh ánh sáng chiếu trực tiếp: Có □ Không □ • Phối giống: (4) Trực tiếp □, đực giống lấy từ đâu? (5) Nhân tạo □, tinh dịch nhận từ đâu? (6) Cả hai □ 2.3 Một số yếu tố trại (hộ) • Thức ăn: đánh dấu chéo hay viết cụ thể tên thương mại Loại thức ăn Heo nái Nái nuôi Tập ăn Tă hỗn hợp Tă đậm đặc + trộn Tă tự trộn hoàn toàn Thức ăn thừa gia đình 63 Cai sữa Heo thịt Thức ăn thừa lấy từ nơi khác – Nguồn nguyên liệu thức ăn tự trộn : + Mua hoàn toàn □ Tự sản xuất □ – Có cho ăn rau xanh: có □ không □ + nguồn gốc: nhà trồng □ mua chợ + Trước cho ăn có rửa không: có □ • Hình thức đưa thức ăn trại: Tự vận chuyển □ • Phun thuốc sát trùng xe người vào trại: Có □ • Sát trùng vị trí đậu xe: có □ không □ Đại lý vận chuyển □ Không □ □ không □ IV THÔNG TIN VỀ CÁN BỘ ĐIỀU TRA Họ tên: Đơn vị công tác: Chức vụ: Người cung cấp thông tin Người điều tra (ký ghi rõ họ, tên) (ký ghi rõ họ, tên) 64 Phụ Lục 4: kết xử lý thống kê ————— 27/07/2012 4:56:42 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help One-way ANOVA: khoảng cách đến điểm trung chuyển versus loại hộ điều tra Source DF SS MS F P 0.00036 0.00036 0.30 0.585 Error 446 0.53029 0.00119 Total 447 0.53065 loai ho S = 0.03448 R-Sq = 0.07% R-Sq(adj) = 0.00% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level N Mean StDev 224 0.05569 0.03301 224 0.05391 0.03589 -+ -+ -+ -+ -( * ) ( * ) -+ -+ -+ -+ -0.0510 0.0540 0.0570 Pooled StDev = 0.03448 Grouping Information Using Tukey Method loai ho N Mean 224 0.05569 Grouping A 224 0.05391 A Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of loai ho Individual confidence level = 95.00% 65 0.0600 loai ho = subtracted from: loai ho Lower Center Upper -0.00818 -0.00178 0.00462 + -+ -+ -+ ( -* -) + -+ -+ -+ -0.0080 66 -0.0040 0.0000 0.0040 ————— 27/07/2012 5:14:36 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help One-way ANOVA: khoảng cách đến lò mổ versus loại hộ điều tra Source DF SS MS F P 0.07 0.785 loai ho 0.000058 0.000058 Error 446 0.348605 0.000782 Total 447 0.348663 S = 0.02796 R-Sq = 0.02% R-Sq(adj) = 0.00% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level N Mean StDev 224 0.04535 0.02787 224 0.04463 0.02804 + -+ -+ -+ ( -* ) ( * -) + -+ -+ -+ 0.0425 0.0450 0.0475 Pooled StDev = 0.02796 Grouping Information Using Tukey Method loai ho N Mean Grouping 224 0.04535 A 224 0.04463 A Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals All Pairwise Comparisons among Levels of loai ho Individual confidence level = 95.00% 67 0.0500 loai ho = subtracted from: loai ho Lower Center Upper -0.00591 -0.00072 0.00447 + -+ -+ -+ ( -* ) + -+ -+ -+ -0.0060 68 -0.0030 0.0000 0.0030 ————— 27/07/2012 5:21:22 PM ———————————————————— Welcome to Minitab, press F1 for help One-way ANOVA: hộ bệnh gần versus loại hộ điều tra Source DF SS MS F P 0.002156 0.002156 11.56 0.001 Error 2637 0.491877 0.000187 Total 2638 0.494033 loai ho S = 0.01366 Level R-Sq = 0.44% N Mean StDev 1362 0.01266 0.01366 1277 0.01085 0.01365 R-Sq(adj) = 0.40% Individual 95% CIs For Mean Based on Pooled StDev Level -+ -+ -+ -+ ( -* ) ( -* ) -+ -+ -+ -+ 0.0110 0.0120 0.0130 0.0140 Pooled StDev = 0.01366 Grouping Information Using Tukey Method loai ho N Mean 1362 0.01266 1277 0.01085 Grouping A B Means that not share a letter are significantly different Tukey 95% Simultaneous Confidence Intervals 69 All Pairwise Comparisons among Levels of loai ho Individual confidence level = 95.00% loai ho = subtracted from: loai ho Lower Center Upper -0.00285 -0.00181 -0.00077 -+ -+ -+ -+ ( * -) -+ -+ -+ -+ -0.0020 70 -0.0010 0.0000 0.0010