BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LÊ THỊ THU LÊ THỊ THU CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LÚA KHANG DÂN CHỊU NGẬP BẰNG PHƯƠNG PHÁP CHỈ THỊ PHÂN TỬ (MARKER ASSISTED BACKCROSSING) LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHOA HỌC 2010B Hà Nội – 2012 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI Lê Thị Thu NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LÚA KHANG DÂN CHỊU NGẬP BẰNG PHƯƠNG PHÁP CHỈ THỊ PHÂN TỬ (MARKER ASSISTED BACKCROSSING) Chuyên ngành : Công nghệ Sinh học LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC : TS LÊ HÙNG LĨNH TS LÊ QUANG HÒA Hà Nội – Năm 2012 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu, kết quả nêu trong luận văn là trung thực và chưa từng được công bố trong bất kì công trình nào khác. Tôi xin cam đoan rằng các thông tin trích dẫn trong luận văn đều đã được chỉ rõ nguồn gốc. Hà Nội, tháng 03 năm 2012 Tác giả luận văn Lê Thị Thu LỜI CẢM ƠN Trong thời gian học tập thực Luận văn tốt nghiệp em nhận nhiều giúp đỡ từ thầy cô, anh chị, bạn bè người thân Trước hết, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Lê Hùng Lĩnh TS Lê Quang Hòa nhiệt tình hướng dẫn tạo điều kiện để em hoàn thành Luận văn Em xin cám ơn cô chú, anh chị em bạn bè đồng nghiệp công tác phòng Sinh học Phân tử - Viện Di truyền quan tâm tận tình giúp đỡ em Trong trình học tập hoàn thành khóa luận em nhận nhiều đóng góp, hướng dẫn, giúp đỡ từ thầy cô Bộ môn Công nghệ Sinh học – Viện Công nghệ Sinh học Thực phẩm – Viện Đào tạo sau đại học; anh chị, bạn bè lớp Cao học Công nghệ Sinh học Khóa 2010B trường Đại học Bách khoa Hà Nội người thân gia đình, em xin chân thành cảm ơn giúp đỡ quý báu Luận văn thực với nguồn kinh phí từ dự án DANIDA Bộ ngoại giao Đan Mạch Em xin chân thành cám ơn! Hà Nội ngày 22 tháng 03 năm 2012 Tác giả luận văn Lê Thị Thu DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Ý nghĩa ABA Abcisis acid ADB The Asian Development Bank – Ngân hang phát triển châu Á AND Acid Deoxyribonucleic AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism –Đa hình chiều dài đoạn nhân chọn lọc BĐKH Biến Đổi Khí Hậu Bộ NN&PTNT Bộ Nông nghiệp phát triển Nông thôn Bộ TN&MT Bộ Tài nguyên Môi trường CAPs Cleaved Amplification Polymorphism – Đa hình độ dài mảnh cắt giới hạn CTAB Cetyltrimethuyl Amonium Bromide Ctv Cộng tác viên CTPT Chỉ thị phân tử dNTPs Deoxynucleotide triphosphate ĐBSCL Đồng Sông Cửu Long ĐBSH Đồng Sông Hồng EDTA Ethylenediaminetetra Acetic Acid FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations – Tổ chức lương thực Nông nghiệp liên hiệp Quốc GS Giáo sư IPCC Intergovernmantal Panel on Climate Change – Tổ chức liên phủ biến đổi khí hậu IRRI International Rice Research Intitute – Viện nghiên cứu lúa Quốc tế Kb Kilo base MABC Marker Assisted BackCrossing – Lai trở lại Mb Megabite NST Nhiễm sắc thể NXB Nhà xuất PCR Polymerase Chain Reaction QTL Quantity trait loci RAPD Ramdom Amplified Polymorphic DNA – AND đa hình nhân bội ngẫu nhiên RGA Resistance Gene Analog – Vùng tương đồng gen kháng RNA Acids Ribonucleoic RFLP Restriction Fragment Length Polymorphilism –Đa hình chiều dài mảnh phân cắt giới hạn SNP Single Nucleotide Polymorphism – Đa hình nucleotide đơn SSR Simple Sequence Repeats – Sự lặp lại trât tự đơn giản STS Sequence Tagged Site – Điểm mục tiêu biết trình tự Sub1 Submergence UNDP United Nations Development Programme - Chương trình Phát triển Liên Hợp Quốc TBE Tris – Boric Acid – EDTA TE Tris – EDTA TGST Thời gian sinh trưởng TP Thành phố TS Tiến sỹ TT Thứ tự UCD University California Davis UCR University California Riverside UV UltraViolet – Tia cực tím Viện KHKTTV&MT Viện khoa học kỹ thuật thủy văn môi trường DANH MỤC CÁC BẢNG TT Bảng Trang Bảng 1.1: Kịch nước biển dâng (Cm) Việt Nam qua so với thời kỳ 1980 – 1999 Bảng 1.2: Tác động biến đổi khí hậu đến tình hình ngập đồng 12 Sông Hồng kỷ 21 Bảng 1.3: Diện tích vùng đồng duyên hải bị ngập 1m cuối kỷ 14 Bảng 2.1 Thành phần phản ứng PCR 43 Bảng 2.2 Chu trình nhiệt phản ứng PCR 43 Bảng 3.1: Các thị SSR cho đa hình giống PSB-Rc68 giống 56 Khang Dân Bảng 3.2: Chỉ tiêu sinh trưởng phát triển số cá thể PSB- 80 Rc68/KD (BC2F2) Bảng 3.3: Một số yếu tố cấu thành suất số cá thể PSB-Rc68/KD (BC2F2) 84 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 15 6- O.ri Hình 3.11: Kết kiểm tra đa hình thị (NST7) 53 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 16 6- O.ri Hình 3.12: Kết kiểm tra đa hình thị RM447 (NST8) 54 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 17 6- O.ri Hình 3.13: Kết kiểm tra đa hình thị NST 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 54 6- O.ri 18 Hình 3.14: Sơ đồ phân bố thị SSR đa hình 12 NST 55 19 Hình 3.15 Vị trí thị phân tử QTL/gen Sub1 62 20 Hình 3.16: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 63 BC2F1 thị phân tử ART5 Thứ tự ADN từ đến 142 21 Hình 3.17: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 64 BC2F1 thị phân tử ART5 Thứ tự ADN từ 143 đến 376 22 Hình 3.18: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 65 BC2F1 thị phân tử ART5 Thứ tự ADN từ 378 đến 612 23 Hình 3.19: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 66 BC2F1 thị phân tử ART5 Thứ tự ADN từ 613 đến 636 24 Hình 3.20: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 67 BC2F1 thị phân tử SC3 Thứ tự ADN từ đến 236 25 Hình 3.21: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 68 BC2F1 thị phân tử SC3 Thứ tự ADN từ 137 đến 518 26 Hình 3.22: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 69 BC2F1 thị phân tử SC3 Thứ tự ADN từ 519 đến 636 27 Hình 3.23: Kết chạy điện di với RM210 Chr8 71 28 Hình 3.24: Kết chạy điện di với RM7250 Chr1 71 29 Hình 3.25: Kết chạy điện di với S08055 Chr8 71 30 Hình 3.26: Kết chạy điện di với RM5964 Chr1 72 31 Hình 3.27: Kết chạy điện di với RM3864 Chr3 72 32 Hình 3.28: Kết chạy điện di với R4M30 Chr4 72 33 Hình 3.29: Kết chạy điện di với R9M30 Chr9 73 34 Hình 3.30: Kết chạy điện di với RM17 Chr12 73 35 Hình 3.31: Kết chạy điện di với RM18 Chr7 74 36 Hình 3.32: Kết chạy điện di với RM206 Chr11 74 37 Hình 3.33: Kết chạy điện di với RM10825 Chr1 75 38 Hình 3.34: Kết chạy điện di với S07053 Chr7 75 39 Hình 3.35: Kết chạy điện di với RM547 Chr8 76 40 Hình 3.36: Kết chạy điện di với RM300 Chr2 76 41 Hình 3.37: Tỷ lệ các thể mang di truyền giống Khang Dân 77 (BC2F1) 42 Hình 3.38: Bản đồ nhiễm sắc thể cá thể 579 hệ BC2F1 78 43 Hình 3.39: Bản đồ nhiễm sắc thể cá thể số 615 hệ BC2F1 78 DANH MỤC CÁC HÌNH TT Hình Trang Hình1.1: Dự báo khí hậu toàn cầu mực nước biển dâng kỷ 21 Hình 1.2: Kịch nước biển dâng 1m đồng sông Cửu Long 11 Hình 1.3: Kịch nước biển dâng cuối kỷ 21 cho vùng đồng 13 sông Hồng 31 Hình 1.4 Sơ đồ phương pháp lai trở lại MABC- Marker Assisted Backcrossing Hình 3.1: Kết kiểm tra đa hình AND 47 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân Hình 3.2: Kết kiểm tra đa hình AND 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- Khang Dân 6- O.ri 48 5- PSB-Rc68 Hình 3.3: Kết kiểm tra đa hình thị RM7250 RM7278 49 (NST1) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân Hình 3.4: Kết kiểm tra đa hình thị (NST2) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 6- O.ri 50 6- O.ri 50 Hình 3.5: Kết kiểm tra đa hình thị RM6611 NST2 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 6- O.ri 10 Hình 3.6: Kết kiểm tra đa hình thị RM5404 RM300 50 NST2 1- Khang dân 11 2- PSB-Rc68 Hình 3.7: Kết kiểm tra đa hình thị (NST3) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 12 51 6- O.ri Hình 3.9: Kết kiểm tra đa hình thị (NST5) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 14 6- O.ri Hình 3.8: Kết kiểm tra đa hình thị (NST4) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 13 51 Hình 3.10: Kết kiểm tra đa hình thị (NST6) 52 6- O.ri 53 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Danh mục thị dùng nghiên cứu Tt Tên mồi NST Mồi xuôi Mồi ngược Kích thước 1 RM10916 catctcaaagtctcaaaccctagcc ctcgtgctccctgtacctactcc 296 2 RM10713 atgaacccggcgaactgaaagg Ctggctccctcaaggtgattgc 144 3 RM24 ctaaatttctggccgtaggatcttgg Gggtagtggacggcgaatgc 154 4 RM259 Tggagtttgagaggaggg Cttgttgcatggtgccatgt 162 5 RM495 Aatccaaggtgcagagatgg Caacgatgacgaacacaacc 159 6 RM283 Gtctacatgtacccttgttggg Cggcatgagagtctgtgatg 151 7 RM312 Gtatgcatatttgataagag Aagtcaccgagtttaccttc 97 8 RM237 Caaatcccgactgctgtcc Tgggaagagagcactacagc 130 9 RM5964 Tcttccaggatccgccttctcc Gaaagactccttccaatgttaggg 118 96 10 RM5 Tgcaacttctagctgctcga Gcatccgatcttgatggg 113 11 RM212 cagattggagatgaagtcctcc Ccagcaagcatgtcaatgta 189 12 RM10115 acaagacgaggtaacacgcaagc Gcgaaggatcaacgatgatatgg 245 13 RM490 Atctgcacactgcaaacacc Agcaagcagtgctttcagag 101 14 G11 agctggtaggaaggctgaaag Tgccagcagctcagtagaag 229 15 RM10655 Agtaccgttgaatccgatatgc Tggttgaggtgctgaattgg 281 16 RM1151 Gtaacagcgaccgttggttgg Cccatcatctgatgtcacactcc 183 17 AP3206e Ggcgaactgaaaggatcaaa Atgctctggctccctcaag 142 18 RM11874 ccactagcagatgatcacagacg Gagcacctcataagggtttcagc 193 19 RM10287 Gtattccttgctgctgctgatgg Gactggagatgtgatcggaaacc 184 20 RM10710 gcttcgatcgatgagaaagtagagg Gaatctcccatccttcccttcc 173 21 SKC1 Gtggtagggattaggagtttgg Gatcctgaggacctgacacg 330 22 SKC1b agtggtagggattaggagtttgg Aagattttaatgtgccgttgg 263 23 SKC2 Agcggccgacagtacattag Acgaatccaccactctagcc 162 24 SKC2a Ctggagggagccgacactt Gtggcagatacacccatcg 118 25 RM3412b Tcatgatggatctctgaggtg Gggaggatgcactaatctttc 110 26 RM10827 ccaccaagaaccaatcaatctacacg Ctagccattcccatgaccaacg 184 27 RM10007 agggatccgcgtaactactctcc Agtgaagttcccttgcaacaacg 89 28 RM10852 Gaatttctaggccatgagagc Aacggagggagtatatgttagcc 171 29 RM10864 Gaatttctaggccatgagagc Aacggagggagtatatgttagcc 171 30 RM10890 Gcttcggctcttcattcactgg Gcgattataggagcgctatgtgg 240 31 RM7075 Tatggactggagcaaacctc Ggcacagcaccaatgtctc 155 32 RM10927 Tggatcccactaatccaaatgc Gaaagactccttccaatgttaggc 152 33 SO1132a Caatgacgacgcatgtatgt Tgcttgaatgtttttcgagga 196 34 S01160 Ttgcgatttatttgccagtg Ccaggcatccaatgcttatt 182 35 R1M7 Attcctggttctacattactta Cgcctcactagaatatcgga 191 97 36 R1M20 Ttggaacagggaagaagc Aggacatagttgtaatgggtag 263 37 R1M30 Aaggggccctaatttatctag Tgtttactttgttcttggactg 246 38 R1M37 Atagttcgccatcgtcat Acacgccatagcaaggaa 159 39 R1M47 aatagaattactgatgaaacctta Gcccgttaccgcttatgt 159 40 RM8094 Aagtttgtacacatcgtataca Cgcgaccagtactactacta 29 41 RM1287 Gtgaagaaagcatggtaaatg Ctcagcttgcttgtggttag 162 42 RM10825 ggacacaagtccatgatcctatcc Gtttcctttccatccttgttgc 97 43 RM11125 ccaagaaccctagctccctctcc Tcgacgagatcctcctcgtaaacc 211 44 RM3475 Gtcggtttgcctagttgagc Ttcctcggtgtatgggtctc 150 45 RM11438 gcacggttctctttctgtgatagc Tttcgaagaccgtagtagcagtgg 175 46 RM10694 Tttccctggtttcaagcttacg agtacggtaccttgatggtagaaagg 194 47 RM10711 gcttcgatcgatgagaaagtagagg Gaatctcccatccttcccttcc 172 48 RM10973 gaccaatatggagtggtctcttgg Tcgtcgagtagcttccctctctacc 176 49 RM1349 ctcaacccggctttccatctcg gctgcagagtctcgcacgttcc 160 50 RM11300 ggtgagggaggtaccgaactagg Aactagggcgctgggagagg 492 51 RM11008 tttggatggtcattagcctctgg Atcaaccttgcatgctgtcttcc 262 52 RM7250 tttgtaaaggcgaatccgccgaacacc tggtggcttgagaacgtctgtagg 186 53 RM472 ccatggcctgagagagagag Agctaaatggccatacggtg 296 54 RM3482 Ttgttgtcaagctacggtgg Ctgcttcgtgatgttgttgg 101 55 RM3475 Gtcggtttgcctagttgagc Ttcctcggtgtatgggtctc 150 56 RM575 gtagccaatagcctttcccaaagc Tctcctgcagctgatttcttgg 201 57 RM13332 gctttgtttcttgtgggatacagg Ctttccggtgtcaatccaagc 354 58 RM485 Cacactttccagtcctctcc Catcttcctctcttcggcac 291 59 RM154 accctctccgcctcgcctcctc Ctcctcctcctgcgaccgctcc 183 60 RM110 tcgaagccatccaccaacgaag Tccgtacgccgacgaggtcgag 156 61 RM174 agcgacgccaagacaagtcggg Tccacgtcgatcgacacgacgg 208 98 62 RM452 ctgatcgagagcgttaaggg Gggatcaaaccacgtttctg 209 63 RM300 gcttaaggacttctgcgaacc Caacagcgatccacatcatc 121 64 RM262 Cattccgtctcggctcaact Cagagcaaggtggcttgc 65 RM341 caagaaacctcaatccgagc Ctcctcccgatcccaatc 172 66 RM263 cccaggctagctcatgaacc Gctacgtttgagctaccacg 199 67 RM6 Gtcccctccacccaattc Tcgtctactgttggctgcac 68 RM250 Ggttcaaaccaagctgatca Gatgaaggccttccacgcag 153 69 RM266 Tagtttaaccaagactctc Ggttgaacccaaatctgca 127 70 RM109 gccgccggagagggagagagag ccccgacgggatctccatcgtc 97 71 SO2054 Tttgaagcacgagggatctt ataaaggaccgatgcaaacg 171 72 SO2057B Agcctcttctccctcctcac tgcaaacaccataacaaccaa 229 73 SO2081B Agcggcatattttgcatagc Tgttttgcaggacgcagtag 224 74 R2M10 Cccagtctgctgccatct gaatgtatttcagttccagtaag 134 75 R2M24 Gggcaacaacggctctg Agggaataaggcgatacgg 162 76 R2M26 Gcagcaaagtgcggagta Caggtgaattgccaattt 143 77 R2M37 Actgttacccaaacgcta acgtgcacctactacagaaa 212 78 R2M50 cctgaaggaaatgatagcaatag Gttttgtatgctcttcacttgtc 212 79 RM5356 ctgttgggatttgggtatgatgc cgagatgtgatgagagcacttgg 134 80 RM3316 cgcatttgaaactggaaactcg ggacgaatactgatatggatgactcc 298 81 RM5404 agctgttgcgagtgtgagtgagtgc ttgatcaaaccgaggcgaaacg 125 82 RM208 Tctgcaagccttgtctgatg taagtcgatcattgtgtggacc 173 83 RM6318 Tgctgcttctgtccagtgag Ggatcataacaagtgcctcg 199 84 RM13628 tatgccacgaatgaccctaacc ctccatatgcagcgacaatcg 282 85 RM13197 aaaccctccggctcattcttgc actcgaatcgtatcggcttgagg 182 86 RM423 Agcacccatgccttatgttg Cctttttcagtagccctccc 273 87 RM3857 agagcctctccctctcctctcc cagcaaagaacgagctctcacg 399 99 88 RsM12643 attactagcatgcatgggccaacc tacactgaaacggccatgttatcg 253 89 RM3134 aaggcatcatggcatcctacagc ttagcctgaagatgtcctcccattcc 88 90 RM3545 agggttcttcagtattgccaagc gcagtaactaatagccgtcttcacc 172 91 RM7076 atcaactccggcgtcagagacc gagcagggtccatgaaattctcc 172 92 RM60 Agtcccatgttccacttccg Atggctactgcctgtactac 165 93 RM22 Ggtttgggagcccataatct Ctgggcttctttcactcgtc 194 94 OSR13 cgtcgtagtacttgtcgcacagc cgtcacaccgacttaacacttgg 221 95 RM186 tcctccatctcctccgctcccg gggcgtggtggccttcttcgtc 124 96 RM514 agattgatctcccattcccc Cacgagcatattactagtgg 259 97 RM6417 atctggtcatacgacgacatgg gctgacaggacaagaatcagagg 87 98 RM5639 aggaggaaggaagaacagagttgc ctgagtgcgtgccatttatttcc 139 99 RM3202 Ttcacttcctattggcggc Tcatcatcagtccagcatcg 189 100 RM3461 ccaccctttgttctgagtctattgc gtcgaatggcatgaacgtaaagc 231 101 RM3864 agtcaaccttgggggtaagg Agatactgcccgtgtcatcc 175 102 RM5639 ggaagaacagagttgctcgg Gtgccatttatttccgtccc 123 103 RM3297 Ctcgtactcctcttccaccg Gtaacctagctgccccttcc 163 104 RM5626 gcagacgagatgagatcg Gtagaggatgggcagcag 188 105 RM6329 ccctggatgaaaagcacaag Gaagttgtagatgccccatc 156 106 RM3867 tttgactggaacatcgagctc Atcccctctacaccgtaccc 120 107 RM227 acctttcgtcataaagacgag gattggagagaaaagaagcc 106 108 RM148 atacaacattagggatgaggctgg tccttaaaggtggtgcaatgcgag 129 109 SO3010b gtgcggatttggttctgttt gagggagaggccagattctt 214 110 SO3020 tttctaggtacattttaagcaagca catgaatttgaagctgcgagta 182 111 SO3048 gggatgggagaagggaataa gccagctaggatgttgaagg 178 112 SO3065 tttcgtgcggggatatagag gcaagataactcaaaatcaaaagc 186 113 RM7097 gggaggaggagaggagattg Ttaggcctgcacttttggag 174 100 114 RM520 aggagcaagaaaagttcccc Gccaatgtgtgacgcaatag 274 115 RM468 cccttccttgttgtggctac Tgatttctgagagccaaccc 265 116 RM231 ccagattatttcctgaggtc Cacttgcatagttctgcattg 182 117 RM5944 aagggccaatccatcctcacc ctgcctcctcgcctttattctgc 100 118 SO3099 ctcccaggatgctcactcag ataatccaagggcacagcac 221 119 SO3115 tggaatgaggaagtagttttcttg tcgtattttgagttgacactgag 185 120 SO3120 tgtgcgctcgtgattatttt aaggggagcagataatgcag 241 121 SO3136 gcattaaggcacacaaagca Tgtttgtaatccgcatggaa 199 122 SO3145 tcacctacaggaagcagcag gccgtcgttgaagaagtagc 238 123 R3M10 ccgagtaccattgctttc ctgccatagttactgctctgtt 190 124 R3M23 tgcttacaagggtccaat Ggaggtgcctaccaagag 149 125 R3M30 aggctaagtgaagaaataataag Ctccgtattcattactggttg 175 126 R3M37 gcattgaattgtactcttattatat acgaatcaaaaggagactaaaat 186 127 R3M53 acactggctacggcaaag Tttgttcgggaataatgatgc 204 128 RM307 gtactaccgacctaccgttcac Ctgctatgcatgaactgctc 174 129 RM551 agcccagactagcatgattg gaaggcgagaaggatcacag 192 130 RM335 gtacacacccacatcgagaag gctctatgcgagtatccatgg 104 131 RM241 gagccaaataagatcgctga Tgcaagcagcagatttagtg 138 132 RM255 tgttgcgtgtggagatgtg Cgaaaccgctcagttcaac 144 133 RM124 atcgtctgcgttgcggctgctg catggatcaccgagctcccccc 271 134 RM567 atcagggaaatcctgaaggg ggaaggagcaatcaccactg 261 135 RM5757 cctgagaccatatgctgctg gagggagcatcattagctgg 170 136 RM5749 gtgaccacatctatatcgctcg Atggcaaggttggatcagtc 162 137 RM7472 gctggttccagttccaaactcc tgagagtggacagtgtcatgtgg 261 138 RM17391 actttgctctgaacttgcagtgg gctagctgctatcaggattcacg 175 139 SO4058 Gatccatgcagttgattgtga tcgtcttatctaaaaagaaaatttga 244 101 140 SO4060 Tatggttttatccgccaacc gctacaactaaaacaagaaacgtga 220 141 SO4065 tggggtgattgaaatttggt gagcgcacgaactgaatctt 231 142 SO4077B tcccaggtgaactacggact Cagcattttcagtggaagca 173 143 SO4097B tccacagtctgtccgtgaaa Ctccttgtgctgcagaattg 178 144 SO4128 tcacgggaaagctttggtat Aacttatgcagccaccatcc 162 145 SO4129B aatcgattcattcgcacaaa Ctttcatgctctgccattga 181 146 R4M13 tacacggtagacatccaaca Atgatttaaccgtagattgg 169 147 R4M17 agtgctcggttttgttttc gtcagatataattgatggatgta 169 148 R4M30 gcttctcctggttgtatgc aaaatagggaggcagatagac 173 149 R4M43 cttgaacctgagtgagtgg Cgatgaaaatgatgtcta 160 150 R4M50 ttttgtgaaacttgaccctc Gcgtccatgtctttattgtg 132 151 RM518 ctcttcactcactcaccatgg atccatctggagcaagcaac 171 152 RM3843 accctactcccaacagtccc Ggggtcgtacgctcatgtc 172 153 RM127 gtgggatagctgcgtcgcgtcg aggccagggtgttggcatgctg 223 154 RM159 ggggcactggcaagggtgaagg gcttgtgcttctctctctctctctctctc 248 155 RM122 gagtcgatgtaatgtcatcagtgc gaaggaggtatcgctttgttggac 227 156 RM507 cttaagctccagccgaaatg Ctcaccctcatcatcgcc 258 157 RM413 ggcgattcttggatgaagag Tccccaccaatcttgtcttc 79 158 RM3193 cttccgtgaactcttgcgatgtcc acctatgcacgcggtggatgc 299 159 RM169 tggctggctccgtgggtagctg tcccgttgccgttcatccctcc 167 160 RM164 tcttgcccgtcactgcagatatcc gcagccctaatgctacaattcttc 264 161 RM161 tgcagatgagaagcggcgcctc tgtgtcatcagacggcgctccg 187 162 RM178 tcgcgtgaaagataagcggcgc gatcaccgttccctccgcctgc 117 163 RM334 gttcagtgttcagtgccacc Gactttgatctttggtggacg 182 164 RM17954 atttcagtacaaggcacccatgc gtagacgagggagtaccaacttgc 197 165 RM3328 attgtcgaagcagcaagaaagg gacaattggagtgttggacatgg 83 102 166 RM249 ggcgtaaaggttttgcatgt Atgatgccatgaaggtcagc 121 167 RM3838 ttgtagatgttgccagtttg Tgttgacatctgtgagccgg 170 168 RM163 atccatgtgcgcctttatgagga cgctacctccttcacttactagt 124 169 RM18877 accactgctgcaaagaacattgg gcgagaataagatgagacacaagagg 190 170 RM31 gatcacgatccactggagct Aagtccattactctcctccc 140 171 SO5009 ggcgaaatgcgtgtatgagt aagaattccagcacgtcagc 147 172 R5M13 gagaaagagtggaaggag Agtatcgtcaggagggtc 175 173 R5M20 ctcgctgtttactgactgg Tttgatgtactgcctgctct 175 174 R5M30 ctcaatttcacccatccc Cgctccgtctccaacctc 224 175 RM1089 agagagacgagagcttgctgtgc tacttcctccattcctggtctcc 144 176 RM20224 agtatgaaagtcggtgacgatgg gagatgtcacgtcttcacttaggg 195 177 RM133 ttggattgttttgctggctcgc ggaacacggggtcggaagcgac 230 178 RM510 aaccggattagtttctcgcc tgaggacgacgagcagattc 122 179 RM204 gtgactgacttggtcataggg Gctagccatgctctcgtacc 169 180 RM585 cagtcttgctccgtttgttg ctgtgactgacttggtcatagg 233 181 RM276 ctcaacgttgacacctcgtg Tcctccatcgagcagtatca 149 182 RM3 acactgtagcggccactg Cctccactgctccacatctt 145 183 RM454 ctcaagcttagctgctgctg Gtgatcagtgcaccatagcg 268 184 R6M44 ttaggaataaaggctggata Ttaccgttaataggtggaa 156 185 R6M14 aaatgtccatgtgtttgcttc Catgtgtggaatgtggttg 251 186 RM527 ggctcgatctagaaaatccg Ttgcacaggttgcgatagag 233 187 RM19840 ttatacacagatgacgcacacg tgggttaagggacacacttagg 200 188 RM20224 agtatgaaagtcggtgacgatgg gagatgtcacgtcttcacttaggg 194 189 RM3628 aatcatgcctagagcatcgg Gttcaacatgggtgcagatg 126 190 RM528 ggcatccaattttacccctc aaatggagcatggaggtcac 232 191 S06061 gtcagtcgaggagtcggaga ggcgtacagcacaaaacaca 178 103 192 S06065a ccccttcatcattgcaactt Agtctctccatcacccgtct 164 193 RM19545 tagttgggtggaaatggtcatcc taagacgagtggtcacacagtgc 465 194 RM30 ggttaggcatcgtcacgg tcacctcaccacacgacacg 105 195 RM6490 ctcagctccttctcgcagagtcg cggcagcagcagtaaccataagc 165 196 RM7420 cacaaagcaagcacccagaagg tcatggcgtgaaggaaggaagg 97 197 RM5436 caaagggggtgtcctctatg Gttgctcgtcctacatgtgc 161 198 RM2 acgtgtcaccgcttcct Atgtccgggatctcatcg 150 199 RM481 tagctagccgattgaatggc Ctccacctcctatgttgttg 169 200 RM125 atcagcagccatggcagcgacc aggggatcatgtgccgaaggcc 127 201 RM7338 ttccctctcatgagctccat Gagtgcctggcgctgtac 164 202 RM10 ttgtcaagaggaggcatcg Cagaatgggaaatgggtcc 159 203 RM70 gtggacttcatttcaactcg Gatgtataagatagtccc 170 204 RM455 aacaacccaccacctgtctc Agaaggaaaagggctcgatc 131 205 RM118 ccaatcggagccaccggagagc cacatcctccagcgacgccgag 156 206 RM3859 ctcatgctttcagtcattcagtgc Tcctggattcatggtgtctttagc 269 207 RM3753 gaatgagctaagaacacgcc Ctgatggcccaagacttttg 119 208 RM18 ttccctctcatgagctccat Gagtgcctggcgctgtac 157 209 RM248 tccttgtgaaatctggtccc Gtagcctagcatggtgcatg 102 210 SO7011 ctggatccaaggcatcattc Cttcgctctcaccatcaaca 228 211 SO7024 atcgtggcctgaattttgac Catcaccccctgatgacaat 242 212 SO7048 catggcaccttgagagttga Acacatggagctggcttctc 156 213 SO7053 cgaaactttgggacgaaatg Cgtccaccattcactgtcac 223 214 SO7101 tccaagcttgctttctttcc Tcggtacacacctcctgtga 153 215 R7M7 accttccctccccttttgat Aacttggtcttcctgttttattg 200 216 RM20848 aaagtgggcactgagatacaacg Agcgaaggcagtgaagtttcg 610 217 RM3635 cgtgagagcgtgagagacag Actttggtgttccctccctc 109 104 218 RM21539 gcccaactacttcgacagcttcc caatgacctgagtagcatccaagg 394 219 RM284 tccttgtgaaatctggtccc Gtagcctagcatggtgcatg 102 220 RM408 caacgagctaacttccgtcc Actgctacttgggtagctgacc 128 221 RM152 aaggagaagttcttcgcccagtgc gcccattagtgactgctcctagtcg 151 222 RM25 ggaaagaatgatcttttcatgg ctaccatcaaaaccaatgttc 146 223 RM23407 gcagtggcagggttgtaaattgg Cattgggatcctccgacacc 195 224 RM44 acgggcaatccgaacaacc tcgggaaaacctaccctacc 99 225 RM223 gagtgagcttgggctgaaac Gaaggcaagtcttggcactg 165 226 RM433 tgcgctgaactaaacacagc Agacaaacctggccattcac 224 227 RM447 cccttgtgctgtctcctctc Acgggcttcttctccttctc 111 228 RM210 gacaactccatatcaacgcaaagc gaggatggttgttcacttgtttgg 140 229 RM1345 cgcacaaaccaaacacacaacc Ctcgtgtcgtcttcaccaaagc 278 230 RM80 ttgaaggcgctgaaggag Catcaacctcgtcttcaccg 142 231 RM149 ggaagcctttcctcgtaacacg Gaacctaggccgtgttctttgc 253 232 RM5493 gcggtaacaaaccaaccaacc Aaagcaggacacagtcacacagg 195 233 RM547 ggaagcctttcctcgtaacacg gaacctaggccgtgttctttgc 235 234 SO8035 ggacaaacccagaacatgcta Tggctgatgaatttgtttatcc 245 235 SO8049 cagctagtccatggtagcaaa Tggttctcataaaggaaatcatc 264 236 SO8052B tagccgtgacttgtggtctg Ggaaacattcttctcccaagc 154 237 SO8052C tgaagatttgcatgcgttgt Caacaagacgaaggcactcc 162 238 SO8055 gatttcagtggcacctagcc Gcgatacctaccacggctta 233 239 SO8059 tacgtgtgcacattgcaaga Ccacaggaatgatgtggaaa 273 240 SO8090 gcgtgtggaagaggagaaag Cagtgagaatctcgcagtcg 212 241 R8M10 accaaacaagccctagaatt Tgagaaagatggcaggacgc 122 242 R8M23 cctattcactctaccgacat Gtttagttcccattgcttt 121 243 R8M33 cgaaagaggagaggggtagt Cgaaaacgagaaacaaata 205 105 244 R8M46 cagcagagtccagagaagat Gcataagatggcgagtga 113 245 RM23917 cacatgatcctccacccactagc Gcctggcctctcttatctgtctacc 171 246 RM316 ctagttgggcatacgatggc Acgcttatatgttacgtcaac 192 247 RM105 gtcgtcgacccatcggagccac Tggtcgaggtggggatcgggtc 134 248 RM257 cagttccgagcaagagtactc Ggatcggacgtggcatatg 147 249 RM215 caaaatggagcagcaagagc Tgagcacctccttctctgtag 148 250 RM23654 ctccgatgccttcttcctcttgc Aaagggagtagcaagccgagtgg 186 251 RM23759 tcttgggaggaaagcaaatcttgg Ttccctcctccgaccgttcc 101 252 RM23877 tgccacatgttgagagtgatgc Tacgcaagccatgacaattcg 327 253 RM5688 gcagtgtccaaccatctgtg Atctggtcaccctttgcttg 150 254 RM23662 gagaggacgatggcactattgg Cgaggaacttgattcgcatgg 149 255 R9M42 ctataagaccaaaacgaaaact Gaaaaccattgtgtcactgta 164 256 RM7175 acagtaaacgtggtgcctcc Agaagtagcctcgaggaccc 105 257 ART5 cagggaaagagatggtgga Ttggccctaggttgtttcag 159 258 SC3 gctagtgcagggttgacaca Ctctggccgtttcatggtat 165 259 RM219 cgtcggatgatgtaaagcct Catatcggcattcgcctg 202 260 RM23970 gcctgtgggactcgatcacg Ggcccacctggaagactaataaacc 275 261 RM24013 tccatcttcctctcctagagcttcc Ctccctgtcccgagttagtgc 192 262 RM296 cacatggcaccaacctcc Gccaagtcattcactactctgg 123 263 RM3855 aagatcgtagccgaagagtgacc Ggctaaagagtccaagacgagagg 424 264 RM242 ggccaacgtgtgtatgtctc Tatatgccaagacggatggg 225 265 RM24804 gtatccatcatcaccaccacttcg Agggagcggaggaagaagacg 189 266 SO9000A ccaattcacggtttaacaagg Gccatgaagcttcgttagga 207 267 SO9026B gggaggcagagggaactact Ttatcaggccaggtcctttg 213 268 SO9040B taatatcgcatggcaagacg Actttgcagaggcgacaaac 225 269 SO9093A caccgctctcactgtcattc Tccctcagccataaaaccag 257 106 270 R9M10 ctttggattcaggggga Aacttgaaacggaggcag 135 271 R9M20 actgctttgatggcttgtg Ctccccaaactgaatcc 142 272 R9M30 ctcacctacctaaaacccaac Ccacccaaatctgatactg 153 273 RM333 10 gtacgactacgagtgtcaccaa Gtcttcgcgatcactcgc 191 274 RM474 10 aagatgtacgggtggcattc Tatgagctggtgagcaatgg 252 275 RM222 10 cttaaatgggccacatgcg Caaagcttccggccaaaag 213 276 RM271 10 tcagatctacaattccatcc Tcggtgagacctagagagcc 101 277 RM171 10 aacgcgaggacacgtacttac Acgagatacgtacgcctttg 328 278 RM484 10 tctccctcctcaccattgtc Tgctgccctctctctctctc 299 279 RM25022 10 acattccgcgtttgtgtgtagc Gcttggtagttgggctgatgg 225 280 RM6142 10 tcttcctcacctgcttctcc Tacagaggctactaccacgacg 100 281 RM5806 10 ctaattgcggttgaagcctc Cctcccaatctttgcacatc 163 282 RM228 10 ctggccattagtccttgg Gcttgcggctctgcttac 154 283 S10001 10 atcgtggtcgggattatgag Gcatcatggcttttgtgttg 207 284 S10013A 10 agtcgggtcatttcttagc Ctacgtcctccgtttcacaa 182 285 S10026C 10 tacgtgtccttgtgcctgaa Tttcacccccactgtaaagg 246 286 S10053 10 ctcgtgggcttccaaatg Gccctagcacgtctcttttc 206 287 S10072 10 tgagtgttgcgttgtcttcc Tggtaaggccttgaagatgg 178 288 R10M10 10 gaatacaaccccctaaaaac Atggaccgttgaggagac 170 289 R10M17 10 tgaacaataaaccacagaagca Ccctttattccctcctttg 152 290 R10M30 10 ccctaaaaatagagcaacct Acccataatactaccaatcaac 152 291 R10M40 10 gtccctaggccatctcttg Gcgaataggggtggacag 166 292 RM311 10 tggtagtataggtactaaacat Tcctatacacatacaaacatac 179 293 RM3123 10 acgctcttaattgatccgttcg Caaagtccagttccgttgatcc 197 294 RM26063 11 gatccatatgcctcttcgattgg Aactccagcagtgagagcgtagc 122 295 S11117C 11 caaccatgtctatgatcgatgt Ggctgtctccatgttgaggt 205 107 296 RM224 11 atcgatcgatcttcacgagg Tgctataaaaggcattcggg 157 297 RM26699 11 accagaaagccgatgataggg Atcagcaactgcagcaacagc 94 298 RM552 11 cgcagttgtggatttcagtg Tgctcaacgtttgactgtcc 195 299 RM536 11 tctctcctcttgtttggctc Acacaccaacacgaccacac 243 300 RM26701 11 acctcccggatgagttgaagc Gccgtcaccaagggtagatcc 358 301 RM144 11 tgccctggcgcaaatttgatcc Gctagaggagatcagatggtagtgcatg 245 302 RM3137 11 ctttggctgatctctctagagttgg Ttatatcagcgtgctcctgttcg 235 303 RM21 11 acagtattccgtaggcacgg Gctccatgagggtggtagag 157 304 RM26652 11 caatccattgctggttgatgc Caagatctccaaggtgctgagg 169 305 RM7303 11 gcgttcgtccagatgaagttcg Gcttgtgcagcagggaagatacc 443 306 RM224 11 atcgatcgatcttcacgagg Tgctataaaaggcattcggg 318 307 S11004A 11 tctctggccttctactcatgg Ttgtgtttctacttggactcttttt 172 308 S11033 11 tgccctagtcagtccctctg Ttttcgcgtacggataggat 168 309 S11045A 11 agtggtaggggtagcgacaa Tacgttccatgcccctattc 205 310 SO11049 11 gagctgcggttaccaatgtt Ggcccataagcccactaaat 198 311 RM206 11 atcgatccgtatgggttctagc gtccatgtagccaatcttatgtgg 147 312 RM287 11 ttccctgttaagagagaaatc Gtgtatttggtgaaagcaac 118 313 RM209 11 atatgagttgctgtcgtgcg Caacttgcatcctcccctcc 134 314 RM3137 11 gttaggaattccatgctgcg Tgcccgtgctcgataagg 197 315 R11M23 11 aaggttgacaaggacagaag Tcgcaggaatggataaaa 212 316 R11M40 11 aagaaaaatatctattgaggagtg Ggaggaccataaatgacgg 178 317 RM27593 12 cgtgctgtctcggtctctctcc cagttacaggagggaatggatgc 113 318 RM19 12 caaaaacagagcagatgac Ctcaagatggacgccaaga 226 319 RM247 12 tagtgccgatcgatgtaacg Catatggttttgacaaagcg 131 320 RM27659 12 cggccaatatttgcgagtaaacg Atccacacttccacagcaacacg 285 321 RM27877 12 ggaagccatgaaagatgtgttgc Aatttctccgagcacctgaaacg 185 108 322 RM28502 12 cgagcagatctgatgtcgtcttcc Ctttgctttgcatgcctcacg 155 323 RM28746 12 gaagaaagaagacgccaagaaacg Cattccattcccttcctcttcg 157 324 RM17 12 tgccctgttattttcttctctc Ggtgatcctttcccatttca 184 325 S12011B 12 tgggggagttctgaaatctg Ttaagttcggtgccccataa 155 326 S12029 12 gggtggtcaccctaaagaaa Aatcatccagctgtggaggt 234 327 S12030 12 tccacatgtaaaccgctgaa Tgagtgatataacaacacacaacca 216 328 S12055 12 aaacggattagaggggatcg Aagaaagttccttcatgaggctat 165 329 S12109B 12 ggactcggataaccgcatta Ggaacgcagcgaaagaat 163 330 R12M10 12 atcatttcagcctgtgcc Agcttaataggggggacg 214 331 R12M27 12 atttcattgccatcagtt Gtaatcttctatccgttca 155 332 RM27933 12 tcctctgtcatatggctgtaaacg Ggacaaggaggaactattgattgg 434 333 RM7102 12 ttgagagcgtttttaggatg Tcggtttacttggttactcg 169 334 RM309 12 gtagatcacgcacctttctgg Agaaggcctccggtgaag 169 335 RM28748 12 tgagaacacgctcttgagtattgc Tgttgtgtgccttacagcagagg 439 336 RM7558 12 cagtagcaggctcccttttg Atcaggaacaccagagacgg 149 337 RM28102 12 cactaattcttcggctccactttagg Gtggaagctccgagaaagtgc 186 Phụ lục 2: Danh mục hóa chất dùng nghiên cứu + Acrylamide + Ammonium persulfate (APS) + Agarose + Bind Silane + Bis – acylamide + Boric acid + Bromphenol Blue + Cetyltrimethyl Ammonium Bromide (CTAB) 109 + Chloroform + Ethylenediaminetetra Acetic Acid (EDTA) 0,5M; pH = 8.0 + Ethanol + Ethydium bromide + Formaldehyde + Glacial acetic acid + Isoamyl alcohol + Isopropanol alcohol + NaCl 5M + NaOH + N,N,N’,N’-Tetraethyl - ethylendiamine (TEMED) + RNase (10mg/ml) + Silver Nitrate + Sodium carbonate + Sodium dedoxyl sulfat (SDS) + Sodium thiosulfates + Tris base 1M; pH = 8.0 + Tris HCl 1M; pH = 8.0 + Urea + Xylene cyanol + β - Mercaptol ethanol 110 ... GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI Lê Thị Thu NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LÚA KHANG DÂN CHỊU NGẬP BẰNG PHƯƠNG PHÁP CHỈ THỊ PHÂN TỬ (MARKER ASSISTED BACKCROSSING). .. chọn lọc cải tiến giống lúa suất, chất lượng mang gen chịu ngập vấn đề cấp thiết Vì thực đề tài: Nghiên cứu chọn tạo giống lúa Khang Dân chịu ngập phương pháp thị phân tử ( Marker Assisted BackCrossing) ... Lúa chịu ngập chìm 34 1.6.1 Chọn tạo giống Lúa chịu ngập giới……………………………… 34 1.6.2 Chọn tạo giống Lúa chịu ngập Việt Nam……………………………… 38 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU…………