NGHIÊN cứu CHỌN tạo GIỐNG lúa KHANG dân CHỊU NGẬP BẰNG PHƯƠNG PHÁP CHỈ THỊ PHÂN tử (MARKER ASSISTED BACKCROSSING)

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI LÊ THỊ THU LÊ THỊ THU CÔNG NGHỆ SINH HỌC NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LÚA KHANG DÂN CHỊU NGẬP BẰNG PHƯƠNG PHÁP CHỈ THỊ PHÂN TỬ (MARKER ASSISTED BACKCROSSING) LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHOA HỌC 2010B Hà Nội – 2012 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI Lê Thị Thu NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LÚA KHANG DÂN CHỊU NGẬP BẰNG PHƯƠNG PHÁP CHỈ THỊ PHÂN TỬ (MARKER ASSISTED BACKCROSSING) Chuyên ngành : Công nghệ Sinh học LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC KHOA HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC : TS LÊ HÙNG LĨNH TS LÊ QUANG HÒA Hà Nội – Năm 2012 LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của riêng tôi. Các số liệu,  kết quả nêu trong luận văn là trung thực và chưa từng được công bố trong bất kì  công trình nào khác.  Tôi xin cam đoan rằng các thông tin trích dẫn trong luận văn đều đã được  chỉ rõ nguồn gốc.    Hà Nội, tháng  03   năm 2012          Tác giả luận văn                              Lê Thị Thu                          LỜI CẢM ƠN Trong thời gian học tập thực Luận văn tốt nghiệp em nhận nhiều giúp đỡ từ thầy cô, anh chị, bạn bè người thân Trước hết, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS Lê Hùng Lĩnh TS Lê Quang Hòa nhiệt tình hướng dẫn tạo điều kiện để em hoàn thành Luận văn Em xin cám ơn cô chú, anh chị em bạn bè đồng nghiệp công tác phòng Sinh học Phân tử - Viện Di truyền quan tâm tận tình giúp đỡ em Trong trình học tập hoàn thành khóa luận em nhận nhiều đóng góp, hướng dẫn, giúp đỡ từ thầy cô Bộ môn Công nghệ Sinh học – Viện Công nghệ Sinh học Thực phẩm – Viện Đào tạo sau đại học; anh chị, bạn bè lớp Cao học Công nghệ Sinh học Khóa 2010B trường Đại học Bách khoa Hà Nội người thân gia đình, em xin chân thành cảm ơn giúp đỡ quý báu Luận văn thực với nguồn kinh phí từ dự án DANIDA Bộ ngoại giao Đan Mạch Em xin chân thành cám ơn! Hà Nội ngày 22 tháng 03 năm 2012 Tác giả luận văn Lê Thị Thu DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Ý nghĩa ABA Abcisis acid ADB The Asian Development Bank – Ngân hang phát triển châu Á AND Acid Deoxyribonucleic AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism –Đa hình chiều dài đoạn nhân chọn lọc BĐKH Biến Đổi Khí Hậu Bộ NN&PTNT Bộ Nông nghiệp phát triển Nông thôn Bộ TN&MT Bộ Tài nguyên Môi trường CAPs Cleaved Amplification Polymorphism – Đa hình độ dài mảnh cắt giới hạn CTAB Cetyltrimethuyl Amonium Bromide Ctv Cộng tác viên CTPT Chỉ thị phân tử dNTPs Deoxynucleotide triphosphate ĐBSCL Đồng Sông Cửu Long ĐBSH Đồng Sông Hồng EDTA Ethylenediaminetetra Acetic Acid FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations – Tổ chức lương thực Nông nghiệp liên hiệp Quốc GS Giáo sư IPCC Intergovernmantal Panel on Climate Change – Tổ chức liên phủ biến đổi khí hậu IRRI International Rice Research Intitute – Viện nghiên cứu lúa Quốc tế Kb Kilo base MABC Marker Assisted BackCrossing – Lai trở lại Mb Megabite NST Nhiễm sắc thể NXB Nhà xuất PCR Polymerase Chain Reaction QTL Quantity trait loci RAPD Ramdom Amplified Polymorphic DNA – AND đa hình nhân bội ngẫu nhiên RGA Resistance Gene Analog – Vùng tương đồng gen kháng RNA Acids Ribonucleoic RFLP Restriction Fragment Length Polymorphilism –Đa hình chiều dài mảnh phân cắt giới hạn SNP Single Nucleotide Polymorphism – Đa hình nucleotide đơn SSR Simple Sequence Repeats – Sự lặp lại trât tự đơn giản STS Sequence Tagged Site – Điểm mục tiêu biết trình tự Sub1 Submergence UNDP United Nations Development Programme - Chương trình Phát triển Liên Hợp Quốc TBE Tris – Boric Acid – EDTA TE Tris – EDTA TGST Thời gian sinh trưởng TP Thành phố TS Tiến sỹ TT Thứ tự UCD University California Davis UCR University California Riverside UV UltraViolet – Tia cực tím Viện KHKTTV&MT Viện khoa học kỹ thuật thủy văn môi trường DANH MỤC CÁC BẢNG TT Bảng Trang Bảng 1.1: Kịch nước biển dâng (Cm) Việt Nam qua so với thời kỳ 1980 – 1999 Bảng 1.2: Tác động biến đổi khí hậu đến tình hình ngập đồng 12 Sông Hồng kỷ 21 Bảng 1.3: Diện tích vùng đồng duyên hải bị ngập 1m cuối kỷ 14 Bảng 2.1 Thành phần phản ứng PCR 43 Bảng 2.2 Chu trình nhiệt phản ứng PCR 43 Bảng 3.1: Các thị SSR cho đa hình giống PSB-Rc68 giống 56 Khang Dân Bảng 3.2: Chỉ tiêu sinh trưởng phát triển số cá thể PSB- 80 Rc68/KD (BC2F2) Bảng 3.3: Một số yếu tố cấu thành suất số cá thể PSB-Rc68/KD (BC2F2) 84 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 15 6- O.ri Hình 3.11: Kết kiểm tra đa hình thị (NST7) 53 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 16 6- O.ri Hình 3.12: Kết kiểm tra đa hình thị RM447 (NST8) 54 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 17 6- O.ri Hình 3.13: Kết kiểm tra đa hình thị NST 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 54 6- O.ri 18 Hình 3.14: Sơ đồ phân bố thị SSR đa hình 12 NST 55 19 Hình 3.15 Vị trí thị phân tử QTL/gen Sub1 62 20 Hình 3.16: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 63 BC2F1 thị phân tử ART5 Thứ tự ADN từ đến 142 21 Hình 3.17: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 64 BC2F1 thị phân tử ART5 Thứ tự ADN từ 143 đến 376 22 Hình 3.18: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 65 BC2F1 thị phân tử ART5 Thứ tự ADN từ 378 đến 612 23 Hình 3.19: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 66 BC2F1 thị phân tử ART5 Thứ tự ADN từ 613 đến 636 24 Hình 3.20: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 67 BC2F1 thị phân tử SC3 Thứ tự ADN từ đến 236 25 Hình 3.21: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 68 BC2F1 thị phân tử SC3 Thứ tự ADN từ 137 đến 518 26 Hình 3.22: Xác định cá thể mang QTL/gen Sub1 quần thể lai 69 BC2F1 thị phân tử SC3 Thứ tự ADN từ 519 đến 636 27 Hình 3.23: Kết chạy điện di với RM210 Chr8 71 28 Hình 3.24: Kết chạy điện di với RM7250 Chr1 71 29 Hình 3.25: Kết chạy điện di với S08055 Chr8 71 30 Hình 3.26: Kết chạy điện di với RM5964 Chr1 72 31 Hình 3.27: Kết chạy điện di với RM3864 Chr3 72 32 Hình 3.28: Kết chạy điện di với R4M30 Chr4 72 33 Hình 3.29: Kết chạy điện di với R9M30 Chr9 73 34 Hình 3.30: Kết chạy điện di với RM17 Chr12 73 35 Hình 3.31: Kết chạy điện di với RM18 Chr7 74 36 Hình 3.32: Kết chạy điện di với RM206 Chr11 74 37 Hình 3.33: Kết chạy điện di với RM10825 Chr1 75 38 Hình 3.34: Kết chạy điện di với S07053 Chr7 75 39 Hình 3.35: Kết chạy điện di với RM547 Chr8 76 40 Hình 3.36: Kết chạy điện di với RM300 Chr2 76 41 Hình 3.37: Tỷ lệ các thể mang di truyền giống Khang Dân 77 (BC2F1) 42 Hình 3.38: Bản đồ nhiễm sắc thể cá thể 579 hệ BC2F1 78 43 Hình 3.39: Bản đồ nhiễm sắc thể cá thể số 615 hệ BC2F1 78 DANH MỤC CÁC HÌNH TT Hình Trang Hình1.1: Dự báo khí hậu toàn cầu mực nước biển dâng kỷ 21 Hình 1.2: Kịch nước biển dâng 1m đồng sông Cửu Long 11 Hình 1.3: Kịch nước biển dâng cuối kỷ 21 cho vùng đồng 13 sông Hồng 31 Hình 1.4 Sơ đồ phương pháp lai trở lại MABC- Marker Assisted Backcrossing Hình 3.1: Kết kiểm tra đa hình AND 47 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân Hình 3.2: Kết kiểm tra đa hình AND 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- Khang Dân 6- O.ri 48 5- PSB-Rc68 Hình 3.3: Kết kiểm tra đa hình thị RM7250 RM7278 49 (NST1) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân Hình 3.4: Kết kiểm tra đa hình thị (NST2) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 6- O.ri 50 6- O.ri 50 Hình 3.5: Kết kiểm tra đa hình thị RM6611 NST2 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 6- O.ri 10 Hình 3.6: Kết kiểm tra đa hình thị RM5404 RM300 50 NST2 1- Khang dân 11 2- PSB-Rc68 Hình 3.7: Kết kiểm tra đa hình thị (NST3) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 12 51 6- O.ri Hình 3.9: Kết kiểm tra đa hình thị (NST5) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 14 6- O.ri Hình 3.8: Kết kiểm tra đa hình thị (NST4) 1- FL478 2-BT7 3- IR64-Sub1 4- PSB-Rc68 5- Khang Dân 13 51 Hình 3.10: Kết kiểm tra đa hình thị (NST6) 52 6- O.ri 53 PHỤ LỤC Phụ lục 1: Danh mục thị dùng nghiên cứu Tt Tên mồi NST Mồi xuôi Mồi ngược Kích thước 1  RM10916 catctcaaagtctcaaaccctagcc ctcgtgctccctgtacctactcc 296 2  RM10713 atgaacccggcgaactgaaagg Ctggctccctcaaggtgattgc 144 3  RM24 ctaaatttctggccgtaggatcttgg Gggtagtggacggcgaatgc 154 4  RM259 Tggagtttgagaggaggg Cttgttgcatggtgccatgt 162 5  RM495 Aatccaaggtgcagagatgg Caacgatgacgaacacaacc 159 6  RM283 Gtctacatgtacccttgttggg Cggcatgagagtctgtgatg 151 7  RM312 Gtatgcatatttgataagag Aagtcaccgagtttaccttc 97 8  RM237 Caaatcccgactgctgtcc Tgggaagagagcactacagc 130 9  RM5964 Tcttccaggatccgccttctcc Gaaagactccttccaatgttaggg 118 96 10  RM5 Tgcaacttctagctgctcga Gcatccgatcttgatggg 113 11  RM212 cagattggagatgaagtcctcc Ccagcaagcatgtcaatgta 189 12  RM10115 acaagacgaggtaacacgcaagc Gcgaaggatcaacgatgatatgg 245 13  RM490 Atctgcacactgcaaacacc Agcaagcagtgctttcagag 101 14  G11 agctggtaggaaggctgaaag Tgccagcagctcagtagaag 229 15  RM10655 Agtaccgttgaatccgatatgc Tggttgaggtgctgaattgg 281 16  RM1151 Gtaacagcgaccgttggttgg Cccatcatctgatgtcacactcc 183 17  AP3206e Ggcgaactgaaaggatcaaa Atgctctggctccctcaag 142 18  RM11874 ccactagcagatgatcacagacg Gagcacctcataagggtttcagc 193 19  RM10287 Gtattccttgctgctgctgatgg Gactggagatgtgatcggaaacc 184 20  RM10710 gcttcgatcgatgagaaagtagagg Gaatctcccatccttcccttcc 173 21  SKC1 Gtggtagggattaggagtttgg Gatcctgaggacctgacacg 330 22  SKC1b agtggtagggattaggagtttgg Aagattttaatgtgccgttgg 263 23  SKC2 Agcggccgacagtacattag Acgaatccaccactctagcc 162 24  SKC2a Ctggagggagccgacactt Gtggcagatacacccatcg 118 25  RM3412b Tcatgatggatctctgaggtg Gggaggatgcactaatctttc 110 26  RM10827 ccaccaagaaccaatcaatctacacg Ctagccattcccatgaccaacg 184 27  RM10007 agggatccgcgtaactactctcc Agtgaagttcccttgcaacaacg 89 28  RM10852 Gaatttctaggccatgagagc Aacggagggagtatatgttagcc 171 29  RM10864 Gaatttctaggccatgagagc Aacggagggagtatatgttagcc 171 30  RM10890 Gcttcggctcttcattcactgg Gcgattataggagcgctatgtgg 240 31  RM7075 Tatggactggagcaaacctc Ggcacagcaccaatgtctc 155 32  RM10927 Tggatcccactaatccaaatgc Gaaagactccttccaatgttaggc 152 33  SO1132a Caatgacgacgcatgtatgt Tgcttgaatgtttttcgagga 196 34  S01160 Ttgcgatttatttgccagtg Ccaggcatccaatgcttatt 182 35  R1M7 Attcctggttctacattactta Cgcctcactagaatatcgga 191 97 36  R1M20 Ttggaacagggaagaagc Aggacatagttgtaatgggtag 263 37  R1M30 Aaggggccctaatttatctag Tgtttactttgttcttggactg 246 38  R1M37 Atagttcgccatcgtcat Acacgccatagcaaggaa 159 39  R1M47 aatagaattactgatgaaacctta Gcccgttaccgcttatgt 159 40  RM8094 Aagtttgtacacatcgtataca Cgcgaccagtactactacta 29 41  RM1287 Gtgaagaaagcatggtaaatg Ctcagcttgcttgtggttag 162 42  RM10825 ggacacaagtccatgatcctatcc Gtttcctttccatccttgttgc 97 43  RM11125 ccaagaaccctagctccctctcc Tcgacgagatcctcctcgtaaacc 211 44  RM3475 Gtcggtttgcctagttgagc Ttcctcggtgtatgggtctc 150 45  RM11438 gcacggttctctttctgtgatagc Tttcgaagaccgtagtagcagtgg 175 46  RM10694 Tttccctggtttcaagcttacg agtacggtaccttgatggtagaaagg 194 47  RM10711 gcttcgatcgatgagaaagtagagg Gaatctcccatccttcccttcc 172 48  RM10973 gaccaatatggagtggtctcttgg Tcgtcgagtagcttccctctctacc 176 49  RM1349 ctcaacccggctttccatctcg gctgcagagtctcgcacgttcc 160 50  RM11300 ggtgagggaggtaccgaactagg Aactagggcgctgggagagg 492 51  RM11008 tttggatggtcattagcctctgg Atcaaccttgcatgctgtcttcc 262 52  RM7250 tttgtaaaggcgaatccgccgaacacc tggtggcttgagaacgtctgtagg 186 53  RM472 ccatggcctgagagagagag Agctaaatggccatacggtg 296 54  RM3482 Ttgttgtcaagctacggtgg Ctgcttcgtgatgttgttgg 101 55  RM3475 Gtcggtttgcctagttgagc Ttcctcggtgtatgggtctc 150 56  RM575 gtagccaatagcctttcccaaagc Tctcctgcagctgatttcttgg 201 57  RM13332 gctttgtttcttgtgggatacagg Ctttccggtgtcaatccaagc 354 58  RM485 Cacactttccagtcctctcc Catcttcctctcttcggcac 291 59  RM154 accctctccgcctcgcctcctc Ctcctcctcctgcgaccgctcc 183 60  RM110 tcgaagccatccaccaacgaag Tccgtacgccgacgaggtcgag 156 61  RM174 agcgacgccaagacaagtcggg Tccacgtcgatcgacacgacgg 208 98 62  RM452 ctgatcgagagcgttaaggg Gggatcaaaccacgtttctg 209 63  RM300 gcttaaggacttctgcgaacc Caacagcgatccacatcatc 121 64  RM262 Cattccgtctcggctcaact Cagagcaaggtggcttgc 65  RM341 caagaaacctcaatccgagc Ctcctcccgatcccaatc 172 66  RM263 cccaggctagctcatgaacc Gctacgtttgagctaccacg 199 67  RM6 Gtcccctccacccaattc Tcgtctactgttggctgcac 68  RM250 Ggttcaaaccaagctgatca Gatgaaggccttccacgcag 153 69  RM266 Tagtttaaccaagactctc Ggttgaacccaaatctgca 127 70  RM109 gccgccggagagggagagagag ccccgacgggatctccatcgtc 97 71  SO2054 Tttgaagcacgagggatctt ataaaggaccgatgcaaacg 171 72  SO2057B Agcctcttctccctcctcac tgcaaacaccataacaaccaa 229 73  SO2081B Agcggcatattttgcatagc Tgttttgcaggacgcagtag 224 74  R2M10 Cccagtctgctgccatct gaatgtatttcagttccagtaag 134 75  R2M24 Gggcaacaacggctctg Agggaataaggcgatacgg 162 76  R2M26 Gcagcaaagtgcggagta Caggtgaattgccaattt 143 77  R2M37 Actgttacccaaacgcta acgtgcacctactacagaaa 212 78  R2M50 cctgaaggaaatgatagcaatag Gttttgtatgctcttcacttgtc 212 79  RM5356 ctgttgggatttgggtatgatgc cgagatgtgatgagagcacttgg 134 80  RM3316 cgcatttgaaactggaaactcg ggacgaatactgatatggatgactcc 298 81  RM5404 agctgttgcgagtgtgagtgagtgc ttgatcaaaccgaggcgaaacg 125 82  RM208 Tctgcaagccttgtctgatg taagtcgatcattgtgtggacc 173 83  RM6318 Tgctgcttctgtccagtgag Ggatcataacaagtgcctcg 199 84  RM13628 tatgccacgaatgaccctaacc ctccatatgcagcgacaatcg 282 85  RM13197 aaaccctccggctcattcttgc actcgaatcgtatcggcttgagg 182 86  RM423 Agcacccatgccttatgttg Cctttttcagtagccctccc 273 87  RM3857 agagcctctccctctcctctcc cagcaaagaacgagctctcacg 399 99 88  RsM12643 attactagcatgcatgggccaacc tacactgaaacggccatgttatcg 253 89  RM3134 aaggcatcatggcatcctacagc ttagcctgaagatgtcctcccattcc 88 90  RM3545 agggttcttcagtattgccaagc gcagtaactaatagccgtcttcacc 172 91  RM7076 atcaactccggcgtcagagacc gagcagggtccatgaaattctcc 172 92  RM60 Agtcccatgttccacttccg Atggctactgcctgtactac 165 93  RM22 Ggtttgggagcccataatct Ctgggcttctttcactcgtc 194 94  OSR13 cgtcgtagtacttgtcgcacagc cgtcacaccgacttaacacttgg 221 95  RM186 tcctccatctcctccgctcccg gggcgtggtggccttcttcgtc 124 96  RM514 agattgatctcccattcccc Cacgagcatattactagtgg 259 97  RM6417 atctggtcatacgacgacatgg gctgacaggacaagaatcagagg 87 98  RM5639 aggaggaaggaagaacagagttgc ctgagtgcgtgccatttatttcc 139 99  RM3202 Ttcacttcctattggcggc Tcatcatcagtccagcatcg 189 100  RM3461 ccaccctttgttctgagtctattgc gtcgaatggcatgaacgtaaagc 231 101  RM3864 agtcaaccttgggggtaagg Agatactgcccgtgtcatcc 175 102  RM5639 ggaagaacagagttgctcgg Gtgccatttatttccgtccc 123 103  RM3297 Ctcgtactcctcttccaccg Gtaacctagctgccccttcc 163 104  RM5626 gcagacgagatgagatcg Gtagaggatgggcagcag 188 105  RM6329 ccctggatgaaaagcacaag Gaagttgtagatgccccatc 156 106  RM3867 tttgactggaacatcgagctc Atcccctctacaccgtaccc 120 107  RM227 acctttcgtcataaagacgag gattggagagaaaagaagcc 106 108  RM148 atacaacattagggatgaggctgg tccttaaaggtggtgcaatgcgag 129 109  SO3010b gtgcggatttggttctgttt gagggagaggccagattctt 214 110  SO3020 tttctaggtacattttaagcaagca catgaatttgaagctgcgagta 182 111  SO3048 gggatgggagaagggaataa gccagctaggatgttgaagg 178 112  SO3065 tttcgtgcggggatatagag gcaagataactcaaaatcaaaagc 186 113  RM7097 gggaggaggagaggagattg Ttaggcctgcacttttggag 174 100 114  RM520 aggagcaagaaaagttcccc Gccaatgtgtgacgcaatag 274 115  RM468 cccttccttgttgtggctac Tgatttctgagagccaaccc 265 116  RM231 ccagattatttcctgaggtc Cacttgcatagttctgcattg 182 117  RM5944 aagggccaatccatcctcacc ctgcctcctcgcctttattctgc 100 118  SO3099 ctcccaggatgctcactcag ataatccaagggcacagcac 221 119  SO3115 tggaatgaggaagtagttttcttg tcgtattttgagttgacactgag 185 120  SO3120 tgtgcgctcgtgattatttt aaggggagcagataatgcag 241 121  SO3136 gcattaaggcacacaaagca Tgtttgtaatccgcatggaa 199 122  SO3145 tcacctacaggaagcagcag gccgtcgttgaagaagtagc 238 123  R3M10 ccgagtaccattgctttc ctgccatagttactgctctgtt 190 124  R3M23 tgcttacaagggtccaat Ggaggtgcctaccaagag 149 125  R3M30 aggctaagtgaagaaataataag Ctccgtattcattactggttg 175 126  R3M37 gcattgaattgtactcttattatat acgaatcaaaaggagactaaaat 186 127  R3M53 acactggctacggcaaag Tttgttcgggaataatgatgc 204 128  RM307 gtactaccgacctaccgttcac Ctgctatgcatgaactgctc 174 129  RM551 agcccagactagcatgattg gaaggcgagaaggatcacag 192 130  RM335 gtacacacccacatcgagaag gctctatgcgagtatccatgg 104 131  RM241 gagccaaataagatcgctga Tgcaagcagcagatttagtg 138 132  RM255 tgttgcgtgtggagatgtg Cgaaaccgctcagttcaac 144 133  RM124 atcgtctgcgttgcggctgctg catggatcaccgagctcccccc 271 134  RM567 atcagggaaatcctgaaggg ggaaggagcaatcaccactg 261 135  RM5757 cctgagaccatatgctgctg gagggagcatcattagctgg 170 136  RM5749 gtgaccacatctatatcgctcg Atggcaaggttggatcagtc 162 137  RM7472 gctggttccagttccaaactcc tgagagtggacagtgtcatgtgg 261 138  RM17391 actttgctctgaacttgcagtgg gctagctgctatcaggattcacg 175 139  SO4058 Gatccatgcagttgattgtga tcgtcttatctaaaaagaaaatttga 244 101 140  SO4060 Tatggttttatccgccaacc gctacaactaaaacaagaaacgtga 220 141  SO4065 tggggtgattgaaatttggt gagcgcacgaactgaatctt 231 142  SO4077B tcccaggtgaactacggact Cagcattttcagtggaagca 173 143  SO4097B tccacagtctgtccgtgaaa Ctccttgtgctgcagaattg 178 144  SO4128 tcacgggaaagctttggtat Aacttatgcagccaccatcc 162 145  SO4129B aatcgattcattcgcacaaa Ctttcatgctctgccattga 181 146  R4M13 tacacggtagacatccaaca Atgatttaaccgtagattgg 169 147  R4M17 agtgctcggttttgttttc gtcagatataattgatggatgta 169 148  R4M30 gcttctcctggttgtatgc aaaatagggaggcagatagac 173 149  R4M43 cttgaacctgagtgagtgg Cgatgaaaatgatgtcta 160 150  R4M50 ttttgtgaaacttgaccctc Gcgtccatgtctttattgtg 132 151  RM518 ctcttcactcactcaccatgg atccatctggagcaagcaac 171 152  RM3843 accctactcccaacagtccc Ggggtcgtacgctcatgtc 172 153  RM127 gtgggatagctgcgtcgcgtcg aggccagggtgttggcatgctg 223 154  RM159 ggggcactggcaagggtgaagg gcttgtgcttctctctctctctctctctc 248 155  RM122 gagtcgatgtaatgtcatcagtgc gaaggaggtatcgctttgttggac 227 156  RM507 cttaagctccagccgaaatg Ctcaccctcatcatcgcc 258 157  RM413 ggcgattcttggatgaagag Tccccaccaatcttgtcttc 79 158  RM3193 cttccgtgaactcttgcgatgtcc acctatgcacgcggtggatgc 299 159  RM169 tggctggctccgtgggtagctg tcccgttgccgttcatccctcc 167 160  RM164 tcttgcccgtcactgcagatatcc gcagccctaatgctacaattcttc 264 161  RM161 tgcagatgagaagcggcgcctc tgtgtcatcagacggcgctccg 187 162  RM178 tcgcgtgaaagataagcggcgc gatcaccgttccctccgcctgc 117 163  RM334 gttcagtgttcagtgccacc Gactttgatctttggtggacg 182 164  RM17954 atttcagtacaaggcacccatgc gtagacgagggagtaccaacttgc 197 165  RM3328 attgtcgaagcagcaagaaagg gacaattggagtgttggacatgg 83 102 166  RM249 ggcgtaaaggttttgcatgt Atgatgccatgaaggtcagc 121 167  RM3838 ttgtagatgttgccagtttg Tgttgacatctgtgagccgg 170 168  RM163 atccatgtgcgcctttatgagga cgctacctccttcacttactagt 124 169  RM18877 accactgctgcaaagaacattgg gcgagaataagatgagacacaagagg 190 170  RM31 gatcacgatccactggagct Aagtccattactctcctccc 140 171  SO5009 ggcgaaatgcgtgtatgagt aagaattccagcacgtcagc 147 172  R5M13 gagaaagagtggaaggag Agtatcgtcaggagggtc 175 173  R5M20 ctcgctgtttactgactgg Tttgatgtactgcctgctct 175 174  R5M30 ctcaatttcacccatccc Cgctccgtctccaacctc 224 175  RM1089 agagagacgagagcttgctgtgc tacttcctccattcctggtctcc 144 176  RM20224 agtatgaaagtcggtgacgatgg gagatgtcacgtcttcacttaggg 195 177  RM133 ttggattgttttgctggctcgc ggaacacggggtcggaagcgac 230 178  RM510 aaccggattagtttctcgcc tgaggacgacgagcagattc 122 179  RM204 gtgactgacttggtcataggg Gctagccatgctctcgtacc 169 180  RM585 cagtcttgctccgtttgttg ctgtgactgacttggtcatagg 233 181  RM276 ctcaacgttgacacctcgtg Tcctccatcgagcagtatca 149 182  RM3 acactgtagcggccactg Cctccactgctccacatctt 145 183  RM454 ctcaagcttagctgctgctg Gtgatcagtgcaccatagcg 268 184  R6M44 ttaggaataaaggctggata Ttaccgttaataggtggaa 156 185  R6M14 aaatgtccatgtgtttgcttc Catgtgtggaatgtggttg 251 186  RM527 ggctcgatctagaaaatccg Ttgcacaggttgcgatagag 233 187  RM19840 ttatacacagatgacgcacacg tgggttaagggacacacttagg 200 188  RM20224 agtatgaaagtcggtgacgatgg gagatgtcacgtcttcacttaggg 194 189  RM3628 aatcatgcctagagcatcgg Gttcaacatgggtgcagatg 126 190  RM528 ggcatccaattttacccctc aaatggagcatggaggtcac 232 191  S06061 gtcagtcgaggagtcggaga ggcgtacagcacaaaacaca 178 103 192  S06065a ccccttcatcattgcaactt Agtctctccatcacccgtct 164 193  RM19545 tagttgggtggaaatggtcatcc taagacgagtggtcacacagtgc 465 194  RM30 ggttaggcatcgtcacgg tcacctcaccacacgacacg 105 195  RM6490 ctcagctccttctcgcagagtcg cggcagcagcagtaaccataagc 165 196  RM7420 cacaaagcaagcacccagaagg tcatggcgtgaaggaaggaagg 97 197  RM5436 caaagggggtgtcctctatg Gttgctcgtcctacatgtgc 161 198  RM2 acgtgtcaccgcttcct Atgtccgggatctcatcg 150 199  RM481 tagctagccgattgaatggc Ctccacctcctatgttgttg 169 200  RM125 atcagcagccatggcagcgacc aggggatcatgtgccgaaggcc 127 201  RM7338 ttccctctcatgagctccat Gagtgcctggcgctgtac 164 202  RM10 ttgtcaagaggaggcatcg Cagaatgggaaatgggtcc 159 203  RM70 gtggacttcatttcaactcg Gatgtataagatagtccc 170 204  RM455 aacaacccaccacctgtctc Agaaggaaaagggctcgatc 131 205  RM118 ccaatcggagccaccggagagc cacatcctccagcgacgccgag 156 206  RM3859 ctcatgctttcagtcattcagtgc Tcctggattcatggtgtctttagc 269 207  RM3753 gaatgagctaagaacacgcc Ctgatggcccaagacttttg 119 208  RM18 ttccctctcatgagctccat Gagtgcctggcgctgtac 157 209  RM248 tccttgtgaaatctggtccc Gtagcctagcatggtgcatg 102 210  SO7011 ctggatccaaggcatcattc Cttcgctctcaccatcaaca 228 211  SO7024 atcgtggcctgaattttgac Catcaccccctgatgacaat 242 212  SO7048 catggcaccttgagagttga Acacatggagctggcttctc 156 213  SO7053 cgaaactttgggacgaaatg Cgtccaccattcactgtcac 223 214  SO7101 tccaagcttgctttctttcc Tcggtacacacctcctgtga 153 215  R7M7 accttccctccccttttgat Aacttggtcttcctgttttattg 200 216  RM20848 aaagtgggcactgagatacaacg Agcgaaggcagtgaagtttcg 610 217  RM3635 cgtgagagcgtgagagacag Actttggtgttccctccctc 109 104 218  RM21539 gcccaactacttcgacagcttcc caatgacctgagtagcatccaagg 394 219  RM284 tccttgtgaaatctggtccc Gtagcctagcatggtgcatg 102 220  RM408 caacgagctaacttccgtcc Actgctacttgggtagctgacc 128 221  RM152 aaggagaagttcttcgcccagtgc gcccattagtgactgctcctagtcg 151 222  RM25 ggaaagaatgatcttttcatgg ctaccatcaaaaccaatgttc 146 223  RM23407 gcagtggcagggttgtaaattgg Cattgggatcctccgacacc 195 224  RM44 acgggcaatccgaacaacc tcgggaaaacctaccctacc 99 225  RM223 gagtgagcttgggctgaaac Gaaggcaagtcttggcactg 165 226  RM433 tgcgctgaactaaacacagc Agacaaacctggccattcac 224 227  RM447 cccttgtgctgtctcctctc Acgggcttcttctccttctc 111 228  RM210 gacaactccatatcaacgcaaagc gaggatggttgttcacttgtttgg 140 229  RM1345 cgcacaaaccaaacacacaacc Ctcgtgtcgtcttcaccaaagc 278 230  RM80 ttgaaggcgctgaaggag Catcaacctcgtcttcaccg 142 231  RM149 ggaagcctttcctcgtaacacg Gaacctaggccgtgttctttgc 253 232  RM5493 gcggtaacaaaccaaccaacc Aaagcaggacacagtcacacagg 195 233  RM547 ggaagcctttcctcgtaacacg gaacctaggccgtgttctttgc 235 234  SO8035 ggacaaacccagaacatgcta Tggctgatgaatttgtttatcc 245 235  SO8049 cagctagtccatggtagcaaa Tggttctcataaaggaaatcatc 264 236  SO8052B tagccgtgacttgtggtctg Ggaaacattcttctcccaagc 154 237  SO8052C tgaagatttgcatgcgttgt Caacaagacgaaggcactcc 162 238  SO8055 gatttcagtggcacctagcc Gcgatacctaccacggctta 233 239  SO8059 tacgtgtgcacattgcaaga Ccacaggaatgatgtggaaa 273 240  SO8090 gcgtgtggaagaggagaaag Cagtgagaatctcgcagtcg 212 241  R8M10 accaaacaagccctagaatt Tgagaaagatggcaggacgc 122 242  R8M23 cctattcactctaccgacat Gtttagttcccattgcttt 121 243  R8M33 cgaaagaggagaggggtagt Cgaaaacgagaaacaaata 205 105 244  R8M46 cagcagagtccagagaagat Gcataagatggcgagtga 113 245  RM23917 cacatgatcctccacccactagc Gcctggcctctcttatctgtctacc 171 246  RM316 ctagttgggcatacgatggc Acgcttatatgttacgtcaac 192 247  RM105 gtcgtcgacccatcggagccac Tggtcgaggtggggatcgggtc 134 248  RM257 cagttccgagcaagagtactc Ggatcggacgtggcatatg 147 249  RM215 caaaatggagcagcaagagc Tgagcacctccttctctgtag 148 250  RM23654 ctccgatgccttcttcctcttgc Aaagggagtagcaagccgagtgg 186 251  RM23759 tcttgggaggaaagcaaatcttgg Ttccctcctccgaccgttcc 101 252  RM23877 tgccacatgttgagagtgatgc Tacgcaagccatgacaattcg 327 253  RM5688 gcagtgtccaaccatctgtg Atctggtcaccctttgcttg 150 254  RM23662 gagaggacgatggcactattgg Cgaggaacttgattcgcatgg 149 255  R9M42 ctataagaccaaaacgaaaact Gaaaaccattgtgtcactgta 164 256  RM7175 acagtaaacgtggtgcctcc Agaagtagcctcgaggaccc 105 257  ART5 cagggaaagagatggtgga Ttggccctaggttgtttcag 159 258  SC3 gctagtgcagggttgacaca Ctctggccgtttcatggtat 165 259  RM219 cgtcggatgatgtaaagcct Catatcggcattcgcctg 202 260  RM23970 gcctgtgggactcgatcacg Ggcccacctggaagactaataaacc 275 261  RM24013 tccatcttcctctcctagagcttcc Ctccctgtcccgagttagtgc 192 262  RM296 cacatggcaccaacctcc Gccaagtcattcactactctgg 123 263  RM3855 aagatcgtagccgaagagtgacc Ggctaaagagtccaagacgagagg 424 264  RM242 ggccaacgtgtgtatgtctc Tatatgccaagacggatggg 225 265  RM24804 gtatccatcatcaccaccacttcg Agggagcggaggaagaagacg 189 266  SO9000A ccaattcacggtttaacaagg Gccatgaagcttcgttagga 207 267  SO9026B gggaggcagagggaactact Ttatcaggccaggtcctttg 213 268  SO9040B taatatcgcatggcaagacg Actttgcagaggcgacaaac 225 269  SO9093A caccgctctcactgtcattc Tccctcagccataaaaccag 257 106 270  R9M10 ctttggattcaggggga Aacttgaaacggaggcag 135 271  R9M20 actgctttgatggcttgtg Ctccccaaactgaatcc 142 272  R9M30 ctcacctacctaaaacccaac Ccacccaaatctgatactg 153 273  RM333 10 gtacgactacgagtgtcaccaa Gtcttcgcgatcactcgc 191 274  RM474 10 aagatgtacgggtggcattc Tatgagctggtgagcaatgg 252 275  RM222 10 cttaaatgggccacatgcg Caaagcttccggccaaaag 213 276  RM271 10 tcagatctacaattccatcc Tcggtgagacctagagagcc 101 277  RM171 10 aacgcgaggacacgtacttac Acgagatacgtacgcctttg 328 278  RM484 10 tctccctcctcaccattgtc Tgctgccctctctctctctc 299 279  RM25022 10 acattccgcgtttgtgtgtagc Gcttggtagttgggctgatgg 225 280  RM6142 10 tcttcctcacctgcttctcc Tacagaggctactaccacgacg 100 281  RM5806 10 ctaattgcggttgaagcctc Cctcccaatctttgcacatc 163 282  RM228 10 ctggccattagtccttgg Gcttgcggctctgcttac 154 283  S10001 10 atcgtggtcgggattatgag Gcatcatggcttttgtgttg 207 284  S10013A 10 agtcgggtcatttcttagc Ctacgtcctccgtttcacaa 182 285  S10026C 10 tacgtgtccttgtgcctgaa Tttcacccccactgtaaagg 246 286  S10053 10 ctcgtgggcttccaaatg Gccctagcacgtctcttttc 206 287  S10072 10 tgagtgttgcgttgtcttcc Tggtaaggccttgaagatgg 178 288  R10M10 10 gaatacaaccccctaaaaac Atggaccgttgaggagac 170 289  R10M17 10 tgaacaataaaccacagaagca Ccctttattccctcctttg 152 290  R10M30 10 ccctaaaaatagagcaacct Acccataatactaccaatcaac 152 291  R10M40 10 gtccctaggccatctcttg Gcgaataggggtggacag 166 292  RM311 10 tggtagtataggtactaaacat Tcctatacacatacaaacatac 179 293  RM3123 10 acgctcttaattgatccgttcg Caaagtccagttccgttgatcc 197 294  RM26063 11 gatccatatgcctcttcgattgg Aactccagcagtgagagcgtagc 122 295  S11117C 11 caaccatgtctatgatcgatgt Ggctgtctccatgttgaggt 205 107 296  RM224 11 atcgatcgatcttcacgagg Tgctataaaaggcattcggg 157 297  RM26699 11 accagaaagccgatgataggg Atcagcaactgcagcaacagc 94 298  RM552 11 cgcagttgtggatttcagtg Tgctcaacgtttgactgtcc 195 299  RM536 11 tctctcctcttgtttggctc Acacaccaacacgaccacac 243 300  RM26701 11 acctcccggatgagttgaagc Gccgtcaccaagggtagatcc 358 301  RM144 11 tgccctggcgcaaatttgatcc Gctagaggagatcagatggtagtgcatg 245 302  RM3137 11 ctttggctgatctctctagagttgg Ttatatcagcgtgctcctgttcg 235 303  RM21 11 acagtattccgtaggcacgg Gctccatgagggtggtagag 157 304  RM26652 11 caatccattgctggttgatgc Caagatctccaaggtgctgagg 169 305  RM7303 11 gcgttcgtccagatgaagttcg Gcttgtgcagcagggaagatacc 443 306  RM224 11 atcgatcgatcttcacgagg Tgctataaaaggcattcggg 318 307  S11004A 11 tctctggccttctactcatgg Ttgtgtttctacttggactcttttt 172 308  S11033 11 tgccctagtcagtccctctg Ttttcgcgtacggataggat 168 309  S11045A 11 agtggtaggggtagcgacaa Tacgttccatgcccctattc 205 310  SO11049 11 gagctgcggttaccaatgtt Ggcccataagcccactaaat 198 311  RM206 11 atcgatccgtatgggttctagc gtccatgtagccaatcttatgtgg 147 312  RM287 11 ttccctgttaagagagaaatc Gtgtatttggtgaaagcaac 118 313  RM209 11 atatgagttgctgtcgtgcg Caacttgcatcctcccctcc 134 314  RM3137 11 gttaggaattccatgctgcg Tgcccgtgctcgataagg 197 315  R11M23 11 aaggttgacaaggacagaag Tcgcaggaatggataaaa 212 316  R11M40 11 aagaaaaatatctattgaggagtg Ggaggaccataaatgacgg 178 317  RM27593 12 cgtgctgtctcggtctctctcc cagttacaggagggaatggatgc 113 318  RM19 12 caaaaacagagcagatgac Ctcaagatggacgccaaga 226 319  RM247 12 tagtgccgatcgatgtaacg Catatggttttgacaaagcg 131 320  RM27659 12 cggccaatatttgcgagtaaacg Atccacacttccacagcaacacg 285 321  RM27877 12 ggaagccatgaaagatgtgttgc Aatttctccgagcacctgaaacg 185 108 322  RM28502 12 cgagcagatctgatgtcgtcttcc Ctttgctttgcatgcctcacg 155 323  RM28746 12 gaagaaagaagacgccaagaaacg Cattccattcccttcctcttcg 157 324  RM17 12 tgccctgttattttcttctctc Ggtgatcctttcccatttca 184 325  S12011B 12 tgggggagttctgaaatctg Ttaagttcggtgccccataa 155 326  S12029 12 gggtggtcaccctaaagaaa Aatcatccagctgtggaggt 234 327  S12030 12 tccacatgtaaaccgctgaa Tgagtgatataacaacacacaacca 216 328  S12055 12 aaacggattagaggggatcg Aagaaagttccttcatgaggctat 165 329  S12109B 12 ggactcggataaccgcatta Ggaacgcagcgaaagaat 163 330  R12M10 12 atcatttcagcctgtgcc Agcttaataggggggacg 214 331  R12M27 12 atttcattgccatcagtt Gtaatcttctatccgttca 155 332  RM27933 12 tcctctgtcatatggctgtaaacg Ggacaaggaggaactattgattgg 434 333  RM7102 12 ttgagagcgtttttaggatg Tcggtttacttggttactcg 169 334  RM309 12 gtagatcacgcacctttctgg Agaaggcctccggtgaag 169 335  RM28748 12 tgagaacacgctcttgagtattgc Tgttgtgtgccttacagcagagg 439 336  RM7558 12 cagtagcaggctcccttttg Atcaggaacaccagagacgg 149 337  RM28102 12 cactaattcttcggctccactttagg Gtggaagctccgagaaagtgc 186 Phụ lục 2: Danh mục hóa chất dùng nghiên cứu + Acrylamide + Ammonium persulfate (APS) + Agarose + Bind Silane + Bis – acylamide + Boric acid + Bromphenol Blue + Cetyltrimethyl Ammonium Bromide (CTAB) 109 + Chloroform + Ethylenediaminetetra Acetic Acid (EDTA) 0,5M; pH = 8.0 + Ethanol + Ethydium bromide + Formaldehyde + Glacial acetic acid + Isoamyl alcohol + Isopropanol alcohol + NaCl 5M + NaOH + N,N,N’,N’-Tetraethyl - ethylendiamine (TEMED) + RNase (10mg/ml) + Silver Nitrate + Sodium carbonate + Sodium dedoxyl sulfat (SDS) + Sodium thiosulfates + Tris base 1M; pH = 8.0 + Tris HCl 1M; pH = 8.0 + Urea + Xylene cyanol + β - Mercaptol ethanol 110 ... GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI Lê Thị Thu NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LÚA KHANG DÂN CHỊU NGẬP BẰNG PHƯƠNG PHÁP CHỈ THỊ PHÂN TỬ (MARKER ASSISTED BACKCROSSING). .. chọn lọc cải tiến giống lúa suất, chất lượng mang gen chịu ngập vấn đề cấp thiết Vì thực đề tài: Nghiên cứu chọn tạo giống lúa Khang Dân chịu ngập phương pháp thị phân tử ( Marker Assisted BackCrossing) ... Lúa chịu ngập chìm 34 1.6.1 Chọn tạo giống Lúa chịu ngập giới……………………………… 34 1.6.2 Chọn tạo giống Lúa chịu ngập Việt Nam……………………………… 38 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU…………