Nghiên cứu chọn tạo giống lạc kháng bệnh đốm muộn bằng chỉ thị phân tử

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT - VŨ HỒNG ANH NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LẠC KHÁNG BỆNH ĐỐM MUỘN BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ Chuyên ngành : Sinh học thực nghiệm Mã số: 60420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Hà Nội, tháng 12 năm 2014 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT - VŨ HỒNG ANH NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LẠC KHÁNG BỆNH ĐỐM MUỘN BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ Chuyên ngành : Sinh học thực nghiệm Mã số: 60420114 LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC Người hướng dẫn khoa học: TS Đồng Thị Kim Cúc Hà Nội, tháng 12 năm 2014 Phản biện 1: PGS.TS Phạm Xuân Hội Lời cảm ơn Trước hết Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn tới thầy cô cán công tác Viện Sinh thái Tài nguyên Sinh vật giảng dạy tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình học tập viện Tôi xin gửi lời cảm ơn chân thành sâu sắc tới TS Đồng Thị Kim Cúc, người tận tình hướng dẫn, giúp đỡ hỗ trợ suốt trình công tác thời gian học tập, nghiên cứu hoàn thành luận văn Nhân dịp này, xin gửi lời cảm ơn chân thành tới cán bộ, anh chị em Trung tâm TNSHNCNC, Viện Di truyền Nông nghiệp giúp đỡ động viên trình công tác nghiên cứu khoa học vừa qua Cuối cùng, xin chân thành cảm ơn gia đình bạn bè nhiệt tình động viên, giúp đỡ trình học tập, nghiên cứu khoa học sống Luận văn thực từ nguồn kinh phí từ đề tài “Nghiên cứu chọn tạo giống lạc kháng bệnh đốm muộn thị phân tử” Xin chân thành cảm ơn! Hà nội, tháng 12 năm 2014 Vũ Hồng Anh i Lời cam đoan Tôi xin cam đoan trực tiếp thực nghiên cứu luận văn Mọi kết thu nguyên bản, không chỉnh sửa chép từ nghiên cứu khác, số liệu, sơ đồ kết luận văn chưa công bố Mọi liệu hình ảnh, biểu đồ trích dẫn tham khảo luận văn thu thập sử dụng từ nguồn liệu mở với đồng ý tác giả Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm với lời cam đoan trên! Tác giả Vũ Hồng Anh ii MỤC LỤC MỞ ĐẦU vii CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 GIỚI THIỆU VỀ CÂY LẠC 1.1.1 Cây lạc (Arachis hypogaea L.) 1.2 Bệnh đốm muộn Lạc 1.2.1 Bệnh đốm muộn lạc 1.2.2 Triệu chứng bệnh đốm muộn 1.2.3 Di truyền tính kháng bệnh đốm muộn lạc 1.3 Chọn giống nhờ thị phân tử 1.3.1 Chỉ thị phân tử 1.3.2 Kỹ thuật PCR(Polymerase Chain Reaction) 11 1.4 Lập đồ tính trạng số lượng ( mapping quantitative traits – QTL) 11 CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 14 2.1 Vật liệu nghiên phương pháp nghiên cứu đồng ruộng 14 2.1.1 Vật liệu 14 2.1.2 Phương pháp nghiên cứu 16 2.2 Vật liệu phương pháp nghiên cứu dùng cho lấy mẫu, phân lập lây nhiễm bệnh nhân tạo 17 2.2.1 Vật liệu nghiên cứu 17 2.2.2 Phương pháp nghiên cứu 17 2.3 Vật liệu phương pháp nghiên cứu phòng thí nghiệm 19 2.3.1 Phương pháp tách chiết ADN: phương pháp CTAB 19 2.3.4 Kỹ thuật điện di gel polyacrylamide 24 2.3.5 Xử lý số liệu 26 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN 30 3.1 Thu thập, đánh giá, xây dựng nguồn vật liêu 30 3.1.1 Nguồn gốc đặc điểm hạt giống mẫu 30 3.1.2 Các tiêu sinh trưởng phát triển lạc 30 3.1.3 Thu thập nguồn bệnh, đánh giá vật liệu khởi đầu đánh giá nhân tạo khả kháng bệnh tập đoàn lạc 37 3.2 Lập đồ QTLs liên kết tính trạng kháng bệnh đốm muộn 43 3.2.1 Xác định thị cho đa hình dòng/giống bố mẹ tham gia thí nghiệm 43 3.2.2 Phân tích di truyền cá thể quần thể lập đồ BC1F1, BC2F1 thị phân tử SSR cho đa hình hai giống bố mẹ 56 iii 3.3 Nghiên cứu chọn tạo giống lạc kháng bệnh đốm muộn thị phân tử 64 3.3.1 Xác định giống lạc tiêu biểu có suất cao, ổn định nhiễm bệnh đốm muộn dùng làm nhận QTL/gen kháng 64 3.3.2 Lai tạo quần thể chọn tạo giống lạc kháng bệnh đốm muộn, suất cao BC1F1, BC2F1 64 3.3.3 Sử dụng phương pháp chọn giống truyền thống kết hợp với sử dụng thị phân tử liên kết QTL/gen kháng bệnh đốm muộn , chọn lọc cá thể có tiềm năng suất, kháng bệnh, dạng hình đẹp triển vọng 64 3.3.4 Kết đánh giá khả kháng nhiễm bệnh đốm muộn ( điều kiện nhân tạo) cá thể qần thể lập đồ BC1F1, BC2F1 67 3.3.5 Lập đồ, phân tích xác định thị phân tử liên kết với QTL/gen kháng đốm muộn 75 3.3.6 So sánh tiềm năng suất kháng bệnh dòng lạc triển vọng( hai vùng Bắc Giang Nghệ An) 83 3.4 Bước đầu đánh giá tuyển chọn giống lạc kháng bệnh đốm muộn, suất cao đồng ruộng 86 3.4.1 So sánh đánh giá dòng/ giống lạc kháng bệnh đốm muộn ( hệ BC2F4) có suất cao 86 3.4.2 Khảo nghiệm sinh thái dòng/ giống lạc kháng bệnh đốm muộn, suất cao triển vọng số vùng sinh thái 89 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 94 Kết luận 94 Kiến nghị 94 iv DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng 2.1 2.2 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.14 3.15 3.16 3.17 3.18 3.19 3.20 3.21 3.22 Tên bảng Nguồn gốc mẫu giống Các công thức kết hợp thay đổi thành phần phản ứng PCR Nguồn gốc đặc điểm hạt mẫu giống Sự phân bố mẫu giống theo tính trạng thân cành Sự phân bố mẫu giống theo tính trạng hoa Sự phân bố mẫu giống theo tính trạng hạt Sự phân bố mẫu giống theo thời kỳ sinh trưởng Sự phân bố mẫu giống theo tiêu suất Sự phát sinh, gây hại bệnh đốm muộn Huyện Diễn Châu – Nghệ An huyện Tân Yên – Bắc Giang, năm 2012 Sự phát sinh, gây hại bệnh đốm muộn giai đoạn sau trồng Kết giám định mẫu bệnh đốm muộn lạc (Viện BVTV, tháng 7-2012) Kết lây bệnh nhân tạo cho lạc nguồn Phaeiosaraopsis personata Khả kháng bệnh đốm muộn tập đoàn giống lạc Danh sách thị SSR dùng để sàng lọc điều kiện phản ứng PCR Danh sách thị RAPD tham gia sàng lọc Danh sách 50 thị dùng đánh giá đa dạng di truyền Khả kháng bệnh đốm muộn quần thể lai F2 Danh sách thị SSR dùng đánh giá đa hình hai giống bố mẹ quần thể lập đồ Khả kháng bệnh đốm muộn cá thể BC1F1 cặp lai từ TB25/giống kháng Danh sách thị dùng cho đánh giá đa hình bố mẹ năm 2014 Danh sách thị đa hình dùng phân tích quần thể lập đồ Khả kháng bệnh đốm muộn cá thể BC1F1 cặp lai từ TB25/TN6 So sánh tiềm năng suất 19 dòng BC2F3 triển vọng (vụ Xuân – Hè 2014) Đánh giá khả kháng bệnh ĐLM 19 dòng BC2F3 triển vọng (vụ Xuân – Hè 2014) v Trang 14 21 30 31 32 33 31 36 38 38 39 39 40 44 47 49 57 60 67 62 73 75 84 85 So sánh tiềm năng suất dòng triển vọng (thế hệ BC2F4) (vụ Hè Thu 2014 Hoài Đức – Hà Nội) Đánh giá khả kháng bệnh ĐLM dòng Lạc triển vọng hệ BC2F4 (vụ Hè Thu 2014 Hoài Đức – Hà Nội) 87 3.25 So sánh đặc điểm nông sinh học dòng BC2F5 89 3.26 trồng Bắc Giang Hà Nội (vụ thu - đông năm 2014) So sánh suất dòng BC2F5 trồng Bắc Giang Hà Nội (vụ thu - đông năm 2014) 91 3.27 So sánh khả kháng bệnh ĐLM dòng BC2F5 92 3.23 3.24 trồng Bắc Giang Hà Nội (vụ thu - đông năm 2014) vi 88 Hình 3.1 3.2 3.3 3.4 3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 3.10 3.11 3.12 3.13 3.14 3.15 3.16 3.17 3.18 DANH MỤC CÁC HÌNH Tên hình Kết điện di kiểm tra ADN giống gel agarose 1% Kiểm tra điều kiện phản ứng PCR gel agarose 1,5% số thị SSR lạc Đánh giá đa hình giống lạc với thị pPGSeq13E6 gel polyacrylamide 64 giống lạc Đánh giá đa hình giống lạc với thị pPGSeq8H1 gel polyacrylamide 64 giống lạc Đánh giá đa hình giống lạc với thị pPGSeq11H1 gel polyacrylamide 64 giống lạc Đánh giá đa hình giống lạc với thị pPGSeq2F5 gel polyacrylamide 64 giống lạc Đánh giá đa hình giống lạc với thị Lec1 gel polyacrylamide 64 giống lạc Mức độ phân nhóm chủng loại phát sinh 64 giống lạc nghiên cứu đánh giá với 50 thị chương trình NTSYS 2.1 Mức độ phân nhóm 64 giống lạc nghiên cứu phân tích số liệu chương trình NTSYS 2.1 Minh họa thí nghiệm đánh giá đa hình di truyền thị dùng nghiên cứu Đánh giá lai quần thể lập đồ hệ F1 Đánh giá ADN giống lạc sau tách chiết tinh Sử dụng thị phân tử PM 179 pPGPseq2H8 sàng lọc cá thể tổ hợp lai BC1F1 TB25/TN6 dùng để phát triển cá thể quần thể lập đồ Kết đánh giá đa hình hai giống lạc TB25 TN để sàng lọc thị đa hình dùng cho lập đồ, với tổng số 22 thị cho đa hình Đánh giá lai chọn quần thể chọn giống Đánh giá dòng lạc kháng cao số thị đa hình tổ hợp BC1F1/CNC3 Sử dụng thị phân tử PM 179 pPGPseq2H8 sàng lọc cá thể tổ hợp lai BC1F1 TB25/TN6 dùng để phát triển cá thể quần thể lập đồ Các cá thể Làn 3, 4, 5, 8, 9, 10, 14, 17, 18 mang băng thị TN6 (giống kháng bệnh đốm muộn) dùng để phát triển quần thể Kết sử dụng thị PM179 để đánh giá cá thể BC1F2 quần thể lập đồ TB25/TN6 vii Trang 42 49 51 51 52 52 52 53 54 56 57 59 59 64 64 65 66 67 3.19 Sử dụng thị đa hình lập đồ gen kháng bệnh đốm muộn quần thể BC2F1: Chỉ thị Seq13A7 ; Seq7G2 ; Seq3A08 ; Seq3A10 ; GM1501, GM660 3.20 Sử dụng thị đa hình lập đồ gen kháng bệnh đốm muộn quần thể BC2F1: Chỉ thị GM2009 ; GM2301 ; GN686 ; TC4F12 ; GNB38 ; TC1D12 3.21 Bản đồ nhóm liên kết LG7-G16 58 cặp mồi sử dụng LOD = Bên trái khoảng cách thị tính cM Bên phải tên thị 76 3.22 Sử dụng thị PM179 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL1 3.23 Sử dụng thị Lec1 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL1 3.27 Sử dụng thị PM179 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL4 TB25; B.TN6 Các dòng B chọn hệ 3.28 Sử dụng thị PM179 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL5 TB25; B.TN6 Các dòng B chọn hệ 81 3.29 Sử dụng thị PM179 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL6 TB25; B.TN6 Các dòng B chọn hệ 3.30 Sử dụng thị PM179 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL7 TB25; B.TN6 Các dòng B chọn hệ 3.31 Sử dụng thị PM179 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL8TB25; B.TN6 Các dòng B chọn hệ 3.32 Sử dụng thị PM179 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL11 TB25; B.TN6 Các dòng B chọn hệ 3.33 Sử dụng thị PM179 để chọn cá thể mang gen kháng dòng CL12 TB25; B.TN3 Các dòng B chọn hệ 3.34 Dòng lạc triển vọng kháng bệnh đốm muộn, suất cao 3.35 So sánh hạt dòng lạc triển vọng kháng bệnh đốm muộn, suất cao(thế hệ BC2F5) 82 viii 77 79 81 82 82 82 83 83 83 91 92 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận - Đã phân tích 200 thị SSR hai giống sử dụng làm bố mẹ quần thể lập đồ: TB25xTN6 - Đã tiến hành đánh giá bệnh hệ BC1F1 , BC2F1 quần thể lập đồ, để xác định di truyền tính kháng bệnh đốm muộn QTL quy định - Đã chọn lọc khảo nghiệm sinh thái Bắc Giang Hoài Đức – Hà Nội dòng lạc triển vọng (thế hệ BC2F5) kháng bệnh đốm muộn, có tiềm năng suất cao, dạng hình đẹp Kiến nghị - Cần có nghiên cứu giống lạc có suất cao có khả chống chịu tốt với sauu bệnh điều kiện bất thuận môi trường - Cho phát triển Dự án sản xuất thử nghiệm giống lạc sau đề tài kết thúc để nhân rộng giống lạc có suất cao, kháng bệnh Đốm muộn vào vùng trồng lạc góp phần vào đảm bảo an 94 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tham khảo nước Lê Trần Bình, Hồ Hữu Nhị, Lê Thị Muội(1997), “Công nghệ Sinh học Thực vật cải tiến giống trồng” Nhà xuất Nông nghiệp, tr.72-74 Bùi Chí Bửu, Renganayaki K Reddy A.S (1997), Phân tích di truyền tính kháng rầy nâu giống lúa hoang nhờ Marker phân tử Kết nghiên cứu khoa học 1977-1997, Viện Lúa ĐBSCL Nxb Nông nghiệp, tr 7982 Bùi Chí Bửu Nguyễn Thị Lang (2005), Nghiên cứu ứng dụng marker phân tử để phát gen kháng rầy nâu lúa (Oryza sativa L.) Báo cáo khoa học Hội nghị khoa học toàn quốc 2005 Công nghệ Sinh học nghiên cứu Hướng 8.2 tr 65-169 Lê Thị Lan Oanh, Mohan M Nair S (1999), Sử dụng kỹ thuật PCRRAPD định vị gen kháng rầy nâu lúa Indica, Báo cáo khoa học, Hội nghị Công nghệ Sinh học toàn quốc, Hà Nội 1999 Nxb Khoa học Kỹ thuật, tr 12591265 Lưu Thị Ngọc Huyền (2005), Quy tụ gen kháng rầy nâu vào số giống lúa ưu việt công nghệ thị phân tử Báo cáo khoa học Hội nghị khoa học toàn quốc 2005 Công nghệ Sinh học nghiên cứu Hướng 8.2 tr: 245-247 Nguyễn Văn Thắng (1995), Đánh giá nguồn vật liệu kháng bệnh đốm đen lạc điều kiện miền Bắc Việt Nam, Luận án thạc sỹ khoa học nông nghiệp, Hà Nội 75 tr Nguyễn Xuân Hồng (1991), Kết nghiên cứu bệnh hại lạc khả chống chịu giống Tiến kỹ thuật trồng lạc đậu đỗ Việt Nam Nxb Hà Nội Nguyễn Xuân Hồng (1994), Bệnh hại lạc Việt Nam chiến lược nghiên cứu, phòng trừ Tuyển tập nghiên cứu khoa học Công nghệ Viện KHKTNNVN, Hà Nội tr 45-50 Phạm Thị Hậu (1998), Nghiên cứu bệnh rỉ sắt (Puccinia arachidis speg) hại lạc số biện pháp phòng trừ miền Bắc Việt Nam Luận án thạc sỹ khoa học nông nghiệp, Hà Nội 85 tr 10 Lã Tuấn Nghĩa cộng (2005), “ Xác định kiểu gen kháng bệnh đạo ôn bạc lúa qua sử dụng thị phân tử liên kết chặt với chúng nhằm chọn tạo giống kháng bền vững, suất chất lượng cao”.Báo cáo tổng kết 11 Trần Đình Long Nguyễn Thị Chinh (2005), Kết chọn tạo phát triển giống đậu đỗ 1985-2005 định hướng phát triển 2006-2010 Báo cáo tổng kết 20 năm đổi định hướng nghiên cứu giai đoạn 2006-2010 Hội nghị Khoa học Chuyên ngành Trồng trọt, ngày 10-11 tháng năm 2003 Trung tâm Nghiên cứu Phát triển Đậu Đỗ 19 trang 12 Trần Đình Long (2005), Báo cáo tổng kết Khoa học kỹ thuật dự án “Hoàn thiện quy trình sản xuất số giống lạc L02, L05, L14, MD7, MD9 phục vụ sản xuất lạc xuất tiêu dùng nước" Bộ Khoa học Công nghệ Viện KHKTNNVN, Trung tâm NCTNĐĐ 49 tr 13 Đinh Văn Luyện, Lê Thanh Nhuận (2008), Báo cáo tổng kết khoa học kỹ thuật đề tài trọng điểm cấp Bộ “Sử dụng thị phân tử xác định đa dạng di truyền cà chua, ớt, làm sở chọn lọc cặp bố mẹ chọn tạo giống ưu lai” 14 Nguyễn Thị Thanh Thủy (2007), Báo cáo tổng kết khoa học kỹ thuật đề tài “ Sử dụng thị phân tử SSR AFLP việc xác định nguồn gen chịu hạn giống lúa nương gieo trồng phổ biến tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam” 15 Nguyễn Văn Viết (2003), “Kết chọn tạo giống lạc MD07, MD09” Bộ Khoa học Công nghệ Viện KHKTNNVN Tài liệu tham khảo nước 16 Altinkut, A.; Kazan, K and Gozukirmizi, N AFLP marker linked to water-stress-tolerant bulks in barley (Hordeum vulgare L.) Genetics and Molecular Biology, 2003, vol 26, no 1, p 77-82 17 Antoni Rafalski (2002), Application of single nucleotide polymorphisms in crop genetics Plant Biology 5,pp 94-100 18 Appels R and Dvorak J (1992), The wheat ribosomal DNA spacer region: its structure and variation in populations and among species Theor Appl Genet 63, pp 337 -348 19 Aquino V.M., Shokes F.M., Gorbet D.W and Nutter F.W (1993), Late leaf spot progression on peanut as affected by components of partial resistance Plant Dis 79, pp 74-78 20 Beavis, William D QTL analyses: power, precision and accuracy In: PATERSON, A.H ed Molecular dissection of complex traits CRC Press, Boca Raton 1998, p 145-162 21 Bell C.J, Weir B.S and Ecker J.R (1994), Assignment of 30 microsatellite loci to the linkage map of Arabidopsis Genomics 19, pp 137 – 14 22 Benbouza, Halima; Jacquemin, Jean-Marie; Baudoin, Jean-Pierre and Mergeal, Guy Optimization of a reliable, fast, cheap and sensitive silver staining method to detect SSR markers in polyacrylamide gels Biotechnology, Agronomy, Society and Environment, 2006, vol 10, no 2, p 77-81 23 Botstein D., White R.L., Skolnick M and Davis R.W (1980), “ Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms” Amer J Genet 32, pp 314 -331 24 Burow, Mark D.; Simpson, Charles E.; Paterson, Andrew H and STARR, James L Identification of peanut (Arachis hypogaea L.) RAPD markers diagnostic of root-knot nematode (Meloidogyne arenaria (Neal) Chitwood) resistance Molecular Breeding, December 1996, vol 2, no 4, p 369-379 25 Burow, Mark D.; Simpson, Charles E.; Starr, James L and Paterson, Andrew H Transmission genetics of chromatin from a synthetic amphidiploid to cultivated peanut (Arachis hypogaea L.): Broadening the gene pool of a monophyletic polyploidy species Genetics, October 2001, vol 159, no 2, p 823-837 26 Burow, M.D.; Starr, J.L.; Park, C.H.; Simpson, C.E and Paterson, A.H Identification of QTLs for resistance to early leaf spot (Cercospora arachidicola S Hori) in an introgression population of peanut (Arachis hypogaea L.) In: Proceedings of Plant and Animal Genome XVI Conference (12th - 16th January, 2008, San Diego, California) Paper no P424 27 Calenge F, Vander Linden CG., Van de Weg E., Schouten H.J., Van Arkel G., Denance C., Durel C.E., (2005), Resistance gene anlogues identified through the NSB – profilling method map close to major genes and QTL for diseaseresistance in apple Theor Appl Genet 110,pp 660 – 668 28 Chang C and Meyerowitz E.M (1991), Plant genome studies: restriction fragment length polymorphism and chromosome mapping information Curr Opin Genet Dev 1, pp 112 – 118 29 Cheng H.H and Crittenden L.B (1994), Microsatellite markers for genetic mapping in the chicken Poult Sci 73, pp 539 – 546 30 Choi, K.; Burow, M.D.; Church, G.; Paterson, A.H.; Simson, C.E and Starr, J.L Genetics and mechanism of resistance to Meloidogyne arenaria in peanut germplasm Journal of Nematology, September 1999, vol 31, no 3, p 283-290 31 Coffelt G.T and Porter D.M (1982), Screening peanuts for resistance to Sclerotinia blight Plant Dis 66, pp 385-387 31 Collard, B.C.Y.; Jahufer, M.Z.Z.; Brouwer, J.B and Pang, E.C.K An introduction to markers, quantitative trait loci (QTL) mapping and markerassisted selection for crop improvement: The basic concepts Euphytica, January 2005, vol 142, no 1-2, p 169-196 33 Condit R and Hubbel S.P (1992), Abundace and DNA sequence ò two – base repeat regions in tropical tree genomes Genome 34, pp 66-71.30 34 Cuc, Luu M.; MACE, Emma S.; Crouch, Jonathan H.; Quang, Vu D.; Long, Tran D and Varshney, Rajeev K Isolation and characterization of novel Microsatellite markers and their application for diversity assessment in cultivated groundnut (Arachis hypogea L.) BMC Plant Biology, May 2008, vol 8, no 55 35 Devos K.M and Gale M.D (1992), The use of random amplified polymorphic DNA marker in wheat Theor Appl Genet 84,pp 567 -572 36 Dwivedi SL, Gurtu S, Chandra S, Yuejin W, Nigam SN (2001), Assessment of genetic diversity among selected groundnut germplasm, RAPD analysis, Plant Breed 120:345-349 37 E.S.Mace, D.T.Phong, H.D.Upadhyaya, S.Chandra, J.H.Crouch (2006), SSR analysis of cultivated groundnut (Arachis hypogaea L.) germplast resistant to rust and late leaf spot diseases, Euphyticae 38 Ellis T.H., Poyser S.j., Knox M.R., Vershinin A.V., Ambrose M.J., (1998), Tyl – copia class retrotransposon insertion site polymorphism for linkage and diversity analysis in pea Mol Gen Genet 260, pp.9-19 39 Estoup A., Presa A., Kreig F., Vaiman D and Guyomard R (1993), (CT)-n and (GT)-n microsatellite: A new class of genetic markers for Salmo Trutta L.(brown trout) Heredity 71, pp.488 -496 40.Ferguson, M.E.; Burow, M.D.; Schulze, S.R.; Bramel, P.J.; Paterson, A.H.; Kresovich, S and Mitchenll, S Microsatellite identification and characterization in peanut (A hypogaea L.) Theoretical and Applied Genetics, April 2004, vol 108, no 6, p 1064-1070 41 Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAOSTAT) 2007 [30 March, 2009] Available from Internet: http://faostat.fao.org/site/567/default.aspx 42 Garcia, G.M.; Stalker, H.T.; Schroeder, E.; Lyerly, J.H and Kochert, G A RAPD-based linkage map of peanut based on a backcross population between the two diploid species Arachis stenosperma and A cardenasii Peanut Science, January-June 2005, vol 32, no 1, p 1-8 43 Garcia, G.M.; Staler, H.T and Kochert, G Introgression analysis of an interspecific hybrid population in peanuts (Arachis hypogaea L.) using RFLP and RAPD markers Genome, February 1995, vol 38, no 1, p 166-176 44 Gomes, R.L.F and Lopez, A.C.D.A Correlation and path analysis in peanut Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2005, vol 5, no 11, p 105-110 45 Gomez, S.M.; Denwar, N.N.; Ramasubramatan, T.; Burow, G.B.; Burke, J.J.; Naveen, P and Burow, M.D Identification of peanut hybrids using microsatellite markers and horizontal polyacrylamide gel electrophoresis Peanut Science, July-December 2008, vol 35, no 2, p 123-129 46 Hammons R.O (1973), Genetic of Arachis hypogaea Peanut culture and uses, Am Peanut Res Educ Soc Stillwater, OK, pp 135-173 47 Halward, T.M.; Staler, H.T.; Larue, E and Kochert, G Genetic variation detectable with molecular markers among unadapted germplasm resources of cultivated peanut and related wild species Genome, December 1991, vol 34, no 6, p 1013-1020 48 Halward, T.; Staler, H.T and Kochert, G Development of an RFLP linkage map in diploid peanut species Theoretical and Applied Genetics, November 1993, vol 87, no 3, p 379-384 49 Hamada H and Kakunaga T (1992), Potential Z – DNA forming sequences are highly dispersed in the human genome Nature 298,pp 396 – 398 50 He G, Meng R, Newman M, Gao G, Pittman RN, Prakash CS (2003), Microsatellites as DNA makers in cultivated peatnut (Aracjis hypogaea L.), BCM Plant Biology 3:3-9 51 HE, Gouhao and PRAKASH, Channapatna S Identification of polymorphic DNA markers in cultivated peanut (Arachis hypogaea L.) Euphytica, October 1997, vol 97, no 2, p 143-149 52 Herselman, L.; Thwaites, R.; Kimmins, F.M.; Courtois, B.; Vandermerwe, P.J.A and Seal S.E Identification and mapping of AFLP markers linked to peanut (Arachis hypogaea L.) resistance to the aphid vector of groundnut rosette disease Theoretical and Applied Genetics, November 2004, vol 109, no 7, p 1426-1433 53 Herselman, Liezel Genetic variation among southern African cultivated peanut (Arachis hypogaea L.) genotypes as revealed by AFLP analysis Euphytica, September 2003, vol 133, no 3, p 319-327 54 Hittalmani S., Foolad M., Mew T., Rodrigues R and Huang N (1994), “ Identification of blast resistance gene, Pi-2 (t) in rice plants by flanking DNA markers” Rice Genet Newsl 11,pp.144-146 55 Holbloock, C Corley and Staler, H Thomas Peanut breeding and genetic resources Plant Breeding Reviews, 2003, vol 22, p 297-356 56 Holbrook C.C and Isleib T.G (2001), Geographical distribution of genetic diversity in Arachis hypogaea Peanut Sci 28, pp 80-84 57 Hopkins, M.S.; Casa, A.M.; Wang, T.; Michell, S.E.; Dean, R.E.; Kochert, G.D and Kresovich, S Discovery and characterization of polymorphic simple sequence repeats (SSRs) in peanut Crop Science, July 1999, vol 39, no 4, p 1243-1247 58 Jarvis P., Lister C., Szabo V and Dean C (1994), “ Intergration of CAPs marker in to RFLP map generated using recombinat inbred lines of Arabisopsis thaliana” Plant Mol Biol.24, pp 687 – 695 59 Jogloy S., Wynne J.C and Beute M.K (1987) “Inheritance of late leafspot resistance and agronomic traits in peanut” Peanut Sci 14, pp 86-90 60 Kochert, G.; Halward, T.; Branch, W.D and Simpson, C.E RFLP variability in peanut (Arachis hypogaea L.) cultivars and wild species Theoretical and Applied Genetics, May 1991, vol 81, no 5, p 565-570 61 Kolodny GM (1984) An improved method for increasing the resolution and sensivity of silver staning of nucleic acid bands in polyacylamide gels, Anal Biochem 138 (1): 66-67 62 Kris-etherton, Penny M.; Pearson, Thomas A.; Wan, Ying; Hargrove, Rebecca L.; Moriaty, Kristine; Fishell, Valerie and Etherton, Terry D Highmonounsaturated fatty acid diets lower both plasma cholesterol and triacylglycerol concentrations American Journal of Clinical Nutrition, December 1999, vol 70, no 6, p 1009-1015 63 Largercrantz U., Ellegren H., Andersson L (1993), The abundance ò various polymorphic microsatellite motifs differs between plants and vertebrates Nucleic Acids Res 21,pp.1111-1115.31 64 Luu M Cuc, Emma S Mace, Jonathan H Crouch, Vu D Quang, Tran D Long and Rajeev K Varshney (2008), Isolation and characterization maker of novel microsatellite for diversity assessment in cultivated groundnut (Arachis hypogaea), BMC Plant Biology 65 Mace, E.S.; Phong, D.T.; Upadhyaya, H.D.; Chandra, S and Crouch, J.H SSR analysis of cultivated groundnut (Arachis hypogaea L.) germplasm resistant to rust and late leaf spot diseases Euphytica, December 2006, vol 152, no 3, p 317-330 66 Mantovani P., Van der Linden G., Maccaferri M., Sanguineti M.C., Tuberosa R (2004) Molecular characterization or durum wheat gerplasm with NBS markers as compares to AFLP and SSRs In: Vollman J., Grausgruber H., Ruckenbauer P., (eds) Proceedings of 17th EUCARPIA General congress: genetic varation for plant breeding University of Natural Resources and Applied Life Sciences, Vienna,pp:146 67 McDonald D., Subrahmanyam P., Gibbons R.W and Smith D.H (1985), “Early and Late Leaf Spots of Groundnut”, Information Bulletin No 21 ICRISAT Patancheru P.O., Andhra Pradesh 502 324, India 68 Michelmore, R.W.; Paran, I and Kesseli, R.V Identification of markers linked to disease-resistance genes by bulked segregant analysis: A rapid method to detect markers in specific genomic regions by using segregating populations Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 1991, vol 88, no 21, p 9828-9832 69 Miller I.L., Norden A.J., Knauft D.A and Gorbet D.W (1990), Influence of maturity and fruit yield on susceptibility of peanut to Cercosporidium personatum (late leaf spot pathogen) Peanut Sci 17, pp 5258 70 Mohan M, Nair S, Bhagwat A, Krishma TG, Yano M, Bhatia CR, Sasaki T (1997) Genome mapping, molecular makers and makers assited selection in crop plants, Mol Breed 3:87-103 71 Mondal, S.; Ghosh, S and Badigannavar, A.M RAPD polymorphism among groundnut genotypes differing in disease reaction to late leaf spot and rust International Arachis Newsletter, 2005, vol 25, p 25-30 72 Moore, K.M and Knauft, D.A The inheritance of high oleic acid in Peanut Journal of Heredity, May 1989, vol 80, no 3, p 252-253 73 Moretzsohn, M.C.; Leol, L.; Proite, K.; Guimaraes, P.M.; LealBertioli, S.C.M.; Gimenes, M.A.; Martins, W.S.; Valls, J.F.M.; Grattapaglia, D and Bertioli, D.J A microsatellite-based, gene-rich linkage map for the AA genome of Arachis (Fabaceae) Theoretical and Applied Genetics, October 2005, vol 111, no 6, p 1060-1071 74 Morgante M., Olivieri A.M.(1993), “ PCR – amplified microsatellites as markers in plant genetics” Plant Jour.3, pp 175 – 182.32 75 Mozetzsohn, Marcio C.; Hopkins, Mark S.; Michell, Sharon E.; Kresovich, Stephen; Valls, Jose Francisco M and Ferreira, Marcio Genetic diversity of peanut (Arachis hypogaea L.) and its wild relatives based on the analysis of hypervariable regions of the genome BMC Plant Biology, July 2004, vol 4, no 11 76 Nevill D.J., (1982) Inheritance of resistance to Cecosporidium personatum in groundnut: a genetic model and its implication for selection Oleagineux 37, pp 355-362 77 Nguyen Van Dong, Subudhi P.K., Pham Ngoc Luong, Vu Duc Quang, Tran Duy Quy, Zheng H.G., Wang B and Nguyen H.T (2000), Molecular mapping of a rice gene conditioning themosensitive genic male sterility using AFLP RFLP and SSR techniques Theor Appl Genet 100, pp 727-734 78 Norden A.J., Gorbet D.W., Knauft D.A and Young C.T (1987), Variability in oil quality among peanut genotypes in the Florida breeding program Peanut Sci 14, pp 7–11 79 Paik-Ro, O.G.; Smith, R.L and Knauft, D.A Restriction fragment length polymorphism evaluation of six peanut species within the Arachis section Theoretical and Applied Genetics, June 1992, vol 84, no 1-2, p 201208 80 Powell, Wayne; Machay, Gordon C and Provan, Jim Polymorphism revealed by simple sequence repeats Trends in Plant Science, July 1996, vol 1, no 7, p 215-222 81 Proceddu A., Albertini E., Barcacia G., Marconi G., Bertoli F.B., Veronesi F (2004), Development of SSAP markers based on an LTR – like sequence from Medicago sativa L Mol Genet Genomics 263,pp 898 -907 82 Queen R.A., Gribbon B.M., James C., Jack P., Flavell A.J (2004) Retrotransposon – based molecular markers for linkage and genetic diversity analysis in wheat Mol Genet Genomics 271,pp 91-97 83 R.K.Varshney, D.J.Bertioli, M.C.Moretzsohm, V.Vadez L.Krishnamurthy, R.Aruna, S.N.Nigam, B.J Moss, K.Seetha, K.Ravi, G.He, S.J.Knapp and D,A.Hoisington (2008), The first SSR-based genetic linkage map for cultivated groundnut (Arachis hypogaea L.), Theoretical and Applied Genetics International Journal of Plant Breeding Research 84 Raina, S.N.; Rani, V.; Kojima, T.; Ogihara, Y.; Singh, K.P and Devarumath, R.M RAPD and ISSR fingerprints as useful genetic markers for analysis of genetic diversity, varietal identification, and phylogenetic relationships in peanut (Arachis hypogaea L.) cultivars and wild species Genome, October 2001, vol 44, no 5, p 763-772 85 Roder M.S., Plaschke J., Konig S.U., Borner A., Sorrel M.E., Tanksley S.D and Gana M.W (1995), “Abundance, variability and chromeosome locations of microsatellites in wheat” Mol Gen Genet.246,pp.327-333 86 S.Nigam, 1990 (Hybridization in groundnut, ICRISAT, 1990) 87 Samizadeh, H.; Yazdi-Samadi, B.; Ghannadha, M.R.; Malbobi, M.A.; Taleei A.R and Rice Stingam, G A study of molecular marker associated with pod length trait in canola (B napus) double haploid population Iranian Journal of Agricultural Sciences, 2003, vol 34, no 4, p 871-879 88 Simpson, C.E.; Baring, M.R.; Schubert, A.M.; Melouk, H.A.; Black, M.C.; Lopez, Y and Keim, K.A Registration of ‘Tamrun OL01’ peanut Crop Science, November 2003, vol 43, no 6, p 2298 89 Singh, A.K and Simpson, C.E Biosystematics and genetic resources In: Smartt, J ed The groundnut crop: a scientific basis for improvement London; Chapman and Hall, 1994, p 96-137 90 Stalker H.T and Moss J.P (1987), Speciation, cytogenetics and utilization of Arachis species Adv Agronomy 41, pp 1–40 91 Stalker H.T and Beute M.K (1993), Registration of four interspecific peanut germplasm lines resistance to Cercospora arachidicola Crop Sci 33, pp 1117 92 Staler, H.T.; Phillips, T.D.; Murphy, J.P and Jones, T.M Variation of isozyme patterns among Arachis species Theoretical and Applied Genetics, January 1994, vol 87, no 6, p 746-755 93 Staler, H.T and Mozingo, L.G Molecular markers of Arachis and marker- assisted selection Peanut Science, April 2001, vol 28, p 117-123 94 Subramanian, V.; Gurtu, S.; Rao, R.C.N and Nigam, S.N Identification of DNA polymorphism in cultivated groundnut using random amplified polymorphic DNA (RAPD) assay Genome, August 2000, vol 43, no 4, p 656-660 95 Tautz D and Renz M (1984), Simple sequences are ubiquitous repeative components of eukaryotic genomes Nucl Acid Res 12,pp.4127 – 4138 96 Thi L.M., Hong N.X., Mehan V.K and Ly N.T (1992), Groundnut Diseae Problem in Vietnam, Groundnut a Global Perspective Proceedings of an International Workshop 25-29 Nov 1991 ICRISAT Patancheru P.O., Andhra Pradesh 502 324, India 97 Tiwari S.P., Ghewande M.P and Misra D.P (1984), "Inherutance of resistance to rust and late leaf spot in groundnut (Arachis hypogaea)" Journal of Cytology and Genetics 19, pp 97-101 98 Varshney R.K., Hoisington D.A., Upadhyaya H.D., Gaur P.M., Nigam S.N., Saxena K., Vadez V., Sethy N.K., Bhatia S., Aruna R., Gowda M.V.C., Singh N.K (2007), Molecular genetics and breeding of grain legume crops for the semi-arid tropics In: Genomic Assisted Crop Improvement Vol II: Genomics Applications in Crops Edited by: Varshney RK, Tuberosa R Dordrecht, The Netherlands: Springer, pp 207-242.15 99 Wang Z., Weber J.L., Zhong G and Tanksley S.D (1994), Survey of plant short tadem DNA repeats Theor Appl Genet.88,pp1-6 100 Waugh R., MCLean K., Flavell A.J., Pearce C.R., Kumar A., Thomas B.B., Powell W (1997), Genetic distribution of BARE-1-like retrotransposon element in the barley genome revealed by sequence – specific amplification polymorphisms (S-SAP) Mol Gen Genet 253,pp.687-694 101 Weber J.L and May B.E (1989), “Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction” Am J Hum Genet 44,pp.388-396 102 Wenzl, Peter; Raman, Harsh; Wang, Junping; Zhou, Meixue; Huttner, Erich and Killan, Andrzej A DArT platform for quantitative bulked segregant analysis BMC Genomics, June 2007, vol 8, p 196 103 Williams, E.J and Drexier, J.S A non-destructive method for determining peanut pod maturity Peanut Science, 1981, vol 8, p 134-141 104 Wu K.S and Tankslay S.D (1993), Abundance, polymorphisms and genetic mapping of microsatellite in rice Mol Gen Genet 241,pp.225-235 105 Yong, L.; Boshou, L.; Wang, S.Y.; Dong, L and Jlang, H Identification of AFLP markers for resistance to seed infection by Aspergillus flavus in peanut (Arachis hypogaea L.) Acta Agronomica Sinica, 2005, vol 31, p 1349-1353 106 Zabeau M and Vos P (1993), Selective restriction fragment amplification: a general method for DNA fingerprinting European Patent Application No 92402629 pp7 Trang web FAOSTAT (2007), Available at http://apps.fao.org/cgi-bin.nphdb.pl?subset=agriculture http://tandem.bu.edu/trf.html http://darwin.cirad.fr/darwin/ http://faostat.fao.org/site/567/default.aspx 5.http://www.springerlink.com/content/10125wx862658886/fulltext.html http://statgen.ncsu.edu/qtlcart/WQTLCart.html http://creativecommons.org/licenses/by/2.0 http://www.nass.usda.gov/Publications/Ag.Statistics/2004 http://www.pubmedcentral.nih.gov ... 43 3.2.2 Phân tích di truyền cá thể quần thể lập đồ BC1F1, BC2F1 thị phân tử SSR cho đa hình hai giống bố mẹ 56 iii 3.3 Nghiên cứu chọn tạo giống lạc kháng bệnh đốm muộn thị phân tử ... độ thiệt hại bệnh gây mà không ảnh hưởng tới môi trường 1.2 Bệnh đốm muộn Lạc 1.2.1 Bệnh đốm muộn lạc Bệnh đốm muộn lạc bệnh gây hại nghiêm trọng lạc toàn giới Tác nhân gây bệnh đốm muộn nấm Phaeoisariopsis... VÀ ĐÀO TẠO VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT - VŨ HỒNG ANH NGHIÊN CỨU CHỌN TẠO GIỐNG LẠC KHÁNG BỆNH ĐỐM MUỘN BẰNG CHỈ THỊ PHÂN TỬ Chuyên