Phân loại và quan hệ di truyền nhóm ếch cây xanh Rhacophorus (Amphibia Rhacophoridae) ở Việt Nam

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN THIÊN TẠO PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH RHACOPHORUS (AMPHIBIA: RHACOPHORIDAE) Ở VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC HÀ NỘI - 2010 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN THIÊN TẠO PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH RHACOPHORUS (AMPHIBIA: RHACOPHORIDAE) Ở VIỆT NAM Chuyên nghành: Động vật học Mã số: 60 42 10 LUẬN VĂN THẠC SỸ SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS ĐẶNG TẤT THẾ HÀ NỘI - 2010 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn LỜI CẢM ƠN Tôi xin chân thành cảm ơn TS Đặng Tất Thế (Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật) trực tiếp hướng dẫn giúp đỡ suốt trình thực đề tài nghiên cứu hoàn thiện luận văn Tôi xin trân trọng cảm ơn Lãnh đạo Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, Phòng Sinh học, bạn bè đồng nghiệp động viên giúp đỡ trình hoàn thiện luận văn Xin cảm ơn giúp đỡ hợp tác hiệu đồng nghiệp Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật; Khoa Sinh học, Đại học Khoa học tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội; Viện Động vật St Petersburg, Liên bang Nga; Bảo tàng Leiden, Hà Lan; Vườn thú Cologne, Cộng hòa Liên bang Đức Xin cảm ơn gia đình ủng hộ động viên suốt trình học tập nghiên cứu Đề tài nghiên cứu nhận hỗ trợ kinh phí Quỹ Học bổng Nagao – Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên Môi trường (CRES); Quỹ Bảo tồn Việt Nam (VCF); Chương trình Hỗ trợ dự án nhỏ (NEF) Quỹ Nagao, Nhật Bản; Quỹ Hỗ trợ trang thiết bị nghiên cứu IdeaWild Hội Địa lý Quốc gia Hoa Kỳ (National Geographic Society) Hà Nội, ngày 20 tháng 12 năm 2010 Học viên Nguyễn Thiên Tạo Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan số liệu, kết sử dụng luận văn thu thập phân tích Đồng thời, luận văn chưa bảo vệ trước hội đồng khác trước Hà Nội, ngày tháng năm 2010 Nguyễn Thiên Tạo Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn NGUYỄN THIÊN TẠO: PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH Ở VIỆT NAM THUẬT NGỮ VIẾT TẮT TRONG LUẬN VĂN BMNH Bảo tàng Lịch sử tự nhiên Anh, Luân Đôn IEBR Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật, Hà Nội KBTTN Khu Bảo tồn thiên nhiên MNHN Bảo tàng Lịch sử tự nhiên Quốc gia Pháp, Paris MSNG Bảo tàng Lịch sử tự nhiên Genoa, I-ta-li-a VNMN Bảo tàng Thiên nhiên Việt Nam, Hà Nội VNUH Bảo tàng Động vật, Trƣờng Đại học Khoa học tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội VQG Vƣờn Quốc gia ZISP Viện Động vật Xanh Pê-tec-bua, Viện Hàn lâm Khoa học Liên bang Nga ZMH Viện nghiên cứu Bảo tàng Động vật, Đại học Ham-buốc, Cộng hòa Liên bang Đức ZRC Bảo tàng Nghiên cứu Đa dạng sinh học Raffles, Đại học Quốc gia Sing-ga-po Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn NGUYỄN THIÊN TẠO: PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH Ở VIỆT NAM DANH MỤC CÁC BẢNG Bảng II.1 Danh sách thông tin mẫu vật nghiên cứu Bảng II.2 Thành phần hỗn hợp PCR Bảng II.3 Chu trình nhiệt PCR Bảng III.1 Số đo mẫu vật loài Ếch chƣ yang sin Rhacophorus chuyangsinensis Bảng III.2 Số đo mẫu vật loài Ếch xanh đốm Rhacophorus dennysi Bảng III.3 Số đo mẫu vật loài Ếch phê Rhacophorus feae Bảng III.4 Số đo mẫu vật loài Ếch ki-ô Rhacophorus kio Bảng III.5 Số đo mẫu vật loài Ếch lớn Rhacophorus maximus Bảng III.6 So sánh đặc điểm hình thái loài ếch xanh giống Rhacophorus Việt Nam Bảng III.7 Khoảng cách di truyền mẫu nghiên cứu đoạn gen 16S rRNA Bảng III.8 Khoảng cách di truyền mẫu vật nghiên cứu đoạn gen Cytochromeb Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn NGUYỄN THIÊN TẠO: PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH Ở VIỆT NAM DANH MỤC CÁC HÌNH Hình Bản đồ điểm nóng đa dạng sinh học Đông dƣơng – Mi-an-ma Hình II.1 Bản đồ địa điểm khảo sát thực địa Hình III.1 Ếch chƣ yang sin Rhacophorus chuyangsinensis thu Chƣ Yang Sin, Đắk Lắk Hình III.2 Ếch chƣ yang sin Rhacophorus chuyangsinensis thu Hòn Bà, Khánh Hoà Hình III.3 Bản đồ phân bố loài Ếch chƣ yang sin Rhacophorus chuyangsinensis Hình III.4 Ếch xanh đốm Rhacophorus dennysi thu Tam Đảo, Vĩnh Phúc Hình III.5 Bản đồ phân bố loài Ếch xanh đốm Rhacophorus dennysi Việt Nam Hình III.6 Ếch phê Rhacophorus feae Hình III.7 Bản đồ phân bố loài Ếch phê Rhacophorus feae Việt Nam Hình III.8 Ếch ki-ô Rhacophorus kio thu Nguyên Bình, Cao Bằng Kon Plông, Kon Tum Hình III.9 Bản đồ phân bố loài Ếch ki-ô Rhacophorus kio Việt Nam Hình III.10 Ếch lớn Rhacophorus maximus thu Sơn Động, Bắc Giang Hình III.11 Bản đồ phân bố loài Ếch lớn Rhacophorus maximus Việt Nam Hình III.12 Đối chiếu trình tự nucleotide axit amin từ mẫu nghiên cứu gen 16S rRNA Hình III.13 Cây phát sinh chủng loại NJ (Neighbor Joining) Hình III.14 Cây phát sinh chủng loại MP (Maximum Parsimony) Hình III.15 Đối chiếu trình tự nucleotide axit amin từ mẫu nghiên cứu gen Cytochromeb Hình III.16 Cây phát sinh chủng loại NJ (Neighbor Joining) Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn NGUYỄN THIÊN TẠO: PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH Ở VIỆT NAM Hình III.17 Cây phát sinh chủng loại MP (Maximum Parsimony), Hình III.18 Sinh cảnh loài Ếch chƣ yang sin Hòn Bà, Khánh Hoà Hình III.19 Sinh cảnh loài Ếch xanh đốm Nguyên Bình, Cao Bằng Hình III.20 Sinh cảnh loài Ếch phê Chƣ Yang Sin, Đắk Lắk Hình III.21 Sinh cảnh loài Ếch ki-ô Kon Plông, Kon Tum Hình III.22 Sinh cảnh loài Ếch lớn Sơn Động, Bắc Giang Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn NGUYỄN THIÊN TẠO: PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH Ở VIỆT NAM MỤC LỤC THUẬT NGỮ VIẾT TẮT TRONG LUẬN VĂN DANH MỤC CÁC BẢNG DANH MỤC CÁC HÌNH MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƢƠNG I TỔNG QUAN VỀ VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 10 I.1 Các nghiên cứu phân loại nhóm ếch xanh 10 I.2 Các nghiên cứu quan hệ di truyền nhóm ếch xanh 13 I.3 Các nghiên cứu sinh thái học nhóm ếch xanh 14 CHƢƠNG II THỜI GIAN, ĐỊA ĐIỂM, VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15 II.1 Thời gian, địa điểm nghiên cứu 15 II.2 Thu thập xử lý mẫu vật 15 II.3 Phƣơng pháp nghiên cứu 17 II.3.1 Phân tích mối quan hệ di truyền 17 II.3.1.1 Gen nghiên cứu 17 II.3.1.2 Thiết kế mồi PCR 18 II.3.1.3 Tách chiết DNA tổng số 18 II.3.1.4 Nhân đoạn DNA đích kỹ thuật PCR 18 II.3.1.5 Giải mã phân tích trình tự DNA 20 II.3.1.6 Phân tích số liệu 20 II.3.2 Đặc điểm hình thái 21 CHƢƠNG III KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 23 III.1 Phân loại nhóm ếch xanh giống Rhacophorus 23 III.1.1 Ếch chƣ yang sin Rhacophorus chuyangsinensis Orlov, Nguyen & Ho, 2008 23 III.1.2 Ếch xanh đốm Rhacophorus dennysi Blanford, 1881 29 III.1.3 Ếch phê Rhacophorus feae Boulenger, 1893 34 III.1.4 Ếch ki-ô Rhacophorus kio Ohler & Delorme, 2006 39 III.1.5 Ếch lớn Rhacophorus maximus Günther, 1858 44 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn NGUYỄN THIÊN TẠO: PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH Ở VIỆT NAM III.1.6 Khóa định loại loài ếch xanh giống Rhacophorus Việt Nam 49 III.2 Quan hệ di truyền loài ếch xanh Việt Nam 50 III.2.1 Kết giải trình tự nucleotide gen 16S rRNA 50 III.2.1.1 Sai khác mặt di truyền mẫu loài 58 III.2.1.2 Khoảng cách di truyền loài 59 III.2.1.3 Xây dựng phát sinh chủng loại 59 III.2.2 Kết giải trình tự nucleotide gen Cytochromeb 61 III.2.2.1 Sai khác mặt di truyền mẫu loài 67 II.2.2.2 Khoảng cách di truyền loài 68 II.2.2.3 Xây dựng phát sinh chủng loại 68 III.3 Một số đặc điểm sinh học, sinh thái loài ếch xanh giống Rhacophorus Việt Nam 70 III.3.1 Loài Ếch chƣ yang sin Rhacophorus chuyangsinensis 71 III.3.2 Loài ếch xanh đốm Rhacophorus dennysi 71 III.3.3 Loài ếch phê Rhacophorus feae 73 III.3.4 Loài ếch ki ô Rhacophorus kio 73 III.3.5 Loài ếch lớn Rhacophorus maximus 75 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 76 Kết luận 76 1.1 Về phân loại nhóm ếch xanh giống Rhacophorus Việt Nam 76 1.3 Về đặc điểm sinh học, sinh thái loài ếch xanh giống Rhacophorus Việt Nam 77 Kiến nghị 77 TÀI LIỆU THAM KHẢO 78 Số hóa Trung tâm Học Liệu – Đại học Thái Nguyên http://www.lrc-tnu.edu.vn data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read data error !!! can't not read ... TẠO: PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH Ở VIỆT NAM III.1.6 Khóa định loại loài ếch xanh giống Rhacophorus Việt Nam 49 III.2 Quan hệ di truyền loài ếch xanh Việt Nam. .. DỤC VÀ ĐÀO TẠO VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM VIỆN SINH THÁI VÀ TÀI NGUYÊN SINH VẬT NGUYỄN THIÊN TẠO PHÂN LOẠI VÀ QUAN HỆ DI TRUYỀN NHÓM ẾCH CÂY XANH RHACOPHORUS (AMPHIBIA: RHACOPHORIDAE) Ở. .. TỔNG QUAN VỀ VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU 10 I.1 Các nghiên cứu phân loại nhóm ếch xanh 10 I.2 Các nghiên cứu quan hệ di truyền nhóm ếch xanh 13 I.3 Các nghiên cứu sinh thái học nhóm ếch xanh